5LKY | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	291
structure length	289
Chain Sequence	KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
publication title	Extending enzyme molecular recognition with an expanded amino acid alphabet. pubmed doi rcsb
source organism	Staphylococcus aureus (strain nctc 8325)
total genus	119
structure length	289
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2016-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5lkyA00

3NOEA 3SI9A 1GG0A 1VRDA 3L5MA 3IVTA 3JRKA 3UWQA 4IMGA 3W7IA 4QISA 5AC8A 4POCA 3PUDA 1KW1A 3DFQA 1OK6A 2LLEA 3WJXA 3N2MA 1ME8A 2YSWA 4JY8A 4PODA 3ABQA 3C2OA 1LRTA 1EP3A 1D3HA 3VE7A 3W1QA 4RK8A 3W83A 2DORA 2I9EA 2TPSA 1H50A 1TPUA 5D2YA 3TSBA 2Y7FA 5FI8A 1ZCOA 4A21A 4ZQNA 3W7QA 2CLHA 3UWZA 3Q2DA 3NQVA 1G67A 2XN0A 1WBHA 4ML9A 3TW6A 2V8ZA 3WJZA 1TTQA 1RPXA 4JDYA 1LBMA 4IQLA 1FXPA 2AGKA 1B3OA 3SIZA 5E1QA 2VELA 3Q58A 4L4MA 3I7QA 4GFSA 3S1XA 3U8GA 1ZFJA 3W1MA 3W7MA 5CZTA 3M16A 3M47A 4HN4A 1KLZA 3NNTA 5CSSA 2ZRYA 3TFXA 4JR5A 5K7JA 4WD0A 4BI5A 1QPOA 3TXZA 4XUGA 5LZLA 3W7NA 1SSGA 2NX1A 3THQA 1FWSA 3SW6A 2GVJA 4KWVA 1T8XA 2A21A 4UTHA 1H63A 3EXTA 2HS6A 4UCGA 3TV8A 1OJXA 1Y0EA 1OYCA 2CLEA 4UFIA 4JIQA 1Z41A 3TC6A 3LBMA 3NZ1A 3BLIA 4LOCA 4XQ6A 2YCEA 1PIIA 2ZCGA 3LHYA 2TYSA 1LBLA 2VEIA 4O4WA 2PURA 4HT3A 1X7FA 2BTMA 2YW3A 1HO4A 3NQ2A 3IGUA 3S5OA 3W7KA 3NPUA 5F1VA 4N4PA 2NUWA 4GXMA 1GYLA 3GXNA 3NL3A 5HNRA 2HTMA 3WK2A 3CM4A 2C14A 1PS9A 4K37A 3MJYA 3NXFA 3LCLA 4UFHA 4MYXA 4O52A 4XKYA 3IIOA 5D09A 2V2CA 1KFJA 3OVPA 2QJHA 5EMUA 2HSAA 1NF7A 3NDOA 1WAUA 4JN6A 1EA0A 1J4EA 2C0AA 4MZ1A 1UCWA 1YPIA 3HBLA 3UYCA 1H60A 1Q3NA 3LCGA 1KM4A 4QNWA 3WFAA 4O15A 2Y61A 3EX3A 4HPJA 3SGZA 3P84A 2B7OA 4R53A 2XFWA 1XBYA 4UMAA 1QO2A 3NQAA 3TAOA 3W1AA 1TMHA 1AK5A 3QYQA 2CW6A 3GX9A 2WNNA 1YDNA 5G1YA 4UFJA 4QJ1A 3M9YA 3P60A 3HG3A 4BF9A 3W7EA 4RXFA 4JX5A 1GVFA 1ZY9A 3D0CA 4MY8A 3W86A 3O06A 3P8JA 3E9AA 3NQMA 3KVLA 2PE4A 1DV7A 3LCXA 4Q32A 4R7JA 3STEA 1PHQA 5EY5A 3TH6A 1LYXA 2FLIA 1TJRA 3W70A 3S1VA 5I3IA 1SPQA 1WX0A 3W73A 4WY0A 3TC7A 4Z1CA 3QF0A 3T55A 1LP6A 2EHHA 3C2VA 2GQAA 3MWAA 4KWWA 1RVGA 5I3JA 3GXPA 1SO4A 4NNCA 1DJNA 1W1ZA 5F4SA 3ABRA 4GJ1A 4JEQA 1EP1A 2QCHA 3HGOA 4O12A 1ONRA 3O05A 1KFKA 1BEUA 3CIWA 4JTUA 2FPYA 3WK0A 3E12A 2NX9A 3INPA 5AB3A 2PRMA 4MVAA 1HTIA 5D38A 4FNTA 3NL5A 2KZHA 3B04A 1O4UA 2J27A 2A5HA 3PC0A 2A1YA 2CU0A 2E6FA 3LTYA 1SO6A 3W22A 4E2DA 3BO9A 1H7XA 3LTPA 3S42A 4LW7A 2E77A 1VGAA 3MHGA 4RLIA 3BLEA 4AVFA 4FNPA 3UZJA 3FYOA 4AF0A 1TPWA 4FX6M 3QRHA 2EPHA 2EGZA 5LHEA 5EBUA 3W23A 5TBOA 1W0MA 1C8VA 3QH2A 5K9DA 1BKSA 1JCXA 1K7EA 1Q6OA 4IJBA 4HNNA 3MI2A 4M7TA 5E0KA 3QSRA 1W5QA 3KAOA 3QQ1A 3P5ZA 4E38A 3H55A 1G6CA 1UASA 3RFAA 4UTKA 1FCQA 2DZXA 2Q8ZA 4AH7A 1DBTA 3T40A 1VYPX 1KM5A 2ZYFA 3GDMA 3W6YA 1TRIA 1S5WA 2NZLA 1GZGA 4AMAA 2V5LA 4KFPA 4LWWA 2JK2A 4KFOA 4BWLC 4CLMA 3STFA 1LROA 1AW5A 4LV4A 4Z1AA 1FY6A 4K7VA 3G1SA 2A6NA 1LOQA 5H2ZA 1AW2A 3HPSA 3M5ZA 1H7RA 2OT0A 4K8EA 4PCFA 1G4TA 1NSJA 3P81A 1OFAA 1ME7A 4ICNA 1XCFA 1OYAA 1GJPA 3H53A 3KXQA 1TTIA 4OV4A 3W1LA 1QMLA 3B0VC 4EOUA 2OX1A 3FIGA 4JTFA 3LI0A 1KBIA 3MP3A 4JTEA 1IGSA 1JCMP 5D2VA 4JICA 4UTWC 1OFEA 2A2IA 4M6PA 2WO5A 1F5ZA 3OVRA 2DZSA 3CU2A 4LVDA 4LVAA 4QAIA 1KV5A 4JXCA 1CW2A 4CCDA 4NUWA 1ZHAA 4RZ4A 3S5ZA 2GVLA 2O7SA 3I6RA 1IIHA 2DZWA 2VXNA 2PRLA 1Q6LA 3E02A 4XKYB 3PULA 3AO0A 3T7VA 3L68A 4UC5A 3STGA 3C2FA 3EX4A 1IXQA 4DF1A 4YXGA 2NX3A 3NA8A 7TIMA 2GOUA 3LRLA 4DPPA 3BW2A 4DBDA 5CZSA 3NQEA 5BMXA 1HG3A 4OWGA 4JS3A 2CLMA 4X22A 5I3HA 3QC3A 5HINA 8TIMA 2D73A 5AN7A 3OHIA 2J9ZA 2VEPA 5LGXA 5K2ZA 4OQVA 3Q94A 4I7UA 1RV8A 5EYWA 1KBJA 4EF8A 4IGHA 1T99A 4HKPA 5KTLA 1P0KA 1K8XA 4HHPA 3O6YX 2ISVA 1A5SA 1FBAA 3LHUA 4UUIA 5U4NA 2DU2A 1XFBA 3LOTA 3BW3A 5FEPA 1MXSA 2ZA3A 4GUFA 3EX2A 3MW7A 4QQ3A 3M7WA 3CHVA 3PS7A 2QAFA 3EEGA 5C54A 1S3HA 1YTEA 1VCGA 4WY0B 1GVOA 1NFBA 3BGJA 2DZTA 1VJIA 5HULA 1OX6A 5DY3A 3CWNA 4HPXA 5TQLA 3MHFA 5J5DA 1EWEA 4P2VA 4U28A 2OCZA 3CQ0A 2Z6IA 1YDVA 2J24A 1AW1A 1M7OA 5FEZA 1VLWA 4JYEA 1LTDA 5G5IA 5LGZA 1OF8A 3GDLA 3DFSA 3QJAA 3QQ0A 2CZEA 3G22A 3DKJA 3QPYA 5LKYA 3GAKA 2V2HA 4IX2A 1VHNA 3OVQA 3SECA 1TV8A 2QCNA 5FF0A 4DQWA 2XN2A 1JQVA 4IMCA 2R8WA 4J9JA 3N9RA 2V81A 1R47A 2PC4A 1GYNA 1G69A 4MPQA 2H3DA 1Z42A 1JCNA 5DCBA 3PG8A 3C4UA 4AF0B 4PC8A 3EWZA 1JCJA 1TPC1 1TQXA 3GAYA 3IIPA 3ZFHA 4H3DA 1GVRA 4MZYA 3C8FA 2QCGA 1FWRA 1EUNA 1YXCA 4QM1A 2J9YA 5I3KA 1Q45A 4LS0A 5CPLA 4FXSA 1F6KA 2C3ZA 3O8AA 3TU9A 1BWKA 2CZ5A 4O16A 3MBFA 4RCXA 4DXVA 3K30A 4IOTA 1W5NA 4M19A 4TX9A 3UWVA 3PBWA 5AC7A 2ZFAA 4UTJA 1MZHA 3CB8A 1H51A 2AAMA 5BRBA 1V5XA 2W6RA 3LHZA 4O0ZA 1O60A 1THFD 1OYBA 2ZA1A 1O5KA 3OIXA 1QFEA 3CEUA 4JTLA 3W1PA 4QSHA 3GNDA 4UIOA 2C13A 2WQPA 5F1UA 3LTSA 4RX0A 4JTHA 1ICQA 1N7KA 3QFEA 4Y8FA 2F7FA 3C6CA 2WPBA 2OJPA 5G1TA 2WV8A 4LY8A 3P82A 4TMBA 2QCFA 3EX1A 4M6VA 3ABSA 3VI2A 2NUYA 4G1KA 3KX6A 2GQ9A 3N14A 3KRZA 1QPRA 1CX9A 2R14A 1JUKA 2G5WA 4ADTA 1F76A 3W7JA 2G97A 4ADSA 5AHLA 4R33A 4UTWA 4Z0JA 2V82A 1U83A 3PBVA 3B0UX 2B4GA 5F4XA 5AYYA 5G2IA 1FDYA 4O13A 3VCRA 3IGSA 1FXQA 3NGJA 3AJXA 3WJYA 4FIQA 3HQ1A 1WOAA 2E68A 5C2XA 4FNQA 2Q3RA 5KZDA 4YLWA 1MEHA 1QAPA 4MIMA 4X3ZA 1WYIA 4YWIA 1YDOA 5AC6A 4BFAA 3W7PA 3LRMA 1YXDA 2QDHA 4NJKA 1JCYA 1G4PA 5DBUA 1KM2A 3FA5A 1F2JA 2FPVA 2WNZA 3A24A 5EL1A 5LNVA 3NG3A 2PCQA 5C6MA 2ZA2A 2Y62A 1LDCA 4UFMA 1XBVA 1VZWA 1W8SA 3GYEA 1PE1A 1WQ5A 5BMWA 4NJIA 4JTIA 1L6WA 4NU7A 1ALDA 3NR0A 3HF3A 1GQNA 6TIMA 2VKZG 4LC8A 4GE8A 4GUJA 3I7RA 5C55A 2P0OA 1FDZA 5MHBA 3L67A 4MFDA 1XXXA 4O1DA 4PL2A 2RDTA 3IIVA 2G95A 3TIMA 4PA8A 1DQWA 1XBZA 2ISSA 5FEXA 4JNMA 2C18A 5L6UA 1UUMA 3LCIA 5DXXA 1KV8A 5SWUA 1WV2A 4MFEA 5DBTA 2RDWA 4P61A 1ZALA 4WOZA 1W37A 1TPDA 3MUXA 3P5YA 1L6SA 2BX7A 1IXOA 2QUUA 3LLFA 4DELA 4O11A 4I7WA 3BLFA 5AHFA 2B7NA 2Z6JA 1EP2A 3M0ZA 2RKXA 1EEPA 1I2OA 1T96A 4H4IA 4LUIA 1VCFA 3UXAA 3R5EA 3LRKA 4LS2A 3UXDA 3DI0A 2FB2A 2W79A 2FIQA 1EIXA 3B05A 4UTTA 5IBXA 1LBFA 3BARA 5HR7A 1P5BA 2WSYA 3W2JA 3TMQA 2JGYA 4NX5A 4IUOA 1LRNA 2YPIA 3TUUA 1HO1A 1PL9A 3M5XA 4FEZA 1TV5A 2R94A 4HSNA 3G1FA 3O6CA 5K4ZA 3JS3A 1RR2A 3CPRA 4AB4A 5T26A 2NUXA 1NVMA 3CT7A 2C15A 3E49A 2HS8A 1JULA 3Q37A 1FCBA 3SGUA 3HGJA 1SZFA 4S1FA 3HG4A 4A29A 2C19A 3LBCA 2JKEA 5FEWA 3ABOA 3BVJA 1TJPA 1W3NA 2GUUA 1OABA 4OHQA 4NJJA 3S5YA 3I65A 1ADOA 3ANYA 3PAJA 4ZQOA 3SR7A 2YXGA 2FPTA 3L21A 5I3FA 1IXPA 2CLLA 3EWUA 3W71A 1TTJA 3RLVA 4ZQRA 5E93A 3NM1A 1A53A 1KFBA 2YW4A 1W54A 1UJPA 2YDAA 4DEFA 1NF0A 3VFLA 5I3GA 2JBMA 4LS1A 3L5LA 3HGSA 4JGDA 1B4KA 1M5WA 3SJ3A 1I45A 3C52A 2I14A 2OZ0A 6ALDA 3UZ5A 1T0OA 1TCDA 3ZWSA 5HWMA 4XTDA 3L2IA 5A5WA 4A2RA 4UTMA 3W1UA 4JIPA 5D30A 3B0PA 3GZ3A 5BNKA 2A7PA 3EB2A 3BK0A 2FDSA 2J88A 3FJ6A 1JJKA 3YPIA 3G1HA 4HSOA 1H7NA 4ZQCA 4M7SA 2A4AA 5ABTA 3GB6A 4MLRA 1K7XA 1OX5A 3P7YA 1IIGA 5DELA 3W7OA 4IMDA 1XUUA 4MUZA 2YGYA 3KVMA 1XI3A 5EA9A 3LX9A 1MEIA 1SW7A 3BGGA 2VFFA 1G4SA 4CNPA 1A5BA 2JKAA 5CZJA 4I7VA 4ONVA 3G0SA 1I2PA 2ZZ3A 2CZFA 4ZL1A 2X1SA 1RQBA 2BLEA 3MI3A 3FS2A 4JTTA 1N55A 2QEZA 3IRDA 1C29A 1QOPA 3G0XA 3M1ZA 5F2MA 4N4QA 5D2XA 3I68A 2GQ8A 2ZZ5A 3G3DA 4S2CA 1EB3A 2ZRXA 1LOSA 1RQEA 4AHOA 3DH7A 4S2BA 5LNWA 5FESA 1SR9A 4CQAA 1LLWA 4A3UA 1DQXA 3T4CA 3TKFA 2VENA 3W7LA 3P67A 3G3MA 3STCA 5LSMA 1K8ZA 3QEZA 1KA9F 1JUBA 4MJMA 2FJKA 4U4MA 5CKSA 1JR1A 4JTSA 1I2RA 3R89A 1DVJA 2ZBTA 4CNNA 3HG2A 2JKPA 3RNDA 1QPQA 3GNNA 3O6DA 2ISWA 1K03A 1Q6QA 4E0CA 2VFDA 3O07A 3R13A 2A0NA 4Y90A 2C16A 2CWNA 2Y63A 3O1NA 2WSRA 1TRDA 4OE7A 5AHIA 3GDRA 1U5JA 3QSTA 1YTDA 1JQXA 1W31A 4NNAA 4K39A 3W7DA 5CSRA 2X16A 4FF7A 2F84A 5CG7A 1H1ZA 3TQ0A 1QOQA 2QCDA 1TYGA 4AHQA 3O16A 4IMEA 1TPFA 5HWJA 5F2IA 2EAWA 1P4CA 1NAL1 2VOMA 2ZRWA 4IMFA 2V0TA 1I2NA 1OFPA 3GDKA 1W5MA 2Y7EA 2Q3OA 5F2LA 5DLCA 3OA3A 5LNUA 5FF2A 2EF9A 2Z2UA 1OFQA 1X1ZA 3NPWA 3DZ1A 3GDTA 3KVJA 1F05A 5HWNA 2FTPA 4UXDA 4OU1A 3DXIA 4UFLA 1Q6RA 2DJLA 3HPXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5LKYA

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