5I3G | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFAVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3gA00

4U4MA 1TPWA 3N9SA 1I45A 2VEKA 4HPJA 4KWVA 1QOQA 3EXTA 2CZ5A 5LNVA 3Q94A 1VR6A 3EWXA 3SZ8A 3E9AA 1HL2A 2VFIA 2VFEA 1OX4B 3NA8A 2Q3OA 5C55A 5EPDA 1GTEA 1N8FA 1WBJA 3W7CA 1GVSA 5LKYA 1O60A 3N14A 1FWNA 4DPQA 1RR2A 2FPYA 1EB3A 4M19A 3C2OA 4FNSA 2ISSA 2J9ZA 3MBFA 2QUTA 4UTTC 1FCVA 4GE8A 3EWBX 1U5JA 3G18A 5DCEA 3MW7A 3N73A 4FB7A 1NFBA 3GK0A 2RHGA 2G95A 4AWUA 4DBEA 5KZMA 1W31A 1X1OA 3TA6A 3DFNA 3KVJA 2YCEA 1O5XA 1RQBA 1JQVA 3BO9A 5AHIA 4JTFA 1TPFA 4RXGA 3FIGA 1F6KA 3TUUA 3PWAA 3CIWA 3W72A 2GQ9A 3PY2A 2NV1A 3LOTA 1FX6A 3NYZA 4FX7A 2WOQA 1VPXA 5F2MA 2VENA 4ADUA 2V82A 3CB8A 5L9FA 2QCEA 4OV9A 5AOUA 3TC7A 3IGSA 4TX9A 1H7OA 1KTCA 4RLIA 4UTLA 4FX8A 4JX4A 3LV5A 3T4CA 2QJGA 4FIRA 1I2RA 3UZ5A 4AAJA 4PL1A 1N55A 1OX4A 4AHOA 1NSJA 2CLMA 3P74A 5CZTA 3PSWA 2Y70A 2V9DA 4IUOA 4LRTA 3W7OA 5C6MA 8TIMA 5D05A 4Y6GA 3VCRA 2A6LA 3GDMA 4NJGA 3FA5A 3M0ZA 3HJZA 1FWRA 3CEPA 3W7JA 4PODA 5CPNA 1VLIA 1KM1A 3M7WA 2D73A 5K4ZA 4GUFA 2I9EA 3M5XA 3TXZA 4MVAA 2C1HA 4GRSA 4R34A 3DI0A 4I7VA 4ORIA 3LCXA 5BMWA 3W7NA 3P7YA 3TW6A 3W7LA 1KFEA 2B7OA 4LNYA 4WJEA 4UFIA 4C1LA 4AHQA 3OBKA 1L6SA 1I8JA 3LDVA 3G24A 1GT8A 3TH6A 4RCXA 2V2DA 3M16A 4O50A 3W2KA 2DZXA 4GC4A 2PURA 3WJSA 1FDYA 5DN1A 1A50A 3N34A 4XUGA 4LC8A 4FNTA 2ATSA 3LM7A 3L21A 1TQXA 2XN1A 1FWTA 3P60A 2V5BA 1OFDA 3DFOA 1TPUA 2QKFA 3IIPA 4DBDA 3S42A 1JCJA 1DQXA 4HSOA 4A22A 3F03K 1LTDA 2JGYA 5IBXA 3TMQA 4QJ1A 3S0CA 5J5RA 3MP3A 4FHAA 1VGAA 4Z1AA 1L9WA 3UWQA 5DBTA 1UJPA 2B7PA 1M6JA 1H5YA 4NU7A 1PIIA 1K03A 1KFBA 4O13A 5FF3A 3TJLA 3HG4A 1W1ZA 3E0IA 5K9DA 2C15A 3DFPA 1C8VA 3IRDA 3TQVA 2FDSA 1VH7A 1EPXA 3OIXA 2QR6A 3BK0A 5I3JA 1UCWA 4PEKA 4BI5A 4WX2A 3W86A 4P61A 3QMTA 4MLJA 4DXVA 1W5PA 3QH2A 1XBYA 4K38A 4UR8A 1OYCA 4JICA 3KHJA 1WDWA 5KZDA 1NVMA 1UBSA 3GB6A 2EKCA 4XTIA 3O63A 3NO5A 2QF7A 2HMCA 5G4WA 3CWOX 4OQVA 1G69A 1HO4A 3PULA 1SPQA 4Q4KA 1EP2A 3BW4A 3KOFA 5G5IA 4FEZA 3HG3A 1OG0A 3P81A 3HQ1A 4S2BA 1I2PA 5CZSA 3L9CA 2BX7A 1TPH1 1KLYA 4YMZA 2YR1A 4CQAA 2CLHA 1WBHA 5SWUA 2NWRA 1SW7A 2YX0A 4QQ3A 3GKFA 1I2OA 1R30A 1UUOA 2QCDB 3MI6A 4LW7A 1TIMA 3GZ3A 2ZZ5A 3G1DA 3ZWTA 4EIVA 4JR5A 1F7BA 3IIVA 4JDYA 4EOUA 3W1TA 1AW2A 2FJKA 1H7XA 1ICSA 1LRQA 1YXDA 3KFTA 3DFTA 4LUIA 4O17A 3W71A 3BLEA 2Y88A 4HKPA 4OHQA 3IIXA 4IPJA 4MZYA 5EL1A 3W7HA 4TMCA 3VE7A 4JN6A 4DO5A 5T26A 2ZZ3A 3Q37A 1H50A 1OJXA 2FQIA 1SW3A 1Q45A 3THAA 4HNTA 3QJAA 2QCHA 4IGHA 2B0MA 3V1PA 3MHUA 1QPOA 2VEIA 5F2GA 2P1FA 4XTDA 5FF0A 1PCKA 4M7TA 1TPB1 4P2VA 3R89A 1QWGA 2J88A 1WAUA 5F4SA 4WXZA 5K3VA 3ZR4A 1PVNA 1OF6A 1OFAA 1J4EA 3QFEA 2Y7GA 2TSYA 4ZQNA 1TCDA 2WNQA 3NAVA 5KSWA 4O16A 3C2RA 5I3KA 2OT0A 4TR9A 6TIMA 4KFOA 4LV4A 4O54A 3WK3A 3NPWA 3DFSA 4FIQA 1VYPX 1QO2A 3S8HA 2GPTA 3LCHA 5F2IA 1F5ZA 2YYTA 2Y85A 3MP5A 3QW3A 4UTMA 2JKAA 1ZJIA 3CIXA 3CPRA 2CW6A 1Q6RA 3S5OA 5KITA 3S5YA 1G7UA 3EKLA 3PAJA 3BW3A 3EX1A 4A3UA 3QZEA 4MUZA 1MZHA 4N6EA 3PB2A 3MWAA 3LHZA 1W54A 4Z0JA 1KM2A 2E6FA 2WSRA 2ABBA 1GPWA 1I2NA 3M44A 3GX9A 4LV9A 4WZHA 5F4WA 4FNRA 1PE1A 3ATZA 4POCA 3LCGA 3EX6A 3W7PA 1M5WA 3Q2DA 3FJLA 2DZWA 5IBXC 3HGOA 1W0MA 2X2GA 2YGYA 2ZZ2A 2GQAA 5FESA 5C2XA 4NXSA 3QYQA 3TJXA 2J9XA 4GUGA 1K7EA 3C3NA 5D32A 3PS7A 4MKNA 3W1XA 3PM6A 1P0NA 4K36A 2E5DA 3S1XA 1R47A 5TQLA 2I1OA 3W1LA 1B4EA 3LLFA 4ALDA 3L5LA 1FXQA 3NL2A 4S2CA 1S5WA 3W2JA 1GG1A 2ZYFA 4JY9A 4DF2A 4K37A 5BMXA 2JKPA 3F1QA 1TTQA 1WV2A 2H3BA 3N19B 2V2CA 3SR7A 2JKEA 1JR1A 3LHVA 2YPIA 3W76A 3BARA 5KMYA 1IXNA 1OX6A 2JGQA 3R13A 1KLZA 4JTTA 5D04C 4O15A 3QMSA 5AYYA 4M7SA 1FCQA 3W2UA 4UMBA 4JYEA 4OWGA 2CLEA 1WA3A 3G1HA 4FO4A 4IMDA 3S1WA 1QNVA 4Y96A 3P82A 3A5VA 4EWND 3FFSA 1ME9A 3GDKA 3RK8A 1G4EA 3SI9A 3EB2A 1OK6A 3IGUA 1SZFA 3BV4A 3NEVA 1M7OA 3I6RA 2C14A 4BFAA 2CLLA 3ZWSA 1TB3A 4QM1A 3DHDA 3W74A 4O18A 1VQTA 4UMAA 1SU5A 3P5YA 2DZTA 3WJZA 1JUEA 2V8ZA 5D30A 4ZQCA 5D03A 1VCVA 4Z1BA 1EEPA 4UTKA 1SO5A 3M5ZA 2E5CA 5DXYA 2QUUA 1G7VA 3UY8A 1PL9A 2X1TA 3T7VA 4N6FA 2VC6A 1QOPA 3AJXA 3KVKA 4UTUA 1Z48A 4H4IA 5CSRA 1XCFA 3JR2A 2RDWA 2NXHA 2QCCA 3IVTA 2EGZA 3W85A 4EF9A 3B0UX 1ZHAA 3C8FA 3EWUA 5HINA 4JX5A 1AMKA 4IX0A 1HTIA 4NXKA 2VOMA 5IM51 5AC7A 3P67A 1TPDA 3GIYA 4X2RA 5D09A 2BTMA 1VLWA 5LHFA 2Y63A 1XL9A 2WJZA 1PCWA 2YFOA 3CEUA 3NXFA 4MPQA 1G6CA 1SO6A 3ZS4A 4ORMA 3WFAA 1KV5A 3C61A 3NNTA 5D2TA 1A5SA 2RH9A 1H7RA 4CNPA 4ZVJA 1OF8A 3I68A 1X8FA 4J9JA 5TIMA 2P0OA 3NPXA 2ALDA 4MIMA 3GDTA 4CNOA 4NJIA 4N9DA 2ZRYA 1L6WA 3I7SA 1TTIA 3LCFA 2JK2A 3ELFA 3T44A 1VHNA 4GBUA 4LVFA 2I14A 1LOLA 3HG5A 3BW2A 1KW1A 2DZUA 3GKAA 1GEQA 3HGSA 2YDAA 1JCNA 3DAQA 3QQ1A 3EXSA 5D2YA 4CQ8A 3A5FA 3W75A 3N2XA 4FNQA 4JD4A 7TIMA 4HIBA 2P10A 1YPIA 3F4WA 1F05A 3HMJG 3FEMA 5CKSA 1XXXA 4QIUA 1H62A 1H7WA 2CZEA 3FYPA 3LTYA 5EYWA 3L66A 1M7PA 3Q58A 4MLRA 2F7FA 4LU0A 3RF9A 2A0NA 3HGRA 1SW0A 1ZAIA 3L67A 3NQ6A 4EVZA 3UYCA 4I7WA 4S1FA 1T96A 2A6NA 3OVQA 2R14A 3A9IA 2YXGA 3G22A 3KVMA 3NQ2A 3TX9A 4ADSA 2Y89A 3WJWA 1ML1A 2FPVA 4E2DA 4ML9A 1KFKA 5HR7A 4IMGA 2QCLA 4YCPA 1K3UA 2J27A 1LYXA 2ZZ7A 3C52A 4X9SA 2Q3RA 2VFHA 3VKJA 1W37A 1YXCA 3NZRA 3LHYA 2FFCA 3B03A 1SO4A 2DZPA 5FF7A 4M5PA 4HNUA 4NT0A 3GDLA 2CLKA 5D38A 4YL2A 3PB0A 1OFOA 4WY0F 1TTPA 1EP1A 1K8YA 1LP6A 3EXRA 4MFDA 1GTHA 1RD5A 5AHEA 1F73A 1PV8A 4UTWA 3OEXA 4DF0A 4DO4A 3I7QA 1DOSA 1SSGA 2E6DA 4M6QA 4Z1CA 2YW4A 3NL5A 3SIZA 1LOSA 3EX4A 5EBUA 3ZFHA 3DI1A 4L4MA 4LC6A 4O0KA 2Z0IA 1KTNA 5CZ0A 3V75A 5HR6A 1JUKA 2H3DA 4WD0A 4EF8A 4E2BA 4LOCA 2B4GA 2NZLA 2C0AA 3LGEA 1R2RA 4AHPA 2E6YA 3MO7A 5G1YA 1J2WA 4N2YA 3ABOA 5AC8A 4LRSA 4R53A 1YTKA 5HJLA 4A29A 4UFMA 2BWGA 2Y61A 3VI2A 1A5AA 1BWKA 4PA8A 5DLCA 2ZDRA 1XI3A 5LZLA 2ZRWA 4LS2A 2NV2A 1DJNA 3W84A 4LVGA 3W7IA 1S5VA 1OABA 1LBFA 4AF0B 3FOKA 4RZ4A 2EHHA 2W6RA 3IGXA 3W23A 2UV8G 4UIOA 3W1AA 5CSSA 4IPIA 3TSMA 3I65A 3FKKA 4OV4A 3TC6A 3NGJA 2AGKA 2HS6A 1SUXA 2NLIA 5CPMA 3TR2A 4K7VA 1LBLA 4NJJA 4UXDA 1P5BA 4OT7A 2PCQA 4IQLA 4MFEA 3UQNA 3N2MA 1QCWA 4I9AA 1DVJA 2WO5A 3M6YA 4O14A 4MYAA 3TFCA 2W79A 3LHTA 4XWUA 4XBSA 3S1UA 2GVJA 2VFDA 3UY7A 4WY0B 1MO0A 3HF3A 4Y8FA 3W88A 1H7NA 5K4XA 2C18A 2O7SA 4UNLA 2R94A 3U2OA 5G1TA 1K8ZA 5D2WA 3GXPA 3W7QA 1CW2A 1GJPA 4NZFA 3MBDA 1TTJA 1KA9F 1EUAA 3QRHA 3NQ8A 1IIGA 1Z41A 1ZNNA 5AHLA 3D0CA 3TFXA 3CU2A 3OVPA 2C16A 5EMUA 5LGXA 3S5NA 3SGUA 2ZFAA 1OHLA 1CX9A 1T0OA 1JQXA 3BGJA 1H7PA 1ME8A 1V7YA 3PUEA 4QITA 3ANYA 1SFJA 1O5KA 3P61A 4PFMA 2ABAA 4N4PA 2A7PA 4D2JA 4DF1A 2B7QA 4A21A 1A5CA 2FPTA 2CZFA 3PBWA 4MY9A 1W5MA 4W9TA 5FEZA 3LHUA 4Y9AA 3GAYA 4MY8A 1YPFA 1BTMA 4WUIA 1VYRA 3W1UA 1SZNA 1YTEA 4O1DA 3BG3A 5CZJA 1FDZA 1XDMA 4HHPA 4JYFA 1UASA 4FX6M 3USBA 4LY8A 1B3OA 4WY0A 2CZDA 4UR7A 4IX2A 1QMLA 1GVFA 3M41A 1X1ZA 1EA0A 1YDOA 3UWUA 2ATMA 4ICNA 3A22A 4IJBA 3W87A 3QSTA 3L65A 4O8RA 3DZ1A 1DHPA 1KFJA 1Q6LA 1ADOA 1Z42A 5DCDA 4MY1A 1FXPA 1ZAHA 4GNJA 2E77A 4IMEA 4AH7A 4JY8A 1XBXA 5CPOA 3UXDA 2E6AA 3EWWA 3TKFA 3OA3A 4WQ6A 4N9EA 3NDOA 2NUYA 3TU9A 5BRBA 2NUXA 4RKAA 3YPIA 3S5ZA 1P4CA 5F1UA 4OGZA 4GUIA 1BKSA 4JS3A 3G1XA 4CCEA 1X6UA 3P84A 3UZJA 3QPZA 1EX5A 4LVAA 4UTWC 1P0KA 3W2MA 1FY6A 1LROA 1WQ5A 1XUUA 1FUYA 2RDTA 3C4UA 4PC8A 3FLUA 1OFRA 1F2JA 4JIQA 2OCZA 3W9ZA 4XQ6A 1DL3A 3NQEA 1QPNA 3NQCA 2QCDA 4GJ1A 4N9CA 3O6YX 1SZGA 2BZNA 4O19A 4RX0A 4GXMA 3INPA 3T78A 5BOOA 2G5WA 3HGJA 4DELA 1S3HA 2O7QA 3CHVA 1YDVA 2C19A 3FS2A 4NQ1A 4RV8A 1GZGA 1YADA 1Q6QA 2XN2A 1GWJA 2ZQ0A 4YLWA 4LTSA 2ZBTA 3I7RA 3WJXA 1VCGA 4M6VA 4LVDA 1QR7A 2AQWA 1LORA 3AO0A 3L5AA 3G0XA 3HG2A 5DY2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5I3GA

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