5LNWA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320-g3p complex
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
274
structure length
274
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus 96
structure length 274
sequence length 274
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnwA00
2V81A 3OA3A 1U83A 3KXQA 3PB2A 3TUUA 1AL7A 1ZNNA 4PH6A 3L66A 3HPXA 4L4LA 4NZFA 1C8VA 2Q8LA 4JTIA 5FESA 5HR7A 1OFEA 1OFRA 1XBZA 4DF1A 5HINA 3TSMA 3GB6A 2C1HA 5DBUA 3F4NA 5G2WA 3B4UA 3LHZA 1XL9A 2O7SA 1M7OA 4NJKA 4W9TA 3JRKA 5DXXA 3IVUA 3FEMA 3TAOA 3S1UA 2OMAA 5C54A 3I6RA 1M5WA 3SJ3A 5AOUA 1I4NA 4GFSA 3FA5A 4LRSA 3UXAA 1FDYA 2NWRA 1VYRA 4EOUA 3IGXA 1S5WA 5CPMA 3NQ8A 2CLOA 3D0CA 4Y96A 3MWAA 4FX6M 1EP2A 4JN6A 3TJXA 5FF2A 5AHIA 4B5NA 5F2MA 2ZFAA 5D38A 3LTSA 3HGOA 4HHPA 4GE8A 5DCEA 1LLZA 1O94A 5LNVA 3P81A 3N2MA 2ZTJA 3VFLA 4ZQRA 5AHLA 2JGQA 3HG5A 1EWEA 2R94A 3NPWA 3UZJA 1FXPA 2WSRA 2LLEA 3BARA 2WQPA 1QNVA 3PG8A 3CQ0A 4LT9A 4WD0A 1FCBA 1SZEA 3KRZA 5K9DA 2VC6A 2J24A 3TAKA 3HOJA 3DI0A 1M7PA 3NVTA 3P61A 3QJAA 1K7FA 5CZ0A 3UWYA 5BMXA 5HUOA 2X1TA 4LUJA 3TC7A 3W1QA 1W5QA 4NJHA 1YPIA 3CM4A 3HBLA 1TTPA 4NVTA 1ZAIA 5HUPA 1W5OA 3F03K 4FXSA 3OVQA 3E96A 1H60A 3CEPA 3HGJA 2Y6ZA 1F2JA 3W2MA 3S5YA 1AK5A 4LS2A 4XWUA 1FCQA 2E6AA 2TPSA 1FWTA 3G22A 2VEPA 4I7WA 4IXXA 3GXNA 5AHEA 3NQ6A 1JCNA 3I7RA 3ELFA 3W7DA 5DY2A 2V9DA 1MSSA 5D02A 3NPXA 3LCXA 5D37A 3TIMA 3PBYA 4JICA 1KFKA 2HS6A 4WQ6A 3Q37A 3RLUA 1WYIA 5FEZA 4BI7A 1CW2A 4O16A 4O1DA 4JGDA 1LRNA 1MO0A 4FIRA 4PA8A 4JYEA 1LOQA 3OVPA 1XBXA 3EKLA 2QUVA 2DZXA 3N19B 4WJEA 3PUDA 4YCOA 1WBHA 3FYOA 1F74A 1S3HA 1KFJA 1P5BA 1GVFA 1NEYA 1H1ZA 4MFEA 1TSIA 4MYAA 2QCNA 3W7CA 4LVGA 1KM3A 4MUZA 2F7FA 5DCBA 3MI6A 3GXTA 5D03A 3W2JA 1OJXA 4YL2A 3IVSA 4MY1A 2EPHA 1VJIA 5L6UA 1GJPA 4Y90A 5AYZA 3GNNA 3ZS4A 3UY7A 4G1KA 3W73A 3N3MA 2V5BA 3FJLA 2CFFA 3W84A 3HPSA 3OG3A 1QR7A 1QO5A 3PWAA 1LOSA 4UUIA 2ZTKA 4LV9A 2JK2A 1DL3A 1QOPA 1W3TA 3QC3A 4LV4A 2GJNA 4Q32A 1ADOA 1LRTA 1HO1A 3ABSA 4PCFA 1TQJA 1TPEA 4C1LA 1PE1A 4K8EA 3VE7A 4M7TA 2XN1A 4MLRA 4MY8A 3W1UA 4ZZ9A 1OABA 1FWNA 1LORA 1GZGA 3M16A 4UFMA 2C13A 3NPVA 3G3DA 3GDLA 3QM3A 1S5VA 3DH7A 4CQ9A 4DO4A 4OE7A 3PBWA 4JTLA 3SSJA 5A5WA 5LNRA 1VQTA 4O1CA 2NLIA 1YXDA 3NQCA 4EF8A 4CNPA 3CIXA 1LRQA 2C16A 3C61A 3QMSA 4CNNA 3PB0A 4O12A 4UFLA 2CWNA 2TMDA 2XN2A 4XKYB 3S9YA 3W23A 1RD5A 4BI5A 3FIGA 3QSRA 2QCHA 3MYPA 2Y61A 2P0OA 2Y7EA 2E77A 3IRDA 2RDUA 3UNDA 5KMYA 4UTUA 3L2IA 4JNMA 4LC6A 5DBTA 2J9YA 3HIJA 1TMHA 2OX1A 4IX2A 4I9AA 4K6AA 4OT7A 3MO7A 3W71A 2RDTA 1ZAHA 3PM6A 3EKZA 3LXBA 4UTTA 4LS0A 1G7UA 1CX9A 3W7JA 4N9CA 1H63A 3BGGA 4DO5A 3UYCA 4KWVA 1X8FA 1Z41A 2RFGA 1I45A 3G18A 3GXPA 2YYTA 1RQHA 3MBDA 1OFPA 3M0ZA 2C15A 2FDSA 1QPRA 1A53A 2VELA 1VH7A 2Z0IA 4JIPA 3A24A 4K36A 3U2OA 4LOCA 2A85A 4O17A 3INPA 2Z6JA 2V2HA 3ATYA 4NJGA 4UTTC 5C5YA 3MHUA 2WV8A 2E5BA 3W07A 2ATMA 1VPXA 3NAVA 2PC4A 5EYWA 1FBAA 4MKNA 4RZ5A 2GPTA 5TQLA 2H3DA 4LC8A 3KOFA 2W79A 5D2WA 5CSRA 1WXJA 4QIUA 3BW3A 3OVRA 4JX6A 3MHGA 4O14A 2ZZ5A 3QMRA 3O05A 2QCLA 4O1BA 2WOQA 4HNTA 2A7NA 2ZZ1A 3TE9A 1DQWA 1C29A 3SI9A 3MI3A 3QQ0A 1WX0A 3DBPA 1H50A 3GYEA 5D33A 3CB8A 5CZJA 1IF2A 3PR2A 2RKXA 5KSWA 1FUYA 5F4SA 3WJXA 3FJ6A 4KWWA 1W31A 2NV1A 1MZHA 3NQGA 1I8JA 3W72A 4UTWC 1QMLA 3EX3A 4GWEA 2R8WA 4MLJA 3RNDA 4QM1A 4LVDA 3ABQA 3W2UA 3M41A 1JRCA 2ISSA 3B0PA 4Z1BA 5IM51 2H6RA 4H3DA 3GDTA 5AYYA 2YFOA 1B9BA 1K8XA 4QQ3A 1DVJA 1KV8A 1O5KA 4TX9A 2ZYFA 1PS9A 1YXCA 1X1ZA 3IIPA 1Z44A 3IIVA 3NQEA 5BMWA 3L68A 4AF0A 4UXDA 3I68A 3WJSA 3S1VA 3TJLA 3EXSA 1VR6A 1VRDA 3G1SA 4BWLC 1JCYA 1SW3A 1JCJA 1VLIA 5A8GA 2B4GA 3LRLA 1N7KA 2JKEA 1VHCA 1I2NA 2ZDRA 4EWND 5HULA 2YYUA 4CQAA 5D09A 3P5YA 2E6FA 3DENA 3TROA 1QPOA 1W56A 3W70A 1EIXA 4X2RA 1K7XA 4N9EA 3LHYA 1TRIA 3M5ZA 3T78A 3WJZA 1FCUA 4FNQA 2RDWA 3THQA 1OX6A 5LGZA 4A2SA 4IMGA 2ZCGA 1NSJA 1R47A 4IGHA 1O95A 1DJQA 2PCQA 5FF3A 1ICPA 2YFNA 2RH9A 5D2YA 4N2YA 3IIXA 1QDSA 4RR4A 4KKXA 2OT0A 1ZHAA 1RQEA 1KM0A 5AHFA 1AG1O 3I7SA 3TK7A 4UTIA 1Q6LA 3HG2A 2B7QA 2FB2A 1NAL1 1FXQA 3R89A 5DN1A 1ZFJA 5CG7A 2TYSA 1U5JA 4WX2A 2J6XA 2PE4A 3B8DA 1W5PA 1FDJA 4UFHA 4IOTA 5FI8A 1BWLA 4WY0B 3NR0A 5FF7A 2C19A 2PURA 2H8XA 1F05A 1C9DA 3LCWA 3FYPA 4XZ9A 3KVMA 3OEXA 3C2OA 2DZUA 1PV8A 4UTMA 2WNNA 1D9EA 4GXMA 1KV5A 4IPJA 1ALDA 4DF2A 1VC4A 3NQFA 5G4EA 2IQTA 3P8JA 1QAPA 2Y88A 3TU9A 1Q6OA 3TSDA 3TC6A 2NX3A 1X7FA 3O6YX 1JCMP 1TV5A 2BWGA 1QPNA 1I2PA 4N9BA 1ZJIA 2J9XA 1FCVA 3SECA 5D32A 4IJBA 2BX7A 2YW3A 4JTHA 4LUIA 1IXOA 1TPWA 3TNOA 3S0CA 4ADUA 3L0NA 5HQEA 2Q8ZA 1XM3A 1JUEA 4NX0A 1H7XA 1TRDA 5KZDA 5BOOA 2X16A 3MP4A 2C0AA 1LCOA 4LNYA 2R14A 3O63A 5C6MA 2FTPA 1W54A 2ZA3A 2WJZA 4RX0A 1YTKA 3N9SA 4AWSA 4JDBA 1DOSA 1SSGA 3EWBX 1UASA 6ALDA 1TPC1 3S42A 3QW4B 4O15A 3DFTA 3E02A 4N6FA 3W76A 4AAJA 4PFMA 2ABAA 3FKRA 3IGSA 3RU6A 1WQ5A 3GR7A 5U4NA 1LTDA 3GAYA 2Q3OA 1EUAA 3GNDA 4NQ1A 5IBXC 3MI2A 1MXSA 3W74A 5FF0A 5E93A 2HTMA 2VOMA 3EX6A 4FNSA 1AW1A 3LDVA 2DJXA 1OG0A 3MHFA 1ME9A 5EL1A 4TO8A 3KHJA 3NYZA 2A1YA 4ORMA 1A5AA 3CWNA 1SFJA 4R34A 3BGJA 1P0KA 4HKPA 4UMBA 2Q3RA 4U28A 5G1YA 4QNWA 4UMCA 3TA6A 3DKJA 4FNTA 5EA9A 3L67A 3PUOA 1GG1A 1TB3A 3O6CA 1GG0A 2WO5A 3QRHA 3P8IA 4JTTA 1F7BA 4GJ1A 1VYSX 4JTEA 3TQVA 1BEUA 1EB3A 3STFA 1OYBA 1LBMA 1J5TA 3GVGA 5F2IA 5DELA 4JTGA 3PY2A 4JTUA 5I3IA 3NXFA 3UQNA 2W0UA 3MP5A 2FPVA 5CPLA 2KZHA 4XBSA 4RZ4A 1B4KA 4YWIA 1N8FA 1PHQA 2B0MA 1XBYA 4A2RA 2V82A 4N4PA 2E6YA 3NQMA 1KLZA 4ADTA 3BG3A 4I7UA 2CZ5A 4I7VA 1VHNA 2B7OA 3MJYA 3P5ZA 3W9ZA 3WK2A 4UCGA 1PCWA 4NXKA 4DBEA 5CPNA 4AWUA 4GC4A 3T44A 2VEKA 1L6SA 3PULA 1AW5A 2OZ0A 1W5NA 1UUOA 4TR9A 4UTJA 2G5WA 1N55A 2NV2A 2RHGA 2WKJA 3MYOA 1GPWA 4JD4A 3W7MA 2R91A 1GTHA 3W1XA 3T7VA 3CTLA 4GBUA 5SWUA 2ZA1A 4MVAA 5CPOA 2QAPA 4K7YA 3RLVA 3EWYA 4HSNA 5AN7A 4Y8FA 1UBSA 3OBKA 3KFTA 1EPXA 1I2QA 3A21A 1HO4A 1VZWA 1KLYA 3UXDA 3BLFA 3W7QA 4LRTA 1ZCOA 3PUEA 5D2VA 1KM1A 3MP3A 3PSVA 5I3GA 3KX6A 3PG9A 3C56A 3C4UA 1FDZA 4MPQA 4TMBA 5FEPA 3LCIA 2NXIA 1M6JA 5LHFA 4LW7A 3R13A 3N73A 4MZ1A 1EX5A 2E09A 4Q4KA 3P82A 5CGQA 4RKAA 2GJLA 3QMTA 1W5MA 1Z48A 4JYFA 5KTLA 2CLLA 2DZSA 3A23A 3W7OA 1MEWA 4U4MA 1KA9F 2YX0A 1H7RA 3E0IA 1EWDA 1VCFA 3ANYA 4HNNA 4AEOA 4JX4A 2QCEA 1V5XA 2QJGA 4ZQOA 4K37A 1UJPA 2ZQ0A 4MIMA 5HJLA 3M1ZA 1B4EA 3OHIA 4FF7A 4WZHA 3QZEA 2ALDA 2C3ZA 1UUMA 1R2SA 1GOXA 2A6LA 3O07A 3BVJA 1OFQA 2FFCA 1OX5A 3H54A 5DXYA 3W1LA 4K8HA 1LZOA 2VFDA 3C0JA 3L0KA 1R30A 3MBFA 3E9AA 3IV3A 1Y0EA 2BTMA 4HT3A 4QJ1A 1OX4A 3UWVA 3BK0A 3DFSA 1K3UA 2Y89A 1DQXA 3P60A 5BRBA 1LOLA 3KRSA 1W0MA 3QF0A 2YR1A 4RXFA 2G97A 3V75A 1BKSA 1EP1A 3EX2A 1VCVA 3VE9A 3P67A 3M5XA 1FQ0A 1TTJA 4IX0A 2NXGA 1G4EA 3LLDA 3HGRA 4OHQA 1I2OA 4NNBA 5EY5A 4P61A 1NF7A 2ZZ3A 3W7EA 4UR8A 2NX1A 4GUFA 1G4PA 4HIBA 5LNSA 1OFBA 3W7NA 3TQKA 1JR1A 2X1RA 2FIQA 4O0ZA 4DBDA 4RV8A 3DFOA 1KFLA 4IMFA 1IXPA 3M6YA 3O06A 1TJRA 1TPH1 3PC0A 3C8FA 4RZ6A 1DKWA 4MFDA 2VFGA 4CCCA 2WPBA 4RCXA 4OGZA 2QCCA 1HL2A 1H1YA 5AHMA 3NA8A 4EVZA 2NX9A 1H7WA 2BSLA 3IGUA 3TX9A 1D3GA 2P10A 1G4TA 4X3ZA 2GVJA 1EUNA 3IEBA 3W22A 4BFAA 2B7NA 4EIVA 3KVLA 3W1NA 2DJLA 1DBTA 3STGA 3QW3A 2QUUA 4UC5A 5KZMA 3W75A 4JTFA 3G3MA 1GWJA 1XXXA 4WY0F 2X2GA 2YZRA 3UPBA 3W7RA 1KW1A 3QEZA 4LWWA 1H7NA 5K9XA 3W85A 3G1FA 1XC4A 5FEXA 1QWGA 4MJZA 1TTQA 3Q94A 4O52A 2YDAA 5LHEA 1GVSA 4CCEA 5BW6A 2PRLA 2ZRVA 1SQ7A 4Z1CA 4LVBA 1L2UA 4ALDA 3M47A 4DXVA 1XDMA 3HB9A 4ADSA 3SIZA 1JQXA 2ISWA 4UTWA 4N6EA 2QEZA 4FXRA 1TPDA 4JEQA 1J2WA 2HSAA 3L9CA 1K7EA 3NDOA 3QPZA 1CI1A 5C55A 5K4XA 1RZMA 2YGYA 4DPQA 3P7YA 5I3HA 5H91A 1FX6A 4YCPA 3CEUA 2V5LA 3MUXA 4UR7A 1X6UA 4E0CA 1WOAA 1S5TA 1SZNA 4TU1A 2JKPA 1TIMA 4WXZA 1P1XA 3PS7A 5D05A 4GUIA 4FNRA 4S2BA 3FS2A 4MZYA 4CLMA 5F4WA 3HQ1A 3CLMA 3LHWA 1H51A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CIT A;  5BRQ A;  1LUC B;  1T6M A;  3U7B A;  1MRA A;  1U83 A;  1X97 A;  3O7U A;  2DIK A;  1AL7 A;  3LD5 A;  5ECV A;  3OTR A;  3HMC A;  2QUL A;  4M1B A;  3GB6 A;  3J7H A;  4YTQ A;  3SDO A;  4J3W A;  5DBU A;  5G2W A;  3GXM A;  1M7O A;  3E2Q A;  4KRZ A;  4NJK A;  3JRK A;  3UBP C;  1UZH A;  4GQ0 A;  2ZAD A;  3I6R A;  1I4N A;  7A3H A;  1HGY A;  3SN1 A;  2QXW A;  4LRS A;  4IQD A;  5GNZ A;  2Z2A A;  2ZE0 A;  2E7F A;  4Z1Y A;  6REQ B;  1S5W A;  1R3R A;  2X7W A;  4LBU A;  1EP2 A;  3GFZ A;  5AHI A;  5AVH A;  1LQA A;  3PUG A;  4HHP A;  3M0Y A;  5DCE A;  2D0G A;  3P81 A;  3VFL A;  4ZQR A;  2JGQ A;  2R94 A;  3UZJ A;  2WSR A;  2LLE A;  2WQP A;  4PRR A;  3VKB A;  4LT9 A;  1OGG A;  2PZ0 A;  2VDI A;  1FCB A;  1XLD A;  5K9D A;  2PDC A;  4LAU A;  3N04 A;  3SJN A;  4LEF A;  3TAK A;  3P61 A;  1K7F A;  5CZ0 A;  4HHL A;  4KES A;  5BMX A;  4GGH A;  1PZ3 A;  2PTX A;  3TC7 A;  3CZG A;  2CWX A;  1W9V A;  4GKT A;  1W5Q A;  4NJH A;  1YPI A;  4V33 A;  1ZAI A;  3FJ4 A;  3T6C A;  3W27 A;  4OUI A;  1POK A;  4PEE A;  4LS2 A; 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