5LNWA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320-g3p complex
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
274
structure length
274
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 96
structure length 274
sequence length 274
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnwA00
2PURA 1LRNA 1N8FA 5AHFA 3GNDA 1XBZA 3DAQA 3LCGA 3TK7A 3WJXA 2ZCGA 4ZQRA 1LOQA 3GIYA 1GG0A 2WNNA 4RR4A 3PR2A 3SSJA 1ZCOA 2E09A 1WAUA 4DF1A 1AW5A 4BR1A 3S5ZA 2AQWA 4JS3A 1H62A 3S42A 1TPB1 5D02A 4MYAA 1KFEA 4N9CA 2CZFA 3EEGA 1SO6A 4LS1A 5DY3A 4O54A 2Y6ZA 1SZEA 3W2UA 2FPVA 3MUXA 2ZZ4A 1IXOA 3MP5A 2J9XA 4OV4A 3NQEA 2DZVA 2FPTA 4BFAA 1U5JA 2J88A 1MEHA 5D2TA 1LP6A 1JVNA 4Z1AA 5G4WA 4LVGA 1TV7A 3LERA 1A53A 4FEZA 1ME8A 3LCHA 3IRDA 3WJSA 4AVFA 1EP2A 3N73A 1XUUA 2Y7EA 5K2ZA 4Y90A 3W1UA 3W07A 3W84A 1WXJA 1VLWA 3EWYA 4Q32A 1B4EA 3W87A 2H3BA 3NQCA 3RK8A 4RZ5A 3C3NA 3T78A 3TSBA 3LCIA 4RLIA 1TCDA 2J9YA 2HSAA 3QQ1A 1F6KA 1F74A 2J27A 3R89A 4JX6A 2FB2A 2RFGA 1SW0A 1ZHAA 5G2WA 3P80A 1GWJA 1XUZA 3BARA 1EUAA 5CSRA 4MOZA 3N14A 3ANYA 3W1MA 5F2IA 3W1AA 1DJNA 1W3IA 4JYFA 3A24A 1UB3A 2GVJA 2H6RA 1KM5A 2W0UA 4R33A 3NM1A 3KVLA 2V81A 5AC7A 4M6QA 5BMWA 4IWWA 3MYOA 3NPWA 3GDTA 2CU0A 2NXHA 4BK9A 1TPH1 2JBMA 3G0UA 3HB9A 4BF9A 3IIZA 1P0KA 4AWSA 3G0XA 3EX2A 1SZFA 3G1FA 1VQTA 5E93A 1FXPA 1XKYA 1C9DA 3Q94A 4NJJA 4PA8A 2DORA 4GXMA 3FYOA 1JR1A 3G3MA 1A5CA 2VFHA 4XQ6A 3QQ0A 3UWQA 1OFOA 1SFJA 4JTEA 1H7PA 3NEVA 4DF2A 1KBJA 4PL2A 3TFCA 5LGZA 4QNEA 3TNOA 3TSMA 3S9YA 6TIMA 1VCGA 1LORA 1EUNA 3CM4A 3WK3A 1M6JA 4IMGA 4JDYA 1W3NA 1S5TA 2HS6A 2DZWA 2VFDA 2OJPA 3NAVA 3N2XA 3W7PA 4UMBA 3DFQA 3S8HA 2Y89A 6ALDA 3DGRA 3NQFA 1HTIA 3BGGA 4DO5A 4D2JA 1FCUA 1EIXA 3L5MA 4Y6GA 2P10A 2Z1BA 3UWZA 3NG3A 4AXKA 3ZWSA 3EWUA 2FQIA 4QNWA 2GOUA 3C56A 1GJPA 3O05A 1EB3A 1K7FA 1TV5A 1D3HA 4UIOA 1QPOA 3BLFA 1FDYA 3EX3A 4O12A 2OCZA 4FNRA 3P61A 3DFOA 5DBTA 5AB3A 3BG5A 1HO4A 1FX6A 2ZA2A 3TAOA 1V7YA 4O52A 1IGSA 3CTLA 4K37A 1DBTA 5KZEA 3O07A 1TPUA 1MO0A 2AAMA 5G1YA 3DFNA 3BPWA 4O28A 1WA3A 1MZHA 3N9RA 3FLUA 4GUGA 1TMHA 2RKXA 4UTHA 3EXTA 1TRDA 4GWEA 4IGHA 1ZALA 3W1TA 4ZQCA 3R13A 3UPWA 1NF7A 3G1VA 3TX9A 4IMFA 1U83A 1G4SA 2FJKA 1OK6A 2QJGA 1IIHA 5K9XA 1OHLA 3KOFA 1FWTA 3EKLA 1OF8A 5BW6A 5G5IA 3S5OA 3LGEA 4HN4A 4XWUA 3NQMA 1GVFA 1H7WA 3ZR4A 3HGRA 2V9DA 4WD0A 4P61A 1EP1A 5K9DA 1SZNA 1DJQA 5CPMA 4XTIA 2V5BA 3HPZA 4QIUA 3QJAA 4FX8A 1XM3A 4OU1A 4S2BA 1YDNA 2C16A 2F84A 4GRSA 2V82A 1S5VA 5LHEA 5F1UA 1XI3A 4UFMA 3HOJA 1PCWA 4HNUA 3TMLA 4DQWA 4RV8A 4S1FA 2BX7A 4UTKA 3GB6A 1L6YA 5LNVA 3PAJA 3G1DA 3W75A 5I3HA 2FPYA 3CIWA 1Z41A 3FYPA 1W54A 3LTSA 5CSSA 4LC6A 1AL7A 3FJLA 4A29A 1L6SA 5LKYA 1PS9A 3MMTA 5HQEA 5GVJA 1OX6A 1LDCA 2QCDA 1TQXA 4HPJA 1KFCA 4XTDA 1F7BA 4AWUA 1EWDA 3LBMA 3C6CA 3CIXA 2YPIA 1FWRA 2DU2A 3E02A 1AL8A 3CWNA 1IF2A 4NXSA 1KW1A 3PY2A 4UMCA 2JKEA 4ZQOA 1W3TA 3NQ6A 1QOPA 4O1CA 1VC4A 1QMLA 5BOOA 2Z6IA 3VI2A 2A7RA 3MHUA 2Q8LA 3W88A 1SSDA 1K8ZA 5CZ0A 1TYGA 3RF9A 3NDOA 4NNCA 3P82A 4IJBA 3HBLA 3HGJA 3FFSA 1V5XA 1SFLA 4ML9A 3M1ZA 1SU5A 3NPVA 4O10A 2BXVA 1UBSA 1L2UA 2FTPA 4HT3A 3F03K 2VFGA 4WXZA 1KLYA 4LS2A 4KWWA 3W1RA 3QF0A 4S2CA 2C13A 1ZY9A 2EHHA 3A22A 2ZBTA 3NYZA 3DFPA 4ALDA 1F76A 1JULA 3L66A 5CKSA 3V75A 1FXQA 2A2IA 1L9WA 3CU2A 3F1QA 1TPEA 4FIQA 3T55A 4TMCA 5FEZA 5LSMA 2XN0A 1K3UA 2O7QA 2VEKA 2QJHA 2QEZA 4QSHA 3TMQA 3LLFA 4KWVA 3P5YA 5DXXA 1HUVA 2NX1A 3STFA 1A5SA 4O13A 4JTJA 2ZA1A 1GVQA 4LRSA 3NQGA 1R47A 1R2TA 4CNNA 1UJPA 3CLMA 1XBYA 5MHBA 3O6DA 3P5ZA 5KITA 3KXQA 1Y0EA 1G67A 4UTIA 1R2SA 1YPIA 3OHIA 3LRMA 2C6QA 4A22A 1LZOA 5IBXC 3IIOA 3NQ2A 3EXSA 2NV2A 4CCEA 5BRBA 2DJLA 1YTKA 1OFRA 4RJEA 3U8GA 4EVZA 4E0CA 4IQLA 4OGZA 4YCPA 3KVJA 3W76A 4N02A 1GZGA 1J5TA 4EF9A 2E5BA 3VCRA 3LXAA 3TSDA 4RKAA 3QZEA 4JIPA 3U2OA 4AHPA 3CC1A 3GYEA 3P81A 1TO3A 3VNDA 4OE7A 1GG1A 4OQVA 3LTPA 4HNVA 3S6DA 4E38A 2QCDB 1GYNA 5EKYA 3M5VA 1JQVA 5EBUA 1OX4A 2NZLA 4LT9A 4RX0A 5I3IA 4MLRA 1H61A 2V2DA 1O94A 3CPRA 2CZ5A 2KZHA 5AHMA 5CGQA 4H6KA 1LLZA 1T99A 1YDVA 4GNJA 3WJZA 1X7FA 2ZQ0A 4JD4A 3S1XA 1BEUA 2CZDA 3ZFHA 5FI8A 3PUDA 1ALDA 3I65A 5L9FA 1Z42A 4MZ1A 1KM3A 2DZSA 4L4LA 2R91A 3L0NA 1WBJA 1LYXA 3BG3A 2FDSA 3GKAA 3LV5A 4MZYA 2HMCA 1LROA 2CLEA 4O15A 1NEYA 2E5DA 2CWNA 4JTFA 1I8JA 3I7RA 3PM6A 3CHVA 3L67A 3NQDA 3UYCA 2ISSA 2GVGA 1ADOA 5C5YA 4MJZA 1KLZA 5EY5A 1OVDA 4GUHA 2GUUA 1VYRA 3HO8A 4RK8A 2C19A 3L0KA 5IBXA 3UWWA 2RDTA 1JRCA 3QW4B 1QDSA 4MZ8A 2CLHA 3G22A 4W9TA 3ELFA 3GKFA 3TDFA 3I6RA 3IIPA 3O8AA 3DKLA 1EEPA 3L0GA 4M7TA 5CZJA 5D2WA 3LHTA 2E1DA 3IV3A 1OFQA 3HIJA 2E77A 1HG3A 4JR5A 3PF3A 1XBXA 4PCFA 2QUVA 3DFTA 2VKZG 2QAPA 1LM1A 1H7NA 3W22A 3HG2A 1VR6A 1KFBA 2A21A 5I3FA 1TJPA 4WY0B 3O15A 3MBFA 4NXKA 4ONVA 1QFEA 2QCLA 1OFAA 3G1YA 3O1NA 4M7SA 2Y7DA 3LI1A 4FNPA 5HULA 3S1WA 4JTTA 2YFOA 4MFDA 1Q6OA 2Y62A 4NX0A 2HS8A 3UNDA 1K8YA 4LOCA 1H51A 5CZTA 3A5FA 4Y96A 3L5LA 2P0OA 2ZFAA 3RLUA 3QH2A 4LUIA 3E96A 1I2RA 3L68A 3TKFA 2ZTJA 4LVDA 3PBVA 2QCMA 1O5XA 2ZTKA 4TX9A 2EAWA 3DH7A 1NF0A 1PCKA 1HL2A 2QDHA 3LV6A 2AGKA 2G96A 3GAKA 3VE9A 2A85A 1GQNA 2OT1A 2JKPA 3I68A 1I2PA 5AHIA 3HGOA 4I7WA 3USBA 1I2QA 1G4PA 1CI1A 1JCXA 1XL9A 1ZAJA 3W9ZA 2PC4A 3PS7A 3SZ8A 4DBEA 1GEQA 2ZRUA 3PBWA 1OF6A 1QCWA 3N9SA 5K9CA 4PC8A 3F4WA 3OVPA 4UFJA 3IVTA 4CQ8A 1OX4B 3GDMA 1KTBA 3LHVA 4JYEA 4XBSA 4M5PA 2ZDRA 4K6AA 3W1XA 3SJ3A 2QJIA 4IPIA 5F1VA 4RZ6A 2WSYA 1VHCA 3QPZA 4X9SA 2CLOA 1DQWA 3W23A 4CCDA 1FUYA 4JTUA 1QPRA 3ABOA 5J5RA 2NWSA 4Y9AA 3NQAA 1VYSX 3WK0A 2G97A 4DPPA 2NUYA 2YXGA 3KVMA 2C0AA 3Q2DA 4UR8A 5CPNA 1BKSA 4K8HA 3NR0A 3NM3A 4PODA 3NPXA 4AHQA 3C0JA 3R2GA 1GVRA 3PG9A 4YLWA 1K03A 5FEXA 1KM6A 4Y8FA 3W7HA 3CEUA 2QCCA 3DFSA 1O95A 1P1XA 1P4CA 1JRBA 3M43A 3BLEA 1SQ7A 3LM7A 3R5EA 3O06A 3RU6A 3THAA 1CW2A 2VEIA 2JK2A 3K30A 2IQTA 1YADA 4MKNA 4NU7A 4I7VA 1AW1A 4UTUA 1G7UA 2GQAA 3BV4A 4WUIA 4EOUA 5K3VA 3A5VA 3S1VA 2WSQA 4PEKA 1G6CA 1SSGA 2A6LA 4HNTA 4GE8A 3S5YA 4LC8A 2YCEA 4NZJA 2XFWA 2CW6A 1MEWA 1JCYA 1VLIA 4NJIA 3P74A 1OABA 1FBAA 1X6UA 4QQ3A 5C54A 4NX5A 2TRSA 3FJ6A 4YXGA 1WYIA 3KRZA 3S0CA 3PWAA 1ME7A 2NX3A 3W7OA 3W85A 1VCVA 1ZAIA 5D2VA 3NQ7A 2A1YA 2G5WA 1W8SA 3GK0A 5D30A 2PCQA 5AYZA 2VC6A 4FX7A 2J6XA 1J4EA 1GTEA 2C1HA 1GYLA 5E0KA 3TQ0A 1SR9A 3G1XA 3IIXA 1H7XA 4LV4A 4Z1BA 3E12A 4UMAA 1RZMA 3GR8A 3MI2A 3GXNA 4ZL1A 2V0TA 3OG3A 3B06A 1TRIA 5HR7A 1P0NA 3G8EA 1FCBA 1ZJIA 3SW6A 4YCOA 4G1KA 4O19A 1PHQA 2WNZA 2X1SA 1TQJA 1BWKA 1AK5A 3W7NA 3UY7A 4IX0A 3KX6A 3VKJA 1D9EA 3W73A 3W7LA 1D3GA 4FNQA 3VE7A 1KTNA 2OX1A 2V5LA 2YX0A 4O18A 2QAFA 2R8WA 2QF7A 1WOBA 3PBUA 5HNRA 2FB3A 4LY8A 5E1QA 2B7QA 2CZEA 5KSWA 4MFEA 2I14A 3W86A 4UUIA 3NL6A 3MHFA 3LDVA 3GAYA 3IEBA 3QPYA 5AYXA 7TIMA 1LOLA 2C14A 1TREA 3LHUA 3N2MA 4O17A 3UWUA 1ZNNA 1OYBA 3CB8A 1I2NA 1SW3A 2VENA 1FCVA 5F2MA 1HFBA 1TTJA 3TUUA 3BO9A 3FOKA 1NVMA 3SFKA 1R46A 4GJ1A 1JUEA 5G2IA 4O11A 4AHOA 3T40A 3LBCA 1Q3NA 1WQ5A 4Z1CA 4IXXA 1R2RA 1ZFJA 2VXNA 5FF2A 5LGXA 2ZZ3A 3AO0A 4R7JA 3TQVA 4H3DA 5K4XA 4EWND 1KV5A 4IMEA 1VPXA 1DKWA 4UFLA 3TFXA 1G4TA 3R12A 2Y88A 3TE9A 4GUFA 3PBYA 1VH7A 1I2OA 2E6YA 4O1DA 2X1RA 4JY9A 1QPQA 2B7NA 1KTCA 1TPWA 3B04A 2W6RA 2RDUA 1X8FA 2WV8A 3ATZA 2PE4A 3IVSA 3M16A 2GQ8A 4Q33A 4X22A 2I9EA 1H60A 1TPFA 4MJMA 4KKXA 3STGA 4RXFA 2NXGA 4M6PA 4LV9A 4DXVA 4WJEA 4PTNA 4EF8A 1O4UA 1LCOA 4UFHA 3TQKA 1YDOA 1DOSA 2C18A 1F6PA 2V2HA 3N3MA 2VFEA 4ORIA 3O6CA 3L5AA 4Z0JA 3LXCA 1LBLA 2QUTA 4TO8A 8TIMA 4O53A 5HJLA 2QCHA 1ICSA 4FNUA 1MEIA 5TBOA 1FWWA 1WDWA 1FQ0A 3UWVA 2DZTA 1EX5A 5D2YA 3KRSA 1Q6LA 4O0ZA 3W2NA 3NQVA 3PVFA 4X2RA 3NPUA 3HPXA 2YYTA 5D04C 1TTPA 1Z44A 3DI1A 3TW7A 1OX5A 1JUKA 2ZRWA 5AHNA 1SO5A 2CLFA 2E6FA 3MW7A 4WOQA 1SPQA 3QM3A 3W2JA 2DP3A 1DQXA 3NL3A 3DHFA 5EL1A 5D03A 2ISVA 4JEQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PUR A;  1NOW A;  3DAQ A;  3WQ6 A;  5CGT A;  3LCG A;  2G3F A;  1JI2 A;  5BWA A;  3TK7 A;  3MCO A;  3WJX A;  4HCH A;  1K8C A;  2A3C A;  2WB5 A;  1F07 A;  4LUS A;  4RR4 A;  2RJG A;  3SUR A;  2UWF A;  4DF1 A;  3S5Z A;  2Y4S A;  4JS3 A;  3QQW A;  4GNK B;  2CWX A;  1TPB 1;  4QE4 A;  4E8G A;  3U3H A;  3VKB A;  4N9C A;  4C60 A;  4HOW A;  3EEG A;  3ERP A;  3BWW A;  3TYA A;  4DBU A;  1SO6 A;  2Y6Z A;  2WMK A;  3CMG A;  1L8N A;  1UD2 A;  1WP6 A;  5EMK A;  2FPT A;  1UWS A;  4XIM A;  5BXR A;  1S2A A;  2J88 A;  2GDQ A;  4JHM A;  4DWS B;  4B4F A;  5HNU A;  1WCG A;  4J27 A;  5G4W A;  1TV7 A;  3VGE A;  4J40 A;  1GVE A;  1MW0 A;  1A3W A;  3IRD A;  1NWR A;  2V5C A;  2Z2A A;  4Y90 A;  1MRQ A;  1A80 A;  1VLW A;  3EWY A;  1B4E A;  2J7C A;  1NQK A;  4Q32 A;  5CCZ A;  4UQ9 A;  3OO2 A;  1EQP A;  5CEW A;  3KTX A;  4TXE A;  4HK5 A;  3PAN A;  4Z17 A;  2Y24 A;  4Q4S A;  4XD3 A;  2C1I A;  2BOD X;  2WWC A;  2FB2 A;  2DUZ A;  2YL8 A;  2CXE A;  3P80 A;  1H0I A;  1TVN A;  1GQJ A;  1EUA A;  2VP8 A;  1DJN A;  1W3I A;  3A24 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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