5L9F | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	247
structure length	222
Chain Sequence	MIIPALDLIGDTVVRVVRQRDYGNDPLPRLQDYAAQGAEVLHLVDLTGAKDPAKRQIPLIKTLVAGVNVPVQVGGGVRTEEDVAALLKAGVARVVIASTAVKSPDVVKGWFERFGAQALVLALDVRIDEHGTKQVAVVSLEQLVETYLPVGLKHVLCTDISNVSLYEEVCARYPQIAFQSSGGIGDIDDIAALRGTGVRGVIVGRALLEGKFTVKEAIQWQN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneam
publication title	Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes. pubmed doi rcsb
source organism	Salmonella choleraesuis
total genus	70
structure length	222
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.16: 1-(5-phosphoribosyl)-5-
pdb deposition date	2016-06-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5l9fA00

3P61A 3EX4A 3DBPA 4UFIA 3G1XA 5G2WA 4CLMA 4JTLA 4IXXA 5FEXA 3O05A 4UR7A 1AG1O 1RR2A 2E6DA 3AO0A 1SW0A 3TX9A 3TFXA 3NPWA 1DBTA 1KM3A 4PODA 3D0CA 1RVGA 1OF8A 4XTDA 4I9AA 1LRTA 3W1NA 2Y7DA 4LVBA 2ZZ7A 4LTSA 5HUOA 4YCOA 3QYQA 1CI1A 1M5WA 6TIMA 3WK2A 1F05A 3BK0A 1YTEA 2NUYA 1W56A 1H50A 5LNVA 1KLYA 3RLUA 2QUUA 4RCXA 1K3UA 1XKYA 5KITA 3L5AA 3PF3A 4K39A 5F4XA 4XKYA 3HO8A 2CW6A 1KFEA 1NVMA 1J2WA 4O11A 3FKRA 4HNTA 3L5MA 1K7EA 3GDLA 1W3TA 3UD6A 3W7RA 2W79A 1G67A 3P80A 1LOLA 2RDWA 4DBDA 4MOZA 4TR9A 3O8AA 2C0AA 3FS2A 1SQ7A 2OT0A 1KM1A 1AW2A 1O4UA 4JR5A 1I8JA 5F1UA 3PBWA 4TO8A 1S5WA 3W7QA 2VENA 1DOSA 5FF4A 2OZ0A 3USBA 3G1SA 1W3NA 2ISVA 3BPWA 4H4IA 1JCXA 2C14A 4R53A 2DZSA 1G4PA 1C8VA 3TE9A 3HOJA 4NXKA 3RK8A 1GVFA 5J5RA 2VELA 5EMUA 1EEPA 1EB3A 3L65A 3SY5A 3BW4A 4P2VA 3LCLA 4NX0A 4O0KA 3UWVA 1W5OA 3CU2A 3FA5A 3NQ6A 1KTBA 3W7DA 3NZ1A 2GVGA 1KFBA 4RLIA 3ZFHA 3S1VA 4NZJA 4LV9A 1YDVA 1FX6A 4O1CA 3C2FA 2E09A 1K7FA 2PURA 2X30A 1PHWA 3DFTA 4O19A 5E1QA 4JTKA 3DU0A 3TA6A 1OVDA 3U2OA 1GQNA 3C56A 2ZTKA 3LBCA 4CQAA 1TPH1 1F6KA 4NZFA 3N2MA 3P7YA 2QUVA 4UCGA 4Z0SA 3QC3A 4A29A 4KFOA 1K8YA 2A6NA 4RZ5A 3G1FA 3OA3A 1JCLA 4Y96A 1KA9F 3W3OA 5KZDA 5AOUA 4IUOA 1FQ0A 5DLCA 3NOEA 1H63A 2FLIA 1XC4A 1Q6OA 3QQ0A 5CPMA 3PG9A 1P0KA 1ZALA 2DU2A 5EKYA 3WJXA 3UY8A 3LCWA 1JUEA 3GKFA 1VHCA 4HPJA 5AC7A 3ATZA 2ZRYA 3SJ3A 4MKNA 3KVLA 1OX5A 3IIOA 4IMEA 3N2XA 1XBYA 3W7LA 4MJZA 3NQAA 5KMYA 1FWRA 1J4EA 3B06A 4HSNA 4X3ZA 1YLVA 1OYBA 1GVOA 2ABBA 3DFPA 4JYFA 3JS3A 1O95A 3PWAA 3BVJA 3LI0A 4M7SA 4O28A 4FNTA 1MEIA 3THAA 4RXFA 3FYOA 3DZ1A 3TAKA 4MYAA 3JRKA 5HWMA 1X1ZA 1YDOA 4ZZ9A 4UTHA 2EF9A 1TO3A 3O6YX 1TPWA 1BKSA 1HO4A 1IIHA 2V2CA 4ZQNA 3PVFA 3DI0A 4A2SA 4B5NA 2DORA 4OV4A 1NF7A 2E6FA 1T0OA 4LS2A 4FIQA 1A53A 2ZBTA 3H54A 1SZEA 3IIZA 2E6YA 2ZRUA 5L9FA 3B0PA 3W2UA 3EEGA 5C5YA 1JJKA 1FCQA 3O06A 3M43A 2OCZA 3TU9A 2FQIA 1VGAA 4OU1A 4R7JA 4E2DA 4GE8A 1LLZA 2GOUA 4UC5A 1QO5A 3W72A 1EP1A 3KOFA 4BI6A 3QEZA 4I7WA 4LRSA 3SIZA 4ORIA 3M5VA 4O12A 1PCKA 3NYZA 2WO5A 1O60A 1VJIA 1I2RA 1EUNA 2CWNA 3R8RA 3C0JA 4O57A 3OIXA 3HG4A 4LC6A 2V9DA 3N14A 3OG3A 3KRSA 3OBKA 2V0TA 4KWWA 4JTJA 4IXHA 3W76A 3G24A 5AB3A 4PFMA 5F2GA 4LVFA 1H5YA 4QJ1A 5EL1A 1OK4A 1GVQA 2NZLA 2Y7GA 5CSSA 4IJBA 3W7HA 5K3VA 4QISA 4FNRA 1YADA 4OBTA 3KRUA 1G7VA 4AAJA 5HQEA 1WV2A 3MW7A 4K7VA 1LP6A 2CFFA 2TRSA 4FX7A 5HUPA 3UXAA 3CIWA 8TIMA 3IRDA 3LTPA 3MUXA 1XUUA 1QPOA 4IX0A 4JEQA 1HL2A 2OT1A 2DP3A 4JX6A 1QPNA 1XL9A 2C16A 3TFCA 4OWGA 5KSWA 3HGOA 4N2YA 3EX2A 3GB6A 3SECA 1QOPA 4FXRA 1QNVA 3EWUA 4R33A 1PIIA 1SW7A 3WJWA 2VEPA 5CZSA 2B7PA 5D30A 1ZJIA 1TYGA 1XBVA 1LCOA 5BW6A 1MO0A 4UTTC 2Q8LA 3R89A 2ZZ4A 3EWYA 3QPYA 5A5WA 4BI5A 1QPRA 3N9RA 4LY8A 4I7VA 1V5XA 1OX4B 2XN2A 3MMTA 1H60A 2Q3OA 5CZ0A 3FFSA 3YPIA 3MJYA 5DCBA 2H8ZA 1KLZA 4BWLC 3FIGA 3STFA 1IGSA 1OHLA 2VKZG 2ZDRA 3NL6A 4S2BA 1H7WA 3PB0A 1FCUA 1ME8A 1K03A 5F2LA 3P81A 1BTMA 3H53A 4YWIA 4N9EA 3LLFA 5U7SA 2B7QA 2R8WA 1AL8A 2XN1A 3NM1A 4K36A 4WX2A 4LRTA 1G4EA 4AMAA 1SO5A 3TMQA 3M9YA 1H62A 1UJPA 2C19A 4EF8A 3TKFA 1G4SA 4MY1A 1JRCA 3W7IA 4A21A 2ZA1A 1B57A 3G0SA 4KWVA 1DJQA 2E6AA 2NX1A 3GX9A 4FX8A 3EXTA 3T4CA 4JTIA 5IBXC 4UIOA 4Z1BA 3G3MA 1D9EA 3UXDA 1GZGA 4MLJA 4MFEA 4PC8A 1MSSA 4EIVA 4UNKA 2H6RA 1F74A 5CGQA 3I65A 2F84A 1DV7A 1H1ZA 1P5BA 3VNDA 5FI8A 1MZHA 5LHFA 1H7OA 4UTWC 4N4PA 2NXIA 5HULA 4MY8A 1WOBA 5DXYA 1GTEA 1W0MA 3IVSA 4JDYA 2NUWA 1B3OA 4IQLA 5I3HA 3WJZA 4JX4A 5KZMA 4RZ4A 4EOUA 3QM3A 3W2KA 1KFJA 3CT7A 3HPXA 3HIJA 2VFHA 3NR0A 3FYPA 3UWUA 1A5SA 3O63A 3W1MA 1VC4A 5CPLA 1F73A 3R12A 3NPUA 3OVRA 3T40A 2QCDB 3MP3A 1ZCOA 1TTPA 2CU0A 1JR1A 4CQ8A 3LI1A 1W5QA 1UUOA 1H1YA 3A21A 4DF1A 4UTKA 4M5PA 1W37A 3HGSA 2FPTA 3GNDA 2TMDA 3W71A 3W1QA 1OFDA 3NZRA 1YXYA 1QMLA 5C54A 3W7EA 4NUWA 3G1HA 1OABA 3TQ0A 2VOMA 2C13A 1XCFA 4XTIA 1Q6RA 5D2VA 4HNVA 1HG3A 4NNCA 4R34A 1H61A 3MI3A 3P5ZA 4WY0F 3UPBA 2FB3A 1TPEA 2CLHA 1R47A 2ZTJA 4TU1A 3NQMA 5AHFA 1OX4A 1OFRA 3CPRA 3P67A 3TIMA 3HGJA 3P8IA 4O1AA 2WQPA 5E93A 1JULA 2NLIA 3TSMA 5F1VA 1NEYA 3KX6A 2JBMA 3QMSA 5CG7A 2GQ8A 1YTKA 4LVGA 1N8FA 2PRHA 4BF9A 3L0KA 4LOCA 4MIMA 3NQ8A 2FFCA 4HIBA 4JNMA 3STEA 3NQFA 4Y8FA 3FJLA 5CPNA 3THQA 5CPOA 4AH7A 1OX6A 2DZXA 4YL2A 2X1RA 3PB2A 5BRBA 1VCFA 1LRNA 3CB8A 3A9IA 4A2RA 3GDKA 3TV8A 4NNAA 3EWBX 1OFEA 2R91A 4O0ZA 3N34A 3W1PA 5F4SA 4DELA 1OG0A 2ZRXA 3BGGA 2C1HA 2V81A 4MLRA 3QSTA 1R46A 3WK3A 5CZTA 2V8ZA 1CW2A 2V2DA 5DY2A 1CX9A 4E38A 1IXNA 1TPDA 3EWXA 3W23A 2NV1A 3C8FA 3WK0A 1XUZA 3HG2A 4ADTA 1W5MA 1LROA 1ICQA 5LGXA 4Z1CA 2ATSA 1DJNA 2WNQA 4TMCA 1VRDA 3A5VA 1MXSA 4O50A 3O6CA 1ONRA 5G5IA 2J27A 1QDSA 4ML9A 1G4TA 2Y63A 2NWSA 2HS8A 1S3HA 3G1VA 1KFCA 1EWDA 1UASA 5D2TA 3OHIA 4O14A 4RKAA 3W7KA 3IVTA 1H7NA 3NQCA 1I2OA 4LUIA 3S42A 1XXXA 3I7SA 4HNNA 5FEPA 5I3JA 3TCEA 4CNNA 2QCDA 3CLMA 3TUUA 1Q3NA 3W1TA 2NV2A 3L0GA 4JX5A 3W07A 3ATYA 1OF6A 4AHPA 1VH7A 3GIYA 4UMBA 4Z1AA 3RFAA 2J9XA 2YW4A 3G1AA 2IQTA 3W2JA 3LHYA 4OGZA 2G96A 1TPUA 2QCFA 3PAJA 5AFDA 5D2YA 1D3GA 4UTUA 4FXSA 2B7NA 1FCBA 1BWLA 3W7JA 3QH2A 4O1DA 5G4WA 1VYPX 3DFNA 3QW3A 2FJKA 1XM3A 4UTJA 3HPSA 3M5YA 3DHFA 3M6YA 4X2RA 1A5BA 4Q32A 3LDVA 3IEBA 3HQ1A 5DN1A 2JKAA 2EKCA 3GLCA 1LORA 3M5ZA 5U4NA 3MBFA 4ZQMA 1HTIA 2QCEA 4FEZA 4S2CA 3S5YA 3LV5A 3NXFA 3NM3A 1QR7A 2I9EA 4O8RA 2A2IA 3UY7A 3I7QA 2W6RA 1PVNA 3NPVA 2ZYFA 3P62A 4FIRA 4MYXA 4QNWA 1WYIA 2J24A 1FDZA 1OFAA 3CWOX 3TH6A 4PTNA 3W1AA 2X1UA 1F76A 2AGKA 4LT9A 5LZLA 1R2TA 2EGZA 1TV8A 3MO7A 2TYSA 2I14A 4UMCA 4EWND 3MI6A 3W73A 3G0UA 5A8GA 4BI7A 3UWZA 1TB3A 2R94A 1LBLA 1P1XA 4UFHA 3B8DA 3NQDA 1B9BA 2R14A 2ZFAA 3V75A 1TREA 3IIXA 4Z0JA 4IMFA 3M16A 1X7FA 4A3UA 3C3NA 4UXDA 1RZMA 1SSGA 2YYUA 2O7SA 3ZR4A 1B4KA 1LLWA 2V30A 2A85A 3SZ8A 2QAPA 3LTSA 4Y9AA 4FO4A 3BG3A 2Y61A 4HN4A 5MHBA 4RR4A 3MYOA 5H2ZA 2ZCGA 3HB9A 4NXSA 1FDYA 2Z6IA 4JN6A 2FPYA 2Q8ZA 1FCVA 3GKAA 3W84A 5DCEA 1KTNA 3NEVA 5EBUA 3M47A 3A23A 5F2IA 4NU7A 1ZFJA 3B04A 5AYZA 2HTMA 2BZNA 1TCDA 5I3GA 3DH7A 4CNPA 4O15A 3EX6A 2YXGA 2RH9A 3O16A 2TSYA 4NJKA 4HT3A 2QEZA 2H8XA 4FNPA 2JKPA 4MZ8A 1AW1A 2WNNA 3W7PA 3TXVA 4GC4A 5BOOA 1JCMP 5AC8A 4K8HA 4O18A 3EKZA 4FNSA 3TJLA 4DPQA 1U83A 3ABOA 1NSJA 3P84A 1TPB1 1ICPA 5HR7A 3DFQA 2GVLA 7TIMA 1GG0A 2Y6ZA 3N3MA 1TJPA 4GFSA 3TAOA 2Y70A 3MHGA 5K7JA 3LX9A 5HNRA 4GNJA 1ZY9A 4QITA 2NWRA 5FESA 3BW2A 1NF0A 3OEXA 3HMJG 2FTPA 2G97A 3QRHA 3PBYA 1SO6A 1M7PA 3TW7A 2QCHA 4C1LA 1XDLA 4BR1A 4W9TA 5EYWA 4NJIA 2WKJA 2ZRWA 4HSOA 2QDHA 3TXZA 3CIXA 3F1QA 3NQ2A 4NT0A 5DCDA 2V2HA 2UV8G 2VFFA 1PV8A 2A5HA 3S1UA 3PULA 3SFKA 1OFBA 4TX9A 2QCLA 3ABQA 1XBZA 2NX9A 5J5DA 3CTLA 2VFEA 3LV6A 5DBTA 4L4LA 3BGJA 2QCCA 1I4NA 2KZHA 5AN7A 3G8RA 3CC1A 5DXXA 1MEWA 5T26A 2VC6A 3HG5A 3S5OA 1RV8A 2E68A 3QZEA 1L6WA 4NQ1A 3WJSA 1R2RA 1TQJA 1VCVA 3T55A 2RFGA 6ALDA 1ZAIA 4IX2A 1X8FA 1DKWA 3L66A 1A5AA 1OFQA 2GJNA 2X1SA 4Y90A 1GWJA 2RKXA 3STGA 3NL5A 4IMGA 1W5NA 2PC4A 3KVMA 5C6MA 1K8XA 4O52A 3NO5A 5I3FA 5D32A 1YPFA 1ALDA 5F4WA 1H7XA 1HO1A 1XFBA 4UNLA 3GDTA 3Q2DA 2BSLA 1KM6A 1YYAA 3S9YA 3V1PA 1KM5A 3LCFA 3PUDA 2J9ZA 3NGJA 3BG5A 4U4MA 2BXVA 1ZENA 3NA8A 1K7XA 1GYLA 2YR1A 4RV8A 1TPFA 1TRIA 2FIQA 1EPXA 5D05A 4AEOA 1K02A 1KV8A 2GQ9A 2WSYA 1KV5A 2V5BA 1I2NA 4LUJA 1C9DA 3GZ3A 3L5LA 3B03A 3PG8A 2A7RA 3Q37A 1SZGA 1OYAA 3GXNA 2QDGA 1PE1A 1FDJA 2B4GA 1TPVA 3G0XA 1EP2A 1EWEA 4AWUA 1TV5A 2ZZ1A 3MHFA 4N6EA 1TJRA 3CHVA 3RF9A 1VLWA 3TNOA 4WUIA 1UUMA 3H55A 5LGZA 1FXPA 2BX7A 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3NDOA 4QQ3A 5SWUA 1TQXA 1GOXA 2ZA2A 3ABSA 3DENA 4ADUA 3W1RA 2CLOA 3GK0A 3UWWA 3KAOA 3CM4A 3UWQA 3P5YA 5LNRA 3FJ6A 1TRDA 3LLDA 3F4NA 3TQKA 3W86A 3PC0A 4JDBA 2OX1A 2Y7EA 2PE4A 1QPQA 5HJLA 3W9ZA 4ZQOA 3FKKA 1B4EA 3PBVA 1P0NA 1JUBA 5TIMA 1THFD 4LVDA 2WPBA 4X22A 5FEWA 5E0KA 2CZ5A 5K9XA 3LGEA 1VPXA 4GUJA 5D2WA 5FEZA 3GNNA 3PY2A 3NL2A 5AHMA 4KKXA 4O4WA 4H6KA 3F03K 3LHVA 3W7GA 4FB7A 2F7FA 3LCHA 1A5CA 4HKPA 3W6YA 4DO5A 4ONVA 3WFAA 4YCPA 3QW4B 4UTLA 4DF0A 3GAYA 2VFDA 4RXGA 4BK9A 2BLEA 2YCEA 1KW1A 5G4EA 2VFIA 4NJJA 5BMWA 3DGRA 3QJAA 1O5XA 3U8GA 1X1OA 2PCQA 3LHWA 4IOTA 3GVGA 3IGSA 3DKJA 2P1FA 4EVZA 5I3KA 5LNWA 2FB2A 2BWGA 2CLKA 3BLEA 1BEUA 3CWNA 1U5JA 1GG1A 4XQ6A 5FF2A 3HBLA 2VEMA 4A22A 1YXDA 4QIUA 1VHNA 3C6CA 5DELA 1GTHA 4JIPA 4UR8A 1TV7A 3W1UA 2GQAA 1SFJA 1HFBA 3VKJA 2YX0A 3M44A 4N4QA 3A5FA 1RD5A 1X6UA 3MP5A 3QPZA 2P10A 2YDAA 1WA3A 1LM1A 2YPIA 4YMZA 3T7VA 4PL2A 1ML1A 3IGUA 1OK6A 2O7QA 1YTDA 3DHDA 3W7OA 2QCMA 5LHEA 4FF7A 2XN0A 3GAKA 4AB4A 3W2MA 4WXYA 4ALDA 3S8HA 4BFAA 2EPHA 1ZAHA 4GUGA 1VYSX 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5L9FA

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