5LNVA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320 complex from multiple crystals
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
277
structure length
277
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 101
structure length 277
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnvA00
3KVMA 2CLFA 4MFEA 2FB2A 3W2LA 4LVAA 1I2RA 3TUUA 5G1TA 2AQWA 2J27A 2VEKA 3CEUA 5D2YA 3SI9A 1OYAA 2VEIA 3G0SA 1TPWA 4IPJA 2FJKA 3W1RA 5A5WA 2B7QA 3EEGA 4N9DA 2WPBA 1GYNA 2OMAA 4NJJA 3W1QA 2CLHA 3NM3A 3VCRA 3TE9A 1H62A 3EX1A 4HKPA 5D04C 4RR4A 4JICA 3Q94A 5H91A 3TKFA 1UUMA 1QCWA 2V81A 4MY8A 2TSYA 2X16A 1Q6QA 2ZZ2A 3PG8A 4NVTA 1GOXA 4FNSA 1AG1O 2VENA 8TIMA 4NNCA 2VELA 4Y90A 1XBZA 2JKAA 3K30A 1KFJA 5CPOA 2H6RA 4DBDA 3OVRA 4NJKA 2VEPA 1SO4A 3RK8A 3L67A 3W1XA 4UTHA 3FIGA 3NQFA 2Y7DA 3E9AA 5HINA 4ZMGA 4A22A 1TPVA 5A8GA 3UWVA 2J9ZA 2V82A 2QCDA 3TCEA 3UPBA 3W22A 1G69A 4M6QA 3CEPA 1YLVA 4A3UA 3W76A 3DXIA 4FO4A 1QPRA 5AHEA 1XDMA 3OG3A 3WK3A 2VFGA 1W56A 2B7PA 4AF0A 1YXDA 1G7UA 1G6CA 1YTEA 2JBMA 3R13A 3BW3A 4TMBA 3LHYA 3TV8A 3BG5A 3MJYA 4IMCA 2IQTA 2BLEA 3UPWA 3P84A 1QO2A 1QNVA 3T44A 1ALDA 2V9DA 4AEOA 2WOQA 1GTHA 3UY7A 5D09A 3GDRA 1RQHA 3L65A 3EWYA 1H60A 3TXZA 4OV9A 3TIMA 3C2FA 5D2VA 5K9XA 3JS3A 1CI1A 5DBTA 5LNSA 3S1XA 3E12A 1VCGA 5K2ZA 1DORA 4OU1A 1ZAHA 4H6KA 1PHQA 4IOTA 3RU6A 3LGEA 3EWBX 1KM3A 4WOZA 3HPXA 4M5PA 4FXRA 2Z6IA 4FF7A 4JYFA 3W1MA 4DF0A 1X6UA 3PY2A 2P0OA 1D3GA 1X8FA 2VFFA 3EXRA 1NAL1 1GG0A 2OJPA 4K8HA 1ZFJA 4X2RA 4HNUA 1EB3A 1WOAA 5SWUA 4H4IA 1KFCA 2PRLA 3TXVA 2YZRA 3FJLA 3W7LA 3NPXA 3ZR4A 4AMAA 1QDSA 1VLWA 4UTTC 3EWZA 2YW4A 1HL2A 4CLMA 4Y6GA 3KHJA 5L9FA 3NQGA 3A22A 3UWZA 1XM3A 4LC6A 3W70A 5U7SA 4LVGA 3G1DA 4JTTA 2DZPA 3TX9A 5AN7A 5T26A 2PCQA 1Y0EA 3DHDA 4NJHA 2JKPA 1LRQA 3STCA 2F84A 4JGDA 3W23A 5K4ZA 4E0CA 3TU9A 3QW3A 2QCDB 3MP4A 5F4XA 4MZ8A 1R47A 4DPPA 3ELFA 2A0NA 1GVOA 3BG9A 1IF2A 4JTIA 3UXAA 1N8FA 4BR1A 6TIMA 5CZ0A 1LORA 5G2IA 1AMKA 1OK4A 1LBMA 3TW7A 2Z0IA 3N9RA 3LI0A 5AHMA 3MMTA 1G67A 3C61A 5FF7A 1ZY9A 5LKYA 4JXCA 1KM1A 3HO8A 1MEHA 5BOOA 3PAJA 4IWWA 3NQ6A 1G4TA 5GVJA 4RZ5A 4R53A 1MEIA 3W2KA 3B06A 4X22A 4HNVA 4ORIA 3LTPA 3IVUA 4JDYA 4H3DA 1G4SA 1SW0A 4HT3A 3MWAA 3PS7A 3OA3A 5LHEA 4BWLC 3NQDA 4MJZA 4L4MA 4FNPA 1WAUA 5FEZA 1B4KA 1KBJA 1EPXA 1S5TA 2A1YA 4XBSA 4FIRA 4Q33A 2ZA1A 1LLZA 2EKCA 3HGSA 1KM4A 2GVGA 1LZOA 5EA9A 3S1UA 4FX7A 1KLYA 5CKSA 3FKKA 1DBTA 2QAFA 3H53A 3QQ0A 1H50A 2PC4A 3DKLA 3QPZA 2C16A 5EPDA 4DBEA 3WJXA 1IGSA 1WA3A 3KOFA 5D2XA 4ZL1A 2ATSA 4LUJA 1GEQA 4LVDA 2NXGA 3NL2A 1DVJA 1H7WA 2DP3A 3W3OA 1MEWA 3G8RA 2X1TA 4MYAA 2A5HA 1SZGA 3KRUA 3GDKA 1WYIA 3LBCA 3TSBA 3IIVA 4XUGA 5LNWA 2QCMA 3L0KA 1WBHA 4UFLA 5LZLA 2XN2A 4O8RA 3P60A 3W1PA 4X3ZA 4LV9A 3C0JA 1KFKA 2X30A 3T55A 4EIVA 4IUOA 1DJQA 3FYPA 3NEVA 2ZYFA 4NZJA 3S42A 2C0AA 1KTCA 1OF6A 1RV8A 3PSVA 1SZEA 1TJPA 3N2MA 5CZJA 1GJPA 3A21A 4N9BA 3G1FA 3SSJA 1F73A 3MI2A 1NF7A 4UTWC 3AO0A 4IPIA 5I3IA 1FCQA 1R46A 1SO5A 3W74A 3HGOA 4UC5A 3A9IA 2Q3OA 3N73A 3P62A 3TNOA 1YTKA 5TBOA 1TCDA 3H54A 1LCOA 3EB2A 4YL2A 4W9TA 2ZRXA 3M1ZA 3W7NA 3WK2A 3KVLA 2BZNA 2R91A 1TJRA 3NPWA 3M9YA 5EL1A 3W7MA 5HWJA 1VQTA 1KTNA 2ZDRA 1UJPA 3IIZA 5F1VA 2C18A 3Q58A 1KFBA 5FF4A 5U4NA 3LCGA 2Y89A 3INPA 4N4QA 4O11A 1FCBA 2DZWA 3RFAA 1C8VA 5IBXA 1JR1A 2VEMA 1JVNA 5I3HA 1OHLA 5K9DA 1NF0A 4JNMA 5LSMA 3C3NA 3P8JA 3JR2A 4XWUA 3W1LA 5DCEA 2YCEA 3MP3A 1LROA 3G1SA 3LB0A 4Y8FA 2CZ5A 1U5JA 3I65A 1KFEA 4O16A 1VC4A 2R94A 4JX4A 4K39A 3FFSA 2TYSA 1OFRA 4XZ9A 2VFHA 1JCJA 3GAYA 1T8XA 2ZRYA 3PUEA 2I14A 4NJIA 3A5FA 4JR5A 4PTNA 1EA0A 1P4CA 4JYEA 1XBYA 1YXCA 4FHAA 3GXTA 3NDOA 3S5NA 3F4NA 3MI6A 3T78A 3DU0A 3W2MA 3LOTA 4N9CA 1UCWA 2ZZ6A 2E5BA 3QQ1A 1SSDA 3CWNA 4O28A 3KX6A 2ZFAA 3PULA 5DXYA 1NVMA 3LERA 3DFSA 2E1DA 3M44A 2TPSA 5I3FA 1HO1A 2C15A 3DH7A 3HPZA 2QCNA 1RQBA 3TSDA 2QCCA 3OHIA 4WX2A 4BI6A 5KMYA 3N2XA 4WY0F 1UUOA 3BPWA 3NZRA 4YWIA 2QUVA 4AWUA 5DN1A 2A4AA 2W79A 3PBYA 3W72A 3D0CA 1VYPX 4AHPA 4NXKA 4UTLA 4AWSA 4UMAA 3WK1A 1F6PA 1DQXA 2OT1A 2QJHA 1VCVA 3TC6A 2NXIA 3R2GA 3OEXA 4UMBA 1JCMP 2J9XA 3TSMA 2WQPA 1FWTA 4JTGA 4JIQA 3G22A 5HJLA 3SIZA 4KFOA 3SGZA 3LLDA 4Z1CA 4LVBA 4WUIA 2ABAA 3O05A 5F2IA 2V0TA 1Q6OA 1R2SA 2Y70A 1B4EA 4BFAA 1LBFA 1TMHA 2RFGA 3PUOA 1B57A 4JTJA 1ICPA 2V5LA 2DU2A 2QF7A 3S6DA 1T99A 1Z41A 1SPQA 3TMLA 1H5YA 3LHZA 1VCFA 3FEMA 4N4PA 2R14A 1OFAA 5FEWA 4AVFA 1SUXA 3O06A 2DZUA 3FLUA 5TQLA 3BW4A 3DHFA 3G1YA 3BARA 3NNTA 3DENA 4O19A 1EUNA 1VYSX 4MLJA 2ZA3A 2ZRUA 3ZWTA 3HGRA 2QDGA 4K36A 3WJSA 4KKXA 5G2HA 2NWRA 2QCGA 1TIMA 3KXQA 3CT7A 4IXXA 3TQKA 3UNDA 2WNZA 1HUVA 3F1QA 1I2OA 5F2MA 3M6YA 3PWAA 3ATZA 5FEXA 3CIXA 1Q45A 1XBVA 4YCPA 3QYQA 3PBVA 3FKRA 4L4LA 2CLKA 4LOCA 1XDLA 1DKWA 4M7SA 4OV4A 2EAWA 3B8DA 4G1KA 5F4SA 4K38A 1O5XA 1ME9A 1TPB1 1WV2A 4OQVA 3P67A 1Z48A 4UFIA 3W7GA 4R7JA 1LOSA 1TPC1 3DZ1A 2WKJA 3MP5A 4QSHA 3TMQA 1J5TA 1GT8A 1FWSA 1R2RA 3V75A 2WSQA 1TV5A 4HHPA 4TO8A 2LLEA 2H3DA 1HFBA 3PSWA 3NGJA 1F05A 4FEZA 5AOUA 1DOSA 1YDVA 3MO7A 4TMCA 1B9BA 1MZHA 1GVFA 1LOLA 1C9DA 1G4PA 1WOBA 1LTDA 1K03A 1JUEA 2X2GA 2ZRWA 4PEKA 3RMJA 3GYEA 3BLIA 3W85A 1GYLA 1YXYA 2CW6A 4Z0JA 4WQ6A 1BWLA 3NO5A 3GK0A 5G5IA 2J24A 2QJIA 4NZFA 1K7EA 5EBUA 3NL3A 3TW6A 4AHOA 1HTIA 2B7OA 5D33A 3VFLA 3ABRA 1OX4A 1ZAIA 4J9JA 3E96A 4QISA 1QPQA 3U2OA 4E2DA 3LRMA 1ADOA 2A6NA 3UWYA 3L0NA 3NYZA 4ZQCA 4N2YA 3NA8A 2R8WA 2V5BA 3P82A 1SFJA 3R5EA 3TC7A 3C4UA 4E38A 1XFBA 1FDYA 4OT7A 5BW6A 3NQCA 5AC8A 2YDAA 3P80A 4IX0A 4PC8A 3TQVA 1JCXA 1AK5A 5J5DA 5G4WA 3DFOA 1P0KA 3NPUA 4XTIA 5KTLA 2E6FA 3NL5A 2FDSA 3C2OA 3EWUA 5H2ZA 1RZMA 2H8XA 3NQEA 4UUIA 4EWND 2F7FA 1RQEA 2I1OA 2RDUA 1AW1A 3LV6A 1TPDA 2YFOA 3LLFA 4O50A 3G1AA 4UR8A 5E0KA 5C2XA 2ZRVA 3P7YA 3CPRA 4WZHA 3GDMA 5G1YA 3B0PA 3P5YA 1O4UA 2O7QA 3HBLA 3LCLA 4P61A 5I3KA 1ZALA 5HWNA 4WXYA 3ABQA 4BI7A 2DZSA 3C2VA 4LT9A 1DJNA 5DCBA 3PVFA 1SR9A 3S5ZA 1ONRA 3RF9A 3GB6A 2CLIA 4DO6A 4O15A 3S9YA 2PE4A 1XC4A 3R12A 5AYXA 3WJWA 1A53A 3W7RA 2A2IA 3KRSA 1WXJA 3HPSA 3CU2A 2BXVA 2WV8A 2Y63A 3IIOA 2V2DA 1YDOA 3O16A 5D38A 2CLLA 2JGQA 4RLIA 1KV5A 1M7PA 1VLIA 2VC6A 4MZYA 5CSSA 5HWMA 1KW1A 5F4WA 5I3JA 1W1ZA 4R33A 2Y7FA 3UZ5A 3DFQA 2CZDA 1IIHA 1A5BA 2NZLA 2Y61A 4QIUA 3L5LA 5CZTA 3HF3A 1H7XA 1KM6A 3L5MA 4JTEA 3WK0A 3EKZA 5F2LA 3DGRA 1SFLA 2NX3A 2ATMA 1OVDA 4FX6M 5ABTA 2GJNA 1ZAJA 2YYTA 3LV5A 3DAQA 1RVGA 4K8EA 4O1BA 4JDBA 1OX4B 5K9CA 1EUAA 4ML9A 1OFPA 3P61A 3L66A 4XTDA 2P1FA 2Y7EA 2ZZ5A 2V2HA 1FY6A 3HQ1A 1FUYA 3GNDA 5D2WA 1S5VA 2VOMA 4A21A 1CW2A 4DXVA 3CIWA 3NQ8A 1PV8A 3UY8A 1OK6A 2HTMA 1KV8A 2OT0A 2ZZ4A 1D9EA 5AHLA 4RK8A 4RXFA 3S5YA 3M5VA 1ICQA 2DJLA 1Z44A 5LNUA 1MXSA 3O6YX 2BX7A 4IGHA 1R2TA 4ADUA 3T4CA 2FQIA 3M5ZA 3FOKA 3CB8A 3PC0A 4FNQA 3O6DA 2BSLA 2G97A 1Q6RA 2Y7GA 3TROA 1XXXA 3QPYA 1IXPA 3GDLA 4IJBA 1K8ZA 2E6YA 4AB4A 2H8ZA 1I2PA 4ADSA 3QW4B 2X1UA 3LRKA 1H1ZA 1JUBA 2QCFA 3HIJA 5AHIA 4DELA 3LTSA 5K4XA 3PB2A 1K3UA 3LXCA 1QR7A 4IMEA 1H61A 4UMCA 3QMRA 3BG3A 1G7VA 2Q8LA 3TQ0A 4BK9A 1EIXA 1S3HA 2NUYA 4QM1A 3G18A 1OFDA 3BVJA 4JS3A 3GXNA 1TQXA 1XCFA 1YPFA 3W7OA 3W9ZA 5AYZA 3NZ1A 1ME7A 2GVLA 1SO3A 1IXNA 2QCEA 1KM0A 5K3VA 3I7SA 3UXDA 4Q32A 3I7QA 2HSAA 3LHUA 5HUOA 1OX5A 5C5YA 4XKYA 1FWRA 1XUUA 4TU1A 3W7DA 3W1NA 1KM2A 2CLOA 3ZWSA 2NUXA 3QM3A 3Q2DA 1E51A 3VKJA 4RZ6A 3P74A 4ONVA 4JTKA 2OZ0A 4I9AA 1UB3A 3F03K 2ZRZA 4DO4A 1SZNA 1U83A 4QNEA 1IXQA 4UIOA 3ABOA 3W7IA 3LCWA 1H1YA 1J2WA 3TDFA 1GQNA 3EX3A 4XQ6A 1ICSA 4MUZA 4XBKA 1TPFA 4YLWA 4A29A 4O4WA 5BRBA 1P0NA 2GPTA 4ZQNA 1QOPA 1TRIA 1A5SA 3PBUA 2PRMA 3NQAA 5FF3A 5FESA 5IM51 2NXHA 2X1SA 4GBUA 2YW3A 4K37A 1W3NA 4E2BA 1NSJA 3LM7A 4QQ3A 3BO9A 1W5PA 4MFDA 4U4MA 5D05A 2XN0A 3YPIA 1JQVA 2WO5A 3B04A 3HG5A 4UTWA 3GAKA 1FX6A 4NQ1A 4UNLA 5DLCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KVM A;  2AGT A;  2RJH A;  1D3C A;  3VDH A;  2AAA A;  1W8G A;  2Y8K A;  3BTN A;  4FLR A;  3QY7 A;  3H26 A;  4NAE B;  2AQW A;  2VEI A;  4QEE A;  4IPJ A;  4TX6 A;  4DHG A;  1H09 A;  2REQ B;  5A5W A;  1GYN A;  4UZS A;  4KET A;  4NJJ A;  1HT6 A;  4EE9 A;  3TE9 A;  5H91 A;  3TKF A;  1QCW A;  2V81 A;  2X16 A;  1Q6Q A;  3PG8 A;  3WML A;  5CH9 A;  4ZB2 A;  1FWE C;  1WKE A;  3WBW A;  1KFJ A;  2VVS A;  5CPO A;  2H6R A;  4ZCW A;  1YBQ A;  2VEP A;  3MQT A;  3RK8 A;  4QG8 A;  1XG3 A;  1MW2 A;  3ITO A;  4UTH A;  3TTQ A;  4C90 A;  3E9A A;  5FSE C;  1UKO A;  1V3J A;  1E4I A;  3BJF A;  3UWV A;  3VGB A;  4ATL A;  2QCD A;  1E4M M;  3BLD A;  3TCE A;  1HL9 A;  3UPB A;  4A3U A;  3W76 A;  1WZK A;  1QPR A;  1QUM A;  2VFG A;  1W56 A;  3U4F A;  2B7P A;  4AF0 A;  1BYB A;  1YXD A;  7PTD A;  5AZ1 A;  1ZBC A;  5CGT A;  1FRB A;  3R13 A;  2WAG A;  4LUY A;  4X63 A;  3T44 A;  2V9D A;  1AJ2 A;  1I1X A;  3UY7 A;  4UQ9 A;  4YPJ A;  4MWA E;  3GDR A;  2Y0F A;  1SVD A;  4MNM A;  1U30 A;  2D2J A;  1W17 A;  3A64 A;  5BXT A;  4C1N B;  5D2V A;  4HOX A;  3JS3 A;  1EL3 A;  3KWS A;  1VCG A;  1BGA A;  1QAT A;  1CZ1 A;  4OU1 A;  1W1V A;  1ZAH A;  4Q8V A;  7XIM A;  3AHV A;  4GXP A;  4MKS A;  2DUX A;  2WMH A;  1Q6C A;  3SCR A;  2G8Z A;  1I60 A;  3QY6 A;  4JYF A;  3WQ5 A;  1EO5 A;  4XX6 A;  1NAL 1;  3WLO A;  2OJP A;  3VOJ A;  3WEN A;  2YA1 A;  4X2R A;  3WH6 A;  4HNU A;  5SWU A;  2VX4 A;  4H4I A;  5EML A;  4NZC A;  1KFC A;  1EBG A;  3FJL A;  4P7L A;  5AYI A;  3ZR4 A;  4AMA A;  4G5D A;  3TEV A;  4GGB A;  3GNR A;  3N6H A;  4HQV A;  1HN1 A;  7ENL A;  4MNL A;  4RNJ A;  5U7S A;  3E0F A;  4AFY A;  1YBQ B;  3NDY A;  4D6I A;  3TA9 A;  3G1D A;  1HJU A;  4IIH A;  1XLM A;  2DZP A;  3VDG A;  3P6L A;  4Q4R A;  4ATD A;  1CIU A;  2AKM A;  3SEP A;  1LRQ A;  3STC A;  2F84 A;  3VVG A;  3TU9 A;  2QCD B;  2CXG A;  3V36 A;  3MP4 A;  5T91 A;  4ROP A;  1MDR A;  5DQP A;  2DPE A;  2Z1X A;  2R1P A;  5LIX X;  2ZUS A;  3UXA A;  4EAM A;  3K8M A;  4A3R A;  3H7R A;  3JVA A;  5JIP A;  3SSZ A;  3THC A;  1K6W A;  5FF7 A;  4F4R A;  1JPH A;  1ZY9 A;  3A6O A;  2OSY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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