5LNU | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	277
structure length	277
Chain Sequence	SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Arabidopsis thaliana
molecule keywords	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus	101
structure length	277
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2016-08-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5lnuA00

3QEZA 4DO4A 3FKKA 3PR2A 1RR2A 2TMDA 3A23A 3OG3A 4N6EA 4J9JA 3TA6A 3C2FA 3KXQA 1WX0A 3YPIA 2GQ8A 3STFA 3W7MA 2ISWA 1KA9F 4YWIA 3W3OA 1Q6QA 2FTPA 1QFEA 3TW6A 2GVGA 3MYOA 1TCDA 3GIYA 1GVQA 4CNNA 2QCLA 5I3JA 2ZRWA 1SZGA 2FB2A 2FJKA 2DP3A 1C9DA 1H7NA 5FEZA 5AHLA 3M47A 1WDWA 2WSYA 5KZDA 3DFTA 1R30A 3EKZA 1YLVA 5U7SA 1OYBA 3G8EA 3T40A 2QJHA 5BMWA 3E96A 3O15A 3BK0A 1TTJA 1O95A 1P0NA 2ZCGA 1SO3A 2V2CA 4UFJA 3CWOX 3QYQA 4FNSA 2I14A 4XTDA 1EP1A 2DORA 3LRLA 2WNNA 1LOQA 3BPWA 4NJKA 1IXNA 3LRMA 3Q94A 3NEVA 1XDLA 1S5VA 1VCGA 1KFEA 1RZMA 2RDWA 3W7HA 5AC8A 4BWLA 3B0PA 3G0SA 1WOBA 3QMTA 3O06A 4FXRA 3W1AA 1OVDA 2C15A 1RQBA 2NWSA 3B0VC 3RLUA 1OJXA 2NX9A 5CPMA 1HO1A 4K6AA 1XBYA 3TC7A 1LYXA 4HHPA 3NR0A 3MWAA 1A5SA 1HL2A 1XFBA 3W1MA 2VOMA 1OYAA 2QUTA 1G7VA 3NGJA 2ZRXA 4AVFA 3HGOA 5C6MA 5AC6A 3G8RA 5H91A 5FF4A 3INPA 4QM1A 3U8GA 1WA3A 4ADSA 1DHPA 5J5DA 5G4EA 3TSBA 1FDZA 4PA8A 2V30A 4O8RA 4O50A 3PB2A 4NJJA 4Z1CA 2KZHA 4IUOA 3SGZA 3C2VA 3FJLA 2XFWA 4I7WA 1GG0A 4E2DA 1EA0A 4AAJA 4RLIA 4R34A 2NZLA 3PY2A 1DORA 1LRTA 3G1YA 2QCDA 3MI2A 2DZTA 1OABA 2ZZ7A 5DCEA 2GJLA 1OX4A 3HIJA 3S1XA 3W71A 2ZA2A 2B0MA 3QJAA 4A22A 3NQFA 1GPWA 3W1RA 4FIQA 3N14A 4O28A 1F6KA 2CU0A 3CIXA 1W5PA 1Z48A 1TYGA 4PH6A 2C16A 5KSWA 1OX6A 3IIXA 3GXPA 3CTLA 3QZEA 4ZVJA 2DZVA 3M16A 4LTSA 1N8FA 4WOZA 4O0ZA 2G95A 1M6JA 1DQWA 4MYAA 4Y6GA 4ZZ9A 3TAKA 1LCOA 2WPBA 3FFSA 3NM1A 2A21A 3S1WA 1M7PA 1LP6A 1ME7A 3TXVA 2A0NA 4LS1A 3M5ZA 2VFHA 4N9DA 2DZSA 1QMLA 1KM5A 2RKXA 1J4EA 2V82A 2AQWA 2ATMA 4MZ8A 1B4EA 3LCWA 4G1KA 5K2ZA 2NX3A 1W37A 4JTIA 3USBA 3WJYA 4AH7A 3NO5A 1FY6A 1OFAA 1OF8A 1EEPA 1M7OA 3QSRA 3GDTA 3DFSA 4TX9A 2FB3A 3W1TA 4JICA 3L5LA 1XBVA 3UY7A 5AHIA 4DF0A 4JN6A 4UTLA 3WJZA 1L9WA 3L5AA 3EX6A 1GG1A 4GUFA 3Q58A 2A7PA 4K36A 3IVTA 1K8YA 2VXNA 1I2NA 1SO6A 2NV1A 3BG9A 3IGXA 1GQNA 3I6RA 4OBTA 1TPDA 4YL2A 2BSLA 3GR8A 3VFLA 4FX6M 1JVNA 4O11A 4U4MA 3PG8A 2Y70A 3L66A 5F2GA 2C18A 4BI5A 3W72A 2FIQA 2AGKA 1V5XA 2QF7A 3BGJA 1W56A 5G2WA 3FJ6A 4XTIA 8TIMA 4LVBA 2FLIA 2A4AA 1L6SA 4LOCA 4M5PA 5EL1A 3GAYA 1G4SA 4LUJA 4JGDA 5CPLA 1LRNA 1QPOA 3N9SA 4MFDA 3PUOA 3TU9A 1XDMA 3QRHA 4JNMA 1KBJA 2H6RA 4IMDA 5D38A 3LTPA 2V81A 1UASA 3DFQA 4W9TA 1PHQA 2EPHA 5CZ0A 3WK2A 5CKSA 2BWGA 3DHDA 1GJPA 1IGSA 4RZ5A 3NYZA 3CIWA 4B5NA 4MY8A 4WJEA 2YR1A 3LV5A 4AXKA 3SZ8A 2PRLA 1PS9A 1Q6RA 1GOXA 3TSDA 3KHJA 3PUEA 2WO5A 2TPSA 4IMGA 3PBYA 3W1LA 4O10A 4C1KA 3GDRA 3BW2A 3TSMA 3W7GA 2C13A 2X2GA 3S1UA 1LBLA 5KTLA 3GLCA 2Y7GA 5BOOA 4WXYA 3EXSA 2HS8A 4UTKA 1T0OA 2D73A 2QUUA 1K3UA 3L5MA 2V2HA 3O6CA 3G3DA 5FF3A 3NM3A 3STCA 5I3HA 2QAPA 3SI9A 5FEWA 3TFCA 1TPC1 1VRDA 3SY5A 1YTDA 1SSGA 1UJPA 3UZ5A 5H2ZA 3L68A 3S5ZA 2RHGA 1XUUA 3IIZA 5K7JA 4HSNA 1LOLA 3UZJA 3FA5A 3C8FA 3S42A 4X22A 1ML1A 2NX1A 3UY8A 3P5ZA 5I3KA 3TXZA 4HN4A 4RXGA 3LXCA 3WK1A 3KX6A 3OVQA 1SU5A 1WQ5A 3B04A 1Z41A 4L4LA 1WYIA 1ZFJA 4QNWA 2A7RA 2ISVA 5K3VA 4ZMGA 1R2SA 2PE4A 5BW6A 4NT0A 2YXGA 3F1QA 3S5OA 3QPYA 3P81A 4AF0A 5EMUA 3R8RA 3M43A 1KW1A 1JQXA 2W6RA 2W0UA 4N6FA 3KRZA 1P5BA 2NLIA 1X8FA 2W79A 3QM3A 5K4XA 2EF9A 1QPRA 3NOEA 3GR7A 3MBDA 2J9XA 3ZR4A 5LNUA 4JYDA 3KAOA 2E6FA 3PSVA 3R12A 4JTUA 3UWYA 1KV5A 1X7FA 4JY8A 3M5YA 4AB4A 2X1SA 2ZTJA 4A29A 3EKLA 4UR7A 1AW5A 3MHUA 5F4SA 2GVJA 4Z0JA 1I45A 2FPTA 4O52A 1TTPA 3OHIA 1QWGA 4HKPA 1GVFA 3CQ0A 3SECA 1EIXA 3NQ8A 3SIZA 3G0UA 3W7NA 2X1TA 3NQVA 4S2CA 2BX7A 1NFBA 4AHOA 1LBFA 3G22A 4P61A 1E51A 4ONVA 3EX2A 2P10A 1W31A 4MVAA 1PVNA 3P8JA 3T44A 1MSSA 1GYNA 2CLEA 3G1VA 3I7QA 4OU1A 2HS6A 3P7YA 3TIMA 1B9BA 1ZAIA 4FNTA 4WOQA 2P1FA 1ADOA 3FIGA 1W8SA 2RFGA 3O6DA 4TIMA 4XBKA 4EWND 4MFEA 4TO8A 3FS2A 2QAFA 4IMEA 2NUWA 2Y7FA 1ME8A 2QCMA 1IXPA 3RMJA 3UPWA 4IX0A 5K9CA 4HSOA 5G1YA 2QCFA 1FBAA 3U6WA 3NZRA 4MZ1A 1I2RA 2FDSA 5HJLA 3C2OA 2TYSA 3LERA 3NQ6A 1GTHA 1SO5A 4GRSA 4OGZA 1H5YA 2BTMA 3CLMA 5LNVA 1AG1O 1JCJA 2C14A 3LOTA 3GYEA 3V1PA 4UFKA 2FPVA 2G96A 2Y61A 4WZHA 4OHQA 3UNDA 4GWEA 3BLEA 3THAA 3L65A 3MBFA 2R91A 1XKYA 1V7YA 3PSWA 1WAUA 1K02A 3QSTA 1W5NA 3CM4A 4NXSA 4XKYA 3VKJA 4A2SA 2JGQA 3R2GA 2CZEA 2E5DA 1BWLA 4LRTA 2VEPA 1R2RA 4IXHA 4IX2A 4X9SA 1TV5A 2QCGA 3TR2A 3A5FA 5HR6A 2Y89A 1GZGA 3MP5A 4O13A 1OFRA 2CLIA 4NUWA 2CZ5A 1TPEA 2O7QA 4DXVA 3G18A 5AB3A 4UXDA 3W1UA 3K30A 5TIMA 3EXRA 1G67A 3CT7A 3RLVA 1TSIA 1S5WA 3ABRA 1GWJA 3OA3A 3H54A 5HMSA 1U5JA 3DBPA 4XBSA 4UFMA 5EKYA 4M6PA 4LS2A 4N9BA 1RPXA 3DI0A 3N2XA 4O16A 3NQDA 2WNZA 5AHNA 1LLZA 3B03A 4DEFA 1OFPA 4LVDA 5KZEA 3TNOA 1SW3A 1CI1A 4GJ1A 2PRHA 3UXAA 2VEKA 4XZ9A 4BFAA 4JDYA 4UUIA 4WY0B 4JXCA 4I7UA 2QEZA 1NF7A 4EVZA 4AHQA 1RQHA 3KVJA 3DXIA 4JYFA 3RNDA 3PVFA 3TUUA 4YCOA 5DCDA 1YTEA 3EWBX 4D2JA 5G4WA 1B57A 2B7OA 3PS7A 2VFDA 3TROA 3W7QA 5AFDA 5CGQA 5LNRA 1LBMA 3NL6A 2Q8ZA 3WFAA 3GK0A 3S8HA 2WNQA 4RV8A 3PB0A 2V2DA 4PFMA 3CU2A 2FQIA 2DJXA 3NVTA 4ML9A 1F76A 3TQ0A 1NF0A 4DELA 3O6YX 2ZBTA 2J6XA 3FOKA 2YYTA 3HPSA 4Y96A 2XN0A 1ICPA 3W85A 1YTKA 3UWVA 4AWSA 2B7PA 3S5NA 3L2IA 3NL2A 3HMJG 2YW3A 1FWWA 3G1XA 3M5VA 3KFTA 3W74A 3MI6A 2DU2A 1TQJA 2VELA 5TQLA 4UTTC 1F5ZA 3G0XA 1UCWA 5EYWA 3GDMA 3E49A 3WJSA 5HR7A 4OQVA 4FHAA 3CWNA 3NNTA 1OF6A 3LBCA 3R89A 2ZZ1A 5KMYA 1DBTA 5HWNA 3UXDA 1JUKA 4DPPA 1JQVA 1GTEA 2Y7DA 3UQNA 4MKNA 4LV4A 2JKEA 1H7WA 2OT0A 3ABQA 4R33A 1MEHA 3B06A 2Y88A 3O07A 3NQAA 3TDFA 1TPH1 2CW6A 3DU0A 1X1ZA 5D03A 5AOUA 4N2YA 4JTHA 1KV8A 4NX5A 4NNBA 1TPUA 3LI0A 3LXAA 5HUPA 1KFJA 2ZTKA 1AMKA 3P61A 4UFHA 3W7KA 2GQ9A 4Z1BA 4NNCA 4ZQNA 4FX8A 2Q3OA 4CCCA 3W73A 1JCNA 3PULA 4RZ6A 3W2LA 2EHHA 3CC1A 1QNVA 5AHFA 3EX4A 1EWDA 1W3TA 3M41A 5D2WA 3R5EA 4GC4A 2X30A 1OFOA 3G1SA 2EKCA 3FEMA 1M5WA 4UMBA 2JKAA 4QAIA 2OCZA 4O15A 1LRQA 1JR1A 3HG2A 1AL8A 1UUMA 3FKRA 3MYPA 4UTHA 4ZQRA 1HFBA 4UC5A 5F4WA 2DJLA 4OV4A 4WD0A 3IV3A 4UTJA 5F2LA 5CPNA 1OYCA 4RJEA 4NVTA 2WV8A 4UIOA 1EP3A 4E2BA 1F2JA 3G1FA 3MP4A 3T55A 3G1DA 2QJIA 4CNPA 1VYSX 1WOAA 5F1UA 4NJHA 1D9EA 2J9ZA 4EF9A 2FFCA 2DZPA 4K39A 4FNRA 5G5IA 4WY0F 4O1CA 5CG7A 1XC4A 3LI1A 4WUIA 3F4WA 2E77A 4UTTA 4NX0A 3RF9A 3LB0A 1F7BA 1NEYA 3HG5A 3M0ZA 5HINA 3BV4A 2EAWA 3TV8A 1QPNA 1TMHA 3L0NA 3TJXA 3S1VA 2Y7EA 3BW4A 4M7SA 2QCDB 3TJLA 1H1ZA 1SW7A 5KITA 3HGJA 2YCEA 4TMBA 4A2RA 1B4KA 1OX4B 1SZEA 3MP3A 3TH6A 3W7JA 3W7PA 2J24A 4LV9A 2Z0IA 4RKAA 2XN2A 4UTUA 1WBHA 1VHCA 2QCHA 3W87A 5A5WA 1JCYA 4JY9A 1YDOA 3VE7A 3QFEA 4MJZA 4RK8A 4JIPA 3RU6A 1A53A 1SFLA 1A5BA 1Q6LA 4Y9AA 4NZFA 5D2TA 3B8DA 1DKWA 5DXXA 4JX5A 3STGA 4BR1A 2GOUA 4CNOA 1QDSA 4FIRA 5J5RA 1QO2A 2OJPA 4QIUA 1JCMP 3WK3A 3PUDA 4KWWA 3KOFA 2CZFA 3NZ1A 4C1LA 2ZFAA 2Y62A 1EPXA 1OFDA 1YXDA 3DGRA 4MYXA 3UPBA 3BG5A 4H6KA 1KLZA 3TMQA 4IJBA 1Q6OA 1UBSA 1XBZA 2RDTA 3I7SA 3P84A 3O63A 4JTLA 2C6QA 3KRUA 4FXSA 1PCKA 2NV2A 4PODA 1IXQA 4QITA 3KRSA 3LHUA 3C52A 3UWZA 1AL7A 5E0KA 2QJGA 1SZNA 5K9XA 3DFNA 3E02A 2HSAA 4S1FA 1W5MA 4YXGA 3LLDA 1FCQA 2VFFA 4GE8A 3TFXA 3EXTA 1JCXA 3P62A 3VNDA 4O54A 1WV2A 1OFEA 4IGHA 1UB3A 3G1AA 1LTDA 3JRKA 5AHEA 2E1DA 1VH7A 2X16A 4O4WA 1P0KA 3ANYA 4YCPA 5K9DA 3MUXA 3HG3A 5CSRA 3LCGA 2QR6A 3N34A 1TB3A 1H61A 2DZWA 1Z44A 1THFD 5DY3A 1VJIA 3W6YA 5D37A 4AWTA 5DY2A 5MHBA 4MUZA 2ZRYA 3OBKA 5DBTA 1H51A 1YDVA 1G4EA 2VKZG 4JTTA 3D0CA 1JUBA 3HB9A 3G3MA 4N4PA 3LM7A 1KBIA 1W5OA 1JJKA 1CW2A 3IVSA 3W2JA 1GVRA 3P74A 2V0TA 3ZS4A 4MY9A 1MEIA 3M44A 1Y0EA 3JR2A 1IXOA 3LCHA 2QDGA 3W7EA 3G1HA 5EY5A 1H63A 3WK0A 5D33A 1ONRA 3TQVA 3WJWA 3DI1A 2H3DA 3HQ1A 5DLCA 2VEIA 4LT9A 3V75A 1TPB1 1ZY9A 4K7YA 1G6CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5LNUA

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