5LSMA

Crystal structure of nitronate monooxygenase (so_0471) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
346
structure length
339
Chain Sequence
CRLTRLFGIEFPIIQAPMAGVQGSALAIAVSEAGGLGSLPCAMLSLEALEAELTAIRSQTAKPINVNFFCHREPVAQAAKQAAWLEQLAPYFAEFNLDPNRTPYSKAQAEVLAKFKPEVVSFHFGLPDEELLLEIKSWGSKVISTATTVEEALWLEARGADAIIAQGLEAGGHRGHFLSEDLTEQLGTFSLLPQIIAAVEIPVIAAGGIVDATTVRAAMTMGASAVQVGTAYLLCPECNTSAIHREALQSDAAQHTALTNLFSGRPARGIVNRFMAEMGPMNEAVPDFPLASSAVAGLRTAAERLGFWDFSPLWCGQNASGCRAIPAADLTRSFVLSLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nitronate monooxygenase (SO_0471) from Shewanella oneidensis MR-1
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis (strain mr-1)
molecule keywords FMN-dependent nitronate monooxygenase
total genus 114
structure length 339
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 1.13.12.16: Nitronate monooxygenase.
pdb deposition date 2016-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03060 NMO Nitronate monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lsmA00
1DQXA 4HNUA 2DZSA 2A85A 5AYYA 3W7LA 5U4NA 3W1UA 2CU0A 3QFEA 4EF8A 3IRDA 3E12A 3PG8A 3P80A 3W1LA 3BO9A 3G1XA 1TIMA 1WDWA 1CW2A 3HG2A 4UXDA 3ZWTA 5K9CA 3PUDA 1XI3A 1WBHA 4ZQRA 2A0NA 3MP3A 3NO5A 3B0PA 4JX6A 5F1UA 3S1UA 1ZNNA 3C2RA 1LDCA 4ORMA 5G4WA 3PBWA 3B05A 3EKLA 2FLIA 2ZRVA 2VENA 4A3UA 3WK0A 2X2GA 3SR7A 3W74A 1XBYA 1DL3A 2PRMA 1Q6OA 4GUHA 4NVTA 4ZQNA 5D09A 5I3JA 4OE7A 2ZFAA 1KW1A 2R8WA 3QC3A 4MKNA 4AB4A 3W1PA 3UYCA 1J5TA 1KM2A 3MHUA 3HIJA 1R46A 3GDTA 2DZVA 2E1DA 3KVLA 3MUXA 2YFNA 1ADOA 1SZNA 5E0KA 1WV2A 1PHQA 4EVZA 2Q8ZA 2YXGA 1TPH1 3W3OA 4FB7A 2A7NA 1W5QA 1J2WA 3GDMA 2VOMA 3MO7A 4DPPA 3FYOA 1H1YA 1T8XA 4IPIA 1F2JA 2X16A 1KM1A 3G3MA 3RLVA 3UY8A 3FLUA 1N55A 3R8RA 2DZPA 3G3DA 1K03A 1G4SA 1YADA 2JK2A 4RXFA 3LRKA 4JS3A 1FWTA 1YXYA 5F2IA 2HTMA 1FY6A 3A24A 4UC5A 2B0MA 4DXVA 2WV8A 1R30A 1LYXA 4DO4A 1VGAA 2EPHA 2HMCA 4O1DA 3LXAA 4WXZA 5AOUA 3N9SA 1NAL1 4LW7A 1VS1A 1UBSA 4CCCA 3GB6A 1XUZA 1OFEA 4XKYA 1G6CA 4NNCA 2I1OA 2QJIA 2I9EA 1K8YA 1C9DA 4JXCA 1SQ7A 1OJXA 2CLOA 3PB0A 3W76A 3PF3A 3NAVA 2NUYA 5AC7A 3BVJA 4JTHA 3ATYA 2J9YA 4X2RA 3NQVA 2CLFA 3WJYA 4WOQA 4I9AA 2DU2A 4MVAA 2RDWA 3GKAA 2GQAA 4ZZ9A 3NQCA 5F4XA 4UMCA 4P61A 3U2OA 4LVAA 3FEMA 1BKSA 1H7PA 4IXXA 4NU7A 8TIMA 3P5YA 4WY0F 4CNNA 2YR1A 2JGQA 3F4NA 3VFLA 4PFMA 4MZ8A 4UTWA 4NJHA 1GTHA 3S9YA 3KHJA 4GBUA 3UXAA 3I7SA 3RU6A 1YXCA 3TXZA 3W1NA 1A5AA 4LC8A 4UTHA 1JQVA 4QISA 4CCEA 4AHQA 2ISWA 3LV5A 4D2JA 4I7WA 3H53A 3M7WA 4YL2A 2J24A 3SGUA 3LERA 3LTSA 1TCDA 1KLYA 1JUKA 2QDHA 1TPB1 4NJIA 1VRDA 3M43A 3HQ1A 4E2DA 1R2RA 1TQJA 5CSRA 1TPUA 3EWZA 1H61A 4UUIA 3HGRA 4C1KA 3SGZA 2X1SA 1MEWA 4MJMA 1KTBA 5DY3A 2OZ0A 4FIRA 1VH7A 3GVGA 2CLLA 2NUXA 3HG5A 1VCVA 2WNNA 5H91A 1QCWA 4UMBA 1D3HA 5MHBA 3S0CA 4PCFA 4N9EA 4FX7A 4O1BA 3O05A 1LM1A 2VFHA 4E2BA 3VKJA 2QCEA 3AJXA 3C6CA 2Q3RA 5K9DA 3EX3A 1LOLA 3TC6A 2FPYA 2OT0A 2A21A 3W1QA 3A21A 3E0IA 3TAOA 2Y70A 3UPWA 3IIOA 5KZDA 2GQ8A 1DHPA 3BLIA 1JULA 1OABA 5AHFA 5HINA 3JRKA 2QCMA 2V8ZA 3ZFHA 4LV9A 2FB2A 3EX1A 3G8RA 3G0XA 4KKXA 5TBOA 4K7YA 3VCRA 3IGUA 3NEVA 3DHFA 3EX2A 3TJLA 1QAPA 3IGXA 4O14A 5AHLA 1H60A 4U4MA 1ICSA 3H54A 5G1YA 1PHWA 5G2IA 2PURA 2TYSA 3BGGA 1AK5A 1B57A 2NUWA 2YPIA 3M16A 1PE1A 2EKCA 3STFA 5BOOA 1XXXA 2CLHA 4LU0A 4UR7A 3CM4A 4PTNA 1DVJA 4O15A 5A8GA 4HIBA 1KTNA 3NQ8A 1O95A 3PB2A 1A5BA 1TO3A 4PODA 5DCEA 4JYEA 2C0AA 1WOBA 2ZTKA 3W1AA 3DBPA 3F4WA 4NZFA 4CQAA 4OWGA 3QQ0A 5HMSA 4LT9A 2CLKA 3PG9A 5AN7A 4YCOA 2KZHA 2JBMA 4JIQA 3LV6A 1LBMA 2Y89A 3GXTA 1PVNA 4JIPA 3RLUA 4BR1A 4O8RA 1GOXA 2VEPA 1GVQA 5EMUA 3GDRA 2ALDA 1JUEA 3LHUA 4JY8A 2WJZA 4X22A 2NXIA 3GR8A 2V30A 2E6YA 3W83A 1XBXA 4RLIA 3O16A 3IIPA 3LCGA 4LV4A 1X1OA 3FFSA 1QDSA 3HG3A 5FF2A 3DKLA 3HGOA 1HTIA 3YPIA 4O4VA 4O54A 4A21A 3QSRA 5AHIA 3GAKA 5D03A 2FIQA 4X3ZA 1H1ZA 2F7FA 4YMZA 3DFNA 4E38A 3PSVA 5E93A 3N2MA 3N14A 1UJPA 1KM6A 2QUTA 3L0GA 1ZCOA 3RK8A 2YZRA 3IIXA 1I2OA 3LRMA 1VHCA 2BXVA 1RVGA 2TMDA 2Y63A 3EWXA 3LI0A 3VE9A 2B7OA 3O1NA 2A7PA 2P10A 3BG5A 1SR9A 3JS3A 3UWVA 5F2LA 1KFJA 5K3VA 4IMEA 2E6AA 3MYOA 3GDLA 2GPTA 1H7OA 1SW0A 2GOUA 3WJSA 3STCA 3CC1A 3LOTA 5AHMA 3W1TA 1RQHA 2C13A 3OBKA 3L66A 1OFAA 2Z2UA 3C0JA 3SIZA 2TPSA 4ONVA 4DO6A 3CTLA 2QDGA 3TJXA 1LLZA 4O0KA 1YLVA 2GVJA 3NOEA 1BEUA 2E09A 4O0ZA 4LWWA 1O4UA 1EEPA 2C6QA 3W72A 3U6WA 5LHFA 4O19A 2FFCA 5D05A 3UZJA 5DXYA 3SW6A 1THFD 3GLCA 1FUYA 4GUJA 4RZ5A 1GWJA 1SO3A 5J5DA 3P60A 1TSIA 3W2LA 3N73A 2ZZ3A 3MJYA 1W31A 2OCZA 4FNTA 3TFXA 1QOQA 1FCVA 1VR6A 1GYLA 4EWND 1OYCA 3NZRA 3EWUA 4S2BA 1TRDA 1KFKA 2R14A 3LRLA 3W2JA 3QM3A 2ZA1A 4LNYA 3S6DA 4YXGA 2ZRZA 4M5PA 1JCMP 4GXMA 2ATMA 1KM5A 1A5SA 3KFTA 3P8IA 1ALDA 1G4PA 3LCLA 4PH6A 2DZTA 4OT7A 1J4EA 3W87A 4Y90A 3B06A 5F4SA 4ZQPA 2HSAA 1BTMA 4UFJA 5KZEA 1B4KA 4LVGA 1OX6A 2WSQA 2CW6A 5G2WA 4UFMA 4CQ9A 3RF9A 2J6XA 1DKWA 4GUFA 4LOCA 2QKFA 5DCDA 3NYZA 5TQLA 2E6DA 3QW3A 4IUOA 4MYXA 3NL5A 1OFPA 3GIYA 3O8AA 4IJBA 1I2RA 5HULA 2R94A 4DO5A 3TW6A 3NPUA 5EBUA 4N02A 3RNDA 3A22A 1NF7A 4H3DA 4IMGA 2ZZ7A 1VYRA 2A4AA 2RDUA 4EF9A 1IXNA 2V5LA 1AW1A 1XDMA 1LROA 3M41A 5GVJA 3LXBA 4JYFA 1VQTA 2NX9A 2PE4A 5CSSA 2NWSA 2Y7EA 2X1UA 1G69A 1LBLA 2BX7A 1YDOA 3VE7A 2YW3A 3W7RA 3ZS4A 2WO5A 3NM1A 3BK0A 3TNOA 4WUIA 4O1CA 4K8EA 3TIMA 4RZ4A 3EX4A 3LHTA 3W6YA 3ABSA 1TV5A 1K7EA 2WSRA 4UFHA 3W7NA 1UCWA 1GTEA 1FDJA 3I7QA 4LRSA 4XZ9A 4Z0JA 4ZL1A 5A5WA 3HGSA 2W6RA 1YTKA 1ZALA 4AMAA 1LBFA 1ME9A 4PC8A 4IMDA 1YPIA 2LLEA 3FIGA 5CPLA 3I65A 3T7VA 3SI9A 3KOFA 4OHQA 4PL1A 4JTTA 1YTEA 2WNZA 1XFBA 3G1YA 3QSTA 3N3MA 2ZZ6A 1QO2A 5F2MA 4POCA 2P1FA 2GJLA 1H62A 4BK9A 1ICQA 3M9YA 3A23A 4LS1A 1GVRA 2Y7GA 4WOZA 3BLFA 3QW4B 1O94A 1Q6RA 1W37A 1SFLA 1U83A 3QMTA 1H7XA 4Z1CA 2ZZ1A 1EUNA 3NQ6A 4GFSA 2GUUA 2Y7FA 3LHYA 3PBVA 3CIXA 3R5EA 4J9JA 1M5WA 3JR2A 4BWLC 1JJKA 4AAJA 3AO0A 1L2UA 2YYTA 1O5XA 1VHNA 3P5ZA 1XBVA 4JTLA 2E77A 1L6SA 3CWOX 3TH6A 3E49A 4MZ1A 3C4UA 4NT0A 3BPWA 1PL9A 3OG3A 5AC8A 3QPYA 3O63A 3TU9A 5LHEA 1WYIA 4MFEA 2B7PA 1SZFA 4P2VA 5EKYA 3DENA 3FJLA 4E0CA 5FI8A 3RMJA 1GPWA 2J88A 3DI1A 1YDNA 1Z48A 1RQBA 1UASA 4ZMGA 4M6PA 2W79A 3GYEA 3KVKA 1Q6QA 1VLIA 2NZLA 1DBTA 3THAA 2NX3A 1OVDA 3W7OA 4KWVA 4UFIA 1LOSA 1LTDA 1G4EA 1XL9A 3E02A 4MY8A 3HB9A 1XKYA 3NGJA 2B7QA 1IXOA 4BI7A 1LRTA 4JTGA 3I68A 1OG0A 3V75A 3W2KA 1ZAJA 3HPXA 5H2ZA 3TA6A 2OT1A 2V81A 2ZQ0A 5F1VA 1SO4A 2J9XA 1JRBA 4PL2A 1DQWA 4MFDA 2YGYA 5KITA 4WX2A 4QQ3A 4AH7A 3FYPA 3TK7A 3LI1A 3W7PA 1W1ZA 3C2FA 4N4PA 2G97A 2ISSA 1QWGA 4N6FA 2H6RA 2G5WA 4UMAA 2BZNA 5I3IA 1W5OA 2GJNA 2NV2A 3PBYA 2VFDA 1SZGA 1VPXA 5CZSA 1PCWA 1RD5A 3CLMA 1I8JA 2QCDB 3C61A 3C2OA 3IVTA 4TX9A 4XQ6A 3MP5A 3UPBA 2FDSA 4KFOA 3TFCA 1W5PA 3O6DA 1VLWA 4IPJA 1JVNA 4NXSA 3LCFA 5D32A 4YCPA 3W73A 2RHGA 1F6PA 2Y7DA 5D02A 3OHIA 4H6KA 4O11A 1I4NA 1ICPA 4GE8A 1A53A 4RV8A 1K8ZA 1QPNA 3PVFA 1SSGA 3TV8A 4B5NA 3TAKA 4LVDA 3EEGA 1TTPA 1W5MA 5G5IA 1FXQA 3UQNA 1W5NA 1AW2A 1SO6A 1SUXA 3HPZA 5KTLA 4O16A 2A1YA 5J5RA 2YYUA 3EWYA 5I3KA 4HHPA 4NXKA 1IIGA 3PY2A 4UTIA 3W84A 3PUEA 3SY5A 4AF0A 2C18A 3EXTA 1W3IA 3DFOA 5KINA 4S2CA 1N8FA 1B9BA 3G1DA 1OFBA 2H8ZA 2A2IA 4FF7A 3G1SA 1EA0A 2UV8G 1H51A 3PAJA 4ZQMA 4QAIA 2G96A 3PBUA 4O18A 3T4CA 2WNQA 4JTJA 4XBKA 3HOJA 4CNPA 2WPBA 1S5VA 3W07A 1V7YA 1WAUA 3KXQA 4O52A 3IIZA 1FCUA 3W7IA 3DGRA 3ZR4A 4CCDA 1JCNA 3IV3A 3E9AA 1QPQA 2FTPA 1GG1A 5DCBA 4JEQA 4JTSA 4WXYA 4N2YA 2CWNA 3QEZA 1SFJA 3RFAA 3UWYA 5CPOA 4UTUA 1X7FA 2V2DA 4LY8A 4RK8A 1X1ZA 1VCFA 2HS6A 5I3GA 1OYBA 1ZAIA 4A2SA 2ISVA 1TV7A 1OK4A 2RKXA 4MZYA 2NLIA 2JGYA 3NL2A 1TB3A 2ABAA 3PC0A 4K8HA 4N4QA 3HO8A 3NDOA 4UTMA 3S1WA 1SPQA 4KFNA 5HUOA 3TQ0A 5D04C 3EWBX 2QAPA 1XCFA 4JX5A 3KX6A 3CQ0A 4FXRA 3S5OA 3L2IA 3FS2A 2VFFA 1H7NA 1OX5A 5L6UA 2H3DA 3G18A 3QYQA 2PRHA 1TQXA 5LGXA 3G0UA 1H5YA 3LX9A 4IMCA 5EA9A 4R53A 3HGJA 6TIMA 4FNPA 3S1VA 2FB3A 4FIQA 1FX6A 2D73A 5BW6A 2H8XA 4R33A 2CLEA 5F2GA 5G1TA 5FF7A 4UTTC 4XWUA 1M6JA 3MMTA 2Y6ZA 1QNVA 1GEQA 3N34A 3U8GA 2Y88A 3HBLA 3O07A 1C29A 4AVFA 4WD0A 1NF0A 2EGZA 1KFBA 2CZEA 2DORA 1EX5A 4R7JA 3IGSA 5L9FA 5KSWA 1W56A 3B0VC 1L9WA 1QO5A 1LORA 1DJNA 1U5JA 3NVTA 3O06A 5HR6A 3TUUA 5HR7A 4AWUA 4OGZA 2CLIA 2QCGA 1G7UA 3TE9A 3MI3A 5K7JA 3NPVA 4O17A 3SSJA 5BMXA 1OFQA 4QNWA 1NSJA 3GKFA 2E68A 2B4GA 3W85A 1P1XA 4FNQA 1QPRA 5EY5A 3O15A 1AL7A 3TXVA 3PR2A 2CZ5A 1LLWA 3B8DA 1GT8A 2XN1A 1TPEA 3W1XA 3W9ZA 3P81A 4DEFA 1FWSA 2RDTA 1FCBA 3NPWA 4N6EA 2QEZA 2P0OA 2ZA2A 3GNDA 1TPVA 5CGQA 1PCKA 1ONRA 3W7GA 3DFTA 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 5FF0 A;  3MI6 A;  1KA9 F;  5KZM A;  2A7R A;  1HFB A;  1WQ5 A;  3QMS A;  3P84 A;  3N19 B;  1MSS A;  1R47 A;  1XBZ A;  3TR2 A;  3C2V A;  5LKY A;  1JCX A;  3LBC A;  2CZF A;  4L4L A;  4Y9A A;  1W54 A;  3CEP A;  2Z1B A;  1H50 A;  2AQW A;  3CT7 A;  4NJK A;  3OA3 A;  1XC4 A;  3I7R A;  5HNR A;  3DH7 A;  3MP4 A;  1MZH A;  2ATS A;  3TMQ A;  3A9I A;  2Z0I A;  2O7Q A;  2IQT A;  1GYN A;  4UTW C;  1KM4 A;  4IWW A;  3NQM A;  1RPX A;  2ZRY A;  3DFQ A;  4RR4 A;  4AF0 B;  4GWE A;  2QCH A;  1WA3 A;  3NNT A;  3QQ1 A;  1GZG A;  3M5V A;  3QH2 A;  1Z44 A;  4TR9 A;  3S1X A;  3D0C A;  5C6M A;  2WOQ A;  3SEC A;  3KVM A;  3MHG A;  1K3U A;  4OV4 A;  5G2H A;  6ALD A;  2QCN A;  3Q2D A;  3BW4 A;  5D38 A;  4UFL A;  4ADT A;  4AHP A;  5LNV A;  1FWW A;  1GVS A;  2QR6 A;  1QML A;  3HPS A;  1TV8 A;  2E6F A;  1K8X A;  1WBJ A;  3NQ2 A;  3WK2 A;  3WK3 A;  1I2P A;  2Z6J A;  3T78 A;  4FO4 A;  4O57 A;  3EWW A;  4KFP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PJT A;  3QFE A;  3CUX A;  4EF8 A;  2OB3 A;  3ITO A;  3UXK A;  5HPC A;  4V33 A;  4UXD A;  3ZWT A;  5K9C A;  1UR4 A;  4JCM A;  4PRT A;  4F2T A;  3VO0 A;  3C2R A;  2GGG A;  3B05 A;  4A3U A;  5I2U A;  3SR7 A;  2ZUN A;  3I3D A;  4QJ3 B;  2PRM A;  4NVT A;  4B5S A;  1NQK A;  3MS8 A;  4OE7 A;  1KW1 A;  1YNP A;  4MKN A;  4AB4 A;  3UYC A;  1GKR A;  1UA3 A;  1QNQ A;  3HIJ A;  4B5V A;  5CC7 A;  1P1M A;  2Y2W A;  2Z2B A;  3MUX A;  1ADO A;  2GZX A;  3VGB A;  2Z24 A;  3W3O A;  4IGN A;  3MU7 A;  1W5Q A;  1MFV A;  3GDM A;  2VOM A;  2DGA A;  3FYO A;  1CGW A;  4PBF A;  3KS5 A;  3S3G A;  1EGM A;  3R8R A;  1LL4 A;  2DZP A;  1K03 A;  4ZCW A;  3KL0 A;  2CNC A;  3TYC A;  4H41 A;  1UQZ A;  3AXM A;  3UNT A;  3WH6 A;  1AH3 A;  2HXT A;  3WL0 A;  3LRK A;  2HTM A;  1PDZ A;  2B0M A;  1XD0 A;  3VDH A;  3QGK C;  1R30 A;  1LYX A;  4AIE A;  1VGA A;  2WLZ A;  3LXA A;  2DH2 A;  2DPE A;  3V35 A;  4PGL A;  4LW7 A;  3ZM8 A;  3UZX A;  3GB6 A;  3RX2 A;  1JDC A;  3WNP A;  1DWF M;  4DWS B;  4XKY A;  1G6C A;  4B92 A;  3M7S A;  4JXC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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