5I3DA

Sulfolobus solfataricus beta-glycosidase - e387y mutant
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
SFPNSFRFGWSQAGFQSEMGTPGSEDPNTDWYKWVHDPENMAAGLVSGDLPENGPGYWGNYKTFHDNAQKMGLKIARLNVEWSRIFPNPLPRPQNFDESKQDVTEVEINENELKRLDEYANKDALNHYREIFKDLKSRGLYFILNMYHWPLPLWLHDPIRVRRGDFTGPSGWLSTRTVYEFARFSAYIAWKFDDLVDEYSTMNEPNVVGGLGYVGVKSGFPPGYLSFELSRRAMYNIIQAHARAYDGIKSVSKKPVGIIYANSSFQPLTDKDMEAVEMAENDNRWWFFDAIIRGEITRGNEKIVRDDLKGRLDWIGVNYYTRTVVKRTEKGYVSLGGYGHGCERNSVSLAGLPTSDFGWEFFPEGLYDVLTKYWNRYHLYMYVTYNGIADDADYQRPYYLVSHVYQVHRAINSGADVRGYLHWSLADNYEWASGFSMRFGLLKVDYNTKRLYWRPSALVYREIATNGAITDEIEHLNSVPPVKPLRH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A front-face 'SNi synthase' engineered from a retaining 'double-SN2' hydrolase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus solfataricus (strain atcc 35092 / dsm 1617 / jcm 11322 / p2)
molecule keywords Beta-galactosidase
total genus 192
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2016-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5i3dA00
3SCPA 1CGTA 5AYIA 2WW5A 1QNPA 1KFWA 1VIWA 3L2MA 3BAYA 1KXTA 3W26A 2XVLA 1E6XM 5AY7A 1UD4A 1E6ZA 1E55A 3GTNA 3PZIA 1NM9A 2WWCA 2YIHA 1OT2A 1H49A 2X09A 3A6OA 3ZT6A 4BQ2A 2VQUA 3DHUA 4W7UA 1W3HA 4BZYA 3A4XA 3K1DA 4W84A 5IFPA 3AIQA 1RP8A 2JFEX 2PI6A 2VNCA 4PMZA 2VX4A 1CXKA 1BVZA 2BFGA 1UD8A 2DT2A 4PUEA 1UWRA 3AYSA 3AMGA 1UD2A 4W87A 2NT1A 3I3BA 4HA4A 3VIGA 1W2VA 3L4ZA 1B1YA 4MB1A 1QW9A 1GOIA 2NSXA 5LA2A 1WE5A 4CCCA 1V02A 1XH0A 1DWAM 2JIWA 3WNOA 3IJ7A 3W53A 1B3WA 4CN1A 4QLKA 1TFVA 2EEXA 3ARQA 1J01A 1Q6CA 4D6FA 4L4PA 2YDRA 4M81A 1E4NA 1ISZA 3SIMA 2ESCA 1MW3A 2Y4SA 1SMDA 1BF2A 4UQBA 4IUGA 1E4IA 5BCAA 3WL0A 2ZE0A 3IK2A 1U2YA 4U2YA 4H8VA 1ITCA 4ZE5A 2D3LA 4D6HA 4W85A 3HU7A 2W66A 4F9JA 1W1PA 3OB8A 2PWDA 2VZVA 4HPHA 4JFSA 1CYGA 5DO8A 4ACYA 2BHZA 4M29A 1DTUA 2UY4A 2XFFA 4LXFA 2XVGA 2CERA 3PZUA 3MMWA 2CPUA 5CLWA 3NIYA 4D6CA 5FKYA 3II1A 4KGLA 3ZMRA 1EOMA 5A6AA 1JZ6A 2WZHA 4AISA 2XUCA 2ZXBA 3VTRA 3SCWA 1CGXA 3BSGA 4JHOA 1E0VA 3WF4A 1EIBA 5C71A 1XRVA 1GOMA 1V3MA 4V2XA 1ZJBA 3UETA 2QMJA 4K68A 1GNXA 4N42A 3RIKA 3AJ7A 2WBGA 4D6JA 2VO5A 5CXPA 2WKGA 4WKAA 2G3JA 1UR2A 2WVUA 1ZBVA 4PMDA 1E5JA 2CBVA 2WYSA 2JEPA 1CGVA 3T0BA 1VB9A 3D3AA 3VIPA 1TZ7A 2D2OA 2FDMA 1E1FA 3MU7A 4PMVA 3TONA 3CMJA 1VF8A 1GUVA 4U3CA 3MUAA 1WZMA 2VJXA 4OOZA 1QHPA 3PZQA 5A6LA 4NSBA 3DYMA 3WY1A 2A3HA 2OSXA 1KWGA 1KGWA 4RE4A 5D8ZA 1E6RA 2V3DA 2WXDM 5E6ZA 2AOSA 2J7FA 3AHXA 5JBFA 4HA1A 3MSGA 2WAGA 1C3FA 5AC4A 1H1NA 3SCNA 1ISYA 2CESA 5BXPA 5CG0A 3ZSSA 3UG3A 1BGGA 3WNNA 4QLLA 4ML4A 1DWHM 4MNKA 3AXHA 1JYNA 3GXDA 1BYDA 1JYXA 2J62A 4HPGA 1L8NA 1W9UA 3WN6A 5HOSA 4U3AA 4AZBA 4GINA 3TTSA 2DIJA 1X6LA 3GNRA 1J0YA 1MVYA 4ATWA 1GZJA 3WDJA 4J3TA 1QI2A 1CNVA 4B15A 3VO0A 5A69A 2QF8A 3AFBA 2WHMA 4P8VA 3TA9A 4UZUA 4GO9A 1BPLB 4BQ4A 3QOMA 3VGBA 4UTFA 5BXRA 3AISA 2DH2A 3ZJKA 1KWKA 2QHAA 3AIWA 5CPQA 4A4AA 1HKKA 1LWJA 2W4XA 3W38A 1LF1A 4JIEA 1V03A 2G8ZA 1RD6A 4BQ5A 3I3DA 1FHLA 2CYGA 2FGLA 5A8OA 4MJ2A 2J7DA 3W0KA 1ISVA 3EMZA 3TP4A 1NP0A 2CIPA 3U5YA 3AIVA 3U5UA 1HJUA 3GXMA 1OBAA 1MWOA 3ALFA 4UFIA 2CBUA 1CGWA 2WSPA 3VINA 3OGRA 1ZBKA 4CU6A 4AXNA 3RO8A 3AHZA 3PZNA 4KH2A 4URIA 2CXGA 3W37A 1DEDA 1JFHA 4OBRA 3T2PA 2GVYA 4EAMA 4Y7EA 3OGVA 1SYTA 2OYKA 5DF0A 4AEFA 8A3HA 2PF0A 1NOWA 3OZOA 3LPFA 2OSYA 3AOFA 1PZ2A 3EMQA 4CU8A 2J7HA 1KGUA 2OLHA 4ACZB 2WMFA 1XYZA 2EPMX 1UD6A 2D23A 2DIEA 2WKLA 3BH4A 4DM2A 3VM5A 5EMYA 3PZVA 3WH7A 2VOTA 3WUFA 3GZAA 1B3VA 3RPMA 1YQ2A 3THCA 3T2OA 3W6MA 3OLDA 1SFSA 3EDDA 1Q6DA 2G4FA 3K46A 4KWUA 1EH9A 3AZTA 2D1ZA 1NOUA 2V5DA 5ABHA 1WB0A 3HMCA 4Q7NA 5A8MA 1EQCA 1L0PA 2CHOA 3WNLA 1LL6A 2HVMA 3AIRA 3B9DA 3M46A 3F5JA 5A3HA 4UQCA 3WEZA 4PUDA 3CZGA 1K9FA 1FHDA 2DEPA 4XX6A 2QPSA 4MB3A 1E4MM 3ZR5A 4L4OA 4JFVA 3NDZA 3CIVA 3WQ8A 1CWYA 5LA0A 2W5FA 2WNWA 3ZM8A 4B3KA 1D7FA 4PSRA 1OGSA 1H0GA 2NW0A 1HKIA 2W63A 1LQ0A 4D6GA 4JFUA 2IXVA 3O9NA 1V0KA 3UCQA 1EXPA 3FY1A 4LQ1A 3ALGA 2GJPA 3N9KA 3AHVA 1W91A 3L4VA 3K8LA 3KWXA 3W24A 3WH8A 7CGTA 3WL1A 4TXEA 1IZKA 3WDQA 4H04A 2VR4A 4RE2A 3T08A 3WDRA 5BRQA 2D24A 4LYRA 4U2ZA 4QDMA 5I2UA 1W1YA 1MQPA 2O92A 1CIUA 1V3KA 2JF7A 3ARVA 4GO8A 1GW1A 1V6XA 3RM4A 2WM0A 1HNYA 3L2LA 5KEZA 1KBKA 1E5NA 1B9ZA 1V6YA 3W6LA 4HZ6A 1HKJA 3KL3A 3GBDA 3MUIA 1OD0A 4W5ZA 1EHNA 3VIFA 4MDOA 3GXFA 3SEPA 3VU2A 5A95A 1UOKA 1NWSA 1JAKA 2ZUSA 1GQIA 1HJQA 1C7TA 1UR8A 1DWGM 1BYBA 2XM1A 2VZUA 1M04A 2WSKA 4JCMA 1AQ0A 4R5EA 4X0NA 3AZRA 3WF2A 3B9AA 2WVVA 4UCFA 5CSYA 2XPKA 4P7QA 3WF0A 1E6NA 4CVWA 4J28A 4OKDA 1W2PA 3LPOA 2Z1KA 7TAAA 3PZGA 2VX7A 2XSBA 2ZUUA 3O6AA 4M8UA 1TUXA 4H2CA 4WSKA 4M80A 1ZB5A 2G3IA 4E4PA 5A94A 1BYCA 2J7GA 2UY5A 4W88A 1UH4A 2E3ZA 4UFLA 2VRJA 1R86A 4CD6A 3THDA 1X6NA 5FOOA 2YOCA 3VGGA 3ARZA 3WD3A 1NWTA 2GDVA 2XVPA 4WJXA 1G94A 2WWDA 2W61A 4F8XA 3T09A 4X9YA 1BSIA 2BNJA 1WDPA 1JZ4A 1JL8A 3AIEA 3CZLA 2ZOXA 2E9MA 4Z2KA 1V3LA 3SCQA 2YBUA 3VD5A 5ABGA 5JBEA 1CLVA 1M53A 4TX6A 4U33A 5M03A 4CCDA 3IJ8A 4D1IA 4P8XA 1FH9A 3CZ8A 4HOWA 4GQQA 4QCFA 1UWSA 3WUBA 3ZOAA 1WZLA 1EOKA 3CMGA 2PBOA 4NF7A 2GUYA 3OBAA 4AZCB 1QVBA 4WKFA 1OIFA 3VIJA 3UERA 4LX4A 3N13A 3E1F1 1UD3A 2VC9A 2CCRA 2VVNA 2DPEA 2DQXA 2ZWYA 5BXTA 1W9BM 3A4AA 1FH7A 3QR3A 3RMEA 1E43A 1B0IA 2DT3A 3MANA 1J0ZA 1E70M 5BRPA 3WUEA 5M3WA 4TUFA 3FN9A 1SMAA 5IDIA 1RP9A 3WQ4A 3ZIZA 4DWSC 1G1YA 3EDEA 2UY3A 1V3IA 3N11A 4AIOA 1VFMA 5HNNA 3VGHA 1QHOA 1LG1A 1FOBA 4NI3A 3IAPA 2CBJA 5FCZA 1WPCA 4D6DA 1GORA 4W7VA 3NSNA 2YL6A 5A6KA 5I0DA 5BROA 3VDCA 4UFJA 4ACZA 2J79A 4JL1A 3ZSTA 4HU0A 1ZS2A 4CU7A 2DSKA 1PX8A 3POHA 1JF6A 4TVUA 5AC5A 2W62A 3WQWA 3AS3A 2IUZA 2EPOA 5A2AA 1HX0A 1U33A 2ZXAA 3CHCA 2XYLA 2PBGA 1KCKA 2VMFA 4AZIA 3MMDA 3NYDA 2Y24A 1BVNP 2WZEA 1HJWA 1MQQA 3ARYA 2ZICA 3OG2A 2YBTA 3T0AA 4ZE4A 3K8MA 1J0JA 2WMGA 3N04A 3BCDA 1B2YA 5IHRA 3WQ5A 4GI8A 4FLSA 3F5LA 4W89A 4B9ZA 4WSJA 2X0YA 4PBGA 2CEQA 2CITA 3VPLA 1V3JA 3CHDA 4P7NA 4CN6A 5BXSA 4UFKA 3VMOA 1QNOA 1WO2A 1LL4A 3M07A 4PRWA 1VFUA 5HBFA 1KXHA 3AMKA 3W28A 2ZIDA 4W8LA 4GI6A 5A6SA 1AQMA 5ABEA 1RH9A 4AD5A 1PX3A 1XCXA 2VR5A 1BAGA 2G41A 3VMNA 2DT0A 3MMUA 3WBAA 4TTUA 4D6IA 1US2A 1WAWA 4XZBA 3KE0A 4W5UA 2J8GA 2O9OA 1HT6A 2WHKA 2W92A 3AICA 3RDKA 3RM8A 4MB5A 4EK7A 5A2CA 2XWDA 3GNPA 5ECUA 5BWFA 2X1IA 3WH5A 3WH6A 3GBEA 1UR1A 4PMOA 1KQZA 2YJQA 1CGUA 4NRRA 3VNYA 1JZ7A 4UQ9A 4JKMA 4TOQA 4E8DA 2PWHA 1JF5A 1HL8A 1PJ9A 1NWRA 2QPUA 2ZUNA 2A3AA 1E72M 3AXXA 4YHGA 3VX0A 4GQRA 2QMKA 3WELA 2YL8A 4GKLA 1VFFA 3AMDA 5E09A 1K9DA 4AD0A 2YDQA 1GOOA 2ZUTA 2C7FA 1FA2A 4W7WA 3T0DA 2DSVA 5M17A 3WDPP 4KRTA 2XSAA 2J74A 4CUCA 1XGZA 4P8WA 3WMCA 1QI3A 5E9AA 3U7BA 1XD0A 3RJYA 4H8HA 4J27A 2WHLA 2GJXB 5D8WA 4B3LA 1ODUA 1B3ZA 1V0MA 4HTYA 1XSKA 2V3GA 1E40A 1JI1A 1W9VA 2BY3A 3GYCA 2CNCA 1V6VA 1E0WA 2BY0A 1VBUA 4QFUA 3VVGA 4AZ6A 1AVAA 3UR7A 1A3HA 7A3HA 1DP0A 4ZEPA 3HN3A 1MW2A 1B3YA 1GQJA 2X8RA 4Q22A 3BMVA 2VX6A 4AZCA 5CPTA 2RGLA 2E0PA 5C8BB 2E8ZA 2D0GA 2J47A 3FAWA 1QNRA 2WLZA 4YN5A 1I75A 1B31A 3BAIA 1CLXA 1QPKA 1HVQA 2ZX9A 3VIOA 5CSUA 1XC6A 4U31A 4BQ3A 1UD5A 2WVSA 1H11A 1SR0A 1BHGA 4M82A 5I3DA 3W81A 1GHSA 1V6WA 1PBGA 1GHRA 1Q6GA 4QP0A 4TX8A 3BSHA 5CQ1A 4AYSA 3KL0A 1HP4A 4AEEA 5HPOA 3L4YA 5A6JA 2E4TA 3VILA 5DMYA 2MANA 4PEEA 4DWSB 2XJ7A 3BLPX 3BAJA 3PTQA 1MXDA 1OB0A 1JD7A 4M1RA 2J7CA 1HVXA 3WD1A 1QW8A 4AZGA 3VM7A 1WDRA 1HJXA 4ATLA 4IPLA 4ZENA 1E73M 4HOZA 4FMVA 1ZL1A 1IZJA 2EPLX 4FLOA 1FP9A 1W1VA 2D0FA 1GONA 3ECQA 2QV4A 1HKMA 4S3KA 2QLYA 3FHQA 4MTVA 4OBSA 3DECA 3UEQA 4FK9A 4RE3A 3ARSA 2YLAA 5C70A 5GPRA 2E9LA 1NOFA 1O7AA 3AZSA 1A47A 5KZ6A 4MAZA 6TAAA 4JCLA 3GM8A 2VX5A 3EDKA 1HJVA 3MV11 1BFNA 1DHKA 5HPCA 1KXQA 3VD4A 1R7AA 2ZUVA 4JKLA 2ZXDA 4J3WA 1CECA 3GXIA 2VQTA 1ISXA 1P6WA 1XHGA 1E71M 2YA0A 3SCVA 3BCFA 4QLJA 3VGFA 2XTKA 1G5AA 1LLOA 1WZAA 1JDCA 1GVYA 3VNZA 1KBBA 1MW1A 1XSIA 1J9YA 1OIMA 3D5HA 5HDRA 3CHFA 5A2BA 3ZO9A 1GJWA 3VD9A 2V3FA 2O9TA 1ZBCA 4Z2LA 6CGTA 3N17A 3SCRA 3N15A 1BG9A 1BLIA 4WK9A 3WNPA 1GCYA 5CLTA 5D9NA 3WF3A 2GDUA 2WMHA 3J7HA 3WFLA 1W9XA 4YPJA 3N1AA 4F66A 3WEMA 1HP5A 4JAWA 1XCWA 1C8XA 2OYLA 4MNJA 3ARXA 4FLRA 4PCTA 3AS2A 3UESA 4UFMA 1KCLA 1LJYA 1BGAA 1M03A 3DHPA 4UZSA 3GNOA 1C92A 3UG5A 2V38A 2F61A 1JDDA 2XM2A 3VDBA 3SCTA 1UYQA 3U7VA 1C91A 1HXJA 4P7RA 2WMKA 5DT7A 1CXIA 3VMPA 5IHSA 3MS8A 2VRQA 4F79A 3ARWA 4C7GA 4A3HA 3OGSA 1KQYA 2E40A 3OLIA 5GNYA 3OIHA 4PMNA 1JNEA 2WCAA 5EBAA 1WDSA 3GH4A 1O6IA 4FF5A 3ZJ7A 2GJXA 3VIIA 3RCNA 4CVUA 1W32A 1F4HA 4F9DA 4H41A 1CZ1A 2XIIA 3F5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SCP A;  1CGT A;  5AYI A;  2WW5 A;  1QNP A;  1KFW A;  1VIW A;  3L2M A;  3BAY A;  1KXT A;  3W26 A;  2XVL A;  1E6X M;  5AY7 A;  1UD4 A;  1E6Z A;  1E55 A;  3GTN A;  3PZI A;  1NM9 A;  2WWC A;  2YIH A;  1OT2 A;  1H49 A;  2X09 A;  3A6O A;  3ZT6 A;  4BQ2 A;  2VQU A;  3DHU A;  4W7U A;  1W3H A;  4BZY A;  3A4X A;  3K1D A;  4W84 A;  5IFP A;  3AIQ A;  1RP8 A;  2JFE X;  2PI6 A;  2VNC A;  4PMZ A;  2VX4 A;  1CXK A;  1BVZ A;  2BFG A;  1UD8 A;  2DT2 A;  4PUE A;  1UWR A;  3AYS A;  3AMG A;  1UD2 A;  4W87 A;  2NT1 A;  3I3B A;  4HA4 A;  3VIG A;  1W2V A;  3L4Z A;  1B1Y A;  4MB1 A;  1QW9 A;  1GOI A;  2NSX A;  5LA2 A;  1WE5 A;  4CCC A;  1V02 A;  1XH0 A;  1DWA M;  2JIW A;  3WNO A;  3IJ7 A;  3W53 A;  1B3W A;  4CN1 A;  4QLK A;  1TFV A;  2EEX A;  3ARQ A;  1J01 A;  1Q6C A;  4D6F A;  4L4P A;  2YDR A;  4M81 A;  1E4N A;  1ISZ A;  3SIM A;  2ESC A;  1MW3 A;  2Y4S A;  1SMD A;  1BF2 A;  4UQB A;  4IUG A;  1E4I A;  5BCA A;  3WL0 A;  2ZE0 A;  3IK2 A;  1U2Y A;  4U2Y A;  4H8V A;  1ITC A;  4ZE5 A;  2D3L A;  4D6H A;  4W85 A;  3HU7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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