5MKGA

Pa3825-eal ca-cdg structure
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
256
structure length
248
Chain Sequence
ASPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Diguanylate phosphodiesterase
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 80
structure length 248
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 5mkgA00
3GFYA 3GFXA 4Q6JA 4Y9OA 4KIEA 3PJUA 4F48A 5MF5A 4Y8EA 4Y9NA 3TLQA 4AG0A 4LYKA 2W27A 3PJWA 3GG0A 4F3HA 3PJXA 4RNHA 4LJ3A 3N3TA 4FOJA 5M1TA 4RNFA 5MKGB 4Y9PA 3HV8A 4J40A 4Y9MA 3HV9A 4FOUA 2R6OA 3SY8A 3PFMA 4AFYA 4RNIA 3PJTA 3S83A 2BASA 4HJFA 4HU4A 4HU3A 5MKGA 4FOKA 4ES4A 3KZPA 4RNJA 3GFZA 3GG1A 3U2EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XIOA 3AALA 3T4CA 1I2OA 1I9CB 3W7CA 1RQHA 3PNZA 4Y9NA 1AODA 5HDRA 5JVLA 3WEMA 1JULA 4O11A 3M0KA 1JCXA 2BG5A 2YA0A 3IJ6A 2ZZ6A 1ZAIA 2X1UA 1EEXA 2PZ0A 4NRRA 1XYBA 3APGA 4ZA0A 5E0KA 4PMOA 3LHTA 4O54A 1GJWA 2AOSA 1CEOA 3KS5A 2GK1A 2OWCA 2D0HA 4YVVA 1H7OA 3W7JA 2GUYA 3PBMA 1EP3A 4C65A 1IGSA 1A80A 3KXQA 3R8HA 1AK5A 4RW5A 4P7RA 4OJYA 3W85A 1AQMA 4MWAD 3ISIX 3U4FA 4B91A 4UQDA 1TIMA 5KMYA 1PWMA 4HBKA 4HK5A 3VOCA 3C3NA 1J6OA 1GVQA 3W27A 1OY0A 4DYKA 2XFRA 1OF8A 1EF2A 1VFFA 3EWYA 4WX2A 3VA8A 2XZ9A 5GJMA 4NZ1A 4WDXA 2WPBA 3NDOA 1AD1A 3CAWA 5BZAA 1FWEC 3WG6A 5A6TC 1YNQA 1RVGA 1G4PA 1G01A 3KBNA 3TN6A 3SECA 2Y85A 5AHMA 2B4GA 2Z1SA 4OBTA 3TW9A 2NVAA 3PY2A 2VENA 2A5HA 1ZB5A 3UESA 5HNNA 1XC4A 4KWVA 5EU9A 4XTIA 1HO4A 3HN3A 3WQ4A 3MA8A 4LS1A 4AIBA 1ADSA 4KWOA 1M9HA 2OVLA 1H4PA 3WFLA 2D3NA 3PAJA 3WJZA 1I2RA 3EXRA 2PGEA 3RITA 1NOFA 4JQAA 5F4SA 3WK0A 1L8PA 4GQ0A 1Z7AA 4HOZA 1XGEA 3CK5A 1J9YA 1VEOA 1PSCA 2NXGA 2V3EA 3K8LA 1DIEA 1P7TA 5BYWA 1V7AA 3FCPA 1EQCA 4IP4A 3PPFA 1EOKA 4Y9MA 4LYPA 4JIRA 2EKCA 3I68A 5FJRA 5D32A 2R1KA 2GGHA 3RX3A 1XF0A 4BF7A 2JKEA 3MMTA 5GJPA 3U2OA 3SUTA 4H9VA 2RKXA 1PBGA 1V3JA 4ZGYA 4S2BA 2XFWA 3PWGA 4R33A 5CPQA 4L6OA 1E51A 4OOUA 1SMDA 3MCNA 1FWCC 1CGWA 2PWHA 4HU3A 3HB9A 3UA3A 1TJ2A 5F1VA 1HZYA 4K7YA 1TO3A 4QS5A 3F2DA 1Q3NA 2DU2A 3MS8A 1BRLA 2ZZ2A 3NQVA 3TAKA 4ERAA 1YRRA 4QGCA 3I4KA 5CLWA 2PDXA 1GKQA 2QUUA 3VINA 1DIOA 3CZLA 2BX7A 3BLLA 4OUIA 4UNLA 2X2YA 3KS6A 1JQXA 1H60A 1N7KA 5PTDA 4A6GA 3MC5A 1K8ZA 4QG9A 1OABA 4W7UA 2PPGA 1EO5A 3DKLA 4X63A 4EP8C 2V3GA 3ZZ1A 1R2RA 2WQPA 4Z17A 3IGUA 2QULA 2W91A 1YHTA 1DP0A 5FF7A 2JE8A 3C6CA 1N55A 2NQZA 2PC8A 2A3HA 5L6UA 4RV3A 1JI2A 3WNOA 4O0KA 4JN6A 3NQAA 2WSYA 4XZWA 1VJIA 4XD5A 5AZ1A 2OO6A 3DBPA 3CYJA 3Q2DA 1CDGA 4LEFA 1PDYA 5C7VA 1UKTA 4YVPA 1WA3A 1W5NA 1NDWA 1MUCA 3C4UA 1XIHA 1QT1A 2Y8KA 2Y89A 3E74A 4IIFA 3W02A 1Q4NX 4IIHA 2CZDA 3KZPA 4PUDA 3UG3A 4HNUA 1J12A 1XIGA 1CTNA 1K03A 2WCAA 4MDPA 3L0NA 4PUWA 1QBAA 2WC7A 1DJQA 3H54A 2E0PA 4P8XA 3UEQA 3UPWA 4XAGA 1P0NA 3H12A 1KD0A 3GZ3A 1W1A1 4N9DA 7TIMA 1Z3NA 3P5ZA 2IXUA 3R79A 3N13A 2WB5A 3OIXA 3OG2A 3VD4A 4GYPA 4EXBA 3JZUA 1K1DA 4Y8EA 1S2UA 2C7FA 4YTSA 3ZWSA 3MO4A 5C9ZA 4DI8A 1WB0A 4M80A 1X8CA 3HIJA 4NJJA 1E5NA 1G9HA 2J9XA 5D2XA 3W81A 4IIDA 3QEZA 1ZNNA 5KETA 3SUUA 5I23A 3O9NA 1BQCA 2BHZA 4MNMA 1NJJA 1EC7A 4QQUA 2RGMA 3WNKA 4OTKA 1HL2A 3LG3A 3FHAA 2E40A 3GY1A 1NP0A 5CG7A 5EMKA 4EE9A 2OQLA 4DM1A 1FWDC 3QH2A 1Y5WA 1XRFA 1H0IA 4C7DA 2VRKA 2BODX 3WO8A 6A3HA 3CV6A 1TMHA 2QS8A 3OBKA 4XWUA 1V02E 4UZUA 4DNMA 4O4WA 4Z1CA 4HYVA 2QUTA 1V5XA 3W72A 1EL3A 2J47A 3N6HA 4JD4A 1RQEA 1W1ZA 3PNUA 3UG4A 3VFCA 4JTKA 1P0KA 1UMYA 1A5SA 2VX6A 4ADTA 3PTQA 2A6NA 1W5OA 3FJNA 1EEPA 4KGJA 4AX7A 3SCUA 2XIIA 4QLJA 5KSWA 3VOJA 3GXMA 1UJQA 5LYRA 4FALA 1V0KA 1IF2A 1JZ7A 5DANA 2NLIA 5DFAA 3EEZA 5I78A 1F05A 2QF7A 3SSZA 4B9ZA 2OT0A 3TN3A 1H41A 1B4KA 3WLIA 3B0VC 2QCMA 2HVNA 1SFTA 4LRSA 1XLKA 3CO4A 4TU1A 1NQ6A 4YTQA 5K9DA 1JZ4A 2G3FA 1DTUA 1EIXA 3P7YA 3JR2A 3H2EA 3W70A 3I3DA 1SM9A 2XINA 5EPDA 5GNXA 3CPRA 2VX5A 1PAMA 4L9YA 3LLDA 2J8TA 3OIHA 4EK7A 3B9AA 2SFPA 2V5KA 5DELA 2P10A 4S39A 4GRSA 2NX1A 4H9ZA 2EJ1A 3N2BA 3M0ZA 1HGYA 4WHBA 1H62A 4HU8A 5G5IA 4B5TA 4RNFA 3CV2A 4R9OA 1OT1A 4D1IA 1J0YA 5DLCA 4AD4A 2PU0A 1AJ0A 1JPKA 1SJCA 3GDTA 2NQHA 1QTWA 3WLMA 5HOSA 3WDPP 3WUGA 3GVVA 2GSJA 3VM7A 3HG2A 1FFQA 3DI0A 3UFYA 4BJHA 5CSUA 1ZALA 3NSNA 3S5ZA 1DE6A 4BEUA 1TCDA 2ABAA 2ZX6A 1DHKA 4Q7IA 3HOJA 3VKAA 4KCUA 2BOFX 1XLJA 2DJLA 3M46A 3RJYA 1R5YA 1CXKA 3V5CA 2WHJA 1U2YA 3KOFA 1GVFA 4PMZA 2I5QA 3WBWA 1AH0A 1TVLA 1W3TA 2DW6A 2GQ8A 5I2UA 1A4LA 3S4TA 4YIWA 6ALDA 3PUDA 2CLEA 3LN3A 5F1UA 1TZZA 2WCGA 3W00A 1Y8BA 1KM1A 5T9CE 3NQEA 3OBAA 3SUSA 3P0XA 4W8LA 2BDQA 2QF8A 3GYCA 1F76A 1DXIA 3DC8A 1U1HA 2JF6A 4E4FA 3RM4A 3VABA 3WDJA 2ZRXA 4X9YA 4Y9AA 2IS7A 3AXHA 4C5ZA 2ADAA 1VFOA 3E2QA 1YNYA 4QSFA 2R9RA 4LUTB 1VYSX 3U48A 3KBWA 4EPEC 1E6XM 2BASA 3AHZA 3AZSA 4M7TA 2CBVA 1RLCL 4ACYA 2C15A 1LYXA 1RPXA 1W3LA 3G1XA 2AAMA 2A3BA 2RJGA 1YDOA 3T78A 1A3XA 1I4NA 2XGIA 3N3MA 3T2OA 1KQZA 1VHNA 1ZHAA 3MDWA 1RA0A 1TPC1 1MXDA 1MYRA 1QK2A 3GYEA 4INFA 4UNIA 2HROA 3CXOA 4IJCA 3ZJ6A 5HAOA 3MTWA 3AOFA 2VZTA 4YTUA 1X6NA 4HMEA 2D0FA 3RPDA 3SUWA 4PUEA 1LWHA 1ECEA 4FIRA 3VKDA 5FSDC 3M9YA 1A5KC 2OOGA 5A8PA 1ZSXA 3UVAA 3GU2A 2E1DA 3FDKA 2P0IA 2J7CA 4M3PA 4WRHA 1W9DM 3MPGA 1TWWA 4BWLC 4MWAB 3GR7A 4OKDA 3TCEA 3TP4A 8A3HA 1P6CA 1L6WA 4QQ3A 1KTCA 4DUWA 3W2LA 4Q6JA 4K36A 3WDHA 1VFUA 4LS2A 1T0OA 3VX0A 4S3DA 4RZBA 3THUA 4AEEA 3A6OA 4GVIA 1LDCA 1UC5A 2AL1A 4B5VA 5JBFA 1G7VA 1R3WA 1FHDA 3TSBA 2PCQA 4EWND 4QDPA 4RNJA 4O8RA 3PZMA 3UZZA 2A85A 2ZRZA 3DHFA 1ZJAA 3CPUA 3S0CA 1XLLA 1SMAA 2FVLA 4TQTA 3WY1A 4S3AA 3G1FA 3DUGA 4K7VA 1JRCA 4KWSA 4MMWA 2DUXA 4PTMA 4MFDA 1KGXA 2GPTA 4KCTA 1PTAA 5D38A 1S2CA 1E5JA 2G3JA 2GZXA 1FDJA 3EX4A 4IG2B 5F2LA 4UCGA 2XSXA 2J7HA 1XI3A 3VGFA 1WYIA 4AY7A 1JPMA 1WZMA 3S6DA 2PBGA 3CS2A 4UCFA 2P3EA 2WZTA 3F4DA 3R7MA 5HBFA 3URAA 2DT3A 1FFRA 4S3EA 4Z2LA 3A9BA 3AZTA 3FOKA 4UR8A 2RDUA 3W07A 3WN6A 3KCLA 4YTRA 1CGUA 4E8GA 5I09A 3P82A 4MGGA 2OGJA 1NELA 1UQZA 2NSXA 4UMCA 1EOMA 1U83A 4PL2A 4FZIA 5HANA 4B2DD 4GISA 2OGYA 3EB3A 3E02A 4HU4A 1T6MA 4FI4A 4UFHA 3UGVA 2A21A 4WD0A 4AG0A 2GDVA 2V68A 4GY1A 4DXKA 2ACRA 1QNVA 2GDQA 2Y7GA 1MRAA 4Q8WA 3AFBA 3KCJA 4LB3A 1XCWA 2V8ZA 1W3JA 4M29A 1S2AA 1TWIA 3GTXA 3CASA 5JIPA 4KERA 4US5D 1P6WA 3C2RA 1KCLA 3K5XA 1WBJA 3SFKA 1WKEA 2FB2A 9CGTA 5K7JA 2WBGA 3B97A 1RZMA 1YADA 5AVNA 1UHVA 7ENLA 2RDXA 3ABXA 1FY6A 4D6IA 3RIKA 4CD7A 3PFMA 3W01A 3UERA 5I03A 3BZGA 4G1NA 1UP0A 1C3FA 4L1WA 2J88A 2HS8A 1FWHC 4DWSA 1FH8A 4Y90A 1IWAA 2A4AA 4AZ7A 3NZ1A 4NJKA 3A3XA 3CWHA 2BVTA 1GW9A 3W2KA 2YB4A 3OLIA 3C86A 2PDCA 2FJKA 2E5CA 2HV5A 2G8ZA 1R0MA 2G37A 2VFEA 2Z1WA 3OLDA 1FUYA 2PS2A 3CT7A 3KTCA 1IZJA 1VP5A 3A24A 3B9OA 2NUWA 2ZE0A 3W7KA 4PEEA 3PPGA 2QDEA 4XZNX 6REQB 1WDRA 1X7FA 3ZLHA 1BGAA 1UR2A 1H1NA 3LPGA 2HCVA 1Z89A 1J01A 4GIRA 1KRCC 3WQ5A 2WMFA 4I8DA 5D05A 5D04C 2PP0A 3IIZA 4Q4KA 3GW3A 3VNMA 1SR0A 1NDZA 2WJDA 5K4ZA 3GSMA 1XW8A 1FA2A 3ZOAA 3URBA 1I1WA 1I0BA 1KKOA 4JGDA 1VF8A 3WH5A 3FFSA 1KXTA 5EKYA 3T9PA 1GEQA 1VFSA 5C70A 1RH9A 2EG7A 1GVIA 1GUVA 3AQUA 1ALDA 4ML9A 3IV8A 1JZ6A 1D3GA 3W7DA 3W6MA 3ZQ9A 4K8EA 1R2SA 2DZAA 1E1EA 2PCEA 4IQEA 1DVJA 1M68A 2PWEA 3UXDA 2VZOA 1DWGM 4JQ3A 3EA3A 1EX5A 1RP9A 1HP4A 2E8YA 1RA5A 2CBIA 4R9XA 5G4WA 1HN1A 1YMYA 1PPIA 2H8ZA 4IGNA 3E96A 1ONEA 2DY3A 4PE8A 3R2GA 3BCDA 4KGLA 1IWPA 1EJWC 2WC4A 2DVTA 3FKRA 2GVEA 2VC7A 4K68A 2Y7EA 3N2TA 2O7SA 3A4JA 3TYUA 1DEDA 3UYIA 3WQ8A 2WVVB 2J66A 3G0SA 1XYMA 3L4YA 3CQIA 1H7XA 5BWFA 3H55A 5G4EA 4JX6A 1JCYA 1K8CA 4GOAA 3NEHA 4QNEA 4PTDA 3G1SA 4WSKA 3MJMA 1HT6A 1VFLA 5AC8A 2B7OA 2GOUA 4YYFA 4BS0A 3W1QA 2YA1A 2GYIA 1PWLA 4LJ3A 2G96A 2GJLA 5DQPA 2PEVA 3TYEA 1P0EA 1ZJBA 1UASA 4L7ZA 3U2EA 1WZKA 1J18A 2G5WA 3IV3A 4LFYA 1BAGA 3ITOA 3W88A 5K3VA 3C2OA 4Q8QA 5ECUA 5C2GA 2C0HA 4KESA 3NPWA 3H7UA 2VFIA 1S3TC 3U8GA 3PK7A 4PMXA 4GBDA 3O07A 4Q8PA 4M1BA 4NNCA 1JUKA 5LIUX 3W75A 3FA5A 3MO7A 1FWJC 4FMVA 3H2OA 3UQNA 1JCLA 1CLVA 3SN4A 2WHKA 1W5MA 1DBTA 2DFAA 2P88A 4AXKA 1L6GA 3CQKA 3BQ5A 4IMAA 4JKLA 2FVKA 1TV5A 2VKZG 3PZ9A 2FMNA 3GH5A 3GNDA 3WLKX 1AUSL 1RAKA 4D6HA 1S46A 1XBXA 4PCSA 1UC4A 3QHNA 4XAZA 3PFRA 1UYQA 3WUFA 2CNCA 2DGAA 2EG6A 2ZX9A 3AMKA 3CIWA 2Z2AA 2C8NA 4E4UA 5G2WA 3TLLA 3EOLA 1K6WA 4G7FA 4YS1A 2WBKA 4G7EB 5FACA 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