5I3G | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFAVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3gA00

1XXXA 2Y7DA 3RFAA 1GTEA 4NX0A 2C6QA 1QCWA 3PR2A 1W5NA 4WUIA 3NXFA 5G4WA 1NSJA 2YCEA 3M41A 2OT0A 4XQ6A 2QEZA 3N9SA 1L9WA 3JRKA 1JR1A 3W7JA 3F03K 5BMXA 5AHEA 3HQ1A 2P1FA 3B05A 4QISA 2JK2A 1W3TA 4UMCA 3OVRA 5K2ZA 3SR7A 2QDGA 1VH7A 4E38A 4HKPA 1SUXA 1YTEA 1M6JA 1VCVA 4A22A 5KZMA 4NNBA 4OHQA 2Y62A 5AYZA 1FXPA 1WX0A 3I7RA 1OX4A 2X16A 1OG0A 1JCJA 1GOXA 2FQIA 4O12A 3M5VA 2WOQA 3TK7A 3GR8A 3I7QA 1B4KA 3NZRA 3TJXA 2QCDA 2X1RA 1GEQA 5MHBA 3R5EA 3W7LA 3NQVA 5HQEA 4IMFA 2NZLA 3SECA 2NV2A 5G2HA 1YLVA 4EOUA 1YXYA 1ME9A 2V2HA 2WJZA 1ZAJA 1WA3A 3NOEA 1SO3A 3QW3A 2EHHA 3O6CA 3EWYA 3LV6A 3LTYA 1AG1O 1FDZA 4D2JA 3DI1A 3P5ZA 5HUOA 3UD6A 3RLUA 1DL3A 4FXSA 3O15A 1D3GA 1XBVA 5LGZA 1G4TA 4AAJA 1OYCA 3W7IA 3BVJA 4GBUA 3MYOA 1PVNA 3GB6A 3UQNA 2VFFA 4AWUA 4N2YA 2E5CA 1GWJA 3CB8A 4W9TA 3IGSA 3W1RA 1OX6A 3NGJA 3QEZA 4QITA 3TE9A 4DF0A 1HL2A 1JUKA 3O63A 5CPNA 5AOUA 3CT7A 4Q33A 3STGA 3QMTA 4K8HA 1VCGA 8TIMA 1XBYA 2DP3A 4MZYA 3E49A 1QO2A 2HTMA 2QUVA 4QJ1A 3BW4A 4FHAA 5CG7A 3M43A 3WK1A 2V81A 1LYXA 3EEGA 1DHPA 3GK0A 1KM4A 3W2KA 4BI5A 5DY2A 3TFXA 1ML1A 2X30A 1HUVA 1K7FA 3M1ZA 1NAL1 4PODA 4UR8A 4AWSA 5D33A 3KRZA 1W56A 1ONRA 4ADTA 1SO4A 3Q2DA 1KM2A 3UXDA 1DVJA 4HNVA 1ME8A 4Z1CA 1VGAA 1Q6OA 2NV1A 4YWIA 4A21A 2V82A 2EKCA 4YLWA 1OJXA 2NUYA 3T78A 5BOOA 2CZ5A 3TC7A 1WV2A 1P0KA 5AYXA 1EB3A 3M9YA 1T0OA 5I3FA 1TPVA 1TPFA 3MI6A 1WBJA 3S5NA 1H62A 2GPTA 5C6MA 4C1KA 5DCBA 4YCPA 1JCMP 1P1XA 3U2OA 4AEOA 3PUEA 4UTTA 1B3OA 2A7RA 1KTCA 2PC4A 4LS0A 1LRTA 4Z0JA 3S5YA 1VCFA 3OIXA 5HJLA 3UPBA 3PBYA 2VFEA 5CZTA 2VEMA 5LGXA 4FNTA 1K02A 4BR1A 4UTIA 3DBPA 5HINA 2CU0A 3STFA 3HGJA 1ICSA 4QAIA 3NPXA 3HBLA 2GJLA 4IX2A 5G1YA 4HSNA 3M47A 1I4NA 1IXQA 2FPYA 1GVSA 5HWMA 2YXGA 3A22A 1S5TA 1H63A 3LHWA 4O4WA 4B5NA 3P62A 4I7UA 5F4XA 3L21A 2EF9A 1THFD 3SGUA 4OQVA 1F7BA 5HWJA 1VC4A 4GJ1A 4ZQNA 3N2MA 4LTSA 5CPLA 4JICA 3U8GA 4WOQA 1TPUA 1BWLA 4IXHA 4L4MA 2CLKA 3S1XA 3IIPA 1TPEA 4LY8A 1LOLA 5EYWA 1WQ5A 4Z1AA 4N6EA 1FCBA 5AHNA 2ZZ2A 1ZJIA 3N9RA 1AMKA 4LVFA 3C8FA 2Y63A 4FNSA 3S5ZA 2QKFA 5F1UA 1UASA 3W1AA 4LNYA 3QQ1A 3MI3A 1OVDA 3P67A 4AHQA 1TIMA 1KFCA 2A0NA 4FNPA 3N3MA 2JKEA 2Y85A 4O1AA 3W7CA 1Z42A 1ZALA 4O52A 2I14A 2ZZ7A 5CPOA 2C14A 2TPSA 3IIOA 3TU9A 4UFMA 1S3HA 3B0UX 4DEFA 1EUNA 1VR6A 4ZZ9A 4YCOA 1OYAA 1YYAA 1Q6QA 3CM4A 4NXKA 4AF0B 3KAOA 2LLEA 1TQXA 3W83A 4WY0F 3OVPA 1LP6A 1LZOA 4LVBA 3W86A 4ZQRA 1QFEA 4TO8A 3P61A 3TC6A 1JVNA 5KZEA 5HUPA 4MZ1A 5DBTA 3MMTA 3QW4B 5F2GA 2P10A 4UUIA 3S5OA 5I3GA 2FPTA 3BPWA 4KKXA 3NQ8A 1JUBA 1K03A 1TYGA 3W85A 1XL9A 3VCRA 1OFOA 1DOSA 1N8FA 4CCEA 3WJSA 1SZNA 1ICPA 3C0JA 1DJNA 3O8AA 3QMRA 1YXCA 1SW7A 3LLDA 2NUXA 5H2ZA 5DBUA 3KVKA 1EWEA 3BW3A 4IX0A 1H7RA 3TAKA 3E96A 3TQ0A 3E9AA 1LCOA 4QNWA 5LKYA 3EX4A 3ABRA 2ATSA 3VI2A 2Z1BA 5D30A 1PS9A 3ANYA 3IEBA 1UB3A 2V2CA 1TJRA 1X7FA 1QWGA 7TIMA 5LNVA 2V0TA 1NF7A 4TU1A 3RF9A 3C56A 4JTEA 5EA9A 4U4MA 1SPQA 1W54A 1GJPA 2CLEA 4TMCA 2ISWA 2Y61A 2OMAA 4S1FA 3NAVA 2ZZ1A 2Y89A 2C0AA 1W31A 1FDYA 4WXZA 3OHIA 4U28A 1K7EA 1TRIA 3NM3A 4QM1A 3G1FA 3W7HA 3KX6A 2G5WA 2CWNA 3TFCA 2B0MA 3EWZA 3CQ0A 3KHJA 3C2EA 5C55A 1YPFA 1TMHA 3CIXA 2EGZA 1U83A 3LDVA 5DY3A 3UWVA 3L66A 4O53A 4AB4A 4JEQA 2NXHA 2C18A 3QPYA 5LNRA 4O16A 3F4NA 3LCXA 4OE7A 2CZFA 4QIUA 3LCHA 2H8ZA 3EWBX 2GOUA 1FWTA 1O5XA 5D2WA 3GZ3A 3LM7A 3LERA 4RXFA 2RHGA 3NQDA 3EX6A 2C1HA 4M6QA 1SW3A 2PRMA 1H7WA 3LTPA 2VEIA 3W88A 3G0UA 3G18A 4MZ8A 3VNDA 4NJGA 3LCGA 1E51A 2PRLA 2G96A 1JRCA 2X1SA 5FESA 1CW2A 3NQ7A 4DXVA 1FCUA 1FBAA 1HO1A 1RQBA 3ABOA 2WKJA 3TKFA 4JGDA 3NR0A 4HT3A 4O54A 4R7JA 3WJZA 2OJPA 3LHYA 4LUIA 4R34A 1DJQA 4OWGA 2VKZG 3L67A 4E2DA 4UXDA 3CTLA 3Q58A 4MKNA 5D38A 1HFBA 1OX4B 1SU5A 1W5PA 4NU7A 2OT1A 2H3BA 4JIQA 2YFOA 1YDVA 1TQJA 4UTWA 3LTSA 4LS1A 1EWDA 3VE7A 4EF9A 1UUMA 3QZEA 3O07A 1H1ZA 3GDKA 3L9CA 2DJXA 1OFAA 2AQWA 2QCEA 2QCDB 4OGZA 5K9XA 4UFIA 3QRHA 3G3MA 4IPIA 4ADUA 3H53A 3BV4A 3HIJA 3BO9A 1M7OA 3GAKA 4GUJA 3C52A 4FX8A 4DO6A 1I45A 2B7OA 3AO0A 2GUUA 4GXMA 3C61A 4AHOA 1EIXA 2OX1A 2DZWA 5DCEA 1QPOA 2E68A 2Z0IA 3JS3A 5KSWA 1H7OA 3C4UA 3TX9A 1R2TA 1LLZA 3LRLA 3RK8A 4JTLA 5AN7A 3PSVA 2YR1A 5FF4A 1OF8A 4WOZA 1UCWA 5E1QA 4ML9A 1EA0A 3W6YA 4NXSA 2ZRWA 4S2CA 3W22A 3GXTA 2KZHA 3R89A 5DCDA 2JKPA 4K36A 1GQNA 1F73A 1XI3A 1V5XA 1FDJA 3LX9A 4O50A 2Q8ZA 3M6YA 4Q4KA 1BTMA 4RZ5A 1QPQA 1EP3A 4NNCA 4CLMA 4LC8A 3O16A 3W23A 5D04C 1J5TA 2XN2A 3MUXA 3G1XA 3QQ0A 1KFJA 1DQWA 3TJLA 3VKJA 1AK5A 4M19A 4UFJA 1EP1A 4NVTA 2ZTKA 5A5WA 1O60A 1P5BA 3TXZA 4QNEA 4ORIA 4X9SA 1FCVA 1IIHA 5FEWA 1Q3NA 2NWSA 1ZHAA 3BK0A 3TMLA 1TRDA 2JGYA 2QUTA 3KXQA 3LHUA 3FKKA 3RMJA 3LB0A 5LNSA 2VXNA 3EWWA 4Z1BA 4FF7A 3M5ZA 3OVQA 4CQAA 3FFSA 2WNNA 3LRKA 1H61A 5D09A 3B0PA 1YDNA 3W1XA 4WD0A 3ZWTA 4JX4A 2NLIA 3LHZA 1S5VA 4PEKA 3CC1A 5E93A 3FJLA 3TQKA 4AHPA 1JCNA 3B4UA 5L6UA 4N02A 2FIQA 3HGOA 3G1VA 1R30A 5CZJA 4O57A 5EKYA 5AHLA 2FJKA 1KM5A 3D0CA 4O8RA 3N2XA 3UY7A 3DFNA 4P61A 4PFMA 4POCA 1GYLA 1RQHA 3P81A 2BZNA 2QF7A 3UWYA 3IV3A 5TIMA 1WOAA 4LV9A 4ADSA 5K7JA 3B0VC 4G1KA 1AW1A 3L0NA 3QF0A 2B4GA 3KRSA 1G67A 2O7SA 4NT0A 4Z0SA 1KLZA 2VFHA 3DFQA 2WNZA 3W7KA 3P5YA 3TR2A 2H90A 2CLLA 2J88A 3ZFHA 2GJNA 1H7XA 1WOBA 1KFLA 3GR7A 4UTLA 3O05A 2P0OA 4FNRA 1X1ZA 3UWZA 1RD5A 3G8RA 1XCFA 4X2RA 3W7RA 1O4UA 4ZVJA 1SZFA 4H4IA 2NWRA 1IXNA 1KTNA 1F76A 1SR9A 1GG1A 1V7YA 4O1DA 3W7EA 1W8SA 2YYUA 3DFOA 3KVMA 1I8JA 1R2RA 1TPWA 3G3DA 4LWWA 4N9EA 4P2VA 4TMBA 2H8XA 4IJBA 4MYXA 2E5DA 2VFGA 4LU0A 3G1DA 4XKYA 1MZHA 2XN1A 3GIYA 4GNJA 3MHUA 4FB7A 4A2SA 3O06A 3V75A 2E77A 3TIMA 1KM0A 3ZWSA 1SQ7A 5SWUA 3S42A 3T44A 3EXRA 5F4SA 4JYEA 2F84A 1K7XA 3W3OA 1TV5A 4Q32A 3N14A 2Y70A 1W37A 2DZTA 3MP4A 4IMGA 2WPBA 1H5YA 3P60A 2PCQA 5IBXA 1VYRA 4KFOA 4RZ4A 1TTPA 5KZDA 2ZA1A 1W1ZA 4GE8A 2YX0A 1RPXA 5A8GA 3GAYA 3CPRA 1LM1A 5KITA 3GX9A 5G5IA 3SY5A 4MVAA 2J27A 1ZCOA 2BLEA 3EXTA 4FNQA 4RR4A 3LCLA 3GDLA 4UTTC 2QAFA 3WJWA 3MHFA 3B8DA 3S6DA 2O7QA 5LHFA 3E02A 2NXIA 1VYSX 4Y8FA 3C2RA 2FPVA 1OYBA 3L5AA 3NM1A 3STCA 1I2NA 4JTFA 2QCNA 2WSRA 3MBDA 4GUHA 5CPMA 1A5CA 2NX3A 4IQLA 2HMCA 4PA8A 1TO3A 5L9FA 5AC7A 4UTJA 2CLOA 4N4QA 3L0GA 2CLHA 4O4VA 3TQVA 3UWWA 4M6PA 4MJZA 1QOQA 3W1PA 2ZRYA 2ZDRA 3EWXA 2FLIA 3PC0A 2A5HA 4RK8A 4UNLA 3WK2A 3NQFA 4FX7A 1ZFJA 3KRUA 1ZNNA 2DJLA 4LT9A 1G4PA 1P4CA 2X1TA 3YPIA 3IGXA 4BWLA 1T8XA 4OT7A 1B57A 3FOKA 1I2OA 1L6SA 2QJIA 4IMDA 4GC4A 1MXSA 4JX5A 5LNUA 1TPC1 2YPIA 1OK6A 3MBFA 3ZS4A 2OCZA 3BG5A 3DHDA 3DU0A 2DORA 2BSLA 2A6NA 5FI8A 2HS8A 3W2NA 4S2BA 3CIWA 2VFIA 1LTDA 1C9DA 3Q37A 4BWLC 4N4PA 1B4EA 4CCDA 2E6YA 2JGQA 4UMBA 3EX3A 5EMUA 4M7TA 2ZA2A 4EF8A 2GQ8A 2CFFA 2Y7FA 4O18A 4UCGA 3PSWA 1FXQA 5EPDA 4TIMA 4PC8A 1FWNA 3SZ8A 4NJIA 4JTUA 2Z2UA 2Z6JA 5AC6A 4N9CA 1XBXA 2A2IA 3LBMA 3IRDA 2RDUA 3MP3A 3QSRA 4LW7A 3W1MA 1KTBA 3SSJA 3W74A 3H55A 4JY9A 5I3IA 3CEPA 4M7SA 1SFJA 4DO5A 2ZZ3A 3HOJA 3TW6A 2ZCGA 1W5QA 3FEMA 3F4WA 1N55A 1LBFA 5D2TA 4HNUA 3HB9A 3LXCA 2YZRA 3GKFA 3WFAA 3NG3A 1LRNA 1QO5A 2ZRZA 5CZ0A 4QSHA 3WK0A 4A3UA 5T26A 1IF2A 4ZL1A 1XC4A 2D73A 1YDOA 2FB3A 4R33A 3NPVA 3PAJA 3KVJA 4J9JA 2BWGA 3RNDA 4OU1A 4N9BA 5J5RA 2Z6IA 1QOPA 3W07A 1F2JA 3BLFA 4JR5A 3W87A 1OK4A 4FIRA 4HHPA 3I7SA 4LRTA 2JKAA 3DZ1A 1GVFA 5AHIA 4UNKA 3I68A 3W84A 1Z48A 2J9XA 1TPDA 5F2MA 1JCLA 4O10A 3UPWA 1G4SA 3DKLA 3HPXA 3LRMA 3DHFA 2FDSA 4K38A 1P0NA 2I9EA 4GFSA 3INPA 5U7SA 4K6AA 4GUGA 4O11A 2VOMA 2HS6A 5FEXA 2W6RA 1JULA 5DXYA 3L65A 5HMSA 4MY9A 2R94A 5CSRA 1BWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5I3GA

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