5LNSA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-r5p complex
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
275
structure length
275
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus 98
structure length 275
sequence length 275
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnsA00
1SO5A 1PCKA 1JULA 5F4SA 1VYPX 2HS6A 1FQ0A 1JVNA 4CNNA 4O12A 3GR7A 4WUIA 2ZBTA 1W3NA 3C2RA 4PC8A 3B03A 1V7YA 2QKFA 4AWUA 5D2XA 3TFXA 2W0UA 3QQ1A 3CEUA 3EWWA 3IGXA 4A29A 2J24A 1TYGA 5FF2A 2TYSA 2Q8ZA 3S5OA 1KM4A 1GVQA 4QSHA 1SFJA 4L4LA 1AW5A 4UTUA 1ME9A 4UTTA 2Y7GA 2Y88A 4IXHA 2JGYA 4XBSA 2CFFA 1T99A 2DZPA 4O4WA 3LTSA 5D2YA 1N55A 3L68A 5U4NA 3FFSA 1P1XA 1F5ZA 2PRMA 5L9FA 3P7YA 3HQ1A 4Y9AA 5KZMA 4YL2A 3G1XA 2VELA 3Q94A 3LTYA 5E0KA 3W73A 2FJKA 2QCHA 3S1UA 3WK0A 4P61A 2VC6A 1SFLA 1TPH1 3OG3A 1H1ZA 3FA5A 5TBOA 1SPQA 3MBDA 1C8VA 2DP3A 5BMWA 3P62A 3SZ8A 4NX5A 3TQKA 3MHFA 3OIXA 4PTNA 3W72A 4I7VA 1YLVA 5AOUA 3L5LA 3TAKA 5C2XA 5D33A 2X1SA 3LHUA 3HO8A 3F03K 4MY1A 4A2SA 4MPQA 1Q45A 4Q32A 2NX3A 3ZWTA 3W1QA 4HHPA 3F4NA 1HUVA 3O05A 3W9ZA 3HG3A 1NFBA 1U83A 3OHIA 2R14A 2ZA1A 4C1LA 2YYTA 4UFJA 1RQBA 2ABBA 2C15A 3NPUA 4E2BA 2J9XA 3I7RA 3MHGA 5IM51 4TIMA 1JCLA 2EHHA 2W79A 4UMBA 5DCEA 1WYIA 1KLYA 4XQ6A 4LVFA 2JKPA 1GVSA 3TK7A 3MI6A 2FPVA 1OK4A 4LVAA 1VS1A 4M5PA 1SSDA 2ZZ1A 3UY7A 5HWMA 3E49A 3RFAA 4RV8A 3DI1A 2E5CA 4N6EA 2WSQA 2DZWA 4LUJA 4DBEA 3Q37A 4JIPA 5FESA 3LCXA 2GJNA 2VXNA 5EA9A 1HG3A 2TSYA 3W7NA 4A21A 2Z0IA 3OEXA 2GPTA 5HWJA 1OK6A 5AC6A 4UTHA 3TA6A 1FDZA 2HTMA 1I2PA 2VEMA 4M7TA 2R91A 1W3IA 3NOEA 5F1UA 1K7EA 4ML9A 4UTWC 1XUUA 5I3KA 1L9WA 2QDGA 3LHYA 3GNDA 3MI3A 4ALDA 2AAMA 1BWKA 2EAWA 3O6CA 1LYXA 3M7WA 1VCGA 1PVNA 4GRSA 4PL1A 4UIOA 4KFPA 1QNVA 3HPSA 4ZL1A 3UZJA 1ONRA 4RZ5A 3JRKA 3EX6A 1TPB1 1W31A 1VLWA 2Y7DA 3CHVA 4K7YA 1S5TA 4K8EA 4MJZA 3S1VA 2FB3A 1KTNA 1Q6QA 4UCGA 3C2OA 4FNSA 3LV6A 3MP5A 1OFEA 4A22A 3WK2A 2CLHA 3EKLA 3CT7A 3L5MA 2NLIA 4XUGA 4JYEA 5DY2A 2YZRA 2H3BA 4WY0F 3PSVA 4BI5A 3R5EA 4ONVA 1SR9A 4WY0B 5CPMA 5FEZA 4JTKA 4MVAA 3NQDA 3PC0A 1FUYA 2NUWA 3E96A 4N9DA 2FDSA 3EX3A 1TCDA 3WJYA 4GWEA 1GT8A 1UASA 3S42A 3HG2A 4DF2A 5K4ZA 1GVRA 3S5YA 1IXPA 3S0CA 4N6FA 5A8GA 3UD6A 1C29A 3TW6A 1SO6A 2Y61A 3EWUA 1WBHA 5KTLA 1TTQA 2XFWA 4NQ1A 3FKRA 3M44A 2EF9A 5I3HA 3CTLA 3OVPA 2KZHA 2RKXA 4JTTA 1JRCA 3TR2A 3NG3A 3IIZA 4CCEA 3GR8A 1OFDA 3L0NA 4B5NA 5A5WA 4N4QA 1OVDA 4OV4A 5DXXA 3PUDA 2J27A 4HNTA 1EIXA 4CCDA 2NV1A 2ZRZA 4JX4A 5DY3A 3CQ0A 1RD5A 3BVJA 1W5OA 2ZQ0A 2QCFA 2A2IA 2ZZ4A 1A53A 4O1CA 2DJLA 2WNNA 3W2JA 1GJPA 3W7QA 3F4WA 1VPXA 3I6RA 1GPWA 3IV3A 4TMBA 4HNVA 1TPC1 3SR7A 1TTPA 4UR8A 2X30A 1G4TA 1IXNA 1K3UA 4FXSA 4QNEA 1B57A 3DAQA 1ZHAA 5C54A 3N34A 2WQPA 1RV8A 4JYDA 3W1PA 4PA8A 2JKAA 3STEA 3QH2A 5D03A 1KA9F 1QOQA 1W5QA 5BNKA 4EVZA 3BLEA 3S6DA 3LCLA 4TO8A 4NJHA 1HL2A 3NNTA 5G4EA 5FI8A 1GG0A 2FIQA 3F1QA 3HB9A 1UJPA 3P81A 3WK3A 3PR2A 3LHWA 3HF3A 5F2MA 5EMUA 3CLMA 3TJLA 3PM6A 3RNDA 4NNCA 3N9RA 1LTDA 2ATMA 2I14A 1QPOA 1S5WA 1O94A 4OV9A 1RR2A 2YR1A 1F05A 5LSMA 3B05A 1H5YA 2P1FA 1OFRA 1JCNA 2CLOA 4H4IA 5K3VA 3GKAA 3BG9A 3A21A 4FX6M 3LHVA 4MZ8A 4MLJA 3UQNA 3W1UA 3TKFA 2P0OA 3W1AA 2Y70A 5HJLA 5HNRA 4KFOA 1L6SA 4HKPA 1KBIA 2X1UA 4DO5A 4HPJA 1PE1A 5CPNA 3LRMA 3OA3A 3OBKA 5HUOA 1ZAJA 4OBTA 2ZYFA 3V1PA 3O06A 3EWYA 5HMSA 2E6AA 5AB3A 1I4NA 1N7KA 3DFPA 4OT7A 2C13A 2ZZ2A 5CZ0A 1KFKA 3W2UA 4Y90A 2A7NA 3LRKA 3CB8A 3PBVA 1EB3A 4UFHA 4JTIA 3N3MA 1G67A 3MWAA 4I7WA 3M5VA 4NNAA 2TPSA 3C2EA 1DQWA 1YXCA 1FDYA 2WOQA 1FCQA 3A23A 3NQFA 4LT9A 2E09A 3DU0A 1XBVA 3W1MA 1LRNA 3D0CA 3WK1A 4FIRA 1BEUA 1S3HA 1TV7A 5DBTA 3C4UA 3KVLA 4OGZA 4AHOA 3B06A 1G7VA 3P84A 4LNYA 4LWWA 5E93A 5FF0A 4K7VA 3HGRA 1OX4B 2GJLA 3NQCA 2YGYA 3C52A 4OQVA 2B7QA 1TJRA 1VHNA 3QEZA 4DELA 3PBYA 3C61A 5DLCA 1XBXA 2GQ8A 1GG1A 1W5MA 3GZ3A 5AHEA 4JICA 2RH9A 2B7OA 1R46A 1XUZA 4QM1A 1F6KA 4JXCA 3U8GA 3E9AA 1XCFA 4HIBA 4JD4A 5CKSA 1XM3A 4S2CA 4MKNA 3W3OA 3L0GA 1D9EA 2G95A 3PSWA 1AL7A 2PRHA 1F6PA 2V82A 1NSJA 3M5YA 2V81A 3KRZA 3DBPA 3W2MA 5AN7A 2GQAA 5F2LA 4UTWA 3W2NA 2E6FA 2PCQA 3GDRA 5G1TA 3PUOA 2QAPA 4H3DA 1AK5A 1EWDA 5DXYA 5H2ZA 1SU5A 3EX2A 5T26A 2RDWA 1D3HA 1R2SA 2H6RA 3IIOA 3A5FA 4JDYA 4NXSA 2VKZG 1H61A 3M5ZA 3LERA 2BZNA 2NWSA 4CNOA 3QZEA 5F1VA 5HWNA 1QWGA 1RZMA 1LLZA 4ORMA 5HINA 3N73A 1NF7A 6TIMA 3BW2A 3CWOX 2WV8A 2CLLA 4JDBA 4X2RA 1EUNA 4Z08A 3EKZA 3W7CA 1JQVA 4XTIA 2Y7EA 3B0VC 3GAKA 3KVJA 4G1KA 3GLCA 3TMQA 1LORA 4U4MA 2NX1A 3THAA 5LNWA 4O16A 4OE7A 3QSRA 3TQVA 2ZDRA 3KOFA 1FWRA 4EOUA 4R53A 2PC4A 3NL6A 3BARA 2BWGA 3L5AA 1FXQA 1VQTA 3MI2A 1CX9A 4LVDA 1H7OA 2CU0A 3DFOA 2C1HA 1P5BA 4NVTA 2B4GA 4O10A 1WXJA 5ABTA 4O52A 2Z2UA 3LLFA 2WPBA 4O50A 1WOAA 2ZRWA 4O19A 3W87A 2ZRXA 2A5HA 1H7NA 4BI6A 1YDOA 1GTEA 1VLIA 4MUZA 4FNRA 1ZY9A 3W84A 3W74A 1JUKA 1XBZA 4JTFA 3LCIA 5D05A 2BXVA 3HPXA 3A5VA 3NPWA 3PF3A 1Z44A 1FWTA 4FX8A 4ZQPA 3SJ3A 4CQ8A 6ALDA 4LV4A 4IGHA 3BPWA 1LRTA 1TO3A 2AQWA 1IF2A 3DXIA 1H51A 1AL8A 1L2UA 3GIYA 3GYEA 4DEFA 2YXGA 1SQ7A 1LRQA 3CIXA 4FHAA 4IJBA 3W1RA 4Z1AA 3W7JA 3HMJG 1XBYA 3UWUA 1CW2A 2Z6IA 3EWXA 5IBXC 5D37A 4MY9A 2ZZ7A 1DV7A 3MYOA 1RQHA 5KZEA 1JUEA 3NM3A 1A5SA 5DBUA 4Q33A 4ADUA 4O4VA 3VE7A 3H53A 1JR1A 5CGQA 2TMDA 3M43A 4LVGA 3HIJA 5HUPA 2GOUA 1FCBA 2TRSA 3GDKA 4JN6A 4KWWA 1KM6A 3G1DA 4UFLA 3MBFA 2WNZA 4TMCA 3KHJA 3PVFA 4IOTA 3NQ2A 2Z1BA 4WY0A 1TPVA 1H7WA 1VCVA 3BG5A 4W9TA 3IEBA 4IXXA 3LXBA 3NZ1A 4UFIA 1TIMA 3NPVA 3A9IA 3G8RA 4LC8A 3BG3A 3M16A 3MO7A 5EL1A 2CLIA 4AMAA 5BRBA 1LZOA 2J88A 1K7FA 3LBMA 2VENA 3L67A 5AC7A 2QCNA 4MLRA 2O7QA 1LBFA 2PURA 1FXPA 4XTDA 2QJGA 1W8SA 3QMRA 3PS7A 1OF6A 1DORA 1I2NA 5F4WA 3T4CA 2DZUA 5AFDA 3DKJA 3TQ0A 2OT1A 1SW7A 5EPDA 3T40A 4GFSA 3ZFHA 2D73A 3GDTA 2CLKA 4JX6A 4PCFA 3SGZA 3JS3A 4DQWA 2JK2A 3L66A 3UXAA 1UCWA 2WJZA 3PB2A 4XZ9A 3A22A 1M7OA 4UFMA 4AF0B 1H1YA 1HO1A 5H91A 5KMYA 3G1YA 4Y6GA 3N19B 3DZ1A 1C9DA 2HS8A 5I3FA 2ZA2A 3G3MA 4MYXA 1GVFA 3FYPA 3INPA 1TMHA 3T44A 1KM5A 4WOZA 4WJEA 3W7HA 3NXFA 3DFQA 1THFD 3PB0A 4O1DA 2QCGA 2PRLA 2YDAA 4FNPA 3HGSA 3NQ7A 1O4UA 4LUIA 3PUEA 3O1NA 1J5TA 4FNQA 5KZDA 3N9SA 2GUUA 1YDVA 4U28A 4K37A 3W85A 3R13A 2A4AA 1TPUA 4JYFA 3IVSA 3DH7A 1QAPA 3W1LA 2C6QA 3O6YX 1B9BA 4N9EA 2E68A 1VRDA 4NT0A 4NX0A 2JGQA 3NQVA 1EP2A 5CPLA 4FO4A 1JCJA 3TSDA 4O11A 5HULA 1DVJA 5DCBA 2BTMA 1NEYA 3TX9A 3TXZA 4N4PA 1KLZA 1G4EA 5G1YA 3TMLA 3W23A 1TRIA 2CZEA 2GVJA 5G2HA 5LKYA 1IXQA 1KFLA 1JCXA 2I1OA 2WO5A 3PBUA 3HBLA 5I3GA 3O8AA 2V2HA 4WXZA 3W86A 1OF8A 2BLEA 3FEMA 3G0XA 3NVTA 2CLEA 2HSAA 3IGUA 2Q3OA 2ZZ5A 2G97A 4JTGA 1ICSA 1F2JA 4UTKA 1DL3A 3CM4A 3S9YA 4RX0A 3DHFA 4FNTA 2FLIA 5F2GA 1MSSA 3P60A 3UPBA 4RCXA 4ZVJA 5KITA 1AW2A 2BX7A 3EXTA 3B8DA 5AHIA 3LXCA 2B7PA 5F2IA 4X3ZA 2WSRA 1WDWA 2A85A 2EGZA 1YTDA 2QJIA 3O07A 4Y96A 3EX1A 3IVUA 2YX0A 3P8IA 3UWVA 2J6XA 5LNSA 3ELFA 3NL2A 4RK8A 1KM0A 1DOSA 5CZJA 3CC1A 1EUAA 3TU9A 1OX4A 4O1BA 5K2ZA 2OMAA 5LNUA 3M9YA 4IQLA 3L2IA 2YW3A 4IMGA 3KAOA 1JQXA 3QMSA 1W56A 2RFGA 5J5DA 3EB2A 3NQ8A 1TTJA 4DF1A 3C2FA 4AXKA 4I7UA 3W7IA 2V5LA 2H90A 2NXHA 2X16A 1G69A 3QPZA 4IPJA 4GUFA 4IX0A 1I2OA 3M47A 4UTTC 1NAL1 1H7RA 4DF0A 1ZENA 5MHBA 1RVGA 3RU6A 4K36A 5FEPA 4KKXA 1I8JA 5I3JA 4EF9A 1LDCA 1GTHA 3S1XA 1K7XA 1J2WA 4OU1A 4ORIA 2OT0A 4HT3A 3ABRA 1IIGA 4AHQA 1OFOA 4Y8FA 4JIQA 4ADSA 2A6NA 2X1TA 3W1NA 1QPQA 3P61A 2FFCA 5D2TA 4UC5A 1LROA 3ABQA 3OVRA 3B04A 2ZRYA 4O28A 3TC7A 4A2RA 3N2MA 2X2GA 5AYXA 4GJ1A 1JJKA 3MMTA 1OX6A 2IQTA 2CZ5A 3ATYA 5IBXA 2NXIA 4O53A 3V75A 2VEIA 1A5AA 1K02A 2F7FA 1EPXA 1QPNA 4ZQRA 1TRDA 2Q3RA 3HGOA 1BWLA 2E5BA 2Y85A 3ABSA 2VFEA 1LOQA 3DFSA 3S1WA 3NQEA 5D09A 3ATZA 4IX2A 3LB0A 2QCDA 4GUIA 4GUGA 1OX5A 2EPHA 4O0KA 2Y7FA 3SY5A 4M6VA 1ICQA 4LC6A 4OHQA 1X1ZA 2CWNA 1M7PA 1LLWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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