5I3K | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFAVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	87
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3kA00

2A85A 3UWYA 1TPB1 5K9CA 4O19A 4CNOA 4M5PA 3S1WA 4IMGA 3EKLA 3TK7A 1EWDA 3A5FA 4Z1AA 4OE7A 4IPJA 3W70A 4HT3A 2J9YA 4AXKA 3LLFA 5KZEA 3HPSA 3W88A 1QR7A 1W5MA 2NXGA 3P5ZA 1VPXA 1OABA 4UR7A 4Z1BA 4W9TA 4D2JA 4XUGA 4QAIA 4DF1A 2ZZ4A 4QNEA 5C5YA 4OU1A 1L2UA 2NX9A 3CC1A 3KXQA 2QCFA 1X8FA 1SW0A 1O5XA 4MFDA 4GE8A 3LI1A 1M6JA 2FJKA 4FHAA 2TRSA 3PM6A 1L6WA 4IX2A 3WJYA 2Q8LA 3JS3A 3G0UA 1TO3A 2QJGA 1UCWA 3B0UX 2RDTA 3P80A 3GDRA 5F2LA 4GC4A 4JIQA 3W7RA 4KWWA 3Q58A 3RLVA 1H63A 4JICA 3VKJA 3ZWSA 3QMTA 1P4CA 2VFHA 3GXPA 3TAKA 1DHPA 5LNWA 3G1VA 1YXCA 3N3MA 2C16A 2VFFA 3PR2A 4K38A 2WNNA 1IIHA 2C18A 1F6KA 3W83A 2ZTJA 3M0ZA 2XFWA 3TXZA 3TNOA 3W6YA 1Q6RA 4XWUA 4XBKA 4LVFA 4M6QA 5D05A 2CW6A 1TV5A 1IXNA 1SFLA 2NX1A 2EF9A 4O50A 4EVZA 4BI7A 3W1XA 3QFEA 1IGSA 1W5QA 3OIXA 1EP1A 2CLFA 3QQ1A 4UXDA 3BG5A 4I7WA 2EGZA 4HPXA 3OHIA 1WOAA 1FWRA 1ICSA 1K3UA 3FJLA 3B0VC 2H8XA 1EP2A 3BARA 1OFAA 3IVUA 4LUJA 1VHCA 4LU0A 3IIVA 3LTYA 4LW7A 3PF3A 2ZRUA 3EWBX 5CZJA 1FCUA 2DZUA 3LV5A 4OQVA 3LHZA 2YSWA 3NZ1A 2RHGA 3P7YA 1S3HA 3HGSA 4TMCA 1ME9A 3I7QA 3BG3A 4BR1A 5DLCA 5HUPA 3L5MA 5DBUA 2KZHA 2C6QA 1B4EA 4N9EA 3W76A 4UTKA 4OGZA 3TSMA 1LDCA 3CPRA 2BLEA 4MYAA 3CWOX 1QPRA 3IEBA 5T26A 1OHLA 4O4VA 3NYZA 4PTNA 1F6PA 1HO4A 3DFQA 2TPSA 3LHYA 3HBLA 4JIPA 1WX0A 4OBTA 4O0ZA 1RQHA 1SZFA 5AC7A 3LXBA 3GR8A 3OVQA 2ZRXA 1J5TA 4M7SA 3QRHA 3DFTA 4PC8A 4UTUA 3O07A 1F76A 1GTHA 1TQJA 2H8ZA 4AB4A 2ABBA 4K8EA 3HO8A 3GDLA 1VC4A 4MJZA 5DELA 3ANYA 1FCQA 2A7RA 3ZFHA 4GXMA 1XBXA 4ZMGA 2YCEA 3T78A 3QMRA 5CG7A 3NPVA 3OVPA 1QO5A 2NV2A 1AW5A 3BO9A 2JGYA 3PB0A 4DF2A 3CIXA 2YR1A 2P1FA 3G1HA 1WA3A 4UTTA 2QCDB 3NQAA 5DN1A 1TSIA 4GNJA 1QO2A 3LCIA 3O6YX 3NPWA 1GQNA 1H61A 2O7QA 3KOFA 2DJXA 3TFXA 1YDOA 3UZ5A 3W7DA 5D2VA 2DU2A 3LGEA 3UWZA 1S5VA 2FPTA 4K8HA 3TFCA 4WOQA 1VS1A 2Y62A 4JTEA 4A3UA 3UPBA 3A23A 3I6RA 3DKLA 1AMKA 4WZHA 2B7PA 4Z1DA 4LNYA 4JEQA 1YADA 3GX9A 1DJQA 1W54A 3WJXA 3DFOA 1XXXA 1FQ0A 4BWLC 4RZ6A 4PL1A 1G7VA 1H50A 4OV4A 4YCPA 2PCQA 1ONRA 1JRBA 5F4WA 3F4WA 4YMZA 1AW1A 1TPDA 5LHFA 4S2BA 4AVFA 4JD4A 4Q33A 1K03A 5FESA 1K8ZA 1DOSA 4X3ZA 4HNNA 3HG5A 2ALDA 3PG9A 3ZWTA 2GPTA 4XTIA 4K36A 1WYIA 3GKAA 4LOCA 3SGZA 3TQ0A 4LV9A 4UUIA 4ZQPA 1L9WA 3W7EA 1L6YA 3EWUA 2OZ0A 2QF7A 3NQ7A 1FWTA 4WD0A 3ABSA 1JUKA 1VCGA 1YDVA 1IXQA 2V8ZA 7TIMA 3W1PA 2EAWA 1ZAIA 3S0CA 4K7YA 3Q37A 4IMEA 3TJXA 1I2OA 3C8FA 2HS6A 3VE7A 3PB2A 2ZYFA 4HIBA 2Z6IA 3HG3A 1EIXA 1ZJIA 1KTCA 2YW4A 1KM0A 1ZHAA 3C2RA 5FEZA 1JVNA 3E0IA 3NQDA 3IGSA 2VELA 1B4KA 3IIXA 3MYOA 4UTJA 4YWIA 3WJSA 3G22A 4MUZA 1C9DA 1HL2A 5F2IA 2CWNA 5E93A 4R53A 5K3VA 3HB9A 2A2IA 2ZRWA 2ZZ5A 1RQEA 1P0NA 1CI1A 2NWRA 4O1CA 5AHIA 1OX4B 4LS0A 5BRBA 1JRCA 3LCWA 4FNUA 4ML9A 3KVLA 1VZWA 3MYPA 5HWJA 4IGHA 3QJAA 4NJIA 3E02A 4X2RA 2FFCA 2DORA 4PFMA 3SSJA 3KX6A 3P84A 1I2NA 3HPXA 4XBSA 4ADTA 3TUUA 1DJNA 3BLIA 5H91A 1V5XA 5F4XA 3MP3A 1F5ZA 3FYOA 1W3TA 2X2GA 2VEPA 3TDFA 3M16A 3KVKA 3CEUA 2E6AA 3NZRA 3NM1A 4LUIA 1XCFA 1X7FA 2ZZ2A 3IV3A 5HINA 2A7NA 2YFNA 3EX1A 4Y90A 3PBUA 3EXSA 5D37A 3RLUA 3I65A 5E0KA 2GQ8A 1W56A 1QOPA 3INPA 1L6SA 4DF0A 4RJEA 2Y7EA 3THAA 3P62A 2ZRYA 3DI1A 3ABQA 4Z0JA 4O18A 3EWWA 3NQEA 2Y70A 3CWNA 3TV8A 3QW3A 1O94A 3U6WA 3C3NA 1KLYA 3SGUA 1KFJA 4RXGA 4M6VA 1TYGA 1Q45A 3TXVA 4Q32A 1OFPA 3W07A 2J88A 3TROA 1GPWA 2QCNA 3CEPA 1SZEA 1WXJA 2CU0A 2NUYA 5HULA 3EB2A 1NEYA 3ABOA 3LHWA 4O53A 5CZTA 5LNUA 4K39A 1N8FA 3AO0A 3IVSA 3K30A 6TIMA 3NO5A 1FWWA 2TMDA 3W7MA 2FDSA 3STCA 5I3JA 2A4AA 4CNNA 4JTTA 4JR5A 4GUFA 4YXGA 3IIOA 3CLMA 3S1UA 3A21A 1TRDA 1G4EA 5FEWA 2DJLA 1S5TA 5F4SA 1LYXA 4Y6GA 4AHPA 1KFLA 4GUIA 4FXSA 1LBFA 2GOUA 3B4UA 3O1NA 4DO4A 5FI8A 3NPUA 4LRSA 4WXYA 4GBUA 4MFEA 5CZ0A 2VC6A 2Z2UA 5AHEA 4RXFA 3BV4A 4E0CA 1E51A 4IWWA 3S5ZA 1PIIA 2OJPA 5DCEA 4P2VA 4ZZ9A 2DZXA 3WJWA 4R34A 2UV8G 3NVTA 1G4TA 3T4CA 1EA0A 4BI5A 1GJPA 1I2PA 2QCDA 2QJIA 1KFEA 5AOUA 2VFDA 2WSYA 3RF9A 3ZR4A 4MJMA 4MY8A 1PVNA 1OFEA 4IJBA 1JCLA 1ALDA 3LRMA 3THQA 2ABAA 2X16A 1YXDA 4AMAA 3YPIA 2DP3A 3G3MA 3SR7A 1RV8A 1VYSX 3NL2A 4O15A 1LZOA 3M43A 1M7OA 3W85A 4ALDA 4NZJA 2PE4A 3NQCA 3B04A 3NQFA 5ABTA 3I68A 4NJKA 3C56A 5HR6A 1TPVA 2ZFAA 4UTWC 3DU0A 3GKFA 4NXKA 4O1BA 3MHFA 4MKNA 4DO5A 4MLRA 1LOLA 1XBZA 2YFOA 3RU6A 3P5YA 5D33A 5A5WA 4BFAA 3SJ3A 3M5VA 1TTQA 6ALDA 4HN4A 4PA8A 1U83A 5F2MA 2NUWA 2VENA 4LT9A 3RK8A 5HUOA 1RQBA 3NL5A 3QW4B 2V5BA 3W75A 1BKSA 1VLIA 2A5HA 2JKPA 5FF7A 1OF8A 3H55A 3O8AA 4UFIA 3B05A 1D3GA 1IXOA 3LBCA 4FXRA 1PHQA 2X1RA 5D09A 5G2IA 3PSVA 3W1RA 1F2JA 5TIMA 5I3FA 3L9CA 3N73A 1FCBA 4JY9A 3R89A 5LNRA 1DV7A 2CLKA 1W5OA 4JTUA 2ZDRA 4PH6A 5LGXA 1UJPA 3MUXA 1N7KA 2JK2A 5A8GA 4IPIA 4L4LA 3QYQA 3NQ2A 2NXIA 3IIPA 3MHGA 4MPQA 2WV8A 1QOQA 3NQGA 3HQ1A 2WO5A 2WQPA 1XUUA 2TSYA 4ZQNA 3SIZA 1HUVA 3RMJA 1YPFA 3DFSA 5HNRA 5FEXA 1H7PA 2ZBTA 2QKFA 1KM2A 4FO4A 3PS7A 4GRSA 3S1VA 2TYSA 5C54A 1GYLA 1JJKA 1KM4A 1H5YA 5DCBA 2WNQA 3QEZA 1FDZA 2C0AA 1H7NA 4PL2A 1MO0A 3C61A 4JX4A 3V75A 2QJHA 1KLZA 1K7EA 3TMQA 3M7WA 4L4MA 3M1ZA 2B4GA 3P8IA 1G4SA 4E2BA 4UTHA 3L5AA 2OMAA 2WSRA 4RZ4A 1DVJA 1RVGA 3TX9A 1LROA 1OX4A 3KAOA 4WXZA 3P74A 4OT7A 1VHNA 5TBOA 5J5DA 5CSSA 2R94A 1EPXA 1TTIA 1RZMA 2VEMA 4ONVA 3E96A 3GXNA 4JY8A 5TQLA 3W7CA 2V30A 1OFRA 5KINA 3CQ0A 3FIGA 1V7YA 1DORA 1RD5A 3NOEA 1GT8A 3P61A 1NAL1 5LNVA 1TREA 1OFDA 3FS2A 4ORMA 3NG3A 3BW2A 2VEKA 3GR7A 5EPDA 2G95A 1KBJA 3M5ZA 1DKWA 1GZGA 2EHHA 2NX3A 2EKCA 1VCVA 1TQXA 4NJJA 1MXSA 2CLIA 1UUMA 2E6FA 1WBJA 4AH7A 3L0NA 3SFKA 1VLWA 1W37A 3OG3A 5IBXC 2YXGA 3V1PA 1TB3A 4ZQOA 2B7QA 3JR2A 3PULA 5CGQA 1SR9A 3PSWA 3MO7A 5EY5A 1ME7A 2D73A 5CZSA 4N4PA 4IX0A 3TW7A 3LTPA 3LCHA 4WY0F 2VKZG 2Y89A 4UFJA 3M41A 3HJZA 1O5KA 5DBTA 2R8WA 1Z44A 4I7VA 2BSLA 2Y85A 1T96A 1OF6A 1BWKA 2R91A 1IXPA 3S9YA 5D2XA 1ZENA 2AQWA 5LNSA 1VYPX 3TC6A 3ABRA 2GUUA 3PBYA 1B57A 2GJNA 1UBSA 2EPHA 2Q3OA 1KFBA 4M19A 3TSBA 1C8VA 1H7RA 1PHWA 4KFPA 1SW3A 4JX5A 5AYXA 4DQWA 3ZS4A 1R46A 2YX0A 2ZA1A 5AN7A 1TPEA 3C6CA 4EIVA 2VXNA 2QAPA 3BLFA 3W7IA 4HNVA 4UTTC 3N19B 4O8RA 4E38A 4NNBA 3TQVA 3WK2A 3MHUA 5G4EA 1Z41A 4MZ1A 4DEFA 1A5AA 2Y7GA 4IUOA 3Q2DA 4AWSA 4O28A 2QAFA 4K37A 1SZNA 1VGAA 3A9IA 4CCEA 4CNPA 3S1XA 3LHTA 3VI2A 3QM3A 4QNWA 2Y7FA 2G97A 1OVDA 2AGKA 4AWUA 4A2RA 2X1UA 3N2MA 2Y61A 2VFEA 3GK0A 4HKPA 3W71A 4HSNA 3G8EA 5D2TA 2IQTA 2YYUA 1QDSA 5D2YA 1SW7A 1KFCA 3NQMA 2ZZ7A 1FX6A 2J6XA 4RCXA 3UWWA 4X22A 4MZYA 1JUEA 3GAKA 3BK0A 1PS9A 3FJ6A 4JTSA 4ZVJA 5IM51 1GYNA 1ZAHA 1KFKA 1F05A 3W7QA 3W7LA 1ZCOA 3OEXA 3P82A 3EKZA 4ZQMA 3DZ1A 5K4XA 4FX8A 2RFGA 1LRTA 5EMUA 3S5OA 3W1NA 2GVGA 2R14A 1SFJA 4BWLA 3B06A 4XKYB 5G5IA 4S2CA 3W23A 2W0UA 5BNKA 4JNMA 3G24A 4NX0A 3W2KA 3W9ZA 4ORIA 2CLEA 3VCRA 3LTSA 1LBMA 2BX7A 3GZ3A 3NEVA 4B5NA 3N34A 5AYYA 4LVBA 4H6KA 3QSRA 1MEIA 1VH7A 4O1AA 2B0MA 5EL1A 3STFA 1AL7A 1TPC1 4JYFA 1LLZA 4EF9A 1TIMA 3W1LA 1UUOA 3M9YA 3CT7A 3VFLA 3NQ6A 4LVDA 1FDYA 1TPH1 5C2XA 5K9DA 3GNNA 5CPNA 1OYCA 2NLIA 1TJRA 5L6UA 3TE9A 4ZQCA 3W1AA 4OHQA 3F1QA 2Z0IA 3B0PA 3W1QA 3W72A 2C1HA 3GNDA 1TCDA 4NVTA 3JRKA 3HG2A 1PL9A 1Q3NA 2NUXA 4Q4KA 4FX6M 2VFIA 1SO5A 4MOZA 5KITA 1FXQA 3QSTA 1QNVA 2FTPA 3HGOA 2WKJA 1K7XA 4UTMA 4Y96A 2O7SA 5LSMA 2OT0A 3W7JA 1X1OA 4LY8A 2B7NA 4K6AA 4GFSA 3TAOA 1BWLA 5KSWA 1H62A 3C4UA 2HTMA 4O10A 3NGJA 3NL3A 4QITA 1I8JA 1EUNA 4G1KA 3BVJA 2Y63A 4ICNA 4DPQA 4TMBA 1SUXA 1G6CA 1P5BA 2DZPA 3T55A 1JQVA 1ZY9A 4HPJA 1R2RA 3EWZA 4QSHA 3PBVA 2CLOA 4CCCA 3UXDA 1FUYA 5CPLA 4HNUA 3W7PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5I3KA

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