5I3F | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3fA00

1H61A 5EA9A 3LRMA 4ADUA 1AL8A 5FEPA 3M5XA 3L9CA 1GVQA 4Z0SA 3NQVA 4RX0A 3P5YA 4R33A 3MHGA 1V7YA 1N55A 3P82A 3TK7A 3TX9A 3VFLA 3W1MA 4O18A 3HGOA 5AHMA 3WK3A 1FXPA 1YDVA 2BTMA 4NVTA 3OBKA 4MYXA 1LOLA 2VELA 1HO4A 2R14A 1OX4B 4GC4A 3S5ZA 5ABTA 1HL2A 5F2MA 1TMHA 1YTDA 4HNUA 4BI7A 2DZUA 2OJPA 1LYXA 2CLFA 1YTEA 1OX5A 1IIGA 3IIVA 2YFOA 3TV8A 1PV8A 4ZVJA 2X1RA 2V9DA 4JTHA 2A4AA 3OVRA 3SFKA 2NXGA 3MMTA 3NPUA 3DH7A 3NL2A 2RFGA 5K2ZA 1XFBA 1QWGA 3WK1A 1FX6A 3OVPA 2GJLA 2ZTKA 3TFXA 1VHNA 1L6WA 4JD4A 4MPQA 2OT1A 1W56A 3A22A 2YGYA 2J27A 3P7YA 3TW6A 3NQ8A 5K9XA 2QUVA 4O0KA 2C3ZA 4JS3A 4AHOA 3T40A 3TA6A 4KFOA 1DQXA 4XTDA 3S1VA 4ZZ9A 1CI1A 3HPZA 3NQFA 4JN6A 4JGDA 5A5WA 1OFQA 3LCLA 3KRSA 1ZALA 4OHQA 5CKSA 2A7NA 1N7KA 4I7UA 4LV4A 1FY6A 1T96A 2D73A 3LXCA 1F2JA 1G7VA 4GJ1A 1VPXA 1QOQA 2PRHA 3ZR4A 3FLUA 5AC8A 3EX2A 3W86A 2Y62A 1H7PA 1OFOA 3HIJA 3O6CA 1L6YA 4O17A 4UFLA 3CB8A 3UXDA 4O19A 3GR7A 4RK8A 1TPDA 2CLLA 4HSOA 4TMBA 1SUXA 3ABQA 1YLVA 3HMJG 3M43A 4W9TA 3KVMA 3UZ5A 1KFKA 3C6CA 1ZCOA 4DQWA 1MO0A 1Z42A 3PSVA 1XI3A 1OX4A 3IGXA 5DBUA 4RZ5A 1TPFA 1FQ0A 3CIXA 1UASA 1OFPA 4YXGA 1GVRA 2GPTA 4RZ4A 3P60A 1KTNA 4C1LA 2R94A 2AQWA 4JTGA 4FX8A 1S5WA 2NX1A 2NLIA 1EIXA 2CLMA 3RLVA 4IMCA 4YCPA 3WFAA 5E0KA 3PAJA 3OIXA 2FPYA 5LHEA 4O1AA 1GPWA 3IEBA 2HS8A 2BXVA 2QJIA 3W1TA 4AWSA 4Z1DA 2YCEA 1JCNA 4N4PA 3UWVA 3Q58A 3KHJA 4LS1A 3G1SA 1NFBA 3G8RA 4DEFA 3THQA 2EAWA 3NG3A 1GEQA 3FS2A 1H51A 5I3FA 1L9WA 1RR2A 2FIQA 2ZZ1A 1DVJA 4M6VA 3RMJA 3M1ZA 3TAOA 4ML9A 2QDGA 1SW7A 3TDFA 3CT7A 2RH9A 4GWEA 2Y85A 3EEGA 3TH6A 4DBEA 3NAVA 1B57A 5HR6A 4BR1A 4RR4A 5D32A 1EP1A 3B4UA 1RD5A 3M41A 2A1YA 4PEKA 3UQNA 2CLHA 4XBKA 2ZZ7A 4N4QA 2PRLA 1IGSA 1QMLA 3FYPA 4WXYA 3VCRA 4NNBA 2ALDA 4YLWA 3W7HA 2J88A 3QPYA 1XBVA 1KFBA 3LB0A 2E09A 1IXQA 2H3BA 1TV5A 3CHVA 1OX6A 2BX7A 2DJXA 2VFGA 3KXQA 2ISWA 2PURA 4JNMA 3LCIA 1ZJIA 3M6YA 3NL6A 3L21A 1EEPA 4A22A 1DV7A 2DJLA 5D2VA 1FWSA 3SZ8A 1XKYA 1D9EA 1SO3A 2V5LA 3PB0A 3GKAA 4QISA 3E9AA 2Y7GA 5AHIA 2HTMA 5AHLA 1KTCA 4O8RA 3UYCA 1JUBA 2HMCA 4UFHA 3LI0A 2QJGA 1TJRA 1M7PA 4NXSA 3NXFA 4E0CA 1GOXA 3ELFA 3W2NA 3W3OA 3G1VA 3GXTA 3G0UA 4O13A 4ORMA 4O16A 1TPUA 4BI5A 4QNEA 4X2RA 2GQAA 1FDYA 3GNNA 1RPXA 5K7JA 4LY8A 1LLZA 4UR8A 1JVNA 3U2OA 4YMZA 1G4EA 3W7JA 3S1WA 1K8XA 3ATYA 4HNVA 1DJQA 4NNCA 3VI2A 5CGQA 4FXRA 1KLYA 2H8XA 3DFNA 5DXYA 3W76A 5J5DA 2V81A 3I68A 4K38A 1XM3A 3GXNA 4RV8A 2FJKA 4K7VA 1OG0A 1X1OA 3DU0A 3JR2A 5LNRA 1TTJA 1TREA 1LBLA 5FEXA 1AW2A 2OCZA 1DHPA 2ZRXA 4O1BA 3LCWA 2AAMA 1ONRA 2V5BA 4NJKA 2VFIA 3LERA 1QCWA 4O0ZA 3DFQA 5SWUA 1SPQA 4X3ZA 2VXNA 5F1UA 1IIHA 3O15A 4MY8A 3UWWA 4QITA 5I3KA 4DO6A 4Z1AA 4NX0A 4XBSA 3W88A 5HUOA 1OVDA 5LHFA 4GUGA 5LGXA 2ZBTA 3TSBA 2Y70A 3R5EA 1S3HA 3LX9A 2TSYA 5BNKA 2ISSA 1QFEA 3F4NA 2DU2A 4GXMA 1P0NA 1Z41A 1WDWA 1UBSA 2E6YA 2QAPA 2YR1A 1T99A 3OVQA 1OHLA 4E2DA 2RHGA 4DF1A 1QPNA 2WSYA 5BRBA 1A53A 2E6FA 1OFEA 1LP6A 3W71A 1K7FA 3GR8A 5AHFA 1H1ZA 4ZQMA 3GAYA 2NX3A 3NZRA 5D2YA 2F84A 1F5ZA 4AHQA 1MEHA 1YTKA 3CM4A 4CQ9A 3GXPA 1AW5A 3ANYA 3NQGA 5FF2A 2XFWA 1PHQA 2O7SA 4XKYB 2ZRZA 4IPIA 5BMWA 4A21A 1WBHA 3QH2A 2J9XA 3W1PA 5G2WA 1OYAA 2WSQA 3C52A 1G4PA 2ATSA 4OBTA 4N9DA 4EWND 1W5PA 1F6PA 1CX9A 3Q37A 2NWSA 3FKRA 3TUUA 1NF7A 2R91A 1W3IA 3W9ZA 2E5CA 2J9YA 1OFBA 4IPJA 1TYGA 2EPHA 1KM1A 5AC7A 3B0PA 3L0NA 3TQVA 1JQXA 1I2PA 5C55A 4Y8FA 5KITA 3UNDA 4ZL1A 3BLIA 2VFFA 4M5PA 4PFMA 2YYTA 4UTTC 4B5NA 4BF9A 1YADA 5IBXC 3UWUA 3VKJA 1XDLA 3LCGA 4GE8A 1L6SA 2QF7A 3MYOA 2V8ZA 1JCJA 3L68A 1QPQA 4Z1BA 3TROA 3G3MA 4MLJA 3SW6A 1OK6A 4LTSA 5G4EA 2P10A 3DHFA 4LC8A 1GZGA 3GDKA 4MZYA 4PC8A 4NZFA 1GG0A 3MJYA 2J6XA 3CTLA 3LBCA 2BSLA 4UNLA 3STFA 2ZRVA 2Q8ZA 2Y88A 2Z1BA 4MKNA 4A29A 3TNOA 2DZVA 3LCFA 4RXFA 1LBMA 1VLIA 4WOZA 3SJ3A 3DFTA 4TIMA 4O11A 4UTWC 3UZJA 4I7VA 4QM1A 1PCKA 4Q33A 4XKYA 1VHCA 3S6DA 2ZA2A 1W5NA 6TIMA 3LHTA 5DY3A 1SO5A 2ZQ0A 5D33A 2ZZ6A 1TJPA 1B4EA 1W3TA 1DL3A 3G1FA 3GLCA 1Q6LA 4JTSA 4JYDA 1HTIA 2PE4A 4GRSA 3LGEA 4EVZA 3HO8A 5AOUA 3I7RA 3O6DA 3PF3A 4XWUA 3RLUA 3DKLA 5CZJA 1W3NA 2E6DA 4DF2A 2JGQA 4O52A 3T55A 2A0NA 2NWRA 3L2IA 1T8XA 4AWUA 3WJYA 3M47A 1TPC1 5LNUA 5D09A 1PVNA 3HF3A 1YDOA 4IJBA 2QCCA 2WV8A 3GAKA 3ZFHA 1O4UA 2FFCA 1EP3A 3PBUA 5HNRA 1R47A 2A6NA 4RZ6A 2QCLA 4ZQCA 1XUZA 7TIMA 3NVTA 1VCVA 3H55A 3KVLA 3TC6A 3TJXA 1SQ7A 3EXRA 4I7WA 2FLIA 4O28A 3PULA 3L67A 3N9RA 4UMCA 3LTYA 4YWIA 2Q3RA 4UTUA 1GVSA 1UUMA 4WY0F 1LM1A 1LOSA 2HSAA 1VS1A 5BOOA 5AYZA 3ZWTA 1I2OA 1YXYA 4K39A 1PL9A 5I3JA 2FB3A 1DKWA 4FXSA 4GNJA 1KW1A 2PCQA 3S1UA 5D03A 1ZNNA 5HINA 2H3DA 1I4NA 3RK8A 1VH7A 3EX4A 1B4KA 1EWDA 1WAUA 1Q6RA 5MHBA 4ORIA 4JX6A 1MXSA 4LVBA 2RDTA 5D02A 3GNDA 3FYOA 2WJZA 1OJXA 4WQ6A 3U6WA 3BV4A 3ABOA 2IQTA 1Q45A 3CQ0A 1OYCA 1SSDA 3QJAA 3RFAA 2VFHA 4NX5A 4NJIA 2FTPA 4U28A 2TMDA 3W85A 5CSSA 4L4LA 2PC4A 1GQNA 3C2VA 2ZCGA 1EUAA 4JEQA 4FIRA 3UPWA 1VJIA 4JTIA 4EOUA 3C2EA 3TE9A 4LW7A 1KM3A 4UMBA 1JULA 4UTTA 2QEZA 1QO5A 2C15A 3W7CA 1U83A 1X7FA 2BLEA 3HBLA 1M7OA 3KRUA 4BWLA 3LDVA 2Y61A 1T0OA 3F4WA 3FJ6A 3M0ZA 3U8GA 4N6FA 4UIOA 2JKAA 5DXXA 4QQ3A 1JUKA 4RLIA 3P8IA 4I9AA 3DFOA 3DI0A 3S1XA 2NX9A 4JR5A 1LRTA 4L4MA 3T78A 5FESA 2WNQA 3P74A 3S5OA 3GZ3A 4U4MA 3M5YA 2FQIA 1W0MA 3NQEA 2GOUA 3BG9A 2LLEA 3QMSA 3ZWSA 2I9EA 3STEA 1H7OA 2QCHA 1L2UA 4MFDA 4UTWA 2BWGA 1LDCA 2V2HA 5DCDA 3G1XA 4GFSA 5D2XA 2A2IA 3WK2A 3A5VA 4HT3A 5D38A 1NF0A 1ME8A 4GUFA 5D37A 4ICNA 3DFPA 3C0JA 1EWEA 1O5XA 3AO0A 3BO9A 1QAPA 4KFPA 1VCFA 1P4CA 5HUPA 3G1AA 2QUUA 3V75A 4DBDA 3T4CA 2JK2A 1LLWA 4HNNA 5K4XA 4Q32A 4OQVA 3MHUA 4JTLA 3HOJA 4CQAA 3NL3A 3A23A 1ADOA 1KM5A 3IVTA 3R12A 1W5QA 5AHEA 2VOMA 3W1QA 1ICSA 3C56A 5CSRA 1FDZA 1XDMA 2YW4A 4YL2A 1R2TA 3F1QA 1G6CA 3C3NA 1KFEA 1ZHAA 1JJKA 1XXXA 3TSDA 1AMKA 1KM0A 1DOSA 1FWRA 2V82A 3NNTA 4S2CA 5LNSA 4FNRA 5BW6A 5A8GA 3DENA 1KM6A 3IV3A 3BG3A 3W2MA 1LOQA 1ZFJA 3NM1A 4QSHA 2FB2A 4M19A 3IVUA 4ZQNA 1LCOA 1YYAA 2VFDA 3HPSA 3O07A 4PODA 2XN1A 4UCGA 3UY7A 2RDUA 5E93A 1QPOA 4CNNA 1GWJA 2TYSA 2YW3A 5EBUA 5G2IA 5I3GA 3QW4B 1WXJA 3EWXA 3UWZA 3GIYA 2ZDRA 4O15A 1JR1A 3EXTA 4N02A 1R2SA 3W1AA 2P1FA 5L9FA 4UTHA 4S1FA 5DY2A 4AAJA 3G18A 4N9BA 1PE1A 4NNAA 1H63A 3GB6A 2C14A 3M5ZA 4POCA 2FPTA 4MY1A 1EPXA 4CCEA 3W23A 1YPFA 3LCXA 1K7XA 3LI1A 5F2LA 1ICQA 5D2WA 5G1YA 3MO7A 4H3DA 1LZOA 1SZEA 1F76A 3TIMA 2GQ8A 1SFLA 1O94A 4QJ1A 1MSSA 3LOTA 1R46A 1ME9A 2E6AA 4ALDA 3IRDA 4UFIA 2B7PA 3G1YA 3W7MA 2WKJA 2A6LA 3T44A 2ABAA 3I7QA 3W7RA 3E49A 5CPOA 1JCLA 3WJWA 3NQCA 3R8RA 2VEIA 2QUTA 4S2BA 4ZQRA 1CW2A 3P8JA 3W1XA 3BGGA 5L6UA 4AVFA 1V5XA 4ONVA 3A9IA 2H8ZA 1H62A 4LUIA 1J5TA 2DZSA 4MUZA 2Y7DA 2KZHA 3L5MA 1TB3A 5AYYA 8TIMA 3NO5A 4PL1A 4Y9AA 4N9CA 4XUGA 2P0OA 1NEYA 2YSWA 3C4UA 5C5YA 4O12A 3O8AA 1YXDA 4KWWA 4PH6A 3OHIA 4JIQA 1F7BA 4IOTA 5K9DA 5EYWA 5FF4A 2OZ0A 4HIBA 1QNVA 2FDSA 1VC4A 2Z6IA 1MZHA 4IMEA 4P61A 4AHPA 5AB3A 3EWBX 5EPDA 2QCDB 2NZLA 3W74A 3DHDA 3W2UA 1KA9F 2E5DA 3SI9A 3G3DA 3LCHA 4LS2A 3TR2A 4RJEA 1KBJA 1C9DA 1LBFA 4HPXA 1LRQA 1M6JA 2CZ5A 4NUWA 2GJNA 4R34A 1OF6A 4YCOA 1G7UA 2DZPA 2ZZ4A 1F6KA 2YDAA 2Z2UA 2QCGA 2QCFA 2I1OA 1O60A 1WYIA 3HJZA 3LBMA 1OFRA 1I2QA 3W70A 4JX4A 2FPVA 2QJHA 1VCGA 5I3IA 3STCA 4LRTA 5AYXA 4LVAA 3IVSA 4LUJA 4OU1A 1VRDA 4XQ6A 4GBUA 3PY2A 4AMAA 3UY8A 4BI6A 1X1ZA 3CC1A 2I14A 3PSWA 1ZAIA 1I8JA 2XN0A 4FEZA 4JX5A 5E1QA 3UXAA 4KWVA 3CU2A 3L5LA 4N9EA 4NXKA 3L5AA 4JY9A 2V2CA 3G1DA 3DGRA 1TV8A 3NYZA 3EX6A 5DN1A 3KFTA 5F2IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5I3FA

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