5IDI | Genus

Total Genus 177

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	443
structure length	443
Chain Sequence	MKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKIGAKAYRFSISWPRILPEGTGKVNQKGLDFYNRIIDTLLEKNITPFITIYHWDLPFSLQLKGGWANRDIADWFAEYSRVLFENFGDRVKHWITLNELWVVAIVGHLYGVHAPGMKDIYVAFHTVHNLLRAHAKSVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEREEDIRAARFMHQFNNYPLFLNPIYRGEYPDLVLEFAREYLPRNYEDDMEEIKQEIDFVGLNYYSGHMVKYDPNSPARVSFVERNLPKTAMGWEIVPEGIYWILKGVKEEYNPQEVYITGNGAAFDDVVSEGGKVHDQNRIDYLRAHIEQVWRAIQDGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYNTQKRIIKDSGYWYSNVIKNNGLT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	1,4-beta-D-glucan glucohydrolase
publication title	Crystal structure of beta-glucosidase 1A from Thermotoga neapolitana and comparison of active site mutants for hydrolysis of flavonoid glucosides. pubmed doi rcsb
source organism	Thermotoga neapolitana
total genus	177
structure length	443
sequence length	443
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2016-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5idiA00

1W3KA 2XGBA 5E6ZA 1WCGA 4D6JA 3WD4A 2VMFA 3WQVA 4UFLA 4JL2A 2VRKA 3S6TA 4MAZA 2WWDA 4DM2A 4AZHA 1V0MA 2ZUVA 1GQKA 3WMCA 1O7AA 1SYTA 1WE5A 1XYZA 5CPTA 3VUPA 3M7SA 2FGLA 2WKLA 1HKIA 2EPMX 1GORA 1E4MM 3NSXA 3W4RA 2VL4A 5ABEA 4V2XA 2X1IA 1DWGM 1JZ6A 4DM1A 1ZBWA 1HXJA 1H3GA 4BA0A 2G3MA 1JDDA 1C92A 1TZ7A 3B9EA 3WUBA 2XFRA 1JD9A 4DWSC 1E5JA 1UZ4A 4CVUA 3AHVA 4MJ4A 3AJ7A 3WDQA 1TMQA 2ESCA 3T09A 2XM1A 3AMDA 1UKTA 1QBAA 2BS9A 3BAKA 1G1YA 5DT5A 2W66A 1AQHA 1JZ4A 1UQYA 4RE3A 5IFPA 2BY2A 3RO8A 1P6WA 2FDMA 1HN1A 2J47A 4J28A 2DT0A 3MUAA 1H1NA 1H4PA 2Z1KA 3VIJA 3F5KA 2WB5A 4HPGA 1ISWA 1EDTA 1KR1A 4TUFA 4AIOA 1K9FA 3AISA 4A3YA 2XVLA 1FH8A 4Z2LA 1ZBCA 2X8RA 2VQTA 3O9NA 2EPOA 3AXHA 1NP2A 2G8ZA 4AD4A 5A6MA 1WNOA 1TA3B 4HOZA 3BAWA 1EO5A 3KE0A 4WKAA 2E4TA 4NI3A 4OBSA 4MB4A 6A3HA 3UCQA 3ZO9A 4AEFA 4GZEA 4U33A 5D9OA 2XWEA 4DWSA 2OSWA 2GUYA 5E9AA 4AEEA 3K8LA 1JF6A 2XPKA 2J7DA 2GSJA 1CXIA 4Z2GA 1GOWA 3VIHA 2WC4A 4IPLA 1VBRA 4WJXA 4XB3A 3WNKA 4W5ZA 4MB5A 1UR1A 1UHVA 2OWWA 4PSPA 4AISA 5D9MA 3TTSA 2YDQA 1ODUA 3VILA 2O9PA 2WVSA 3WF0A 3EDEA 3DYMA 1TFVA 5DO8A 1E3ZA 1QNRA 3ZJ7A 4GI9A 3T08A 1PIFA 4TVDA 5CLTA 4KMQA 3K4AA 3MS8A 2G3NA 3GBDA 4A4AA 1OM0A 3WF1A 1KR0A 1ISVA 1JFXA 4S3JA 3VGHA 3BAIA 3W27A 1LLOA 4J3UA 2WMKA 4E2OA 1ZJAA 2YDRA 3AROA 2PWGA 1QNQA 1EOMA 3BCDA 4WSKA 3BSHA 3IJ8A 2ZX9A 1HVXA 3NCOA 5ABFA 1C93A 4PTXA 4M80A 4KWUA 4CD4A 1BAGA 1ITXA 1MFUA 4JCMA 4ZEPA 1H41A 1X6LA 4J3XA 2WW5A 4EE9A 4U2ZA 4LPCA 1KXHA 1OSEA 2EJ1A 4QAWA 4ZENA 2QPSA 5DT7A 1LJYA 2W61A 4F9DA 5E0CA 4UQ9A 4UZSA 1GPFA 3ECQA 5TD4A 3U7VA 3RJXA 5ECUA 1MQPA 3M6DA 2WLZA 4LXFA 3F4VA 1OWQA 4EK7A 2J7FA 3QGVA 1B3WA 1H09A 4B3KA 2AAAA 1JNEA 1KQYA 2WZHA 3N13A 1VEMA 3VTRA 3VGDA 1VRXA 4PMNA 3CZGA 2D0HA 1BYCA 5BROA 3SCVA 1GUVA 1WAWA 3EDJA 3MANA 1C91A 2JFEX 4J3WA 4V27A 1LG2A 3MU7A 1HL9A 3SCPA 2CKRA 4TTGA 3II1A 3WELA 5A6BD 4JIEA 6CGTA 1FH9A 4PCSA 1TA3A 2GVYA 1DEDA 1GNXA 1WZLA 1DWJM 1QW8A 3GH4A 3NDYA 1H0GA 2VQUA 3UERA 4QLKA 1QNSA 2DH2A 1CDGA 3WF4A 1CXLA 1OGSA 2DQXA 3UR7A 4CU7A 2JEQA 2IXUA 1M7XA 3AIUA 3WQ8A 2Y8KA 3GH7A 2J7EA 2FGZA 2VCBA 1BG9A 2MANA 2ZXDA 1M03A 4Z2IA 1GVIA 1KCLA 3NUKA 3LPGA 5LA2A 1LL7A 4NRRA 3VD3A 2VURA 4UFHA 4FK9A 3RPMA 4CU6A 3TA9A 4OBRA 2OSXA 1V3MA 1FOBA 2F61A 1NOUA 2XVPA 4HTYA 4PUDA 1JYNA 1H5VA 4QFUA 4U5KA 3WNLA 4FLQA 2D2OA 4B16A 1W1YA 4UQDA 3SURA 1KGWA 2VVNA 3N11A 2D0FA 4TVCA 4N0RA 3EDDA 1JG9A 4W84A 4AZGA 1UH3A 3FNDA 2DIJA 3T0BA 1X1NA 2OSYA 4HP5A 3WENA 2WMGA 5D8ZA 5BCAA 1XRVA 3CLWA 1VJZA 2WYSA 4AD3A 3WEZA 1JYXA 2G3IA 3AOFA 5A69A 3RM9A 3ARZA 3K1DA 1Q6EA 3WD2A 3VD9A 1NP0A 4DUWA 2E8YA 2ZUWA 2BNJA 5FIPA 1V3LA 3WQWA 5CSYA 3SUSA 1J0JA 1TR1A 1J0IA 3WDPP 4CD8A 4D6IA 1KGXA 1UWSA 3W38A 2WVVB 3AZRA 4OZOA 2QF8A 3WMSA 2ZXAA 2VT0A 4XX6A 1ISYA 4FLRA 4LYQA 3IK2A 3L4WA 4AD0A 1HF6A 1QVBA 1BPLB 2VC9A 4P8XA 3CZEA 5A6AA 1F4HA 2J74A 1KXVA 3WQ6A 2O9OA 1VEPA 1EXPA 1XSKA 3A3HA 1KBBA 1JGIA 3LPOA 3L2MA 5CLWA 3EMZA 3KL5A 3THCA 3W81A 3N1AA 1BSIA 3CZLA 1CEOA 5JIWA 2Y2WA 4HA1A 4TTUA 1QI3A 4QP0A 4HZ8A 1W9XA 2BHUA 3T2OA 1WP6A 1B3ZA 3CUIA 3ZR5A 1QBBA 3SCWA 1E6XM 4PCTA 2Y8VA 2ZOXA 3JUGA 1GHRA 2YBUA 1J12A 1V3IA 4F9JA 1JDCA 3K8MA 4P7RA 1CIUA 5M3WA 1NOWA 1PBGA 2XG9A 1U30A 2VZOA 2B31A 3U5UA 1LWJA 2ZXQA 1E0XA 2JEPA 2J7GA 3CHEA 1UD6A 5CGTA 4RL3A 5EFFA 1KB3A 1HJSA 3AIWA 1C7TA 1MW1A 4CD7A 1EHNA 3L4XA 3QHOA 4HU0A 3I3DA 5D9PA 2CESA 4W85A 3WL1A 2XM2A 1V02A 5A6LA 3DHUA 2VR5A 2E0PA 1JFHA 5D9NA 3TP4A 4AXNA 3AXIA 1BYAA 2BHZA 3AMCA 3WNMA 4AZ5A 4H8UA 1ZJBA 1JD7A 1MWOA 1UWQA 4ATDA 7A3HA 1E15A 5BRPA 2CBJA 3OB8A 1PX8A 5M03A 2CPUA 2WLYA 1KQZA 5DF0A 4M29A 4FLOA 3F5JA 2VO5A 3SCUA 4P7NA 5CSUA 3GM8A 1B31A 2JALA 4OJYA 2QLYA 2VX7A 4E8DA 3TTQA 1CPUA 2CEQA 1EA9C 2WWCA 3CMJA 4C7GA 4IM4A 2ZUTA 1WDQA 1BYBA 1W1TA 3GYCA 2PWDA 4Z2KA 1US3A 5A6KA 3CTTA 1Z32X 4FLSA 4W7WA 2UY2A 4QDMA 1UD4A 4OUEA 2G4FA 4CUCA 3KEHA 3VMNA 3RCNA 3VX1A 3WL0A 1E70M 1E40A 4AD5A 1UUQA 3AXXA 1Q6FA 2W63A 4MDPA 1JIBA 2VZSA 3BAJA 3BSGA 3ZJ6A 3WEMA 1UKQA 4NZCA 3RJYA 1WDPA 3PHAA 1HKKA 3ZQ9A 1L0PA 3AIRA 2DT3A 3KL3A 2PI6A 3U57A 1BLIA 4D71A 5A8QA 3GXMA 3W6MA 3W82A 2WZEA 1G5AA 1FA2A 2Y24A 3G6MA 4ATWA 4H7VA 4WK9A 3FAWA 3VD7A 2YBTA 3DHPA 2FHFA 3L4ZA 2C7FA 5JIPA 3WH8A 1NQ6A 4OOUA 3UEQA 3MSDA 2WHMA 1OT1A 2XSAA 1I75A 1CXEA 1EQPA 1GOIA 3PZOA 3WH6A 1H2JA 2J8FA 5A6SA 3T0DA 3GXIA 4NSBA 2FHCA 1E43A 2IXVA 1BFNA 1E0VA 2D23A 2F8QA 3WDRA 1M53A 4PMZA 5JUVA 5I3DA 3FAXA 4LQ1A 4UQAA 5C71A 3WDIA 1EGZA 3CPUA 2D24A 7CGTA 5A2CA 4AIUA 3TONA 1NWTA 2AOSA 1V3KA 1Q6CA 3K4DA 3POHA 3W25A 3VPLA 1W1PA 4W7VA 1CENA 3L2LA 3WD1A 1XC6A 2XUCA 5A2AA 3VDCA 5I2UA 2XVKA 1RPKA 1DP0A 5DFAA 4NRSA 5A3HA 3K8KA 1V0LA 3I3BA 4EKJA 3EDKA 3ARTA 2F2HA 4AD1A 1V6WA 4M8UA 4U2YA 2PBGA 2VTFA 1CBGA 4JFWA 2GJXB 1VENA 5ABHA 5CPSA 1E1FA 1WZAA 1CXHA 2GJPA 1GOOA 5I77A 3LPPA 5CGMA 5AC5A 1G0CA 1TUXA 1UKPA 2XIIA 3VIIA 4AWEA 4B9YA 1TVPA 2GDVA 4CN4A 1Q4NX 2UWFA 2V3EA 4KGLA 2J75A 3U7BA 1B3YA 1OIMA 5GNYA 1WPCA 3BCFA 3N18A 3OA5A 2XGIA 3CH9A 2YA2A 3ZJ8A 3PTQA 1E6PA 1NOFA 1Q6GA 2J62A 1Q6DA 4WIWA 3U5YA 4U3CA 4MB3A 2ZX5A 1L8NA 1JAEA 1NWSA 4JFTA 1EHAA 5CJ5A 3OGSA 4GXPA 2YL8A 4CCEA 1UWRA 4HU8A 3SCSA 1CYGA 3KWXA 3PZQA 3BMWA 1IV8A 2V5DA 1UR8A 3VGFA 4JKLA 3RM4A 4HMDA 2VUYA 5LA1A 2DEPA 4CD5A 3AFBA 2WAGA 3ZM8A 2W67A 3W26A 1OINA 2DIEA 3M46A 4PRWA 1K9DA 3FN9A 1AMYA 3VGGA 3AHZA 4J3SA 4AC1X 2W62A 3IANA 4DUXA 5HBFA 1QHOA 1XSJA 4B15A 1QI4A 1CGUA 1UA3A 3PZGA 2NW0A 3ZSTA 5CG0A 3AS0A 3VD5A 3IAPA 5EMYA 3ARQA 1PAMA 3WIJA 1HIZA 3CUHA 3O6AA 1CLVA 2HVMA 1E6QM 1CGWA 2J7CA 4J27A 5ABGA 5GNZA 8A3HA 3ZMRA 1I1XA 2PWHA 1KWGA 4F66A 3EDFA 3SUTA 2UY5A 1W3HA 1E56A 1PX3A 2A3EA 2FH6A 1OIFA 2E3ZA 2EO7A 3MO4A 3THDA 3WUEA 2CCRA 1EH9A 3WUFA 3MMUA 1E5NA 1W2VA 1E0WA 1UR9A 4K68A 1K9EA 3OGVA 5AYBA 1BVNP 1V6UA 2GK1B 1X6NA 2YLAA 1G01A 3WDJA 2PWFA 1E6ZA 4QCEA 4AMCA 1W3LA 2J77A 1V0NA 1CECA 3SUUA 4Q7NA 4HA4A 3VM7A 5A6JA 3ZIZA 3VU2A 3BLKA 4TXEA 1E6SM 1FP8A 1W9DM 1E6NA 5I6SA 1BGGA 4QCFA 2BXYA 1H49A 1EOKA 2JE8A 4ZE5A 1XD0A 1V6XA 3HN3A 1UYQA 1E1EA 4D1JA 4GINA 4M81A 2W5FA 2WSPA 2WVTA 1GOQA 3APGA 1J0KA 3E1F1 5CZKA 1OB0A 5IHRA 1J18A 3AS2A 1AVAA 3QHNA 5HPOA 1JZ3A 5FL1A 4TOQA 1KBKA 1HKMA 4BS0A 2EPLX 1B9ZA 5E09A 4J3TA 5I24A 3OLIA 1CWYA 3CBWA 2CHNA 2VR4A 2EPNA 1UWUA 5FL0A 2NT0A 1J11A 4W87A 2DSKA 3WBEA 2ZUMA 2XSBA 4JAWA 3ARYA 4HPHA 4U3AA 4HMEA 2A3CA 4D72A 1WDRA 3BH4A 3CZKA 5IHSA 2DGAA 5C70A 2CBVA 2PB1A 3CHFA 3L4TA 3W37A 1OBAA 2BFGA 3PZVA 2EEXA 3WDHA 1R8LA 1CGXA 4AYSA 5IXEA 1RP9A 2WXDM 1E73M 4M56A 2YJQA 4X0NA 1KXTA 2OYMA 4D6DA 1GQIA 4R27A 1DWIM 3DYOA 2DDXA 4UOQA 4WLCA 5DEZA 2IUZA 3AIQA 4AZ6A 4OKDA 4MNMA 1HJVA 1XH1A 2CERA 3GXFA 1ZU8A 5BWFA 4JKKA 4H2CA 2ZUNA 4FF5A 1ISXA 1R7OA 1W32A 5BXRA 4XV0A 3AYSA 4AIEA 4KRUA 3WFLA 2CYGA 3WF2A 3CIVA 5AYIA 3RMEA 2VRJA 1FHDA 4ACYA 5FKYA 3DC0A 4CU8A 3WN6A 3ZR6A 1H0IA 3L4UA 1M04A 2WCAA 4LYPA 4D6GA 4ZXOA 3W28A 5A95A 1HP5A 2WM0A 1B3VA 1VFOA 3BAYA 1GOMA 2X05A 1JZ8A 2E8ZA 1WDSA 2ZIDA 3OG2A 2GK1A 1HP4A 2YDSA 3PZNA 2YL9A 3UG3A 1W3JA 1RD6A 1QPKA 3PZ9A 1LWHA 1E71M 3W24A 3OLDA 1F4AA 2WKGA 4BQ5A 4JFUA 2BVYA 1NARA 1W1VA 3MV11 4MAVA 1B30A 3PZTA 1MW2A 3AMLA 5M5DA 1LL4A 5A8PA 4D1IA 1JI2A 2CHOA 1KWKA 4UFKA 1E6RA 4N42A 1R87A 3A4AA 3GBEA 3T0AA 1UWTA 3KL0A 1VEOA 1NWRA 3OZPA 3W53A 2WMHA 4CN1A 1HJUA 4TX6A 2YOCA 1NM9A 4GI8A 3QOMA 5A6BA 3VX0A 2D1ZA 2CITA 5AC4A 5I23A 5I5RA 2V38A 1CGTA 1CGVA 4MNLA 1GVYA 4UFMA 3VNYA 3VVGA 3B9AA 3L4YA 4AZIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VX4 A;  4V33 A;  2FZD A;  3BW3 A;  3TIM A;  2XTK A;  4GI6 A;  3CT2 A;  3WJW A;  3M44 A;  3BAR A;  3E38 A;  3QLD A;  1QFE A;  4RR4 A;  4AHQ A;  3TKF A;  1G9H A;  3LI1 A;  2E9B A;  1P7T A;  4H4I A;  5E0F A;  1EC8 A;  1QUM A;  1HJQ A;  2PE4 A;  2ZBT A;  3QYS A;  1PPI A;  4OTK A;  2EBN A;  3E2S A;  2A3B A;  4LAU A;  5KZE A;  3W71 A;  3VC6 A;  4O1E A;  4XKY A;  3LHV A;  3W7O A;  4W5U A;  5KEZ A;  2OLA A;  1YDV A;  3KHD A;  2VEF A;  4WDW A;  1BQG A;  4ZBC A;  3UJF A;  3BLO A;  3TYC A;  1RK5 A;  4IGS A;  1K9T A;  3EMC A;  2ZQ0 A;  3EX2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1W3K A;  2XGB A;  5E6Z A;  1WCG A;  4D6J A;  3WD4 A;  2VMF A;  3WQV A;  4UFL A;  4JL2 A;  2VRK A;  3S6T A;  4MAZ A;  2WWD A;  4DM2 A;  4AZH A;  1V0M A;  2ZUV A;  1GQK A;  3WMC A;  1O7A A;  1SYT A;  1WE5 A;  1XYZ A;  5CPT A;  3VUP A;  3M7S A;  2FGL A;  2WKL A;  1HKI A;  2EPM X;  1GOR A;  1E4M M;  3NSX A;  3W4R A;  2VL4 A;  5ABE A;  4V2X A;  2X1I A;  1DWG M;  1JZ6 A;  4DM1 A;  1ZBW A;  1HXJ A;  1H3G A;  4BA0 A;  2G3M A;  1JDD A;  1C92 A;  1TZ7 A;  3B9E A;  3WUB A;  2XFR A;  1JD9 A;  4DWS C;  1E5J A;  1UZ4 A;  4CVU A;  3AHV A;  4MJ4 A;  3AJ7 A;  3WDQ A;  1TMQ A;  2ESC A;  3T09 A;  2XM1 A;  3AMD A;  1UKT A;  1QBA A;  2BS9 A;  3BAK A;  1G1Y A;  5DT5 A;  2W66 A;  1AQH A;  1JZ4 A;  1UQY A;  4RE3 A;  5IFP A;  2BY2 A;  3RO8 A;  1P6W A;  2FDM A;  1HN1 A;  2J47 A;  4J28 A;  2DT0 A;  3MUA A;  1H1N A;  1H4P A;  2Z1K A;  3VIJ A;  3F5K A;  2WB5 A;  4HPG A;  1ISW A;  1EDT A;  1KR1 A;  4TUF A;  4AIO A;  1K9F A;  3AIS A;  4A3Y A;  2XVL A;  1FH8 A;  4Z2L A;  1ZBC A;  2X8R A;  2VQT A;  3O9N A;  2EPO A;  3AXH A; 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5IDIA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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