5HWM | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	304
structure length	304
Chain Sequence	MDPEQIKTALGSGLLSFPVTHFDAEGRFAADSYREHVEWLAGYKAPVLFAAGGTGEFFSLKPDEIPTIVAAAKEVAGETAIVSGCGYGTEIAVDIARSVEKVGADGILLLPHYLIDAPQEGLYAHIKKVCQSVGIGVMVYNRDNSVLQADTLARLCDECPNLVGFKDGTGDIGLVRQITAKMGDRLMYLGGMPTAELFAEAYLGAGFTTYSSAVFNFVPGLANEFYAALRAGERATCERILVDFFYPFMAIRNRAKGYAVSAVKAGVRLQGFNAGPVRAPLKDLTNEEIGMLEALIGTHKRKAW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords	Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
total genus	112
structure length	304
sequence length	304
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.41: 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase.
pdb deposition date	2016-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5hwmA00

2E5BA 3KRSA 1IIGA 3H55A 4BK9A 4MKNA 2WQPA 4UR8A 1Q3NA 4DF0A 3W7JA 4UFLA 4DBDA 3UZ5A 4IJBA 1B3OA 4NU7A 3ABSA 4I7VA 2TRSA 3P67A 3O8AA 3MMTA 5FF0A 1VYRA 4M7TA 3IEBA 4BWLC 1LCOA 3TR2A 3W23A 3HGSA 1QO2A 1NSJA 5U7SA 5FF7A 3GB6A 4XKYB 1G4TA 2NLIA 3I7RA 3SFKA 3LXAA 4AMAA 3B05A 3PM6A 2A7PA 5DCDA 1X1OA 3PR2A 3NYZA 2ZA2A 5CKSA 5DCEA 3W74A 5HR7A 1P0NA 3QEZA 3V75A 3KRUA 4LRTA 3F4WA 5EY5A 4O14A 3TFXA 3W88A 2VC6A 3LXBA 3SI9A 3TW6A 1OFBA 3TJLA 1SO5A 4FNTA 3S5YA 1GVQA 3OVRA 5CG7A 3NPXA 4GFSA 1Q6QA 5LGZA 3FKKA 1KFKA 1W31A 4UTJA 4JICA 3LHWA 1SZEA 4FB7A 2HTMA 2EKCA 1DORA 3O06A 1H62A 2WOQA 1NFBA 1YXDA 2OMAA 4K38A 3TKFA 2FIQA 1KTCA 4NX5A 2UV8G 4AWUA 3MW7A 5HUOA 2FJKA 1PCWA 3PWAA 1EB3A 3NNTA 3GNNA 4JTIA 3UD6A 5K3VA 1C29A 2B7NA 4NQ1A 3F4NA 4JNMA 4Y9AA 4GUJA 2P0OA 3KHJA 2ZZ4A 1G6CA 3R5EA 1VYPX 1FX6A 1K8XA 5CZ0A 3MBFA 1LOLA 2PRMA 2NXHA 1JCJA 1GZGA 4NXKA 4O15A 3STGA 3UPBA 1RV8A 4JDYA 2TPSA 1K8ZA 4BWLA 3P82A 1H63A 3HB9A 4WY0F 4N9EA 3TU9A 3G8EA 3W2KA 4ADTA 2YX0A 1V5XA 3GKAA 4O18A 1EUAA 3T44A 1RPXA 1LBLA 5BW6A 3GK0A 3CIXA 5KMYA 2ATSA 1KV5A 2ZZ2A 3WK2A 3S9YA 1TTJA 5D32A 3TSMA 3W7NA 2XN2A 2OCZA 2J88A 1TPH1 3MHGA 4E0CA 1L9WA 2A6NA 2YDAA 3NQ2A 2XFWA 3GR8A 1HO1A 4QIUA 2FPVA 2VFFA 4AHOA 4LUIA 3HJZA 5LNWA 1VR6A 3GDRA 1TPUA 4JX5A 4LT9A 1LTDA 3LRKA 3DFTA 3OG3A 3B03A 3S1VA 1TIMA 5C54A 1FCVA 2CLMA 3MWAA 7TIMA 3QSRA 3UQNA 2GQAA 5AFDA 4A2SA 3GXNA 5DCBA 3BV4A 1LDCA 3OIXA 3E9AA 1SFLA 2DZVA 5D2XA 1JUBA 4WOQA 5IBXC 3NOEA 1TPFA 1VQTA 1VCVA 4UIOA 1FXPA 1QWGA 4ML9A 1EP1A 3ABOA 4Q32A 1WV2A 1BWKA 4QJ1A 3C2RA 2WKJA 3P80A 2JKAA 3YPIA 4MJMA 1RD5A 1KFJA 3W7GA 4Q33A 5AYYA 4I7WA 5HINA 2QAFA 3W70A 1SSGA 1TSIA 2QEZA 3TAOA 3MI3A 4U28A 4NJHA 3S5OA 4JTEA 1QPNA 3OVQA 3MO7A 4A2RA 4LOCA 2GVGA 3EWWA 1Q45A 3NDOA 3BVJA 5DELA 5LGXA 1EPXA 3EWYA 2QCDB 2BZNA 3IVUA 3NL3A 1I2PA 1PHQA 3QZEA 4GXMA 3OEXA 3M7WA 3TXVA 4O0KA 1UJPA 3IV3A 1LZOA 3IIZA 3FKRA 5FF3A 4GC4A 4OU1A 5LNSA 3O15A 1BWLA 2ISSA 3QM3A 2ZRWA 3PULA 4M5PA 2GQ8A 3O07A 1KM4A 3THQA 3UWWA 1IXPA 4GE8A 3UXAA 1QO5A 3NAVA 2ZZ7A 5EPDA 4DXVA 3PB0A 4AXKA 5KINA 4JTHA 5FESA 4QSHA 1TPEA 4ZQOA 1KTBA 4LC6A 1X7FA 2ZRVA 1O95A 1S5TA 4GJ1A 5KZMA 1ADOA 3LTYA 1KV8A 4LVGA 5IBXA 3NG3A 1XBZA 4AWSA 3CIWA 1P1XA 4O54A 2ISVA 1QPQA 4ZZ9A 2ZRYA 1W1ZA 1DJNA 3M5YA 4RXGA 3BLFA 2Y89A 4OE7A 5F1UA 2V81A 3LXCA 4Z1AA 4X9SA 1KLYA 3LERA 1XI3A 5DBUA 4RKAA 1A5AA 5GVJA 2Q8ZA 4ZVJA 1A5SA 1WX0A 2BTMA 3NQMA 1TQJA 4KKXA 3RLVA 2CLIA 3C52A 1C9DA 1H50A 4GRSA 1ZAJA 3DGRA 5DY3A 4PTNA 5DXYA 3NXFA 2JK2A 1O94A 4UR7A 4DF1A 2BSLA 1DJQA 3S1WA 5LZLA 2X1UA 6TIMA 3EXTA 4UFHA 1GPWA 3QQ1A 3KAOA 1SW0A 2LLEA 3VE9A 4G1KA 1HUVA 2AQWA 3OVPA 4NVTA 5I3KA 4Y96A 1X6UA 5CPLA 3NQ6A 1DVJA 2BX7A 5AHEA 2YZRA 2WPBA 4FXRA 4AF0A 4OHQA 4O52A 4E2BA 1DOSA 1JCYA 1ZFJA 3TCEA 4RR4A 4WQ6A 1OYBA 3LCGA 2QCLA 2A4AA 4PL2A 3S42A 4A3UA 1S5VA 2ABBA 1FDZA 2X1SA 4O19A 4TR9A 1G4SA 1SU5A 1TPB1 1GOXA 4ORMA 4E38A 1Z48A 2DZWA 5BMXA 5C55A 1XC4A 3DFNA 1VRDA 4HPXA 2R8WA 1NF7A 5C5YA 3LHUA 2C19A 5HNRA 3W73A 4LS2A 3RF9A 1JCNA 1O4UA 3DHDA 4IMFA 2PCQA 3QPYA 1K7XA 1YDNA 2FPYA 3W71A 1KFLA 4FIRA 3EEGA 1WOBA 3HPSA 5EBUA 3SSJA 4FNPA 2Z6JA 3NQ8A 1FWRA 3TC6A 1H7PA 1PE1A 3L5AA 1JRCA 1PL9A 1Z41A 3I7QA 3SZ8A 3V1PA 2DORA 5AC7A 4PC8A 3TNOA 4UMCA 2DU2A 3L0KA 2H8ZA 3TQKA 4DEFA 1XKYA 1OFRA 3L0NA 4IUOA 1QOPA 4EWND 4N4QA 1KM2A 4NXSA 1YDVA 5F4SA 4UTHA 2JGQA 1SSDA 2V0TA 3W7PA 1RR2A 2WNZA 1A5CA 3PC0A 4BI5A 1EP2A 3LHTA 3LCWA 2ZZ1A 2DZTA 3N2MA 1NEYA 5EA9A 3G1YA 1G67A 1YLVA 3LCIA 3IIXA 1XBXA 3HO8A 5EL1A 2DJXA 3PBYA 5C6MA 3L5LA 1QCWA 5K4XA 3RU6A 4ALDA 1OFAA 3U2OA 3IGXA 1G4PA 3FFSA 5FI8A 4K6AA 1OX4B 2J24A 1U83A 4O53A 1WOAA 4PCFA 5LNUA 1KFEA 1XUUA 3G1AA 4JS3A 1TV7A 2OX1A 4ADUA 2YSWA 1XBVA 2E1DA 3GIYA 4UMBA 4O11A 3BK0A 4UXDA 4WXYA 3SW6A 3TIMA 2J9ZA 3NQ7A 1SZGA 1D9EA 2GQ9A 5H91A 2NUWA 1OF6A 2WNNA 3RLUA 4EOUA 3EX1A 5A8GA 1YPIA 1DQWA 4S1FA 2Y7FA 1H51A 3C8FA 3HF3A 3ELFA 4GBUA 1W5NA 3I68A 1F73A 1OK4A 3A21A 3R8RA 3WJWA 1H1ZA 4PODA 5F2LA 4TO8A 4O13A 3SJ3A 4UCGA 1EX5A 3ZWTA 3U6WA 3P5YA 3NL6A 4LRSA 3PAJA 5HUPA 3A23A 3ABQA 5DLCA 1WBJA 2NWRA 3LCFA 4JY9A 5KITA 3R89A 5L9FA 4K37A 1HG3A 1TMHA 2I14A 4EF9A 1AMKA 3F1QA 1JULA 3GXTA 3PBVA 3C2OA 3UY8A 2ZA1A 5FEXA 2FLIA 3Q37A 4S2BA 3H53A 3QW3A 4IPIA 3QW4B 2QCHA 5I3JA 1TV8A 2D73A 4JTLA 4ZQMA 3WK0A 3UPWA 1AW5A 1FWWA 3N2XA 4HSOA 1EIXA 4MY8A 3LCXA 4N02A 4MY9A 3W87A 3DFOA 3NL2A 2J9YA 3L2IA 1TQXA 1W3IA 1EWDA 3CQ0A 3L68A 4TMCA 4BFAA 3W1MA 2ABAA 3NQDA 1HTIA 3A9IA 1K8YA 5HWNA 2A7NA 2ZDRA 2NUXA 4NJKA 3EWXA 3FLUA 4NJJA 5DXXA 4IX0A 3EWZA 4XWUA 1ICQA 3LBMA 1PHWA 3MHFA 2Q8LA 3A5VA 4JY8A 4N4PA 2WNQA 4CCDA 3M47A 1W5MA 3W07A 1AW1A 4RJEA 4CQ9A 1GVOA 3HGRA 3CEUA 1W56A 5CSSA 4M19A 3N9SA 1H7XA 3HG4A 1J2WA 1SQ7A 1WA3A 2QCDA 3O6YX 4C1LA 3N3MA 2YGYA 1IXQA 1ZJIA 3NVTA 1I2QA 1H1YA 3BW2A 2QF7A 2YYTA 3NZRA 2RH9A 3R12A 3FJ6A 4MZ1A 3QRHA 1ZALA 3G1HA 8TIMA 4JTUA 4O16A 3DXIA 4DQWA 5CGQA 4GNJA 1Z42A 1AL8A 4YXGA 4FIQA 1H61A 1G69A 1ONRA 1LROA 3DAQA 2X1TA 5I3HA 1TYGA 3W1LA 2JKEA 5HJLA 3STCA 2VOMA 3W22A 1UASA 1QNVA 2C14A 6ALDA 1ZCOA 3EX4A 2YFOA 4ZQPA 4AVFA 3B0VC 1IIHA 3MP3A 1Q6OA 2BWGA 3O16A 3G1XA 4MJZA 4S2CA 2CZEA 2H6RA 4MYAA 2E6YA 2TYSA 5CPNA 1EEPA 5AHMA 3HQ1A 1D3HA 2C18A 5F4WA 4RX0A 4DF2A 5KZDA 3Q58A 1Y0EA 3STFA 5AHIA 3IIVA 1LYXA 4DO5A 2HMCA 2QJHA 5ABTA 1N7KA 3M0ZA 2DZSA 3R13A 4ZQNA 1OFQA 3GAYA 1I2NA 4KFPA 3I65A 3GYEA 2RDUA 3G22A 3T55A 1G7UA 3C2FA 3LOTA 5AOUA 1M7OA 2NXGA 3DH7A 1W3NA 2VEMA 4JYEA 1DKWA 3NA8A 1XL9A 3F03K 3GVGA 3G1FA 3PG9A 3DFQA 1UUOA 1BTMA 2W79A 3GR7A 3W7IA 3PB2A 2EF9A 2Y61A 3GKFA 2A6LA 1OX6A 2GUUA 1OHLA 1LLZA 2GVJA 1VJIA 3C61A 3UWVA 3M41A 3QPZA 2B7OA 2RKXA 1GG0A 4XBKA 3TSBA 2V5LA 2H3DA 2A5HA 2FB2A 3KVMA 2V82A 1JCXA 4H6KA 2IQTA 3IVTA 4X2RA 3UWQA 3W7LA 4RZ6A 4MFDA 1WQ5A 3JS3A 3DFSA 2ZRUA 3LLFA 1M6JA 5G4WA 2C6QA 3IGUA 4ZL1A 3HGJA 3N19B 2ZA3A 4JEQA 4AH7A 2XN0A 3HIJA 5HWMA 3I6RA 5F4XA 4MLRA 1JQVA 1LOSA 3P8IA 4B5NA 3BW4A 3VI2A 4UTUA 4XTDA 3GDKA 1L6SA 1QR7A 1LRNA 4R7JA 4RCXA 3LI1A 4JYFA 3QH2A 4LU0A 3EX6A 1VCFA 2VFHA 3W3OA 3Q94A 4O4VA 2OT0A 3QQ0A 4ADSA 4EVZA 2F7FA 4NX0A 4DO6A 2NWSA 1FUYA 3BW3A 3UY7A 3MP5A 4MOZA 3N73A 2DZPA 3LX9A 4OQVA 1A5BA 3QMRA 1SPQA 4NZFA 5FEPA 3W1TA 2E09A 5HWJA 2PURA 3CB8A 4BI6A 2BLEA 5TQLA 3W2JA 4HN4A 1WDWA 3OHIA 5G1TA 3NPUA 1G7VA 4HNVA 4UFJA 5BNKA 1KM0A 4K8EA 5G1YA 3OBKA 2Y62A 1TTQA 1MZHA 2Z1BA 2QKFA 3MJYA 3W2LA 3W1NA 4Z0SA 1THFD 3PF3A 4N9CA 4AAJA 4WUIA 4JX6A 5G2HA 3BPWA 1JCMP 3ZWSA 5EKYA 1W5QA 4GUGA 4FX8A 3W1XA 1XM3A 2RFGA 4EF8A 2E68A 4Z0JA 2A21A 3MI6A 3NR0A 2ATMA 3ZS4A 1AG1O 1M7PA 4MLJA 1CI1A 2NXIA 1K3UA 2WSRA 3W7EA 5CZTA 1LOQA 1ZENA 1SZNA 2CW6A 3D0CA 2X16A 3G0UA 5DY2A 4FHAA 2QDHA 4JIPA 3GDLA 4DBEA 3CLMA 4CNPA 1H7OA 4YMZA 3RK8A 3FEMA 1LBFA 3K30A 4W9TA 3EXRA 3S5NA 3W1PA 2ZYFA 1GQNA 3GZ3A 1KW1A 4HSNA 5FF4A 2Y85A 5SWUA 2A1YA 3A24A 1GVRA 1SW7A 2VELA 3NL5A 4QAIA 1N8FA 4K7YA 4OWGA 4H3DA 3MP4A 3DU0A 3NM1A 4LVDA 5DBTA 2EPHA 3WK3A 1AW2A 3KVLA 3M16A 2Y70A 5G2IA 4JIQA 1DHPA 2A0NA 1FQ0A 2CLLA 4RXFA 1MEIA 3CC1A 3TXZA 5CPMA 1VHNA 3H54A 2YR1A 4D2JA 3N14A 1A50A 3QC3A 3FS2A 1HL2A 4MY1A 2R14A 1XCFA 2WSYA 1R2TA 3FOKA 4J9JA 1H7WA 2VFEA 1N55A 1D3GA 1LP6A 2JBMA 1OX5A 2DP3A 3G3MA 4N9DA 3B0PA 3G1VA 4O12A 2P10A 1I8JA 3UZJA 1GYNA 3DZ1A 2CLFA 2I1OA 2PRLA 3B0UX 3EKLA 1FWSA 4A29A 4N6FA 4HIBA 2QUVA 5LHFA 5E0KA 4CQAA 1L6WA 3G1SA 1XXXA 1VH7A 3L9CA 2Y7GA 1VC4A 5G5IA 2A7RA 3HG3A 1QAPA 4Z1CA 3DI1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5HWMA

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