5GNYA

The structure of wt bgl6
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
448
structure length
448
Chain Sequence
SYRFPEGFLWGAATAAYQIEGSSMADGAGESIWDRFSHTPGNMKDGDTGDVACDHYNRWREDIELMKRLNLQAYRFSVSWSRVIPQGRGAINPKGLAFYDRLVDGLLEAGIEPLATLYHWDLPAALDDRGGWLNPDIADWFADYGQVLFEKFKGRVKTWGTINEPWVIVDGGYLHGALAPGHRSAYEAVIAGHNVLRAHGAAVRRFREVGEGQIGIVLNIEPKYPASDKPEDEAARRRAEAQMNRWFLDPLMGRGYPEELTDVYGAAWREFPKEDFELIAEPTDWMGLNWYTRAVPENAPDAWPTRSRPVRQTQHAHTETGWEVYPPALTDTLVWLSEQTGGKLPLMVTENGSAWYDPPHAIDGRIHDPMRVHYLQTHIKALHDAIGKGVDLRGYMAWSLLDNLEWSLGYSKRFGIVHVNFATQERTIKDSGLLYAEVIKTHGDVLNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structures of a glucose-tolerant beta-glucosidase provide insights into its mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Metagenome
total genus 176
structure length 448
sequence length 448
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2016-07-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5gnyA00
1CPUA 1W1VA 1PX3A 4V28A 4RL3A 4S3JA 4UZUA 2ZX7A 4AEEA 1AMYA 2DT1A 3NYDA 3VMNA 1HKIA 4LGXA 2EPOA 1MW3A 1EQPA 1ESWA 3SIMA 4B3KA 1V6UA 2VMFA 1Q6EA 2CHNA 1C92A 4DWSB 4TTGA 5A2AA 1GNXA 2C0HA 1QHZA 4UOQA 1BVNP 2PWGA 1JZ8A 4N42A 2VC9A 1GOMA 1KR1A 5A6SA 4W5UA 3WENA 3VGDA 2WLYA 3MU7A 4CN4A 2VZVA 3L4ZA 1E70M 2CYGA 1NOFA 1MXDA 3L4TA 1HJSA 2BS9A 2OYMA 4OBRA 3KZSA 5IHSA 1OB0A 5A8NA 2J7EA 3VIPA 3PZ9A 4J3XA 1QW9A 1KCLA 1XYZA 2QMJA 1GOWA 4D6EA 1VRXA 3MMWA 1E9LA 1KQZA 4Z2JA 2YOCA 1EGZA 2CERA 2ZXQA 1UD6A 1TE1A 5E0FA 1TUXA 2D23A 3MUAA 2ZUUA 5BXRA 4BQ4A 1LL6A 2ZX6A 3ARWA 3WMSA 2ESCA 5E0CA 3PN8A 3SCNA 4IISA 4MNKA 4UCFA 2FDMA 1UHVA 1QNQA 4DM1A 3OLGA 1CXFA 1HL8A 3SURA 1WO2A 2WAGA 4PMNA 1V3KA 2C8NA 5I24A 4M81A 1BYAA 3DYOA 1EDTA 4MJ2A 3G6LA 1E0XA 3F5KA 1B30A 1E6ZA 5TD4A 3RIKA 1W9DM 1JZ5A 2O9TA 1UR0A 4JFVA 4W89A 2XM1A 1QI5A 1JAEA 1O7AA 2Y8VA 1XH0A 4DWSC 2YKKA 3QHOA 3APGA 5A8MA 2WHLA 2F8QA 1LG1A 3EMZA 5A6BD 3WY1A 2GDVA 1KGXA 1D7FA 1ZBCA 1E43A 1JIBA 4BQ5A 1CYGA 2GFTA 3VU2A 4PMRA 5DO8A 4MNJA 4PBGA 4C7GA 4BQ2A 3AYSA 1PEZA 3WD4A 3WL0A 1E6SM 3IK2A 2F2HA 2BFGA 2DT0A 1DWIM 1YHTA 4PMXA 4K68A 4TTUA 3IJ7A 3N18A 4UOZA 4GQRA 1NOWA 6TAAA 3RM8A 3MV11 3VIMA 4ZE5A 3WF1A 2BNJA 3VIOA 3OGRA 1V03A 3ARZA 2GSJA 1VBUA 2O9PA 2BXZA 5EFFA 5A6AA 3UCQA 3CZLA 1GOKA 1FA2A 1VAHA 5CPTA 1ZU8A 1QNOA 1W2VA 1H3GA 4E2OA 3CUFA 1U30A 2DQXA 4UZSA 2XJ7A 4RE2A 2XTKA 1VFMA 1KXVA 1TA3A 2AAAA 1MWOA 2A3CA 1W9XA 2ZXDA 2YDQA 4BQ3A 1UKQA 1UD2A 3PZNA 1OIMA 1RD6A 2OSWA 3WF2A 1EHNA 4PTMA 4IPNB 2A3AA 4U33A 2CEQA 4R5EA 1CGYA 3K8MA 2G3NA 3WH9A 4ACYA 1EO7A 4BF7A 4M8UA 2EPMX 2XM2A 3ARVA 1CZ1A 3O2LA 4TX8A 5E6ZA 3N17A 3NSNA 4QCEA 2WKLA 4H2CA 2CBVA 4CD6A 3VIHA 4AY1A 5D8WA 2D2OA 4J3VA 4PUDA 3AQUA 4GZJA 2VUYA 3IANA 3QHNA 5ABFA 1NWRA 4D1IA 3WDQA 3EDKA 2XYLA 2D24A 1C91A 2D20A 4OOZA 4D6CA 1MXGA 1WE5A 1A3HA 3AHVA 4PMZA 1QI2A 4CU7A 3TTQA 1HKMA 4QCFA 4BS0A 1XC6A 2OSXA 2J25A 1CXKA 1O6IA 3CUGA 1VIWA 5ABGA 1MQRA 1J0KA 1V6YA 2CIPA 3VIIA 1W2PA 1FFQA 2BY1A 3VNYA 3N9KA 3ZO9A 3PZVA 3A3HA 4JFTA 2VZSA 1VENA 4WLCA 1OGGA 2QPUA 2G3JA 4H8VA 1NP0A 1NWSA 2V3FA 5M5DA 4IPLA 1KB3A 3LMYA 1H2JA 5AYIA 1CLXA 1B2YA 2E9MA 2A3HA 1UD3A 4P7OA 5CPQA 3D5HA 5DMYA 2W61A 3VM5A 1JXKA 8CGTA 5IXEA 1UYQA 1US2A 4OOUA 1KBBA 1KGUA 5BCAA 2BV9A 4CUCA 2B31A 2VQUA 3CIVA 1SMDA 2XFFA 3ZR5A 2Y8KA 5CQ1A 2X0YA 4F9JA 1OIFA 2GJXA 1PBGA 1H0IA 3GNRA 3SCUA 4XB3A 4U2YA 2W92A 4KH2A 3M7SA 4P8UA 4PMDA 2WZEA 3RJYA 3WF3A 2UY5A 1ZL1A 1Q6CA 4CN6A 2ZXAA 1ZJAA 1B9ZA 1JG9A 5JUVA 4TVDA 1CDGA 2WMHA 3FAWA 3MUZ1 2YL8A 5C70A 4URIA 5BWFA 4AIOA 1JFXA 5D9OA 5A6JA 2EQDA 2YA2A 5JIWA 3I3DA 1JZ3A 1WKYA 4W85A 1FHLA 1JZ6A 1ISWA 1LWJA 3BCDA 2J78A 5CJ5A 3W27A 4AZCA 4CD4A 2BVTA 4ZEPA 4GPNA 4MDPA 1UQYA 1QVBA 2WB5A 4P8WA 5D9MA 5I0DA 3O9NA 4P7RA 4MB3A 1UKPA 3U7BA 2WC3A 5DT7A 5EMYA 5AYBA 4F8XA 2XVNA 1V3HA 3AI0A 2W5FA 3ZQ9A 3EMQA 3SUUA 3BMVA 3TTOA 1VB9A 3GNPA 1UD4A 1ITXA 1GORA 4A4AA 4H8HA 1TA3B 1FP9A 1DWAM 1H11A 1ITCA 2QV4A 1WB0A 2GK1A 5D8ZA 3NDYA 3UG5A 3M07A 1W3KA 2G4FA 3W81A 4UFMA 3M46A 3T2PA 5JBFA 4JKKA 1XSKA 1PJ9A 1GVYA 1ODZA 2WCSA 1H0GA 3WEOA 2PBGA 1JZ2A 3NSXA 4M80A 2DH3A 2VRKA 2UY4A 2WK2A 4UFJA 1OT1A 4PSRA 3UR8A 4PTVA 2F61A 1ZJBA 3ZT6A 3EMCA 3VD9A 2CKSA 1IZKA 5IHRA 4JFWA 1C3FA 2WVUA 2YL9A 5ABEA 3GH7A 3U7VA 4YN5A 3SEPA 2G8ZA 5A3HA 3SCTA 3L4XA 3WFLA 5D9NA 5ABFB 1C8QA 3WD2A 4PMOA 5DT5A 4D6GA 5D4YA 5HOSA 1HIZA 5C71A 1BAGA 1JXJA 4FLOA 1XD0A 3DHPA 2YL6A 3F4VA 4CGTA 4LYQA 1GUVA 5CZKA 3WFZA 4ATLA 3AHXA 3BAWA 3AHTA 2PWFA 4PUEA 1E0VA 4D6JA 1G01A 1ZBKA 3AMKA 1D3CA 4LX4A 1JDAA 1UA7A 2VZUA 2WHKA 2GVYA 2O9RA 3OBAA 4HPHA 1GONA 2GUYA 3GH5A 4KWUA 3WEMA 1JF5A 2V5DA 1JI1A 2VR5A 1BQCA 1UKTA 1W9BM 2VOTA 3ARQA 4ML4A 1UOKA 3VGGA 1GQIA 5E70A 1IT0A 5GNZA 2OYLA 3TTSA 2J79A 1HJXA 3GYCA 4PCSA 2WCAA 3GXMA 4CU6A 1V6WA 4HMEA 5AC5A 1J0HA 3K8KA 1H1NA 4F9DA 4DWSD 1GJUA 4EE9A 1EQCA 4JKLA 4UFHA 1XH1A 2WHMA 3L2LA 3FHQA 3VGBA 2JE8A 4EANA 4JCLA 3AOFA 4WSKA 4J3TA 1V02A 3K4AA 1XSIA 1OSEA 5LA2A 4WSJA 1VJSA 2XGIA 4AD1A 5GNXA 1HVXA 3VDAA 4GINA 2W4XA 4JHOA 5CSYA 2WMGA 2VT0A 4OJYA 1C7TA 5JIPA 2WHJA 2G41A 2WW5A 1OT2A 1E73M 4AZGA 3BAJA 3B9AA 3AIQA 3T08A 5BXTA 1PAMA 4UQDA 2CXGA 1TFVA 1P6WA 3AIUA 1CIUA 3W6MA 3EDEA 3F5LA 4MB4A 2E0PA 2PWHA 3GTNA 2ZWYA 4P8VA 3PZGA 5JBEA 2TAAA 1V3IA 1UWUA 5HBFA 1EOKA 2FH8A 1PPIA 3ZIZA 3UG4A 3W26A 1KXTA 3HN3A 4Q22A 2YDSA 1W3HA 5E9AA 3FXYA 4Z2LA 3I3BA 2ZUVA 2PWDA 1LL4A 4UTFA 4W87A 4NRRA 1CGXA 1WP6A 1KCKA 4OBSA 1XRVA 1R7OA 1E1EA 4AZ7A 3AS0A 1UH2A 3NJ3A 1C7SA 3A47A 2QLYA 1WDQA 4FLSA 2J7BA 1C8YA 1FFRA 5A8QA 4W7UA 4PEEA 4HA3A 4HOZA 3AS3A 4WF7A 3CZ8A 1JNDA 5A6MA 1NH6A 1JDCA 1JYNA 5CLWA 1HKKA 4X9YA 4LQ1A 3BCFA 2XVKA 5A8OA 1UR1A 4MNLA 3WNLA 1UKOA 2Y2WA 4PTWA 2DSUA 1G9HA 2ZX9A 1ISZA 1L8NA 2YJQA 2DH2A 3GDBA 1V08A 1E3XA 3RILA 5A6LA 2IXVA 3DYMA 3MV01 3ZJ6A 3THCA 4HU8A 3AFBA 3WBAA 1Q6FA 5LA1A 4GO9A 1DWJM 4TVUA 1ODUA 2VURA 4RE3A 4EK7A 1NWTA 3GH4A 4A3YA 3VNZA 2VTFA 5FL0A 4BA0A 5GNYA 2NSXA 2WYSA 2XIIA 1WDPA 1LG2A 1XSJA 4PSPA 3AISA 1W9UA 3CPUA 3DHUA 4OUEA 2YIHA 3ZJKA 1GPFA 2UWFA 3T09A 1K9FA 4ATDA 2WSKA 3POCA 1UWSA 4B9ZA 3FHAA 1VFFA 3BLPX 1VBRA 3OLEA 2IXUA 3HMCA 3OIHA 2J77A 1VF8A 4W8LA 3OLDA 1UD5A 1FOBA 2W62A 2YLLA 3SUSA 1KWKA 4HTYA 2JF7A 1QNSA 3WUEA 4W7WA 4HZ6A 1HN1A 2E8ZA 2VCAA 1UR8A 4IUGA 4TOQA 3GXDA 5DFAA 4S3KA 3VD7A 2WZHA 4UFIA 4TX6A 1AQMA 2V3DA 3OB8A 3CZEA 4J27A 4WKHA 2ZX8A 3VKKA 4LPCA 3TA9A 2W67A 2EJ1A 1DWGM 2Y24A 1BYBA 3HJEA 2VRJA 2VVNA 2JIWA 3AS2A 3VIFA 4TUFA 1UKSA 5A2CA 2PC8A 1HF6A 3UG3A 3U5UA 3HU7A 3KL0A 2D0GA 5KEZA 2VRQA 1HJQA 5A2BA 1OM0A 3WNKA 4B15A 3W38A 2PF0A 1JFHA 4U3CA 1RP9A 4MPKA 3AS1A 4TXEA 4UQCA 4E4PA 1ISVA 3AMCA 2WPGA 4X0VA 4AD3A 4EAMA 1WPCA 1W1TA 2AMGA 1ZS2A 2VX6A 3DECA 3VVGA 4GI8A 1E4LA 1V0KA 4UQAA 2ZICA 4GI6A 2YLAA 3AIBA 1K6AA 5CG0A 3WH6A 1J01A 3CH9A 1J0IA 3UERA 4AD5A 2VJXA 1H5VA 3WDRA 1XHGA 4JL2A 1LF1A 1LJYA 3ARPA 2X1IA 4QDMA 2DPEA 3CZJA 4QLLA 2X8RA 1UZ4A 2W91A 3SCPA 3TP4A 4OIFA 2XFRA 3RPMA 3VIJA 5LA0A 2O92A 2RGLA 1DWFM 1M03A 3A4XA 1UZ1A 2NT1A 5FL1A 2VR4A 4CVUA 3WUBA 4W8AA 3PZOA 2XHYA 2GJPA 4B3LA 2WKGA 4ZXOA 4WJXA 1J10A 4R27A 4KGJA 4BCEA 4W7VA 3G6MA 1R7AA 3OLIA 2ZUMA 3GM8A 3N04A 3VILA 3VD5A 2Y5EA 4CD7A 3VIKA 2W63A 5FCZA 2VNCA 4LXFA 2VQTA 5BXSA 1E55A 1I1XA 3ARYA 4AD2A 3AZTA 2J74A 2XVPA 1TCMA 3VDCA 5GPRA 2FHBA 4PMVA 1LWHA 3CTTA 1TZ7A 1GJWA 2WWCA 3MUY1 1V0LA 3OG2A 1VFUA 2CPUA 1QHOA 3J7HA 4W5ZA 4JCMA 3WMBA 2CNCA 4JL1A 2NW0A 1R86A 3VGHA 3AXXA 1WNOA 5I23A 1TR1A 3BSHA 3A6OA 1A47A 3WDHA 2YDRA 5AC4A 1BYDA 2DSWA 3AICA 2CETA 2GDUA 2J8GA 5ABHA 2PWEA 4UNIA 4AD4A 1DWHM 1K9DA 1U33A 2OWXA 5KZ6A 1J0YA 1OGBA 2DSKA 3AZSA 3L4UA 1FH9A 5A8PA 4YHGA 3AZRA 1NOUA 3F5JA 1H4PA 4ZENA 1UUQA 3RM4A 5BROA 2JFEX 3EDFA 1E72M 3WDIA 4HMCA 1E5JA 3VIGA 1E71M 2G3IA 3ZJ8A 3UESA 2EO7A 3WQWA 2OYKA 2DDXA 4NSBA 4JHZA 2UY3A 2XSBA 4MNMA 1LQ0A 4AZ5A 3IJ8A 4Z2KA 1BTCA 3VX0A 3OZPA 2XVLA 1M7XA 2WVVA 3T0DA 4AWEA 1LL7A 3TOPA 1HNYA 4XV0A 2MANA 1MW0A 4UR9A 3U5YA 1WZMA 1Q6GA 1QBBA 3BLKA 3AYRA 2W66A 5CPSA 1BGAA 4JFSA 4MTVA 1UA3A 2VZOA 2CHOA 4KMQA 2VCCA 3PTMA 4U2ZA 2ZX5A 3T0AA 1QBAA 1WZLA 2Z1SA 3SCOA 3LPPA 1DTUA 3W6LA 2X0HA 1UR9A 4YHEA 1N82A 2WMIA 1M04A 2J7DA 5HNNA 4AXNA 1BYCA 4M56A 4GQQA 2DIEA 5I79A 4UQEA 3K1DA 1VJZA 2WWDA 1MQPA 4QAWA 1KXHA 1FH8A 1K9EA 3BAIA 1PZ2A 4J3SA 1CEOA 1KBKA 2DSZA 1SYTA 2E3ZA 4M82A 6CGTA 1W9PA 1GOQA 3WQ6A 3NUKA 3BH4A 2BVDA 3WQ4A 5JBDA 2WVSA 4KRTA 5FOOA 1JNEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CPU A;  1W1V A;  1PX3 A;  4V28 A;  4RL3 A;  4S3J A;  4UZU A;  2ZX7 A;  4AEE A;  1AMY A;  2DT1 A;  3NYD A;  3VMN A;  1HKI A;  4LGX A;  2EPO A;  1MW3 A;  1EQP A;  1ESW A;  3SIM A;  4B3K A;  1V6U A;  2VMF A;  1Q6E A;  2CHN A;  1C92 A;  4DWS B;  4TTG A;  5A2A A;  1GNX A;  2C0H A;  1QHZ A;  4UOQ A;  1BVN P;  2PWG A;  1JZ8 A;  4N42 A;  2VC9 A;  1GOM A;  1KR1 A;  5A6S A;  4W5U A;  3WEN A;  3VGD A;  2WLY A;  3MU7 A;  4CN4 A;  2VZV A;  3L4Z A;  1E70 M;  2CYG A;  1NOF A;  1MXD A;  3L4T A;  1HJS A;  2BS9 A;  2OYM A;  4OBR A;  3KZS A;  5IHS A;  1OB0 A;  5A8N A;  2J7E A;  3VIP A;  3PZ9 A;  4J3X A;  1QW9 A;  1KCL A;  1XYZ A;  2QMJ A;  1GOW A;  4D6E A;  1VRX A;  3MMW A;  1E9L A;  1KQZ A;  4Z2J A;  2YOC A;  1EGZ A;  2CER A;  2ZXQ A;  1UD6 A;  1TE1 A;  5E0F A;  1TUX A;  2D23 A;  3MUA A;  2ZUU A;  5BXR A;  4BQ4 A;  1LL6 A;  2ZX6 A;  3ARW A;  3WMS A;  2ESC A;  5E0C A;  3PN8 A;  3SCN A;  4IIS A;  4MNK A;  4UCF A;  2FDM A;  1UHV A;  1QNQ A;  4DM1 A;  3OLG A;  1CXF A;  1HL8 A;  3SUR A;  1WO2 A;  2WAG A;  4PMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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