5MKGB

Pa3825-eal ca-cdg structure
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
254
structure length
249
Chain Sequence
SPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTAYLRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Diguanylate phosphodiesterase
total genus 84
structure length 249
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 5mkgB00
3PJWA 4HJFA 4RNHA 3HV8A 4FOKA 3GG1A 2BASA 5MKGB 5M1TA 2W27A 4RNIA 4HU3A 4FOJA 4RNFA 3SY8A 4Y9OA 3GG0A 4F3HA 4LYKA 4LJ3A 3N3TA 4RNJA 4Q6JA 4FOUA 3PJUA 3U2EA 3HV9A 3GFZA 3GFXA 5MKGA 4AFYA 4KIEA 4F48A 3KZPA 4Y9NA 4AG0A 4HU4A 4Y9MA 4J40A 3PJXA 5MF5A 4Y8EA 3PJTA 4Y9PA 3TLQA 3S83A 2R6OA 3GFYA 3PFMA 4ES4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L6HA 4LBRA 1IR2A 2GGHA 4R7WA 3M0YA 2ZUTA 1MEWA 3T0BA 4ADUA 3CQKA 2JALA 3ITVA 3AHXA 3U2EA 2QUMA 4B15A 3C2VA 4CLMA 3DOPA 4Z1CA 2J66A 4UQ9A 1J5SA 2ZKMX 2QF8A 3L5AA 1QR7A 3WSUA 2E9BA 5TD4A 1K7XA 2PWUA 2HSAA 3LK6A 7CGTA 4LOCA 3AIVA 3I4EA 2Y5EA 2G0WA 4GYPC 1A50A 4CQBA 3TMQA 1WAWA 4UNKA 3BMWA 4F0SA 5HJXA 4ICCX 1VCVA 1S39A 2UZ9A 2FZNA 2ZICA 1UUMA 4IWWA 3G1FA 3KCOA 3WF0A 4UXDA 5DY2A 4UQCA 4CKQA 2YGYA 3M0XA 2ZTKA 1ESWA 4GVIA 3G3DA 4O4WA 3W2UA 3WUGA 3S9IA 3U8GA 2E4TA 2WMFA 3UGVA 1VPQA 2P88A 4ZB0A 1TA3B 2X40A 1I0BA 4JQ1A 1HKVA 2OEJA 4C1NA 2WW5A 1OD8A 3CTTA 1W1VA 4FX8A 2J7EA 2YZRA 5JBDA 3E74A 3MJYA 4E4UA 3KW3A 2ZRVA 1PSCA 3SQSA 4GXPA 4I7WA 2GDQA 1UR3M 1O12A 2JEPA 2GGEA 2QEZA 2XIBA 3UWUA 1UJQA 1XYCA 2I5IA 2DW7A 2HDJA 1CB7B 3WDRA 3E0WA 4GC4A 2ACQA 4RE2A 4ADTA 2GWNA 4JTHA 5E6ZA 3FEMA 2IPJA 1DJXA 1BXBA 1VFFA 1NF7A 1UUQA 2VT0A 4AIEA 1RCOB 3HZ3A 2DW6A 2CKSA 2F9RA 3HM7A 3N4EA 2DT2A 2D2HA 4H9TA 1CI1A 3BJSA 4DJDD 4JPGA 1NP0A 1VKFA 1DWIM 3MUZ1 4O1CA 3WLPA 2VVNA 3KOZA 4J3ZA 4I9AA 1E4IA 3TW6A 1HJXA 3STCA 3QOMA 1S5TA 4ZO7A 4GIAA 4F79A 1XI3A 2V69A 3LMYA 3STEA 1X97A 2WPGA 3SUVA 4OBSA 2FB2A 4P8XA 1MQRA 1SYTA 4UOZA 4DJDA 2J7BA 5GNYA 2DH3A 3NYDA 3AXIA 3IGUA 2YL9A 3GU1A 3ZJ7A 1AW5A 3DYPA 3PFMA 3U7VA 3U6WA 4GINA 3TA9A 4JTJA 4M29A 1K77A 3TWAA 1GVSA 2HRWA 1TA3A 1ECQA 1FWDC 3NZRA 4UFKA 3RM9A 2REQB 5EBUA 4ZO9A 4KWUA 4ERGA 2DZTA 3GVWA 4Q8NA 3KBMA 4AISA 1UWRA 2HISA 5CPOA 4HPHA 1ICSA 3KBSA 5KSWA 4IPNB 4HTBA 4AVFA 1PS9A 4ZB5A 4HZ6A 3TV8A 1N8WA 3B04A 3W7DA 3TU9A 1YYAA 4L4PA 1WBJA 3EWCA 3WLKX 4GI8A 2G3MA 3ARVA 4JD4A 4ICMA 4QQUA 4Q4RA 1W3HA 3E2QA 5FJJA 3TQ0A 3N34A 3QMTA 4O1FA 4PMRA 3NQ6A 1MMFA 4NNCA 2PRMA 2WYSA 1R7AA 1DWAM 4DM1A 1WDDA 2V5JA 1GHSA 1BYBA 2YCLB 1CENA 1MEHA 2ZZ3A 4JNZA 4MKNA 3AXHA 2YA0A 4NXKA 1XDMA 1OEPA 4KGLA 5FJOA 3ME3A 3GTIA 1M1BA 4K7VA 3LLFA 4H6QA 3SZ8A 4A3QA 3U7BA 2OFJA 1E15A 1DXIA 4C6BA 4XAPA 1UR0A 2O4QA 2X1SA 2PDNA 3R8HA 3WBWA 2F6UA 3RJYA 3WJYA 2BVWA 2VR5A 3W84A 3UXAA 4AIBA 2BY0A 4MIMA 2E6YA 4B5NA 4EWND 3NO5A 1GJPA 4C6FA 3L5MA 4HCDA 4JN7A 5EMUA 1WO2A 3A22A 3G22A 3P93A 4L5ZA 4MB5A 4L7ZA 3PZ9A 1FQ0A 4XAFA 4ZTYA 1PXGA 3GAKA 1SFTA 1V3JA 3QMRA 4TO8A 2WSPA 2XM1A 3EDFA 1Q4NX 5F1UA 3TA6A 3BG9A 1UD6A 5M17A 4ZZ9A 1IXOA 3WD2A 4IM4A 5BXTA 3CLWA 1OB0A 1QNVA 2HBXA 2REQA 1X8FA 1Q6FA 2OOFA 3AS3A 3PC0A 2R82A 4P5UA 4WSKA 5I3GA 3QHOA 1FHUA 3TC6A 4AZHA 2X30A 5ECUA 1KM6A 4N2YA 4QITA 1CXHA 4HHPA 2DZBA 1K03A 2GLKA 2WCAA 3CHVA 5K3VA 3UW6A 3MANA 3GAYA 3GUGA 5REQB 5HULA 3B8SA 4H9XA 4M6VA 4DWSC 4BY3A 2GQ3A 1IIHA 1TZ7A 3IIZA 3PWIA 4TXEA 4CGTA 4MY8A 3WLQA 1JRBA 3WH7A 2QDHA 1TQXA 4WUIA 1UUOA 4UR9A 4W9TA 2QCMA 1LBFA 2EKCA 2FVKA 3A5VA 2YCLA 3QMSA 4IPJA 5DXYA 3A3XA 1A5AA 5F4WA 4ACZB 4D72A 1XBXA 3L4VA 4JHOA 1V3KA 1CZ1A 2EBNA 3ITYA 3QGKC 3GHTA 1S5MA 3R10A 1OWQA 3A5FA 4UMCA 3NSXA 4XVEA 1SU5A 3VNZA 5D2TA 1QFEA 3NUKA 1OBAA 1TJ1A 1ZZMA 3OBKA 3TTEA 3WDPP 1HFBA 4YS1A 4DO4A 1BWVA 6A3HA 4EANA 3WH8A 5CC3A 4B5TA 4HN8A 4JX4A 4Q33A 3PFRA 4EOUA 1ITXA 4LAOA 1BF2A 1J9YA 1JFHA 1GVQA 1LORA 3E02A 1O6IA 4XO7A 4CN6A 4PCNA 1IXNA 1PWMA 2Z1XA 3EA1A 3S1GA 2Y62A 3ZJKA 3D3AA 3S2CA 2D0HA 1PX4A 4TVUA 4EPEC 1GKRA 4G9PA 2Q01A 4V33A 4H04A 1FH7A 4YN5A 1LRTA 1VYPX 1XLKA 3ENLA 4ZQCA 4EAMA 3M43A 2W67A 1E6RA 2A7NA 1Q65A 3VGEA 2E1WA 3LNMA 3P2VA 2BVTA 2NQLA 4JICA 3PUDA 4NZ4A 4S3GA 1GJWA 1XIDA 3DHFA 3I10A 3K2GA 5AVHA 3PNUA 1P43A 3OZPA 4WDTA 2RAGA 3MBDA 3VOCA 1QOQA 2VTFA 4WJ8A 2RKXA 4DBWA 5BXSA 4MSSA 4DAIA 4LRTA 3TXZA 1CGWA 1V6YA 1RVGA 5I00A 3AS1A 3VD3A 1PB0A 3GZAA 3CMGA 2J24A 1IIGA 3QPZA 4TQTA 4GBDA 3OVPA 3O05A 1KXVA 1SGJA 2V3DA 4KH2A 1H63A 3CT7A 1C7SA 3RGTA 4LCRA 1PZ1A 2CHNA 4AIOA 3RM8A 1KD0A 4E38A 2EPKX 1WDRA 3EX6A 2G3JA 3UY8A 3F2BA 4Z1YA 1R3SA 4E2DA 2ZCGA 4YWSA 1HO1A 4ATDA 1VYSX 4N0RA 1S2WA 1I0DA 3CBWA 2DZPA 2BDQA 2OGYA 5BOOA 3KFTA 2FZMA 3PZQA 1E4MM 1KKRA 1Q7MA 2QZRA 1YIXA 5ABGA 3BLIA 4DVOA 4S3JA 5CPTA 4WJXA 5L9FA 1WOAA 1EQCA 3KWXA 2PUZA 3FLUA 1XCXA 2QCEA 2Y7GA 2XM2A 3NTYA 2V5DA 1KB3A 1W5PA 3PJXA 2VCAA 1JPIA 3UESA 3CNYA 5D37A 1G7VA 3BSMA 3EGJA 3GW3A 2D1ZA 5A8OA 1KNWA 2A7PA 3EXRA 4M81A 3N2BA 1CXKA 2AKZA 3BZGA 1W54A 4TTGA 2A0NA 4AZGA 4FXJA 3ZVIA 3SCNA 1SFJA 4AUBA 3BLOA 4GA8A 3RNDA 5FAJA 2B0MA 2VELA 1CXFA 4YVXA 1TPC1 3KHDA 4AVOA 5AYZA 2HPIA 3DBNA 4OBTA 1AMYA 1P0KA 5C6MA 1M01A 3BARA 1F4AA 4WDWA 3NEHA 2DSKA 4GHRA 2VCCA 1YDNA 4UIOA 1MW2A 1HKJA 3SRHA 1PKLA 2ZX7A 1W1B1 3TW9A 1XLEA 3NQMA 2Y89A 2OZ8A 4CQ9A 5A69A 1TTJA 3O6YX 3IVSA 4FZIA 1WDPA 4US5D 3ZLGA 4HZ8A 1QW8A 1E0VA 2NXIA 1UD8A 3DG3A 1JAKA 4PUDA 3IJ8A 4DBEA 3M6DA 2CBJA 1W3IA 2A3LA 3GXFA 4Q7BA 2KZHA 5HUOA 1R6WA 2ZUUA 4L6OA 3VC5A 4LQ1A 4HU3A 3W27A 1W5OA 3GXPA 5K9DA 1FFRA 3F5KA 3M1ZA 4LT9A 3M5XA 2GJPA 4D1JA 2VX5A 3MZNA 3VD7A 1HJVA 1E3XA 5JH1A 2XVLA 2AGKA 4US5A 3TAKA 2YR1A 1NOWA 1ZJIA 5EMLA 2Z1BA 3IGXA 2C7FA 3V0TA 2YYTA 4FO4A 2YBUA 4FX7A 3REQB 3LQGA 1HUVA 3N25A 4W7UA 2VO5A 4NJGA 1M65A 1OJXA 2P0IA 3CZLA 4LUTB 3M5VA 3CB8A 3VIOA 3PTQA 1CPUA 5G4WA 1GOOA 2YA1A 4Z1BA 1XD0A 2PWVA 2D73A 2IKHA 4AU0A 3W7LA 3GYCA 3CAWA 5AC7A 4PB3A 4QISA 3V16A 5LXXA 2HE5A 3C0QA 1GVIA 4MB1A 4V1XA 1XYFA 1EHNA 1OG0A 4HQVA 3UD6A 1I60A 4IQDA 1GCYA 3LBOA 5DCEA 6CGTA 2GL5A 4XX6A 5IDIA 3RU6A 2VD9A 4P8VA 3UZXA 4X0VA 1CB2A 1O5RA 3IJLA 4UOQA 4S3DA 1G7UA 3ZMRA 4OV4A 3LEPA 3RM4A 3LHZA 1ADOA 1VD6A 2VEPA 4HK5A 1US3A 4X60A 1VCFA 3RPTA 3PWGA 2OELA 1B90A 1PIIA 4CEUC 3SEPA 3UZYA 3F4DA 1M3UA 3ARRA 4HPXA 4BF7A 5EYWA 4BF5A 1KWKA 2MNRA 2PLCA 2DH2A 3A9IA 3S6TA 4MZ8A 1M7OA 2V8ZA 4AZBA 4Y6GA 3VGBA 4GCAA 4RZ5A 1HTIA 1POJA 3TROA 2XVNA 5A2CA 1W8SA 2PBOA 2CU0A 4YYCA 3WLRA 1E5JA 1EOKA 2EEXA 1NDVA 3SBFA 4OWGA 1A3XA 3SJ3A 5G4EA 1JULA 3LM7A 3U57A 3CS2A 1S2CA 3C56A 1D3HA 1PDYA 3FKRA 1NJJA 4NSBA 3V0UA 4GBUA 4OGZA 1BVWA 1TTIA 1K9DA 3GFYA 5DLCA 1CNVA 1TPB1 3MWAA 3REQA 5K9CA 4UTLA 1JCYA 5LA0A 1TUFA 5AFDA 4Z0SA 3PAJA 3KTSA 4GYPA 3W26A 2X0YA 4WJEA 4LUTA 2PWEA 3M0HA 5I3DA 1TX0A 4QBXA 2RJHA 1TRIA 3VX0A 5XIAA 2HVMA 1Z42A 5HMFA 5LYRA 3PUEA 3TN4A 2RDXA 1SSGA 2WSYA 4ICNA 3EWBX 4PH6A 3T4CA 4TX8A 2BB0A 3D47A 4EPKA 3VINA 4MNKA 2YXOA 3EX2A 1E70M 4PCSA 4I9JA 1AH0A 4N42A 2V5BA 3W25A 4RNJA 3LTYA 5A8GA 2CZVA 4C6DA 4WR3A 1UW9A 1NFPA 2D2OA 4Q8OA 4C60A 3MHFA 3PJTA 3CB3A 3W2JA 1VH7A 3SCQA 3WDHA 5HR7A 1W8GA 1W9XA 4QXIA 1BTCA 2PGRA 1MXGA 4AYGA 4K8GA 2A3AA 3MVIA 3W1TA 3IJDA 2NV1A 5M2FX 1KGUA 3UXLA 1TVNA 1Q5MA 3C4UA 4S3CA 2Z1WA 1V6VA 1Q6QA 1JXJA 3KVLA 3KCLA 4JFUA 1K4GA 3BO9A 3QZAA 5EKYA 1UWUA 1VBUA 3AZTA 5FEZA 1UKOA 1FCBA 3W7PA 3SQMA 1XQKA 1ZJBA 2XG9A 1QNPA 4YHGA 3XIMA 3USZA 5AYIA 3P3BA 2DZUA 1RR2A 4XV0A 2WHLA 4M0XA 3UXIA 1OC7A 3LN3A 2P50A 1MO0A 1R30A 3QH2A 3QSRA 3APGA 5BU9A 2VRKA 2ZE3A 3PANA 4PYSA 1A5MC 2CFFA 1G6CA 1VLWA 3B8IA 4MPQA 3ONBA 3GFZA 1VF8A 2PDJA 1OGGA 1F3EA 3TSBA 1RQBA 3G1VA 3M7WA 4ZE5A 3V1HA 4RCXA 3WQVA 5A6MA 4GJJA 2UBPC 1XWYA 1WKEA 1NVMA 1BFNA 1RJRA 3W81A 3FIGA 5D33A 4GUIA 3E12A 3BLKA 1VP5A 5ABFA 4AZCB 2FDSA 4H2HA 4HNLA 4DXXA 2ATMA 1RBLA 2WC7A 3BLLA 1PIFA 2NVAA 5PTDA 1RHCA 2I5GA 1TZZA 2O9OA 2P8CA 4WEVX 2C3ZA 3TYCA 3NOEA 4JQ3A 3MS8A 4AHOA 5AKQA 1JUEA 3PPCA 1EF3A 1AG1O 4O1BA 2VOTA 3NZGA 3KP0A 1HKKA 3WQGA 2Q8LA 2JFEX 1YTKA 1PVNA 2FMNA 1QXLA 2UY4A 3DESA 4CNTA 4YTRA 4KW2A 3IK2A 2EJAA 1UIOA 3PTMA 1O1HA 1RXOB 3IACA 3HG3A 3RMJA 4XZ9A 2FZ8A 3QQ1A 1OIMA 4MJ2A 2ISSA 3NGJA 4NXSA 1Q4WA 3T40A 3UJRA 2J6XA 4GGBA 1Z69A 2YZ5A 4M7SA 4L80A 1E51A 5FF0A 2OT0A 3A12A 4CU8A 1FWFC 2C18A 4MFEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3PJW A;  4HJF A;  4RNH A;  3HV8 A;  4FOK A;  3GG1 A;  2BAS A;  5MKG B;  5M1T A;  2W27 A;  4RNI A;  4HU3 A;  4FOJ A;  4RNF A;  3SY8 A;  4Y9O A;  3GG0 A;  4F3H A;  4LYK A;  4LJ3 A;  3N3T A;  4RNJ A;  4Q6J A;  4FOU A;  3PJU A;  3U2E A;  3HV9 A;  3GFZ A;  3GFX A;  5MKG A;  4AFY A;  4KIE A;  4F48 A;  3KZP A;  4Y9N A;  4AG0 A;  4HU4 A;  4Y9M A;  4J40 A;  3PJX A;  5MF5 A;  4Y8E A;  3PJT A;  4Y9P A;  3TLQ A;  3S83 A;  2R6O A;  3GFY A;  3PFM A;  4ES4 A;
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