5MHB | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLCEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural studies of substrate and product complexes of 5-aminolaevulinic acid dehydratase from humans, Escherichia coli and the hyperthermophile Pyrobaculum calidifontis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
molecule keywords	Delta-aminolevulinic acid dehydratase
total genus	120
structure length	323
sequence length	323
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2016-11-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5mhbA00

4HSOA 3MO7A 4CLMA 2C18A 4UR7A 4UTLA 1C8VA 3CPRA 1JUKA 4U4MA 5DXYA 1LOSA 1Q6RA 2I9EA 3IIVA 1KV8A 1VC4A 2QUVA 1G4EA 1SO3A 1F6KA 5FEPA 4JX6A 2C16A 4O50A 4Z1AA 4MYXA 3KHJA 2NXHA 5FESA 2RFGA 2I14A 3LXAA 4MJMA 5DLCA 4DBEA 3L65A 2YW3A 3C56A 4TU1A 3LBMA 1SO5A 5AC7A 3W1LA 4IXXA 3MP3A 1LBFA 3S0CA 3I6RA 4B5NA 3G24A 4JDYA 2VENA 4LV9A 3A23A 1W54A 1FY6A 3QH2A 4DPQA 2JGQA 3WFAA 1GVSA 1K7EA 1OJXA 2EPHA 3QZEA 2P1FA 5DBTA 3TQVA 5HJLA 1TV8A 3G1FA 4KKXA 1D3HA 2Z2UA 5GVJA 4NT0A 4XWUA 1TYGA 3P62A 3AO0A 5E93A 3M41A 3NPVA 4N9EA 4QNWA 1K8XA 1MXSA 3W72A 4GE8A 1VQTA 2ATSA 5AC8A 4DEFA 5FF7A 2TMDA 1JUBA 1TRDA 1W5PA 2VC6A 3N34A 1FCBA 2Z6IA 3L68A 2NV1A 3PB2A 3HOJA 1DVJA 3U6WA 1IGSA 4LC6A 2J24A 1UUOA 2X1TA 4QITA 2AQWA 1VYSX 1H7PA 1T0OA 1JCNA 1KA9F 2LLEA 1KTNA 2ZQ0A 1FQ0A 3N73A 1N55A 1OX6A 3W2NA 2W0UA 3K30A 4C1KA 3RNDA 3LX9A 4NJJA 2CW6A 1OFEA 2QCHA 3TV8A 3NQCA 4I7UA 1ONRA 3W1MA 5KZEA 4KWVA 1XXXA 3PBVA 1AMKA 3G1VA 3FYPA 4ICNA 3W7OA 3O6CA 4JTIA 3TA6A 1VH7A 2VEKA 2VFDA 4WY0A 4M6QA 1ZAJA 5EL1A 3CWOX 1QO5A 4OGZA 5BMWA 1OX4B 4ZL1A 1KBIA 4POCA 2C15A 3DGRA 4UFHA 5LNVA 3S6DA 2YXGA 1I45A 4MY1A 3OEXA 3W07A 3G1XA 1VHCA 3STGA 3UWWA 3L5LA 3HGRA 4ZVJA 1RQBA 3DFQA 2GVGA 1L6YA 4UFMA 1KFEA 4JX4A 3TDFA 3LHUA 3UWZA 1L6SA 4Z1DA 1DJNA 3W1PA 2BZNA 1D3GA 1A5SA 2ZRYA 4O52A 4UCGA 4RXFA 3G1HA 2PC4A 3W83A 5G2WA 3EEGA 5F4WA 1MSSA 4O12A 4CQAA 3NQVA 3NVTA 4W9TA 5HMSA 5IM51 1WV2A 2H6RA 3T4CA 2Y62A 3B4UA 3UPWA 3NQDA 2GUUA 3FYOA 5DCEA 4XKYA 4ADUA 3HO8A 3B8DA 4O57A 4OV4A 4OQVA 2C14A 2DZXA 3IVTA 5E1QA 5I3HA 1QCWA 1OK6A 1WOBA 3M43A 4OE7A 3LOTA 2Z1BA 3L5MA 3KFTA 4LS2A 1D9EA 4QM1A 3P7YA 5D02A 4A29A 4GUJA 1G4TA 1H60A 1WXJA 4ORIA 4UNKA 3DHDA 3O8AA 4LW7A 4NJHA 4Q33A 3QQ0A 1EP3A 4JX5A 4ONVA 1YPIA 3MW7A 1JR1A 4JIPA 3DBPA 2R14A 3PUEA 3CEUA 3L9CA 1OYCA 2QR6A 3W7CA 2B7QA 2A5HA 5LNWA 5CPOA 1DORA 5D09A 5LGXA 5K9XA 4U28A 1JCYA 5HUPA 1K7XA 3M1ZA 3SY5A 3ZFHA 1Q3NA 4K8EA 3MHUA 1I2PA 4IGHA 4JY9A 5FF0A 2Q8ZA 3WJSA 3WJWA 5C2XA 3NPUA 2HMCA 2CLHA 3NAVA 1YDNA 5AHMA 2YDAA 1TRIA 5KTLA 1LRNA 1VS1A 2P10A 3FS2A 3W7EA 3LCWA 4GFSA 1ZY9A 4M6VA 4Q32A 4YLWA 1BWKA 5FI8A 1SZNA 4JIQA 2E5DA 2OJPA 2DZVA 1WAUA 1FBAA 3B03A 3MP4A 1RVGA 4WXZA 4M6PA 3KVKA 2PCQA 3HG2A 1H62A 2QKFA 3ATZA 1SR9A 3LGEA 1B3OA 4GJ1A 3TXZA 2ZFAA 3ABOA 4EF8A 1QOPA 4N2YA 1SU5A 1YXDA 3P84A 4ADTA 4QQ3A 3AJXA 4KFPA 2FB3A 4M5PA 2FPVA 5CZ0A 4MY8A 3PUOA 1W37A 3EB2A 1AW5A 3W86A 3SI9A 5DN1A 5K4XA 3Q58A 5LNSA 3TAOA 2GQAA 2VEPA 4UTIA 1TCDA 2Y89A 2Y7EA 3KXQA 4JTJA 3LXCA 1FDJA 4EWND 5AB3A 1H7OA 4UTJA 1SFLA 5EKYA 1NAL1 4AXKA 1VJIA 5D32A 4MIMA 3I7RA 3KAOA 4UTKA 1N7KA 3HB9A 3LTPA 3TJLA 3THAA 2ISVA 1BEUA 4WXYA 4AH7A 3FKRA 4O53A 4HNNA 1NEYA 4O14A 4RK8A 1P1XA 1T8XA 1F73A 4QAIA 1A53A 5CPMA 1KW1A 3QM3A 2RH9A 4C1LA 1DKWA 2WNNA 2ZZ6A 1OYAA 1TTPA 2QJHA 3M5ZA 3PUDA 4LS1A 3C8FA 3GXPA 3OIXA 3TIMA 2QDGA 1SW0A 5FEWA 3EWBX 4QJ1A 4UTUA 2R8WA 5LHFA 2DZWA 4LS0A 2BXVA 2EHHA 4CNNA 1XC4A 3EXSA 3PC0A 5F4SA 3CM4A 3UXDA 3LERA 2GJLA 3UPBA 1TSIA 1OX4A 5G5IA 4WJEA 2V0TA 2CLOA 1UB3A 1XFBA 2Z0IA 1M7OA 3M0ZA 1TO3A 1Q6OA 3E02A 1KM6A 2BWGA 1QPRA 3NR0A 3DI0A 3NOEA 4N9DA 4YWIA 2JKEA 2OX1A 4NNCA 2FQIA 4LWWA 3DXIA 4HPXA 4QNEA 1QPNA 2B7NA 4DO5A 3C52A 5FEZA 3C2EA 3KVMA 5L9FA 5MHBA 1IXNA 2CWNA 3TQ0A 2X30A 2OMAA 5BRBA 3LLFA 3EKZA 4RV8A 1XKYA 4NX5A 5HINA 4ADSA 4JTLA 3I65A 4FX8A 3UXAA 3IRDA 1X8FA 2A6LA 1F74A 4WUIA 2YGYA 1LLZA 5G4WA 1JQXA 5TIMA 1TPB1 1KM1A 1EP2A 3W1TA 2Y85A 2PRLA 3PBUA 1ALDA 2CLKA 1H7WA 3L0NA 1QMLA 3UNDA 3WJZA 2DJXA 4E38A 4AVFA 2GJNA 2A0NA 3IGSA 1U5JA 4HN4A 1OK4A 3H54A 3DH7A 5H2ZA 1L9WA 4AF0B 2NXIA 4O1BA 2VEMA 3U8GA 5AFDA 5CG7A 4BR1A 2V5LA 1XI3A 1IXPA 3GDKA 3DFTA 5C54A 5LNRA 1T99A 3NL6A 4N02A 3HF3A 3KRZA 1XBYA 5FF2A 1KFJA 4MPQA 4K7VA 3TW7A 1ICPA 2JBMA 1K8ZA 3PVFA 3MBDA 1JUEA 4A3UA 4JDBA 3V1PA 1A5CA 1EP1A 4RZ6A 5KITA 2ZA1A 1RV8A 2YSWA 3NL2A 4K7YA 5HNRA 3STFA 4JS3A 4FO4A 1YDVA 3GDTA 3N14A 2G5WA 3KX6A 3M44A 3EWYA 4HNVA 1ZCOA 4N4PA 4PFMA 2GVLA 3RFAA 3QPYA 4MFEA 4HKPA 4Y90A 2A4AA 2E5CA 3QMRA 4O4WA 5CZSA 4HPJA 3P74A 5FEXA 3DI1A 3STEA 1IIHA 4Q4KA 1IXQA 4EF9A 2WOQA 3L66A 3NQEA 3W7PA 1Z42A 1ZAIA 3O16A 3F4WA 4UC5A 3L67A 2YR1A 1LBMA 4NVTA 1NFBA 3QF0A 2BTMA 3TK7A 4FNRA 2NUYA 3P80A 2OT0A 3I68A 1YADA 4E2BA 2WV8A 4YMZA 3UWQA 2XN2A 1CX9A 3HG5A 3UY7A 4ZQNA 3KOFA 1FWWA 4BI5A 1O5XA 1G7UA 4IXHA 4DQWA 3EWZA 3CWNA 1TMHA 1NSJA 4CQ8A 2OT1A 4K6AA 1R2RA 2E6DA 3EXTA 3NQ7A 4MZYA 3IIPA 1PV8A 4DELA 1LORA 1TB3A 4WX2A 4MOZA 1Z48A 5G2HA 1K03A 3BW4A 4MLRA 3W7HA 4QISA 1TQXA 4YCOA 4GXMA 3QJAA 1HUVA 3I7QA 4UMAA 4Y9AA 2C19A 2KZHA 2ZZ2A 4ALDA 2CLMA 1O94A 1TJRA 4FNTA 3LI1A 1SO6A 2E09A 3NL3A 4EIVA 3UWYA 2E77A 1QPOA 4IUOA 3L0GA 3BG9A 3LLDA 3G18A 3GYEA 2ISWA 2QCNA 3BG3A 4X22A 5D30A 1VGAA 4JXCA 1YTDA 2AGKA 1W3IA 1GEQA 4KFOA 5FF3A 6ALDA 3PAJA 4MZ1A 3SR7A 4CCCA 1OFBA 4O13A 1AW2A 2V81A 1QO2A 3LCXA 3G3DA 3RLVA 5KINA 5BW6A 2DZTA 2JK2A 2VXNA 5CPNA 3HG3A 2QCCA 2PE4A 5CPLA 4O1CA 5D33A 1SW7A 5K9DA 1AL7A 1JQVA 2FIQA 2TSYA 1I2QA 1QR7A 2A1YA 3IV3A 4IPIA 1SSGA 3R2GA 2NUWA 5I3IA 2V30A 3HBLA 3BG5A 2RDTA 4NNBA 4A2RA 2YPIA 3CTLA 2ZDRA 2XN1A 4XUGA 3W1NA 4Y96A 5CZJA 4DPPA 1X1ZA 1P0NA 3JR2A 4RLIA 2H8XA 3NL5A 5CSRA 2J9ZA 1M7PA 3TCEA 3PF3A 3IIOA 1RD5A 3GK0A 2FPYA 3FIGA 3TFXA 1LOLA 1X1OA 4AEOA 3TNOA 3LHZA 4AHPA 1I8JA 5E0KA 3NQMA 3NA8A 4FX6M 4JNMA 3W2MA 3TR2A 4FXSA 3GIYA 3VE7A 1SSDA 4IQLA 4OT7A 2ABAA 2QDHA 3CEPA 3QSTA 4UFKA 3EWXA 2CU0A 1DV7A 3M16A 4AB4A 3BARA 3GZ3A 1G67A 3GDMA 3S5OA 4LUJA 3T44A 1W3TA 3QPZA 3LCLA 1RPXA 1WX0A 5IBXA 2TPSA 3W1XA 4DO6A 3Q37A 4PTNA 3UWVA 1G4PA 2C6QA 3OHIA 2NWSA 1W8SA 3TSMA 4JD4A 1ICSA 3QFEA 4IX2A 4PODA 3W1RA 1LYXA 3BVJA 5AHEA 3NQFA 3GLCA 3RLUA 2YFOA 2NWRA 1W5MA 4UUIA 1UUMA 1ZJIA 3NG3A 1UJPA 2DZPA 1ME8A 2FLIA 2YW4A 2QCFA 2GVJA 1UBSA 3N2XA 2V9DA 3W7MA 1ME7A 1B9BA 4IPJA 4AF0A 5G4EA 1KV5A 4RZ5A 3CC1A 4QSHA 3PS7A 3DKLA 3SGZA 1YDOA 3A9IA 3WK0A 1OX5A 1VLWA 4LVFA 3LRMA 2VFIA 5KZMA 4PH6A 2X2GA 1R30A 3H55A 3LB0A 4OV9A 1JCJA 1DHPA 4BK9A 3W7JA 1OF8A 1F05A 2QJIA 1GVOA 1VLIA 1XM3A 3LCFA 3CIXA 3PM6A 3MBFA 3LCIA 1DOSA 3LCHA 3W76A 1BTMA 4N9CA 3TJXA 1NF7A 3EX4A 1F5ZA 1J2WA 1LRQA 4CNPA 3PSWA 5LZLA 1GZGA 2JKPA 3PSVA 1XUUA 1LROA 4ZQOA 1K3UA 1KLYA 3LRKA 4JY8A 5ABTA 3TW6A 4TX9A 3TUUA 3W1UA 2ZYFA 4M7TA 3N9SA 4O11A 5A5WA 5K9CA 4N6EA 4YL2A 4DF0A 3VNDA 3DAQA 4XQ6A 1PHQA 4FEZA 1JCXA 4LVGA 1FWRA 4LRTA 1UASA 3P81A 1AL8A 2DORA 4GC4A 3W9ZA 5HR6A 2GPTA 3PG8A 4R7JA 2YYUA 1OFRA 3QMSA 1NVMA 4E0CA 1I2NA 3NYZA 3QMTA 2XFWA 4O1DA 2HS8A 3TU9A 2QCLA 3GKFA 3PWAA 1MZHA 4UIOA 2ZA3A 4LTSA 1M6JA 2GQ8A 4UMBA 1SO4A 2VELA 2XN0A 1FX6A 3W84A 3E0IA 3G1AA 3WK1A 5U4NA 3FFSA 1JRCA 2A7NA 2V82A 2Y7FA 1GTEA 3T7VA 4A2SA 3C2FA 1W5OA 4JTKA 3EX2A 3THQA 4D2JA 4GUFA 3CHVA 4O10A 1B4KA 2Q3RA 3TROA 3HPXA 4O19A 2OZ0A 1QNVA 3TH6A 3C61A 3Q2DA 4XBKA 2WSQA 4TMCA 3S9YA 1G4SA 2RHGA 1KLZA 4M7SA 4LVAA 3GDRA 1GG1A 1I4NA 3BK0A 4WOZA 1SZEA 5AN7A 1W1ZA 1FUYA 4Z0SA 4YXGA 3G0UA 4CCDA 1P0KA 1O4UA 1N8FA 1EUNA 4JYDA 1EX5A 2V8ZA 4FXRA 4L4LA 2VEIA 3NZ1A 1O95A 1QPQA 4OHQA 5D2XA 2AAMA 4RZ4A 4FF7A 4DO4A 1KTCA 3ABSA 5G2IA 3TAKA 3TC6A 4IX0A 1B4EA 4CQ9A 2ZCGA 1SUXA 4NX0A 2CZFA 4JEQA 4NQ1A 1KFCA 2CZEA 1TTIA 4BF9A 5J5RA 1XCFA 1F2JA 2DP3A 1GJPA 1AW1A 1QAPA 2DJLA 2Y7DA 2CZDA 2EAWA 3FKKA 1I2RA 1KFBA 2DZSA 3PG9A 1QOQA 3S1WA 1R46A 5K3VA 2J88A 1PVNA 1F7BA 3OVPA 3A5FA 1KFLA 4UFLA 3C2OA 4PL2A 2FTPA 3ELFA 3PB0A 5DCDA 4JTGA 4JICA 2FFCA 4AHQA 1SZFA 1TPFA 2ISSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5MHBA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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