5MKGA

Pa3825-eal ca-cdg structure
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
256
structure length
248
Chain Sequence
ASPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Diguanylate phosphodiesterase
total genus 80
structure length 248
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 5mkgA00
3HV8A 3U2EA 3S83A 2BASA 3GG0A 4FOJA 4HJFA 4Y8EA 4ES4A 4Y9MA 4RNIA 4Y9PA 3GG1A 4Y9OA 3HV9A 3GFXA 3PFMA 4Q6JA 2W27A 4RNJA 4F48A 4HU3A 5MF5A 4LYKA 3GFYA 4HU4A 4FOKA 4RNFA 3PJWA 4AFYA 5MKGA 3SY8A 3PJXA 4J40A 3PJTA 3KZPA 4RNHA 4LJ3A 5MKGB 3GFZA 4FOUA 4AG0A 2R6OA 3PJUA 4F3HA 3N3TA 4Y9NA 4KIEA 5M1TA 3TLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DHPA 3N9RA 1V6WA 1TJRA 1RA0A 3RCNA 4AD2A 1FWSA 1DL3A 2Y8VA 4QQ3A 5AHNA 3TIMA 3LXAA 1R9YA 3FSTA 4R34A 1OC7A 3BL3A 1XGDA 1XHGA 2OWCA 2BFGA 1VP5A 2KAUC 3L12A 1XIIA 4KFOA 4CN4A 2ZXBA 3CZ8A 1JPIA 4S3DA 1XRTA 2EPKX 1VYSX 4JS3A 4MPKA 3W2JA 4NZ4A 4DWDA 4PMOA 1JYNA 3F2CA 2OLSA 2DFAA 2DZWA 1FXQA 4GYPA 2QCHA 1E9LA 1W9XA 3AXMA 3CO4A 3PZGA 2Y63A 1BVZA 1EDTA 4PB4A 1XF0A 3GE7A 3AXKA 1AUSL 3ZQ9A 5CSYA 4CQBA 5A2AA 4PC8A 5HULA 4C7FA 4G6CA 1LT7A 3WD0A 3VC6A 1AZ2A 3BSMA 3B9NA 1KW1A 4GGHA 3UJRA 3SY8A 1A0CA 3GHRA 3PVFA 1ZBWA 4LVBA 2CKRA 1ZHAA 3FOKA 3CMGA 2RGMA 1S1PA 3OHMB 4G8TA 4MKNA 1M6JA 3VIPA 1XIHA 3QJAA 2E5CA 4P8XA 2IPJA 1JPMA 2CITA 4HD5A 1EHNA 1I2QA 3JW7A 2D2HA 2QUMA 3ATYA 4PBEA 2X1RA 1XRSA 2PF0A 3EMZA 4H7ZA 1HF6A 3WLKX 5E0FA 2ZC1A 3CQHA 2Z27A 1JYVA 5D04C 1N7KA 1E4IA 2VZTA 1HGWA 4R5EA 4O28A 5DFAA 3WQ6A 3HMJG 4LAOA 2QAFA 2FZBA 3SURA 1JYXA 5A6KA 2ACUA 4U4MA 3CHFA 1FWEC 3NZQA 3EZ4A 2DSKA 2X1SA 2X0SA 2FPVA 3IS4A 1VYPX 2CHRA 5DXXA 1O60A 3IVTA 3EOLA 3VU2A 3FHAA 3WBXA 3M5XA 5HR7A 3NL6A 3ARSA 3L5MA 1MFVA 4TVDA 2VP8A 2VFDA 1DEDA 3JR2A 3OLIA 3CZKA 4H9MA 5HBFA 5F7UA 3N2XA 3BPWA 4AHQA 5A6JA 4RV8A 4NP7A 1UIPA 3UYIA 2BXZA 4A2SA 5DCDA 1VBUA 3RGTA 2XIQA 2OZ3A 1E3ZA 3UG8A 3CEUA 1KKRA 2F6XA 2DVTA 3S1WA 3C56A 4EPKA 3W01A 2H6RA 4GY0A 1KTCA 4HCHA 5BRPA 1DWAM 3Q45A 2X2GA 4TOQA 4C6QA 4KETA 4B15A 1EC8A 5G4WA 2FHBA 1L2QA 1JD9A 3WNPA 2E8YA 5KZ6A 1JZ3A 2ISSA 4EP8C 2WYSA 1XLJA 4TX6A 4JIIX 5MHBA 2F2KA 3ZM8A 4S3JA 4DWSB 1V6XA 1DTUA 1PZ3A 3GBDA 1UA3A 4GE8A 4PE8A 3QY7A 3WUBA 3RO6A 1ITXA 5HWJA 3VDCA 3PTDA 2E25A 1OFPA 5BRBA 1V08A 1XYLA 1UD2A 4DY1A 3WLTA 3VFCA 4H6QA 4L1GA 3STGA 2F7FA 3WCZA 4I5XA 3I3DA 3FNDA 1JZ8A 3P81A 2DIJA 4DI9A 3N9KA 2DEPA 2D24A 1EYWA 1MO0A 4PRWA 3SFWA 3F5KA 1S2WA 1UR4A 1QOPA 4MJ2A 1Y7VA 2RDXA 2BV9A 1L6YA 2PP3A 3TZNA 3I65A 4NHVA 1IT7A 2GUYA 3C2RA 1H7XA 3CV6A 2Z4GA 5HNRA 4FF5A 1H51A 2XGIA 1A5BA 4Q8UA 3S6DA 2DZUA 4UTMA 2J6VA 3GXPA 3CYJA 4N9EA 3FIGA 4IHCA 3W6LA 5LXEA 2XVNA 4YXGA 1NARA 1B54A 3MUCA 2C16A 4K36A 1XLAA 4PUWA 3W1LA 5HPOA 3A5VA 4M7SA 3H2FA 3IK2A 2WZIA 3ITLA 4JBRA 4F2BA 3U48A 1B9BA 3KP1A 4OE7A 3GDTA 3VCRA 4BF5A 4LUTA 1OD0A 4HN8A 2X42A 3W1AA 3G1FA 5G2IA 1XIJA 4NG3A 2C18A 2PDGA 5E09A 1W3KA 5I00A 3K13A 3KRZA 4C6PA 1YNYA 1QDSA 4LYPA 4LYKA 3P8IA 3AIQA 3OBEA 2TSYA 5G2WA 4CQDA 3TP4A 3G3DA 3WD4A 4AIUA 4U31A 3WQCA 3MWAA 3QHMA 3HJZA 4P61A 4JEQA 4F48A 3GHSA 4B3LA 5AB3A 5C9UA 4B4FA 3B9AA 1E0UA 5GNXA 3VE7A 3MO4A 1QFEA 2CPUA 1B1YA 1GOIA 2Y5SA 4GJJA 1Q6EA 1XSJA 2FVMA 3W1PA 4A22A 2C15A 4JAWA 3WJYA 3O0KA 3LUTA 3KTCA 2CLPA 4WX2A 3C0SA 2V9DA 3U57A 2GVJA 4H9ZA 5M03A 4CNNA 1YTDA 2FGZA 4IQJA 1PTDA 3WUEA 4QSHA 1FHVA 4ACZA 1KTNA 3ITYA 1TZ9A 1KFBA 5H6HA 3B3DA 3NOEA 3W26A 5LIWX 2X2YA 3FAWA 1W1TA 5F2MA 2BMBA 3IJIA 4FMVA 3O9NA 3UZ5A 3WF4A 2VZVA 2YFOA 3SUVA 2P53A 4R3UA 1FTXA 3T9PA 4D6FA 2IKIA 2PB1A 4AWTA 4HNTA 3R89A 3HFYA 3T4CA 4DAIA 2BHUA 1BYBA 2WW5A 4JHOA 4D8ZA 1CECA 1BYDA 4WF7A 1OBAA 2Q71A 3FS2A 3L2LA 3UETA 4AZGA 3TNBA 4OWGA 4HK6A 1S39A 4K3ZA 4QGCA 4IF2A 3PAOA 5FA5A 4CU8A 1Z48A 1PV8A 3FEQA 1DJZA 4NNAA 1KBKA 3P7YA 2IUZA 3GIQA 1VPQA 3M0VA 3MANA 2PMQA 2QGHA 1KGWA 3PNUA 3DIPA 3AUOA 3TNOA 1OFDA 4WSKA 1GOMA 3W1UA 5D32A 3VFLA 1KWGA 3V7PA 3F2BA 4L56A 3R7MA 2ZRYA 1NF0A 3UXIA 2UY2A 3W6MA 2VL4A 3S6OA 1EIBA 1LRNA 3MSYA 4M56A 5AC5A 2FFIA 3JZEA 8RUCA 3TN5A 1CXHA 1TRDA 4JY9A 3LTYA 1GQLA 2WJDA 3UXKA 4O11A 3KE0A 2C71A 5HNTA 2YL8A 3H22A 2Y4SA 3V4BA 1H7PA 2UY3A 3AHVA 2GYIA 3WBYA 3BJFA 2NX9A 4HKPA 4NJHA 2XIOA 1QOXA 4EPEC 1CXEA 4Q4RA 5A94A 3ZT7A 1VF8A 5IFTA 4PB3A 2VWSA 5C55A 1KBLA 4GHRA 5A8NA 1EJ7L 4PCFA 3WQVA 3RU6A 2VR5A 2YIHA 4AZ7A 3VTRA 1UC4A 3WF3A 1XG4A 2I9UA 1S5WA 5LHEA 1A49A 4L9XA 4ZB5A 2Y24A 4QE5A 2DZTA 3VD4A 1OIMA 2P76A 1YX1A 2G95A 5D2TA 3EX2A 1UWUA 3GH7A 2RUSA 4JQ2A 3S5OA 3S47A 5I23A 1WXZA 4LAKA 2PCQA 4FIQA 2DSWA 1YTKA 4OFCA 2DY3A 4DUOA 5HA7A 2CLOA 3ATZA 3AYSA 3EB2A 5BYWA 3TR2A 2E6YA 4MAVA 3LV5A 4Y96A 2D73A 1B4KA 2YJQA 5AYYA 2I5IA 1K77A 1LOSA 2VURA 3K1GA 2FQIA 3RHGA 1BYCA 2CZ5A 1H5VA 3ZJKA 4IFOA 3TTOA 2F84A 4PTXA 1M03A 5AOUA 3SZ8A 3WFLA 5L6UA 2YB1A 4CU7A 4H41A 4MM1A 2IXVA 2YBVA 1PVNA 2V3DA 3SUTA 3GFYA 3M43A 4NX0A 3W73A 3EWBX 1NWSA 5HUPA 1WO2A 1J0ZA 1TUXA 1K4GA 4AZHA 4BJHA 3QYSA 3SW6A 1EBHA 1YPIA 4J3ZA 1RCQA 1J0IA 4I90A 2QDHA 2GL5A 3EDKA 3QTPA 2VDIA 4JQ1A 3MI3A 4K8EA 1QW9A 4GC3A 1GG0A 1W8GA 4YNGA 4OVXA 3PPGA 5CZTA 1K3UA 1VAHA 4GINA 3ABXA 4LUSB 3RN6A 3KVMA 4N7QA 3EWXA 3R11A 1BHGA 2XGBA 3NIYA 3NFUA 4S3FA 3QV9A 4HU3A 5CSUA 1ICPA 2ZZ5A 3M0IA 5LHFA 1CGTA 3LHZA 4M24A 4AY7A 1QI2A 1D9EA 3UR8A 4W5UA 1BQCA 4AIOA 4ZZ9A 4HK5A 3V5OA 4Q4PA 1EOKA 2V3EA 3SCPA 5G4EA 1F5ZA 1JCLA 4DWSA 4BEQA 4TUFA 2G4JA 4JHZA 4QJ5B 1RCOB 4WKHA 3E74A 1UMLA 3NYDA 5IBXC 2PFHA 1AQFA 4IMGA 2PD9A 5DRIA 3N2CA 2OO0A 3CAVA 4EPBC 2FH6A 3U2ZA 2J8GA 3HPSA 3L5LA 3QLDA 5DRCA 2Z2UA 4CQ8A 2YB4A 4NT0A 2EEXA 4MFDA 4GXPA 5K2ZA 4TXEA 1MDRA 2OJPA 2VX7A 4HOZA 3WLIA 4TMCA 4LSBA 3MZ2A 1QW8A 2OYLA 4XVDA 3M4HA 3LDVA 1JD7A 1LWIA 4CD7A 3OYXA 4M51A 2PE4A 3HJEA 3UGRA 2AL1A 5TD4A 1W3NA 4KPLA 4AMCA 1K6WA 2YLAA 5EMUA 4HNUA 3KS5A 4Z1DA 1P6BA 4JHMA 4GNJA 4GUJA 2DP3A 2YXXA 3BXWA 3W76A 3Q2DA 3ARUA 1MW0A 4FOKA 4IZGA 3TOYA 1B30A 2VXNA 3V16A 3B8IA 3OBKA 3WNNA 1WOBA 4QDWA 3FDGA 4FHAA 1TIMA 1EUNA 1F74A 5J5DA 1H7NA 4O50A 3M0XA 4JDBA 4AD0A 1IEXA 4LW7A 3RM4A 3C2OA 1PS9A 5FAGA 2PC8A 3KBSA 4EKJA 3QGVA 2DIEA 4D6GA 2UWFA 3N3TA 5HUOA 4PBGA 5EBUA 4J5NA 2POZA 2HVOA 1OF8A 1JG9A 4IP5A 5EMMA 2QMKA 4LT9A 3DGBA 4ZOEA 2WM0A 1A47A 2X41A 2RJGA 2VD8A 3AS3A 3LGEA 3NZRA 2IXUA 1QNVA 4U2YA 1R7AA 5EYWA 5FJOA 4HA3A 3IV3A 2X8RA 2R94A 2NQJA 2Y8KA 3OLDA 4EAMA 2R8WA 1FP8A 3GTXA 5CPOA 2ISFA 1QTWA 1WPCA 1XS2A 1TPEA 3VMOA 3CBWA 2Z0IA 1OHLA 2EQDA 3DH7A 3N6HA 3TYDA 3C2YA 3GXMA 1JYWA 3ZVIA 4RDVA 2CBUA 4DO5A 1S5VA 3LHTA 4DLFA 1H7OA 3TTSA 3DESA 4FLOA 4ORIA 1FBAA 1Q6LA 1E6NA 3UR7A 2VGBA 3WNMA 5KEZA 1JAKA 3BLFA 3WJXA 3K30A 4EVZA 2QJNA 5CC3A 1RD6A 5KSWA 1O5QA 3MKCA 1V93A 2WM1A 5CPSA 3VC5A 3WLMA 3HFTA 1U5JA 1VCVA 7ODCA 1T99A 1MQRA 2D0FA 3ORWA 4Y9PA 4FXSA 4A05A 1ISYA 3M1ZA 2GWNA 1UH3A 3SGGA 5HQLA 4MDPA 3GYCA 1HNYA 4LB4A 3C52A 5IHRA 4POCA 3LCHA 4OT7A 3PZIA 4HP5A 3CZJA 2DSVA 1QBBA 4E8DA 1F73A 5EKYA 4L6OA 2ZFAA 2OO6A 4K39A 2CLMA 2F38A 1E6XM 2CC0A 3S1UA 4UQDA 2VQUA 4LS0A 4W85A 4C6LA 3ABSA 3N2TA 5G4HC 4F0SA 3GC4A 3WNLA 2MNRA 4ALDA 1I1XA 1HKMA 4KEMA 2BVYA 5CPLA 5I0DA 2BSLA 1ZCCA 1HJUA 3N4FA 4S3EA 1ZCOA 2XH0A 4Z0JA 3UA4A 2DPEA 4Z0SA 4YVVA 3KCLA 3KWXA 1HUVA 1H0IA 1DHKA 3PFMA 4OHQA 5I3KA 4PMRA 1JDEA 1UR8A 4Z1AA 1XYZA 4GBDA 3IJ6A 1HKKA 4WJ8A 4A4AA 5LGXA 3GXTA 8XIAA 5HJXA 2XVGA 3D5HA 3DI1A 1WOAA 1UD6A 2Z1SA 4Z42C 3WY1A 4RNIA 2VX6A 4EXQA 1WZAA 4AIEA 4GH3A 4QQUA 1DQUA 3FDKA 1UP0A 4ZO6A 3B06A 3W74A 3HURA 4H19A 4PL1A 2VD9A 4XAFA 4KCTA 5FIPA 3KVKA 2VCAA 4WUIA 3V75A 1OJXA 4N0RA 3CM4A 3TMQA 3NWRA 1CGVA 2G4FA 2Y62A 5T91A 2POTA 4GVGA 1JEZA 1JRBA 4DZ5A 4HA1A 3LHWA 3STCA 1HL2A 3T42A 1GVYA 4LRSA 2BWGA 1OSEA 3M5VA 2O4MA 1XC6A 4Z2GA 3ZJ7A 3ZJ6A 4UQCA 1PB0A 4WY0F 4H6RA 3ABQA 1TPWA 3NEVA 4JN6A 4RX0A 3W00A 1GTHA 2E68A 4MKSA 3SN0A 3QQ1A 2CYGA 4H9UA 1E6SM 1ALDA 1UR2A 2XWDA 4E3TA 4GCAA 1A5OC 1AH3A 4YU1A 3GH5A 2OWWA 2E77A 4WKAA 5DMYA 2GQ8A 3ITTA 4CCCA 2QCNA 1DXIA 4DLMA 4Z1YA 4H3DA 4YVPA 5DT7A 2RFGA 2HSAA 5AHMA 4IIBA 1GZ1A 3WBAA 5LIYX 2C13A 1ONEA 3W81A 5A3HA 2OU4A 1XCXA 3C8NA 2E4TA 2JQXA 3WEMA 2HK0A 4Q8TA 3MJYA 3CPUA 2G0WA 3LHVA 1ZBCA 3CWNA 3QGAC 1SQ7A 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