5K9XA

Crystal structure of tryptophan synthase alpha chain from legionella pneumophila subsp. pneumophila
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
272
structure length
262
Chain Sequence
AMNRIDKTLEKLKANRKKMLSPYITAGDPYPELTVSLMHQLVKSGADVLELGIPFSDEGPVIQRAMERALAHSIHCDDVLNMVRQFRKTDTETPVILMGYLNPIEQYGYDLFAQQAVEAGVDGTILVDLPPEEADGVSRVWQKHGLYSIYLCSPTTSAERMNYINQHANGYLYYVSLALKLPELKAQYLQRKAQSKLPLMVGFGIKTPEMAAQVAEFADGVIVGAALINEIIEAYEAKKDPLQASGALLSSMRQAIDNIGSM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Tryptophan synthase alpha chain from Legionella pneumophila subsp. pneumophila
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain philadelphia 1 / atcc 33152 /
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 82
structure length 262
sequence length 272
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2016-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5k9xA00
2FDSA 4JIPA 2FFCA 3GZ3A 4DO5A 3GDTA 3PB0A 1UCWA 5DN1A 4BK9A 3DFQA 1JUEA 2VKZG 2AQWA 3HPZA 3V75A 5KITA 1JCLA 3GNNA 4ICNA 4NZFA 3C61A 4O1CA 2ABAA 4MY8A 3BARA 4UIOA 2G97A 2LLEA 2QJGA 4Q32A 2ZBTA 5TBOA 5H2ZA 2RHGA 1QAPA 4DF2A 2UV8G 2Y6ZA 4JX4A 4AHQA 5KSWA 3L5MA 3GDKA 3NPXA 3QMTA 4X22A 3KOFA 4JTUA 1TPVA 3EX6A 4XWUA 1E51A 4I7UA 1RQBA 1IXOA 1KTCA 1K7EA 1P0NA 5DELA 2E6AA 1GYLA 5C2XA 1H61A 1Q45A 4TMCA 1H1ZA 2JKEA 1LBLA 3ATZA 2BZNA 3BG5A 3TC6A 1I4NA 3LI1A 2ATSA 4LS0A 1F05A 3W2JA 3G1VA 2C1HA 4P61A 4UFLA 4K7VA 1G67A 2RFGA 3L5AA 3GNDA 4ZL1A 4TMBA 1IGSA 4ADTA 3IVUA 1JQVA 2CLKA 3EXSA 5AN7A 3W74A 3NG3A 3NR0A 3G0XA 1S5TA 3HIJA 4UTMA 1TTIA 1EP1A 1G4EA 3ELFA 3LI0A 1THFD 4TU1A 2CU0A 2IQTA 4WY0F 4ZQMA 2A85A 3HGSA 5CZSA 5AHIA 5GVJA 1ALDA 1OFAA 1LLZA 2ZFAA 1W56A 2HS8A 3LHTA 2V0TA 1W1ZA 2QCEA 2TPSA 2WSQA 4OBTA 3B06A 1YYAA 3DU0A 1VGAA 2QCCA 1LOLA 2NV2A 5AC7A 3IGSA 4JTJA 1SSGA 3W6YA 1FCVA 1VS1A 4FXRA 3OBKA 2ZYFA 2ZQ0A 3LGEA 3G18A 4GUJA 4AF0A 4NT0A 4Z08A 4UTWC 5D04C 1Z42A 3O63A 4PFMA 1PCWA 1KA9F 5LZLA 5I3KA 4I7WA 4E0CA 1VCVA 1ZHAA 5I3JA 2X16A 1FQ0A 3MYOA 1X1ZA 4R7JA 2OT0A 1M7PA 3N14A 4IMEA 2I9EA 1O95A 4E38A 4WXZA 4LVFA 3W7LA 3C2FA 3M9YA 1KV8A 3ZWSA 2Y7GA 1IXNA 4HIBA 3TAKA 3W9ZA 2Z0IA 2A7NA 3DKLA 4ZQRA 4ZMGA 1EWDA 1PHQA 1EIXA 1A5SA 1W8SA 3TA6A 1PL9A 5FF3A 3NQ2A 3NL5A 3P61A 1YPFA 3MWAA 2CWNA 1D3GA 3PB2A 1TIMA 3PUOA 4MFEA 3LXAA 2GUUA 4IMFA 5F2IA 1G4PA 2QEZA 3R8RA 3LLDA 4BF9A 4UMCA 4QISA 1G4TA 3S5ZA 1PIIA 3UWUA 3WJZA 4FB7A 4WY0B 1XFBA 1ML1A 3FEMA 3NL2A 3EXRA 4LV4A 2DU2A 5CZJA 3PBVA 5D32A 2PRLA 2V8ZA 3DFOA 3SW6A 4ZVJA 4UTHA 3M0ZA 3ATYA 3W07A 3DBPA 1DQWA 5J5DA 4BWLC 3W1QA 4YL2A 1Z48A 1VRDA 3DAQA 3S42A 4H3DA 2X1SA 1XBXA 3EWYA 1TQJA 3TQVA 2FTPA 4UCGA 2ZA2A 3DHFA 3M5XA 4A2RA 1OX6A 1OFDA 1TPWA 3LLFA 3ZWTA 2CLLA 4WD0A 1HO4A 3W87A 1M7OA 3L5LA 4BFAA 1FXPA 3CB8A 1EUAA 3N19B 5HUPA 2Q3OA 4TO8A 3C2RA 3IIXA 4XKYA 2GVGA 2DZVA 4KKXA 3GR7A 5KTLA 1YDVA 3CIXA 4LRSA 4O54A 2BWGA 5AYXA 1LOSA 1Q6RA 4NXSA 3B03A 5CSRA 2GQAA 3CEUA 5HJLA 1HL2A 1TREA 2HTMA 5I3GA 3E0IA 1VCGA 4N6EA 2A6NA 4MVAA 4HKPA 3UQNA 4LOCA 4UMBA 1VH7A 5IM51 4RX0A 1Z41A 2QUUA 4LW7A 3W85A 3IIOA 4O12A 5BNKA 2ZZ1A 2GQ9A 1F76A 2YSWA 1I2QA 3ABSA 3HPXA 3RFAA 4WZHA 4Z1AA 3NQAA 4IMDA 2DJLA 5DCDA 2EF9A 5K4XA 4Z0JA 3HOJA 1AW1A 3O6DA 5LSMA 3W23A 4IUOA 4MZ1A 4DF1A 3LBCA 4S2BA 2WSRA 2BSLA 1JCXA 3FA5A 3SIZA 1J4EA 4XUGA 3N73A 4LVBA 1FWTA 5SWUA 2B7QA 3F03K 3EWBX 5HWNA 1R30A 3LCXA 3HF3A 3LCHA 3DFTA 3W2NA 2J88A 4JX6A 2W6RA 5U7SA 1XXXA 3UZ5A 3LOTA 1G7UA 4UTIA 5AYYA 1AW5A 4JYDA 2WQPA 3F4WA 2ZZ5A 3HG2A 4FNUA 4BI7A 4O14A 1EP3A 3FYOA 4HHPA 5L6UA 3LBMA 5C55A 1VYSX 3OIXA 4UMAA 5D05A 4NXKA 1FWWA 3UZJA 1ADOA 1N7KA 5KZEA 1R46A 1ONRA 4AB4A 1DORA 1VHNA 4K8HA 5G4WA 5H91A 1KLYA 3S6DA 2NXHA 3G8RA 1VLIA 2B7OA 4HPJA 3S1WA 2QR6A 2ZA1A 3NQ6A 5AB3A 3LX9A 3LRKA 5FEXA 3ZFHA 1TPB1 3LCFA 4NU7A 3I6RA 3B05A 2CZ5A 1OVDA 4JN6A 4NUWA 1QPRA 4K37A 5G4EA 3W22A 1LRNA 4DQWA 3EWZA 5K4ZA 2BLEA 2RDWA 3LHUA 3L21A 1FCBA 2QDGA 3RK8A 4O17A 4O10A 1L9WA 1DOSA 1OF8A 4O13A 4MY1A 3CC1A 4CNPA 1GVOA 3C2EA 3G8EA 4Z1CA 2V2CA 2A6LA 1GTEA 1VJIA 4UTWA 1KM1A 3ZR4A 5FF4A 4GRSA 5HR6A 1PHWA 3WFAA 3LXCA 3FKKA 1RQEA 2ISSA 1XC4A 2Y7DA 4K38A 2AAMA 1EUNA 4NX0A 3SY5A 4FF7A 1KFKA 2V2DA 5EMUA 4ZQOA 3MP4A 3B4UA 3IVSA 5FI8A 3N9SA 3HGJA 1KM5A 3THAA 4M6VA 4EOUA 3M43A 1VCFA 4KFNA 4CNOA 3TMLA 1TJRA 4YLWA 2OMAA 1I2NA 4JNMA 3W76A 1JRBA 1HO1A 3G0SA 1P4CA 3T78A 5FEZA 1FDZA 3EX2A 3KRUA 1Q6OA 1KM0A 3HGOA 4B5NA 3UPWA 4JTLA 3FLUA 1YADA 4GUGA 3CQ0A 4JXCA 2FB2A 2ZRWA 2V30A 2J9XA 3LM7A 4UTTC 4X2RA 2V5LA 3KAOA 4U4MA 3SI9A 1RR2A 3STCA 1HUVA 4O11A 2OX1A 3N2XA 2C6QA 1T8XA 5EA9A 5KZDA 3P5YA 1RD5A 2J9YA 3HQ1A 1BWLA 2ZRVA 3IIVA 1X8FA 4ZQCA 4QSHA 3WK3A 3PF3A 3B0PA 2OJPA 3L68A 1R2TA 1DVJA 2TRSA 5HMSA 2E5BA 2E5DA 4MLRA 4R53A 2Z6IA 1RZMA 3KHJA 1U5JA 2YDAA 1Z44A 3G1DA 4O4WA 4OV9A 2ZRZA 1QPOA 5DY3A 4UTKA 3B0UX 4BI6A 1ME8A 4IPIA 1SUXA 3RLVA 1AL8A 1I2RA 1C8VA 1K8ZA 2D73A 4DO4A 5AHFA 3L2IA 3I7SA 3PM6A 3QEZA 3W7CA 1FDJA 2NX1A 2ZRUA 3HB9A 2WNZA 1K7XA 1XUZA 3GKAA 5LGXA 3FOKA 1W3NA 3GK0A 4GUIA 3BO9A 1NVMA 1QWGA 1GZGA 3CU2A 4H4IA 3W84A 3IV3A 2V9DA 1OX4B 3BW4A 3QC3A 4AHPA 4JICA 2WO5A 4HSNA 1A53A 3NPWA 5HULA 3NVTA 1LZOA 3MI2A 3TXVA 3TFXA 5EPDA 4RXFA 2JGYA 4WJEA 3G1XA 4O50A 4DBDA 3M6YA 4XBKA 4JTKA 2PURA 1WOBA 1A5BA 3HG5A 5DXXA 3U2OA 2CZEA 2R8WA 4W9TA 1UUMA 1MSSA 2V5BA 1LRTA 1KTNA 3QF0A 1DJNA 3O6CA 3E9AA 1BKSA 2VC6A 2YXGA 3O05A 5AYZA 3ABOA 4EVZA 5LKYA 1NEYA 3G1FA 1RQHA 1G7VA 1DHPA 1H1YA 1V7YA 3O06A 1WBHA 5EBUA 3W7EA 4IOTA 4QJ1A 2H8XA 1KV5A 2GJLA 1JCNA 2P10A 3CWOX 3LTPA 4PEKA 2P1FA 5BMWA 1KM4A 3A5VA 3C0JA 5C6MA 1TB3A 4J9JA 1NAL1 3GVGA 2AGKA 5DLCA 2NV1A 1TTJA 2YPIA 4C1KA 4RZ6A 3W3OA 4HN4A 1TYGA 1LBFA 1SW0A 4ADUA 5A5WA 5G2IA 3EKZA 1WYIA 3TFCA 5FF0A 1W3IA 4UFHA 4OE7A 3O07A 4QAIA 3NQCA 3P67A 4FHAA 1YDNA 2BTMA 5BW6A 3W7PA 3CIWA 3QYQA 4DPQA 4O57A 2DJXA 5D37A 3G22A 4A3UA 3S9YA 2ZZ7A 2Y7FA 3LERA 4O1DA 2V82A 3SGUA 1O94A 3W1XA 4N9BA 1W37A 2E1DA 2EHHA 1IXPA 1TO3A 2ZTKA 2O7QA 3DHDA 3PBUA 4NQ1A 3QM3A 4O0ZA 1CW2A 1SPQA 3RU6A 3I65A 3D0CA 4GBUA 1B9BA 1EX5A 4K6AA 1LLWA 4LV9A 3EWWA 3LRMA 3NQEA 1SU5A 4MPQA 3TNOA 4CCDA 3QMSA 1IIGA 1WX0A 5D2WA 1UJPA 1PV8A 3NM1A 1I45A 2E6FA 5F4WA 2E09A 2XN1A 5L9FA 3DZ1A 1H7WA 3DGRA 3TMQA 4Q33A 5ABTA 2EGZA 3W70A 2VEPA 3WJWA 4RKAA 4RZ5A 3O16A 3BPWA 1CX9A 1RVGA 3P8IA 3F1QA 4DPPA 1MXSA 1HTIA 1X1OA 1YPIA 1R47A 2EAWA 3R89A 1SO5A 2PCQA 4CCCA 3W75A 3NDOA 1GTHA 4S1FA 1TPDA 4AF0B 1QCWA 2GOUA 2H8ZA 3NQGA 2FLIA 4Y8FA 5AHEA 3W7JA 1GJPA 3C4UA 1XI3A 1TRIA 3M41A 1GT8A 3EWXA 3L0GA 3PULA 3V1PA 3TQ0A 2F84A 2QAPA 3PBWA 2ZTJA 3LB0A 3HGRA 4NNAA 2GVLA 2R91A 1D3HA 1HFBA 1DQXA 4PODA 1WOAA 4K8EA 1B3OA 1L6YA 1OG0A 1GVRA 4UTTA 4JTTA 3TH6A 5LGZA 3WK0A 3Q37A 2FQIA 4IXHA 6TIMA 2VFIA 2NUYA 1DL3A 3MJYA 3VKJA 4AXKA 2B7NA 2P0OA 1F5ZA 2WV8A 4O0KA 2OCZA 3Q2DA 3RF9A 2RDTA 2G5WA 4WY0A 4FX6M 1TV5A 3NQDA 3W7NA 1L6WA 4RJEA 3JRKA 3W72A 3CM4A 4UUIA 2YFNA 3DH7A 3LTYA 2KZHA 1T0OA 4JX5A 3TJXA 1QO2A 2NX9A 1DV7A 4N6FA 2X30A 3MP5A 4FNPA 2R94A 4FX7A 4JR5A 1JR1A 3E49A 1TCDA 1DKWA 4UFJA 4GJ1A 1VYRA 5D33A 5CGQA 1ZCOA 3CPRA 3FS2A 3NNTA 4M6PA 3MI3A 4DXVA 5CPMA 2VFEA 3NQVA 4LS2A 2QF7A 5LNWA 5TIMA 4S2CA 2QUTA 4YWIA 1FY6A 1PE1A 3OHIA 3FJLA 3W2MA 4XQ6A 4LT9A 3KVJA 4LVGA 3GDMA 2WOQA 4ZQNA 4OU1A 4X3ZA 1F6PA 4TX9A 4QNEA 1DBTA 2NWSA 4AMAA 3AJXA 1LCOA 4GWEA 3MBDA 1TRDA 4IXXA 3VI2A 5K2ZA 2XFWA 1ZAHA 3ABRA 3LHZA 4LNYA 3W2KA 3GIYA 1KFLA 1XBYA 5F4XA 1TJPA 1F2JA 3LHWA 1WV2A 1YXCA 3T7VA 3VFLA 1BTMA 3W1PA 3N2MA 1FCUA 3NPVA 1J2WA 4KWWA 1AG1O 4ORIA 3NXFA 2ZRYA 5AC6A 4RLIA 1KBIA 1O5XA 2Y85A 2Y88A 1TSIA 2X2GA 4IMGA 3TQKA 3CT7A 2QCDA 3TIMA 1WBJA 4NJKA 4XKYB 5DBTA 3S5OA 2Y62A 3H53A 3PUDA 2FPTA 4HPXA 5D03A 3EB2A 4HT3A 3P62A 2Z6JA 5AHLA 1EWEA 4RK8A 1VLWA 3UWWA 1OK6A 4JD4A 4Z1DA 1F73A 3W1UA 4N4QA 3IGUA 1LORA 3BK0A 5LNUA 1R2RA 3W1LA 1FX6A 3W7RA 1EEPA 2ZDRA 4AWSA 4WX2A 3E96A 3NQFA 4JTHA 3QMRA 1YTKA 3S8HA 5HUOA 1ZAJA 4IQLA 4MZYA 1VHCA 1LDCA 3S5YA 2WSYA 2RDUA 2QCGA 3MUXA 2A2IA 3PC0A 5KINA 5KMYA 4RCXA 3QW3A 2O7SA 2PE4A 2GJNA 5U4NA 3LCIA 1EPXA 1QOQA 2YR1A 4Y96A 5K7JA 2VFHA 2CZFA 3NL6A 3A22A 3B0VC 3BVJA 3I7QA 4CQ9A 3PG9A 3LTSA 2DZWA 3OVPA 3G0UA 3MHUA 3MMTA 1D9EA 3UD6A 4QQ3A 3QH2A 3SFKA 3W1AA 3QQ1A 3TW7A 4D2JA 3FIGA 1VPXA 4M7SA 4QNWA 4WXYA 3QSRA 1H62A 1OFOA 3QRHA 1HG3A 5G5IA 2X1RA 3GLCA 3UYCA 1NSJA 1NF7A 4WUIA 4LTSA 3T4CA 3QSTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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