5EYWA

Crystal structure of litopenaeus vannamei triosephosphate isomerase complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKAAIDGIISFMKTGPLSPNTEVVVGCPQCYLMYTREHMPANIGIAAQNCYKVAKGAFTGEISPAMVKDCGCEWVILGHSERRNVFGEPDQLISEKVGHALEAGLKVIPCIGEKLEDREGNRTQEVVFAQMKALLPNISDWSRVVLAYEPVWAIGTGKTASPEQAQEVHADLRQWLRDNVNAEVAESTRIIYGGSVSAGNCQELAKKGDIDGFLVGGAALKPDFVQIINAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Structural insights from a novel invertebrate triosephosphate isomerase from Litopenaeus vannamei.
pubmed doi rcsb
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 90
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5eywA00
1KW1A 1G6CA 3HB9A 1E51A 4UIOA 5CPLA 3S1XA 3NZ1A 5AYZA 5CPOA 4ZQOA 3NO5A 1ICSA 3CB8A 1QPRA 5DY3A 4IQLA 5K4XA 5FF4A 1H50A 3LM7A 1X1ZA 1I2QA 1YDVA 2CLLA 3W22A 3O6YX 1L2UA 4TU1A 1W54A 1R2TA 2DU2A 3O63A 3W2KA 2RHGA 3V1PA 1K8ZA 3O07A 5F1UA 2FB3A 1OX6A 1D9EA 2YCEA 3IIZA 4X9SA 3LHTA 4WOQA 1ZAHA 4NNCA 3LCHA 1AW1A 5AHLA 3T78A 3MHUA 2W6RA 3O8AA 1OK4A 4KKXA 4CNPA 1YXYA 4AMAA 4LRSA 2CW6A 1WBHA 1F05A 3G3DA 3FFSA 1VS1A 2X1TA 5U4NA 2Z6IA 1LORA 2X16A 3T7VA 4O16A 4N2YA 5SWUA 4CNNA 1GVOA 3L65A 4FNTA 3C6CA 4IWWA 3NL6A 4LC6A 1H7NA 2EKCA 4R34A 1QDSA 4RZ4A 3ABSA 4MJMA 4MUZA 1X8FA 2OX1A 1XUUA 4BF9A 3SY5A 5D33A 3ELFA 3W7HA 3EWUA 4P2VA 4UMCA 1ALDA 1EEPA 4BI7A 1EUNA 1H60A 2NUYA 1JUBA 1OABA 2E68A 1WV2A 3MBFA 5D37A 1H1YA 4HPXA 1AMKA 2B7QA 3ZR4A 1OFDA 5K4ZA 3VKJA 2IQTA 5ABTA 1KBIA 2WNNA 4PFMA 4OE7A 2QUTA 3KRZA 5DBTA 4DPPA 2Q8ZA 1TPB1 3DGRA 1VLWA 1LP6A 3TR2A 4RZ6A 4UTTC 2I14A 4AHOA 3W7QA 2ZA2A 3P5ZA 5CKSA 2QDGA 3PBWA 3OBKA 1S5TA 4H6KA 2TRSA 4UTJA 2X30A 2A7RA 3BVJA 2DORA 3KOFA 1KV5A 3NPWA 3P61A 1JQVA 3UY7A 1ZENA 4XTIA 3TAOA 1OFPA 3P5YA 4WD0A 3QPZA 3W1MA 5D02A 1TRDA 3GKAA 1O5KA 5K9DA 4KFNA 4O1BA 5G1YA 3G1SA 3GZ3A 4GUJA 1Q6QA 4KFOA 5AYXA 2FPVA 4K8EA 4K7VA 2E09A 1CI1A 5D2VA 3UZJA 3HF3A 1TPVA 4E38A 4LVDA 4WY0F 3W1AA 3LHZA 3QH2A 2G5WA 1JCYA 3OVRA 4H3DA 3GLCA 3NG3A 2GQ8A 3B03A 3VE7A 4A22A 1DJNA 3LHYA 2Y85A 3NAVA 1YTDA 2QJIA 3HPZA 3S1WA 1SUXA 4Z1DA 5FEPA 1DV7A 4B5NA 2Z0IA 3ZWTA 2OJPA 5LHEA 1OG0A 1O60A 3KVMA 4CQAA 3SIZA 4YMZA 4AB4A 4DPQA 4QM1A 4LV4A 4IX2A 3C2OA 2C19A 1ZAIA 5LGZA 4NXSA 3TKFA 3CEPA 4GBUA 2G95A 2OCZA 3N34A 5CZTA 3W76A 1W5MA 3TCEA 1ZALA 5F2LA 2NUXA 4O4WA 1W3NA 1JCJA 2D73A 3PC0A 3W7GA 3QQ1A 1W1ZA 1OVDA 1V7YA 4XWUA 4AXKA 1FCQA 4MJZA 2BTMA 3P8JA 3STGA 3P81A 4K38A 2RDTA 3LI0A 4XUGA 1J4EA 3DAQA 5CZ0A 2E5DA 4ORMA 3NM1A 4Q32A 5CPMA 2YR1A 2QCDB 2CLEA 2QUUA 4R33A 1TJPA 3M41A 3W83A 3TFXA 4RCXA 2OT0A 3UWYA 2J27A 4O1CA 1R47A 3BLFA 2A6NA 2NV1A 4NU7A 2YX0A 4DF2A 3LHUA 3NQFA 3BGJA 5G2WA 3LCIA 2ZYFA 5FEWA 4OBTA 3QPYA 2KZHA 4JY8A 1K8XA 3EKZA 4A3UA 3QSTA 3USBA 5CG7A 2JBMA 3I68A 2BZNA 2QCDA 1JCNA 1GOXA 3M5YA 4JX4A 1SO3A 3BG5A 3EXRA 3PM6A 1RV8A 3TMQA 4GUHA 1S5WA 1LOQA 2CZDA 1FDJA 3FLUA 5HJLA 3T4CA 3CTLA 4WJEA 2CU0A 2Z6JA 1JQXA 3FEMA 1U83A 4LTSA 4AVFA 4CNOA 2B4GA 4ALDA 5CPNA 4MZYA 2E77A 1F7BA 2GVGA 1Z42A 3NA8A 1TQXA 3EX3A 4EVZA 1FWWA 5EBUA 4JYFA 1TV7A 2YZRA 1C8VA 3FIGA 3G1FA 3H55A 4ZQPA 2C0AA 3BGGA 2XN0A 2V30A 3PY2A 1I45A 3IVUA 5C6MA 3B05A 1DHPA 4N9DA 1DJQA 1XBXA 3KRUA 1AL7A 5CSSA 1XDLA 2ZBTA 1CW2A 5K9XA 3UZ5A 4NJKA 1GYLA 1IXOA 1LCOA 3W07A 4NX5A 2A4AA 4X22A 3TW6A 3UWWA 4JYEA 1T96A 3FJ6A 3NQ6A 4MYAA 5G2IA 2PRMA 4DF0A 1MEIA 1MO0A 3B0VC 2R14A 4GJ1A 3FKKA 5KZDA 3VE9A 3W23A 4OV9A 2ZZ3A 4O10A 4JTSA 1N8FA 5DN1A 3G1VA 4XKYB 3PBVA 3DFPA 3TIMA 4YCPA 2QCLA 3E96A 3PUDA 3GXTA 3DKLA 5EY5A 2ZZ1A 3IEBA 3W75A 1OFRA 2ZZ6A 4JTLA 2DJLA 1SO4A 2F84A 2GJNA 2TPSA 4MIMA 5D2WA 3TK7A 4JTEA 5LNRA 3S5ZA 1W8SA 1R2RA 1Q6OA 4A2RA 5TQLA 3LTYA 1SO5A 2VENA 1K8YA 4JEQA 3GB6A 5AHIA 2W0UA 1N7KA 3FS2A 2Y7EA 1RPXA 3M44A 3C52A 4QITA 4XKYA 1TO3A 2ZQ0A 1NF7A 4IMDA 5D2YA 3MI6A 1WXJA 4Y96A 2FLIA 3TQKA 1ADOA 3BG9A 1JCXA 3RF9A 4ZQCA 4Z0SA 3W86A 3EX1A 4X2RA 3LGEA 3A5FA 3RK8A 5E93A 3S1UA 1SZNA 4JIPA 5LNSA 4LUIA 1MZHA 1LM1A 2ISWA 1HFBA 3W1RA 2DP3A 1GVRA 2EHHA 1LBMA 3OVPA 1OFBA 1VYSX 2V5LA 4M6QA 4Q33A 4JTHA 1KTCA 4DO5A 4JYDA 1QCWA 1M6JA 3G1HA 1DQWA 1OX5A 3IVSA 4N02A 1QPQA 4GC4A 3W7IA 1YTEA 3C2VA 5CGQA 2A5HA 2YW4A 1XBZA 2F7FA 4NUWA 1I2OA 4G1KA 4H4IA 1HO1A 1B4EA 5U7SA 2XFWA 4S2BA 1DORA 4UXDA 4BI6A 3S5YA 1C29A 1LRQA 1SZEA 4RXGA 3EX6A 4MKNA 5KTLA 3QEZA 3GDMA 3LXCA 3RMJA 2WSQA 1GVQA 2E6YA 5F2IA 5BOOA 3GR7A 4BWLA 3HJZA 3N2XA 2DZWA 3LOTA 3M16A 4UTUA 2FFCA 4JTUA 4RKAA 4N6FA 1NVMA 1ZY9A 4FX8A 3TDFA 1JRCA 1EUAA 3PBYA 4HNTA 4MLJA 2AQWA 2ATMA 2BSLA 3E49A 1EWEA 3S1VA 2QCCA 5I3FA 2ZRYA 4O53A 1O4UA 3N9SA 3CLMA 4GUFA 1VPXA 5AHFA 3GR8A 1WQ5A 4YWIA 1P0NA 4UCGA 3WJWA 3UPWA 1KM3A 1YADA 4UNLA 1SW7A 1WX0A 2A1YA 3QYQA 1SO6A 3DFQA 3W2MA 1RVGA 3T40A 4WZHA 5DY2A 2LLEA 1ME9A 4K37A 1SSGA 2B0MA 2BXVA 2QR6A 2HMCA 3M0ZA 2PRLA 1JJKA 2NZLA 3NQAA 4JN6A 1K03A 4JX5A 3MHFA 1TB3A 1JUKA 1YYAA 5E1QA 3P80A 1OJXA 3NVTA 3YPIA 3ATYA 2QDHA 4O54A 3CEUA 1RQBA 4QNWA 3HGSA 4NQ1A 3SI9A 4K6AA 1EX5A 4JNMA 1LZOA 2Q3RA 1T0OA 4JTFA 4M19A 5HMSA 2YXGA 3TC6A 5AHNA 2CLFA 2FB2A 3V75A 2ALDA 4WQ6A 1H7OA 1AK5A 2A85A 3MI3A 1TCDA 4QAIA 4FNRA 1NFBA 3G0XA 3Q37A 1T99A 1UUOA 5AN7A 3SSJA 3FYOA 3W7RA 3UWZA 3QQ0A 2C14A 4UFIA 4AEOA 2A6LA 2WNZA 3O16A 4IJBA 4MPQA 1OK6A 3TC7A 2Q8LA 1PV8A 4UTKA 3LBMA 1TJRA 3EEGA 4LVBA 4UTWC 3QC3A 1KFKA 2OMAA 4DEFA 3LCGA 3R8RA 5IM51 3PG8A 1GG0A 4C1KA 1G4EA 4PTNA 1W56A 2E5BA 2QAFA 1VLIA 5DLCA 4NJHA 2P0OA 3THQA 4IGHA 5TIMA 3HPXA 1LTDA 1RQHA 1LLWA 4N9CA 5C54A 1F6KA 1I2RA 2WOQA 3OHIA 1YDOA 4N4QA 1AW5A 4OT7A 2E6DA 3IRDA 1IGSA 5G4EA 3I7SA 5D05A 1TPH1 3PB2A 6ALDA 1PL9A 3EXTA 1HL2A 5F4SA 3N3MA 1NF0A 4HN4A 1VJIA 2YFOA 3MMTA 2DZUA 2X1UA 4Y9AA 4WX2A 3C2EA 1DL3A 4ADTA 3L5LA 4LV9A 2DJXA 1Q6RA 4Q4KA 1TPEA 3ANYA 1FCBA 2C6QA 1J5TA 2ZTKA 1W3TA 1ZFJA 4LNYA 1YXDA 5HINA 4UMAA 2QCHA 5E0KA 3W2UA 4HNNA 3WJSA 4AAJA 1OYBA 5LZLA 5AFDA 1K7XA 2JKPA 3O06A 2CLIA 2ZA1A 1IIHA 5EYWA 4E0CA 4ZVJA 4AF0B 1R46A 2VEKA 2YYTA 2R8WA 3E02A 3GDLA 2QEZA 1OYAA 2VC6A 4YL2A 4LRTA 3NQGA 4MY9A 1EA0A 1JCLA 3F1QA 1TTQA 3HO8A 3W1NA 1DKWA 1OF8A 3W2LA 1FWSA 4GRSA 1QO5A 4M6PA 1TSIA 5EA9A 2X1SA 1EB3A 2XN1A 3L5AA 1D3GA 3EXSA 2CZ5A 1W5QA 3TNOA 3DFNA 2QKFA 3P8IA 1X1OA 3C4UA 2EGZA 4LY8A 4O1DA 1TREA 4S2CA 2VFEA 4XBKA 3TXZA 3C0JA 1W3IA 4TR9A 3OA3A 1GVSA 4DBDA 4Z0JA 4OV4A 4U28A 3VNDA 1Q6LA 2E6AA 3W3OA 3UYCA 1Z48A 5TBOA 4O18A 4K36A 2QCNA 3EWYA 4XZ9A 4LS2A 5AOUA 1WA3A 3HPSA 3TSBA 5K9CA 3O1NA 2ABAA 3UXAA 4O12A 5FI8A 3O6CA 1W5OA 2ZRUA 3LRMA 1XI3A 3M6YA 3DZ1A 1OX4B 1RD5A 1H5YA 3QJAA 4QQ3A 4DBEA 1KFBA 4MFEA 2VEPA 5AHMA 1OYCA 4RV8A 4IUOA 4IMCA 2VFDA 3IIVA 1PHQA 4A29A 1TV8A 1TTIA 2RKXA 5C55A 3RU6A 1GWJA 3QRHA 5KITA 2Q3OA 2VFFA 3W2JA 4ADSA 4RJEA 2YSWA 3TUUA 2WV8A 4NX0A 1OX4A 3MO7A 1YDNA 5KMYA 4IOTA 3STEA 2NUWA 1VHCA 3OVQA 5DXYA 3WJXA 5DXXA 3W6YA 1YTKA 3GAYA 4IXHA 3NQMA 2GQAA 1K3UA 1ONRA 4LWWA 1LRNA 1TYGA 4AHPA 3TSDA 4I7UA 3PVFA 3A23A 2QCEA 3MHGA 4O14A 2GPTA 2CFFA 2NX3A 1ME8A 1PCWA 4GXMA 3M5VA 4CQ8A 3O05A 1H61A 2TMDA 1H7XA 5D2XA 1DOSA 1A5SA 3NPVA 4JTIA 3KAOA 1QPNA 3GYEA 3LCWA 2J24A 3A22A 3P62A 4M6VA 3WK0A 1VQTA 4UR8A 1G7VA 1PCKA 4O4VA 2QCFA 4CQ9A 4RLIA 1H51A 3JS3A 4PCFA 4QNEA 1TV5A 2WSRA 4L4LA 3DU0A 2TSYA 4MFDA 1VR6A 1KM6A 2B7OA 2RFGA 3BW2A 4GE8A 3MYOA 1L6SA 3L2IA 4HNUA 5AYYA 1SSDA 3GDRA 3O6DA 1LBFA 2NX1A 3STFA 1MEHA 3R89A 5DCEA 1D3HA 5BNKA 3TSMA 4QIUA 3I7RA 3NQ7A 1XBVA 2NXIA 3ABQA 3W2NA 1UJPA 1M7OA 3MWAA 5IBXA 3L9CA 1TRIA 3KVLA 4KFPA 1PVNA 4DF1A 3N19B 1SQ7A 4O19A 4GUGA 3DHFA 4IX0A 1VZWA 2WO5A 2GOUA 3DFOA 3TJLA 1SZFA 3FKRA 4O8RA 4TO8A 5H91A 2DZTA 2VELA 2FDSA 3MYPA 2I9EA 2VFIA 2BLEA 1W5PA 1SPQA 2FPYA 3QMSA 5CZSA 3B06A 1WAUA 3QW3A 1F5ZA 1XKYA 5DBUA 2PCQA 3HMJG 3AO0A 4JR5A 2PURA 2ZRXA 4M7TA 1RR2A 5AB3A 3DHDA 4FIRA 1VHNA 2QUVA 3S5NA 2ZRVA 1GJPA 5FF0A 5DCBA 4JICA 1H1ZA 1LOLA 3TV8A 5I3HA 1A53A 4PEKA 3B8DA 3MJYA 1BWKA 1B4KA 1FCUA 4FEZA 4UTIA 5HULA 3P74A 4HSNA 3CT7A 3S42A 1QMLA 1YLVA 1DVJA 2J88A 4I7VA 3L66A 3UWUA 8TIMA 4JTJA 4WUIA 3W7PA 1GTHA 4A2SA 4S1FA 3W1TA 3SW6A 4DO6A 1TPDA 4Y90A 2GJLA 2ZZ2A 3UY8A 1L9WA 3A9IA 4EIVA 2EPHA 3HGOA 3VCRA 1ML1A 1A5AA 3SFKA 1BKSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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