6TIMA

The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes
Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH10 (218-224)EMPTYS8 (230-233)S1 (7-11)S3 (60-64)TIV1 (12-15)AH4 (96-102)S2 (38-42)TI1 (57-60)AH2 (48-54)AH3 (80-86)S4 (90-93)TII1 (74-77)O1 (72-74)AH5 (106-119)S5 (122-127)AH7 (138-152)3H2 (156-161)3H3 (169-171)S6 (162-166)O2 (167-169)TII2 (171-174)S7 (207-210)TI3 (225-228)3H4 (235-238)AH11 (241-248)AH1 (18-30)3H1 (45-47)AH9 (200-205)TI2 (215-218)AH6 (131-136)AH8 (180-198)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 92
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 6timA00
3B0UX 1OFEA 5FF2A 2BWGA 2ZRYA 2BTMA 2NV2A 1DQWA 3ABRA 3K30A 5BW6A 2CFFA 1LYXA 1NFBA 1TPB1 5L6UA 3B0VC 2D73A 1WBJA 2ZA1A 4EWND 1KM4A 4PC8A 4OBTA 5F2GA 3G8RA 1VQTA 4O12A 3BLEA 2GUUA 3OVRA 1K8YA 1W8SA 3MHGA 4HNNA 3EX2A 3T78A 3TMQA 4CNPA 4Z1CA 3O15A 3GKFA 2GJLA 4O52A 2KZHA 2LLEA 2P10A 3G1VA 2ZZ7A 1P0KA 4KWVA 3TX9A 5G4EA 3LCGA 3WJSA 2Z1BA 2FPTA 4O14A 1JCJA 1M7OA 2ZYFA 3KFTA 1TPUA 4JTLA 4LVGA 3IVUA 1TQJA 1IXPA 5F1UA 5J5DA 3W1AA 3QQ0A 5LNUA 5LNWA 4LUJA 3WK1A 3DZ1A 3YPIA 1DOSA 1DKWA 5D09A 5F2LA 4D2JA 3NXFA 6ALDA 1K7XA 1T8XA 2EGZA 3STEA 5AC6A 2YXGA 3HG3A 2YDAA 1JUBA 1SO6A 4UMBA 4UNKA 3QEZA 2OT0A 1ICPA 3C61A 1TRIA 1LP6A 5E1QA 5I3KA 4LTSA 5D03A 3IRDA 3QW4B 3SFKA 3FLUA 5HINA 3U8GA 3KRZA 3TW7A 2CZ5A 2VEMA 2C14A 4ZZ9A 2DZVA 3QMTA 2TPSA 5DN1A 1AL7A 1IIGA 2QCDB 2QCHA 3N9SA 1GJPA 1H7PA 4TMBA 5HWMA 4TU1A 3HJZA 3TC7A 3IGXA 5AB3A 1SO4A 4IMDA 3A22A 2VFFA 2B7PA 3AJXA 5D38A 3RFAA 2ZRXA 2B0MA 5FEWA 1WXJA 3LXBA 5AHEA 3LXAA 3QM3A 3WK0A 5CZ0A 1K7FA 4LVAA 3KVMA 3NOEA 1FWWA 4C1KA 4M6VA 3TR2A 3LDVA 4UMAA 5G1TA 3ATZA 5DLCA 1ZCOA 4YMZA 1PS9A 3PBVA 3LCXA 3LLFA 1TPWA 2H8XA 1VZWA 1VCFA 3LCWA 3FJLA 4P61A 3W9ZA 1R30A 3L21A 4NJHA 1YXCA 1KBJA 1T0OA 3INPA 4WJEA 1KV5A 1K3UA 3N2MA 1DQXA 2AQWA 2Z6IA 8TIMA 2PURA 5I3FA 2R8WA 1JR1A 2E68A 3W73A 3G1DA 2HMCA 3LCFA 3ABOA 3NZ1A 4XTIA 4S1FA 4ICNA 3KVLA 1FX6A 4GUHA 4JYFA 4LV9A 1FY6A 3THAA 5K4ZA 3GR7A 3GDMA 4FNSA 2GQAA 4NQ1A 2VXNA 3PR2A 3Q2DA 4FX6M 2B7QA 3IGUA 1XKYA 1RQEA 2PRLA 3LHVA 4JTUA 2VKZG 1MO0A 1QOPA 3M43A 3M5VA 1KLYA 4Y8FA 4GNJA 1Q45A 4HHPA 3FA5A 4XTDA 5LKYA 3LGEA 3I65A 4ZQOA 2WV8A 3NYZA 4PFMA 1Q3NA 3W1LA 4HPXA 3KX6A 1X6UA 5F2IA 5EKYA 2OCZA 3MYOA 4MPQA 1UASA 3S6DA 4K8EA 3C6CA 4WOZA 1QOQA 3QZEA 2RDTA 3TFXA 1H63A 2E5BA 1TQXA 4FHAA 1EX5A 1G4PA 4R53A 2DZPA 3P7YA 4RXFA 1NSJA 3N2XA 4TIMA 1RR2A 4I7WA 3W2KA 3P60A 1TPH1 3W2MA 2V9DA 4FXSA 3W7NA 4MY9A 3WK3A 1LLZA 1OFAA 2NZLA 5C5YA 3G1FA 4O28A 4UFKA 1F6PA 5D33A 1UUMA 1LOSA 3PM6A 1TTPA 3PBWA 4OV4A 5BMXA 1JULA 2C13A 4X2RA 4DF1A 4LVDA 4RK8A 3HIJA 1PCKA 1GVQA 4JXCA 4FX8A 5CZSA 1OG0A 1TPVA 5K4XA 3SJ3A 5G2WA 3O6DA 2RHGA 5AHLA 4X22A 5DCBA 4Q32A 1QR7A 2QCNA 1YTKA 3CC1A 3SZ8A 3G8EA 1H1YA 2OT1A 1AG1O 3DFQA 3M5YA 1AW2A 3W71A 4BR1A 4Y90A 3T4CA 1M7PA 1XUZA 1FCVA 1G4SA 4LC8A 3B05A 5EA9A 4O1AA 4DO5A 2Y7FA 4E2DA 4XBKA 4NJIA 4A2SA 1GYLA 5D2TA 3MHUA 1KM1A 2A85A 2E5DA 4N6EA 1JCNA 3PUDA 2ISWA 2E6FA 1AW1A 4UTUA 1ZENA 3HGRA 1UBSA 4X3ZA 3T7VA 2JKPA 4FNTA 4O0KA 2VENA 1WOAA 2RH9A 1G67A 2OJPA 2FFCA 1QAPA 2CLKA 3B8DA 2EF9A 2H8ZA 3CEUA 2DZTA 4I7UA 3W07A 3L66A 1L9WA 3W84A 3PUOA 2PRMA 2H3BA 4UFJA 2CZFA 2WJZA 3W7CA 4LS0A 2RFGA 3W2LA 2G96A 1RV8A 1Y0EA 1H60A 1FDZA 4ZQRA 4HN4A 1ZY9A 4RJEA 3MJYA 4JTHA 2V30A 1BKSA 5E0KA 4IXXA 1TJPA 1WAUA 3W7KA 1O5XA 3TSMA 1EUAA 3IEBA 4S2BA 2O7SA 1JRBA 4UTHA 2GQ8A 1TPEA 3N73A 1QFEA 5CPNA 4ZL1A 4QSHA 3DH7A 3JRKA 3UYCA 3LTYA 4LRTA 1IGSA 4ORMA 1Z48A 3MP4A 1OYCA 1M5WA 3CU2A 3HPXA 3PULA 4LU0A 4XKYA 3UNDA 4L4LA 1EP2A 4O18A 2FB3A 4BWLA 3LHZA 1CW2A 3CT7A 2OMAA 1I2RA 5HWNA 1W3NA 3KAOA 1I4NA 5LSMA 3G1HA 1X8FA 1RQHA 2YYUA 3HGJA 3B04A 5FEXA 3GYEA 3I7RA 2A7NA 1W37A 3NQ8A 1UJPA 1Q6OA 1WA3A 3LHWA 1H7NA 1N55A 4JYEA 3BLIA 3GLCA 4U28A 3LOTA 1TIMA 2E09A 4XWUA 1LRQA 2Y6ZA 4IUOA 4GRSA 4UTIA 1G4EA 4HIBA 5C2XA 1LTDA 4JN6A 3USBA 3THQA 3EX1A 1L6YA 2CLIA 4HKPA 5FEPA 4I9AA 2X30A 3S0CA 3M41A 4O1CA 5KSWA 4N02A 4CNOA 1H51A 5H91A 4OQVA 1T96A 5U7SA 2V5BA 1SZEA 3S1XA 3W6YA 1KBIA 1HTIA 3G3DA 2DZWA 4QIUA 1L6WA 3GX9A 3LB0A 2E6YA 3G22A 3KRUA 5BOOA 1B57A 2CLEA 4MYAA 1GWJA 3NAVA 2QCEA 3UZJA 3UZ5A 2HS8A 3NQVA 4IMFA 1EPXA 3EWBX 4NX0A 4O19A 1VJIA 5FI8A 1GZGA 2A6LA 1K03A 1H7XA 1O95A 2ZRUA 3IVTA 1RVGA 3STGA 3I7QA 4BF9A 1GVFA 4HNUA 5HUOA 3TA6A 1OFBA 3OEXA 3KHJA 5G2IA 1PHQA 3GXNA 2CLHA 5G1YA 1VS1A 4UUIA 3MUXA 3UWUA 2NUWA 5AC7A 2YX0A 5E93A 3TROA 1TCDA 3LHYA 2NLIA 4DPPA 1KM3A 2NWRA 3CIWA 4O54A 1XCFA 1KFJA 1H7OA 4PTNA 4I7VA 2ZZ1A 5LNSA 3NQ6A 5I3IA 2DJXA 4ZVJA 2BX7A 1VHNA 5KZDA 1VC4A 1QPQA 3SECA 3FYPA 1VYSX 4MLJA 4UTJA 4ZQCA 3RNDA 1MSSA 1A5CA 1CI1A 3HG4A 4FNPA 2C1HA 2FLIA 3W1XA 2FTPA 4JDYA 3BG3A 1GTHA 1R47A 3G0XA 3O63A 3W88A 4UFHA 4A29A 3IIOA 3NQ2A 3W87A 2V8ZA 1BTMA 2AAMA 2Y85A 2BSLA 4JR5A 4GJ1A 2CLLA 4ADTA 4WD0A 2CZDA 2WKJA 3S5ZA 1KM2A 4AWUA 4LOCA 1OX4A 4GFSA 3VI2A 3TC6A 2HTMA 1FQ0A 3LTPA 2NX9A 1WDWA 2B7NA 3A23A 1B3OA 4UNLA 4JX5A 1TPFA 2R14A 3LI0A 3S1VA 1A53A 1PVNA 4M5PA 1XC4A 2HSAA 3TNOA 4TX9A 3UWWA 1G4TA 3BGJA 3EWXA 1MEIA 4JICA 5HUPA 1OFOA 4HSNA 4O15A 4EOUA 1PE1A 3W2JA 2W79A 1YPFA 3TAKA 3TQ0A 1OFQA 3W7OA 2DZUA 4WZHA 1N7KA 3S42A 2ZQ0A 3I6RA 5CPMA 1LOQA 4MJMA 4JYDA 1W5OA 3QPZA 3F03K 4AHPA 5G4WA 3T40A 4CQAA 3N34A 5AFDA 1GEQA 4MZ1A 4M6QA 1HG3A 3Q58A 4NJGA 5HJLA 4UMCA 1OJXA 1SW3A 3NNTA 4IOTA 1RPXA 4RZ5A 4WY0F 1XUUA 3HOJA 3LTSA 3S5OA 4DPQA 3GB6A 3RU6A 4C1LA 3O05A 4M7SA 1TB3A 1O60A 1F05A 4WY0A 2QCGA 1KFBA 1KFCA 3F4WA 3GAYA 3LRKA 3EWUA 1SQ7A 2P0OA 4GBUA 3QSTA 3P74A 1AL8A 2G97A 3OVQA 4LC6A 2WNZA 1RQBA 2VFEA 4POCA 4MZ8A 1OYBA 4N2YA 3PF3A 3KVKA 1GPWA 5HR6A 3RLVA 3BV4A 1AW5A 4Z1AA 1X1OA 3DI1A 3TK7A 1KTNA 2DJLA 1UUOA 4AAJA 1HL2A 2ATMA 3L65A 2X16A 4UTKA 4NZJA 1LDCA 2QR6A 1ICQA 3MI6A 4N4PA 1L6SA 1EP1A 1YXDA 2DZXA 1J4EA 3CIXA 4QM1A 4UTWA 2EPHA 1W31A 4ONVA 1FBAA 2J9ZA 1HFBA 4LS2A 3QRHA 3U6WA 4NNBA 1W5PA 3W7LA 2YFNA 4O1DA 1XDLA 1SZNA 3B03A 3DFSA 3O06A 1KM5A 3UXDA 3FYOA 3DGRA 3M16A 5KITA 3N9RA 3EXSA 1F6KA 1I2QA 3PS7A 1KM6A 3E9AA 3MYPA 3OG3A 1FWNA 3ZWSA 3GDLA 3EX3A 4FX7A 1HUVA 1VR6A 2Y7DA 1VGAA 1EWEA 4MLRA 2VFDA 2V5LA 4PEKA 1MEHA 3W1RA 3VCRA 1I2NA 2B7OA 3IV3A 4K6AA 1C8VA 3L68A 4Q4KA 1Z42A 5DELA 3FEMA 2ZDRA 1GG1A 5D32A 1QCWA 3FS2A 4QNEA 3CTLA 4J9JA 1F7BA 2QF7A 4MVAA 3LV5A 1DORA 3GXTA 4GUIA 1NF0A 4IPJA 4GUFA 2B4GA 3UWVA 3EXRA 3P5YA 4XUGA 2Y62A 2DORA 1A5SA 3GR8A 3DI0A 5GVJA 2NUYA 2Y89A 2J27A 4K36A 3DFPA 1P0NA 3A24A 1JJKA 4IMEA 2XN0A 3UQNA 1I2PA 1YXYA 1O4UA 4RX0A 3ATYA 2X1TA 2A7PA 3QMRA 2YFOA 4JS3A 2J6XA 4Q33A 1XFBA 3HG2A 3C3NA 2Y7EA 3M7WA 3L9CA 2A4AA 4JTKA 3M44A 1SU5A 2ZZ3A 4FNUA 2H90A 3VFLA 3LCHA 4Z1DA 2VFGA 3CPRA 3V1PA 3N19B 4DEFA 3O07A 5EPDA 5K7JA 4LUIA 1VCVA 5EY5A 3I68A 5DBTA 4Z1BA 4DELA 1DV7A 2J24A 4XZ9A 3TJLA 5C55A 1OF6A 2X1UA 2YCEA 4MYXA 4H3DA 1SPQA 3FFSA 3MWAA 1L2UA 3NL3A 4ZQPA 5J5RA 3R13A 1YTDA 3QW3A 4IX2A 2QAFA 3SW6A 4LY8A 4BI5A 2GJNA 2QJIA 1DVJA 1V5XA 4JTSA 3C56A 3C2FA 4AXKA 4GXMA 4PH6A 1HO4A 4PODA 1TV8A 1LBMA 4M6PA 3W23A 3UWYA 1PHWA 3LLDA 3PWAA 1LZOA 5H2ZA 3W1QA 3LERA 2RDWA 1WX0A 1ZJIA 3FKRA 2QUTA 2R91A 3MBFA 3OA3A 2ISSA 4M19A 1IXQA 5AHIA 5D2XA 1QNVA 4TO8A 3NM1A 3LX9A 4NXSA 2ZRVA 1VRDA 1NAL1 1TO3A 3H55A 3C2RA 3B06A 1G7VA 4N9EA 1UB3A 4NNAA 4O16A 1FWSA 3RF9A 3W76A 3W2NA 3FJ6A 1QMLA 5IBXC 1B9BA 1RD5A 3F4NA 4CNNA 2QUUA 5F4WA 3RK8A 5AHNA 4L4MA 2BXVA 4IMCA 3UPWA 1Z44A 1K8XA 1G7UA 3W7MA 1XBZA 5LGZA 3W1NA 3O1NA 2A21A 1ZAIA 2A0NA 1JRCA 1LRNA 5BMWA 5EBUA 1Q6LA 2NV1A 5ABTA 4MIMA 5K9CA 1F5ZA 3TDFA 3PY2A 4EIVA 3SIZA 3R12A 3ZS4A 1FXQA 3G0SA 3R5EA 2XN2A 5HULA 2NWSA 2YSWA 4MFEA 2H3DA 3BW2A 1LCOA 1M6JA 3W2UA 5CPLA 3EWZA 1YDOA 5HNRA 1GVSA 4DBDA 3G1AA 1FCBA 3M1ZA 3OVPA 3OHIA 3R2GA 4JEQA 1W56A 1LRTA 2ZZ5A 4HSOA 5TBOA 2PRHA 3CWOX 3UY7A 2RDUA 3MP5A 3BG9A 2TMDA 4UTTA 1JCYA 1KTCA 1F74A 2QJGA 1AMKA 1VCGA 3NL6A 3ABSA 1H1ZA 3ELFA 5AHFA 5BRBA 5K9DA 2JKAA 4HPJA 2W0UA 1P4CA 3KRSA 1GTEA 3TSBA 3NQEA 4FEZA 3QJAA 1SZFA 4A22A 3P8IA 3S1UA 3HO8A 3V75A 3PB2A 1RZMA 3BLFA 1QPRA 4GWEA 5D05A 1OX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QLY A;  3PJT A;  5CEW A;  1Q2S A;  1S5M A;  1CXE A;  5DMM A;  1DQW A;  2CFF A;  1HF6 A;  3BAK A;  1EJ7 L;  1OY0 A;  3RHG A;  3EB4 A;  1JFH A;  4JN7 A;  5I6S A;  3M0Y A;  3VD3 A;  5F2G A;  3G8R A;  1VQT A;  3G1R A;  1JI1 A;  1VFT A;  4IIF A;  1K8Y A;  1W8S A;  3PUG A;  3T78 A;  5CGT A;  3TMQ A;  4CNS A;  4OBS A;  3MUZ 1;  2WKG A;  4Z1C A;  1FH9 A;  1DXE A;  5GPR A;  1E6P A;  1SJD A;  3MU7 A;  3WEZ A;  3D5H A;  3P2V A;  2WMJ A;  1HL8 A;  5G4E A;  2POD A;  3SRF A;  1DIK A;  1M53 A;  4Z2J A;  2WM1 A;  2Z1B A;  1JCJ A;  4Y9P A;  3E5B A;  2ZYF A;  3KFT A;  4TV5 A;  1IXP A;  5F1U A;  3VD9 A;  3GXF A;  1LG2 A;  3MT1 A;  5D09 A;  4D2J A;  3F5K A;  1EJW C;  7TAA A;  2YDA A;  4UMB A;  1EA9 C;  1TWW A;  3C0L A;  2P3E A;  5E1Q A;  5I3K A;  4X60 A;  3SFK A;  1VIZ A;  6ENL A;  2CZ5 A;  1ZB5 A;  2C14 A;  4MMW A;  3WLQ A;  4Q3M A;  2JE8 A;  2ZXQ A;  3BAW A;  1AL7 A;  1IIG A;  5BOE A;  2FZN A;  1GJP A;  1KGX A;  3HJZ A;  3M7S A;  3IGX A;  4PTW A;  1TVP A;  3WH7 A;  3A22 A;  2VFF A;  2GGG A;  4I9J A;  2WQD A; 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