5I3I | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	90
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3iA00

4WQ6A 5AHEA 3DKJA 2G96A 1AG1O 4P61A 4NZJA 4AHOA 4ICNA 5CZ0A 2B7OA 3R13A 1TTIA 2AAMA 3TAKA 3W2LA 3LCXA 1QPQA 1RVGA 5IM51 1TTPA 5CPNA 8TIMA 3EKLA 2QCGA 3DBPA 4JGDA 4CQ8A 3KRZA 5CPMA 1PIIA 4NU7A 4RKAA 3KVKA 1TV5A 3H53A 1H1ZA 1GYLA 2A2IA 3LHTA 4HIBA 1O4UA 3PM6A 4ZL1A 3T7VA 5LNSA 3LM7A 1K03A 4LW7A 1ZY9A 3M5YA 5DCDA 2NX1A 3VKJA 3UWQA 1JCXA 2PE4A 3GKAA 1FDYA 3IVTA 2DZUA 3M7WA 4DF0A 3NL2A 3PSWA 1QFEA 4R7JA 1K7FA 2TSYA 1SZGA 4PL1A 3G8RA 5L9FA 5AHNA 2NXHA 5CG7A 5D2TA 3U8GA 4LVDA 2VOMA 2VENA 4P2VA 2NX9A 3W71A 2CFFA 2WQPA 1XDLA 2HMCA 1KFCA 1VC4A 3LCLA 2NWRA 1KLZA 2RH9A 4LUJA 1FXQA 3CHVA 3W7CA 3HG3A 1I2OA 3MI2A 3LCIA 3LDVA 3WK1A 2J9YA 4WZHA 1Z48A 4ORMA 3MYPA 3C2EA 1TRDA 2W6RA 3HPZA 4YWIA 1KM3A 5AYZA 1ZNNA 4QNEA 3TSBA 1TJPA 2F7FA 2R8WA 4IQLA 3DXIA 3LHZA 4N9CA 1KV5A 4GUJA 5DXYA 1DBTA 4Z08A 3I7SA 4ZQNA 3JS3A 1PCWA 4UC5A 2QJHA 4G1KA 3QW3A 2C1HA 2WNNA 5F2GA 1TMHA 4TO8A 4U28A 3NQ2A 2C0AA 1JRBA 3W3OA 4UMBA 3G0UA 3PBVA 3N73A 5HINA 3UZ5A 3OHIA 4NJKA 3OIXA 1R46A 4O16A 4RCXA 3P74A 3M44A 1VPXA 3INPA 2DORA 5LHFA 2CWNA 3QH2A 2BXVA 3SY5A 3TROA 3W84A 1QCWA 3B8DA 4O54A 4W9TA 5D38A 1WQ5A 3TAOA 4UFIA 3P60A 1ME7A 4UTTC 1PHWA 3LBMA 3PUOA 4UFLA 3RFAA 4KFNA 1ZJIA 2WSRA 1XKYA 5AB3A 3MBDA 3NGJA 1M7PA 1H63A 1TQJA 3LOTA 3P8IA 3V1PA 1LLZA 1IIGA 2AQWA 2E5DA 1VLWA 3C6CA 2DJLA 4TX9A 1HG3A 3B4UA 5KMYA 4WXZA 2OT0A 3CWOX 3W2UA 4Q4KA 1O60A 3LCGA 3ZWSA 3NZRA 2YZRA 2ISSA 3TCEA 5LGZA 2VFIA 3LV5A 5CGQA 2JGYA 4O57A 1JJKA 3QYQA 4RXFA 1W5QA 3GDTA 4RJEA 4ZQOA 1OFRA 3W87A 3TQVA 2GVLA 1DOSA 3E0IA 4A21A 3Q58A 3IGXA 1OX4A 5FEZA 1TJRA 3W86A 5K3VA 1RR2A 1LCOA 3BO9A 4JX4A 1AMKA 1H7OA 1TQXA 4MY1A 3K30A 2DJXA 3ZR4A 5F2LA 1Z41A 1OFPA 3QRHA 3KVMA 4NX5A 5DCBA 1ME9A 4CNOA 5BRBA 2V2HA 1F76A 4LRTA 3WJSA 2JKPA 3L21A 2J9ZA 5I3GA 3LXAA 4YL2A 5U4NA 3RNDA 5FEWA 1HO1A 1TO3A 1A50A 2FIQA 2E09A 1EP2A 3P84A 1YTDA 1TPH1 1KTNA 3UPWA 2NXGA 3IEBA 3W7KA 1GPWA 5HUPA 3MWAA 1P4CA 3BLFA 4FNSA 1JULA 1RQEA 3MHGA 5EYWA 3GXTA 1LBMA 4NJJA 3W7NA 1EB3A 5HUOA 3M5ZA 1AW2A 1GVOA 4GC4A 1FBAA 2BX7A 1TPB1 2ZDRA 3P82A 5I3IA 2E77A 1QOPA 1UASA 1C8VA 1SR9A 4L4LA 5CPLA 3NQFA 3O05A 4FO4A 2ZCGA 4MPQA 2VXNA 3A5FA 3M9YA 3HJZA 4LU0A 3IGSA 3TQKA 1A5SA 1BWKA 1TPFA 3MP4A 3WFAA 1O5XA 2I14A 5C54A 4R53A 3W1TA 4CCCA 1KV8A 1OF6A 1L6YA 3PBWA 3MI3A 4UUIA 5LNRA 4UR8A 3GDKA 1AL8A 3R8RA 4O8RA 5HMSA 1BTMA 3WK3A 4YXGA 3ZFHA 4J9JA 4QM1A 1OYAA 3GX9A 3M6YA 2Y70A 1F73A 4BR1A 4PTNA 1GVQA 1W8SA 4O50A 4O10A 4DQWA 3W7JA 4N4QA 2R14A 1AL7A 5FEXA 3W1PA 4MLJA 2CZ5A 3NM3A 3QMRA 4Z1AA 4ONVA 4NQ1A 1WOBA 1XM3A 1G4TA 3GDLA 5FF2A 3HB9A 4XKYA 4O0ZA 3NQVA 4RZ6A 4BI7A 1K7XA 4O52A 1W37A 1XCFA 1GT8A 3M16A 4TR9A 5DY3A 1IIHA 3QPYA 1G7UA 1EP1A 2YR1A 5CZTA 5A5WA 2E6YA 2X30A 1QWGA 2VFFA 1X1OA 4FXSA 2H3DA 1FQ0A 4UNLA 4UCGA 3S8HA 7TIMA 1TPC1 1K8XA 1QPRA 5GVJA 4IMFA 2DU2A 1TRIA 3I68A 4IMGA 3W9ZA 4NJIA 1JR1A 4R33A 3W1XA 3Q37A 1YDOA 1NF7A 2Y61A 3BV4A 3LI0A 3HQ1A 4M19A 5DCEA 4IPIA 3T44A 3DGRA 4IGHA 2ZRWA 1EX5A 4TMCA 3NYZA 1XDMA 4IMCA 3BLIA 1RD5A 1KM6A 1X8FA 3G1AA 1TPWA 2H3BA 2NZLA 4O18A 1XXXA 3OA3A 1SO5A 1F2JA 2VEIA 1R30A 2QDGA 3FKKA 2YYUA 3PAJA 3N34A 3S1VA 1SFLA 3L0KA 1HL2A 1LROA 1EEPA 5HULA 1KM2A 5K2ZA 4A2SA 3FYPA 4JR5A 3NPXA 4YCPA 1W3TA 3P61A 3NQ7A 4O17A 1F6PA 3ZWTA 3NXFA 3TUUA 2NV1A 3GXNA 1DQXA 5G4EA 1PCKA 2NLIA 4XTIA 1FUYA 3NNTA 4M6QA 4LT9A 1P0KA 1RPXA 4FX8A 4JIPA 3HGRA 1OYBA 3S5YA 4Y90A 3R5EA 4PL2A 4N2YA 3SR7A 4M7SA 2B7NA 3EWXA 3LBCA 3T40A 2Y85A 1H60A 3SIZA 4WUIA 5J5DA 1JUBA 1CW2A 2TMDA 4E2DA 2A6LA 1FXPA 2QUVA 1XBYA 4JY9A 3LI1A 2RFGA 1N8FA 5A8GA 3DFPA 5AC8A 1QPOA 4TIMA 3DI0A 2VKZG 1OABA 1W0MA 5G2WA 4EWND 1HO4A 1PE1A 3M1ZA 3DKLA 1RQHA 2QCCA 4JTLA 3NL5A 2C3ZA 3FIGA 1V7YA 2C18A 3L65A 1LBLA 3I7RA 1CI1A 4TMBA 3DFSA 2KZHA 5EBUA 1G6CA 1JUKA 3FYOA 4JIQA 5I3FA 4M6VA 4QNWA 3FKRA 5BW6A 3Q2DA 1FY6A 1SFJA 4BWLA 4FEZA 4FX7A 4WY0A 4AWSA 1VRDA 3TXVA 4ZQRA 3TJLA 4AWUA 4LVBA 1KFLA 4QIUA 3A22A 1KLYA 3S42A 3W70A 4RV8A 3TNOA 1SZFA 2ISVA 4N4PA 1G67A 2ZFAA 3LHVA 4NT0A 4QITA 2YW4A 5F4SA 4YCOA 2NUWA 2WNZA 2YFOA 3UPBA 3HO8A 1PL9A 3TV8A 1OX6A 5LNVA 2XN0A 1IF2A 3N9SA 4CNNA 2NXIA 4FIRA 3FOKA 3NR0A 1VJIA 1YYAA 1UBSA 2ZZ2A 3ANYA 4WY0F 1YTEA 4C1LA 1S5TA 4JTSA 5FF4A 3THQA 3KOFA 2CLKA 3O6DA 3GVGA 1FCBA 1P0NA 2FB2A 1NEYA 3U6WA 4JD4A 1IXOA 2G5WA 3L66A 3W73A 4IOTA 1WXJA 5HR7A 4Z0JA 1OJXA 1H7NA 1OX5A 2VEPA 1Q6QA 4LWWA 3W7EA 4BFAA 5H2ZA 3FJ6A 5AHFA 4QQ3A 2B4GA 3I65A 4S2BA 1NFBA 5I3KA 2NUXA 2Y7DA 4PODA 1QNVA 4NJGA 1H1YA 3N9RA 4R34A 3WJZA 1FCQA 3TA6A 2VFHA 4WJEA 3FFSA 4KWWA 3LB0A 4M6PA 3W23A 2Y7GA 3W74A 4K7VA 3QMSA 4JYFA 4ALDA 2VFEA 3GR8A 1TTQA 3O07A 5D32A 3E12A 2E6DA 4LNYA 4MUZA 2WJZA 1B3OA 2H6RA 1LRTA 4BI5A 4GWEA 3UXAA 2X1SA 3PB2A 1SU5A 1JQXA 5F2MA 5FF3A 1Q3NA 1Q6OA 5EY5A 2ZRXA 3HIJA 2CLLA 2RHGA 4GXMA 1OK4A 4UR7A 1T96A 4NJHA 4S2CA 3LTSA 3IV3A 1YXDA 2JBMA 4UNKA 3W1LA 3UWYA 1Q6RA 2J6XA 3QW4B 4AEOA 2I1OA 4JTKA 1JCMP 1N55A 5FESA 3UQNA 5TBOA 4H4IA 2HS8A 1VHNA 5F1VA 4I7VA 1GOXA 3NPWA 1J2WA 3NO5A 2BWGA 2DZVA 3W75A 4HNTA 1F7BA 4IMDA 3FJLA 1GJPA 1OX4B 3SFKA 2ALDA 1UB3A 5D30A 2WV8A 2CLFA 4DO4A 3IIPA 5D04C 2V5LA 4HNVA 5C2XA 4UMAA 5TIMA 5HR6A 3PWAA 3O1NA 4OV9A 1DORA 1C9DA 4FF7A 3TJXA 2OMAA 3F4WA 2JGQA 3L0NA 4HT3A 3V75A 3LRMA 3KFTA 1GZGA 3HPSA 3LRKA 2OZ0A 4HPJA 1EWDA 4ZZ9A 1WYIA 1R47A 3BARA 1M5WA 1RQBA 2QKFA 1OFAA 3CQ0A 2C15A 3SSJA 2RKXA 4DBEA 5F4WA 5LHEA 4RXGA 6ALDA 4H3DA 1JVNA 1JUEA 2ZA2A 4HHPA 3HOJA 2QEZA 3DFTA 3YPIA 3BW2A 2QJGA 1XFBA 3G18A 1QAPA 5AN7A 5HWNA 4CNPA 5K9DA 4AXKA 1PS9A 4FNTA 5K4ZA 1LTDA 1YTKA 2QCEA 1D3GA 4FNQA 2Q3OA 4Y6GA 1QMLA 2X2GA 4K8HA 2DZXA 1SO6A 4O11A 4QSHA 3GAKA 4JEQA 4O1DA 4ML9A 1KBJA 4K8EA 1VYRA 3NQ8A 1GG0A 5AC6A 4AMAA 1Q45A 4M7TA 3W1RA 3N19B 4WXYA 5EA9A 3USBA 4A29A 3EXRA 1H5YA 3S5ZA 4M5PA 3LLDA 2C19A 3L67A 5G4WA 3BW4A 3EX2A 1LOLA 1PVNA 1KTCA 3W22A 2B0MA 2NUYA 4X22A 2FQIA 3TFXA 4FHAA 3G1XA 4N6EA 5TQLA 3GK0A 4EIVA 3HMJG 2UV8G 3S9YA 1T99A 4MZ1A 3FA5A 4QAIA 1TREA 2EGZA 1ZENA 3LGEA 3T4CA 3P81A 3C56A 1FDZA 2A7RA 4ADSA 5CZSA 4LOCA 3PB0A 4BI6A 1DJNA 3NEVA 1GYNA 1KM0A 2B7PA 2NX3A 3TKFA 2GQAA 1FWTA 5AHMA 4ZMGA 4XTDA 5KTLA 2NV2A 4JX5A 1BKSA 4ZQMA 4MY8A 1FWRA 4LC6A 5CPOA 4CQ9A 1H7WA 4B5NA 3CM4A 3GDRA 3GLCA 3HG4A 2HTMA 4ORIA 4GRSA 4XKYB 2NWSA 2WSYA 2OT1A 2X16A 1NAL1 3RLUA 3TSDA 2V5BA 4CCEA 3NL6A 3KHJA 4OGZA 4YMZA 2GJLA 3PUEA 2GVGA 3DHDA 4LRSA 3S0CA 2GQ8A 2LLEA 4PC8A 2Y63A 2ZTKA 2PC4A 2QCMA 1G4SA 3QQ1A 4UTIA 3L5AA 3TXZA 2A21A 2FFCA 4DELA 3UD6A 2V81A 2ZBTA 4UTLA 3A5VA 1WX0A 1JCYA 3UWZA 1MO0A 1OFQA 3UY8A 2Q8ZA 3G3MA 3PG9A 4LC8A 1K8ZA 4JTTA 3ATZA 5LZLA 2IQTA 3C2RA 1F74A 2A4AA 1OHLA 4UTJA 3H55A 3TFCA 3C8FA 1TV8A 3C3NA 2V0TA 4DPQA 5EMUA 3QC3A 4K37A 1OG0A 4UFMA 4EF8A 4X2RA 3TW6A 2XN1A 1MZHA 5G1YA 3BPWA 2QCNA 3STFA 3DHFA 3MO7A 1TCDA 4N9DA 3W6YA 4N9BA 4XBSA 3EXTA 2QDHA 4ZQCA 3TQ0A 2BZNA 4BWLC 2E5BA 3W2NA 3U2OA 2X1TA 1W54A 4A3UA 1SW0A 2VEKA 2B7QA 4HNNA 4O28A 2R94A 4A2RA 3CTLA 5DBTA 4JDYA 1TPDA 3C2FA 3TC7A 4O13A 4DF1A 2WNQA 1UUOA 2EAWA 1O94A 4GE8A 3NL3A 3G3DA 4IPJA 5HJLA 4ADTA 1TPEA 2EF9A 5D05A 1DJQA 2ZYFA 3QM3A 3AJXA 2WOQA 4GUGA 2YSWA 4UTUA 5HWMA 1UCWA 4IUOA 3QFEA 3NPVA 4MVAA 3P5YA 4LV4A 1YPFA 2E5CA 4UTWA 5AYXA 4JS3A 4EOUA 2WSQA 2OCZA 2GVJA 3KXQA 3NQMA 3N3MA 3NQEA 2YX0A 3M5XA 2OX1A 1O95A 3HG2A 1WDWA 3P62A 4WD0A 3NVTA 2Q3RA 1JCJA 3B03A 5DXXA 3EKZA 3W2MA 3IIXA 3QSRA 3G0XA 3NPUA 2VEMA 5L6UA 2ZQ0A 4WX2A 3SGZA 4GBUA 3DU0A 1KFJA 4WY0B 3IIZA 1H61A 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1JQVA 3N2MA 1G4EA 3P67A 3HGOA 1A5BA 3EWWA 1AK5A 4A22A 1Z42A 1WBHA 3RK8A 3EWZA 2DZPA 3STCA 1MEWA 1ZAIA 3SECA 1IGSA 3G24A 2GJNA 2A1YA 2QCFA 3GYEA 3CB8A 3KRSA 2W79A 4O4WA 4CQAA 4K39A 5E1QA 2C6QA 5SWUA 4NVTA 5IBXA 1JRCA 4RX0A 3KVLA 3OG3A 4HKPA 2BTMA 4IX2A 5KZDA 1M6JA 3BW3A 2PRLA 1E51A 3A24A 2ZTJA 5D33A 2P1FA 2ZZ5A 3IRDA 3GNDA 1W5NA 5FI8A 2CU0A 3UWWA 4K7YA 3JR2A 3E96A 3MHFA 4UTKA 2ZRZA 3EX4A 2YCEA 1XUUA 3PY2A 1WA3A 3HG5A 4IMEA 2CZFA 4O14A 3NQCA 1OVDA 4LVFA 1VCFA 4FNPA 1LZOA 3LCHA 4AF0A 3O06A 4IJBA 3ATYA 3P80A 4DXVA 1HUVA 1PV8A 2V2DA 3I6RA 4PFMA 3WJYA 3GZ3A 3EWBX 4MZYA 1M7OA 4WOZA 5AHIA 1EA0A 4MYXA 5KITA 1K02A 2FB3A 1AW5A 3NA8A 2XN2A 3GXPA 4HSOA 2J27A 3SJ3A 4JTFA 1YXYA 3G1HA 3LV6A 4JTHA 5K7JA 3CT7A 2CLEA 1TPUA 2YGYA 4JX6A 1LLWA 5E93A 4E0CA 3D0CA 3CC1A 1FDJA 3T55A 3ELFA 2CLIA 5BMXA 1SSDA 4AB4A 2E6AA 1ML1A 3W7GA 3H54A 4UTMA 1B4EA 4AH7A 5C55A 3W76A 4JYDA 2C13A 3RU6A 4HN4A 1I2RA 4YLWA 3C2VA 2R91A 4NX0A 4XBKA 2A7PA 3FS2A 1PHQA 3BG9A 2V8ZA 3W1QA 4RZ5A 2X1RA 4FNUA 3VFLA 4AHPA 3VCRA 5HWJA 1D3HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5I3IA

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