5I3IA

Structure-function studies on role of hydrophobic clamping of a basic glutamate in catalysis by triosephosphate isomerase
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords Triosephosphate isomerase, glycosomal
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5i3iA00
4GUFA 2H3DA 3HGSA 3IIPA 2OX1A 5L9FA 1W0MA 3G1DA 4FNSA 1EA0A 5KSWA 1QOQA 1NSJA 4QITA 3UWVA 4HNTA 4TMCA 3BO9A 2Y61A 3TUUA 2A7NA 3NVTA 5LHEA 4RCXA 3KX6A 3L21A 1VGAA 2W79A 2ZA3A 1THFD 2NXGA 3HPXA 2YFOA 3LLFA 2DZPA 3W2JA 3W1XA 1ICQA 2ZRXA 3T4CA 2ZZ7A 2JK2A 5DCEA 4WD0A 5D38A 4LWWA 4AHQA 2FPYA 1VQTA 1H62A 1Q45A 4IWWA 5CPOA 3W7CA 3CIWA 3S9YA 5J5RA 2Y7FA 3RNDA 3MP4A 3PUEA 3NZ1A 1GYNA 1YLVA 3HJZA 3WJSA 2DZSA 1RQBA 2EHHA 1NF0A 4EF8A 1EEPA 4O1BA 1EX5A 4MKNA 1F05A 1IIGA 4TIMA 4O4VA 4ICNA 4JXCA 4U28A 4H4IA 4UTTA 1Q6OA 2QCEA 1R2TA 2X30A 1SSGA 1QAPA 4JY8A 1DJQA 3ZWSA 3MYOA 4O54A 1QO2A 2P0OA 5FF4A 1YDNA 2ZRWA 3G0SA 4LRSA 4K8EA 3TFXA 3NQAA 5KTLA 3QEZA 3W86A 3B0VC 3ATYA 3DZ1A 1W5PA 4ZVJA 2Q3OA 3LRKA 5F2IA 4Z1DA 1I2OA 3TSBA 3PAJA 2CZEA 1D3GA 4I7WA 3W7QA 1M7PA 3F1QA 3W72A 4N2YA 3W75A 2NX1A 3W3OA 1A5AA 4OV9A 2DZUA 3IEBA 4JTSA 4ZQMA 3GX9A 4OV4A 3RMJA 2AGKA 1Z42A 4WUIA 1KTCA 5AHFA 4MYAA 1WA3A 3PUDA 2A0NA 3MHGA 1S5TA 3TJLA 3HB9A 4E2DA 1YDOA 2ZTJA 3S1UA 3LGEA 4O4WA 5KITA 4NU7A 3HG2A 1FDZA 4PTNA 1WDWA 3MI6A 4JDYA 5K4ZA 3GVGA 3OVRA 3DH7A 1W31A 4A2SA 3KRUA 2EKCA 3H54A 3MHFA 2QKFA 3B0UX 4DO6A 5CZTA 4Y90A 1KTBA 3MP3A 1XM3A 1TJPA 3LXBA 1OFQA 4K37A 1VCFA 4RLIA 2C19A 2JKPA 3GAKA 3TMQA 3P7YA 1TPB1 3NQMA 3NQCA 1D9EA 4AAJA 3DENA 1LZOA 3WJYA 2V81A 2QR6A 3W2NA 3BLFA 1H7XA 5LGZA 1JQXA 3NM1A 2CZ5A 2B7PA 4GUHA 4E38A 1JCJA 2QJHA 1SZEA 5G2WA 1G4PA 1F73A 3N2XA 4QISA 3UWYA 3W7LA 3VKJA 3W7OA 1DOSA 2QDGA 1RD5A 3N2MA 2NWSA 2G96A 3ZWTA 1SO3A 5U4NA 1XUZA 4O53A 3W1MA 3NQ6A 3ZFHA 3F03K 4UCGA 5A5WA 1QPQA 3TSDA 4JTJA 2EGZA 4GUJA 3M0ZA 3I6RA 2QJGA 2HTMA 3L0KA 2YW3A 1Q6QA 2Y88A 1EWEA 5D37A 4FIQA 4ZQNA 2C1HA 2C6QA 2FPTA 5LNSA 1RR2A 1JR1A 1WX0A 2FB2A 3R13A 1FWRA 4JTKA 5KZMA 5DXYA 2QCFA 2QEZA 3LERA 3W07A 2QJIA 3QF0A 3UZ5A 3P80A 1K7EA 4RJEA 3U6WA 1GJPA 1W3TA 1OF8A 2F7FA 3WFAA 3STFA 2QF7A 3GR7A 1YXCA 2YW4A 1TPWA 2CLFA 2Y89A 1TPH1 3O6DA 3UQNA 4MY8A 1PCWA 3G0UA 5DCBA 5FEZA 4I7UA 2G95A 3GDLA 4TO8A 2E1DA 3BK0A 1O4UA 3BG5A 2HSAA 3TU9A 3SJ3A 4O0KA 3UPWA 4FXSA 3P60A 3W7JA 1OFRA 3GDRA 4DF0A 2VFHA 4K39A 1O94A 4N9CA 3ABRA 5H91A 4LVBA 2CLEA 3BGJA 3DHDA 1P0KA 2QAPA 3L9CA 4O16A 3W1PA 3PG9A 3GNDA 1HFBA 3OIXA 5K9CA 1HTIA 1XUUA 1EUAA 1I2PA 2OMAA 4Z08A 4X3ZA 5D30A 1KM5A 4Y96A 4UIOA 3G1SA 4AHPA 1H51A 4IMFA 2WOQA 1FDJA 2GVLA 2JBMA 3NZRA 2ZRZA 4NNCA 4DO5A 1S5WA 1ZALA 1S5VA 2ZFAA 3JRKA 4BI6A 1L6WA 2ZZ1A 1FXPA 3H53A 1I4NA 2NZLA 3HGRA 3M47A 4O11A 5I3GA 1QCWA 3NYZA 5D2VA 5AYYA 2H8XA 3TAKA 1QPOA 1TPC1 3OBKA 1OHLA 1K8YA 1H1ZA 2ZA2A 1KFEA 5K7JA 1O60A 3L5MA 2CWNA 3EX1A 3C56A 2Y63A 5D2YA 5G1YA 5EA9A 1R46A 1WOAA 3P81A 3W1TA 4GXMA 2PC4A 4OE7A 3LCLA 2CLOA 1UJPA 1ME8A 2JKEA 2J24A 3W7IA 5HUPA 2E5CA 5E1QA 5I3FA 2TPSA 3O1NA 2ISVA 2ABAA 3G0XA 2NV2A 1K8XA 1R2SA 3VI2A 2EPHA 5DELA 1GG1A 1VHCA 2PRMA 3VNDA 1XI3A 1F76A 1TTIA 3TROA 4QNEA 3CU2A 3SIZA 1OABA 4FNTA 2X1RA 4MZYA 5AFDA 2C16A 5LSMA 4H3DA 1SQ7A 4KFOA 4EF9A 5C5YA 2Y6ZA 1UASA 4Q32A 4AXKA 2PCQA 4JX6A 4UTTC 2YR1A 5DBTA 4R34A 3UD6A 1JRBA 4K6AA 4R33A 1SZNA 4P2VA 3O06A 3P5YA 1HUVA 4FNRA 2GVGA 1H7PA 2B7QA 1FDYA 2QUVA 2VEMA 4QJ1A 3GB6A 3W1AA 3Q94A 2CLMA 1W3NA 3G3DA 2ISSA 5D33A 5EYWA 5G2IA 2ZZ4A 2V5LA 4JYDA 3NPVA 4O18A 1EPXA 2VENA 2PRLA 4JTHA 3LXCA 3CB8A 1SSDA 5D2XA 4L4LA 3L0GA 1X7FA 3M9YA 4FNUA 3STCA 1FXQA 1OJXA 3AJXA 4GBUA 4UTJA 3BG3A 1G4TA 1N55A 4JR5A 1YXDA 3BLEA 3NQGA 4JNMA 2QCLA 3VE7A 1N7KA 2GPTA 3G1VA 2Q8LA 3WJXA 5FF3A 3PUOA 4HSOA 2A21A 2Z2UA 4JDBA 3UXAA 2WQPA 3O63A 1VLIA 2NXHA 4UTWA 2V82A 4WXYA 1H1YA 5TBOA 1AL8A 2A6LA 3W71A 2GUUA 3TK7A 2HS8A 2WNNA 3O6YX 2FB3A 1AG1O 1YXYA 5A8GA 1QWGA 3BGGA 3FKRA 2ZQ0A 3P82A 1F2JA 3W83A 1J5TA 4O28A 3STGA 4DELA 3MWAA 2C13A 1OFAA 4NZFA 4CQAA 4Y8FA 1FWTA 1G67A 4RR4A 1H7OA 4UMCA 1YPIA 2H6RA 4XKYA 3NL5A 3C61A 3LRMA 1V7YA 3NL3A 5AHIA 4Z0SA 5C2XA 2CZFA 2QCDB 2TMDA 3TQKA 3G1FA 4N4QA 1IXPA 2FIQA 4Z0JA 2DJXA 2RFGA 2ZRVA 5EY5A 4UR8A 5HUOA 1FCQA 3HMJG 1DL3A 4O1AA 2NUWA 1LLWA 4ZQRA 1MEHA 3W2LA 1T8XA 1WAUA 1DORA 1QO5A 1FCBA 1B4EA 4M6QA 5KZDA 4K36A 3W73A 2VFIA 4LS2A 1KV8A 2O7QA 2WJZA 3LXAA 4O13A 3A5FA 4K38A 2ZA1A 4S1FA 5K3VA 3NPUA 1VR6A 4UTHA 1EP2A 3UXDA 4IPJA 8TIMA 1OFEA 1MXSA 4NNBA 1KA9F 1GVOA 1U5JA 3LB0A 4UTMA 4MVAA 2CFFA 1ME7A 1OG0A 3W2MA 1ZCOA 4BI5A 2QCHA 5E93A 3W6YA 1X1OA 3F4WA 3DFPA 3F4NA 3DAQA 5CZSA 1P0NA 1F6PA 1Z41A 3KVKA 3W2KA 3PSVA 2BWGA 4YWIA 2DORA 4OBTA 2NX9A 2DZTA 4EOUA 2YGYA 3P8IA 3RFAA 4BK9A 1W5QA 3DI1A 5D05A 2VFGA 1SO6A 5C6MA 4NJIA 4P61A 2QUTA 3W1NA 4X9SA 5D03A 3B06A 5E0KA 4CNOA 5CSRA 1M7OA 3WK1A 1ZY9A 3UNDA 2ALDA 4MY1A 1AW2A 1Q6RA 1DHPA 4IPIA 3W2UA 2X1TA 1H7WA 4WY0A 1R2RA 2UV8G 3Q37A 4A3UA 4Z1CA 1JULA 1QPRA 1KLZA 3FS2A 4DF1A 4IMEA 4HSNA 4NJHA 1KM1A 4JYFA 1RZMA 1PE1A 4PL2A 3S6DA 2Q8ZA 1SO4A 3TCEA 1KM2A 3W1UA 3W1LA 4XTDA 1RPXA 3LM7A 2ZBTA 3PR2A 4RXFA 5HWJA 4RZ6A 3E12A 2NV1A 2ZRUA 4OWGA 1MEWA 3PBWA 4Y6GA 3GXTA 3P8JA 2OJPA 4FO4A 3N9SA 3QFEA 1TSIA 1PHWA 2FLIA 1OYCA 4FNPA 5TIMA 3G24A 2WSRA 5CPLA 4CLMA 3HIJA 2CLLA 3V1PA 3R8RA 2G97A 4AVFA 4CQ8A 3N34A 4JTUA 3KVLA 4DBDA 3HG4A 4O1DA 1O95A 1L6SA 2WV8A 4QSHA 3M43A 3Q58A 1MSSA 1LBFA 2J9YA 4YXGA 3HGOA 1JQVA 1ICSA 2ZTKA 3W1QA 1TJRA 2E5DA 3NL2A 2GVJA 2A6NA 4FX7A 3O6CA 4NUWA 5HWNA 3L5AA 3N3MA 3A23A 1EWDA 1BEUA 5SWUA 5D2WA 4O8RA 3G1AA 3LDVA 3CQ0A 3R5EA 2J6XA 5KMYA 3LTSA 3UWQA 4UFKA 2BX7A 4M6PA 3TXVA 4JIPA 5CG7A 5EPDA 4BFAA 1JUKA 4GNJA 5LNRA 5DY3A 1TYGA 1LYXA 3LHTA 3O8AA 5HMSA 4UFJA 4Q33A 1H61A 4K8HA 3TH6A 3KFTA 3W7DA 3EX4A 4AF0A 4O0ZA 4NVTA 3NXFA 5G2HA 4NJJA 2OT0A 3LCWA 2YYTA 5BNKA 2GOUA 2TSYA 4JD4A 5C55A 3KAOA 2E77A 4O17A 3C2RA 3GXNA 4IQLA 3STEA 2WNQA 1SW7A 3GR8A 4UNLA 1DJNA 1JCMP 1R47A 1HG3A 2E6YA 4O12A 1TRIA 1SW0A 1YADA 3C2OA 1YYAA 4MZ1A 3NGJA 3LOTA 3QMSA 4OU1A 3ZR4A 1OFPA 5D02A 2E68A 3I7SA 3G22A 1I2QA 4JS3A 2CLIA 1FWSA 1Z48A 5DXXA 4ADSA 4AWTA 3TE9A 3PBYA 3UWWA 4XKYB 3O05A 1KFBA 3M5XA 4UMAA 2BXVA 3HBLA 4UTWC 2PURA 4C1KA 1IGSA 2X1SA 1TRDA 1ZENA 3USBA 2H90A 4MJZA 2A2IA 3G1YA 3ZS4A 1WV2A 1QPNA 1I45A 1VYPX 3MJYA 5FEWA 1HO4A 2G5WA 5IBXA 1BWKA 3U8GA 5LKYA 4RX0A 1LDCA 4B5NA 5F2LA 3PB2A 3EWYA 1J2WA 4UR7A 3UZJA 4MJMA 3LCGA 4A2RA 1W56A 3B05A 4JIQA 1GTHA 3DFOA 1IXOA 3I7RA 5DCDA 5HQEA 1H7NA 1XL9A 4UXDA 4JEQA 1Q3NA 1DQXA 1SPQA 3CTLA 3B4UA 4DPPA 1SO5A 1YPFA 4IGHA 4ZL1A 3TX9A 3EWUA 1GVSA 1O5KA 3H55A 1WYIA 2Z6JA 1AL7A 3EKZA 4TR9A 1GYLA 1TTPA 1K7FA 3C6CA 6ALDA 1JUEA 3NDOA 4NXSA 2E5BA 2E6DA 5D09A 1LOQA 1XXXA 3GNNA 4OHQA 1GTEA 4GE8A 3FJ6A 3QH2A 4ALDA 1T99A 2DU2A 3MI2A 3NM3A 4M7TA 2EF9A 4IOTA 3MHUA 1JCNA 2DP3A 5F1VA 1I2RA 3EX3A 1SZGA 3SECA 3W22A 3NQ2A 3L68A 4ONVA 4JTTA 3E9AA 4TMBA 3GDTA 4NZJA 1H50A 3OVPA 4JY9A 2FFCA 3GIYA 2V2HA 1ZHAA 1VS1A 4KFPA 5HR6A 5HR7A 3IV3A 3BW3A 4JTGA 4ZQCA 4WY0B 5K9XA 3L2IA 5F4SA 3TAOA 3MI3A 2W6RA 3LX9A 3NA8A 4PEKA 2YSWA 1XBZA 1E51A 2X2GA 2ZRYA 1G4EA 5AHLA 1OFDA 1ME9A 1MZHA 2QUUA 1NVMA 3IGUA 1W5MA 1UCWA 2DZXA 4GJ1A 3YPIA 4WOZA 4AWSA 1TTQA 3GDKA 5FF2A 2GQAA 1ZFJA 4NX5A 1EB3A 3NQEA 1KBIA 4E2BA 4LY8A 1OFBA 1PS9A 4HNVA 3MO7A 2J9XA 3G18A 2Y7DA 5K4XA 4LV9A 4G1KA 3QW4B 4BI7A 3IVSA 1ONRA 1X6UA 1DV7A 4HPXA 4PODA 2PE4A 4I9AA 2VC6A 3PSWA 1WBHA 4CCEA 2XN0A 3LTPA 4X22A 3LCHA 4FX8A 1ZJIA 4GUIA 5DY2A 3S5NA 4WXZA 3HPSA 1G4SA 1P1XA 1DBTA 2LLEA 4CNPA 5BOOA 1SZFA 3SSJA 2YYUA 2B7NA 2VFEA 3FEMA 4UFHA 1C29A 4N9DA 2V2DA 3EXSA 3G1HA 1W1ZA 4IMGA 5K9DA 5AC8A 4JX4A 2VELA 4H6KA 1KM0A 1Q6LA 3W7HA 3SFKA 1KW1A 4RZ5A 5HNRA 2ISWA 1A5SA 2VXNA 5I3IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1F5Z A;  1LRO A;  3NO5 A;  4NT0 A;  4A22 A;  1XBX A;  4J9J A;  5FEP A;  1VRD A;  4MLJ A;  3S1W A;  3PBV A;  1TPE A;  1PV8 A;  3QSR A;  4LVD A;  3EWX A;  1LBL A;  4ZZ9 A;  3TQ0 A;  3W85 A;  1EP1 A;  2JGY A;  3GKA A;  3EXT A;  1FX6 A;  3IVU A;  5BMX A;  4O1C A;  2C14 A;  1RQE A;  3BW4 A;  3EX2 A;  1FBA A;  5CZJ A;  3W76 A;  1YDV A;  4UTU A;  3SI9 A;  3THQ A;  3MYP A;  4S2B A;  2R94 A;  2H3B A;  2A7P A;  1DVJ A;  4JN6 A;  3DFQ A;  1KFL A;  3CEP A;  5F4X A;  3M6Y A;  3NEV A;  1OX4 B;  1OYA A;  3A21 A;  3KXQ A;  4HPJ A;  5C54 A;  3NAV A;  3MMT A;  3L65 A;  2E09 A;  3QJA A;  3HF3 A;  1LOS A;  3W88 A;  1JUB A;  4KKX A;  2ATS A;  3NNT A;  1AK5 A;  4DXV A;  2VEK A;  3QMT A;  4NX0 A;  3FYO A;  1SFL A;  3C4U A;  5G4E A;  3TW7 A;  2YDA A;  1UBS A;  1DQW A;  3NQV A;  5I3J A;  1CI1 A;  3QYQ A;  5DLC A;  5LHF A;  1PL9 A;  3DU0 A;  1WXJ A;  2GJN A;  2OZ0 A;  1RV8 A;  4M6V A;  3RLU A;  3T78 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DID A;  3HGS A;  2OX1 A;  2VGI A;  2IXV A;  2CIT A;  1A5M C;  1QOQ A;  4XD5 A;  4QIT A;  3B8T A;  3WLH A;  1L8N A;  1X6N A;  2Y61 A;  3NVT A;  1W3H A;  3UCC A;  1VGA A;  3WYZ A;  3PZI A;  4I9T A;  5EMJ A;  1BVN P;  3PUG A;  2G3M A;  1CTN A;  2HPM A;  2YFO A;  3LLF A;  4UQ9 A;  3W1X A;  1B3V A;  1ICQ A;  1NP2 A;  2ZRX A;  1V6T A;  3VOI A;  1US2 A;  2A3E A;  4ZST A;  1PZ2 A;  3BMX A;  1CB7 B;  3D3A A;  1A3W A;  1EJV C;  3RND A;  2HBX A;  3S9Z A;  3JU2 A;  3CK5 A;  2VC5 A;  2SFP A;  3HJZ A;  5DF0 A;  2EHH A;  1EEP A;  4MKN A;  1F05 A;  2NLY A;  2QCE A;  1NDZ A;  3OU8 A;  1V6X A;  4JY8 A;  1BYA A;  1DWJ M;  3UU0 A;  2ZRW A;  4K8E A;  2OU4 A;  3IAC A;  3W86 A;  3B0V C;  3CQK A;  1W5P A;  3R10 A;  4S3A A;  4B5T A;  1TX0 A;  4V1X A;  3BOL A;  1BVW A;  4H9T A;  4OUI A;  4I7W A;  3MMW A;  3W7Q A;  1J96 A;  3WEN A;  4CNS A;  2Y1H A;  2CWX A;  4DXX A;  1XF0 A;  1XLH A;  5CPQ A;  4ZQM A;  3TN4 A;  2CHN A;  4WUI A;  4W5U A;  1KTC A;  5A8P A;  1W1A 1;  3IJD A;  1WA3 A;  3RLG A;  3QZA A;  4LXF A;  4YVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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