5FF0A

Hyde from t. maritima in complex with s-adenosyl-l-cysteine and methionine
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
total genus 145
structure length 346
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ff0A00
3M44A 2B7NA 5U4NA 1OHLA 1WBHA 1D3GA 3AJXA 3BPWA 1XC4A 4FXRA 3SY5A 5FEWA 4O28A 1HO4A 1VPXA 2KZHA 1VGAA 1VQTA 2V5LA 5KZMA 3C4UA 3NQVA 1W3IA 3UD6A 1H62A 2WPBA 3DFNA 3S5YA 3G1VA 4HSNA 5AHEA 4ZQPA 3G1FA 1T99A 1JUEA 4FIQA 3VKJA 4PH6A 3LRMA 4K8HA 1KFBA 4ZVJA 4RR4A 2I1OA 3W2LA 2VFFA 3EB2A 4JYEA 2WNQA 2NX9A 1TSIA 3L65A 2C1HA 2V5BA 1WAUA 5AC7A 4Q33A 3GYEA 1LOSA 4UCGA 1HO1A 1AK5A 4WXZA 1SZEA 1FQ0A 4MKNA 4EWND 2QJGA 4LVDA 3LM7A 2YFOA 4O54A 4RJEA 2NXIA 2EKCA 4QSHA 3IVTA 4H3DA 3OVPA 1QDSA 4H6KA 2TSYA 1EPXA 1TPEA 3LI0A 2A2IA 3VI2A 3NGJA 4JXCA 2GVLA 3RNDA 1GYLA 3V1PA 1SW0A 4JTEA 3M7WA 2PRMA 3H53A 3NPUA 3F4WA 3GXNA 3T7VA 3B05A 1VYPX 3L5AA 3MP5A 1JCYA 4JDYA 3ATYA 4JYFA 3RK8A 2TMDA 1DL3A 1LRQA 3TA6A 4S2CA 2Q8ZA 1LYXA 4TMBA 4UFJA 1A5AA 3QC3A 2YYUA 5DCDA 3KVJA 2EGZA 2H3DA 2LLEA 3W1QA 3HB9A 1P1XA 1F6PA 2X30A 4H4IA 2CU0A 3LV5A 2QAFA 4KWWA 1AW5A 4TU1A 4K37A 2DZPA 4LUIA 3M16A 1QPNA 4Y96A 3EXRA 4U28A 2Y70A 3C61A 3O1NA 1JCLA 3G1YA 3PF3A 3T4CA 6ALDA 1K8YA 3TAKA 4K8EA 1LDCA 1WBJA 3QQ1A 4Z1AA 3KRSA 4DPQA 4O8RA 5LNRA 4N6FA 1M6JA 1ZJIA 3C2OA 4TIMA 3W7NA 2V2HA 3CWOX 3EWBX 1B4EA 2CWNA 3PULA 3C6CA 2VFEA 4O0KA 3P62A 5C6MA 4M6PA 4HIBA 1SSDA 1TQXA 3MW7A 5HJLA 1DQWA 2Y61A 1PCKA 4K36A 1EP3A 1W56A 4O19A 4JTHA 2R94A 4LT9A 1OJXA 2VFDA 2C16A 3W2JA 3A22A 2OCZA 4I7UA 1H60A 1MXSA 4E2DA 1JCJA 1MEIA 2Y62A 4CQ8A 5L9FA 1XUUA 3NQCA 1EEPA 4RCXA 4XQ6A 3LCFA 3RU6A 4ZMGA 5D33A 1QOPA 3DFQA 4GWEA 1DVJA 4O50A 3TMQA 2VC6A 3CIWA 5FEXA 1FWSA 4IMEA 4WOZA 4NZJA 2QCFA 2P1FA 4O15A 4QNWA 1TB3A 3GB6A 1MO0A 4FX7A 1XFBA 4JDBA 5AYZA 4QM1A 1ME9A 1W8SA 1G4EA 3GK0A 3MYOA 2C0AA 4RLIA 1ONRA 3A9IA 4FX6M 3HPSA 4W9TA 1P5BA 2E6YA 3LTSA 4Q4KA 2CLKA 1KM6A 1W3NA 2YFNA 3HPXA 1AW1A 2ZZ2A 1H1YA 5DXXA 3D0CA 4UFHA 3UWQA 4JTSA 3U6WA 4YCPA 3NQ7A 4GNJA 5HQEA 3C2RA 2GOUA 1TO3A 3M6YA 3PUDA 1O95A 1X1OA 3FFSA 3W1UA 3S5ZA 4UR7A 2DZVA 3NQ6A 2YXGA 2YZRA 3VE7A 1R30A 4FXSA 3GXTA 5F4WA 4ALDA 1H63A 1RPXA 1SO4A 3BLIA 4FB7A 2ZBTA 4JTJA 4N9DA 5KINA 1PV8A 4MZ8A 3UY8A 1KFEA 3LHYA 5G4EA 1XKYA 1VCGA 3EX2A 3B03A 3ELFA 3DU0A 3PS7A 1ZENA 4MY1A 4LV4A 2NXGA 3W84A 1WYIA 3GX9A 3QSTA 3CU2A 4TX9A 1TMHA 2YCEA 3MJYA 1B9BA 1KLZA 4FNSA 1DHPA 3DXIA 3P60A 2V0TA 3PB0A 2E77A 2ATSA 5G4WA 1Z48A 3QF0A 1ZALA 1NEYA 3DAQA 5DCEA 2ALDA 2ZA1A 2H8ZA 1NF0A 3G0XA 3GDRA 3NA8A 1TTJA 1EUNA 2R8WA 2B7QA 2H6RA 5EYWA 1EA0A 3KVKA 2YGYA 3R5EA 4JS3A 3BW3A 3K30A 3DHFA 3VE9A 3W2KA 3L66A 2BX7A 2X16A 2CLIA 1SO5A 3QMTA 3IGSA 1UB3A 3LX9A 5HNRA 4X2RA 5G1YA 1TPDA 1FUYA 3UWVA 1QPQA 1Y0EA 4YL2A 3H55A 5DY2A 3SR7A 2Z6IA 1R46A 1G69A 4ONVA 4HNVA 5FF4A 3NPWA 5CPNA 3W7DA 3KVMA 2JKAA 1N8FA 4O52A 2FPVA 4N4QA 3LCXA 3I6RA 4R53A 1O5KA 3P7YA 3QQ0A 2Y7EA 2V2DA 1YLVA 3NM1A 4Y90A 5CZ0A 2G95A 2W0UA 2P0OA 5D2TA 4AMAA 3DFTA 4MY9A 1GVRA 1UASA 2CLMA 2DU2A 1A53A 2BZNA 2E09A 3KAOA 1TTQA 1OFBA 3FJLA 4CNOA 3TR2A 1KBJA 1QFEA 4ML9A 3PG8A 3C3NA 2XFWA 2Y88A 3GDTA 3UQNA 4JTKA 4LC6A 4EF8A 2YW3A 2PC4A 3STGA 4O0ZA 3MP4A 1X1ZA 3SZ8A 4O17A 3C0JA 4MPQA 2BSLA 4PODA 2R91A 3FLUA 4FNRA 2Q3OA 3OVRA 2E5CA 5D32A 4XKYA 1NFBA 4GC4A 3B0UX 2DZXA 5KZDA 1QNVA 1XBXA 3PSVA 3Q2DA 2V82A 1V7YA 2QUUA 3S6DA 1Z41A 4LW7A 4JYDA 3WK2A 2A5HA 2CLFA 4IPJA 1JUBA 2FB2A 3IIVA 4PEKA 5D02A 3WK0A 2DJXA 5A8GA 3THQA 3DFSA 4DF2A 3M41A 1G6CA 1XL9A 1LLZA 8TIMA 4UTTA 5KTLA 4N9EA 2QKFA 1JR1A 4NJJA 3MHUA 4OE7A 2V2CA 1H7PA 3RF9A 3G1XA 5EY5A 1GVSA 3TC7A 4AH7A 3DFPA 1QAPA 3BG3A 1KBIA 2EAWA 1R2TA 3STEA 1QOQA 2JGQA 2ZRZA 5K9CA 5D04C 2E5DA 2TRSA 4YCOA 1BEUA 1TV7A 3MI2A 2ZZ5A 2ZA3A 1SFLA 2DORA 3ZR4A 4QJ1A 3NXFA 3PM6A 5AYXA 3GR8A 1OABA 3W1TA 4WY0A 5AOUA 3UXAA 3W7HA 2HS6A 3P5ZA 3QSRA 4UR8A 3W3OA 3W7MA 5G2HA 3TFCA 2B7OA 4TMCA 3NG3A 3W85A 2QCDA 2AAMA 3CTLA 5KZEA 3IVUA 3P81A 3KHJA 1TCDA 3C52A 2QCNA 1TPC1 5GVJA 2E6AA 3N2XA 4L4MA 3CM4A 1UUOA 4HNTA 2ZRWA 1TPUA 2J24A 1AG1O 3FYOA 2NUXA 1TREA 4LVFA 2VFGA 3W1RA 2Y7FA 4K39A 5D03A 4JICA 2RDWA 3DENA 4ORMA 1QPRA 3ABOA 1GEQA 2WNNA 3QM3A 3MHGA 5DBUA 5A5WA 5E1QA 4WX2A 1H7OA 2X1RA 3W1LA 4JY8A 5I3IA 4LU0A 3WJSA 4Z1CA 4M6VA 3T78A 2RDUA 2WSYA 4LTSA 1IF2A 3M43A 3W1XA 3T40A 1YDNA 3QW4B 3E9AA 3PC0A 1X8FA 2QCHA 4N02A 4ZQRA 1YXCA 5F4SA 4AF0A 4PFMA 4DF0A 1TJPA 2NV2A 2VEMA 3NEVA 4DO4A 5C2XA 5EPDA 3LLFA 1A50A 1JCNA 2J9ZA 1JRBA 1L6WA 1F6KA 3V75A 1FY6A 1J5TA 2FPTA 1JJKA 4IUOA 1DJNA 1XCFA 5FESA 4FNUA 2ZFAA 3EXSA 3P80A 4IXXA 4UFIA 4RK8A 1ME8A 3Q58A 3PY2A 3GKFA 4UXDA 3L0GA 1H61A 4MOZA 1IIGA 1LBLA 1NVMA 3M1ZA 1I2QA 3WFAA 1TTPA 3HG5A 1G4SA 4XKYB 3UY7A 4HNNA 4O18A 2QF7A 3PBYA 2PCQA 3E02A 1H5YA 1AL8A 3IVSA 4JNMA 1FWNA 4BWLC 1Q3NA 3LBMA 3PB2A 5I3KA 2PURA 2H3BA 3TSBA 1KV8A 1WXJA 4RZ6A 3TXZA 1FCQA 4CQ9A 1W5QA 3RMJA 4UTWC 4DQWA 1RV8A 2JK2A 4XZ9A 5EL1A 1ZAJA 5BOOA 4XUGA 2WOQA 3B4UA 4Z1DA 3RLUA 1H7RA 1NSJA 4QNEA 1GPWA 4UC5A 3P5YA 3W2MA 3N9SA 5CPMA 3LLDA 1OFQA 4PCFA 5AHMA 1EWEA 2P10A 3VNDA 4WXYA 4DELA 4AWSA 3W71A 4MZYA 2BTMA 5EA9A 1RD5A 2QCEA 5DCBA 1DOSA 3BG5A 3LGEA 3N73A 1TPFA 3NPVA 4AXKA 1VH7A 2VOMA 5T26A 3TJLA 1TTIA 2VEIA 2HS8A 4JY9A 3W7RA 4GUHA 4M7SA 2DZUA 2FQIA 1HUVA 3A5FA 1I45A 3AO0A 4HPXA 3VCRA 2YW4A 3S5OA 3NL2A 5EKYA 4WY0B 5K3VA 1GG1A 2XN1A 2VFHA 3QW3A 4HPJA 1S5TA 5EMUA 2QCDB 4DO5A 2E68A 4AHQA 4MUZA 3RLVA 3HQ1A 1A5SA 1PL9A 5F4XA 3L5LA 3STCA 2OMAA 3IIPA 4NQ1A 3UWWA 5D09A 2VKZG 3LRLA 1DBTA 1K03A 1WOAA 3W76A 1ZCOA 2NX1A 1L6SA 1LCOA 3PG9A 5CGQA 3KFTA 3IGUA 1M7OA 2BWGA 3TIMA 3FOKA 1BWLA 3L68A 3W88A 4JR5A 1KM1A 3ATZA 1WDWA 3MMTA 1KFKA 1GTEA 1B3OA 3EWUA 5KSWA 1CX9A 2ZDRA 4UIOA 1FCVA 3B8DA 3QMSA 4OT7A 4CQAA 3G8RA 3EEGA 4LS1A 1GG0A 4BWLA 4E38A 1SQ7A 4Z0JA 3LERA 4GRSA 2QCGA 2RH9A 4FEZA 1FXPA 4UTWA 1H1ZA 3A24A 4C1LA 3GAYA 5TBOA 4NNAA 3G0SA 2X1UA 3O05A 5AHFA 4IX2A 1AMKA 1ADOA 1R2RA 2YSWA 4BI7A 4NX0A 2Y7GA 3WJXA 3G1AA 3W72A 1H51A 5KMYA 1GJPA 3LXBA 5D2VA 3L5MA 5G5IA 3WK1A 4QITA 5CZJA 3ZWSA 3FYPA 1LM1A 1VHCA 3SJ3A 5F2IA 2B0MA 3OVQA 2ZYFA 3CLMA 1H50A 3DGRA 3WJWA 1RR2A 1SU5A 4YXGA 1TV8A 1HFBA 2QCCA 4K7YA 2HSAA 4J9JA 3Q94A 3EWZA 1KFLA 2J9XA 3ZFHA 4AB4A 6TIMA 1SR9A 3IRDA 3NQ2A 3W2UA 1LROA 2ISSA 5HWNA 1K8XA 4BI6A 4MYXA 1ICPA 5LZLA 3LXAA 3R89A 4FF7A 3NDOA 1NF7A 4ZQOA 1MEWA 1GYNA 4B5NA 5J5DA 1PVNA 3BARA 1Z42A 2NX3A 5CPLA 2ISWA 3S8HA 4EVZA 1VYSX 2GJLA 4Y6GA 4OU1A 3WJZA 1AW2A 4FX8A 4JX4A 2ZZ3A 3GVGA 4MVAA 4M7TA 4RX0A 4LY8A 3SI9A 5G1TA 3GKAA 2ZCGA 3ABSA 3SIZA 2DZTA 3MWAA 3W87A 2GQAA 2A7PA 4LC8A 3LBCA 4S2BA 1OVDA 1X6UA 5H91A 3GLCA 3N9RA 3HGJA 2OX1A 3TJXA 3G1DA 4NX5A 3NZRA 3E49A 2RFGA 4ZZ9A 4UMAA 1IIHA 2VFIA 1DQXA 2IQTA 5G2IA 3PR2A 1JCXA 3DI0A 4P2VA 1XXXA 2EHHA 3O6DA 3IGXA 4CCEA 1FDYA 5AHIA 2Y63A 3P82A 3EWWA 1X7FA 1EIXA 3C2EA 4RXGA 2E5BA 2FPYA 3LCLA 4JN6A 4O10A 3LCHA 4OV4A 1EWDA 3GR7A 1QMLA 4TO8A 3P84A 2AQWA 3LV6A 3PBWA 1Q6RA 4O53A 4I7VA 2ABAA 2DP3A 1XDLA 1H7XA 5K2ZA 3IV3A 4ZL1A 1TIMA 4IMFA 1OK4A 3O63A 5IM51 3CEUA 1TRIA 4IGHA 3TSDA 4N4PA 4ADUA 1SZGA 1VHNA 4KFPA 4AVFA 1ICQA 5HULA 3HG4A 2EPHA 1LBMA 2WSRA 1KM3A 2V9DA 1QR7A 3W7CA 2AGKA 3DFOA 5FF2A 3TX9A 3W7OA 5F1VA 4WZHA 3QEZA 3L0NA 3PUOA 3CQ0A 1I2RA 4DXVA 1B4KA 1O5XA 3EXTA 2ISVA 3G8EA 4N2YA 5BRBA 1LP6A 1MSSA 3C8FA 2HTMA 3IEBA 1E51A 1FCBA 4NVTA 4R33A 4DEFA 3S0CA 1P4CA 5HWMA 1H7WA 1W5NA 1RQEA 4O1DA 1FCUA 5BMWA 4P61A 4GUGA 5LNVA 3NOEA 2OJPA 4NJKA 4ZQMA 4IXHA 3CB8A 4OBTA 3FKRA 1KTNA 5DLCA 1OFPA 2BLEA 1W3TA 3G3MA 1H7NA 3W73A 1GVQA 1KFCA 5LNSA 4GE8A 3S1WA 3INPA 5LNUA 2DZSA 3NYZA 4XBSA 1JVNA 4DBDA 3LCWA 3W7PA 1PHWA 1Q6OA 1O4UA 2FDSA 3G0UA 1U5JA 2CZFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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