5LKY | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	291
structure length	289
Chain Sequence	KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Extending enzyme molecular recognition with an expanded amino acid alphabet. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Staphylococcus aureus (strain nctc 8325)
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
total genus	119
structure length	289
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2016-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5lkyA00

1DHPA 3CPRA 1C29A 3N9RA 2QCDB 2QUTA 3L0NA 1VLIA 2QCFA 1TJRA 2ZRVA 1ICQA 1BTMA 4Y6GA 1RPXA 4FIRA 1FWSA 1DL3A 4QQ3A 5AHNA 3TIMA 3LXAA 1IIGA 2PRLA 2J9YA 1SU5A 2YYUA 3TC6A 1YADA 2QCGA 2O7QA 5EA9A 2H8XA 3GR8A 4R34A 4GRSA 1YYAA 3P60A 5EY5A 3TFCA 5DN1A 4LS1A 2A6NA 4WD0A 2RDWA 2H90A 3R8RA 1LP6A 4GBUA 1SZFA 2ZBTA 4JX4A 4KFOA 1PE1A 3BO9A 1TCDA 2B4GA 5I3JA 4ZQOA 2OZ0A 4JS3A 1VYSX 4L4LA 3W2JA 2RDUA 1EWEA 2DZWA 1FXQA 2QCHA 1TMHA 2RDTA 4LVDA 4ML9A 1JCNA 3M41A 1VPXA 2C14A 3O16A 4Z1BA 4ICNA 2Y63A 1SW7A 1THFD 3W7DA 3G0UA 3BK0A 1C9DA 4IXHA 2NUWA 1JR1A 3RLUA 1FX6A 3GAKA 4PC8A 5HULA 2WSQA 3H53A 3PUEA 3M5YA 1TB3A 2VOMA 3EWYA 3I7QA 4UMAA 1KW1A 5D02A 4EF8A 3TFXA 5I3IA 5FEXA 3M6YA 5K4ZA 4NJGA 2DZSA 2CLIA 3UWUA 2G97A 3MW7A 3PVFA 4LVBA 1GWJA 1EB3A 1ZHAA 3FOKA 4LU0A 3C0JA 4MKNA 1O5XA 3LCGA 4FEZA 2Y70A 1M6JA 3QMSA 2RH9A 4N6EA 3W7LA 1NVMA 3R5EA 3QJAA 3TC7A 2E5CA 4O17A 4JY8A 3WK1A 1OX5A 3ZWSA 5BW6A 1UBSA 1I2QA 4NXKA 3ATYA 4CNOA 2X1RA 2PRMA 4QJ1A 1F2JA 2VC6A 3O6YX 1GVRA 4N4PA 1OYCA 1XXXA 3W1RA 3B0UX 4BF9A 2CW6A 4TU1A 1W56A 3HGRA 5D04C 1LORA 2V2DA 3NQ7A 1N7KA 1GZGA 5HMSA 3TDFA 5FF3A 4K37A 5IBXA 3SR7A 1PHQA 1W5OA 1LOQA 1RQEA 1ZAJA 4O28A 3UWVA 3HMJG 1QAPA 3CLMA 1A53A 1SFJA 3NXFA 4UFJA 3T78A 3U2OA 3ZS4A 2QAFA 1OK4A 5HINA 1EX5A 3L9CA 4U4MA 1NSJA 5DCBA 4D2JA 1LOLA 2QJIA 3SGUA 4Y90A 5DBTA 3UD6A 5CZSA 2X1SA 2FPVA 1OFBA 3W7NA 1VYPX 5K9CA 5DXXA 1O60A 3IVTA 5F2IA 5TBOA 3M5XA 5HR7A 3NL6A 1EP1A 3L5MA 3BW3A 1WBJA 2VFDA 4NZFA 1YTEA 3HG5A 3JR2A 2GJNA 1W31A 2HMCA 3N2XA 4ZQPA 1QO2A 3BPWA 4AHQA 2X16A 4RV8A 4IWWA 1KFCA 3DI0A 1K7XA 1KFKA 4GJ1A 4A2SA 1XI3A 5DCDA 3NG3A 1Q6OA 3E96A 3CEUA 1RQHA 4FNRA 5D03A 4JNMA 3B0PA 2WV8A 3S1WA 1ME7A 3C56A 3NQ8A 4DEFA 4PTNA 3W7IA 2NX3A 2H6RA 1KTCA 2QCCA 5CGQA 2X2GA 1XBZA 3HPXA 3NZ1A 1X1ZA 2ZZ3A 5G4WA 4DO4A 3MYPA 3P5YA 4XWUA 2ISSA 5TQLA 1B3OA 5MHBA 4CLMA 3BLIA 1V7YA 4BK9A 3M44A 2J9XA 3KX6A 4GE8A 3EXRA 3JS3A 4WQ6A 4PEKA 1CI1A 2G5WA 3HGSA 2V5BA 4N02A 4UR8A 4XUGA 3KOFA 5HWJA 3CC1A 3S5NA 2A4AA 4OU1A 3WJZA 3RMJA 5D09A 4CNPA 3L65A 1OFPA 5BRBA 1OVDA 1W5QA 4KWVA 1DQWA 2E09A 3M0ZA 3HF3A 4RR4A 2JKEA 4HPXA 3BGGA 1O4UA 1A5SA 4IUOA 3L66A 3G1YA 3STGA 4NXSA 4DF0A 3UY7A 2F7FA 1ADOA 3N3MA 2JBMA 3OVRA 3P81A 1GG1A 3LX9A 4O54A 1BEUA 1MO0A 3NQ2A 1UASA 3STFA 1QOPA 3TV8A 4I7WA 1HFBA 1L6YA 2B7OA 3G1SA 3I7SA 3I65A 1XUUA 3C2RA 1H7XA 5LSMA 1YXDA 2CZFA 1MEWA 2GUUA 1R47A 2FB2A 1DV7A 4YCOA 3EXTA 5HNRA 3SIZA 2QDGA 3NPVA 4RKAA 1LBFA 3PC0A 4M19A 5BOOA 1H51A 4M6PA 3TAKA 1A5BA 3NM1A 3S6DA 3HPZA 2DZUA 3BARA 3CTLA 4AF0A 4S2CA 4UTMA 2Q3RA 3GXPA 4N9EA 3FIGA 4FNPA 4ADUA 4YXGA 2C16A 5DBUA 4MLJA 4K36A 1LZOA 4JYDA 4WOZA 3W1LA 1G4PA 3NQCA 1OF6A 3G8RA 3A5VA 4M7SA 2Y88A 4FF7A 5HWMA 1TQJA 3TW6A 3M7WA 3O63A 5F4WA 3BW2A 1TTQA 1B9BA 2VFFA 3UQNA 4OE7A 1TV8A 5A8GA 3GDTA 3VCRA 2B7NA 3EX6A 3C61A 3BG9A 3QM3A 3W1AA 4EF9A 1TJPA 4AAJA 4ZQCA 3G1FA 5G2IA 2E5BA 5D2XA 3ZWTA 2DJXA 1WA3A 2C18A 2YPIA 3MP5A 3E12A 5FEWA 1H63A 1WXJA 3KRZA 1SPQA 3GXNA 1QDSA 3W1MA 1JULA 2CLFA 3THAA 1MEIA 2OT1A 4A21A 3P8IA 3HOJA 4IPJA 3NPWA 3RNDA 2X30A 2TSYA 5G2WA 1GT8A 3G3DA 2ZA1A 1ICSA 3MWAA 3DXIA 1ZY9A 2XN0A 1R30A 4NJKA 1G6CA 1XCFA 3HJZA 3LV6A 4JEQA 4P61A 3W3OA 2W0UA 5AB3A 3CWOX 4LVGA 2B7QA 1ZAHA 3VE7A 3TJLA 1QFEA 1QPOA 1G7UA 3GAYA 3P5ZA 1PCKA 1FY6A 1LCOA 2CLHA 3TH6A 3W1PA 4A22A 2C15A 4NZJA 3WJYA 1X7FA 1A5AA 2ALDA 3A9IA 4WX2A 2V9DA 3LCWA 2GVJA 4CNNA 1YTDA 2C19A 2TRSA 4WZHA 4QSHA 3LBCA 1KTNA 3LLDA 4IMDA 4MZ1A 1KFBA 1OX4B 3NOEA 3A5FA 3IVSA 3CIWA 4M7TA 5LZLA 2WJZA 1Z41A 5F2MA 4O1DA 3KHJA 3UZ5A 3ZR4A 2VEKA 2YFOA 3NDOA 3IEBA 4MZ8A 2EF9A 1FCQA 1SO4A 4E2BA 3W6YA 5CKSA 2ZRUA 4AWTA 4HSOA 4HNTA 4WY0A 5D33A 3R89A 4X2RA 4CCDA 1R2SA 4FNUA 3W7EA 3W7OA 3T4CA 2ZZ7A 3GDRA 1F7BA 1SSGA 2J6XA 3W9ZA 2HTMA 1XDLA 2QKFA 3E49A 3FS2A 3FYPA 3L2IA 4Y9AA 4LY8A 3PULA 3PSWA 4OWGA 4O52A 4UTTC 1LROA 3NYZA 1VQTA 3LERA 4O53A 3DAQA 1Z48A 1PV8A 5KINA 4NNAA 4KWWA 3FJLA 2QCDA 3P7YA 3LCLA 1VRDA 2EHHA 1K03A 2VELA 5AFDA 3MHGA 1H50A 1OFDA 1EWDA 2JGYA 3TNOA 3W1UA 5D32A 1K8YA 3LXCA 3WJSA 3VFLA 4FNSA 1I2PA 3N73A 3NQ6A 1WV2A 2ZRYA 3W83A 1NF0A 3Q58A 3PUOA 3LTPA 2CLLA 2ZTKA 1LRNA 3MMTA 3UWWA 4YL2A 2Y7DA 1QWGA 4FXRA 1TRDA 4JY9A 4UFKA 3LTYA 5CSRA 3O6DA 1Z42A 4O11A 4JTIA 3ZFHA 1K7FA 4K6AA 1H7PA 1DBTA 2ZA3A 3LLFA 5AHFA 4LVFA 2NX9A 4GUHA 3QF0A 1SFLA 2HS8A 2BX7A 4HKPA 4NJHA 3UNDA 1PL9A 3QZEA 1EP3A 1OFRA 1GOXA 2YSWA 4AVFA 5C55A 1YXCA 3W1NA 3PUDA 4C1LA 4PCFA 4ZVJA 4JICA 1FWNA 1GVQA 5AN7A 3EEGA 2YDAA 3RU6A 3O1NA 4RXGA 4HN4A 2GVGA 3A21A 4IX2A 1GYNA 1S5WA 3W2MA 5LHEA 4LVAA 1X1OA 1WDWA 4E0CA 5LNRA 3QPYA 4FX6M 2FJKA 2I9EA 3W87A 1YDOA 3OVQA 3PS7A 3IVUA 3CHVA 2DZTA 2G95A 1P1XA 5D2TA 5DCEA 3EX2A 1EEPA 5K4XA 2VEPA 3S5OA 5BMWA 4UTWC 1FWWA 3GLCA 4NNBA 2BZNA 1G69A 4E38A 3H55A 5H91A 1OG0A 5AHIA 5LGZA 4LOCA 4UNKA 4K38A 2A5HA 2PCQA 4FIQA 4JYFA 1KV5A 1YTKA 4X9SA 3G1AA 4UTUA 1NAL1 4RXFA 2CLOA 3OG3A 2VFHA 3W7GA 1J4EA 2ATMA 2YX0A 1TPFA 1IIHA 2YCEA 3ATZA 3GYEA 3KVJA 5F1UA 4UTHA 3EB2A 1YLVA 3TR2A 2E6YA 2JGQA 1ME9A 3LV5A 1JCYA 3NGJA 4Y96A 2D73A 4TX9A 4JIQA 3FA5A 2ABBA 1B4KA 3A22A 4CQ9A 5AYYA 5AHLA 2VKZG 1LOSA 2EKCA 3NA8A 4H6KA 4XTDA 1JCXA 3LBMA 2FQIA 3G3MA 4UTJA 1QCWA 2A6LA 2CZ5A 3C8FA 1OABA 1OFOA 2YFNA 1QOQA 2F84A 1U83A 5AOUA 3SZ8A 5L6UA 1OFQA 3C2VA 1ZNNA 4XKYA 3EWUA 3NO5A 5HQEA 2BXVA 1ME8A 1PVNA 2QAPA 3M43A 4NX0A 4IQLA 3STEA 3W73A 3EWBX 4IMEA 5HUPA 3EXSA 2ATSA 2Q8ZA 3O07A 5DY2A 4RK8A 3SI9A 3SW6A 1JUEA 1OFAA 1YPIA 5CG7A 4DF1A 4M6VA 1ZALA 1EPXA 2QDHA 4LS2A 4M6QA 4RJEA 1W5PA 3MI3A 4K8EA 1D3GA 1JQXA 4IXXA 1GG0A 3TQ0A 1MXSA 1WQ5A 4UUIA 2Y89A 5CZTA 2JKAA 4UC5A 1K3UA 2DU2A 2YXGA 3IIOA 3W70A 3LRMA 5CPMA 5C5YA 3KVMA 4JIPA 2V5LA 5BNKA 3EWXA 2ABAA 1OYBA 3N14A 1LRTA 5C6MA 1ICPA 2ZZ5A 5LHFA 3LHZA 1D9EA 2GQ9A 1KM2A 3QEZA 3GVGA 1SO6A 4LTSA 4ZZ9A 3R12A 3CB8A 1FCBA 1SUXA 1W0MA 2NUXA 5G4EA 3DFQA 1F5ZA 4MUZA 1JCLA 2X1UA 3CQ0A 3FJ6A 1TPH1 1W3IA 1TSIA 4N9DA 3ELFA 2W79A 5IBXC 5E93A 4O4VA 4K7YA 1NF7A 4IMGA 3M47A 4UMCA 3MHUA 3LI1A 5K9XA 5LNVA 3THQA 5KMYA 2FDSA 4MZYA 1F76A 2A21A 4MYAA 3HPSA 1XUZA 2CWNA 3L5LA 4WJEA 1Q3NA 1IXPA 3W7QA 2Z2UA 5CSSA 4CQ8A 2ZZ4A 1JCMP 4NT0A 4O1CA 1SO3A 2FPTA 4MFDA 2HS6A 1N55A 1SZNA 2TMDA 4NJIA 2EPHA 5K2ZA 5CZJA 2OJPA 3VKJA 4TMCA 1PCWA 1QPQA 3LDVA 4LC6A 2A7RA 1R2TA 4O57A 5D37A 2EAWA 1F05A 2P0OA 2W6RA 3S0CA 1QO5A 1JUBA 3FFSA 4O10A 2PE4A 2ZRWA 3G0XA 1XDMA 5K3VA 4JTSA 2QEZA 1KV8A 1W3NA 3IIPA 4LRTA 5AC6A 3S9YA 3S8HA 2NWSA 5EMUA 1KBJA 2V82A 3L67A 4HNUA 1TPC1 4Z1DA 4HHPA 4FNQA 4GNJA 4GUJA 4N9CA 3G24A 4FO4A 2DP3A 2YW4A 5D2WA 1XBYA 3W86A 1NEYA 3W2UA 5U4NA 3W76A 3Q2DA 2WNQA 3GR7A 4BI7A 1FDJA 2TPSA 2VXNA 2ZA2A 5F1VA 1B57A 4J9JA 3QYQA 3UY8A 3LXBA 3OBKA 3W7CA 1CX9A 5G2HA 1N8FA 3GZ3A 1WOBA 2FB3A 3GDLA 4FHAA 1TIMA 5HWNA 1EUNA 1F74A 5J5DA 1H7NA 4O50A 4JDBA 3DENA 4LW7A 3N19B 3C2OA 2YR1A 1PS9A 1WYIA 2CU0A 3HIJA 2NUYA 2FPYA 5AYXA 3W7RA 1VJIA 4PA8A 4TR9A 2A7NA 5HUOA 3E9AA 5EBUA 4JX6A 2ZTJA 4UTLA 3A24A 1OF8A 3ABOA 3NVTA 4RCXA 4LT9A 4LC8A 1G4TA 3S42A 4XZ9A 3HO8A 5LKYA 1JVNA 4O14A 2JK2A 2C1HA 1T0OA 3LGEA 3NZRA 4ADTA 1DVJA 2J24A 1QNVA 5AC7A 3FKRA 3HB9A 4YMZA 5EYWA 1L6WA 3TSDA 3O8AA 3UXAA 3IV3A 2ZZ1A 2CZDA 2R94A 4HT3A 2R8WA 4NJJA 5I3HA 2V81A 3W2NA 3P61A 2WQPA 3F4NA 2A0NA 5CPOA 4DXVA 1TPEA 3HBLA 3S1XA 1VH7A 5L9FA 2Z0IA 1OHLA 3DH7A 4AWUA 1KLYA 3A23A 1IGSA 4C1KA 4DO5A 1OX4A 2ZDRA 4LNYA 1S5VA 3W7PA 1ML1A 1M7OA 3LHTA 3KXQA 1W5MA 3MYOA 1H7OA 4IX0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5LKYA

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Chord Diagram

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