5I3K | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFAVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
total genus	87
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3kA00

3A5FA 2B0MA 3HBLA 1HFBA 1OFQA 3NQ7A 3W2KA 4MLRA 4O57A 5D2VA 1FCVA 4CNNA 4WOQA 4OQVA 3PBWA 5DY2A 2FPYA 3HO8A 3TAOA 5BW6A 3IGUA 2VFIA 1OF6A 3UD6A 4HHPA 4C1LA 1SO6A 3W7QA 2W6RA 3O07A 1XCFA 4WUIA 1QR7A 3NQGA 1JRCA 3STEA 4E2BA 2E77A 5H2ZA 1JQXA 2ISVA 1TTIA 1VCVA 2A7PA 3ABQA 5T26A 4MJMA 3IIZA 3NPXA 4XBKA 3DH7A 4K38A 2XFWA 4OHQA 3KVKA 3TQ0A 2QCNA 1PE1A 4IXXA 3TQVA 1LBMA 1LLWA 2CW6A 5D2TA 3F03K 3VI2A 5D09A 2ZZ5A 1VCFA 2AQWA 3N9SA 4WJEA 4WOZA 3FJ6A 5CSSA 2I9EA 3NXFA 4M6VA 4UTLA 1TV7A 5H91A 4Z08A 1KFJA 2EPHA 5CGQA 1EWDA 3G1YA 4IMCA 4ZQOA 1XUZA 2DZXA 4O53A 2V2HA 4C1KA 3P74A 3DI1A 3FIGA 1JUEA 1H51A 1TPC1 2B7NA 1V7YA 3I7QA 4AXKA 5C54A 3TC7A 2CLHA 3L5MA 1H7PA 1PS9A 1HO4A 1F74A 2ZQ0A 1PVNA 3DFSA 3A21A 5EBUA 1IGSA 3M5VA 4ML9A 3W7OA 2VEPA 1ZNNA 3W2MA 4R34A 2CZ5A 4H3DA 2EHHA 3T44A 1ZAJA 2G95A 3S42A 3KX6A 5E1QA 3QW4B 3CPRA 1B9BA 1O95A 3LXCA 1FDZA 1DKWA 4JR5A 4HIBA 3INPA 3Q37A 3A24A 2H8XA 5TQLA 3TW6A 4K7YA 1QAPA 2A85A 1H1YA 1RD5A 5LNSA 3OVRA 4MY1A 5AYXA 2NV2A 4O15A 3O06A 5D33A 1WA3A 2NUWA 4OWGA 2NX9A 1LRQA 2Q3RA 2QUVA 1WXJA 2CLLA 3K30A 4MVAA 2CZFA 4M7SA 4QM1A 2QJIA 5AHIA 4AWUA 1KM1A 5GVJA 2H90A 3ATZA 3STGA 1TV5A 3O8AA 3P8JA 5K2ZA 1PHWA 1JVNA 1KV5A 4O1CA 1XC4A 1M7PA 2E5BA 5I3IA 4MZ1A 2YZRA 3I7RA 2R94A 2R14A 1IIGA 1ZY9A 4UTWC 3LRKA 3WK0A 4YCOA 5BMWA 3TFCA 2ZBTA 4IMGA 2NWRA 1AL7A 5HNRA 4MLJA 2ZZ4A 1YDVA 3MHUA 1N55A 1TYGA 2ALDA 4DF2A 3JR2A 3NAVA 3S1VA 4DO6A 4JX6A 3T7VA 2WNNA 3VCRA 3TMLA 4GUIA 3LTSA 4LVBA 1HG3A 1TPDA 2DU2A 3LV5A 1VCGA 1QPQA 1H5YA 1SZEA 2VOMA 4IWWA 5EYWA 5J5RA 1KV8A 4P61A 4RLIA 1QFEA 2ISWA 1XBVA 2QCFA 3L66A 5C6MA 2A5HA 3MW7A 4JN6A 3GNNA 3MYPA 2WSYA 3UXAA 4WY0A 3OIXA 4N6FA 4XZ9A 1KTCA 3W07A 3FFSA 4JTFA 3DU0A 1O94A 1SFJA 4QISA 1ZAIA 1EIXA 2JK2A 1FXPA 3MBDA 2H3BA 3N9RA 2FJKA 5DBTA 2RDTA 3QF0A 5F4XA 1KLZA 3CEPA 4OU1A 4DEFA 4WY0F 1GZGA 3IIPA 1OHLA 3L2IA 3ELFA 3LCGA 3I65A 2ZRZA 2I14A 1N7KA 3R5EA 1YXDA 2V2CA 1L6SA 4EVZA 2J24A 4NNCA 5HUPA 2VFHA 3F1QA 3W87A 2B7OA 3KVJA 3ABSA 3W7KA 3HMJG 2GVLA 2X30A 5J5DA 4M19A 1EP2A 3M41A 1W3NA 5CZ0A 4UTHA 5BOOA 5AYZA 5CSRA 4Y90A 1EP3A 3I68A 1HTIA 1VPXA 4WZHA 1KTNA 4UTKA 3DFOA 3VFLA 1S5TA 1EP1A 3I6RA 5HMSA 4HNUA 2Y70A 2F7FA 1GWJA 1OYBA 4PA8A 4RZ4A 2A7NA 3TIMA 3L0NA 2DP3A 3O63A 4NX0A 2A6NA 1Q6OA 4RCXA 1G67A 2Y7GA 3L5LA 1DJQA 3FLUA 3W7PA 4Z1BA 2YGYA 1PL9A 4TIMA 3M44A 1VLWA 3W7EA 4K36A 3W2UA 1WYIA 2QR6A 1B4KA 5AB3A 3N73A 3E0IA 4YCPA 1GVOA 1SPQA 2V81A 2ZRYA 4X9SA 4N4QA 1TJRA 1FWSA 1K8YA 4QAIA 1YXCA 1TV8A 1OK6A 1FWWA 4OT7A 2A1YA 3UWUA 3NQ6A 5F2GA 3JS3A 5G4WA 1HO1A 1XKYA 1TSIA 2ZZ2A 3N3MA 1O60A 1W31A 2VKZG 1LP6A 3LOTA 3EEGA 5AYYA 2RHGA 3G8RA 4KFNA 2X1SA 3LERA 3TROA 3LHZA 5K9CA 1XBYA 1VLIA 4BR1A 3KAOA 4RX0A 1H7RA 1W8SA 5C2XA 1UASA 2WO5A 1OVDA 5CPOA 1YPIA 4LW7A 2PRMA 1PIIA 3E12A 4IX2A 3UXDA 3W7JA 4FNRA 1KLYA 4QJ1A 1NSJA 1QPOA 3C61A 3MP5A 3EB2A 1KFEA 2Y62A 1GTHA 3C2FA 2NWSA 4MIMA 1H62A 4GXMA 3CQ0A 4TMCA 2ZCGA 3I7SA 2ISSA 1OJXA 3LCWA 2CU0A 1IIHA 1VRDA 5D05A 4OE7A 5LKYA 1W5QA 3CWNA 1MO0A 2C14A 1I2NA 2PRLA 4BI6A 1TPWA 3YPIA 1LORA 4JTUA 2NZLA 5KINA 1FXQA 5D2YA 4LRSA 3W2JA 5FI8A 2CZDA 2ZRUA 4IMEA 2ZA3A 3GZ3A 3RMJA 1TTPA 1WV2A 4UTMA 3E49A 1Y0EA 3EXRA 3G1AA 4O1DA 4LVGA 1ICQA 1IXNA 1K7XA 4K8EA 5FF0A 3TCEA 2VENA 4Z1CA 1OABA 5CPLA 3GDRA 3OEXA 3KHJA 3UZJA 3CT7A 4R33A 2ZA1A 1ZCOA 3DBPA 4H6KA 1W1ZA 3IVSA 3UWZA 2JGQA 3C3NA 4Y96A 3B0UX 3S9YA 4NVTA 2P10A 4UMAA 3MWAA 1RQHA 1Q6LA 1XFBA 5EL1A 2QKFA 3L65A 2YXGA 4AEOA 3O1NA 4WQ6A 1VC4A 3EWUA 3T40A 3EKLA 3G18A 4JNMA 3N2XA 3NL3A 3UPWA 3QRHA 3BLFA 2J9YA 3GAKA 3W84A 3EX3A 2A6LA 4JTTA 2QJHA 2X1UA 2NXGA 4Y8FA 1F76A 3UWVA 2OJPA 2C1HA 2YW3A 3E02A 1PV8A 3HQ1A 1TCDA 1YDNA 3SJ3A 5U4NA 4FXSA 2GVGA 5KZEA 1GOXA 3TKFA 2VFEA 2DZVA 4JY8A 4O10A 4MOZA 4UCGA 3B0VC 4G1KA 1F73A 1L6YA 1LZOA 3B04A 3R13A 5AC7A 6TIMA 3FOKA 3VKJA 1OX5A 1VHCA 1EWEA 2BX7A 2ZFAA 3LX9A 1U83A 4UTWA 2DZWA 3W1UA 4MKNA 1TPVA 2C3ZA 2P0OA 1B3OA 5SWUA 2D73A 2DORA 5C55A 2YX0A 2IQTA 5LGXA 2V82A 4UNKA 3TJXA 3KFTA 3QSTA 3UWWA 4DPPA 4N9EA 1GPWA 2ZTJA 1KBIA 3EWXA 3QSRA 4MYXA 1H60A 4DBEA 3MMTA 4YMZA 1VS1A 1KFLA 1A5AA 3QFEA 1R2SA 4HKPA 4IXHA 4UXDA 4ADUA 2BXVA 1OYCA 3NL6A 1PCWA 3R2GA 3LBMA 4QITA 3DFTA 4DO4A 5HR6A 3LCHA 1LCOA 3HG3A 4EF8A 3TA6A 4LY8A 2NUYA 1NF7A 1A53A 4QNEA 3BVJA 5F1UA 2B7PA 4P2VA 4CLMA 3NQMA 3QYQA 1BEUA 1FWNA 3PBVA 3T55A 3W22A 3UYCA 4LS2A 2WV8A 3A23A 3GDTA 4HNVA 1WDWA 1GYNA 3MJYA 1E51A 4PEKA 4TMBA 4IMDA 3RNDA 2GVJA 2NV1A 2CLFA 3BG3A 3P62A 3TX9A 1RR2A 3QZEA 1P5BA 5G2IA 4WY0B 1OFEA 4JYEA 2A2IA 1ZALA 4MZ8A 4GUFA 4IUOA 4GWEA 1XL9A 5HR7A 2X2GA 1TQXA 5IBXC 1LRTA 4K39A 4HN4A 1RVGA 3NL2A 1PCKA 1WQ5A 1IXQA 4IPJA 2QF7A 3M5ZA 3CB8A 1A50A 1PHQA 5F1VA 4AHPA 4N02A 3UWYA 4RR4A 5DN1A 4GNJA 4YLWA 5K7JA 1DORA 2B4GA 3DXIA 4UNLA 5L6UA 3F4NA 4GUGA 5EPDA 4NX5A 1TRDA 3W85A 2WQPA 2ZZ6A 3O6CA 3PBUA 3O6YX 3DFQA 3HGRA 3G1FA 4O16A 3G1HA 4PH6A 2XN2A 3S1XA 3EX2A 3SR7A 4N2YA 4UMCA 3W70A 1H7NA 1SZGA 4MY9A 1H50A 4Z1AA 1THFD 3IVTA 4KKXA 3W7CA 1JCNA 5D02A 4BWLA 5K4ZA 4MZYA 3UY7A 3NO5A 2VEIA 4I9AA 1AG1O 3QC3A 3W2LA 4O12A 3W1MA 1W54A 4NQ1A 4AH7A 3B03A 1DJNA 1R30A 2GJNA 2ZTKA 5KZMA 5G2HA 5K9XA 1H63A 4GRSA 1AL8A 1MEIA 4PC8A 4FF7A 2AGKA 2XN1A 2TYSA 2NX1A 3LHVA 2DJLA 2QCEA 4LC8A 1C9DA 3ZR4A 1DV7A 2NUXA 4GUHA 3HF3A 3B0PA 3KOFA 3AO0A 3KXQA 3W3OA 4ORMA 2RH9A 3ABOA 2X1TA 3OHIA 4JDBA 2YYTA 4A2RA 1G4PA 3RFAA 2FIQA 4A29A 1IXPA 4E0CA 4S2BA 4O4VA 3M6YA 3T78A 3SIZA 1QCWA 4RXGA 1FUYA 4GC4A 4MPQA 4MUZA 5D37A 4N9CA 2H6RA 3ABRA 1TRIA 1JCMP 3A5VA 2X1RA 1JJKA 3S5OA 4GUJA 4E38A 3NM1A 3Q94A 2FB3A 1MXSA 3W1PA 1HL2A 2TRSA 3GYEA 3LTPA 4N6EA 5KZDA 2HS8A 1TPB1 5E0KA 3VE7A 3DKLA 4RZ5A 1D3HA 4MY8A 3MI6A 3CWOX 2EKCA 3S0CA 1LBFA 4OV4A 4HSNA 1Z48A 3LHTA 3C2EA 3NQAA 5DBUA 4MFDA 3LCLA 3PG9A 2EAWA 2Q8LA 2PRHA 4O18A 3G1SA 4XWUA 5I3GA 3C56A 3BGGA 3DZ1A 4I7WA 4XUGA 5G5IA 5KTLA 1NF0A 4Y9AA 4FX7A 3UZ5A 4X3ZA 1QOQA 3IEBA 1ZFJA 3HGSA 2C15A 3LBCA 3WJXA 5DXXA 2ZYFA 1G7UA 3O05A 1OX4A 1QPNA 4ADTA 2ZRXA 4ZL1A 1N8FA 2C16A 4HPJA 1G4TA 4A2SA 4UC5A 3SFKA 5D03A 4FO4A 4KFPA 7TIMA 1LLZA 3HG2A 3V1PA 4QIUA 3W1XA 3W75A 3GR7A 4MYAA 1P0KA 4O0ZA 3RU6A 2G5WA 1W56A 4FX6M 3E96A 3LB0A 3LXBA 1H7WA 1CI1A 2QCMA 1F6KA 3B05A 4LUIA 4AWTA 4S2CA 5FF7A 3DFPA 2R8WA 5HULA 4PCFA 4LOCA 5TBOA 2ZRVA 1A5CA 1GG1A 3L21A 3BW4A 2JKEA 1QMLA 5FF4A 3NR0A 4QNWA 3M7WA 4LV4A 1MSSA 1FCBA 5IM51 1DL3A 1O5XA 1L6WA 3NZ1A 4FHAA 4PTNA 2BTMA 3R89A 1OX6A 4FNQA 4DXVA 3LI1A 4UTTA 4JTIA 5ABTA 3LLFA 4I7UA 5K4XA 5K3VA 2YYUA 1GVFA 3W1TA 2ZZ7A 5AHLA 5A8GA 2NXHA 3SI9A 3THAA 3LHWA 1Z44A 2BWGA 2YR1A 2W0UA 3FKRA 1AW2A 2Z0IA 5BNKA 1ZHAA 3LDVA 4NJHA 1YDOA 3HB9A 1Q6RA 3HG5A 5DCEA 3TSDA 5BRBA 3IIVA 5BMXA 1XDMA 3CU2A 5HWNA 1W5NA 1HUVA 1G6CA 5G4EA 3C2OA 3M47A 4N9DA 4XQ6A 2NLIA 4IGHA 5HWJA 3MI3A 3S5YA 2DZSA 3P61A 2NX3A 1H1ZA 1XDLA 3EX6A 3NM3A 3G0XA 4EOUA 1OG0A 2GQAA 4CNPA 4UFKA 3W1RA 3P80A 5LNWA 3BLIA 5AHEA 3W83A 3P67A 3S6DA 1O4UA 1W37A 2PURA 3EWZA 1ME8A 1TQJA 3DAQA 5AN7A 5FF3A 3N2MA 1NFBA 2DZTA 4JIQA 1SFLA 5CPMA 3Q58A 3QMRA 1VR6A 5CZSA 1FQ0A 3NZRA 4XTDA 2WNQA 5AHNA 2VC6A 3LHYA 3QPZA 1WOBA 4PODA 5F4WA 5KITA 2CFFA 1QPRA 4BWLC 3G1XA 2ZZ3A 5IBXA 1YLVA 1F2JA 4AAJA 4NXKA 1SR9A 3LCFA 1LROA 2FPTA 5F2LA 3EKZA 3PS7A 1LOLA 4M7TA 3NQFA 4Q32A 3UQNA 1Q45A 2Y63A 1G69A 5D32A 4HPXA 3LLDA 3IGXA 3PR2A 3O16A 3GKFA 4UR8A 3R8RA 5AC8A 1FWRA 4GJ1A 2E6FA 1RZMA 2F84A 4HNTA 2Y89A 4WXYA 4AMAA 3L67A 1F5ZA 1ADOA 1OFPA 2YW4A 3W7RA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5I3KA

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