5M3WA

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-1,2-dideoxymannose and alpha-1,2-mannobiose
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
350
structure length
350
Chain Sequence
NNNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycosyl hydrolase family 71
publication title Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides xylanisolvens xb1a
total genus 131
structure length 350
sequence length 350
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5m3wA00
5D8ZA 4Z2IA 1CGWA 1VFFA 2GSJA 2VZVA 3K46A 1XHGA 2FHBA 4JFVA 1KCLA 1PIFA 3A4WA 3WUGA 4HOWA 5A6LA 1KXQA 4TX8A 2NT1A 4WF7A 1CPUA 1EOKA 1ZBWA 2WWCA 4LGXA 2CBVA 1ZJAA 2F61A 4UFJA 2VI0A 1UQZA 1EHNA 2DPEA 1DEDA 1BHGA 3W4RA 3F5LA 1UR1A 5DEZA 3WQ6A 1E70M 3HN3A 1EOMA 2CNCA 1PEZA 2WXDM 4D1JA 4BF7A 1ISWA 3MUIA 5BYWA 1VB9A 4PMYA 4AD1A 3AHVA 4PMXA 3WSUA 2WMGA 3VPLA 1V6VA 3AS3A 2IXUA 3N1AA 2Z1SA 4ZXLA 2YL9A 1QI3A 3VGDA 1UKOA 5I0DA 2WC3A 3BMWA 2CCRA 4WJXA 3CZLA 2XFRA 1VF8A 5I6SA 2WMHA 3RCNA 2CXGA 1CXHA 4PMUA 4W8BA 1NARA 2PC8A 3TTYA 4H8HA 3AXXA 1TVPA 2VX4A 4HA1A 1QHPA 1VFOA 3WN6A 3CH9A 4D6IA 5I77A 1Q6DA 4OJYA 2EPMX 4AD2A 4L4PA 1TA3A 1CXKA 4W8LA 4AMCA 4B3KA 3DECA 4GO9A 3AIQA 2XM2A 2E0PA 5CPSA 1BGAA 3QHMA 4XX6A 3RM8A 3GNRA 2YOCA 1GOQA 7CGTA 4P8VA 1QNQA 1OT2A 3II1A 5ECUA 2VURA 4EE9A 4C7FA 1TUXA 2ZWZA 5JIWA 3VGEA 1B30A 2ZUSA 3WENA 1W3HA 2XIIA 3WEZA 4TVDA 2V3EA 3AYRA 3SCPA 1GOIA 1QNPA 4HZ7A 1N82A 2J75A 1CBGA 2OYMA 3MSDA 3QOKA 5D9OA 2YLLA 3IAPA 1B90A 3UESA 4CVWA 4BQ3A 1GOMA 1UKTA 1CXEA 2E4TA 2PWDA 1J0YA 2ZUTA 3W29A 3ARXA 2VZSA 1VEMA 3EDEA 2D24A 4QLJA 3SIMA 4YHGA 3W24A 5FKYA 1FOBA 2G41A 3W38A 1KCKA 4E8DA 3N12A 1HJXA 3CLWA 1EQPA 4AXNA 3NDZA 2IUZA 3CTTA 5CJ5A 3WD0A 1OWQA 1Q6FA 2W63A 3LPOA 1NP0A 1J01A 3T0DA 1RP9A 1VEPA 3AIBA 4M82A 4LQ1A 1HL9A 3MV11 1UD3A 4J27A 5GNXA 3SEPA 3AZRA 3WELA 3ARSA 1JF6A 3W6MA 1HIZA 3CZEA 2D22A 5D9MA 1GPFA 1V3HA 4HP5A 4ZE5A 1UOKA 4AD0A 2WMKA 4PMZA 1UD8A 3AMGA 5A8MA 2G3NA 3FHQA 3PZIA 2O9RA 1US2A 1B3VA 2VQUA 2WSKA 2OLHA 2ZXBA 3DC0A 4D72A 3LPGA 1OIMA 5A8QA 4J3VA 2J62A 1E1FA 1GZJA 1TA3B 2XIBA 3BSGA 2UY4A 2WLZA 4OBRA 1J10A 4DUWA 1DWJM 1UR2A 5CSYA 3W0KA 4W5UA 2OWWA 4AZ7A 1FHDA 1V08A 2WHMA 3K8LA 3MUZ1 1PIGA 1UWTA 1W9DM 1BSIA 1SR0A 3MMWA 1B1YA 3TOPA 1QHOA 2WZIA 3OG2A 2OSXA 4AYSA 1KFWA 1U30A 1Q4NX 1XD1A 3CBWA 3UG5A 3AXIA 1JZ2A 3WMBA 5CPTA 1OT1A 3L4TA 2J8FA 4BZYA 2RGMA 2TAAA 3OLEA 2E9LA 4CD8A 4UQAA 2VVSA 4Z2JA 1DP0A 2ZUVA 1K9FA 3WF3A 3DHUA 3VD4A 4P8UA 4GI8A 1US3A 3TP4A 1ZBCA 3ZM8A 3QOMA 1B9ZA 4LX4A 4NRRA 4P8WA 1EGZA 2J77A 5A8OA 1L8NA 2XSBA 1W2VA 4YN5A 3PZTA 1TFVA 2O9PA 2EJ1A 1W3KA 1G94A 2CETA 5EFFA 2WYSA 4MB5A 2Y5EA 4D6GA 1BYDA 3VIIA 1PJ9A 1DHKA 4IPNB 4F9DA 2WAGA 5DMYA 1UZ4A 2XVKA 5A6JA 1KQZA 3WNPA 9CGTA 2DSVA 3GXDA 5A69A 2DSWA 2EPLX 2CEQA 1GQIA 3CO4A 1P6WA 1KBKA 3SCNA 1LL7A 2WPGA 1E56A 4JCMA 2DT2A 1JDCA 2HISA 3WEMA 1D3CA 1JI1A 1NM9A 2DQXA 4NI3A 3CZGA 1B3XA 1CXIA 1ODUA 2VNCA 1PBGA 4W93A 3VU2A 1JD9A 2DGAA 2Z1KA 5CLWA 1MQQA 2YL8A 5JIPA 5BXSA 4BQ5A 4CGTA 1QI2A 3WH5A 1IV8A 1B3YA 1GUVA 2DSUA 2QHAA 3L2LA 5HOSA 1GOKA 4ZFMA 1KBBA 4UCFA 2JALA 2FHFA 3RILA 3TTSA 4JFUA 1UWIA 2JEQA 4U5IA 3WDQA 2WKLA 1JXJA 3TA9A 3I3EA 4CU7A 3ECQA 2WHLA 1NP2A 4JL2A 2DDXA 5M3WA 1W1VA 1JZ7A 2ZE0A 2BVYA 1ITXA 1J9YA 3OB8A 2C7FA 2DT3A 2J74A 2E8YA 2XVPA 3UERA 2XFFA 3D3AA 4F79A 3G6LA 5E6ZA 3CUIA 1CEOA 3RIKA 1HP4A 2OWXA 3WUFA 1MYRA 2WVTA 1H41A 3PZNA 3MS8A 3FHAA 4W86A 2J7FA 2V5CA 3LPPA 3WNNA 1AQMA 1UKPA 1E3ZA 3JUGA 4MNKA 3S2CA 3SCQA 1V6WA 1CNVA 1EHAA 3T0AA 4AEEA 4E4PA 1BFNA 4AD3A 2X2YA 2G3MA 4UZSA 4MNJA 3RPMA 3ZR6A 2FGLA 1BG4A 2E9BA 4W89A 1HXJA 5BRQA 2AMGA 2WMJA 3VILA 3WQ5A 2JFEX 3CHDA 4P7LA 4BA0A 3SCRA 1E3XA 5AYBA 1PX8A 4W7VA 4B15A 4Z2KA 3AICA 1CENA 2VRKA 4KRTA 1EDQA 4S3KA 2AOSA 4MAZA 1NQ6A 1R85A 3J7HA 4GZIA 3F5JA 4F66A 2PB1A 4E2OA 3BSHA 2YIHA 2ZUMA 2WC7A 4UQEA 3NUKA 4QLLA 5IFTA 1TG7A 5AYIA 2UY3A 1VBRA 4RL3A 3WDRA 4MNLA 3MKKA 1OIFA 1QI0A 4M1RA 4MDOA 4JHOA 1WAWA 1F4HA 1NWUA 4D1IA 3SURA 1JAEA 2JIWA 5I23A 1WDPA 1GQJA 1JD7A 1NOUA 1QVBA 3OZPA 4WKAA 1V3IA 3MU7A 3AMKA 1D2KA 3L4UA 5A2BA 1BYCA 2ZX6A 2XWEA 3U5YA 4QDMA 1MW1A 2XPKA 2VX5A 4AZBA 2VRJA 4XZWA 5HBFA 3BGAA 1JNEA 2W4XA 3MSGA 1C7SA 1E0WA 1EQCA 2J4GA 2D2OA 1KWGA 1E0VA 1UA7A 3A6OA 1H0GA 4JKMA 4D6EA 7TAAA 2ZOXA 1HVXA 4NZCA 3NIYA 4MDPA 5E6YA 3GH4A 4ZE4A 4TTGA 1E5NA 4H04A 3RJXA 4UQDA 1ZS2A 4PRWA 2VO5A 3N15A 2CIPA 1H49A 4P7QA 2GJXA 3VDHA 1FH8A 1TCMA 2GUYA 2XTKA 4Q22A 3FW6A 2XYLA 2YDQA 1QBAA 3AROA 3L4ZA 2VCBA 5HNNA 2RGLA 3T2OA 2CERA 2C8NA 3GXMA 1JYNA 1R7OA 3GBEA 4IUGA 3IK2A 4UQ9A 3GBDA 1E6ZA 4F8XA 4FK9A 4H41A 4R27A 4NF7A 1QNOA 1I1WA 4DUVA 1H11A 3KL0A 1UKSA 3GH5A 4XUYA 3GM8A 3THCA 3RMEA 3T09A 1E1EA 1WB0A 1GONA 1OGBA 3SUTA 1TVNA 2WK2A 3SUUA 2WB5A 5EMYA 2WBGA 1GORA 2ZX8A 1QW9A 2WVVA 3AFBA 3ZT5A 1X1NA 1A47A 1GVYA 1UZ1A 4KWUA 3VD5A 3O9NA 4RE3A 1HJQA 3WD2A 3VO0A 4CU8A 2WHJA 3CMJA 3CUHA 4HMEA 5ABFA 1YQ2A 2VQTA 3L4VA 4UNIA 3T2PA 4U31A 1C93A 4QCFA 2EQDA 3UCQA 3VDAA 3ZT7A 4HOZA 4TVUA 2VZOA 3WNKA 1EO7A 3WFLA 2G3IA 3WDIA 1B3WA 3UG4A 4BQ2A 1VJSA 4CN6A 3THDA 4OBSA 4PYSA 1RH9A 1ZU8A 3K8MA 5KZ6A 1G9HA 4PSRA 2WMIA 2VRQA 1V02A 4CCDA 4X9YA 1OGSA 3CZ8A 3BAKA 5M03A 1XRVA 1WNOA 1S46A 2O9OA 4PMNA 1JXKA 3SCVA 3DHPA 3WDPP 1IZJA 3ARTA 3AHTA 4HPHA 1JYXA 2WZHA 4MJ2A 3WH8A 1CZ1A 3M07A 5FOOA 1MWOA 4KGLA 1FHLA 3EDJA 3D5HA 2B31A 2ZX7A 3OZOA 4ACZA 4UFHA 5A8NA 5A6SA 1WDRA 2FDMA 3ARZA 2A3EA 4PUDA 1UH2A 4HMCA 5LA0A 2CPUA 1W3JA 1SYTA 1WZAA 2PWEA 2GJXB 4D6CA 3VUPA 3CPUA 2XWDA 3SUWA 4EK7A 1LL4A 4YPJA 3MUY1 1CDGA 2W61A 1V3LA 1C8YA 1CWYA 3G6MA 1JFXA 3MANA 3HU7A 4MJ4A 4IPLA 3W28A 4H2CA 4KH2A 5EB8A 2WLYA 3WNLA 1V6XA 1UKQA 3GXFA 5TD4A 1PZ2A 1JYWA 2PBOA 1HNYA 2WZEA 2V3DA 3VIFA 1C8XA 3DYPA 1GQLA 2YDSA 5AY7A 3VMPA 2VCAA 4P8XA 1ZL1A 2D0HA 2J78A 5E70A 3DYOA 4MB1A 4M8UA 1E6RA 1W9VA 4FLOA 4UOZA 1FH7A 2VZUA 4LYPA 5ABFB 2NT0A 1Q6GA 1JI2A 2YLAA 4PTXA 1RP8A 2ZUNA 4E8CA 2D3LA 1R8LA 4U2ZA 2D23A 3AXHA 4CD7A 1GJWA 3CMGA 3SCSA 3ZO9A 1M53A 2PF0A 1HN1A 3PZUA 1VENA 2G3JA 1DWFM 1LJYA 1JGIA 3K1DA 4JHZA 4AD4A 3OBAA 2O92A 4UFIA 1QW8A 4PTVA 3TTOA 1ZB5A 2GFTA 1K9EA 4AY1A 5FD0A 1XC6A 4PTMA 2CBUA 3VIGA 1MFVA 4WLCA 5CSUA 4PMOA 4DWSC 1PAMA 3N17A 4HU0A 2IXVA 3ARPA 4GQQA 3WKZA 2W91A 1WKYA 1JZ3A 1LQ0A 1BGGA 4W85A 1WZMA 1V3JA 1G0CA 2ESCA 4CCCA 4J3UA 2A3AA 4M80A 1RD6A 4HZ8A 2YL6A 1V0NA 4ACYA 1H3GA 2E9MA 1KR0A 3LPFA 5A94A 3O2LA 1E71M 3VM7A 1VJZA 5A6MA 1GNXA 2J7CA 4PMQA 3LMYA 1E73M 1U2YA 3VMNA 5I3DA 1J0HA 2EPOA 2X8RA 1FFRA 3WBAA 3KEHA 5E0CA 3FXYA 1CLXA 3WD1A 2W67A 3NCOA 1EXPA 2ZUUA 1J12A 3TTQA 3W26A 1BF2A 1QI4A 5GNZA 3AISA 1SMAA 2F8QA 1DWIM 4GZEA 1CGVA 5M5DA 1KXVA 1SMDA 1WPCA 1R87A 1B2YA 2J25A 1H4PA 1W1PA 1EO5A 2EO7A 2VZTA 3VD3A 4HA3A 2WVSA 4W5ZA 3ZQ9A 3O6AA 1E9LA 2QLYA 4BS0A 1NH6A 3AZTA 3F4VA 1PX4A 1JL8A 1UH3A 3ZR5A 1B0IA 1V3MA 1J0JA 4V27A 1M01A 4J3TA 1E6SM 3NSMA 1HJUA 1XH2A 1GHRA 2D20A 4UQBA 3PZ9A 1JZ5A 2YBUA 4CUCA 3AS1A 1G01A 2UY5A 1B3ZA 3T0BA 5GQBA 2BXYA 1QI5A 3EMQA 1V02E 3OLDA 4QAWA 2BXZA 1J0IA 1CGYA 1AVAA 4TX6A 1E72M 2V3FA 3IJ9A 1IZKA 4AWEA 2CBIA 3SCWA 3ALFA 1XSJA 3E1F1 1M03A 2PWFA 4JKKA 3RO8A 4HPGA 4N0RA 4DWSD 1JNDA 3WL0A 3ARWA 1V0LA 1EDTA 4C7GA 2VR4A 2FH8A 3PTKA 2XM1A 4UR9A 4F9JA 4S3JA 1CTNA 1MFUA 1EDGA 2A3BA 6TAAA 2XG9A 5AC4A 2UWFA 1E6PA 4UQCA 1UWUA 5FCZA 4WK9A 5D9NA 4M81A 1E55A 3KL3A 5BWFA 2J47A 3EDKA 4PN2A 1L0PA 1WCGA 1H2JA 4V2XA 2CKRA 3A4XA 3T08A 3BLKA 2YKKA 4FLQA 2J7GA 1W91A 2EXOA 3WFZA 3W27A 3RJYA 1HJWA 1OD0A 2JIEA 1MXGA 1H0IA 4WKFA 1W9BM 5D9PA 2JF6A 2OYLA 1UH4A 4TOQA 4H8VA 1J0KA 1XSIA 3PZGA 4D6JA 1BTCA 2EBNA 3VDCA 1TMQA 8A3HA 1XD0A 5ABGA 1UD4A 3A3HA 5D8WA 2WM0A 2DH2A 1QNRA 3AI0A 1E0XA 3GYCA 2EPNA 1M04A 3VIKA 1DTUA 5IDIA 3CZKA 3N13A 4NSBA 3QR3A 2QMKA 3BAWA 1JDDA 3TONA 3EMCA 4DWSA 4BCEA 3WD3A 2WCAA 3GXIA 3U7BA 1FP9A 4ZXOA 3WIJA 5A2AA 3AHZA 3UR7A 1OD8A 4D6FA 2NSXA 3WQ8A 1JZ8A 2OSYA 3ZIZA 1FP8A 3VKKA 3ARYA 4P7RA 4FLRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5D8Z A;  4Z2I A;  1CGW A;  1VFF A;  2GSJ A;  2VZV A;  3K46 A;  1XHG A;  2FHB A;  4JFV A;  1KCL A;  1PIF A;  3A4W A;  3WUG A;  4HOW A;  5A6L A;  1KXQ A;  4TX8 A;  2NT1 A;  4WF7 A;  1CPU A;  1EOK A;  1ZBW A;  2WWC A;  4LGX A;  2CBV A;  1ZJA A;  2F61 A;  4UFJ A;  2VI0 A;  1UQZ A;  1EHN A;  2DPE A;  1DED A;  1BHG A;  3W4R A;  3F5L A;  1UR1 A;  5DEZ A;  3WQ6 A;  1E70 M;  3HN3 A;  1EOM A;  2CNC A;  1PEZ A;  2WXD M;  4D1J A;  4BF7 A;  1ISW A;  3MUI A;  5BYW A;  1VB9 A;  4PMY A;  4AD1 A;  3AHV A;  4PMX A;  3WSU A;  2WMG A;  3VPL A;  1V6V A;  3AS3 A;  2IXU A;  3N1A A;  2Z1S A;  4ZXL A;  2YL9 A;  1QI3 A;  3VGD A;  1UKO A;  5I0D A;  2WC3 A;  3BMW A;  2CCR A;  4WJX A;  3CZL A;  2XFR A;  1VF8 A;  5I6S A;  2WMH A;  3RCN A;  2CXG A;  1CXH A;  4PMU A;  4W8B A;  1NAR A;  2PC8 A;  3TTY A;  4H8H A;  3AXX A;  1TVP A;  2VX4 A;  4HA1 A;  1QHP A;  1VFO A;  3WN6 A;  3CH9 A;  4D6I A;  5I77 A;  1Q6D A;  4OJY A;  2EPM X;  4AD2 A;  4L4P A;  1TA3 A;  1CXK A;  4W8L A;  4AMC A;  4B3K A;  3DEC A;  4GO9 A;  3AIQ A;  2XM2 A;  2E0P A;  5CPS A;  1BGA A;  3QHM A;  4XX6 A;  3RM8 A;  3GNR A;  2YOC A;  1GOQ A;  7CGT A;  4P8V A;  1QNQ A;  1OT2 A;  3II1 A;  5ECU A;  2VUR A;  4EE9 A;  4C7F A;  1TUX A;  2ZWZ A;  5JIW A;  3VGE A;  1B30 A;  2ZUS A;  3WEN A;  1W3H A;  2XII A;  3WEZ A;  4TVD A;  2V3E A;  3AYR A;  3SCP A;  1GOI A;  1QNP A;  4HZ7 A;  1N82 A;  2J75 A;  1CBG A;  2OYM A;  3MSD A;  3QOK A;  5D9O A;  2YLL A;  3IAP A;  1B90 A;  3UES A;  4CVW A;  4BQ3 A;  1GOM A;  1UKT A;  1CXE A;  2E4T A;  2PWD A;  1J0Y A;  2ZUT A;  3W29 A;  3ARX A;  2VZS A;  1VEM A;  3EDE A;  2D24 A;  4QLJ A;  3SIM A;  4YHG A;  3W24 A;  5FKY A;  1FOB A;  2G41 A;  3W38 A;  1KCK A;  4E8D A;  3N12 A;  1HJX A;  3CLW A;  1EQP A;  4AXN A;  3NDZ A;  2IUZ A;  3CTT A;  5CJ5 A;  3WD0 A;  1OWQ A;  1Q6F A;  2W63 A;  3LPO A;  1NP0 A;  1J01 A;  3T0D A;  1RP9 A;  1VEP A;  3AIB A;  4M82 A;  4LQ1 A;  1HL9 A;  3MV1 1;  1UD3 A;  4J27 A;  5GNX A;  3SEP A;  3AZR A;  3WEL A;  3ARS A;  1JF6 A;  3W6M A;  1HIZ A;  3CZE A;  2D22 A;  5D9M A;  1GPF A;  1V3H A;  4HP5 A;  4ZE5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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