5JIWA

Crystal structure of thermus aquaticus amylomaltase (gh77) in complex with a 34-meric cycloamylose
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
500
structure length
499
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGREARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIAHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHNNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Amylose recognition and ring-size determination of amylomaltase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus aquaticus
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
total genus 174
structure length 499
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5jiwA00
4GKLA 1JFHA 4F9JA 2O9OA 1YHTA 1KBBA 3ARYA 1QHZA 1GOQA 3DYPA 1WZAA 2JIWA 3FXYA 1DWIM 1WDPA 4EAMA 4QAWA 2X1IA 3SCUA 2XG9A 2X09A 1WB0A 4R5EA 4MB5A 1S46A 3GNOA 2X8RA 4D1IA 2VX4A 1E4NA 1MW3A 1HJWA 2ZUNA 2Y8VA 4UFKA 3WF3A 1PX8A 1IZJA 2YL5A 3CMJA 1E70M 4AYSA 2YKKA 4WSJA 4KRTA 1UR4A 1BG4A 5EFFA 1FP8A 3WDIA 2XVPA 1GQIA 4ACZB 1XSIA 3OZOA 4U3AA 2VO5A 1BFNA 3WBAA 1E6XM 3LPOA 4GPNA 1C90A 1GW1A 3AS1A 1IT0A 4CCDA 4ATDA 4EANA 1JAEA 1JD7A 1V08A 2XM2A 3AS0A 4TOQA 1EHNA 3HMCA 1EIBA 4PMNA 3DHPA 1B1YA 1OM0A 4URIA 4PMVA 4QLKA 3PTQA 4DUVA 1Q4NX 1KXVA 1KGXA 3T0BA 2D3NA 1JZ3A 4BZYA 2WKLA 2JF7A 1E15A 3M07A 2D20A 2DSUA 4YN5A 1RH9A 3CZEA 3EDEA 4AIUA 4TUFA 4X0VA 4TX6A 1H41A 1LJYA 3MU7A 3WFLA 1H3GA 2DT0A 1LL4A 4ZE5A 4CVWA 1B31A 2GDVA 3G6LA 1V0LA 5LA1A 1M04A 3W24A 1JD9A 5C71A 1J0YA 1E6NA 2BY3A 2J8FA 3CZGA 4H8HA 1OGSA 1UHVA 2WMIB 3W27A 4Q7NA 3AI0A 3MUAA 3AROA 3AHYA 3PZTA 1KXTA 5FKYA 4ZE4A 2DSKA 2GK1A 1BYCA 1OIMA 5I2UA 2BY1A 3UERA 3OLIA 2DSZA 1E6SM 3AMGA 3O9NA 3AIBA 4QFUA 3VMPA 4J3WA 3RILA 1UQZA 2RGLA 3M46A 2VX5A 4NRSA 1CXIA 5DF0A 1UR1A 1XCWA 2WW5A 4L4PA 2VCBA 7TAAA 1OB0A 2WVVA 2WHJA 3PZVA 4CD5A 4OUEA 4FK9A 3CO4A 2VC9A 2UY5A 1X6LA 1I75A 4GI6A 3SCOA 3UCQA 1MWOA 1BVNP 1ISYA 1BLIA 2ZXQA 1UH3A 3W4RA 2WBKA 1HVXA 3K8KA 5TD4A 5DO8A 5A2BA 4AZGA 3BAIA 4HA4A 1GNXA 4JCMA 1E5JA 5IHSA 3LPGA 3IANA 1V3KA 1OINA 3CHCA 1R7OA 3K8LA 1EDTA 3VUPA 1NQ6A 1JYVA 2E8ZA 2CETA 4UCFA 1DEDA 1JF5A 3W6LA 2NW0A 2Z1KA 1LG2A 5FCZA 5HXMA 1E9LA 5IDIA 2Q8XA 1NWUA 1WP6A 3IJ8A 3VM5A 4P7OA 1UD6A 1J0JA 1E0WA 4AISA 1E1FA 1ZBCA 2ZWZA 3WH5A 2YA0A 4HU8A 2VR4A 4CN1A 2WHLA 1JAKA 4D72A 4FLRA 1FP9A 3WD0A 3CUHA 4DUXA 1UR2A 3T0DA 3WENA 3AIUA 2XSAA 3FN9A 4FLOA 3ZJ6A 2XM1A 1B3XA 1OGBA 1V3LA 1EOMA 2W61A 3VIIA 3L4ZA 1E72M 1MQRA 3QOKA 3WD2A 2F8QA 3U7BA 4QCFA 1V6VA 3BSGA 1EQCA 1GJUA 3FHAA 2DSVA 3WDHA 4MADA 1LQ0A 2A3BA 2CCRA 3BMWA 4JKLA 1JI1A 1GCYA 3ECQA 4MB1A 3CUJA 1UWTA 2BFGA 3WUFA 2WMFA 1XV8A 5A2CA 3D5HA 2OWCA 3VD9A 4UNIA 1AVAA 1V3JA 1J01A 3CTTA 1ECEA 1NH6A 2PBOA 3WF1A 1XSKA 3CPUA 4BS0A 1W1PA 1UZ1A 4H7VA 5BCAA 2HVMA 4FLSA 3AIWA 5D9MA 4PTMA 2J77A 1E6QM 1QNPA 2GUYA 3ZSSA 1KCKA 4TTUA 3VU2A 3BLKA 1WDQA 1WPCA 4HOXA 4B3LA 1HJVA 5D8WA 1C91A 1XD0A 3VGBA 3CZJA 1B3VA 4J3SA 1QBBA 4XZBA 1EH9A 3SCTA 1B9ZA 1HP4A 3PZNA 2YBTA 3WH9A 4BF7A 6A3HA 3G6MA 4W7VA 1W9PA 1H0IA 2OLHA 1J9YA 1J0HA 3ZR5A 4FF5A 4AZBA 4AZIA 1E4LA 8A3HA 5HOSA 2UWFA 2E9MA 1QNOA 1BHGA 3UG5A 3UESA 5JBFA 1TUXA 2Y8KA 1RPKA 4CGTA 5D9OA 4F66A 2ZUSA 1DHKA 2AOSA 3K1DA 4KWUA 4PUDA 1XYFA 4KH2A 3SEPA 3WD4A 1GOWA 2YIHA 2XSBA 2DEPA 5E09A 2O9TA 2XJ7A 5FL0A 1MXDA 1DTUA 1XH2A 3A47A 1TVPA 2ZUVA 5BROA 3SCPA 4Q22A 4GQQA 1ODZA 1V6YA 1C8XA 3L2MA 4XZWA 3PTKA 4PMOA 2D0HA 3DYOA 4IM4A 3AOFA 3AIQA 2Y5EA 2AAAA 3CIVA 1MQPA 4D6FA 3BH4A 4WIWA 1B0IA 4ML4A 1DWHM 4XX6A 4BQ4A 3W38A 2WSKA 1MW1A 1Y7VA 4GZEA 2GFTA 4E4PA 3HU7A 1EO5A 1H4PA 3T2PA 5A6JA 4W8BA 2XVGA 3L4VA 4W88A 3SUSA 1WNOA 1HT6A 1G94A 1HJQA 3MV01 1TMQA 1UQYA 2W66A 4D1JA 4D6HA 1ZBKA 5I23A 1C8QA 5A8QA 1BPLB 3THDA 1E6PA 3DHUA 3AYRA 4BQ3A 4CCEA 1VFMA 1UD8A 1ITCA 2D1ZA 4GZIA 1BYAA 1ESWA 5ABGA 2WB5A 4NRRA 4ATLA 4H2CA 1BAGA 3O6AA 2A3HA 2CYGA 5IFTA 3SCQA 3AJ7A 2D3LA 2VVNA 3AZTA 2VX7A 1JL8A 4UFIA 2GK1B 1ZJBA 4JKKA 1U30A 3B9DA 3VIMA 2WMJA 2VJXA 1D2KA 1UWUA 3RO8A 3FW6A 2WYSA 3QGVA 1HKJA 1VAHA 3VIOA 4JZ5A 3BAKA 1ISWA 2DT1A 1WE5A 1M7XA 2WVVB 3N12A 2F61A 4JAWA 1C92A 4QCEA 2PI6A 1UH4A 3ALGA 3SCRA 1QI2A 4MNMA 2D0GA 4LYRA 2OYLA 5I0DA 2X2YA 3T08A 4K68A 1K9DA 5LYRA 2DIJA 1NM9A 3MS8A 2YA1A 3PZOA 4LXFA 5CLWA 3WDPP 3AHXA 1QOXA 4TX8A 3FHQA 1UH2A 1E0VA 1XGZA 3WEZA 1CPUA 3EDJA 3NDZA 3TTOA 3GH5A 2VX6A 2QMJA 2BY0A 3AISA 3WQ4A 1CWYA 2VZTA 3PBGA 4GO9A 1W9DM 3MUIA 1GHRA 3RJXA 3RDKA 4HU0A 1VEPA 2NT0A 2PWGA 1IV8A 2EQDA 2WHMA 4PMRA 4UZSA 1JIBA 2XWDA 3VIFA 3GXIA 4JFSA 1C8YA 2OSWA 3CGTA 3QHNA 5A8NA 4HZ8A 2WLYA 2PF0A 4W7UA 2J79A 1LWJA 3SIMA 2E4TA 2VCCA 3NUKA 4U2YA 4E8CA 1ISZA 1WDRA 2Y2WA 4MTVA 3VPLA 2D24A 5LA2A 1DWAM 7A3HA 2G4FA 3WNMA 4P8XA 4NSBA 5GQBA 1C93A 3QHMA 1ZJAA 4JHZA 2E40A 2YL6A 4UTFA 5JUVA 4TTGA 4BQ2A 2XWEA 4KGLA 4D6CA 5CZKA 2DSWA 3KZSA 2DDXA 3SUUA 3T2OA 2YJQA 5I78A 4UFLA 8CGTA 3WDJA 4R27A 5D8ZA 3TA9A 5JIWA 3AHVA 1UKSA 5A2AA 9CGTA 4HOZA 4WK9A 4HTYA 4CKQA 5I6SA 3HN3A 1V6UA 2GVYA 3GH7A 2OSYA 1FFRA 2ZXDA 3FY1A 3NYDA 2YL8A 2WVSA 3BAWA 5HNNA 5C70A 1JNEA 4J3XA 1XH1A 4V27A 4ZEPA 1LWHA 4V2XA 2D23A 3WUGA 2GJPA 2G3NA 5A94A 1JDAA 1US2A 3AIEA 1NOUA 3VX0A 3A4WA 1R7AA 2O92A 1QNSA 2VZUA 4Y7EA 3N04A 2ZIDA 5A8PA 3GXFA 3WUEA 2CPUA 2NT1A 2ZX5A 3EDKA 3OA5A 2FGLA 1GONA 4UR9A 4HMCA 3BMVA 4FMVA 2XVLA 1XD1A 1QHPA 2QPSA 3ZOAA 4J3VA 3WH8A 1G0CA 3SURA 1MVYA 1OCQA 3IK2A 2DQXA 3OBAA 4QDMA 2J7EA 1V0MA 3IJ9A 2JEQA 1R8LA 3CZLA 1NP2A 1E0XA 3OLGA 4PEEA 1Q6EA 2F2HA 2RGMA 5D4YA 3FNDA 3N11A 7CGTA 1OBAA 2OYKA 3W29A 2WMKA 3FAWA 6CGTA 4OJYA 3KL0A 2ZE0A 2B31A 4F9DA 3ZJ8A 1GQLA 1MFUA 2VNCA 3A4XA 2O9PA 4B15A 3SUTA 3W26A 2VURA 4V28A 3F5JA 4N0RA 3AFBA 2C0HA 2A3CA 2Y4SA 2W91A 2ZUMA 1HN1A 2QHAA 1KFWA 2VTFA 2PBGA 4H8UA 2VZSA 1J0KA 1QBAA 3VNYA 1UKQA 2ZUTA 5EMYA 3W37A 3RJYA 2EBNA 1E5NA 3MANA 1CXHA 1WKYA 2FHBA 2VZVA 5A6KA 3AHZA 4AZ5A 4PMXA 4D71A 3QR3A 4CD4A 3WFZA 4GIAA 4BQ5A 4PTXA 2ZX7A 1HF6A 1UA7A 2CBJA 4RE3A 1SMAA 2EXOA 4W84A 5AC5A 1CGTA 1H09A 4HMEA 4CD8A 4JFWA 4A4AA 4MJ4A 1GOOA 3BLPX 2YL9A 5CSYA 5BYWA 1J0IA 4PYSA 2JALA 4J3TA 4HP5A 3RIKA 1GJWA 2WC3A 2WMGA 5CPTA 3U5UA 2CKSA 1H2JA 1VIWA 3UETA 5M3WA 3W28A 1UD3A 1RD6A 4OKDA 3L4WA 3WH7A 1NOWA 2TAAA 3D3AA 3WH6A 1JFXA 1M53A 1PIGA 4P7QA 3WDRA 4BA0A 3APGA 1KBKA 2MANA 1C7SA 1LLOA 2XYLA 5GPRA 4F8XA 4P8WA 4UFMA 2ZICA 4GINA 4TXEA 5E9AA 2J78A 2UY4A 3VGFA 2VR5A 3S2CA 5A95A 1H49A 3VIHA 3CH9A 2ZUWA 3W6MA 2E0PA 1FHDA 5FL1A 1XRVA 4X0NA 1GOMA 2X0HA 1H11A 1PZ3A 5BXRA 5I24A 1KXHA 4WLCA 3WNOA 3AICA 1DWFM 4W85A 3VIGA 3NSNA 3AMCA 1H5VA 5F7UA 1JZ7A 3WKZA 2WWCA 2G3JA 1XSJA 2J7HA 2GJXA 5I79A 5ABEA 5BXTA 3QOMA 4IUGA 1HKMA 4GZJA 5JBDA 2E8YA 2VVSA 1AQMA 1J18A 2J62A 2OYMA 2C8NA 4W86A 3VKKA 3ARPA 4AEFA 5AYIA 3W53A 2WCGA 1W3JA 1CBGA 3POCA 2CBVA 4AW7A 4CU8A 3VMNA 4HMDA 1EOKA 2IXUA 4JFUA 1ODUA 4EKJA 3WQ5A 4AEEA 1V3MA 2XGBA 3VDHA 1CXFA 4OZOA 3M6DA 1C3FA 1JZ2A 3TONA 1EGZA 3UEQA 3VGHA 3ZSTA 4EE9A 1B3YA 1VENA 4W93A 3WF2A 1PBGA 1E73M 1B3ZA 4NZCA 3VDAA 3MSDA 2WK2A 5EB8A 1JNDA 4ZXLA 2QPUA 5FOOA 1US3A 4D6IA 2ZWYA 3F4VA 1H0GA 3WL0A 1TZ7A 1U2YA 4E8DA 4WSKA 4MAZA 2EO7A 1EQPA 1V03A 5CG0A 3B9AA 3WELA 4W87A 1W1VA 3WQWA 4Z2IA 3WBEA 5AYBA 2DH3A 1UR0A 1H1NA 4X9YA 4AZHA 2YA2A 2V3EA 4PRWA 3A3HA 4U2ZA 4CUCA 1Q6CA 4AD4A 3WNKA 1K6AA 4F79A 1SFSA 1JXKA 2WVTA 3NSXA 1ZU8A 1E71M 3GNRA 1UKTA 4PSRA 1BF2A 2ZUUA 3WNNA 1GUVA 5FD0A 1QI5A 2CBUA 1B3WA 1D3CA 2WKGA 1RP8A 2YOCA 4MAVA 1AMYA 2CITA 4AD5A 2BHZA 3SCNA 2IXVA 3VGDA 3AQUA 2WC4A 2PWDA 2WSPA 3KL3A 1FH8A 1JI2A 4PUEA 4TVUA 4C7FA 3NJ3A 1A3HA 5LA0A 4M56A 3N17A 2J47A 3LPPA 5DEZA 1NARA 1LF1A 1KR0A 5I3DA 2VRKA 1XHGA 2OWXA 4WKHA 3T09A 1J12A 1B90A 1VBRA 4QLLA 2CHNA 2VRQA 3MV11 2IUZA 4WKFA 1HP5A 5IHRA 3QHOA 2V3FA 1U33A 1E3XA 3ARQA 5BRQA 2FH6A 3AMLA 3WF0A 3OGSA 5GNZA 1CXKA 3TTSA 1OT1A 2BXYA 1PZ2A 4HZ6A 5CJ5A 5FIPA 1OGGA 4OOUA 4XV0A 3MSGA 2CHOA 4Z2GA 4ZENA 5A6LA 2BS9A 3CUFA 4B3KA 1TE1A 4P8VA 4ACYA 4AY1A 4M80A 3GXDA 1TFVA 2YDQA 1OD8A 3RM8A 1MXGA 5A8OA 2VUYA 5EBAA 2XVKA 4W8AA 5BXSA 3OIHA 3UR7A 1MW0A 2NSXA 4JKMA 2XGIA 1J0ZA 3OLDA 3VTRA 1MQQA 2VT0A 3L4UA 4QP0A 3SCSA 3WMSA 2CKRA 2WMHA 1JXJA 3WDQA 2CIPA 1KWKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GKL A;  1JFH A;  4F9J A;  2O9O A;  1YHT A;  1KBB A;  3ARY A;  1QHZ A;  1GOQ A;  3DYP A;  1WZA A;  2JIW A;  3FXY A;  1DWI M;  1WDP A;  4EAM A;  4QAW A;  2X1I A;  3SCU A;  2XG9 A;  2X09 A;  1WB0 A;  4R5E A;  4MB5 A;  1S46 A;  3GNO A;  2X8R A;  4D1I A;  2VX4 A;  1E4N A;  1MW3 A;  1HJW A;  2ZUN A;  2Y8V A;  4UFK A;  3WF3 A;  1PX8 A;  1IZJ A;  2YL5 A;  3CMJ A;  1E70 M;  4AYS A;  2YKK A;  4WSJ A;  4KRT A;  1UR4 A;  1BG4 A;  5EFF A;  1FP8 A;  3WDI A;  2XVP A;  1GQI A;  4ACZ B;  1XSI A;  3OZO A;  4U3A A;  2VO5 A;  1BFN A;  3WBA A;  1E6X M;  3LPO A;  4GPN A;  1C90 A;  1GW1 A;  3AS1 A;  1IT0 A;  4CCD A;  4ATD A;  4EAN A;  1JAE A;  1JD7 A;  1V08 A;  2XM2 A;  3AS0 A;  4TOQ A;  1EHN A;  3HMC A;  1EIB A;  4PMN A;  3DHP A;  1B1Y A;  1OM0 A;  4URI A;  4PMV A;  4QLK A;  3PTQ A;  4DUV A;  1Q4N X;  1KXV A;  1KGX A;  3T0B A;  2D3N A;  1JZ3 A;  4BZY A;  2WKL A;  2JF7 A;  1E15 A;  3M07 A;  2D20 A;  2DSU A;  4YN5 A;  1RH9 A;  3CZE A;  3EDE A;  4AIU A;  4TUF A;  4X0V A;  4TX6 A;  1H41 A;  1LJY A;  3MU7 A;  3WFL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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