5I3HA

Structure-function studies on role of hydrophobic clamping of a basic glutamate in catalysis by triosephosphate isomerase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFAVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase, glycosomal
publication title Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 93
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5i3hA00
4I7UA 4O15A 2Y61A 5AHLA 3NGJA 1VYPX 4XWUA 3I7QA 3PB0A 2J27A 4PC8A 1X8FA 3NQAA 4GUGA 1AG1O 4NNAA 3QF0A 2CU0A 4PEKA 1ZFJA 3HGSA 5AYZA 1TPDA 5D05A 1EP2A 1LRQA 2JKAA 5G2HA 1H1YA 3HGJA 4HNTA 2E09A 5G5IA 3U8GA 4Y90A 4LUIA 4OU1A 1VCGA 4FO4A 4QNWA 3EX1A 3WJWA 1LCOA 1JQVA 2AGKA 3JR2A 4K39A 3W70A 2RFGA 1UJPA 5K2ZA 1G4SA 1J2WA 4FX7A 1XBXA 3W2NA 1EUNA 3KXQA 4CCEA 3DFOA 2BWGA 5FF0A 1WV2A 4NX0A 1VC4A 3GXPA 2A0NA 1OFQA 5DBUA 2ZRXA 4CQAA 1FCBA 4M7TA 1YLVA 1H63A 1SW3A 2XN1A 4X9SA 5HR6A 3BLFA 3KRZA 3HG4A 4PL2A 3SI9A 5J5DA 4U28A 3RFAA 1TPFA 3M5YA 3WK1A 4IMGA 1F73A 3G8RA 5AHEA 4MYXA 1Z48A 4FNSA 1YTDA 1LM1A 3WJXA 1TV5A 3BARA 1L9WA 3P82A 1EPXA 4LOCA 1MSSA 3F4WA 3N9SA 4AWTA 2VEPA 4LVGA 4NQ1A 3E49A 4QM1A 1KM2A 2ZA3A 3VI2A 1TPH1 2NUYA 3PSWA 1TTPA 2CZEA 4RZ6A 3NQMA 3HMJG 4GUHA 4GJ1A 2C6QA 1GT8A 1GTEA 1FWRA 4CNOA 3CTLA 3PY2A 1IXNA 1H7NA 1JRBA 3OVQA 3Q58A 2QUVA 2PRMA 1NFBA 4JTHA 3R2GA 3M44A 3O1NA 4Y9AA 4S2CA 1NF0A 1LLZA 6ALDA 2ISVA 2QAFA 1HG3A 4DF2A 2QCDB 2R91A 3CB8A 3UWQA 1BWLA 3A24A 2VFHA 4DF0A 2V81A 3CIXA 5DCBA 4RXGA 1OK6A 3EXSA 5EPDA 4XBKA 4NZFA 4JTSA 3GB6A 3MHFA 3LI0A 3LXCA 3QMTA 4GNJA 1TREA 3SGZA 2FIQA 4PTNA 4M6PA 1LYXA 3W84A 5LZLA 4UR7A 1QO2A 3GLCA 4DO5A 3BW2A 4LVFA 1EB3A 4FXRA 4OV4A 1AL7A 4FNUA 5TQLA 4CLMA 2OJPA 3E96A 3OVRA 2A4AA 3W7CA 4C1LA 1OF6A 4BWLA 5D03A 4NNCA 1Q3NA 1WQ5A 2B7PA 1XFBA 1RQEA 1KA9F 3RK8A 1PL9A 3LRKA 2CLIA 1KV5A 4O1DA 3MI2A 3INPA 1F05A 4LU0A 5AHNA 1EWEA 3NL2A 5AC7A 1MXSA 4HPJA 2Y7FA 4EVZA 1XUZA 4JYEA 5H2ZA 4RXFA 1HUVA 3C2OA 1KTNA 2GVLA 3O15A 3LTPA 2QCMA 1OX4A 2Z0IA 4WY0B 3SJ3A 3TIMA 1OFOA 2QCFA 3BVJA 4MZ1A 4HSOA 4IMEA 5BMWA 3G18A 1H7PA 3L5MA 3C8FA 1GVSA 1AK5A 4JS3A 2GJLA 2QCCA 4R53A 4JTJA 1ZHAA 2Y88A 2V9DA 3NQ7A 1FCVA 4JTFA 1AW5A 1EA0A 1U5JA 3IGSA 4IXHA 2YX0A 1FDZA 2ZA2A 4UTHA 3E12A 3Q37A 3G3DA 2ISSA 3PB2A 4NU7A 1RV8A 2JKEA 3PUEA 1TV7A 2DZSA 3BPWA 3IIXA 1H7OA 3C2FA 4NUWA 3TXVA 3W7HA 1O60A 5KZMA 3RF9A 3FOKA 3O07A 3W2KA 1QO5A 1TB3A 4IQLA 3UWYA 5F4XA 1V7YA 2YW3A 4DO6A 3N2MA 3LGEA 1QPQA 2OMAA 3TX9A 4QITA 1YADA 3O6DA 4XUGA 2NWRA 3W7IA 5FF4A 2TMDA 5EMUA 2ZZ1A 1BEUA 3PBWA 3QMSA 1G4PA 5CKSA 2E5CA 4UTWC 4NXSA 3W88A 3NOEA 3TJLA 4GE8A 5C5YA 1FXPA 1KFJA 5I3GA 1T96A 3L0NA 2WNNA 1YTKA 1A5BA 3RLUA 3GXTA 3MP5A 1G4EA 1JUEA 3LCHA 4ML9A 2OT1A 5I3IA 3GXNA 3GVGA 3P7YA 5AN7A 2FFCA 3L0GA 3SZ8A 3GNDA 3W9ZA 4WQ6A 3LRLA 4O52A 2B7OA 4EF8A 5DN1A 4OHQA 3QQ0A 5K3VA 2HSAA 3HF3A 3MHUA 3P80A 5IBXA 1TQXA 4HNVA 5DELA 4WY0F 3GDMA 1T8XA 2DJXA 3W6YA 4WXYA 2E5DA 1QDSA 3GX9A 3W1UA 3PWAA 1I2PA 2WOQA 4N02A 4UMAA 4HNUA 4WD0A 4N6FA 2G95A 3NL3A 2CLFA 4Q33A 2X2GA 5AOUA 1LOSA 2FPVA 1W5QA 3C6CA 3M9YA 1ADOA 1LRNA 1Z41A 3G3MA 4MY8A 2F84A 4FNQA 1FDYA 2ZZ4A 4JTLA 3TCEA 3EKZA 4UFHA 2ZCGA 2DZVA 1Y0EA 3G8EA 4LUJA 1RVGA 1KTCA 2NWSA 2Q8ZA 4ALDA 4IUOA 4OQVA 4Z1DA 3GKAA 4WOQA 4AB4A 3P62A 5EA9A 3O06A 1LTDA 3NXFA 3DENA 2E77A 4TIMA 1R30A 1LOLA 4I7WA 4HHPA 4A29A 1UASA 3MBFA 1WYIA 1OFPA 2PRHA 1WX0A 3EX2A 3TE9A 1VYRA 5LHEA 3KRSA 2QEZA 3QH2A 3CT7A 3M16A 4YLWA 2C19A 3CU2A 1BKSA 2GVJA 5LGZA 5KSWA 4AVFA 3GKFA 2DZTA 4TR9A 2QJIA 3OVPA 2C3ZA 3DI1A 3LI1A 5D2YA 1NSJA 3N3MA 1FY6A 5D2TA 3E0IA 1WA3A 1OG0A 4JY8A 3B04A 3VNDA 4MPQA 3S1XA 1LBMA 3LCXA 3O6YX 5KITA 2ZZ5A 1OFAA 4LVBA 3UYCA 5EL1A 3L21A 3S1UA 4N4PA 1N55A 4K36A 1C29A 3TUUA 1KM3A 4TO8A 4JTTA 4G1KA 4P61A 3UPWA 3W85A 3V1PA 1RR2A 4JDYA 3UZJA 2YSWA 1YXDA 3TC6A 1QR7A 1V5XA 2CLHA 3PG8A 2QJGA 3I7RA 3Q2DA 2Y85A 1PV8A 3T78A 3DXIA 5CGQA 1QPNA 5AC6A 4UFIA 1VLWA 1ZAJA 1GG0A 1ICSA 2CZ5A 2RDWA 2ZTJA 1CI1A 3KOFA 3LOTA 1SUXA 1W5MA 3PULA 1P0KA 3GDLA 1IXPA 1N7KA 2F7FA 4AHQA 2TYSA 2VOMA 2ZA1A 3UD6A 3BLEA 2BLEA 5EBUA 5BRBA 1W5NA 4HNNA 1R46A 1YPIA 1DVJA 4WJEA 2Y7EA 4UTLA 5DCDA 1SZGA 2QCDA 3WJYA 5BMXA 4BFAA 2NUWA 4HT3A 3FLUA 3UNDA 1FWWA 4ZL1A 1ME8A 2CZDA 2NX3A 1X6UA 4QJ1A 1GPWA 4BI7A 5I3FA 1VGAA 4UFMA 3RNDA 2Z1BA 5K7JA 2GJNA 2VFFA 1QPOA 3DFTA 3F03K 2VENA 2D73A 1LRTA 3GNNA 1DKWA 1VHNA 2QR6A 4NXKA 5CZ0A 1ALDA 3LCFA 3TAOA 3HGRA 4OV9A 4S2BA 3WK3A 4LNYA 4ORIA 5GVJA 1SO3A 2DP3A 2JGYA 3M1ZA 2UV8G 1P4CA 2NV2A 3TFCA 2O7SA 2QKFA 4UCGA 4IPIA 4X3ZA 1LROA 1VPXA 4IJBA 4NVTA 5AHIA 3SW6A 4AH7A 4JR5A 3W1RA 3PR2A 4O12A 1JCJA 4BWLC 4K7YA 3TSDA 2G97A 4FXSA 3WK2A 1R2TA 5D09A 1LORA 1OK4A 4MJMA 4ZQOA 3IIOA 1PS9A 3R8RA 2Z6IA 3PF3A 3HG3A 1WAUA 4XBSA 5E0KA 3DZ1A 3G1YA 1F2JA 3S5OA 4MOZA 2B7QA 4UIOA 4B5NA 4XKYB 3EX4A 3LLDA 2TSYA 5F4WA 3LHVA 3GAKA 3QMRA 4K8HA 3LCWA 4UTUA 1D9EA 2WO5A 2PE4A 4LWWA 1FBAA 3IGUA 3PS7A 4E2BA 4RR4A 4ORMA 3BV4A 3H54A 2QCGA 3FJLA 1QOQA 2IQTA 3TMLA 4RV8A 2E5BA 1XL9A 1W37A 5DXXA 1LP6A 3TK7A 4YXGA 5AYXA 2YFNA 1TQJA 1HFBA 3R89A 4AXKA 1HL2A 5HWNA 3HGOA 1I2OA 1RPXA 4R33A 1OYCA 2YDAA 2W6RA 3G0SA 1SZNA 3W1NA 4JIPA 1SR9A 5LKYA 4S1FA 1JULA 1UBSA 4GWEA 4RKAA 3NM3A 2WNQA 1ME9A 3KHJA 4O14A 1EWDA 1X7FA 3W7JA 5G4EA 3PBUA 3LXAA 4JY9A 5FEPA 2NX1A 4NT0A 5LSMA 3KVLA 3N34A 3HBLA 4LRTA 3DGRA 4IWWA 3I68A 3NNTA 1IGSA 1B3OA 3H55A 5HWJA 4O17A 1VRDA 3SFKA 5D02A 4JGDA 4YCOA 4GC4A 1FWTA 2VC6A 1M7OA 4O8RA 4GUFA 5J5RA 8TIMA 1H7RA 4LT9A 2R94A 4OGZA 3KX6A 3NQFA 3L5LA 3V75A 1F74A 3F1QA 5IBXC 2V2DA 1EEPA 4KKXA 1FXQA 3F4NA 4A2RA 4LV4A 1F6PA 3FFSA 2Y70A 1ICPA 1PVNA 3G22A 4JN6A 1KFLA 4ZZ9A 4IXXA 3P84A 3QFEA 4KFNA 4ADSA 2ZZ2A 4DBEA 4JYFA 3PBYA 3W87A 4LTSA 4L4MA 4N9EA 2YGYA 3LHUA 1QCWA 3R13A 1B4KA 4NJHA 2C16A 1SFLA 1KFBA 2B7NA 3ABSA 3TAKA 3HQ1A 4PODA 4Q4KA 3GK0A 3NQGA 1YDNA 3ABRA 1S5WA 2WJZA 3W2LA 3TNOA 3ZS4A 1L6SA 1DORA 3KAOA 5AC8A 3P5YA 2ZQ0A 4BR1A 3IIZA 2J9ZA 1OABA 3NZRA 3I65A 3L65A 1J4EA 4Z08A 2PURA 4XQ6A 4UUIA 3T4CA 2GQAA 3G24A 5HUPA 1XXXA 2X1RA 4M6VA 3FEMA 4QIUA 5C55A 5BW6A 1DQXA 3CEPA 1TJPA 4DELA 1KV8A 5C2XA 3S8HA 1K02A 2H6RA 3LRMA 1THFD 1C8VA 3UY7A 3EKLA 4A2SA 1JQXA 2NX9A 2H90A 3OA3A 2WQPA 1A5AA 1TCDA 3AJXA 1O4UA 3S1VA 4DXVA 5C54A 3TJXA 3W86A 4CQ8A 3SIZA 2H8XA 3T44A 3VKJA 1AW2A 3HG5A 4IX0A 3VE7A 3B03A 4IMDA 5I3KA 4DF1A 2AAMA 1GYLA 1KM1A 3L9CA 1S5TA 4UTTA 5IM51 3L66A 2DZUA 3LERA 5FEXA 3MYPA 4D2JA 3GYEA 3TFXA 5F4SA 4ADUA 3W7PA 1W56A 3GIYA 1VCFA 1FCQA 3DI0A 4O10A 3TW6A 4UC5A 3EXTA 1IIGA 1OFEA 2EKCA 2QAPA 5BOOA 4CCCA 3TSBA 1WDWA 1BTMA 1T0OA 3TU9A 1TRIA 3L0KA 2QCLA 1D3HA 1FDJA 1LBFA 1PCWA 4E2DA 3W23A 5DLCA 3FJ6A 4NNBA 2X30A 3OBKA 3PUOA 3W2JA 4E0CA 1GZGA 3BO9A 3GR7A 3YPIA 2RH9A 4FX8A 1ZCOA 2G96A 4JTIA 3W7GA 5G2WA 1YPFA 3CQ0A 4N9DA 4ZQRA 2BTMA 4TMBA 1H62A 1KTBA 1TPVA 4AWUA 3EEGA 3NO5A 4L4LA 1FWNA 4FNRA 1X1ZA 2FQIA 2OT0A 3NR0A 3P74A 4IX2A 5DY2A 2ALDA 1SW7A 3M41A 2A7RA 3A5VA 5LNUA 3MWAA 3P81A 4K6AA 4QQ3A 3L2IA 2RDUA 5MHBA 5CZSA 4AMAA 3LCLA 2C13A 2A7PA 3NQ8A 3A9IA 4GFSA 4O0KA 2CWNA 3KVMA 5DCEA 3W7QA 3LTYA 4O57A 1TTIA 4M19A 4C1KA 1L6WA 1ZAHA 3T55A 2WNZA 1SSGA 2CZFA 3MJYA 4YCPA 1G6CA 1KFCA 2R8WA 1L2UA 4O28A 3U2OA 4XKYA 1Q6OA 3BGJA 1W5OA 4JYDA 4O18A 1OX6A 2QDGA 4JX5A 2HS6A 3DAQA 1KM5A 2FPYA 4O4VA 5HWMA 2P1FA 3M0ZA 3O63A 4YMZA 4ZVJA 5F2LA 3G0XA 3IIVA 5D2VA 2VXNA 2HS8A 1R2SA 1ZNNA 3C4UA 2WKJA 3NQDA 3TV8A 1GVOA 5D2WA 1RQBA 2V2CA 4MZYA 5F2MA 3TQVA 4MKNA 4Z1AA 1H7WA 2W0UA 1B9BA 3QW3A 2V5BA 4GUJA 2DZWA 2H3DA 2C18A 4IOTA 2YCEA 1F7BA 3S6DA 3M6YA 4JIQA 2TRSA 4DQWA 3W22A 3NQEA 1I2RA 3MP3A 1SZEA 1CW2A 4W9TA 3TC7A 5L9FA 3IIPA 2AQWA 3FA5A 5FF2A 5U7SA 3UXAA 1TPWA 2I1OA 2PC4A 4CNPA 2C0AA 5DXYA 5TBOA 1W31A 2GVGA 1I2QA 4UR8A 4M6QA 1I4NA 1GJPA 4RZ4A 2E6FA 3DHDA 2H8ZA 1GOXA 2QDHA 3NVTA 3T7VA 4E38A 3TDFA 3QQ1A 2WSRA 4EIVA 5FESA 2E6YA 1IIHA 5ABTA 2QF7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VDH A;  2XZ9 A;  4U2Y A;  1GW1 A;  1X8F A;  1P6C A;  3NQA A;  4GUG A;  1CB2 A;  4NNA A;  3L4U A;  4PCT A;  4FK9 A;  3HGS A;  1TPD A;  5HA7 A;  1LRQ A;  2JKA A;  2XTK A;  3U8G A;  4GGB A;  3BSG A;  2OOF A;  4V33 A;  1VCG A;  4CVW A;  3BZJ A;  4JIE A;  4LPC A;  4G5D A;  4PUW A;  3U3H A;  1LCO A;  3JR2 A;  4K39 A;  1U33 A;  2PS2 A;  4AD1 A;  3W70 A;  1JND A;  3W2N A;  3DFO A;  2BWG A;  1VC4 A;  2A0N A;  3FJ4 A;  3ANU A;  4C5Z A;  1OFQ A;  3BE7 A;  4GQG A;  3WEM A;  4CQA A;  1YLV A;  1YDY A;  2XYL A;  3EWC A;  1SW3 A;  4X9S A;  5CBI A;  3ZLG A;  4JOM A;  3SI9 A;  1DJW A;  3QLD A;  1R5Y A;  5FSD C;  3EOU A;  4S3K A;  1BD0 A;  3RFA A;  1TPF A;  3M5Y A;  2D69 A;  5I24 A;  2QHA A;  1XII A;  5A8N A;  1F73 A;  1XIC A;  3E5P A;  2BVY A;  1Z48 A;  3DFY A;  3MS8 A;  5DX7 A;  1HJS A;  1YTD A;  2WBK A;  1LM1 A;  3R0U A;  4GI9 A;  1TV5 A;  1MSS A;  3F4W A;  4EXQ A;  3E49 A;  3A64 A;  4K68 A;  4QM1 A;  1L0P A;  1TWW A;  4MJ4 A;  4DNM A;  5FJR A;  1X1N A;  4XAG A;  1XG3 A;  4RZ6 A;  3HMJ G;  1GKP A;  2NQH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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