5M03A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-noeuromycin and 1,2-alpha-mannobiose
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens xb1a
molecule keywords Glycosyl hydrolase family 71
total genus 130
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5m03A00
4W7UA 1PEZA 5I24A 2VZUA 3AQUA 1BLIA 2NT1A 4DUWA 1W1VA 1JNEA 1TR1A 5I78A 1WDSA 2O9PA 3AYSA 1W3LA 2EPNA 2C0HA 4HOXA 1R7OA 3TTYA 3ARVA 1NWUA 3SCSA 3WF4A 4PMXA 1E43A 3W28A 1GQJA 2V5DA 3SUVA 4BZYA 4RE3A 3WQ8A 2WMHA 1ESWA 4HU0A 2WMFA 3CMGA 3WQ5A 1H41A 1QW8A 3N11A 5IHRA 1UH2A 4AZBA 1GVIA 4NRSA 2XG9A 1C92A 4PSPA 3EDFA 4AZIA 2XTKA 3IAPA 3WH5A 3WKZA 3BXWA 1GOMA 3B9DA 4B16A 1W3KA 2EPLX 3APGA 3MV11 1H09A 4PTVA 3WSUA 2JALA 3MMWA 1J12A 3GH7A 1KCKA 3RM9A 3MMDA 3OLDA 1WDQA 3QOMA 3OLGA 1NH6A 1QI5A 3B8SA 1WZMA 1XGZA 3VIGA 1AVAA 1MWOA 5D9MA 4TVDA 1UA3A 1GW1A 4IISA 2F8QA 4JFVA 1E72M 4UNIA 1LWHA 3BSGA 4M56A 3VDBA 4YPJA 3PHAA 3T2PA 1E73M 5JBFA 4FK9A 3VIIA 1JZ3A 3ZJ7A 2XSAA 1VAHA 3AS0A 1RPKA 3CUJA 4HU8A 2VTFA 1TUXA 4CU6A 1QNRA 4W5ZA 4HOWA 1UH3A 4HA3A 5ABFA 2XVPA 4MB3A 1OINA 1R86A 2VRJA 1GOQA 1US2A 1CXFA 2YL6A 4B3KA 3WQWA 2WLZA 3PTKA 4UFJA 1JG9A 1RH9A 5A6AA 1JI1A 2OSYA 3WF0A 2QLYA 1CGYA 2XVKA 2WCGA 2VOTA 5A94A 1EDGA 1C91A 2DPEA 5CQ1A 4E4PA 5I2UA 1J11A 4PTMA 4JL1A 2WANA 1G9HA 1JF5A 2J7BA 2YA1A 4XZWA 4Z2JA 2VCBA 2ZICA 2GDVA 1HVXA 1HKKA 4AEEA 1BGAA 3I3DA 4HZ6A 3PZGA 5A6BA 4D6DA 2V5CA 5M5DA 1YHTA 1VRXA 2XGIA 5GNXA 2W61A 3WDRA 3ARYA 4U33A 3BAJA 1KGWA 4YHEA 5DMYA 2VZOA 3BCFA 1VBUA 1HJXA 5I5RA 1IT0A 2DQXA 4AD3A 1UWIA 3IJ8A 2UY3A 3WEOA 3DYPA 1J9YA 1LL4A 3DYOA 3B9AA 3WDPP 2D1ZA 4M8UA 4IUGA 4E8DA 4W5UA 4C7DA 4M81A 2XYLA 4AIEA 2EPKX 2CEQA 2ZUUA 5A69A 2G3NA 2VUYA 4W8BA 4GO8A 1HF6A 2IXUA 1E15A 2WYSA 4GZIA 2VRQA 2X0YA 4TX8A 2E8ZA 1BG9A 1SR0A 2WMJA 1FOBA 1J0HA 3GM8A 3K4AA 3MUZ1 1A47A 1BYCA 3AROA 4HMCA 4P7LA 3W6MA 1W9BM 3WQ6A 1WDRA 2XFYA 4MAVA 5HOSA 3VIKA 1B90A 2XUCA 3IJ9A 4J27A 2BVDA 5I0DA 1UYQA 3TOPA 3PZMA 4U5KA 4W8AA 3SCTA 4D1JA 1LL6A 3ZMRA 2WVTA 1UZ4A 3MS8A 1CYGA 1CPUA 4TVUA 2ZX8A 3ZSSA 1WE5A 2BHZA 5C70A 3W37A 1JL8A 3DHPA 2J79A 1E5NA 3VDAA 1V0KA 3VNYA 3W0KA 4C7GA 1E4IA 4PMUA 2Y4SA 1MFVA 5HPOA 4JFWA 6TAAA 4CCEA 1HX0A 1MFUA 1WAWA 4UTFA 3BAWA 3VD3A 1ISXA 5EMYA 1VEMA 4AIOA 3KL3A 2AMGA 1XSKA 4CCDA 1TCMA 1B30A 3W29A 5CLTA 4CN6A 3RO8A 2W63A 3BAXA 1UKSA 2DGAA 1E1EA 4AMCA 1ISZA 5BXSA 3VD9A 4PN2A 5I3DA 2BY1A 4XZBA 3SCPA 3N17A 3ZR6A 1HL9A 4Y7EA 1ITXA 1HJSA 1W2PA 2EEXA 3VGFA 2OWWA 4B9ZA 2YIHA 2WAGA 4U5IA 1E4NA 3T0AA 5BYWA 1BYBA 2X0HA 5GNZA 2A3HA 4M80A 3BAYA 3B9EA 3OGRA 3CZKA 1ITCA 1N82A 4CVUA 5HXMA 3S6TA 1Z32X 2WC7A 3FN9A 3VPLA 2EO7A 3MUY1 2BHYA 2WMKA 1BG4A 4IPNB 1CGUA 3NSNA 1EQCA 3SCOA 3VD4A 1HJUA 1BHGA 1C7TA 1EDTA 3ZJ6A 3ALFA 3ZIZA 4MB4A 3RILA 2PWFA 2Y2WA 2PF0A 4TVCA 4NZCA 1QI2A 1PPIA 2XVNA 4LYRA 1ODUA 4AY1A 1KCLA 5D4YA 5CPQA 1TMQA 2E8YA 4JIEA 4MTVA 3WH6A 1KXQA 3AXXA 1Y7VA 1UG6A 2DSVA 2BS9A 2O9OA 1NP2A 3D3AA 1XHGA 1VEPA 3VIHA 4J3UA 1ZBWA 4ATDA 3D5HA 3GXIA 1GOKA 1ZJBA 5KEZA 1DP0A 1LG2A 3W26A 5IHSA 2X8RA 1HP4A 1UD8A 2JE8A 8A3HA 3UR7A 1GORA 1KQZA 1KQYA 5GNYA 1FHDA 3CMJA 1QW9A 3LPFA 1QI0A 3WNKA 3VIOA 1XD1A 4ZEPA 1M01A 5JIPA 3AI0A 2GJXA 2E40A 4UFHA 1TVNA 3HN3A 4UOQA 4H8VA 1J0ZA 3FY1A 2VMFA 5D9NA 1Q6GA 1GUVA 1E4LA 4Z2IA 4AD1A 2JIEA 2E3ZA 4PBGA 2YA0A 5D9PA 2EJ1A 1E3ZA 3WUGA 1H0IA 1DEDA 1EO5A 5LA2A 1GJWA 2D22A 3BC9A 4HPHA 4PUDA 3RM8A 1SMAA 4FLRA 3WD1A 3SUSA 4YN5A 1HKIA 5A8QA 3POCA 3FXYA 4W86A 4QDMA 4UOJA 5ECUA 1ODZA 4W93A 1U2YA 3GH5A 3VIJA 1V08A 4HP5A 3WL0A 4H04A 3K46A 2D0GA 1BVZA 3AMGA 5JBDA 4KWUA 1V03A 1GONA 1UKTA 4JFUA 3UETA 4JAWA 1EIBA 2WHJA 1HJQA 4P7NA 1QI4A 2VQUA 2XGBA 5FD0A 2O92A 3M07A 2V3DA 5DT7A 1UOKA 5FL0A 4PSRA 5CPSA 4D72A 5ABGA 4E2OA 3VD5A 1CGVA 3UG4A 1E0WA 3NUKA 1VBRA 2NW0A 1KR1A 1D7FA 1XYZA 1UQZA 2WCSA 1XD0A 4HPGA 3CH9A 4RE2A 1NQ6A 1E6QM 3QHMA 3RJXA 2GSJA 1H3GA 1E70M 4WIWA 4CUCA 1V0NA 2YLLA 5CLWA 3WQVA 2G8ZA 1W9XA 3AIQA 2XVGA 4M1RA 3NSXA 1B9ZA 2VJXA 3ZQ9A 4DWSD 1PJ9A 1IV8A 2FHCA 4R5EA 5E09A 5AYBA 3L4ZA 1NOWA 3K8MA 3VM5A 1OIMA 2VVNA 4BQ2A 3CO4A 1ZBVA 1WDPA 2OYKA 4WK9A 2CHNA 3WL1A 3J7HA 1EOMA 1PBGA 3GBDA 5C71A 4AD2A 1JYWA 1JD7A 3WNNA 3GTNA 4AD0A 4KMQA 5A6JA 3EYPA 1BYDA 2VQTA 3UEQA 1FH8A 2PI6A 4W84A 1H49A 3RJYA 4UQCA 3WD2A 3WH7A 1UKQA 3BMVA 1M03A 1G0CA 4X0NA 1EHNA 2CKSA 2BFGA 2DT1A 1LWJA 3DC0A 2WPGA 2A3AA 3U5YA 3WF3A 2QPUA 2ZUNA 5D9OA 3PZQA 1E1FA 1KGUA 4S3KA 3SIMA 2PWHA 1V3JA 2YLAA 1O7AA 4HMDA 1FA2A 1GVYA 3AS1A 3VDCA 5BWFA 1AQMA 1XCWA 2D20A 2GUYA 4H8HA 5BXPA 1S46A 3S2CA 3WNMA 1XSIA 2X05A 2DT2A 2G41A 3GNOA 2X1IA 4BCEA 3CLWA 1MXDA 4PMZA 2BVYA 5I6SA 5CG0A 1CLXA 1HL8A 5IFTA 2W66A 2C7FA 3NDZA 2JFEX 2F2HA 4ATWA 3VIFA 3WH8A 3ZM8A 1UR1A 2PWGA 2CETA 5A2BA 1R8LA 1M04A 3ZOAA 3SUWA 2D2OA 3WUFA 4OUEA 4WF7A 1K9FA 4UQ9A 2BNJA 5AY7A 1QNOA 4KH2A 1V6YA 4Q7NA 1E6ZA 3AOFA 2A3EA 2MANA 1OGBA 4GO9A 1UD5A 2WWDA 4D6FA 2WMIB 4P7QA 2Y24A 4MDOA 3WF1A 3NCOA 3OG2A 4F9JA 2RGLA 3FAXA 5FL1A 1V3LA 3ZJ8A 1AMYA 3QHNA 5DT5A 3KE0A 2J74A 4D6CA 4JKLA 3AMKA 4W7WA 5E0CA 3VVGA 1UH4A 2ESCA 1GPFA 2WXDM 4LXFA 3O6AA 2DT0A 3WENA 4L4PA 1HNYA 4P8UA 5CGMA 4CD6A 2Q8XA 3SUUA 2YDSA 4EK7A 3A4XA 4MADA 3RMEA 2WMGA 3L4VA 1E6SM 4U3CA 4D6GA 1ZB5A 5CSYA 2X2YA 2ZX7A 2D0HA 2IXVA 1R7AA 1OWQA 2JEQA 1DWHM 1CXHA 4UFLA 4D1IA 2VR5A 2GJRA 4FMVA 2HISA 1VFMA 1QOXA 4TXEA 4GZJA 4UFIA 4UQBA 1GQIA 1XCXA 1FFQA 4LX4A 1W3HA 3NYDA 2UY4A 4HTYA 4AC1X 2B31A 5CGTA 1JYVA 3N13A 5JUVA 2XWDA 1K9TA 1E71M 2D3NA 5GQBA 4OOZA 1CGWA 3WDHA 2JIWA 4RL3A 4BA0A 2WB5A 3GNRA 3N04A 3LPGA 3MSGA 5M03A 3CHDA 3G6LA 3WDJA 2XFFA 3CZLA 1DWFM 1CGTA 2OYMA 4PMVA 5A8PA 3THCA 2BXZA 4HZ8A 1LLOA 2WSKA 2GK1B 1SYTA 3EDEA 4ATLA 5AC4A 1PX4A 1NOFA 4WSJA 1L0PA 1UD3A 2XWEA 3F5LA 1TE1A 2WCAA 1LQ0A 2BV9A 4H2CA 4PRWA 2BHUA 2GDUA 3AZRA 4JFSA 2VL4A 1XH1A 3N12A 4D6EA 3A6OA 3L4XA 2VC9A 1UR2A 1JGIA 1P6WA 3AISA 4UFMA 4NF7A 4A3HA 1BTCA 2WZHA 1B3XA 3CUIA 4H7VA 3WD0A 3U57A 1XH2A 1US3A 1JZ4A 3ARZA 2YDRA 1W2VA 4XV0A 3VX0A 4HOZA 2CPUA 3F5KA 4W87A 1UWQA 1MW2A 1C8XA 2QMKA 3AZTA 5F7UA 4YHGA 3W38A 5LA0A 4EAMA 4FLOA 2VT0A 5CZKA 1JYXA 5BRPA 5E9AA 4P7RA 3AMDA 4AXNA 3OA5A 2WC4A 3AIEA 1GHSA 4F9DA 3PZOA 1H5VA 2ZWYA 9CGTA 1OT1A 1R87A 2DSKA 3T2QA 1GZJA 1AQ0A 3U5UA 1CIUA 1LJYA 1EO7A 2CYGA 1UZ1A 1YQ2A 4H8UA 3L2LA 3UR8A 5JIWA 4AWEA 1K9DA 4UOZA 2CHOA 3WUEA 4AZCB 2YL9A 2WSPA 1J0IA 3AXIA 3FHAA 3RM4A 1Q6DA 4OJYA 2YBTA 1FP8A 1HKJA 4BF7A 2WHMA 2IUZA 3VINA 2ZWZA 2OWXA 2ZUMA 1VJZA 2WVUA 2Y8KA 2VX5A 3T08A 5A8MA 5BCAA 2DT3A 1QI3A 3GH4A 3CTTA 3W24A 2YDQA 3II1A 1MQPA 2FH8A 3FAWA 1VIWA 4QCFA 2VCCA 2WWCA 3AYRA 2DSWA 4RE4A 1V3HA 3L4YA 2WHLA 4EKJA 1G94A 1I1XA 1WKYA 1HXJA 1MXGA 3BLPX 4P7OA 3T2OA 3CUGA 4DWSB 4GQQA 2PWEA 2YL5A 1WPCA 1BF2A 2ZX6A 1ECEA 4ACZB 4BQ4A 1CECA 5KZ6A 1D2KA 4R27A 3AZSA 3VTRA 2VR4A 3WN6A 1JFXA 2DH3A 5I77A 3WD4A 1TFVA 4LPCA 5CSUA 4AZ7A 1WNOA 4ZFMA 4OZOA 3N15A 3NIYA 3VMPA 1V0MA 3F5JA 3RCNA 3GXMA 3WDIA 2YOCA 3I3BA 3OIHA 1OB0A 4MAZA 1WP6A 1WCGA 3AIVA 2HVMA 2XSBA 3CPUA 3WEMA 1K9EA 5D8WA 3W81A 1V3IA 1ZBCA 2J7DA 1CXLA 2BVTA 2WZEA 1DWIM 4EANA 2OSXA 1QNPA 3MU7A 1JAEA 1W1PA 3ZJKA 1GJUA 1VJSA 4S3JA 1UWSA 3PZ9A 3N1AA 3ZT6A 4MJ4A 1C93A 1JXJA 1GQLA 4AIUA 2FH6A 2WVVB 2Y8VA 4CGTA 1GOWA 5E6ZA 1HIZA 2WLYA 2XM2A 5EFFA 4OOUA 1Q6FA 3O9NA 4M82A 2W92A 3VOCA 2J7GA 4QP0A 3I3EA 2W5FA 3GBEA 5EBAA 4Q22A 3VX1A 3VNZA 3OBAA 1W1YA 1TZ7A 1HVQA 4PEEA 3WQ4A 4KGJA 5A6SA 4WLCA 1JDDA 3EDJA 3SCVA 1UR0A 3HJEA 2D24A 5E6YA 1EGZA 2DSZA 4MNLA 4CN1A 3VIPA 1GCYA 1WB0A 1CXKA 4J28A 1W9UA 1XC6A 4JHOA 1H0GA 4A4AA 2CESA 2DSUA 2DIEA 4DWSC 3IAQA 4C7FA 1JNDA 3TTSA 1HJVA 4ZE4A 1E6RA 1ISWA 1J0YA 2VNCA 4LYQA 2J4GA 2XJ7A 3TP4A 1BGGA 3ZT5A 4P8XA 3WH9A 1CZ1A 1X6LA 2EQDA 1QHOA 2ZUSA 3CIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4W7U A;  1PEZ A;  5I24 A;  2VZU A;  3AQU A;  1BLI A;  2NT1 A;  4DUW A;  1W1V A;  1JNE A;  1TR1 A;  5I78 A;  1WDS A;  2O9P A;  3AYS A;  1W3L A;  2EPN A;  2C0H A;  4HOX A;  1R7O A;  3TTY A;  3ARV A;  1NWU A;  3SCS A;  3WF4 A;  4PMX A;  1E43 A;  3W28 A;  1GQJ A;  2V5D A;  3SUV A;  4BZY A;  4RE3 A;  3WQ8 A;  2WMH A;  1ESW A;  4HU0 A;  2WMF A;  3CMG A;  3WQ5 A;  1H41 A;  1QW8 A;  3N11 A;  5IHR A;  1UH2 A;  4AZB A;  1GVI A;  4NRS A;  2XG9 A;  1C92 A;  4PSP A;  3EDF A;  4AZI A;  2XTK A;  3IAP A;  3WH5 A;  3WKZ A;  3BXW A;  1GOM A;  3B9D A;  4B16 A;  1W3K A;  2EPL X;  3APG A;  3MV1 1;  1H09 A;  4PTV A;  3WSU A;  2JAL A;  3MMW A;  1J12 A;  3GH7 A;  1KCK A;  3RM9 A;  3MMD A;  3OLD A;  1WDQ A;  3QOM A;  3OLG A;  1NH6 A;  1QI5 A;  3B8S A;  1WZM A;  1XGZ A;  3VIG A;  1AVA A;  1MWO A;  5D9M A;  4TVD A;  1UA3 A;  1GW1 A;  4IIS A;  2F8Q A;  4JFV A;  1E72 M;  4UNI A;  1LWH A;  3BSG A;  4M56 A;  3VDB A;  4YPJ A;  3PHA A;  3T2P A;  1E73 M;  5JBF A;  4FK9 A;  3VII A;  1JZ3 A;  3ZJ7 A;  2XSA A;  1VAH A;  3AS0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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