5KTLA

Dihydrodipicolinate synthase from the industrial and evolutionarily important cyanobacteria anabaena variabilis.
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
295
structure length
294
Chain Sequence
SVGDFGTVLTAMITPFKADGSVNYAVAAELAAHLVDNGTDTLVVCGTTGESPTLSWDEEYNLFVEVLQTVAGKAKVIAGCGSNSTKEAIAATQKAAKIGVHGTLQVVPYYNKPPQAGLYQHFQAIAQACPDLPLLLYNVPGRTGQNLSPETVVRLAEIDNIIGVEASGNLDQAGEIRRSTPKEFQIYAGDDSLTLPLLAIGAKGVVSVASHLVGNQLQQMIQAFNSGQVTVASDIHLRLLPLFKALFITTNPIPIKQALKLQGWEVGSTRPPLSDADAEVSQKLEAVMKHLNLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Function of Cyanobacterial DHDPS and DHDPR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Anabaena variabilis
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus 114
structure length 294
sequence length 295
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2016-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ktlA00
1FCQA 3L0GA 5EY5A 1L6SA 1WV2A 2Z0IA 3NQVA 1YXDA 2OJPA 1UJPA 3GNNA 5G2IA 3YPIA 2G5WA 1ZFJA 5G1YA 1OFDA 2E6DA 2ISWA 3Q37A 4LY8A 3WK3A 1JCXA 1H7WA 1SPQA 4WQ6A 1VJIA 5CSSA 2CZ5A 1NFBA 5KSWA 3NQMA 4HT3A 4ZQPA 3C2EA 1IIGA 3UPBA 4LOCA 3SFKA 3C2OA 5CZTA 3ABRA 3UY7A 1VYSX 1KBIA 5EA9A 2OZ0A 3NM1A 2GOUA 3KVKA 4JDYA 3N19B 3L9CA 4TX9A 1NVMA 1YADA 3PM6A 3C8FA 4AMAA 3P8JA 2JGYA 3P81A 1PS9A 1EUNA 3FFSA 1NAL1 1DHPA 1VGAA 3M1ZA 4ZZ9A 3EKLA 3HBLA 4FX6M 2ZTKA 2X1TA 5AHMA 4O1BA 1MEHA 3L67A 4S1FA 5FF4A 1LZOA 2H3DA 1X8FA 4LUJA 2WPBA 3PBWA 4MZYA 4DO4A 1W3IA 4JD4A 4UNKA 1OJXA 3C2VA 2X2GA 3R13A 3HIJA 1DQXA 1LROA 4WOZA 4JX6A 5CGQA 3RNDA 4PL1A 3QMSA 4MYAA 3VI2A 4AF0B 4LV9A 4Y96A 3PS7A 3BG5A 1V5XA 1K8XA 4O13A 4JX4A 3O8AA 3C3NA 2QAPA 2W6RA 2OCZA 3L5LA 2W79A 3UWYA 3ZWTA 3DZ1A 3MW7A 1VR6A 4LC6A 4S2BA 3W7NA 3M5XA 4MY9A 2C13A 1MEWA 3MWAA 1TV7A 5AB3A 3EKZA 3TMLA 3E12A 3RF9A 4YMZA 2JK2A 3M5YA 3LCXA 4UTMA 3OEXA 3W7QA 1GVSA 5D02A 3C0JA 2FPTA 2WV8A 3M5VA 5C55A 4CNOA 5F2LA 4P61A 2E5DA 4FHAA 4JIQA 5HUPA 3MHFA 4LS0A 4AAJA 1DQWA 1FDZA 4WZHA 3EWUA 4E2BA 2WQPA 1ZAIA 3LTPA 3RK8A 3T4CA 4MZ1A 1VCVA 4Y6GA 2QCDB 4IXHA 1FDYA 4OHQA 1KFLA 3GLCA 4Z1BA 2WNQA 3O05A 4WY0B 1KV5A 4ZQRA 4ADTA 2QCDA 4EF8A 1L2UA 3DKJA 2V2CA 3NPUA 3ZFHA 1OFQA 1D3HA 4N6FA 4UR7A 2A2IA 3G1SA 2E6YA 3TQ0A 1V7YA 3B0PA 3DU0A 3O6DA 4WY0A 2TYSA 3BLEA 2YPIA 6TIMA 4GFSA 3NQGA 3HG3A 4JTJA 4GRSA 1WBJA 1HO1A 2V2HA 4O17A 3KVJA 2E5BA 4K38A 4Z1DA 4HNNA 3P62A 3TNOA 3W7EA 1YDOA 1QMLA 3NNTA 3HO8A 2PCQA 5IBXC 1S5VA 4I7VA 5F4SA 2BXVA 3L66A 4C1KA 3ANYA 4ONVA 5KZEA 1YYAA 4JEQA 4N9CA 2ZZ2A 4JX5A 2VEMA 4LRTA 3ZS4A 4RJEA 3NZ1A 5F2MA 1ZAJA 1VZWA 1IXQA 2FPYA 3NL3A 3LHYA 2ZFAA 3KRUA 3B03A 3W7HA 4YXGA 1R47A 3G1YA 4FXSA 2EGZA 3HMJG 3E96A 1K7EA 3N3MA 5FEPA 1MO0A 3W07A 1GOXA 1UBSA 1L9WA 3FOKA 2CLHA 4H6KA 3NPXA 3W7KA 2WSYA 1HG3A 1QDSA 4N9BA 4UTKA 4RX0A 2DJXA 4BR1A 1XBZA 3I6RA 4IWWA 4KWWA 2AGKA 3G1AA 4RZ4A 2ZQ0A 3V75A 3CTLA 1B9BA 5C2XA 3INPA 2J24A 4DF1A 4HIBA 3WK2A 1EIXA 1ICSA 4K37A 1LP6A 3CIXA 5AYXA 2H90A 2XN1A 1H5YA 1WX0A 2VOMA 2A0NA 3JR2A 1XKYA 5FESA 1O60A 2LLEA 3S5NA 5AYYA 1H7PA 2YCEA 3R89A 4GWEA 5I3KA 1TPVA 3GDLA 3PB0A 2PURA 2YGYA 3HOJA 4LC8A 3U2OA 4CCCA 3DENA 4NU7A 3NEVA 1Q6QA 2QCHA 1RD5A 5I3JA 5LHFA 5G2HA 4GUGA 2C15A 3STEA 3TK7A 2NZLA 1KTCA 4NJGA 3EX4A 1OFAA 2R91A 1TTQA 5F4WA 3B04A 4ADSA 3UWWA 2VFGA 1TPC1 4QAIA 3O06A 1EPXA 2EHHA 4PL2A 1MSSA 4Y8FA 3W84A 1EP3A 3T44A 4UTWC 1I2NA 3OVRA 3IIZA 4OGZA 1O4UA 4PFMA 3DFQA 3W3OA 3CIWA 1QOQA 1R2RA 4WOQA 3QQ0A 3NM3A 3LGEA 4LVAA 2NX9A 3O63A 1WA3A 1LRQA 3LCLA 3UNDA 4JTIA 5J5DA 2ISVA 2E5CA 3S9YA 2C0AA 4O11A 4PEKA 3W85A 1KM3A 3CT7A 3NAVA 4XQ6A 5DXYA 1IXNA 2WNZA 2DU2A 4UFIA 2FIQA 2P0OA 2HS6A 4XTIA 2V0TA 1H1ZA 3VNDA 3VCRA 5HQEA 4GJ1A 5I3FA 4YWIA 1VLIA 2QUVA 5LGZA 3FKRA 4JYEA 1BTMA 1JRCA 3IGSA 2HMCA 1ICPA 1HO4A 3WJYA 4LS2A 3F4NA 1OYCA 1VCGA 4NZJA 3FJLA 2YDAA 1ME7A 2DZXA 4DPQA 4FIQA 4H4IA 1VRDA 1W54A 5FF7A 4JS3A 4XUGA 2X1UA 2O7SA 1IF2A 1X1ZA 1VHNA 3LV6A 1P4CA 4O4WA 1DKWA 1JVNA 2YYUA 2YYTA 1FXPA 2BX7A 1KW1A 1TV8A 3PBYA 3FYOA 1X7FA 1LLZA 1VC4A 1G4TA 3NQFA 4RZ6A 4R34A 4CQ8A 1WBHA 3VE7A 1AW5A 3IIVA 3KOFA 3TX9A 3W2NA 4ZMGA 2A7PA 3PB2A 1HFBA 1CX9A 3LBMA 4LT9A 3SW6A 4BK9A 3LV5A 3PR2A 4IGHA 4UMAA 3W83A 4GUIA 3EXRA 1C29A 4L4MA 2BZNA 3IEBA 5CPLA 8TIMA 2FB2A 3NPVA 2QCEA 1W0MA 1B4KA 5K9DA 2PC4A 4J9JA 4JTTA 3N2XA 1RV8A 5C5YA 4MLJA 1RVGA 1PE1A 4R53A 4UFLA 5I3GA 1SW3A 3BK0A 2QKFA 3TR2A 5C6MA 3W7IA 1OFBA 4LUIA 2BLEA 2JKAA 5A5WA 4R33A 3BPWA 4ZQNA 1FY6A 2OT0A 3FKKA 4U28A 3O1NA 1VYPX 3GDRA 3S1VA 4O19A 1W1ZA 3PY2A 1G69A 2ZCGA 2Y7FA 3S1UA 1ICQA 4A29A 4Q4KA 4FEZA 4DEFA 4RV8A 3SR7A 3AJXA 3LCIA 1ME8A 3P5YA 5K4ZA 3FYPA 1K03A 5BMXA 3BW4A 4BFAA 4E2DA 5AHFA 3DH7A 2VFDA 1EWEA 4JR5A 1TO3A 5A8GA 2H8XA 1X6UA 2WOQA 4GUJA 2DZSA 3NR0A 1SW0A 4Z08A 1Q6LA 2FFCA 4XWUA 2J9YA 4EF9A 1FWWA 3GK0A 1T99A 1SR9A 5I3HA 5LKYA 4XBSA 3OIXA 3W1UA 1F5ZA 3W7DA 2Q8ZA 2GVGA 5D09A 1FWTA 4JTLA 4YCPA 3DI1A 3NL5A 5DXXA 4FB7A 2J9ZA 4FX8A 2BTMA 3NPWA 3TROA 1GYLA 1XI3A 3LRMA 3PC0A 3DBPA 3GIYA 3HQ1A 4YLWA 2PE4A 4OQVA 4PC8A 4MY8A 4MKNA 4GXMA 3TW6A 2CLMA 1VPXA 2DZUA 2ZA2A 4NXSA 3LERA 4UMCA 3LX9A 1T0OA 1R46A 3NQ6A 1W5QA 5G4EA 3W70A 4Z1AA 4WY0F 1LBFA 4TMCA 3KXQA 3N73A 1W37A 3HPZA 2B0MA 3LM7A 3SZ8A 3GR8A 1G6CA 3NYZA 2A5HA 4HKPA 3TXVA 3LXAA 4O10A 4Q32A 5HULA 1Z41A 2V8ZA 3BGJA 3GZ3A 4OE7A 3W1TA 2XN2A 3A22A 1AW2A 1KM4A 2F84A 3HG5A 2JBMA 4B5NA 3K30A 1O5XA 5AHLA 2G97A 4N9EA 3NQ2A 3WJWA 1H50A 1QO5A 3EWZA 3VKJA 5CPNA 1K8ZA 1LTDA 5TBOA 4A2SA 3LXBA 5CG7A 3W1NA 5LNVA 4CQ9A 2ZRYA 2ZZ1A 5CZSA 5DN1A 3EEGA 3W87A 3LHUA 1VS1A 2NWRA 2NUWA 1R2SA 5DCBA 3RLUA 1XBXA 4UFHA 2WKJA 4UMBA 3RU6A 5D2XA 3GB6A 1YLVA 2C19A 4UNLA 1KFEA 1KLZA 3LTYA 4XZ9A 2F7FA 1WQ5A 3OG3A 1IGSA 4UXDA 3THAA 2CU0A 1P0KA 1Z44A 1W56A 4JTUA 3STGA 2VFIA 3Q94A 4XBKA 1KM6A 5FF0A 4YL2A 4M6PA 2Q8LA 1HTIA 3QW3A 2QCFA 1G7VA 3O15A 2WNNA 4UUIA 3BLFA 4A21A 5E0KA 1B3OA 1WYIA 2HTMA 3WFAA 1ML1A 1TCDA 3NVTA 4JDBA 2E68A 5LHEA 4UTJA 4MUZA 4DELA 3CEPA 1TQXA 3LCFA 1KBJA 3HPXA 4HSOA 1QPOA 2Y88A 4JTEA 1W5PA 2CLKA 2D73A 3DHFA 4ICNA 5HWJA 4BI6A 5LGXA 4NJHA 4A22A 1P0NA 1FQ0A 1DL3A 1GTEA 2J9XA 4EWND 4EIVA 1SZEA 2X1RA 1XBVA 2OX1A 3UWUA 1RQHA 4TIMA 4AF0A 3FLUA 5LNUA 3OVPA 3THQA 2J88A 5E93A 3U6WA 3KX6A 1SZGA 2ATMA 1JCNA 3PUDA 4PODA 3CM4A 2A4AA 1OHLA 4LVBA 1XDMA 3HGSA 1F6PA 4MJZA 1TJPA 2HSAA 1A5CA 5CPMA 3QYQA 4O0ZA 5EBUA 4JY8A 4NJKA 1AK5A 3W1LA 1GEQA 2A6LA 3EX3A 3W73A 1ZALA 2ZRVA 2C6QA 3MBFA 3W7MA 4M5PA 1OX5A 3GYEA 4FXRA 3LOTA 1OX4B 5AHNA 4CCEA 3LI1A 1QPNA 1CI1A 2V82A 3ZR4A 3S0CA 1PIIA 4LRSA 1KM5A 2DZVA 3C6CA 1JULA 1G4SA 1OG0A 3N34A 5EYWA 3LRLA 4HNUA 2Y7EA 1GVQA 4K39A 1OX4A 4RR4A 4FF7A 3FA5A 3W23A 1OABA 4JN6A 3W2UA 1I2PA 1SZNA 4IX2A 1ZY9A 3TXZA 3MO7A 1WDWA 3TH6A 2VENA 4UTIA 4ADUA 3NL6A 3W74A 1KFBA 4MFEA 2FTPA 4JTHA 3NQ7A 3CQ0A 3GXTA 1ALDA 2NXIA 3P8IA 3C2RA 4E0CA 3W76A 1I8JA 1GWJA 2V9DA 5KZMA 4ORIA 1XDLA 1OF6A 4I7UA 3VE9A 5FF3A 2CFFA 2DZPA 3I7SA 1N7KA 4JTGA 3CHVA 3M5ZA 3W7PA 2V2DA 3TC6A 1EUAA 1J5TA 4KKXA 4DF2A 3STCA 1JRBA 5BNKA 4PA8A 2Y85A 3KFTA 3TKFA 3H54A 4TR9A 2CLOA 3CWNA 1FWRA 3VFLA 3PBUA 5H91A 3LHTA 4K7YA 5FEZA 1DBTA 4KFPA 3BLIA 1ME9A 3C4UA 1VHCA 1KFCA 5D2WA 4G1KA 4Q33A 2NUYA 3QMTA 1SQ7A 3NQCA 4LW7A 1TPWA 2PRMA 1W5OA 1AG1O 2X30A 2QCGA 2WO5A 4JYFA 5DBTA 1QNVA 1Q45A 3I7QA 3MI2A 3PF3A 1I2RA 2PRLA 3CLMA 3SJ3A 1MXSA 1LBMA 4UIOA 3V1PA 2OT1A 1EX5A 2WSRA 3C52A 4NUWA 2ATSA 3NXFA 2ZBTA 3RMJA 1M7PA 4DXVA 2R8WA 4IMDA 3KHJA 1I4NA 4NX0A 4QSHA 1A5SA 1OYBA 1Q6OA 4UTUA 4ZVJA 2QR6A 3S1XA 4MFDA 4O14A 5HR6A 1KM2A 3LCGA 2NWSA 3C56A 2NX1A 3Q58A 4JNMA 1JQVA 4CCDA 3F4WA 3PWAA 2AAMA 5J5RA 4WD0A 3LCHA 1GT8A 3SGZA 3NQDA 4FNSA 3OBKA 5F1VA 3KVMA 3TUUA 3B4UA 2XFWA 4QIUA 3W7CA 1JCYA 1PV8A 4HN4A 3W1AA 3I65A 2Y70A 3IIXA 5HMSA 3ATZA 4UFKA 3G3MA 5LNWA 2Q3OA 3DFTA 5D2TA 2A21A 5KZDA 3W86A 5F4XA 1OFPA 4JTFA 2VFEA 4RCXA 2PRHA 2YW4A 3LXCA 3QSRA 2V5BA 3GR7A 4AHPA 1U5JA 4FNQA 5BMWA 3WJZA 3A21A 5CSRA 1JCMP 1M6JA 4FNRA 1EWDA 2VFFA 3KRZA 4MZ8A 3HF3A 2QDHA 3QPYA 3NDOA 5K4XA 2E1DA 3T78A 2Z6IA 4IOTA 1F76A 4L4LA 3R8RA 1VCFA 1LOQA 4N9DA 6ALDA 3DFOA 3G1VA 2RKXA 2YFNA 4ORMA 3LBCA 3H55A 5D38A 1Q6RA 3LLFA 3CWOX 4JICA 5AC6A 3L0NA 1FCBA 4N6EA 4IPJA 2J27A 5D32A 4N4QA 3ELFA 3A9IA 2AQWA 1A5BA 1TJRA 1M5WA 3M9YA 3BG3A 3USBA 1GVFA 1J4EA 1JUEA 1OYAA 1C8VA 2Y63A 3W22A 3HPSA 5K7JA 4O50A 4X22A 3QF0A 4O18A 2JGQA 3A24A 4PH6A 4WJEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3L0G A;  5EY5 A;  1WV2 A;  1MI3 A;  4Y2W A;  4L6D A;  5G2I A;  3YPI A;  2VX6 A;  5BU9 A;  3AIE A;  1NWU A;  3GTH A;  4NZ3 A;  1EBG A;  2FHC A;  3WK3 A;  5C2C A;  1SPQ A;  4JCL A;  1NFB A;  4XVD A;  3CV1 A;  4HT3 A;  3UJS A;  3JZU A;  1IIG A;  4X2P A;  3SFK A;  2POT A;  5CZT A;  3RPM A;  3UY7 A;  2GGG A;  1T8Q A;  3NM1 A;  2GOU A;  3KVK A;  4HVX A;  2CES A;  5CJ5 A;  3N19 B;  3NZG A;  1TKK A;  1S46 A;  1NVM A;  1PXG A;  2XH2 A;  2Q02 A;  3PM6 A;  2W9M A;  3P8J A;  4B3Z A;  2EXO A;  1A3X A;  2C7F A;  2BDQ A;  3L2M A;  4IMA A;  4Q8V A;  4Z2H A;  5AHM A;  4O1B A;  3DEQ A;  1MEH A;  2WBG A;  3NZP A;  3E1F 1;  3U3H A;  2WBK A;  4W7U A;  2GGI A;  1Y8B A;  1BVN P;  4C6L A;  3N13 A;  4DO4 A;  4P7O A;  3BAY A;  3ITY A;  4UNK A;  2PP3 A;  1C7S A;  5CGQ A;  3BC9 A;  5CH9 A;  4PL1 A;  3F4C A;  4Y96 A;  3PS7 A;  4R5E A;  5EMM A;  1DWA M;  1R3V A;  4LC6 A;  2YA2 A;  4MY9 A;  1MEW A;  3ANU A;  2EPK X;  3QR0 A;  3W6L A;  3M5Y A;  3LCX A;  1P0E A;  1GVS A;  3C0J A;  4DJF A;  3M5V A;  3E0L A;  4YTT A;  5C55 A; 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