5LNU | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	277
structure length	277
Chain Sequence	SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title	Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis. pubmed doi rcsb
source organism	Arabidopsis thaliana
total genus	101
structure length	277
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2016-08-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5lnuA00

2RFGA 2X1RA 2Y7EA 5LKYA 3STGA 1TTPA 2ZA2A 4O4WA 4JTKA 1K8YA 4A3UA 2H8ZA 2CLKA 3UQNA 3O8AA 3WJYA 1ME7A 4O18A 1GTHA 3S1WA 3W70A 3JRKA 1FWRA 3NL5A 4K8HA 4XWUA 3NR0A 1WV2A 2QJGA 5KZEA 2V5LA 1G67A 3F03K 3N34A 3BGGA 4DELA 4HNTA 3LXAA 1VYRA 2HTMA 3JS3A 5CPMA 2ZDRA 3IVUA 1GVQA 2ZZ3A 4PA8A 1B4KA 1QOPA 3OIXA 2C14A 2FJKA 2Y6ZA 3GKFA 3NQMA 3GX9A 1EUAA 3RMJA 1FCVA 1OFPA 4ZL1A 4XTDA 4AHQA 1UUMA 4DXVA 3T7VA 3EWZA 3C2VA 1EP2A 3G0XA 4WZHA 3PG8A 2HSAA 4NU7A 1LBMA 2A1YA 2CZEA 3DFOA 4DO5A 1LRQA 4O14A 3OHIA 3BV4A 3IGSA 3DXIA 5FI8A 5G1YA 5I3HA 4FO4A 4HNNA 1OYAA 1A50A 1P0KA 1QCWA 1V7YA 4M6QA 3E9AA 1TJRA 4E0CA 2FB3A 1GT8A 1JRBA 2OZ0A 3MJYA 4LVDA 5I3IA 5DCBA 4MY8A 1SW0A 4N6FA 1ME9A 1PE1A 2X1SA 2G97A 3QH2A 2Y7DA 3W2MA 1TV8A 4QNWA 3GLCA 4WY0B 4FXSA 4JGDA 1PCWA 3W3OA 1KM3A 1TTJA 5KMYA 2A21A 4Q4KA 4LUIA 4RJEA 1WOBA 4HT3A 1PHQA 4HHPA 4PL2A 1TPB1 1YADA 3VFLA 3QPZA 2YX0A 4IWWA 1K7XA 4JTUA 3HOJA 3MI2A 3ZWSA 4RKAA 4LV9A 1B4EA 2WNZA 3M43A 3ZS4A 1Z42A 1EEPA 1NAL1 5C54A 3S9YA 1OG0A 5AHIA 2V5BA 2WV8A 4NQ1A 1JUBA 1OYCA 4CLMA 4KFPA 4LRTA 4U4MA 4AEOA 1QPRA 1DHPA 3GVGA 4D2JA 3QMSA 1H5YA 4UFKA 4C1LA 1TPVA 5AHEA 4AVFA 4XKYA 5CKSA 1FUYA 3A5VA 5D03A 3C56A 2B7PA 4HSNA 1XI3A 2WNNA 3N73A 5D2XA 4Z0SA 3NQ7A 4DF1A 2C3ZA 3P60A 3NA8A 4FF7A 4LOCA 1GYNA 5HMSA 1ML1A 1VQTA 1CW2A 1GZGA 3IIZA 4ZQPA 4A21A 5AC7A 2OT0A 3NDOA 3ZFHA 2B7OA 4JX5A 3B04A 3B05A 3R89A 4HN4A 2C18A 5E1QA 1QR7A 1FWTA 3L0GA 2B0MA 4EF8A 4IX2A 4JIQA 4OE7A 1HG3A 5D02A 2RH9A 4GUJA 2JGQA 4BWLC 1QOQA 4IOTA 1E51A 4N9CA 3W1XA 2TYSA 1VYPX 4JTFA 2E09A 2E5BA 2A4AA 1OF8A 3G1YA 4GXMA 3K30A 3L0KA 2I9EA 1Q3NA 5T26A 3NEVA 5K4XA 1EB3A 3WK0A 2CLHA 5GVJA 5CG7A 4FX6M 1R30A 3UYCA 2XN2A 3B03A 3LBCA 1K03A 2YW4A 1MZHA 3TV8A 4UR8A 1FDJA 3S5NA 1TCDA 1QFEA 1SO4A 3STCA 3S5ZA 2CWNA 4QAIA 1XDMA 1Z44A 4OGZA 1DVJA 3FIGA 2E68A 3W7EA 3STEA 2DZTA 3E96A 3HGOA 3A21A 4O54A 1D9EA 2H6RA 2ABAA 5HUOA 4MUZA 3W86A 3U2OA 4POCA 2J6XA 3FJLA 4CQAA 3M16A 2E77A 3R13A 2TPSA 4GNJA 1X6UA 2JBMA 1SFJA 4PC8A 4UNKA 1AW1A 3N9SA 2TSYA 5CZSA 1KTNA 2FDSA 4HIBA 3MO7A 1Q6RA 5HR6A 3LLFA 1U5JA 4N02A 1FX6A 5LGZA 3WJXA 1PIIA 2X30A 3EKZA 5DXYA 1GVSA 4KFOA 2PCQA 4O11A 2OX1A 3HPXA 1SO5A 1TTIA 5TQLA 3S5OA 3VCRA 3W22A 3SJ3A 3W7DA 2QDHA 3PY2A 3O6CA 2Y88A 3W7LA 4MZ8A 1F74A 4O0KA 3LHUA 2NUXA 2GQ8A 1O60A 4IPJA 1GVOA 4O1AA 3T44A 1W1ZA 1A5SA 3GK0A 1IXPA 5EMUA 3QEZA 3TFXA 5FF7A 4O12A 3MYOA 3EWUA 1ICPA 3P5ZA 3EXTA 1RPXA 3W7MA 5LNRA 2ZZ2A 3CWNA 3MWAA 2DZUA 4QJ1A 4M19A 1MEIA 1SR9A 3HG5A 5LNWA 1WXJA 3GR7A 1SFLA 3TH6A 4JXCA 5G1TA 3BGJA 1AW2A 3IIXA 2WSYA 2E6YA 2I14A 2BZNA 1VHCA 3DI0A 4Y96A 4IMDA 4NX5A 1W3IA 4O52A 2ZTJA 3I7RA 1IF2A 4LWWA 4ZZ9A 3LM7A 1A5BA 1ZALA 3I6RA 5F4SA 2QAPA 3GZ3A 2JGYA 1FWWA 3IIOA 3O07A 4XKYB 1A53A 4QSHA 1GJPA 3FLUA 1F05A 3AJXA 1LRTA 4FIQA 3W71A 1KTCA 3THAA 3HB9A 3HPZA 4WX2A 1TSIA 4M6VA 1KM5A 1FDYA 4P61A 3G1FA 4RLIA 3PB2A 4JX4A 4IJBA 3CM4A 3PBVA 4I7VA 3W88A 5U7SA 2NV1A 1SUXA 3G1HA 1RQBA 4UCGA 5CSSA 5DBUA 3CIXA 3SECA 3O16A 4ALDA 5C55A 5D30A 1I4NA 5I3FA 4CQ9A 1L6WA 3N19B 2RDUA 1HO4A 4KWVA 2ZRYA 1JUEA 1FDZA 2E6DA 4ZQOA 3T78A 1JCYA 1OJXA 1I2QA 1FXQA 4GUFA 5ABTA 4JDYA 4MJMA 4ORIA 1ADOA 5K4ZA 4O13A 4O8RA 1NF7A 3IVTA 1QMLA 1AG1O 1TREA 5KSWA 3GKAA 1RQHA 2ZBTA 1B9BA 5KITA 3G1XA 1GWJA 1TV7A 5CPLA 4YWIA 1WOAA 1W0MA 4I7WA 4RX0A 1YTDA 4QM1A 4AMAA 1JQVA 5FESA 2Y62A 4ORMA 1VCGA 1DORA 3NO5A 3BK0A 3GNDA 1KBJA 1SSGA 3THQA 3LI0A 2WQPA 3CEUA 2ZRZA 4ONVA 1G4PA 2C1HA 2A7PA 4RZ5A 1XBXA 3IRDA 3NQ6A 3A23A 1DL3A 4O1DA 2X1TA 4C1KA 1KLZA 3GNNA 3LTYA 3Q94A 4O28A 1YPIA 2GVGA 3KRSA 3W7HA 3GDLA 2BLEA 1ZNNA 1UBSA 3TMLA 4AB4A 3GAKA 3LDVA 3DBPA 1ONRA 3LHZA 1VJIA 3O05A 3LERA 2V0TA 3LCLA 1VRDA 4UTKA 2ZZ1A 3OA3A 5AYYA 5DY2A 1MSSA 2H90A 1SO6A 1EUNA 2C13A 2VEIA 3MP5A 2IQTA 3PS7A 1TRIA 5D37A 3LTSA 4FXRA 5D38A 1LZOA 4UTWC 4ZVJA 2FQIA 4K7YA 3BO9A 1KFBA 3PBYA 3EWXA 3W2UA 1VC4A 2F84A 2C0AA 3SFKA 5D2VA 4AXKA 3UPWA 3ATYA 1W37A 3DHFA 2JK2A 2P10A 3EXRA 4LRSA 3UWWA 5EY5A 3UWYA 3EX3A 1FY6A 3MP3A 2RKXA 4MLRA 3W74A 4CCDA 4E2BA 3RNDA 3DHDA 1B57A 4IQLA 1TPWA 2G95A 4TO8A 1F2JA 3H53A 3G1SA 1H7PA 5TIMA 6TIMA 3RU6A 4Y8FA 5EL1A 2BSLA 1QO2A 1Y0EA 4GUGA 1W5NA 3YPIA 3PBUA 4R33A 1TQXA 1VZWA 4S2CA 4MY1A 3PUDA 2ZZ4A 2YGYA 3ZR4A 4JTEA 3UD6A 1LOSA 3W76A 1KFLA 4RZ6A 5K9XA 3EB2A 1NSJA 5HJLA 3MHFA 3TFCA 3NPVA 2A6NA 1F7BA 4EWND 1YDNA 1ICSA 4Y90A 3DENA 4ICNA 5DY3A 5KZMA 4GC4A 1XBYA 4O1BA 4ZQCA 5FEWA 1IIHA 1OVDA 4MLJA 3NQGA 2CLIA 2NWRA 4GFSA 4WJEA 3W9ZA 4UFMA 3TQVA 2Z2UA 2FLIA 1W5PA 1QNVA 2V9DA 3PR2A 1X1ZA 4UTTA 1F6KA 2GJNA 3S1VA 2EPHA 1FXPA 2DZXA 5BMWA 5BOOA 4I7UA 5LGXA 4JYDA 1YXDA 1O4UA 1X1OA 3ANYA 1I2OA 4UTHA 3RLVA 3LXCA 3S1UA 1ALDA 3LCWA 4A2SA 3BW3A 4BR1A 2Y63A 3G3MA 5C6MA 1G7VA 1PS9A 5G2HA 4LC6A 4IMGA 4Z08A 2Z0IA 3DH7A 5AYZA 3M6YA 4UXDA 3BG3A 3B8DA 4NXKA 3MI6A 3G1AA 4YMZA 1IXQA 1H7RA 3WK3A 4YL2A 1SZGA 2Q8ZA 4JNMA 3HF3A 1ZCOA 2QCHA 3DFSA 5BW6A 2GOUA 2YW3A 3F4NA 5J5RA 1L2UA 3FKRA 4Q32A 1NFBA 3PG9A 4H4IA 4NUWA 2BWGA 3FOKA 1G4TA 3C3NA 1GTEA 2YFOA 5KINA 4O1CA 2VFHA 3OG3A 2PRMA 1K02A 1RR2A 1OYBA 4MIMA 4X3ZA 2GVJA 3P84A 3UNDA 3W1AA 4EIVA 3CHVA 3R2GA 3MHGA 2KZHA 4MVAA 3NYZA 4Z1DA 2QCCA 5K2ZA 5FEZA 4UTUA 2EKCA 2I1OA 3W2KA 2XN0A 3LRKA 1C9DA 3OVQA 3WFAA 3C8FA 3NQCA 4FEZA 5CSRA 3F4WA 5LSMA 5HWNA 3S1XA 4FNUA 4MYXA 3L5LA 4O50A 2NUWA 3M7WA 3V1PA 5K9DA 4JTLA 2A6LA 2DP3A 5F2GA 3OVPA 2E6FA 4MFDA 1IGSA 3O15A 4CCCA 3C2RA 5FEPA 3NZRA 3UWQA 1JCMP 2FFCA 4AF0A 5BMXA 2RDWA 3B4UA 3NPWA 4NT0A 3T40A 3ABRA 5EKYA 3E49A 2VKZG 6ALDA 2YSWA 1YXYA 2JKPA 5DN1A 3QW3A 4S1FA 3NQFA 3H55A 5FF4A 4UMCA 1DV7A 2AAMA 3IGUA 3DKLA 4BF9A 3W7KA 1G69A 3NPUA 4NZFA 3DFPA 2ABBA 1NF0A 1AW5A 1DBTA 2ZZ7A 3B06A 2BXVA 2V82A 3VNDA 3I65A 4NVTA 1ZHAA 3M5ZA 3LOTA 2NXGA 3TA6A 3O1NA 1XKYA 2R94A 3SI9A 4LUJA 1LDCA 1CX9A 3M41A 3GIYA 3TW6A 1SW7A 4HNVA 4IMCA 5DCDA 3NL6A 1K8XA 4LV4A 5G4EA 3QZEA 3LHVA 4ZMGA 4DF2A 3OBKA 5HUPA 2YFNA 4PH6A 1OK6A 2O7SA 5CZJA 2GPTA 1LTDA 1VHNA 3B0UX 2H3BA 4FNSA 3TXVA 2FPVA 3GAYA 3T55A 2ISWA 2YYTA 5I3KA 1ZY9A 1LP6A 3LCFA 3TNOA 1ZENA 4A29A 5J5DA 3NNTA 5FF2A 3GXNA 4FNRA 2VC6A 1PL9A 1KFEA 3PULA 8TIMA 3WJWA 3LB0A 1MEHA 4QISA 1WBJA 1SZNA 4FNQA 3QPYA 1S5VA 2GJLA 2WJZA 3P81A 3W87A 2W0UA 4PODA 3JR2A 2CW6A 1JQXA 5AHLA 4NZJA 3QW4B 4K37A 5AN7A 4I9AA 2ZYFA 4QIUA 2J24A 2J9XA 2ZA3A 4JIPA 1RVGA 5F1VA 4O10A 3SGUA 3TW7A 1WBHA 2GQ9A 2WO5A 4XQ6A 3KVMA 5CZ0A 4BWLA 1JJKA 1XC4A 3CQ0A 2A2IA 3WJSA 1I8JA 2XFWA 1N7KA 2A7NA 3VKJA 1LYXA 3KXQA 4O16A 3T4CA 2NLIA 4FNPA 3NQDA 3PUOA 1O5KA 4FHAA 4IMEA 4K39A 3NL3A 4MKNA 1RZMA 3ABOA 3W1LA 3EX4A 2DJLA 4UIOA 3GR8A 2Y7GA 1L6YA 4UTLA 3PM6A 5F1UA 4O19A 2VXNA 1EPXA 3IVSA 2WSQA 4MZYA 3OEXA 3QC3A 1K3UA 1Q6LA 3NZ1A 2WSRA 1J5TA 3CLMA 2QUVA 1YDOA 2QEZA 4FX8A 1OF6A 2ZQ0A 4JYEA 1QAPA 3TCEA 5U4NA 4WXYA 5G2IA 4MYAA 1K7EA 1WA3A 1P0NA 3FFSA 1I2PA 4PEKA 1H7XA 4LS1A 3O63A 4E38A 4EF9A 5H2ZA 3GDMA 3LHYA 1KM0A 1XBVA 1RD5A 4M7SA 1BWKA 3QJAA 1QO5A 3SR7A 4AF0B 3NOEA 3L5MA 2DU2A 2FIQA 3V75A 2Y70A 3EX6A 1TPFA 2QR6A 5F2LA 5FF3A 3LX9A 3TSDA 1H61A 2QF7A 3MW7A 5DELA 3ATZA 3TXZA 3W84A 3DAQA 4MFEA 3IIVA 1W5OA 3SZ8A 1KBIA 3EKLA 4WQ6A 1G6CA 1DJNA 1O5XA 3LHTA 3NL2A 2UV8G 5AC6A 4JY9A 1WAUA 1K8ZA 3G18A 1SU5A 4FNTA 3CB8A 5C5YA 2BTMA 1T8XA 2EGZA 3LCHA 3LCGA 2PURA 3LV6A 4W9TA 4A2RA 2DJXA 5HWMA 4NJHA 4A22A 3LXBA 3LI1A 3P67A 4IUOA 3U8GA 3BG9A 4DF0A 1KV8A 3FKKA 2X16A 3DU0A 3B0VC 4HKPA 3DKJA 1JCXA 1XBZA 3PBWA 1F5ZA 4UR7A 4K6AA 2P0OA 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1Q6OA 1VS1A 1GEQA 1BEUA 1G4EA 5CZTA 1NEYA 1TPC1 2CFFA 3M5XA 1YLVA 3B0PA 1DKWA 1RV8A 4NJGA 2D73A 3TC6A 4LS2A 4RXFA 4UTTC 4TIMA 2QCDA 1LOQA 2VFEA 1LM1A 2OJPA 3W2NA 4TR9A 4Y9AA 4UMAA 2Q8LA 2ATMA 2GUUA 2AGKA 5E0KA 1BKSA 2QCMA 4OT7A 3G1VA 1LCOA 3GXTA 2YYUA 4UFJA 5MHBA 2OMAA 5HULA 1SZFA 1MO0A 1NVMA 1YTEA 1OX4A 3P7YA 3C4UA 3NQVA 3DZ1A 1IXOA 3TR2A 1GG1A 3QYQA 1PVNA 3W72A 4JTGA 3MBDA 5LHEA 3HGSA 2DZSA 1Z41A 1B3OA 4JTTA 4FIRA 2P1FA 4G1KA 1GVRA 1OFQA 3LHWA 4JD4A 1AL7A 3FYOA 5LNUA 2W79A 1IIGA 1O94A 1LLZA 2NXIA 1H60A 2A85A 1I2RA 2YPIA 4ZQRA 1WX0A 3L67A 5C2XA 3IGXA 1A5CA 3F1QA 1H62A 5AHMA 1KA9F 5H91A 2H3DA 4DPQA 4HPJA 3BVJA 3GDKA 4XTIA 3L66A 4QQ3A 5AOUA 3W2LA 4AHPA 3HMJG 4HSOA 3M5VA 3TJXA 2G96A 3TSMA 3NQEA 1H7NA 1VH7A 1S3HA 1IXNA 4IX0A 5FF0A 3MI3A 1FCBA 1TO3A 1EX5A 1KTBA 1P1XA 1SO3A 4J9JA 5D09A 4DPPA 1YXCA 3RLUA 2NX9A 3FA5A 3FS2A 4H6KA 2J27A 3L68A 4LVBA 4TMBA 1XM3A 3FEMA 3W7RA 1WQ5A 4LNYA 4BI7A 2V2HA 3Q58A 1XL9A 2NX1A 3WK1A 2C6QA 3UWUA 4Q33A 1Z48A 1OFRA 3QF0A 3TUUA 5F2MA 2X1UA 1OFEA 3GXPA 5L6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5LNUA

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