5LZLA

Pyrobaculum calidifontis 5-aminolaevulinic acid dehydratase
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
MRVQFPTTRPRRLRASKIIRDAVAETQIDAGDFIYPLFVKPGGEREPIGPMPGIYRWPVGRELINHVEEALSLGINKFILFGVLPDELKNPEGTGGYDPEGVVPRAIRLIKEIFGDRVLVFADVCLCEYTDHGHCGVVKEKRDRWYVDNDETIKLYAKEAVVYAEAGADFVAPSGMMDGQVREIRRALDAHGFEEVGIMAYSAKYASAFYGPFRVAAASAPKFGDRRTYQMDPRNAYEALKEVAMDLEEGADIVMVKPALAYLDVIRLVKQHFPWVPLAAYNVSGEYSLVKAAATAGYVDERTITLEILTAIKRAGADLILTYHALEAAKWIKEGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Delta-aminolevulinic acid dehydratase
publication title Structural studies of substrate and product complexes of 5-aminolaevulinic acid dehydratase from humans, Escherichia coli and the hyperthermophile Pyrobaculum calidifontis.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrobaculum calidifontis (strain jcm 11548 / va1)
total genus 85
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2016-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lzlA00
3BG3A 3CIXA 1JQVA 3USBA 1KLYA 4ZQCA 3UWQA 4O0KA 2QCEA 1OABA 3S42A 3QC3A 3HQ1A 3D0CA 1TRDA 3DH7A 4MIMA 3RLVA 1W3TA 2PCQA 3MO7A 5D30A 1D9EA 1OX6A 3G1AA 2CWNA 3NL3A 2X1UA 4XTDA 1LORA 3DFNA 2YPIA 3DI0A 2GJLA 5AYZA 4BI7A 3LCHA 3W83A 4OWGA 5CZSA 3NDOA 3TCEA 1RD5A 3HPXA 3GLCA 4XKYB 3PR2A 4N9DA 3GXNA 5I3IA 1OK4A 3EWZA 3IVTA 1KW1A 3OBKA 2Y88A 4JIPA 3SGUA 3TROA 1X6UA 5J5DA 3M5XA 5AYYA 3W1RA 1XFBA 1UJPA 3MWAA 3N14A 1AW1A 4YLWA 5DELA 3S0CA 2E5CA 4QM1A 1EUAA 1B3OA 5IBXC 4RXFA 1YPIA 1H51A 3DFPA 4GUJA 4AWSA 2YYUA 3G1YA 1SO3A 2WJZA 4ZMGA 3NPUA 4O1CA 2NX3A 3W3OA 4N6EA 3C2VA 2EPHA 4LTSA 2QJGA 3LDVA 2DJLA 3GYEA 4O13A 3TH6A 1X7FA 4QITA 5HINA 4WX2A 3PC0A 4HKPA 3UZJA 4UTTC 1LOSA 3G1DA 3DGRA 3EX4A 1KFJA 1S3HA 1M7PA 1H5YA 2OT1A 2NLIA 3QMTA 4N4PA 1W54A 3L21A 3EX3A 1I2NA 3FLUA 2AGKA 1LRQA 3QZEA 3W2KA 4DQWA 3OVQA 1R47A 2NXHA 3MMTA 3H55A 1IXQA 3S5ZA 1N7KA 1TPH1 5BNKA 3TQVA 1TV8A 4RX0A 4NT0A 3BLFA 3UY8A 1I2PA 3CPRA 4L4MA 3O06A 3E96A 4UFKA 1LLWA 2LLEA 4JYFA 4O1AA 3A23A 3P8IA 3ZS4A 3NEVA 4MZ8A 3PULA 3MJYA 3KOFA 1M5WA 3W87A 2FPTA 4AB4A 1X1ZA 5L6UA 3O15A 3W2MA 1A50A 2JKPA 3PG9A 3GKFA 3UWVA 3O6YX 1FDZA 3W1MA 3W7LA 1O60A 5KMYA 5D33A 1JCJA 2ISVA 4ALDA 2V9DA 4JTUA 3HJZA 1VCVA 1Q6LA 2I1OA 5AN7A 4MLJA 1L2UA 3LOTA 1FWSA 3C0JA 4AXKA 2GOUA 1SZGA 1W5PA 3KRSA 1OG0A 2QAFA 2X1RA 4XTIA 3N3MA 3W7CA 1OK6A 4K7VA 5F1UA 3B05A 4AHPA 2QJHA 2Y7FA 1AL8A 2ZRUA 4NUWA 4JN6A 2RDUA 1ZENA 3W1XA 3F03K 4XBKA 4CNPA 4DO4A 3PY2A 1QMLA 3W7NA 4FNQA 1HO1A 3NM1A 3O8AA 3TKFA 4HN4A 3PBVA 1XUZA 4X3ZA 1GPWA 4KWVA 4AH7A 1M6JA 1WOAA 1C9DA 2G5WA 4K7YA 5D2YA 1TPDA 3NR0A 1CW2A 3LCIA 2V82A 5EKYA 2ZA1A 3TC7A 3DHDA 1CX9A 3UWWA 3HGSA 1VZWA 2C0AA 2YW4A 3CEPA 3DBPA 3S1UA 1K7FA 1LLZA 2XN2A 4O1DA 1QOQA 3UPBA 4IUOA 4GUIA 2W6RA 2NXGA 3CWOX 4UFLA 3LCWA 3CM4A 1GOXA 3MI2A 1TPFA 3QQ1A 5AFDA 1UCWA 1YTKA 4FNTA 1ICPA 2V0TA 3L68A 1C29A 3I7RA 3CHVA 3W1TA 3GDMA 3KVMA 3OG3A 4DEFA 4DF2A 4LC8A 2EF9A 1B4EA 3TJXA 5K4XA 1VQTA 2CU0A 3MP5A 2QCMA 1LM1A 5FF0A 4MOZA 3LI0A 2WO5A 1U5JA 5AC7A 1IXPA 4M6PA 3P7YA 2R8WA 3OA3A 4LS2A 1I8JA 1OVDA 2Y85A 5KZMA 1FY6A 2ZBTA 4XQ6A 2YW3A 3PUOA 3DFTA 2WSYA 1K02A 1G6CA 1WBHA 4UNLA 4X2RA 4KFOA 3NQMA 4A21A 4JX5A 2VFGA 1P0KA 5MHBA 4TIMA 2HS6A 1LOQA 3M5VA 1JQXA 5G4EA 4WZHA 4Y90A 4LC6A 3T4CA 1SPQA 4CCCA 4CLMA 4LY8A 3P74A 4C1KA 4Z08A 3LLFA 4H6KA 3W71A 3V1PA 3SSJA 1ICSA 2Z1BA 3C3NA 2WNZA 3UWZA 2PC4A 4NQ1A 3QJAA 3RLUA 3NQEA 2Q3RA 1H63A 3WFAA 3LXCA 3CC1A 3W2UA 4FX7A 1TB3A 3F1QA 4OQVA 4BFAA 2DZVA 5HR7A 1FWTA 4O4VA 3GDTA 3EWBX 1KM1A 2B7NA 2J9ZA 1GQNA 3LV6A 4LU0A 3RK8A 3PG8A 3M41A 1J2WA 2Z0IA 1TIMA 4CQ8A 1FWWA 1F73A 5AB3A 2ZTJA 3TX9A 4EIVA 3IVUA 1LDCA 2F84A 3P62A 3W75A 5ABTA 1LBLA 4N6FA 1TQJA 3KRZA 4UTUA 5I3HA 2OJPA 2A21A 3TQ0A 4K36A 4ZQOA 3NL2A 3LGEA 1CI1A 1EX5A 1RPXA 2H6RA 1A5SA 2NXIA 3LCGA 2OZ0A 4E0CA 3C2EA 1YADA 3GDLA 1ALDA 1I4NA 3QM3A 5DXYA 2YSWA 4FEZA 2XFWA 1QNVA 2X16A 4EVZA 3EKZA 3LRLA 3ABRA 2RKXA 3TSMA 3L65A 2JK2A 3NQDA 3TQKA 3Q2DA 3RU6A 2VFEA 3NZRA 4QNWA 3W7OA 3W23A 5D2XA 4CQAA 4IXHA 4I7WA 4JTLA 1LP6A 4FIRA 4N2YA 1LRNA 3MP4A 4HSOA 2CLIA 5KINA 4FX8A 1ICQA 2ZDRA 1DOSA 1PHQA 4MKNA 4S2CA 2H3DA 1QPRA 4BF9A 3PAJA 1TTQA 3MUXA 3DFOA 1AL7A 3IIPA 5AHLA 5D05A 2A7PA 1OYCA 2CLKA 2ZTKA 1S5WA 2DORA 3AO0A 5DN1A 2CZEA 4JTTA 3WJWA 3EXRA 5LNSA 4O57A 2A7RA 5EMUA 1XCFA 4POCA 1KV5A 3RMJA 5TBOA 4O53A 1FCBA 1K3UA 1PCKA 1VHNA 3ABSA 1W5MA 2NUWA 2XN0A 1BWKA 2QJIA 2V2CA 2QKFA 3MP3A 2CLEA 3ELFA 4LRTA 3TSBA 1XBYA 4O28A 2FIQA 4LVFA 2GPTA 1DV7A 1WOBA 4FNRA 4MFDA 5TIMA 2JKEA 3SY5A 3OHIA 4R34A 4O17A 1Z41A 4S2BA 3I68A 1KM5A 1TPVA 1JCLA 5DLCA 4UR7A 2WSRA 4UFIA 4ADUA 2R94A 1QFEA 4BWLA 5G4WA 1TTIA 1K8XA 2TMDA 4E38A 3SFKA 2ATMA 2QCDB 3KX6A 5DBTA 1D3HA 2J88A 3W2LA 1RZMA 3HB9A 2ABAA 2NV1A 4K6AA 4YWIA 1I2QA 3TW7A 3KVJA 1F7BA 5BRBA 2A5HA 2VFFA 4FO4A 5AHEA 4ZQMA 3TNOA 4TMBA 1PS9A 1AMKA 3W2NA 3DZ1A 2I9EA 3MHUA 4JGDA 3TXVA 4MZ1A 1SZNA 4UMBA 1PV8A 1W5NA 1GVOA 3ATYA 2DZUA 5CPNA 2VFIA 1DJQA 4YXGA 3TMQA 1J4EA 2OT0A 4ML9A 5KZEA 1T96A 5FF3A 2UV8G 2NUYA 4LRSA 1MZHA 3I65A 1G7VA 3G8EA 3W7HA 2ZZ6A 5H91A 1TRIA 5FESA 2ZYFA 3HGOA 4UMCA 4WXZA 5K2ZA 4N9EA 5CSRA 2QCDA 3M9YA 4PODA 4RK8A 1JRCA 5AHFA 1HO4A 4XBSA 1ZALA 4AWUA 3NL5A 5C55A 3KXQA 3NPXA 4LVAA 3HPSA 3WK1A 3TV8A 5FI8A 5D09A 1NF7A 4FXSA 3WJYA 1LRTA 5AYXA 3HPZA 1VPXA 1GYLA 2X1TA 1E51A 3STCA 1YTDA 1OFDA 3LERA 4RCXA 3QSTA 2RH9A 5CZ0A 1SU5A 3GNNA 3R8RA 4O11A 3C56A 1A5AA 2QDHA 3LI1A 4UFJA 2CZFA 1VCGA 2NUXA 2CLHA 4Z1BA 4ZZ9A 4RLIA 4JDBA 4AHOA 4FX6M 4OV4A 1OF8A 3W1AA 3LX9A 4ZQPA 4UFHA 5LGZA 3W1PA 3IIZA 3OIXA 3ZFHA 3W74A 1G7UA 3HG5A 1QCWA 4OT7A 1O5XA 5HWNA 1Z42A 1W1ZA 4EF8A 3A9IA 2X30A 1KBJA 1WV2A 2V8ZA 5FEPA 4K37A 1R46A 2CFFA 4AEOA 3O63A 3G24A 3NQFA 3NGJA 3PWAA 3DENA 5D32A 4C1LA 4P2VA 1KTNA 4FNUA 2QUUA 1KA9F 3GK0A 4IPJA 3GDRA 5DXXA 3C6CA 4MY1A 4WJEA 1W3IA 3HF3A 1Z44A 4CCDA 4LUIA 3C4UA 1K8ZA 4FNSA 4DPPA 4JY8A 4UTKA 1QR7A 4YL2A 3KVLA 3Q94A 4EF9A 4P61A 3TXZA 2TSYA 2ZFAA 3LLDA 1PL9A 3NQAA 1XC4A 3NA8A 1KM6A 3GR7A 3C2RA 3L0GA 3O1NA 4A2RA 3W7GA 5C2XA 1TPB1 3M16A 2FTPA 2WKJA 3L66A 4AHQA 1YDOA 3N19B 4HHPA 4HNVA 3IGXA 4UTWC 1VRDA 4TMCA 3QH2A 4UTHA 1X8FA 4HT3A 2TPSA 5F4SA 4LS0A 1TQXA 1JUEA 1THFD 3LTYA 4NU7A 1ZAIA 3LHWA 4LV4A 5G1TA 3GAKA 8TIMA 2GUUA 1L6WA 1OFBA 5E0KA 2ZZ1A 3S6DA 4HSNA 2E5BA 3BGGA 3INPA 3NYZA 4NJGA 1JJKA 3VFLA 4XKYA 4I7UA 2BZNA 3FJLA 2CZ5A 2OX1A 4JTSA 2E6AA 1TMHA 3L0KA 5CSSA 3W7IA 4UIOA 3HG2A 1B57A 3GVGA 1WYIA 4G1KA 3VCRA 1L6SA 1L6YA 3BPWA 1ME9A 4O14A 3LV5A 3S1VA 1KFKA 4PL1A 2H3BA 4M7TA 2QCLA 4H3DA 3THAA 3MI3A 4UXDA 2BTMA 3KAOA 3QMRA 4ZQNA 4GUGA 3G3DA 5G1YA 4WUIA 3BLIA 3MHFA 2FQIA 4XUGA 4I7VA 3LBMA 3W88A 1XBXA 3FS2A 3BGJA 2B4GA 4Q32A 5EA9A 5A5WA 2FPYA 2QR6A 3LTSA 3NQ7A 4PEKA 1H7NA 2Z6JA 2FLIA 1I2OA 3P60A 3TC6A 1JCXA 4MUZA 3M44A 2AQWA 4O16A 1AW2A 5D04C 2DJXA 3GZ3A 1R30A 1EP2A 2ZRZA 3O05A 2A85A 3P84A 1G4SA 1Q45A 1QO2A 2RDWA 3L9CA 2YFNA 1MO0A 3W7QA 1XKYA 1LBMA 1JCMP 4ADSA 4NNAA 5CGQA 3N73A 4Y6GA 4O0ZA 4DXVA 5AHMA 2E5DA 2FDSA 3T44A 1MEWA 1EP1A 3R2GA 3FKRA 3NVTA 3QFEA 2O7QA 1SO4A 3DKJA 1BEUA 5LHFA 4IMGA 1VS1A 3PSVA 5HWJA 1HFBA 5J5RA 2F7FA 2PRMA 3DAQA 3W76A 2EAWA 2ABBA 1SZEA 1ZAHA 3FJ6A 4NX5A 5CPLA 3BG5A 2E77A 3SIZA 5LNWA 1I45A 3VE9A 3EWUA 3THQA 1HL2A 4LWWA 1GJPA 1FCUA 3P81A 3W7PA 4MYAA 1FQ0A 3E02A 4Z0SA 1O95A 1SQ7A 3VE7A 5C6MA 1HTIA 1W0MA 1EIXA 1SSGA 4DO6A 1OYBA 2QEZA 3SECA 1H1YA 3L5MA 4JDYA 2P0OA 1QPQA 3G1SA 3TDFA 3QRHA 2R91A 3IIOA 3L0NA 4IQLA 4BI5A 3W7JA 1H7XA 4ADTA 1W3NA 1SO6A 4OE7A 1KTCA 3UWUA 4CQ9A 2WSQA 3UYCA 2QCFA 1WBJA 2QCCA 2Q3OA 2VC6A 3W1LA 1RQBA 1ME7A 4O10A 1NVMA 3LBCA 1B9BA 2ZRXA 5CZTA 1IXOA 4RZ5A 3DFSA 1PE1A 3GXPA 2HSAA 3STGA 1U83A 1YTEA 4NJJA 1ZHAA 2IQTA 5TQLA 3N2MA 2VXNA 4KFNA 1MEIA 5CKSA 2ZA3A 1R2RA 4JIQA 1GVRA 3N34A 2YFOA 5F2GA 4OHQA 1SSDA 2V2DA 3TW6A 3B06A 4ORIA 1K03A 5I3KA 1UB3A 3DFQA 4YMZA 4QJ1A 3W6YA 1F05A 2A6NA 3FA5A 3SI9A 3B0PA 4WD0A 3LCXA 3R12A 1LBFA 1H60A 2I14A 1FCVA 5I3GA 1L9WA 3WK0A 5U7SA 4LNYA 3TSDA 2XN1A 3BG9A 5DBUA 2V5BA 4OGZA 3CB8A 2TYSA 1GG0A 2ZRWA 1PIIA 3VKJA 4AAJA 2A1YA 1B4KA 4M7SA 1EA0A 2NZLA 2QCGA 2C14A 4DBDA 2B0MA 3O16A 4J9JA 5K9DA 1DQXA 3MBDA 3JRKA 3B4UA 4E2DA 2Y62A 4NVTA 3TUUA 3SZ8A 1JCYA 5K7JA 2PURA 3CT7A 1FBAA 3EX1A 2H90A 3HGJA 4YCPA 3EWXA 4YCOA 1TCDA 1ADOA 3U8GA 5F2MA 3W7MA 3LRMA 1SZFA 1EWEA 3TJLA 2CLFA 1NEYA 4LS1A 2C1HA 4JY9A 5D37A 1VJIA 3EWWA 4UC5A 3JS3A 1H7RA 4JTKA 4K39A 3S9YA 1GVSA 4K8HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BG3 A;  1IEI A;  3USB A;  3VGG A;  4TV6 A;  3SM0 A;  1FHV A;  1ZS2 A;  4MWA D;  4E2V A;  4HME A;  3QC3 A;  2PFH A;  3DCP A;  3GWQ A;  4KMQ A;  4CEX C;  4I6V A;  3RLV A;  1E1C A;  1W3T A;  2EPL X;  3ALF A;  1DIO A;  3DI0 A;  4RPQ A;  4BI7 A;  3GG7 A;  4P7L A;  1YX1 A;  4XKY B;  3PR2 A;  3VII A;  5I3I A;  1CB2 A;  1KBK A;  3SGU A;  5J5D A;  4MUP A;  1KCK A;  3H8A A;  2VD9 A;  3VO0 A;  3UR2 A;  2F9R A;  3VGE A;  2E5C A;  2OB3 A;  3NTY A;  3TZN A;  3VD4 A;  5IBX C;  2CXG A;  2BVW A;  3BLP X;  2CHO A;  4AWS A;  4QJ4 B;  1JD9 A;  1H1N A;  4HP5 A;  1UQY A;  1E6R A;  4MPK A;  2PSN A;  3C2V A;  3GTH A;  2DJL A;  4XO7 A;  1C8Q A;  1UOZ A;  4QIT A;  3REQ B;  5HIN A;  1V0K A;  3EX4 A;  3H2C A;  4A3H A;  3QMT A;  3L21 A;  3QPE A;  4OUE A;  4U3A A;  1HJW A;  2AGK A;  1LRQ A;  4GA8 A;  3OVQ A;  1R47 A;  4MNL A;  3PJW A;  1QWK A;  2GGE A;  1IXQ A;  3S5Z A;  1PO9 A;  4ZO9 A;  4RX0 A;  4NT0 A;  1VFH A;  2QPS A;  3BLF A;  4NIR A;  3RGT A;  1AMY A;  1E6P A;  1ZZM A;  3TWA A;  2YA2 A;  1UC4 A;  1ZL1 A;  3KOZ A; 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