5LNRA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-plp complex
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus 99
structure length 267
sequence length 267
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnrA00
3HG3A 3TCEA 1S3HA 3N3MA 2EF9A 1YYAA 3S5YA 1XXXA 1ZENA 1JCLA 4WZHA 3MBFA 4FX7A 4K37A 4DF2A 5KTLA 4NZJA 1SW0A 1GVRA 4PH6A 5HWJA 1N7KA 1TYGA 1YDOA 3HJZA 4WUIA 4MJZA 1R2RA 2V9DA 1I8JA 1M6JA 2CU0A 2I14A 3C2VA 1FXQA 1Q3NA 3QC3A 2Y7FA 4JYDA 4OQVA 3MP3A 3PSVA 4JY8A 4KWVA 1XCFA 5LGZA 3LTPA 4HT3A 3W1MA 5LHFA 1S5VA 4NXKA 3NXFA 4TMBA 1IXPA 1UJPA 4FEZA 4UFKA 5H2ZA 4LS0A 5K9DA 5G4WA 3QEZA 3KOFA 1G7UA 5J5RA 5AOUA 3NQDA 5D2YA 4Y9AA 1P1XA 5H91A 2QAFA 4GUHA 1QPRA 3HGRA 3DI0A 3QM3A 4ZQPA 3SR7A 4UFJA 3PF3A 1VCFA 5FF0A 2WOQA 4BI5A 4H3DA 4JTKA 1Z48A 1KFLA 1TTPA 3L21A 1OYAA 4O1DA 3C2EA 4Z1CA 3QSTA 1PHQA 2ZDRA 2P0OA 4UMAA 3IVSA 3GZ3A 3L67A 4PC8A 1S5TA 4GUJA 1DV7A 1XBVA 4JTJA 3HG2A 3PWAA 2QCCA 3CLMA 1SW7A 5EA9A 3OVPA 4LU0A 1M5WA 3TKFA 5LNRA 1TRDA 1WYIA 4UTWC 4O14A 4IXHA 1R47A 5ABTA 2Z0IA 3P60A 2E6DA 2CLEA 1XL9A 4JXCA 4MKNA 3UD6A 3GDMA 4LS2A 1KBIA 3HO8A 3Q37A 4XKYB 2PURA 3KRSA 2KZHA 1VLWA 1JCMP 4UNKA 3BO9A 3THAA 1H62A 3W9ZA 3OEXA 5IM51 2JKAA 1X7FA 4FNRA 1SO5A 5DLCA 5AYZA 3CB8A 4DPPA 1QPQA 3SFKA 4LUJA 2C0AA 3W7MA 5LZLA 4ZQOA 4O1AA 3DXIA 3GKAA 3EWUA 1H5YA 3BK0A 3C8FA 4JTIA 4LV4A 1VJIA 2Y63A 3ZR4A 3DFPA 3RU6A 1OFDA 2YFOA 5K7JA 1SR9A 1JUKA 1SPQA 1OYBA 1ZALA 2OT1A 1GTEA 3M47A 4XUGA 2ZBTA 2NXGA 1K3UA 3S6DA 3TSDA 4NNAA 1LLWA 4JTHA 3FYPA 5D09A 3RLUA 3W70A 1UBSA 3FS2A 2E09A 4RKAA 1WDWA 3MYOA 2RH9A 1AL7A 3R5EA 4JYEA 1CW2A 2GJLA 3EXSA 3W7NA 4K8HA 3G8RA 2A5HA 2JKPA 3OG3A 4JTEA 5DXXA 4Y8FA 3LV6A 2C18A 1XKYA 5K2ZA 4C1LA 2YFNA 3GAKA 2VFDA 3QPYA 3UXAA 3O15A 2VELA 2YYUA 4HN4A 1OFBA 5DXYA 2Y7DA 3NQEA 4ZL1A 1OHLA 3UY8A 1JVNA 2QUTA 4IGHA 4MY1A 3LHTA 3N73A 2Q3OA 1VLIA 1VHNA 4Q33A 1YTKA 5A8GA 4KKXA 1ML1A 1IF2A 2EHHA 3M0ZA 1F6KA 1VYSX 4LWWA 5TBOA 1W8SA 5AHFA 4EF8A 3L2IA 2NUXA 4RV8A 1HFBA 1LM1A 4X22A 4O1CA 2Y70A 1LBMA 4NZFA 1G67A 1VCGA 3UWQA 3G1HA 4ADSA 3DKJA 2QCNA 2ZRYA 3UWYA 2FTPA 1ME8A 3O1NA 4DO5A 4AVFA 3PBWA 1IGSA 4R34A 1LOSA 2PC4A 2NX9A 1FDZA 5D2XA 3O06A 3QQ1A 4JIQA 4GUIA 1EP2A 4N6FA 5FEZA 4UTWA 2VKZG 2JGYA 4FNUA 1M7PA 3UY7A 2QCHA 3LGEA 3KVKA 4M6PA 4LV9A 1FWRA 2G95A 4UTKA 1OX4B 2YSWA 3GDKA 1GG1A 3CQ0A 4LS1A 1SZFA 4AF0B 5LNVA 2WQPA 5DN1A 2X1UA 3NQVA 4GUGA 3I7RA 3F4WA 1I4NA 2GPTA 1LBLA 3NL3A 4QIUA 4Q32A 1ZHAA 4UTLA 3TXZA 2QJHA 1XBZA 5F2IA 4BFAA 1JUEA 2NXHA 5KMYA 3NQ7A 3LLDA 1GVSA 1XI3A 3FFSA 3W7CA 1YTDA 4YWIA 1G4PA 4FB7A 4LC6A 3GKFA 3W7DA 4U4MA 5BRBA 4MZYA 1XC4A 1G6CA 2EGZA 3LCIA 3KX6A 2NV2A 3Q94A 3FOKA 4AF0A 4FIQA 1W0MA 2E68A 1SZNA 3GVGA 4XBKA 1H7PA 5EKYA 4O17A 4UTTA 3F03K 1EWEA 1W31A 1F05A 1W3NA 3W3OA 2J9YA 3S1XA 3F4NA 3M41A 5LHEA 3G1SA 2DP3A 1JR1A 3EWYA 1W3IA 3BW4A 4IMDA 5FEXA 2DZXA 4H6KA 1QOPA 5AC7A 4CNNA 4RZ4A 2BTMA 4JX5A 3ATYA 3TDFA 4AWTA 2CLOA 3O07A 1PL9A 1WOAA 3B0VC 2QUVA 1OYCA 2A21A 2J88A 5CG7A 1EUNA 2Y89A 3MBDA 3E49A 4O0ZA 3ZFHA 4FNPA 3UWVA 4JTTA 3CIWA 3E02A 3H53A 2PE4A 3IIOA 3C6CA 2Y85A 3NEVA 5DY3A 4GFSA 3WJSA 4X3ZA 3MP5A 3G3DA 5AYXA 5F1UA 3LBMA 3IGSA 5G2WA 1RZMA 1W5QA 4WQ6A 3KVLA 1EP3A 1B57A 2B7NA 2HS6A 3NQCA 5C2XA 1L6SA 2A6NA 3KXQA 1K8XA 4K38A 1RQEA 6ALDA 2CLFA 3LHUA 4O0KA 1W5PA 3N2XA 1X1ZA 4JTGA 2BZNA 3W84A 1GTHA 5D32A 2OCZA 3W1QA 3P81A 3NA8A 3WJWA 2TPSA 5SWUA 1TQXA 4LVGA 3B4UA 1PHWA 2AAMA 1DKWA 5FEWA 1JCJA 1FX6A 2BWGA 1W56A 3WK2A 3GK0A 3LHWA 1OX5A 1FBAA 1WQ5A 1KM3A 1NF0A 1FDJA 2OT0A 3BW3A 4IX0A 5K9XA 3W2NA 1R2SA 1TSIA 2DJXA 4N6EA 4FX6M 2ZZ2A 4EIVA 2R8WA 5K4XA 4NXSA 2YX0A 3TFCA 1OF8A 3PG8A 3WK1A 5I3GA 1LTDA 1AW2A 1AK5A 1TMHA 4IQLA 2W6RA 1PV8A 4GBUA 4MPQA 4ZMGA 4FNSA 3R8RA 3BLEA 1Y0EA 4DXVA 3NL6A 3S0CA 1GJPA 1UB3A 1BWKA 1G69A 2FLIA 2J6XA 1CI1A 4MFDA 1PE1A 3DHFA 3UPBA 1VQTA 4AAJA 4N9EA 4Z1DA 2A7PA 3LXBA 3SGZA 1VS1A 5F2MA 4Z0JA 1P0NA 3ABSA 2FPVA 5LKYA 3UWZA 3DI1A 4TIMA 3W1XA 3KVJA 4K7VA 3VNDA 4ADTA 2FQIA 5AYYA 3S8HA 5CKSA 4FNQA 4TMCA 2G96A 3KRUA 3IVTA 1B4KA 3FKRA 3QW4B 1UUMA 1P4CA 1XUZA 3GDTA 5AHLA 1ZAHA 2UV8G 1MO0A 3N14A 4WXYA 4MY8A 2TSYA 4JS3A 5BMWA 4GE8A 3QMTA 5AHNA 3TMQA 1QO5A 3BPWA 3A5VA 1YTEA 3QMSA 5K3VA 1H7XA 2C19A 1KLYA 3NQ6A 4LVBA 1VYRA 3N9RA 4UC5A 2V2CA 2ZCGA 3RLVA 4DO4A 5L9FA 4RZ5A 1KV5A 1B4EA 4A29A 1P0KA 2ZRZA 5FEPA 3QQ0A 1QCWA 2QDHA 3NL2A 4EOUA 2ZRVA 3M16A 4A21A 3V75A 3B0PA 4QNEA 2ZZ1A 1NFBA 3OVRA 4Z08A 4LRTA 1RQHA 1F2JA 4CNPA 3U8GA 5KSWA 5FF7A 4TU1A 4WJEA 2YW3A 3ABQA 4YMZA 1W5OA 3EXTA 2QCDB 1LYXA 1KFCA 1H51A 3OHIA 1I2RA 3G1DA 1OFAA 3A23A 4MJMA 3L66A 1X8FA 1K7XA 4LTSA 2CLHA 1VH7A 5CGQA 3JS3A 4K6AA 3KVMA 4KWWA 5C55A 2R91A 1VGAA 2ATSA 3EWZA 4AEOA 1LLZA 3MUXA 3IVUA 3W76A 1QNVA 5L6UA 5I3KA 4UFHA 2A7NA 2FIQA 1YDNA 3MI6A 4YLWA 5HUOA 3EX2A 3NO5A 2NX1A 3LERA 3W87A 1Q6QA 3ANYA 1LROA 4UUIA 1BWLA 3GDRA 1A5SA 4O19A 3UXDA 4HNVA 2P10A 1OK4A 3G0SA 3T40A 4QM1A 3S5ZA 4ZVJA 2ZA2A 4I7UA 3IIVA 1FWNA 1OF6A 1DBTA 5EPDA 5BMXA 3SW6A 2F84A 3P67A 1IXNA 2A7RA 4P2VA 4IJBA 4IPIA 4RK8A 4DELA 5EY5A 2CZEA 5C5YA 1KW1A 2NLIA 5HQEA 2ZTKA 3NPWA 3PS7A 4ML9A 4DPQA 2Q3RA 1C29A 1ONRA 1JCYA 1QAPA 3LI0A 3S5OA 3UQNA 1VC4A 4UFMA 5G1YA 3UNDA 4XZ9A 1TPVA 2VENA 4JNMA 4DQWA 1DL3A 4WXZA 3TW7A 4YXGA 3L65A 1XDLA 2GJNA 1JUBA 3ZWTA 4IMFA 3TFXA 2GVLA 3S42A 3TC7A 3U6WA 3NPUA 2V0TA 4NX5A 2Z2UA 3C4UA 5D2WA 4LVAA 4DO6A 1YXYA 3TXVA 2C14A 3L0NA 3NZ1A 3CC1A 2FB2A 3HPXA 4NJIA 3STFA 3C52A 1KM2A 4IWWA 2DZTA 5CZJA 1OJXA 2RFGA 1UASA 4AXKA 4CQAA 2V2HA 4HNTA 1V7YA 4WOQA 3IIPA 1K8YA 3HGJA 1Q6OA 1TPUA 2ZZ7A 2E1DA 1KFJA 3G1YA 4JX6A 1SFJA 2GQ9A 3RNDA 4KFNA 4CNOA 8TIMA 2Z1BA 3HG4A 5D2TA 4LC8A 4RCXA 1XDMA 3TC6A 1PCKA 1YXCA 1EX5A 3LCXA 4XKYA 5FF2A 1TPB1 4O12A 3TJXA 3NPVA 1RPXA 3M6YA 1OVDA 4IUOA 4UTTC 3JR2A 3RFAA 3MMTA 3P84A 3C56A 1OFPA 2OJPA 5KZDA 1R46A 1EPXA 3UZ5A 2J27A 2NXIA 4DBEA 5F4WA 1OFOA 3T55A 2EKCA 2QEZA 1YADA 2CWNA 3A24A 3C2FA 1TB3A 2AQWA 5KZMA 4ORMA 1KA9F 2E5BA 1I2PA 2ATMA 1UCWA 2E5CA 4O1BA 1J4EA 4BR1A 3BLIA 2WSRA 3DFOA 2BSLA 1JCXA 3LXCA 4S2CA 4O10A 1FXPA 1RQBA 1O94A 2CFFA 1C8VA 2G5WA 2X1RA 3K30A 4AWSA 2RKXA 2A4AA 2PRHA 4JR5A 1RV8A 3O16A 2VFGA 2Z6JA 1NSJA 1G7VA 3NDOA 3TW6A 3VFLA 1VRDA 1JQXA 5AFDA 3RF9A 1TTIA 1X1OA 4NJGA 4UTUA 4HIBA 3IGUA 4JICA 3M7WA 6TIMA 3I68A 3NG3A 5LGXA 4JY9A 1DQWA 1AG1O 3NM1A 3CHVA 1K7EA 3W1PA 3HGSA 4QJ1A 3TQVA 2VFFA 4UTJA 4MYAA 1BEUA 4HKPA 3W1AA 4UTMA 3A9IA 5G2HA 3WK3A 1FQ0A 4BI6A 4JTLA 3L68A 1OFEA 3MI2A 4GNJA 1B9BA 4IMEA 4O11A 3W74A 1NF7A 1MEHA 1TPH1 1ICSA 1DJQA 4UR7A 2CLMA 3B05A 2Y88A 4LVFA 1IXQA 1XM3A 5TIMA 3DFTA 3OVQA 4L4MA 1IIGA 1FCVA 3LCLA 2ZRUA 5GVJA 3WJZA 2ZZ4A 1T8XA 3UPWA 3YPIA 3LV5A 5FI8A 4IPJA 1Q45A 4LT9A 1OABA 4CCEA 4K7YA 1PVNA 4FO4A 3UZJA 2DZSA 2VFEA 3C61A 2V8ZA 3UWWA 2ZA3A 1ZFJA 2R14A 2WO5A 4BWLA 2DZVA 3HOJA 1ICPA 4NJKA 5FF4A 1TQJA 4QQ3A 3ABOA 1TREA 3T7VA 4WY0B 1QPOA 5DY2A 1WV2A 4LNYA 2YYTA 2QR6A 2CW6A 2RDTA 3A22A 3PG9A 2E6YA 1FY6A 1FCUA 5KZEA 4KFOA 4R53A 4NVTA 1L9WA 3HMJG 3W2MA 1QWGA 1F76A 3M1ZA 3FIGA 3IGXA 4JGDA 2XN0A 1KM1A 4M7SA 4WOZA 4MUZA 1OX4A 4N4PA 4AHOA 5C54A 3R89A 3TIMA 2H8XA 4FHAA 1QR7A 3IIXA 3WK0A 1XFBA 4C1KA 4IX2A 4UIOA 4UXDA 4FIRA 5AN7A 1B3OA 1KLZA 3BV4A 2A2IA 3CM4A 3W1NA 3B03A 1W5NA 3LHYA 3N2MA 3O05A 3OBKA 3PBVA 3SY5A 3G1FA 2VC6A 2NWRA 1ADOA 4EF9A 5U7SA 3V1PA 2GVGA 2OX1A 1X6UA 2C13A 2F7FA 2VEKA 4NJHA 2WSQA 5EBUA 2JKEA 1DQXA 2C1HA 3SZ8A 3SI9A 2V30A 1R2TA 2GUUA 5CSRA 4LRSA 3T4CA 2XN2A 1NEYA 4IMCA 2VOMA 1V5XA 3DH7A 1FDYA 3W1UA 1GVQA 3NQMA 1D3GA 3N34A 5CPLA 2J9ZA 3W2JA 2B0MA 4UFLA 3GLCA 4O52A 5CPMA 5C6MA 3BGJA 5HWMA 4GUFA 1KTCA 2HSAA 1QPNA 4UCGA 2NX3A 3GR7A 4RXGA 4HPXA 4K8EA 2ZQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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