5I3F | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3fA00

5G4WA 4Z0SA 4UTJA 3ZWSA 4HNNA 3WK1A 4DO6A 3BG9A 2Q3OA 3LBMA 1O4UA 2I9EA 1O60A 1GPWA 1Z44A 1VHNA 2WQPA 3E02A 3QW4B 4FEZA 1S5WA 3ZWTA 2NV1A 4DPPA 5C55A 2FQIA 2E1DA 3M9YA 3HMJG 2BSLA 1JQVA 1L6YA 1VGAA 3UZ5A 3W72A 3B4UA 3DKJA 4TMBA 3P5YA 5F4SA 1YPIA 1SO3A 3NM1A 4H6KA 3NA8A 3NPUA 3S6DA 4MYXA 3RU6A 3L0GA 1R2SA 1RPXA 3A24A 4AVFA 3MMTA 4D2JA 3W1PA 2VEKA 4BWLA 3PG8A 3LLFA 4NQ1A 4GFSA 3G1DA 1YXDA 3BLFA 3EXTA 3NQMA 3W1UA 1IXQA 1LBFA 4QJ1A 4NT0A 5AN7A 3GK0A 2DJLA 4E2BA 2VELA 1FX6A 1SW3A 2X1TA 3GLCA 1F5ZA 3A5FA 3GNDA 4MJZA 1EWEA 1OYCA 3OBKA 2QCMA 3S1UA 5BRBA 5D2WA 1JUKA 4HSOA 1MZHA 1KFLA 3GYEA 3W85A 2QCFA 4FF7A 3GR8A 3FS2A 3F4NA 2NX9A 1OX4B 1TQXA 5U7SA 5FEZA 2DORA 3O05A 5FI8A 1E51A 2HTMA 1HO1A 2CZ5A 3CIXA 1O5XA 3MHUA 4JX4A 2Y7GA 1TTQA 2OCZA 3MHGA 4MZ8A 2PRLA 2NX1A 1TB3A 3NQ2A 4I7UA 4JDBA 1JUBA 3E96A 3PM6A 3JRKA 3GDKA 5K9XA 2VEPA 3TQVA 1I2NA 2GPTA 3WK2A 3GXTA 3PUOA 1HFBA 3TH6A 3EKZA 4KWWA 2JGYA 3RMJA 1KBJA 5IBXA 3VI2A 2A4AA 3FKRA 1JR1A 4FB7A 4K7VA 1WYIA 4QQ3A 1M7PA 1XKYA 2DZWA 3OG3A 5CKSA 3NL2A 1RVGA 5LNSA 1WDWA 3KHJA 2ABBA 3H53A 3C2EA 1MEIA 4UMAA 1XXXA 1TPB1 2RFGA 3VNDA 2VEMA 3GNNA 4IX2A 3GXNA 1TPDA 3HPZA 3KFTA 3V1PA 4BI6A 1Q45A 2AQWA 3KVJA 1JUEA 3TK7A 3EWZA 3LTPA 3W1QA 3G1VA 1ADOA 2V82A 2ZRUA 1O94A 3HPXA 2CLEA 2CW6A 2JBMA 3DFOA 3BG3A 5D2XA 1VYPX 2C1HA 1WOBA 4JIPA 5F2MA 4Z1CA 2TYSA 1GYNA 2CLHA 5G2HA 2Z6JA 1F76A 1O5KA 4GNJA 4YCOA 1W56A 3LV5A 1LLWA 2Y85A 3LBCA 3QPYA 4HNUA 1QPRA 4JX6A 3LHVA 3LHYA 1XBXA 3S1WA 3WFAA 4MVAA 4RR4A 3INPA 2FJKA 3UPBA 1VCVA 3ABOA 2Y7EA 1GTEA 1ICQA 3NG3A 4ZQPA 4M6VA 3MUXA 6TIMA 1LZOA 3W7IA 1FDZA 2WNQA 4UTTC 1AW1A 1VS1A 2DZTA 3GKFA 2WV8A 5I3GA 2QCDB 1OABA 2QCNA 2ZA2A 3HG4A 5AHLA 1JCJA 3NAVA 3UY8A 5C6MA 1P0KA 3NZRA 1TREA 2CWNA 5FF0A 3NQAA 4LW7A 5BOOA 4RLIA 1OFBA 4IMGA 3HF3A 3W1AA 3IIZA 5HMSA 1K8ZA 3G1XA 2Z1BA 4H3DA 5C5YA 1KM2A 1JRCA 1LRNA 3TJLA 5I3FA 1PL9A 4RV8A 3LI1A 5F2IA 1TTIA 3DI0A 3F1QA 5IM51 1UCWA 3S1XA 2GJLA 4N02A 3W7RA 1KFEA 1XUZA 2G97A 5EMUA 2E5BA 5C54A 2ABAA 4O16A 1OFPA 1F74A 4JTEA 3MO7A 3P74A 1G4EA 1QFEA 1VRDA 1TQJA 2P10A 5DXYA 1QPQA 3UY7A 1TPC1 1R2TA 1X1OA 1ZENA 5D03A 3W83A 2E6DA 5DCDA 3STCA 4IXHA 1P5BA 3LHUA 4GUIA 3UYCA 2P0OA 3EEGA 2QJHA 2W79A 5DBTA 4AAJA 2V0TA 4NU7A 4QSHA 4C1LA 2GQ9A 3KRZA 4FHAA 4Y8FA 2ZBTA 3W7KA 1R30A 4XZ9A 3W7HA 2WSYA 4OWGA 3BW3A 5T26A 2QR6A 5FF2A 2HS6A 3QW3A 1H7RA 4MJMA 2YDAA 4KKXA 5EKYA 3FIGA 3DFNA 3KRUA 4Z0JA 3C56A 1W31A 1GVOA 3BK0A 3G3DA 3VFLA 1GQNA 3BLIA 5DN1A 1R46A 2GJNA 3B06A 3HBLA 5CZ0A 3UXDA 1CI1A 3W7PA 5KZEA 1XBYA 4ORIA 3KVMA 4IPIA 3UPWA 3QM3A 4NUWA 3ELFA 1A5SA 1SW7A 3O6CA 4LVBA 3VKJA 3H54A 4HN4A 3W71A 3BV4A 3FOKA 4IMFA 4N4PA 4O50A 3R89A 4AH7A 3FJLA 4NNAA 4O11A 3UWYA 3MWAA 1FDJA 4XTDA 1UJPA 3O8AA 1DQXA 5FEPA 3PR2A 1AL7A 2EGZA 3GDLA 5J5RA 3SECA 3FEMA 1OX4A 3W76A 3IVUA 2YCEA 5G5IA 4JX5A 4RKAA 4K8HA 2RDTA 1IXOA 2Y89A 1NEYA 5CPMA 1S5VA 4CCCA 1BWKA 4M6QA 4OQVA 3P62A 1YPFA 4QAIA 4P2VA 4XUGA 5D38A 4LVAA 1YTEA 1H7WA 3DI1A 3NEVA 1T99A 2VENA 1G67A 5AOUA 4UTTA 2Q3RA 3TSBA 5H91A 1GVRA 1KM6A 1EEPA 2B4GA 3IIOA 4OU1A 1JQXA 2A7PA 3HQ1A 1DL3A 1FWRA 2CLFA 1LM1A 2YPIA 1EA0A 2RDWA 3SY5A 3GB6A 3SR7A 3MW7A 4J9JA 3C8FA 4HHPA 1ZAHA 1PCWA 1GT8A 2QEZA 4G1KA 5H2ZA 3LM7A 4Y9AA 3RLVA 3STEA 4DXVA 1W1ZA 2H3BA 4MZ1A 1TMHA 3L67A 2H90A 3R5EA 3M7WA 2DZSA 1RZMA 3RFAA 3OEXA 3S5ZA 2J27A 4PCFA 5MHBA 3LX9A 4E0CA 2ISVA 1YTDA 3F4WA 3NR0A 2AAMA 2G96A 1ZCOA 4KFPA 2P1FA 2GUUA 1LOQA 4XBKA 3GDTA 1OK6A 1SUXA 3OHIA 3L65A 3HG2A 4XKYB 3NYZA 2A1YA 4JIQA 2G5WA 3M5ZA 1H7OA 4JXCA 2F84A 5D2TA 1SQ7A 2YR1A 3QYQA 3UD6A 1HG3A 3QQ1A 4O8RA 1IF2A 1PHWA 3W23A 1W5MA 3OA3A 3W3OA 3L5LA 5TQLA 3BO9A 3NL6A 4AHQA 3BPWA 1OJXA 1SW0A 4RCXA 2ZZ3A 4MOZA 1Z48A 1H62A 1H1YA 3LCHA 3MP4A 1QDSA 4O13A 3DFPA 3M0ZA 1A50A 1QCWA 2QCDA 3DU0A 1NF0A 5LNVA 5IBXC 3DFSA 2I1OA 1AL8A 3W7LA 2Y62A 2ZA3A 4MPQA 5DLCA 1N55A 3CHVA 2V5BA 1FWNA 1VQTA 3O06A 2CLOA 3W1TA 2O7QA 4B5NA 2JKPA 5K9DA 3IRDA 2EHHA 3G1YA 4PL1A 2DZVA 4HNTA 4A3UA 1XDMA 4BFAA 2BZNA 2F7FA 1SSGA 3BW4A 4O1AA 1K7XA 4YMZA 3TFXA 2A6NA 1KW1A 3P84A 2QCCA 1B57A 2JK2A 1J5TA 4GC4A 3C6CA 2WJZA 5D32A 2VFIA 4ZQNA 5CG7A 1BWLA 3IEBA 3ZS4A 5AC6A 4GRSA 3TSDA 3P60A 4CQ9A 4UTLA 2FDSA 1JCYA 5AHFA 2R8WA 3LRMA 4W9TA 4JTHA 3FJ6A 1QO2A 1SPQA 4K37A 4R34A 5A5WA 4X9SA 1DQWA 4UTMA 2YYUA 5CPNA 3R13A 1RQHA 1TCDA 1LRQA 2HSAA 1TV8A 1ONRA 2C3ZA 3DHDA 1QO5A 2X1SA 1W54A 1TPEA 3QH2A 5DY3A 1U5JA 2V5LA 4NJKA 3EX2A 1WBJA 4WY0F 1PHQA 1VZWA 3IIXA 1D3HA 3SGZA 2CLLA 4MY8A 3G0UA 5D04C 5I3HA 1H51A 3F03K 3DFTA 4DPQA 1B3OA 3QMSA 1S3HA 1YYAA 3QSTA 1FDYA 2CZEA 2OT1A 3O6YX 2CFFA 2ZFAA 2QDHA 4LRSA 4UC5A 4UTWC 3LRKA 2ISSA 1C9DA 1GZGA 1ZFJA 1MXSA 3KX6A 5LNRA 1A5AA 4K39A 3IIVA 4OE7A 5D05A 3W1MA 4DBDA 3PF3A 3DBPA 1KLYA 3MP3A 1LORA 4MIMA 3W2MA 4O1DA 4DF0A 3W1XA 1I2QA 3MHFA 2Y7FA 3YPIA 2A2IA 1JCXA 4N6FA 1OF8A 4JD4A 1NFBA 4OGZA 5EBUA 2GVGA 5D2YA 4CLMA 2JKAA 3JR2A 2HMCA 5CPOA 1WXJA 2DZXA 4R33A 3PBYA 4X2RA 2JGQA 1SR9A 3C3NA 3M44A 2QCGA 3CEUA 1C8VA 3W22A 1H50A 2NXIA 1IXPA 3W70A 1JCLA 3BG5A 3USBA 2GVJA 4EIVA 5EA9A 1LRTA 2FB2A 3IGUA 3M5XA 2UV8G 1VPXA 3L68A 1GTHA 5U4NA 1T0OA 3H55A 5F4WA 1AG1O 5CSRA 2JKEA 3RLUA 1ML1A 2BWGA 3THQA 4IXXA 1YLVA 4JR5A 1KV5A 4LC8A 1OHLA 1QPOA 2C18A 1J4EA 3R12A 4YL2A 2WNNA 2E5DA 1FCBA 1Y0EA 4UMBA 3GR7A 1YXCA 3S9YA 3IGXA 1X8FA 1A5CA 1GVFA 2GQ8A 2X30A 5TIMA 1ICPA 2WPBA 4UNKA 3N19B 3TFCA 1K3UA 3TX9A 3E0IA 3UQNA 5A8GA 3W6YA 3T40A 4IQLA 4UR7A 3P82A 2TMDA 2YYTA 1ZNNA 4OBTA 2QCLA 3I68A 4XTIA 4IWWA 3G24A 1TPUA 2PCQA 3N73A 4IMDA 4YLWA 1FWWA 1QNVA 2PRHA 2RH9A 3MYPA 4XKYA 3GKAA 2GVLA 1KTNA 4IPJA 4Q4KA 5L6UA 1OYBA 3NQVA 1YTKA 4LV4A 3KVLA 1LROA 4O0KA 3LTSA 5FEXA 4XBSA 3W1RA 1RQEA 3CWNA 4FX6M 3O1NA 4N9BA 1Q6RA 1SO6A 4MFEA 2ZRZA 1H60A 1WQ5A 4GUGA 1PVNA 5SWUA 2J9YA 3M5YA 4O14A 3W7NA 1IXNA 3CM4A 1NF7A 4MZYA 3TKFA 1D9EA 5KINA 5LNWA 2DP3A 3ABSA 1YDOA 1SZFA 2NUYA 3LHWA 3K30A 1G7VA 4NNCA 1BEUA 1LOLA 5KITA 3P67A 3FLUA 3L2IA 3LXAA 3S5OA 1DJQA 1HL2A 3W7CA 4UTWA 4UMCA 3O16A 1EUAA 4FX7A 3DH7A 3EB2A 1UB3A 4QNEA 4AMAA 4NZJA 1VYRA 2DZUA 4RJEA 4MLRA 4LY8A 2J9XA 4K6AA 4LU0A 4O52A 4A2RA 3BVJA 4K8EA 3TNOA 1QPNA 1F6PA 4JTSA 3V75A 3QC3A 4X22A 5DBUA 3SFKA 3PBWA 2QAPA 4CNPA 1GWJA 4O17A 5BMWA 1F73A 4UXDA 3TMQA 2YZRA 1BKSA 4A29A 4HPXA 3N9SA 1TSIA 1IGSA 2C14A 1FY6A 4HNVA 3WJYA 1G69A 4K7YA 3LCWA 3SJ3A 2C0AA 4LS1A 1QMLA 3W1LA 2FPVA 8TIMA 4JYEA 2FPYA 1Q3NA 3G1FA 3SSJA 5CPLA 5KSWA 2X2GA 4OV4A 2RKXA 4QIUA 1WX0A 4JGDA 2C19A 2Q8ZA 3DZ1A 3T44A 1MEWA 4YCPA 1W37A 4LRTA 3L0KA 3NZ1A 1TJPA 5HR7A 4JICA 3Q94A 1EP3A 3I7RA 2ZDRA 1TRIA 4Q33A 1DVJA 4ZQRA 3SI9A 1FWTA 4A22A 4LC6A 1EUNA 1K7EA 1XUUA 4Z1AA 1D3GA 3NPWA 3STGA 4PTNA 1AW5A 3PUEA 5DCBA 4Y6GA 3M5VA 2NZLA 4O53A 3FFSA 1G7UA 1EP2A 3CC1A 4EVZA 1G4PA 3IV3A 3UNDA 3TDFA 1MSSA 4DBEA 3W75A 4JS3A 2D73A 1FCUA 2Z0IA 2QF7A 3CPRA 5HNRA 4MY1A 3ANYA 3Q2DA 3N9RA 4FNUA 4UFLA 4O0ZA 4DO5A 4MKNA 3BW2A 5CZJA 1U83A 2ATSA 3TC7A 3C61A 2E77A 3P5ZA 3DENA 1OFAA 2CZFA 2QAFA 1IIHA 2H6RA 1JULA 3DXIA 5L9FA 2QUVA 3NGJA 3S42A 3W7GA 2Y70A 4Y96A 4ICNA 4O18A 3EX6A 3PC0A 4JNMA 1NAL1 3NQFA 5BMXA 3I7SA 2FFCA 3TCEA 3TQKA 3HIJA 1TJRA 3A5VA 4HSNA 3THAA 1N8FA 3B0UX 5D37A 5K4ZA 3KRSA 3A22A 3ZFHA 4EWND 3W2KA 4FIQA 4HKPA 5AB3A 4CQAA 4LVFA 4NXKA 1W5PA 1JRBA 1VR6A 1ALDA 1KM4A 3AJXA 3S5YA 3U6WA 1T96A 4FIRA 3AO0A 1W3TA 2V81A 1RQBA 4LNYA 2YW3A 2ZZ6A 4JY8A 5EL1A 4NJHA 3GXPA 1CX9A 4JTLA 3LDVA 4AF0B 2Y7DA 2TPSA 3G0XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5I3FA

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