5M5DA

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-d-glucal
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
LGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens xb1a
molecule keywords Glycosyl hydrolase family 71
total genus 131
structure length 347
sequence length 347
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5m5dA00
4D6GA 5FD0A 2WSKA 4AD1A 4WKHA 4M81A 3F5JA 2DSWA 4MNJA 2CETA 5I24A 1C91A 1HNYA 4AZCA 3MMWA 4PUEA 4W5ZA 1B1YA 1ISZA 1PEZA 4KWUA 1OGGA 1V08A 2XVGA 2F2HA 3B8SA 5JUVA 3AHTA 3I3EA 3LPGA 4TXEA 3WDIA 4IM4A 4JFSA 4J3UA 1Q6GA 1TR1A 3CO4A 1KXVA 4WLCA 1JGIA 1HF6A 2Y2WA 3ARPA 1C7TA 1W3KA 3F5LA 4BQ3A 5CSUA 7A3HA 5HNNA 4AZHA 1E9LA 2G41A 3ARXA 3L2LA 5E6YA 3TONA 2E8ZA 1J01A 1MXGA 3MUAA 4JCMA 4PMXA 4W88A 1OD0A 4B16A 1XHGA 4BQ5A 1EOMA 4PTWA 3VNYA 1LLOA 1UD6A 3THDA 1HP4A 3WIJA 4AY1A 3AXHA 3ARVA 1V6YA 3VUPA 2XVLA 1TFVA 2Y24A 5D4YA 4J3VA 2WANA 4JL1A 2UY2A 1CGVA 4W5UA 5BCAA 3WNOA 3SCWA 1UHVA 2EJ1A 4AZGA 1CYGA 3GXMA 3AISA 1JF5A 3EMCA 4AIOA 2VVSA 2FHFA 2WMIA 2J47A 2ZOXA 1V3KA 4D71A 1W9DM 2XFFA 3VNZA 5BROA 1K9EA 1YQ2A 3VD9A 4JFTA 1UWIA 1TUXA 3CPUA 2FH6A 3QR3A 4CD8A 2G3MA 1C8YA 3AXXA 1Q6EA 4MNKA 2YL6A 2WKGA 4KRTA 4H8VA 4PSRA 3D5HA 1HJVA 1AVAA 1EGZA 3WF2A 2WSPA 5KZ6A 3GBDA 4IUGA 2JFEX 4J27A 3ECQA 1XC6A 2CHNA 4JKLA 3U5UA 2CIPA 4QLLA 2WVVA 4W8BA 1RPKA 1XV8A 3PBGA 4AISA 1RD6A 2VR4A 3BAXA 2QPSA 3A3HA 4FMVA 2ZE0A 4UFIA 1BFNA 3OLIA 1JAKA 1XYFA 5E70A 2YDRA 1O6IA 2UY3A 2W91A 3BAYA 3I3DA 4GIAA 5FCZA 4HZ8A 2MANA 1BG4A 1D3CA 3W81A 2VJXA 4BA0A 4QLJA 4DUWA 1FH9A 1EDGA 4W89A 3AI0A 3BAJA 1UD2A 1NWRA 5BXTA 1P6WA 4UR9A 4MJ4A 1BYCA 4W85A 2E3ZA 1OGSA 3W4RA 4M80A 5GNYA 1GQIA 3AMKA 1WZMA 1XCXA 1JXKA 2J8GA 1WPCA 4Z2LA 5HXMA 1VIWA 4BF7A 2V3FA 1B3XA 4H41A 4HTYA 2ZXDA 3AMCA 2J4GA 3VIIA 4UQ9A 4M8UA 2VVNA 1W9XA 2YA1A 3CZEA 1QI2A 2J7DA 1WB0A 2DEPA 1UD4A 1FFQA 1UH4A 3A4XA 1MQRA 4LYQA 3BSHA 1XH0A 3U7VA 2CKSA 1LJYA 3GH4A 2D20A 4AIUA 4NRRA 1QI3A 1CBGA 4HU8A 1UYQA 4UNIA 4OIFA 5BXRA 4PTMA 3UCQA 1E56A 3KE0A 3WY1A 1DWJM 3MS8A 2EPKX 2WB5A 4AZIA 5A95A 3VILA 3VD7A 3PZGA 1E3XA 2XVKA 2YDSA 1TE1A 1BVZA 5E9AA 2AMGA 1BTCA 3SEPA 1UR2A 4P8UA 2XTKA 1JDDA 3G6MA 1LL7A 3EDDA 1B3VA 1V6XA 4J28A 4UQDA 3UERA 1KBKA 5DMYA 2ZX6A 5CLWA 5CGTA 3MU7A 1CTNA 4W87A 4AZ7A 1B2YA 1DWGM 1KGXA 3EBVA 4D6EA 5HOSA 4JAWA 4OBRA 2JALA 3DECA 4AZ6A 1UQYA 2DT0A 3BLPX 2YLLA 1VB9A 3WEZA 4F79A 3WKZA 3WF3A 2WAGA 5IHSA 4FLQA 1R7AA 4CUCA 4H8UA 4TX6A 4E8DA 4Z2JA 1SFSA 2A3AA 3W27A 3PZMA 1V02A 5A6BA 4S3JA 1HJXA 5A8MA 2WMFA 5D9OA 3ZJKA 1NP0A 3NIYA 2ZUUA 2YDQA 3OLGA 1V6VA 4P7RA 5JIPA 2V38A 1C8XA 3ARYA 2G3IA 2W92A 3WELA 1OM0A 5A6SA 4Z2HA 3KZSA 4GXPA 2HVMA 4ACYA 1NM9A 5I2UA 4YN5A 5A2CA 1KWKA 3N18A 3UG4A 5DF0A 1VENA 5AC5A 3MV01 4P7NA 1WDSA 3K8MA 2OYKA 3AZSA 1EHNA 3NSNA 4NF7A 1EXPA 3APGA 1BSIA 2BY2A 2OSXA 1YHTA 1L8NA 5AYIA 3GNOA 4FLRA 3L4TA 1ITCA 4A3HA 2VZUA 1M53A 5M5DA 3OB8A 3ARZA 5IHRA 3U7BA 1CXEA 3OBAA 3O2LA 1LF1A 1UOKA 1OT2A 1WKYA 1CGWA 2GJRA 3L4XA 2J7BA 2PWDA 4KGLA 3MSDA 1G01A 1OIMA 1VFFA 5A8OA 1J0YA 1FH7A 4P8VA 1FHDA 5I5RA 1ISWA 4ZEPA 1UD8A 3SUWA 1GHSA 2D23A 1BHGA 2XHYA 2VCAA 4P8XA 3EDKA 3VIGA 1R7OA 3SCQA 4M82A 5LA2A 3T09A 3W6LA 1I1XA 3PZUA 3CTTA 4WKAA 3W0KA 6TAAA 4C7FA 3EDFA 1ZBVA 5ECUA 1TVNA 2OSWA 5A6AA 1E73M 2FGZA 1GOMA 5I6SA 2YL8A 4AZ5A 1MFVA 5FL0A 3K1DA 1M7XA 2BNJA 2JEPA 2A3EA 2WMKA 2YL9A 3WNMA 4ATLA 1E72M 2D2OA 1JI1A 1K9DA 1ISYA 5A8NA 3QHOA 3RM4A 3WQ8A 5D9NA 3UR8A 4N42A 1XSIA 4JL2A 1MYRA 2W63A 3ZR5A 3ZR6A 4OJYA 3UETA 1PIGA 3AICA 2EPNA 1FOBA 1KWGA 1ZL1A 1DWAM 5CSYA 3RDKA 1VFOA 2BHUA 2UWFA 4TVUA 3LPPA 4GQRA 3SCUA 3POCA 1NOFA 3BAKA 3WF4A 3WH7A 3PZ9A 5D8ZA 4PBGA 2GJXA 1A47A 2JF7A 1E6RA 4W8AA 4MADA 1RP9A 2CYGA 1MW1A 1TCMA 1E1FA 4QCFA 2JIEA 2YOCA 1W3JA 5BXPA 5FOOA 1UR8A 4PMNA 2ZUSA 3SURA 5FL1A 4UFMA 3ARWA 3K46A 3RMEA 1QNOA 1QNQA 1QW9A 2FGLA 2WCAA 2YBTA 1QNRA 3T0AA 4RE2A 1X1NA 2PWEA 5I23A 2WHJA 4XZWA 1E43A 3QGVA 2V5DA 1J11A 1ZBWA 1HIZA 3PTMA 1E6ZA 3BAWA 3O9NA 3TTSA 4ATDA 4WF7A 3IJ7A 1S46A 1QHZA 3CLWA 3TTOA 2CBUA 3CUIA 1GQLA 3EYPA 4BZYA 2DIEA 4D6CA 2JIWA 2F8QA 2CKRA 2VTFA 5DT5A 3WQVA 2J8FA 5I77A 1MFUA 4N0RA 1VAHA 1LQ0A 2ZWYA 4HOZA 2WMHA 3OGRA 1WDQA 3ZOAA 3AIVA 4AWEA 1AQ0A 2ZUNA 4NI3A 4ZFMA 5A69A 2WHMA 1AQHA 1X6NA 1K6AA 3IAPA 1LG2A 4AEEA 3SCRA 3LPFA 1E5JA 4LX4A 4MB4A 3NDZA 5JBFA 1L0PA 1X6LA 4HZ7A 5EFDA 5CQ1A 4HZ6A 1CNVA 2WHKA 5A3HA 2Y5EA 1LWHA 3WH9A 1KXTA 3IJ8A 2F61A 2V3EA 4UQCA 3WH8A 2WM0A 5C70A 5I0DA 4M24A 3M46A 1GNXA 3OZOA 1Q4NX 3L4WA 5A8PA 4XB3A 4XV0A 5CLTA 3FW6A 3WH6A 2EPOA 5IXEA 3D3AA 2EO7A 4WSKA 1NQ6A 1JNEA 2WZEA 3I3BA 1MW2A 3BH4A 1E3ZA 4U3AA 1JYWA 2FHCA 3VDAA 3MKKA 3GTNA 3W28A 1E15A 2A3HA 2EXOA 5IFTA 4PEEA 4ATWA 1ODZA 2WWDA 4WKFA 4CGTA 1WE5A 1HX0A 4DWSD 3WL0A 4CD4A 2G3JA 3VGEA 3WNPA 1H0GA 1U33A 2YKKA 2VR5A 1VJZA 3IAQA 2D24A 3UESA 1H4PA 1ECEA 4E2OA 1HP5A 1XH2A 3CHEA 4JHOA 1MXDA 5CXPA 1VFUA 4GZEA 2BXYA 1E6NA 4UOZA 3N15A 3FXYA 5E6ZA 1EDTA 1ZJAA 3VVGA 5CPQA 3JUGA 1G0CA 1JZ7A 3VGBA 1VJSA 5CPSA 3VDHA 1UWRA 4J3SA 4UFJA 3OIHA 4IPNB 2E9MA 2C0HA 3QHMA 4JFWA 2NSXA 1W32A 2WVSA 3WF0A 1XSKA 4ACZB 4KH2A 2BY3A 2GK1B 4HOXA 3PZTA 1SYTA 3VKKA 1UWQA 1QHOA 3VM5A 4RL3A 2DDXA 2XJ7A 1F4HA 5ABGA 1EH9A 1GPFA 4LQ1A 1BYAA 4U5KA 2VX4A 4JIEA 3K8LA 4GINA 1CPUA 3WL1A 4F66A 1QI5A 3PTKA 4IISA 2C7FA 3OLEA 2OWXA 5JIWA 1CLVA 4R27A 4Z2GA 1PBGA 2IXUA 1V3LA 1W3LA 3CH9A 4C7DA 4E8CA 2WXDM 4FK9A 4HA4A 1KGWA 1VBUA 2ZUVA 4UOQA 1WO2A 3B9DA 1UUQA 3AZRA 4LPCA 1K9TA 2WKLA 3BSGA 1UR4A 4PYSA 1U2YA 4UCFA 2BHZA 1SR0A 1WZKA 2QMKA 1LWJA 3AQUA 1FP9A 1H0IA 1V02E 2J79A 3RO8A 4DUXA 2XM2A 2W61A 3WD1A 1VF8A 1WNOA 2PBGA 1VBRA 4UFKA 1ISXA 2D0HA 2FDMA 4JFUA 2X8RA 1N82A 3K8KA 2VRKA 3MMDA 1UKPA 3OLDA 4QAWA 2G4FA 1DEDA 4QDMA 1O7AA 4DM1A 2XSBA 1EA9C 2ZIDA 4U2ZA 1HJUA 2ZX5A 1E4MM 2GSJA 1GHRA 3WEMA 4PUDA 5FKYA 2GFTA 1UZ4A 1ISVA 4GI6A 4BQ4A 3TTQA 4LGXA 3CUGA 2D1ZA 1AQMA 1TVPA 1V3JA 1UG6A 4CKQA 1M01A 2VCCA 3WNKA 2VOTA 3RIKA 2WC4A 4TOQA 1E0WA 4B3KA 3SCTA 1HJQA 5C71A 3MO4A 1CXFA 3CHFA 3T0BA 4RE3A 3T0DA 2W66A 3MUY1 4HA3A 1KB3A 1GJWA 3AIRA 3ZJ8A 4CD7A 1NARA 2UY4A 3DYMA 3F4VA 3CUJA 5EMYA 4B3LA 5ABFA 1NWSA 2EBNA 4LXFA 3BC9A 2EPLX 1UR1A 2XG9A 3VX1A 2DQXA 4AW7A 3POHA 2J62A 1UWSA 4ZE4A 5HPOA 2Z1SA 3VO0A 5A2AA 4MJ2A 3U57A 1W2VA 3DYPA 4CVWA 3GBEA 2DT2A 4E4PA 1WCGA 3OGVA 3SIMA 1V0MA 3QHNA 1E6PA 3W26A 3MANA 3BAIA 3L4YA 4CD6A 2EPMX 2V5CA 1UZ1A 2BFGA 3AS2A 3HMCA 1E70M 2E40A 3TA9A 3BCDA 4HMDA 4PN2A 1H41A 4GKLA 3AIWA 2W62A 2PWHA 3DHPA 1JDAA 3ZIZA 4EAMA 4WK9A 3N04A 2BVTA 1C8QA 2VI0A 5A1AA 2VT0A 5A6KA 1EQPA 3CZLA 1PX3A 4M1RA 4DWSA 5D9PA 1CWYA 1J0IA 2ZX8A 3L4ZA 3M6DA 1TMQA 2PC8A 3SCNA 1XYZA 1UD5A 1GW1A 1ODUA 2CESA 2VZVA 2PF0A 3K4DA 4PTXA 4CN1A 1B9ZA 1US3A 3CIVA 1JD7A 2IUZA 4PMYA 2DH3A 3W53A 3AIUA 4J3XA 2ZX7A 4LYPA 5LA0A 2YL5A 1IZKA 3VIHA 3UG3A 3S2CA 4GI9A 1E1EA 4GZJA 4MAVA 2DSVA 3LPOA 1JAEA 1BPLB 2Y4SA 3GYCA 3II1A 5AY7A 1FP8A 3GNRA 1G9HA 5A2BA 1UQZA 4AZCB 2ZICA 3M07A 4JKKA 1IZJA 5D8WA 1JDCA 2RGMA 2VO5A 5DFAA 4WJXA 1XRVA 3CMGA 4C7GA 2WW5A 1KFWA 3W29A 6CGTA 1F4AA 2WC3A 2YA0A 2WNWA 2WZHA 1CENA 3KEHA 1C92A 1MQPA 3W37A 5E0CA 5BRPA 3RCNA 3BLKA 5I79A 3NSMA 2VZOA 2X0HA 2J7EA 1JYVA 2J7FA 2XIBA 4W8LA 4HOWA 2PWFA 3WMSA 4FF5A 4GPNA 3WNLA 4EANA 1BQCA 1B30A 3F5KA 4M56A 4P7QA 4PMOA 4EK7A 4W7UA 3GM8A 4PCTA 4A3YA 3J7HA 4CN4A 4MTVA 3WUBA 2O92A 4F9JA 5ABEA 2J7GA 2AOSA 4XX6A 2WMIB 1KGUA 4PSPA 1MQQA 2PBOA 4W7WA 2A3CA 1BG9A 1V3HA 1WAWA 4AIEA 1PX8A 1JIBA 4PRWA 3WQWA 1EDQA 4Z2IA 3WF1A 1QBBA 3OG2A 5TD4A 1GQKA 1W9PA 1UKQA 2XVNA 3W6MA 4AXNA 1E6QM 1UWUA 2VZSA 3GNPA 1H1NA 1V0KA 2W67A 1UH3A 1FA2A 3L4VA 1OSEA 5CZKA 3VMNA 1GOWA 7CGTA 2VX5A 4CCEA 1JD9A 3AHVA 4X9YA 2EEXA 4H2CA 3K4AA 4JFVA 2XYLA 1E0XA 3ZQ9A 3LMYA 5BYWA 1V6UA 1OCQA 2WVVB 5JBEA 2Z1KA 3ZJ7A 1LL6A 1E4NA 3WDPP 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D6G A;  5FD0 A;  2WSK A;  4AD1 A;  4WKH A;  4M81 A;  3F5J A;  2DSW A;  4MNJ A;  2CET A;  5I24 A;  1C91 A;  1HNY A;  4AZC A;  3MMW A;  4PUE A;  4W5Z A;  1B1Y A;  1ISZ A;  1PEZ A;  4KWU A;  1OGG A;  1V08 A;  2XVG A;  2F2H A;  3B8S A;  5JUV A;  3AHT A;  3I3E A;  3LPG A;  4TXE A;  3WDI A;  4IM4 A;  4JFS A;  4J3U A;  1Q6G A;  1TR1 A;  3CO4 A;  1KXV A;  4WLC A;  1JGI A;  1HF6 A;  2Y2W A;  3ARP A;  1C7T A;  1W3K A;  3F5L A;  4BQ3 A;  5CSU A;  7A3H A;  5HNN A;  4AZH A;  1E9L A;  2G41 A;  3ARX A;  3L2L A;  5E6Y A;  3TON A;  2E8Z A;  1J01 A;  1MXG A;  3MUA A;  4JCM A;  4PMX A;  4W88 A;  1OD0 A;  4B16 A;  1XHG A;  4BQ5 A;  1EOM A;  4PTW A;  3VNY A;  1LLO A;  1UD6 A;  3THD A;  1HP4 A;  3WIJ A;  4AY1 A;  3AXH A;  3ARV A;  1V6Y A;  3VUP A;  2XVL A;  1TFV A;  2Y24 A;  5D4Y A;  4J3V A;  2WAN A;  4JL1 A;  2UY2 A;  1CGV A;  4W5U A;  5BCA A;  3WNO A;  3SCW A;  1UHV A;  2EJ1 A;  4AZG A;  1CYG A;  3GXM A;  3AIS A;  1JF5 A;  3EMC A;  4AIO A;  2VVS A;  2FHF A;  2WMI A;  2J47 A;  2ZOX A;  1V3K A;  4D71 A;  1W9D M;  2XFF A;  3VNZ A;  5BRO A;  1K9E A;  1YQ2 A;  3VD9 A;  4JFT A;  1UWI A;  1TUX A;  3CPU A;  2FH6 A;  3QR3 A;  4CD8 A;  2G3M A;  1C8Y A;  3AXX A;  1Q6E A;  4MNK A;  2YL6 A;  2WKG A;  4KRT A;  4H8V A;  4PSR A;  3D5H A;  1HJV A;  1AVA A;  1EGZ A;  3WF2 A;  2WSP A;  5KZ6 A;  3GBD A;  4IUG A;  2JFE X;  4J27 A;  3ECQ A;  1XC6 A;  2CHN A;  4JKL A;  3U5U A;  2CIP A;  4QLL A;  2WVV A;  4W8B A;  1RPK A;  1XV8 A;  3PBG A;  4AIS A;  1RD6 A;  2VR4 A;  3BAX A;  2QPS A;  3A3H A;  4FMV A;  2ZE0 A;  4UFI A;  1BFN A;  3OLI A;  1JAK A;  1XYF A;  5E70 A;  2YDR A;  1O6I A;  2UY3 A;  2W91 A;  3BAY A;  3I3D A;  4GIA A;  5FCZ A;  4HZ8 A;  2MAN A;  1BG4 A;  1D3C A;  3W81 A;  2VJX A;  4BA0 A;  4QLJ A;  4DUW A;  1FH9 A;  1EDG A;  4W89 A;  3AI0 A;  3BAJ A;  1UD2 A;  1NWR A;  5BXT A;  1P6W A;  4UR9 A;  4MJ4 A;  1BYC A;  4W85 A;  2E3Z A;  1OGS A;  3W4R A;  4M80 A;  5GNY A;  1GQI A;  3AMK A;  1WZM A;  1XCX A;  1JXK A;  2J8G A;  1WPC A;  4Z2L A;  5HXM A;  1VIW A;  4BF7 A;  2V3F A;  1B3X A;  4H41 A;  4HTY A;  2ZXD A;  3AMC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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