5LNSA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-r5p complex
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
275
structure length
275
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 98
structure length 275
sequence length 275
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnsA00
4ONVA 2JKAA 1JVNA 1GTEA 3TFCA 4UFLA 2QDHA 5MHBA 5F2LA 4LNYA 3HQ1A 3QSTA 3I6RA 4IMDA 1VYPX 1GVQA 1M6JA 5D2YA 1GZGA 2CLMA 4GUIA 5KINA 2ZZ6A 3M5ZA 4WUIA 2TRSA 2HSAA 4NXKA 1WA3A 3OIXA 3N9RA 1H60A 5LGZA 3KRUA 3L2IA 3P7YA 3UD6A 3UZ5A 1AW5A 1ZAJA 4O57A 5AC7A 1A5SA 2ABAA 1QPOA 4N4QA 1MZHA 1KM3A 4LT9A 1ZY9A 4O1BA 3DHFA 1SO4A 3CM4A 2BWGA 4POCA 1SSGA 3F03K 2Z1BA 1DVJA 1KV8A 2P10A 2XN1A 2HTMA 3W22A 4QJ1A 5T26A 4JYEA 4I7WA 5G1TA 1DKWA 1PHQA 5DCBA 3P5ZA 1Q6QA 5L9FA 1D3HA 1VJIA 2CLOA 5CGQA 3LDVA 3KVKA 4N4PA 3W70A 5FESA 2OX1A 2E68A 3NDOA 1ONRA 3TC6A 3EXSA 3NL2A 2C14A 1Q6RA 3UZJA 1H62A 3EWUA 4N02A 2TPSA 4IWWA 4WXZA 5CPMA 2CZEA 3KVLA 4UTTA 1VR6A 1JUBA 4RZ4A 3W7MA 4JX6A 1YPFA 5KITA 3RU6A 4HT3A 4XWUA 3YPIA 1ALDA 3L5LA 2R8WA 3ELFA 1OFPA 3IVSA 3VNDA 4WY0F 4FNTA 3CU2A 1TSIA 1GYLA 2CLEA 4UXDA 4NU7A 5CSSA 1TTPA 2JGQA 4WXYA 1OF6A 3QM3A 3TU9A 3BARA 4IGHA 4LVAA 4JICA 4PFMA 3NQAA 3A5FA 2V5BA 4PC8A 3TW6A 2J6XA 3HO8A 1I2QA 3DFOA 1YDOA 1X6UA 3G1SA 2J9ZA 1D9EA 3SI9A 2ZZ3A 1DJQA 3TC7A 1GVFA 4MUZA 3EX3A 3PSWA 4MIMA 4PCFA 5CZJA 1RR2A 2QCDA 2YW4A 3CC1A 4Z08A 1BEUA 4O1DA 4MFEA 3PR2A 3S8HA 1FCUA 2RDUA 4O15A 2Y7GA 5G2WA 2QJHA 1TPWA 3LCFA 2VFHA 4JTSA 3Q2DA 2NUXA 4MY9A 2YGYA 1H7RA 3W1RA 3LHYA 2C3ZA 2CLKA 1Z44A 3B04A 3VI2A 5DCDA 5F2MA 2FTPA 1XL9A 4O10A 4ADSA 1ICSA 4CNPA 4WOZA 1MEIA 3C2VA 1K7XA 1GQNA 2V30A 1OG0A 1KM0A 2J9XA 4JTKA 3TW7A 3DI1A 2DP3A 1LLZA 3KX6A 1DL3A 3EWZA 1VHCA 4WQ6A 2Z0IA 4UNKA 5HWJA 3E96A 1M5WA 3H54A 3TFXA 3TDFA 4LVDA 2DORA 2QR6A 1RQBA 3UYCA 1YDVA 1HFBA 2ZZ1A 3LBCA 1WOBA 2NX1A 3QW4B 3W7JA 4CCCA 3NGJA 4W9TA 3W1MA 1I45A 1JCJA 1X8FA 4XZ9A 2X1RA 1XC4A 3OBKA 5FF3A 5IM51 1M7PA 3M5YA 4XBSA 4Q4KA 4E38A 5EMUA 1W31A 4LVGA 3HBLA 4H4IA 2RH9A 3NPUA 1H7OA 1R47A 3P82A 3TSDA 4MKNA 2FQIA 3ATZA 5F4WA 1SU5A 4XTIA 5D2XA 2HS6A 4O18A 5LHFA 3LHUA 4JX5A 5TIMA 3Q58A 3EKLA 3NYZA 5LHEA 2UV8G 3LV6A 4RXFA 4UTHA 3IIPA 2VFIA 2JBMA 4ORIA 3UWYA 4AAJA 1PCWA 4YXGA 2Y88A 3TJXA 4NNAA 4BI6A 1SO5A 5LGXA 3IV3A 3W83A 2Y7EA 2PE4A 1HO1A 3FA5A 2RDTA 1PCKA 3PBWA 1FUYA 1QPQA 5HUPA 3TR2A 3LERA 3VKJA 5HJLA 2DZVA 3ZS4A 3EKZA 4JTJA 4UR7A 3NQFA 2WO5A 3DHDA 3MHGA 5K4ZA 5CZ0A 2ZZ4A 3PBUA 3S5YA 2NWRA 3OVRA 2ZA2A 3NR0A 4MPQA 5LZLA 1OABA 4UTLA 1DOSA 3GR7A 4IX0A 3PVFA 4M6VA 2QCHA 3QH2A 5A5WA 2PRHA 4PL1A 5C55A 5CZSA 5AHLA 1BTMA 3C4UA 2VC6A 3GAKA 2TYSA 4JXCA 2V0TA 4FX7A 3C3NA 1X7FA 2QEZA 3P8IA 3L21A 4R53A 4QITA 1ZCOA 3TX9A 4TR9A 3VCRA 5FF0A 4HPJA 5I3JA 2WPBA 5AC6A 1VLWA 4NJJA 1WXJA 3DAQA 3NM1A 1TPEA 2QKFA 4QISA 3PB0A 3W1UA 2GPTA 3WK1A 2ZRWA 4JIQA 1J2WA 5ABTA 3CLMA 2Z6JA 4QIUA 1TPB1 2ZTKA 1W54A 2DZUA 3TQ0A 1TREA 1EPXA 2CW6A 3NQMA 2P0OA 1IGSA 2GQ8A 3S1WA 5D30A 4FNRA 3PAJA 1Z42A 2ZFAA 3IIXA 3PBYA 1K8ZA 2JKEA 1F6KA 1RV8A 4PTNA 1F74A 4N9BA 5K9CA 1HUVA 4BWLA 3WFAA 3LLDA 1GYNA 4RZ6A 3QPYA 1LOQA 3DFQA 3G18A 4NVTA 2A6LA 3T44A 3DGRA 1HL2A 1GEQA 1LYXA 2DJLA 4GXMA 4B5NA 2QCDB 5E93A 3RF9A 5AHMA 4ZQOA 2A6NA 3M6YA 3HIJA 3ABRA 2YR1A 3IVTA 4PA8A 5L6UA 4DF1A 3GNNA 4M7TA 4QNWA 3WK3A 1XI3A 2NZLA 4RX0A 4IPJA 3G3DA 2GJNA 1BWKA 2CLIA 2ATMA 2ZZ2A 1R46A 1OX5A 4JYDA 2G5WA 3C56A 2AGKA 3PBVA 2E5BA 5K9XA 3C2EA 3S5ZA 1EUAA 4O0KA 2QCMA 1XFBA 1A5CA 3EWWA 3LXAA 3R12A 3PF3A 4Z0JA 3W74A 3L0KA 1W56A 1JRBA 2Q3OA 1VH7A 1JCXA 3RNDA 2PC4A 3C61A 3SW6A 4S2CA 1QPRA 3NZ1A 1YYAA 2B7OA 3V1PA 4OT7A 3QMTA 3HGJA 2C1HA 5CPOA 3LHVA 4NT0A 3W1AA 3QPZA 1P4CA 2NXHA 1TPVA 2I14A 3M5VA 2Q8LA 4CQAA 2WSQA 2XN2A 5GVJA 3DZ1A 4GJ1A 3S1XA 3LB0A 1FWSA 3M41A 1JCNA 2YPIA 5LKYA 3GK0A 1LOSA 5IBXC 2A2IA 5FF4A 3E0IA 1XDLA 1TV5A 4QM1A 3QYQA 2GQAA 2ZA3A 3EEGA 3S42A 1AL8A 1W3NA 1TMHA 3OVQA 2C15A 3GR8A 4K6AA 3E49A 2CZDA 1JQVA 1T96A 3VFLA 3HPSA 4IPIA 1P0NA 3UWUA 1KLYA 2ZZ5A 1SO3A 4BF9A 2AQWA 1QNVA 3KVMA 3DI0A 4EIVA 3GDKA 1TPFA 4UC5A 2H90A 2WNNA 1F5ZA 1OYAA 2C18A 4DO6A 3FIGA 2GVLA 3O6CA 3I65A 1FCBA 4I7UA 3C0JA 4O50A 1X1OA 1H1YA 4O1AA 1XBVA 4UFKA 3G8RA 1O5XA 2XN0A 3UWZA 4P2VA 3DFTA 4LS2A 3M43A 2OZ0A 3ABSA 4GC4A 5HUOA 1UJPA 1AW1A 3GZ3A 3HOJA 2RHGA 3P61A 5I3FA 2WV8A 3LCXA 3T55A 3QMRA 5I3HA 3TSBA 2WOQA 1XXXA 1QFEA 3W7KA 4EWND 4FB7A 5FF7A 1LDCA 4EF9A 3FEMA 1F7BA 3P60A 3W71A 3TH6A 4LRSA 3PB2A 1OFQA 4FHAA 5BOOA 4P61A 1W8SA 4E0CA 5U4NA 5LNUA 3DKLA 3O6YX 5FEXA 3LXBA 3G1DA 1OFAA 3PSVA 4IXXA 4UFJA 1A50A 1LOLA 1IXOA 4FNSA 1GWJA 1QOPA 1FWWA 3B4UA 2CU0A 3W7DA 1KTBA 4LC8A 1F05A 3FFSA 3WK0A 3DU0A 2AAMA 1C8VA 4MLRA 3NQ6A 4XBKA 4Z0SA 3O07A 3SFKA 1KTNA 1G67A 4ZQRA 2NV1A 1OFOA 4UFHA 1AK5A 3L68A 3W7EA 3T7VA 5E0KA 5KSWA 1K7FA 2VXNA 2H3DA 1F6PA 4RZ5A 4KKXA 2WNZA 1XDMA 3CEUA 4RLIA 5AOUA 2PURA 3HB9A 4N9DA 4JYFA 4CNNA 3FJLA 1VRDA 2G97A 1TV7A 4NQ1A 2QJGA 1FXPA 4JIPA 2VFGA 4LW7A 3DKJA 2VOMA 1XBYA 2FLIA 4A2RA 3SECA 3MHUA 3M0ZA 2GVJA 3ANYA 1XUUA 3C52A 3GDLA 1WQ5A 2E77A 1UASA 1ZENA 1ICPA 1NFBA 3W86A 4QSHA 3NQCA 2B7QA 4Y90A 2WNQA 4IJBA 3C2OA 3MWAA 3PG9A 1GOXA 4RR4A 3WJYA 1G4SA 1FBAA 5LNSA 2B7PA 2FPYA 4Q33A 4UTJA 1L6YA 4MJMA 1QDSA 3N3MA 4UMBA 1S3HA 1G7VA 3G0UA 1W37A 5K7JA 2VFDA 4FNQA 4FX8A 3O63A 4UFMA 3M1ZA 1F76A 3E9AA 5DY2A 1KFLA 2JK2A 2FJKA 1G4PA 5CZTA 3F1QA 3O15A 4M7SA 3FOKA 1SFJA 4JY9A 1UUOA 1LRQA 5DXYA 2ZRVA 4AF0A 5CSRA 4WY0B 3R5EA 2FPTA 1Q6LA 3EWXA 4A21A 1R2RA 3LRMA 5DBUA 5AB3A 4M19A 1GG0A 1NEYA 1GVRA 2R14A 3G1AA 5A8GA 3QQ0A 4MYXA 2BZNA 3UXDA 1VYSX 1YXYA 1SW7A 3W85A 4A22A 1L6WA 2OT1A 2FB3A 1OF8A 4LS1A 1O60A 4IUOA 2ZCGA 1U83A 3MP4A 4TX9A 1Y0EA 4FIQA 3W76A 2CLFA 3FS2A 2B0MA 4N2YA 1ME9A 2FB2A 3STGA 2YW3A 1KBIA 1IXQA 3LHZA 4K38A 4LOCA 3FLUA 2DZPA 3W7LA 1R2TA 5AYXA 4KWWA 4OQVA 3V75A 6ALDA 3KAOA 3S1VA 1ME7A 3BV4A 4YWIA 1NVMA 4A29A 4LVBA 1P1XA 4Y8FA 3G1XA 2GUUA 3SIZA 4HIBA 1V7YA 4Z1BA 3TNOA 3LCHA 2E5DA 5DY3A 1TJPA 3W1XA 2OCZA 2XFWA 3NVTA 3VE7A 1YTEA 4KFOA 2NUYA 2GJLA 1T0OA 4UTWA 3W2MA 1OX4B 5FI8A 4UMAA 2WJZA 5AHIA 5J5RA 1THFD 3A21A 4Q32A 1MEWA 4JTGA 4FXRA 4N6FA 3QZEA 1L2UA 3TIMA 5AC8A 1ZNNA 1WBJA 1H7WA 4XKYA 3EX1A 1OVDA 4UTTC 2VELA 4AHOA 4JNMA 3G0XA 1H50A 3GKAA 2BX7A 2Y7DA 3BW2A 3MHFA 3R8RA 5G2IA 3B05A 4BR1A 2NX9A 1OYBA 4Z1CA 3LCLA 3DFSA 4FO4A 3BVJA 5HR7A 5BMWA 5D32A 3P62A 5AFDA 3LLFA 2QCFA 3L67A 4AEOA 3TK7A 4CNOA 5I3IA 4O8RA 5FF2A 3ZR4A 2J27A 3MP5A 3NQEA 1FWRA 2TMDA 3ABOA 1A5AA 4O19A 1TCDA 1YXDA 4X2RA 3S1UA 4FXSA 1OHLA 5EA9A 3P67A 3TXVA 4NX0A 4MYAA 2OT0A 3B0VC 3S0CA 2QUVA 1W3IA 5EKYA 1JUKA 3RMJA 1HTIA 5D03A 5D2VA 2TSYA 3F4WA 5K3VA 3GNDA 1QAPA 1QCWA 1SUXA 5TBOA 5SWUA 1KFKA 4IMCA 1XBZA 2BSLA 4JTLA 3GKFA 2H3BA 3SR7A 2GOUA 1DQWA 1TPDA 1XKYA 2P1FA 3LHWA 1W5QA 3KRZA 4NNCA 3LOTA 4JGDA 2RKXA 4IQLA 5K4XA 2YFNA 4UCGA 1L6SA 3EB2A 3W7NA 1VPXA 4HNNA 2VEIA 4YMZA 1SO6A 3CPRA 5D09A 3QSRA 4GBUA 3M44A 3TQKA 3GVGA 3W88A 7TIMA 1J5TA 4LRTA 4XTDA 1KW1A 1TV8A 1UBSA 3NQGA 3NQ8A 5EL1A 3H55A 1LRTA 1RQHA 2HS8A 5H2ZA 4O14A 4S2BA 2Z2UA 4OE7A 1DORA 3TCEA 3C8FA 1ML1A 3FJ6A 3KVJA 3A22A 4CLMA 3W7HA 4IMFA 1RPXA 4U28A 3I7SA 1FXQA 1LLWA 1R30A 3HJZA 3QEZA 4LU0A 4S1FA 2WQPA 1O95A 1W0MA 2EF9A 3GX9A 1RQEA 4O11A 2CLHA 1N55A 3LTSA 4ZZ9A 1SW3A 3NL5A 3H53A 3ABQA 2X1UA 2X16A 4R34A 1JCYA 4LS0A 4NXSA 3LI1A 3KOFA 3UY7A 5HWMA 1XM3A 2ISVA 3GXPA 3NQVA 5HNRA 3N73A 5J5DA 4WJEA 4AH7A 3LTYA 3HGSA 4QAIA 3EWBX 1LBMA 4ZQCA 3TE9A 3MBDA 3NG3A 4ALDA 3KXQA 3E02A 1I2NA 4LV4A 3L65A 5LNWA 4AWTA 2NXGA 2Y70A 1TQJA 2ISWA 4I9AA 4EOUA 2RFGA 3W73A 5CPNA 3UPBA 3DXIA 4X22A 5KZMA 2A7PA 2ZTJA 3L5AA 1O94A 1Q6OA 1Z41A 3QMSA 4ADUA 3LI0A 4O28A 2A5HA 3W2KA 1TIMA 3MUXA 1GVOA 4JR5A 6TIMA 3N19B 1F73A 2Q8ZA 1EB3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W8G A;  1XIS A;  3BJS A;  4R5E A;  3EKG A;  4ONV A;  2JKA A;  4MGG A;  2ICS A;  5JBD A;  1TIW A;  3H8A A;  3TFC A;  4Q3M A;  2WHL A;  2QDH A;  4J3S A;  2I5Q A;  1QI5 A;  4EPK A;  2CLM A;  1FHV A;  1OT1 A;  2G3J A;  2SFP A;  4D1J A;  5LGZ A;  3UCQ A;  4A4A A;  4PTX A;  2W3Z A;  3UD6 A;  4B5U A;  4CEU C;  1AW5 A;  1ZAJ A;  2EJA A;  3VGF A;  1A5S A;  3F4V A;  5KZ6 A;  4HCL A;  3GVR A;  3VU2 A;  2YCI X;  4N4Q A;  4C6L A;  4LT9 A;  2NQH A;  3L4X A;  4IFR A;  1E73 M;  5LXE A;  4B16 A;  3F03 K;  1LG2 A;  1DVJ A;  1KV8 A;  5FOO A;  3FDG A;  2Q71 A;  1DIE A;  4QJ1 A;  2I56 A;  1R3Y A;  1Q6C A;  5H8U A;  1DKW A;  1PHQ A;  3BUV A;  4DYE A;  4Q8O A;  2O0T A;  2VQT A;  5CGQ A;  4GI8 A;  3KVK A;  1F3W A;  5FES A;  4TX8 A;  3N2C A;  5A94 A;  3M0I A;  3EXS A;  2V5D A;  5BOE A;  1Q66 A;  2C14 A;  4HYR A;  5HMF A;  2WWD A;  2TPS A;  4IWW A;  2WJD A;  2CZE A;  3BJT A;  4UTT A;  1VR6 A;  2HWG A;  2PBO A;  4MDO A;  3RU8 X;  4EAY A;  2GQ3 A;  3E6E A;  3WD4 A;  2WJE A;  3ELF A;  1QHP A;  1KR0 A;  2VR2 A;  5CSS A; 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