5IBXC

1.65 angstrom crystal structure of triosephosphate isomerase (tim) from streptococcus pneumoniae
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
SRKPFIAGNWKMNKNPEEAKAFVEAVASKLPSSDLVEAGIAAPALDLTTVLAVAKGSNLKVAAQNCYFENAGAFTGETSPQVLKEIGTDYVVIGHSERRDYFHETDEDINKKAKAIFANGMLPIICCGESLETYEAGKAAEFVGAQVSAALAGLTAEQVAASVIAYEPIWAIGTGKSASQDDAQKMCKVVRDVVAADFGQEVADKVRVQYGGSVKPENVASYMACPDVDGALVGGASLEAESFLALLDFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title 1.65 Angstrom Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (TIM) from Streptococcus pneumoniae
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain d39 / nctc 7466)
total genus 89
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence F, G
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ibxC00
2A6LA 3W07A 4BF9A 3LV5A 4EWND 1LDCA 4RXGA 1SO4A 4RLIA 3PSVA 4TU1A 2ZTJA 3Q58A 4UFHA 4UFLA 2H8ZA 3SI9A 3NYZA 6TIMA 4Z1DA 3UWYA 3G1YA 1P0KA 3HOJA 5AHEA 4DO5A 4QIUA 1FWRA 5DCBA 4NNAA 1QO2A 3EXRA 3W22A 4MYXA 3N73A 2WNNA 4LUJA 1ICSA 3TCEA 1PCWA 4X3ZA 4O0KA 3LRMA 4YMZA 1IXQA 3THQA 1TPDA 3W7CA 1N8FA 1GG0A 4ZQOA 4MKNA 3NPUA 1FCQA 1SQ7A 2YYTA 1TPC1 3MYOA 1N7KA 4YCOA 4JXCA 1IXPA 4DBEA 1ZHAA 3QW3A 3P61A 2G97A 4U28A 1NAL1 5F4SA 5EKYA 5AHMA 3INPA 4JS3A 3STFA 1TYGA 3L5AA 3NL6A 3TUUA 4IX2A 3PUDA 2GQ8A 1RPXA 2ZYFA 2XN0A 3ABQA 2FPTA 5CPMA 3N9SA 2YPIA 4RZ5A 1IIHA 1RQEA 2HS6A 5A5WA 4LV9A 4RKAA 2XFWA 1UBSA 2JKPA 3PG9A 3M44A 3UXAA 2J88A 1KA9F 2Y85A 4LC6A 4ADTA 3HF3A 3LBCA 4Y96A 3G1XA 3A5VA 1T0OA 3W7NA 5HJLA 2ZZ3A 3TW7A 3W9ZA 1JRCA 1H5YA 2Q3RA 5GVJA 4BWLC 1OYAA 3HB9A 3E96A 3O8AA 2CW6A 2ZZ4A 3CPRA 3C2EA 3L2IA 1EWEA 3HG2A 1Q6OA 3O05A 3RU6A 4M6PA 1KW1A 2DZVA 4AEOA 1MEIA 3UWQA 2DP3A 4AB4A 3GAYA 3O63A 3NQ8A 3QPYA 3PM6A 1PL9A 4FX6M 2Y63A 4PL1A 3HMJG 1VQTA 4FNRA 3IIVA 3W7MA 1XM3A 3TFXA 5EL1A 3G1VA 2Y7FA 1FQ0A 1OHLA 1VS1A 2ISVA 2NUWA 3B8DA 4U4MA 1W37A 5DBUA 2Y7EA 4RZ6A 5F4XA 2R8WA 3W1LA 1R2TA 3M1ZA 1B57A 1HG3A 1THFD 2JGQA 5U4NA 4IMCA 3RNDA 3TC7A 4O10A 4XBKA 3PUEA 3CTLA 3CT7A 4WY0A 1FDYA 3UWVA 4I7WA 1AL7A 3I6RA 4XTIA 1GOXA 3W71A 2QDGA 2C0AA 4YL2A 4JY9A 3CLMA 5C54A 3TQ0A 3E9AA 3FYOA 3S0CA 3LLFA 3DAQA 1MEWA 1W5QA 3FFSA 3NAVA 4Y90A 1A5BA 2Y7DA 2PE4A 3QEZA 4K38A 3TXVA 4IMEA 5H91A 2VKZG 3H54A 3L5MA 3HGOA 4NVTA 3EX1A 3TROA 4GUGA 5CG7A 3V1PA 4PH6A 1TV8A 4X22A 4POCA 3W7PA 1GTHA 4QM1A 4NU7A 3O6YX 2VFDA 4MZ8A 3GNDA 3KHJA 1K03A 3S5ZA 4HHPA 3C2FA 5C6MA 3S1UA 2ALDA 3TJLA 5CZSA 5D2WA 2R91A 5CSRA 1YXCA 3P8IA 1J2WA 3MP5A 4KFNA 3MP4A 3W2NA 1O95A 4DPQA 2X30A 3PBUA 1K7FA 1A5SA 4W9TA 3A24A 4N2YA 3W7LA 3P7YA 3FS2A 3F03K 3EXSA 1Z44A 3OG3A 3ZS4A 1IXOA 3GKFA 1DKWA 2VFEA 3PSWA 2JK2A 1ZNNA 3W7KA 2O7QA 3CM4A 4FB7A 3BLFA 1FWTA 1QDSA 1QR7A 3DKLA 3PBWA 3FKKA 3P80A 2QCNA 1EX5A 3KRUA 5D03A 1QPOA 4UUIA 2Y70A 3NQDA 1ICPA 2EPHA 5J5RA 1XCFA 3W86A 1ME8A 3NPWA 1JCXA 1LLWA 3T4CA 4XTDA 2UV8G 4IMGA 2E68A 3L0NA 3W7EA 2QCFA 3WK3A 3OBKA 3L67A 1SR9A 4QSHA 4XBSA 5HUPA 4A29A 3MHUA 1G4PA 1JCMP 1YDOA 4ZQNA 4TR9A 3LRKA 2H90A 2CLEA 1S5WA 5FESA 2V81A 2A85A 2TSYA 2E5DA 3T44A 2ZBTA 3AO0A 1TTJA 3LHWA 1I2QA 4IPIA 3TR2A 1FUYA 5D02A 3NZ1A 3CIWA 3W6YA 2V5LA 2Q3OA 4O4VA 3G0UA 3QSTA 3W88A 2ZZ6A 5KTLA 1XUUA 2YCEA 1WDWA 3O06A 3UQNA 1DL3A 2ISSA 1RV8A 1VJIA 2RDWA 4LT9A 4IQLA 1N55A 4GNJA 1SW0A 4ICNA 4JNMA 4MOZA 4ZQRA 2H8XA 3GYEA 3G1FA 4FHAA 4AAJA 1VR6A 4O16A 5D2XA 3VE7A 2CFFA 4N9DA 3ANYA 3O07A 4I7VA 4IMDA 1M7PA 4MJZA 5KZDA 2TPSA 3GXPA 1KM5A 3M9YA 1TPVA 4E2DA 4ONVA 5LHFA 4B5NA 1W5PA 1YDNA 4FNTA 2RHGA 3LCGA 3P81A 1CW2A 2B7OA 3L68A 3NEVA 2FLIA 1JCLA 3HO8A 1IGSA 2EGZA 5G5IA 4CLMA 1EA0A 5G4WA 2YFOA 3UWUA 2WNZA 3W84A 4LS2A 1ZCOA 1JCJA 1LRTA 3T55A 3FOKA 3PULA 1OFAA 2AQWA 3GXNA 3NOEA 4OV4A 2YFNA 1OFBA 5AHFA 5DCEA 3UNDA 3LHVA 5K2ZA 4UMCA 4FX7A 2RDTA 3TMQA 5G2IA 1NFBA 3E12A 5FEWA 3S1VA 4N4PA 1F74A 5K4XA 4LV4A 4NJIA 4QAIA 3SJ3A 5K9DA 1W3TA 4KFPA 3O6CA 3IIPA 3TFCA 3IIOA 4TO8A 5I3JA 3NPVA 1RQHA 2ZA1A 3DFQA 2V2CA 3I68A 1B4EA 4E38A 2P0OA 4AWUA 1TTIA 2RFGA 4NX0A 2C13A 2YSWA 2CZDA 3C0JA 4OQVA 1QAPA 3TMLA 3LI1A 3VE9A 4J9JA 1TJRA 2V2DA 5LNSA 1T8XA 1XKYA 3LHYA 3EWWA 1HUVA 3EWYA 4JGDA 3EX6A 3I65A 4K6AA 5F1VA 4P61A 3GXTA 4O12A 4MVAA 2QCGA 5TQLA 4WD0A 3W7OA 4NJGA 5KZEA 3P84A 2JKEA 2V0TA 3C3NA 3W23A 2J27A 1FCBA 4FXRA 3V75A 5I3FA 4ORMA 4IMFA 2OMAA 1AMKA 2OT0A 4LW7A 5DELA 4X9SA 2V8ZA 4O1AA 4ORIA 1MEHA 3G1DA 3DFNA 2ZRVA 2LLEA 3W1XA 4XUGA 5KZMA 1QO5A 3L21A 5F2LA 3M47A 3GX9A 2X16A 4EVZA 1LRNA 2ATSA 4AWTA 4LY8A 5KMYA 3NQ7A 3LB0A 4EOUA 1J4EA 2PRLA 4JTFA 2C1HA 2QKFA 1RZMA 3M43A 1GTEA 1I2PA 2ZQ0A 2WV8A 5AYXA 3MJYA 3BGGA 4Y8FA 5D09A 4NX5A 4NJJA 3WFAA 2V9DA 3P5ZA 3CIXA 5K7JA 1XBVA 3DKJA 4WZHA 3P60A 2DZUA 1XI3A 4A2SA 1KM6A 1CI1A 3R8RA 1SFJA 3MHGA 7TIMA 5LSMA 4Q4KA 2E1DA 4K36A 1WAUA 5IM51 2J6XA 1ME7A 4AHQA 4LVBA 1PS9A 1F05A 2F7FA 5D2TA 5D2YA 1TO3A 2QCCA 4GRSA 3DGRA 1Q6LA 1SO5A 4DF0A 3M5XA 5DLCA 2ABAA 3UY8A 2ZZ1A 2CU0A 3GDLA 4IX0A 3NL2A 4LOCA 1K8YA 4Z1CA 5AC7A 1ONRA 1K7EA 3NM3A 3BW2A 1XC4A 3CHVA 1VZWA 5D04C 2IQTA 5I3HA 1EB3A 1G4EA 3BG5A 4JYEA 5HINA 4AMAA 1TTQA 2TMDA 3M16A 4NJKA 1MO0A 1IXNA 3IV3A 3NL5A 1BWLA 3WK2A 5DXYA 1TSIA 4UTWC 1TRDA 3P8JA 4GFSA 3H55A 1T99A 4UR8A 3LXBA 3BARA 2VENA 4HKPA 3QFEA 1KV5A 3IVTA 1QMLA 4N9EA 5FF2A 3KRZA 3IGXA 2AGKA 3FJ6A 1TPEA 3HPZA 3R89A 3E49A 1F73A 3MWAA 4ZQMA 2E6AA 1XDLA 4K37A 3LX9A 2DJLA 4HNUA 4FX8A 3R12A 3TV8A 3HBLA 4QISA 1R47A 3PB2A 5D05A 4H4IA 1B9BA 1X6UA 3F4NA 3N2MA 4EIVA 4O8RA 1VHCA 3UPWA 2C19A 4UTMA 2NWRA 1LLZA 1W5OA 1QOQA 1L6SA 2V82A 1RQBA 2NV1A 3BG9A 1M7OA 1U83A 1PHWA 4WXZA 4Y6GA 2HS8A 2NV2A 3CQ0A 2EKCA 4HPXA 4A2RA 1WX0A 2BLEA 2VFHA 3BVJA 5AHNA 3OVQA 5K9CA 1QWGA 2A7NA 3G1AA 4JX5A 5CZJA 3SGZA 1K8XA 1LP6A 1TV5A 4O11A 2Y88A 1Q3NA 3ATYA 1PVNA 1YLVA 1FBAA 2ZRXA 3VNDA 3DFPA 5LNVA 4HNNA 2RH9A 1AW2A 3M6YA 4K7VA 1GVQA 3LXCA 2W79A 3M7WA 2Z2UA 3BG3A 1P4CA 4UTUA 4FEZA 3MHFA 5D37A 3QMSA 3G1SA 5CPLA 3K30A 2OX1A 3PWAA 4MZ1A 3T7VA 2QCLA 1DJNA 1GVFA 3ZWTA 4XQ6A 1WV2A 3C6CA 1O4UA 4O14A 2ZA3A 4AF0A 3PBVA 5KINA 1H1YA 3AJXA 1OX4A 2CLHA 3GDTA 3QW4B 4ZMGA 2KZHA 2YYUA 3NQGA 3UZ5A 4IOTA 3PS7A 2GPTA 4R53A 1MXSA 3VI2A 4GE8A 4MIMA 1KM0A 3G18A 1QCWA 2ZZ5A 3HGJA 5U7SA 5LHEA 4HSOA 3S5NA 3W7RA 2CLLA 1RR2A 3FKRA 4UMAA 2WSYA 2CLIA 3W1MA 4O17A 3QMRA 3W1TA 4P2VA 1OX5A 2Z1BA 1BKSA 1F6KA 2QCHA 2R94A 2WSQA 1SSDA 4FNQA 1TV7A 1D3HA 1DVJA 2X2GA 1WXJA 1Z41A 2BX7A 3TU9A 3LTPA 1JQXA 1VLWA 3G0XA 4JTUA 1G7VA 3OIXA 3IGUA 3L0GA 3EWZA 4MY9A 4UNKA 1XXXA 4Z1AA 3TH6A 2A21A 3N3MA 3HPXA 3C4UA 5FEPA 1T96A 3T40A 1IIGA 4K8HA 4NT0A 4Z1BA 2VEPA 1NF0A 1DORA 3EKLA 1D9EA 4O52A 4M7TA 1O5KA 1KM1A 3Q94A 3DHFA 3QC3A 1OG0A 5LNRA 2A5HA 2VC6A 4ZVJA 4PODA 2C15A 1EIXA 1SO3A 4JYDA 4YXGA 1JR1A 4KKXA 2QUVA 2GOUA 1KLZA 1W3IA 3LLDA 1GEQA 1SZEA 5L6UA 2ABBA 4AF0B 1VRDA 1V7YA 2ZDRA 3S5OA 2CZEA 2E5CA 4N6FA 3N34A 3RK8A 1Q6RA 1L2UA 3GK0A 1KTCA 1TPUA 5AFDA 1LCOA 1UUMA 2C18A 4DO4A 5T26A 3CC1A 1A53A 4RZ4A 3LCHA 1GYNA 5BMXA 2GJNA 3BLIA 2WNQA 2BSLA 2G5WA 4UFMA 5E1QA 4UTWA 4HNVA 4JX6A 4MYAA 2DZWA 4NXSA 5LNUA 2NUXA 3UWZA 5FEZA 1XBYA 3W1UA 2ZRZA 5CGQA 3STGA 1C9DA 3ATZA 1AG1O 1VGAA 1X8FA 1S5TA 1DJQA 3IIXA 3DI1A 1X7FA 1YADA 1OFOA 2E6DA 1AW5A 2E5BA 3MUXA 4WY0B 1ZJIA 4LVFA 3OHIA 1FXPA 3T78A 3DHDA 3PBYA 3GZ3A 2GVGA 1OVDA 1OK6A 1SW3A 4M19A 5DXXA 1W54A 3A5FA 4KFOA 1FDJA 4RV8A 2ZZ7A 1H62A 4AWSA 1OFQA 2CWNA 3EWBX 3MO7A 4S2CA 1G6CA 3FIGA 1ADOA 3LHUA 3D0CA 4M5PA 2C16A 2EF9A 3EX2A 2WQPA 3H53A 1DHPA 1ML1A 4UTKA 4DELA 3PC0A 1ZY9A 1UJPA 2FDSA 3W2MA 2J9XA 4CCCA 4TMCA 4O0ZA 4O1CA 4WY0F 1W5NA 3C56A 1FY6A 3NQMA 2V30A 5CZ0A 1W0MA 5DCDA 1QPNA 3G8RA 3LBMA 1EP2A 1W8SA 3MP3A 3GKAA 4TMBA 2G96A 2BXVA 3NDOA 4HNTA 5TBOA 3OEXA 3OVRA 1VYRA 3MMTA 3I7RA 5AC6A 4N9CA 3U6WA 4JICA 2DU2A 4X2RA 3ABSA 3TQVA 1P1XA 3W2JA 4A22A 4TX9A 5BNKA 3PY2A 4C1KA 1QPQA 5AN7A 1ZAJA 3S6DA 4BWLA 2QDHA 3MI6A 1VYSX 2E6FA 3P5YA 2QEZA 4N9BA 4L4MA 1W31A 4MPQA 1ME9A 1UB3A 2X1UA 4UFJA 2WKJA 4WOZA 3JR2A 1NEYA 2YX0A 3QMTA 2JBMA 1V5XA 5G1YA 1I45A 2GVLA 3TE9A 2XN2A 1OABA 1JQVA 1M5WA 2EAWA 3EX4A 1AW1A 1YXYA 5CPNA 1PHQA 3CWOX 2P1FA 3LV6A 4R33A 1R2SA 1LOQA 1RD5A 3A9IA 4OBTA 1LYXA 2CZFA 3LRLA 1G67A 1FWWA 3FEMA 4EF8A 1U5JA 1W3NA 1S3HA 5CPOA 3SZ8A 1LRQA 2Y61A 2BTMA 3TSDA 1SSGA 2X1TA 3HPSA 1WA3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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