6TIMA

The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 92
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 6timA00
4H6KA 4BFAA 4M7TA 3L65A 2Y61A 3QQ0A 3G1AA 3RNDA 4RZ4A 3W7IA 2E09A 5D2WA 4LV4A 3L0GA 1O5XA 3TAKA 2PRLA 3NZRA 4Z08A 5T26A 3UWUA 3Q37A 1VYPX 5I3HA 3SFKA 1XXXA 3B0VC 3W1MA 2Z6JA 4JYDA 5HUPA 3W83A 3CT7A 2J24A 4BI6A 2JK2A 1Q6RA 3W84A 4DF0A 1OABA 2PRHA 1S5TA 4HKPA 4QITA 1YPIA 1IXQA 1X1ZA 2Z1BA 1J2WA 2ZTKA 4IPJA 5CPOA 4W9TA 3C2RA 4ZQRA 1LBMA 4AMAA 6TIMA 4N9BA 2NV2A 1QO2A 1VHNA 5I3FA 2P0OA 1TPEA 5IM51 1QDSA 1UASA 3G1HA 3I7RA 5FF4A 2C14A 1HL2A 3B0UX 3CEUA 2GUUA 4AVFA 2WSQA 4MFDA 2PURA 4QNWA 4GUIA 2WQPA 3VE7A 4JS3A 1TV8A 2DP3A 3UXDA 3UZ5A 3NNTA 3O07A 4O0ZA 5DLCA 3TSMA 3G0SA 5LNVA 4WJEA 4IMCA 3LCIA 5AN7A 5TQLA 1ZALA 1T0OA 1XDMA 1K8XA 3TJXA 3IIXA 3LX9A 4ADTA 3G0UA 1O94A 3TU9A 4FIRA 3FFSA 3GVGA 3G3MA 4MZ1A 4LW7A 5FEXA 5IBXA 4RX0A 3M5XA 5EY5A 2V30A 3MP5A 2OZ0A 2H6RA 3TIMA 4E2DA 5IBXC 4LOCA 3BG3A 2DORA 1YTKA 4PA8A 3LBMA 1VPXA 4TMBA 4MKNA 1W3TA 6ALDA 1YPFA 4LC6A 3W70A 3KAOA 2RFGA 3I7SA 4ZL1A 1JRBA 3NOEA 1WV2A 1A5BA 3INPA 4JTEA 4ADUA 3W7QA 4O19A 3GDRA 1XBYA 2VC6A 2FQIA 4UNKA 2E5DA 4NXSA 5BW6A 3P5ZA 1EEPA 4QIUA 4CNNA 4PODA 3M9YA 4DBDA 2A7RA 1H7RA 3B4UA 3MO7A 1QWGA 4TMCA 1IF2A 2KZHA 3I6RA 3W1PA 4GC4A 3BVJA 1TIMA 2ISVA 3G1XA 5EA9A 1RZMA 3DGRA 2ZDRA 5FESA 1GT8A 1W37A 1SO3A 1JCYA 1I4NA 1XBVA 2V2CA 4JIQA 3IGUA 5FEWA 2D73A 3W7DA 2WNZA 2ZZ2A 5K4ZA 1NSJA 2FB3A 3P7YA 3GR7A 5F1UA 3G18A 4LRTA 1PS9A 1TPC1 1Q6LA 1SW0A 2BLEA 3F03K 3QPYA 3L5MA 3N9RA 1QO5A 1H60A 3W1UA 1PHQA 3PVFA 3LCHA 4ORMA 1K7FA 3HG4A 4JTKA 1EUAA 1VHCA 5EPDA 1P0NA 2BWGA 3TH6A 3EXSA 5D33A 1SFLA 5AC6A 1TTQA 4G1KA 4H3DA 3LTSA 4PFMA 4E38A 3R2GA 3O6DA 4XTDA 3E02A 2V8ZA 4AB4A 1H61A 3PBWA 1SSDA 3FLUA 2YFOA 4ML9A 1YTDA 2CLIA 5I3KA 4GFSA 2TRSA 3QSRA 2FPYA 3T78A 5LNUA 3W74A 5DXXA 2WPBA 3N2XA 5G1TA 3S5OA 1YYAA 2G97A 1NFBA 2C0AA 4ZMGA 3N3MA 3S9YA 1DORA 3G1FA 3MWAA 5G2IA 3TNOA 1OX6A 1H7WA 3GXPA 3P84A 3S5YA 1PE1A 5H2ZA 4PCFA 2AAMA 3FKKA 4DO5A 3EWZA 3DZ1A 5HR6A 4JY9A 1XUUA 2E77A 1CX9A 1TPDA 4UMBA 1EP3A 1RQEA 1IGSA 4ZZ9A 1NEYA 3CEPA 4O4VA 4O10A 4UTMA 4XBKA 1UB3A 4O1DA 3EWBX 1VRDA 3LXBA 1DKWA 1HUVA 2QJHA 1OFQA 5K9CA 1B3OA 5CPNA 5HUOA 1GVRA 3TKFA 3KRUA 4AHPA 1JQVA 2ZQ0A 1JJKA 1MEIA 2ABBA 1YXCA 2ATMA 1FDJA 3VE9A 3UQNA 4BWLA 3PULA 2E6YA 1G4SA 4BWLC 4UFJA 4CLMA 1Z48A 4YL2A 3MI6A 3SGZA 2VFDA 3L68A 2HS6A 3GZ3A 3PAJA 1KM6A 2W79A 5HMSA 1ZFJA 5BMXA 4ZQCA 3FA5A 4NXKA 1ICSA 3C2VA 4EIVA 3LV5A 4OGZA 2XN1A 3SGUA 3VFLA 3IIPA 3LRLA 3THQA 1OX4B 5KMYA 2B7OA 4HSNA 3FKRA 2WNQA 3HGJA 1RD5A 2DZXA 3NL2A 3W22A 3KXQA 1X1OA 2DU2A 3HJZA 2VEMA 4K36A 3MI3A 1VCGA 5AOUA 5A5WA 4CCCA 2A85A 3E0IA 4JD4A 1CI1A 2CLKA 5A8GA 5LHEA 2V5LA 2QUTA 1GWJA 3TC7A 2A6LA 2VKZG 4IX2A 3QW3A 4WY0B 3W7JA 3I7QA 3C2EA 1FWRA 3HB9A 1LOLA 3KVJA 3W1RA 2O7SA 3P5YA 3BG5A 3QQ1A 4RKAA 1PIIA 1KM4A 1P1XA 2CLEA 4WD0A 4E0CA 1JCMP 1EX5A 1SO5A 1F7BA 4Q32A 3P67A 1H7XA 1F6KA 1W3IA 2CZDA 1WX0A 1LROA 3ZFHA 2QUUA 5DCEA 5BNKA 3IIOA 4YCOA 2C13A 4MY8A 4FNQA 1TPWA 1OYBA 1DJQA 5CG7A 1ZAIA 4O18A 5U7SA 3OIXA 2QCCA 1KA9F 2QJGA 3ABQA 4GJ1A 1GVSA 3W6YA 3HG5A 4L4MA 1K8YA 4RJEA 1OFRA 5FF3A 1ME8A 3SI9A 3LCXA 3QSTA 1KTNA 5DELA 1HFBA 4RR4A 5HWMA 3R12A 3DBPA 4IUOA 1KBIA 1SUXA 2VENA 3PS7A 4ZQNA 2OT0A 4BI7A 2C3ZA 1OYAA 2Y62A 4LVFA 4IJBA 2VFHA 2NXHA 1ZNNA 5AHIA 1A50A 2JGYA 3Q94A 2A7PA 2B0MA 4O15A 1G69A 4UFHA 2ZTJA 3FJLA 4Z1AA 3O06A 3UWYA 2DZTA 5L6UA 1KM2A 3NPUA 2GVGA 4NUWA 4DEFA 4ORIA 1FCVA 1DQXA 2I9EA 3NQ7A 4LNYA 3SSJA 3UD6A 3UY7A 2QDHA 3NA8A 3O05A 5CGQA 3NQ6A 2FFCA 3K30A 3HPZA 3H55A 4C1LA 2WJZA 3P8IA 1SPQA 2Z2UA 5F1VA 2ZCGA 3ZWTA 1H7PA 1LRNA 2FB2A 3W9ZA 4AWUA 1QR7A 3KOFA 1TJPA 3F1QA 3NO5A 3C2FA 1H1YA 3MYPA 4GWEA 1ZAJA 4O52A 4OWGA 3V75A 1PV8A 3HG3A 1KFKA 1W54A 1ZHAA 4K6AA 3WJZA 2QCEA 4NJHA 2NLIA 1TPUA 3M16A 3T55A 5I3GA 5K9XA 1OFPA 3I65A 1SW3A 1FQ0A 2WNNA 1I2PA 1OX4A 3G1YA 3C6CA 3TA6A 3VKJA 4UFLA 1FWNA 1YDOA 3LGEA 3EB2A 5F2GA 1R30A 1QFEA 2F7FA 5HJLA 4DPQA 4LS1A 3NQCA 2CZFA 1SO6A 1EP1A 3RK8A 3GLCA 4DQWA 1GQNA 4WY0A 2WO5A 3QYQA 4X2RA 3FS2A 1MZHA 5F2MA 2F84A 4FEZA 3DFQA 4UFMA 4FX6M 1LCOA 3B8DA 4DO6A 3ATYA 5LGXA 3BLFA 4HPXA 1KTBA 4GBUA 5CZTA 5CZJA 3KX6A 1TSIA 3HOJA 2AGKA 3NL5A 4MUZA 1VGAA 3GNDA 2E5CA 4UIOA 1FCUA 4MLRA 1OG0A 2VEIA 5EBUA 3LHZA 3OEXA 1XBZA 1VCVA 5TIMA 1Z42A 1IXNA 3EX2A 5HR7A 2VEPA 3IVUA 3N34A 1BKSA 1PCKA 5C5YA 2CFFA 4UTWA 1XFBA 1WXJA 4UTWC 3TV8A 5AHLA 3QMSA 2V5BA 3GR8A 3S0CA 4EF9A 4MPQA 1V5XA 4WUIA 3QM3A 4FIQA 1I2NA 3P82A 2CZEA 3GAYA 3TQ0A 3T4CA 3GDLA 5BMWA 3I68A 3BPWA 1EB3A 3OVQA 3R89A 4H4IA 3W23A 3HPSA 5FEZA 2QUVA 3IEBA 3U6WA 5LKYA 3VCRA 3F4NA 1OK6A 1WBHA 4HPJA 4CQ8A 1ME9A 2J9XA 2CLMA 2HMCA 4PTNA 1LZOA 3NL6A 1UCWA 2OX1A 1KM0A 1SR9A 1FCBA 3W7HA 4JICA 4K8HA 2NUYA 5KZDA 5D2TA 4YCPA 1IXOA 5FF0A 1OF6A 2QCDA 3N19B 3T44A 4CNPA 3PUOA 3SW6A 2R91A 2VXNA 1KFBA 5L9FA 3CM4A 3W7NA 1LP6A 2YYUA 3QRHA 2BX7A 3WJYA 1OFEA 3HBLA 3PBVA 4FF7A 5LSMA 3W88A 3QF0A 1ZY9A 1SZGA 5C55A 3CQ0A 1AL8A 1FWSA 4M5PA 3CPRA 1TQJA 3FYPA 1F2JA 4Y90A 3UPWA 4N9DA 1KV5A 4CQAA 2E6AA 3ABOA 2B7QA 2TYSA 5CPLA 3BGGA 5KSWA 1TTIA 1LLWA 3TW6A 2GQ8A 1FY6A 1EPXA 3W07A 1WAUA 4MY1A 1JCJA 3Q58A 3NM1A 4O28A 4HIBA 3IIZA 3OVPA 2ZZ7A 3C8FA 5HQEA 1TTJA 4HNTA 4JTSA 4LWWA 5DCDA 3DKLA 4R7JA 1TPFA 3LLDA 3GB6A 1OHLA 3SECA 1LTDA 1UUOA 4FX7A 5LZLA 4BR1A 1VCFA 2W6RA 3NQFA 4Y96A 4FXRA 2A5HA 4N9CA 3TFXA 3DFOA 3QPZA 3S1UA 1TV5A 3EX3A 3NGJA 5KITA 1K02A 4K7YA 1EIXA 3WJXA 4PC8A 3PWAA 5CSSA 1PCWA 1H62A 4LVGA 4CNOA 2DZWA 2V2DA 3PY2A 1R47A 1YTEA 2O7QA 3LTPA 3DFSA 3UNDA 3STCA 1VYSX 1HO4A 3MP3A 1G4PA 3LM7A 4FXSA 4LUIA 1XI3A 3MBDA 3EWXA 4O4WA 3TK7A 1B57A 3LI0A 5LGZA 4K7VA 3W76A 5D37A 1ZCOA 3EWUA 3E49A 3QEZA 2X1UA 3NQDA 3W2UA 4JTGA 2QCGA 4O57A 3YPIA 1QPOA 1SZEA 3BK0A 3OG3A 3G1SA 4EWND 3W7CA 2CZ5A 3BO9A 4M7SA 2ZRVA 1TPVA 2C18A 1KBJA 1RQBA 1GTHA 1LRTA 2QJIA 2VEKA 4CQ9A 1JCLA 1XL9A 1TB3A 1G7UA 4NJKA 3NVTA 5F4WA 2G95A 4Q33A 4NU7A 4JN6A 2GQ9A 3IGXA 2Z6IA 2I1OA 3FYOA 1DL3A 3LV6A 3NQ8A 1UJPA 2IQTA 3L66A 1OFOA 4GUGA 2V0TA 1C9DA 3ABSA 3MUXA 1V7YA 4I7WA 3NXFA 4HHPA 3MBFA 4PH6A 1GYNA 1DV7A 3TXZA 4P61A 3PM6A 4NJIA 1LBLA 2C1HA 4MYAA 3MHUA 1RVGA 5DN1A 1KW1A 5E0KA 2BZNA 3R13A 1W5OA 4XQ6A 3PC0A 3LXAA 1H50A 4JNMA 4P2VA 4EF8A 2A0NA 4O0KA 2QKFA 1FBAA 4UTTA 4UTTC 3MMTA 5BOOA 2XN2A 4YWIA 3B05A 3TR2A 4Z1DA 1NVMA 3W7OA 4RCXA 4Z1BA 2FPTA 1SQ7A 4JIPA 5AHEA 4LTSA 4O1CA 3QW4B 1R2RA 4X3ZA 3O16A 2Q3RA 2YXGA 4O50A 1X7FA 3QC3A 4JGDA 3IVTA 3LTYA 1TYGA 3IVSA 4GUHA 3W7KA 3C52A 3ZS4A 4UTUA 1W3NA 1MO0A 1H63A 2Y88A 4NX5A 2WSRA 2AQWA 2GPTA 1FCQA 2RHGA 4JX4A 4UNLA 2DZVA 3HGOA 1XM3A 5F4SA 3TC6A 1W31A 3MHFA 4DBEA 1OYCA 2E6FA 2UV8G 2Z0IA 5AHMA 1KM3A 4AH7A 1IIGA 5J5RA 4A21A 1QPRA 3TMLA 3A5FA 3EKZA 3TROA 5HWNA 1O95A 4FNUA 1BWLA 3ATZA 3IV3A 1G6CA 2QCFA 4OBTA 4R53A 3O6YX 3O63A 1WA3A 4AWSA 1D3GA 5KINA 4N2YA 3LHYA 3W7RA 3NG3A 1S5WA 2NWSA 4XKYB 1R2TA 1XKYA 1AK5A 3DAQA 3FEMA 5HNRA 3UWZA 5LHFA 1OJXA 3M7WA 3PB0A 1VJIA 5CSRA 4N02A 7TIMA 1KFJA 2PE4A 3DI1A 1K03A 3P62A 3DI0A 1GOXA 4KFPA 1E51A 4NVTA 3NEVA 4UR7A 1WOBA 5AYXA 2ISSA 3CWNA 4JYEA 3L0NA 3NQEA 1FXQA 2ZBTA 4A29A 4B5NA 1U5JA 3W1LA 2B7PA 1ICPA 2ZA2A 3PG9A 3W2KA 4OT7A 3TDFA 2V81A 1OX5A 3O8AA 3NPWA 1VR6A 3LXCA 2JKPA 4QSHA 1A5AA 1JUKA 4U4MA 3SZ8A 2VFGA 1DBTA 4UTLA 3HMJG 5DXYA 4TX9A 5F2LA 3P74A 3S8HA 2RKXA 1GPWA 2W0UA 1XC4A 3MP4A 1TJRA 2J88A 4RXGA 1R46A 1LDCA 4LS2A 3NPVA 1OFBA 3GNNA 3MW7A 2X2GA 1ICQA 4RLIA 1DOSA 3C56A 1JCNA 1GTEA 4LVBA 4MZ8A 4DO4A 3W1AA 3DU0A 1FWTA 4TO8A 1A5SA 1AW5A 1H7OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QPX A;  4H6K A;  4ZST A;  2XH7 A;  4YPJ A;  3QQ0 A;  3R4I A;  5A1A A;  3G1A A;  3RND A;  4RZ4 A;  2E09 A;  5D2W A;  1QTW A;  4LV4 A;  1M7X A;  3L0G A;  1O5X A;  3C2Y A;  1PEZ A;  3KCO A;  5CAK A;  5EBA A;  2ZE0 A;  3LG3 A;  1TWD A;  5T26 A;  1HVQ A;  3LGG A;  4QCE A;  3HFT A;  1E4M M;  1XXX A;  3B0V C;  5HUP A;  2J24 A;  4BI6 A;  3RJX A;  1OD0 A;  1Q6R A;  4IFO A;  1PAM A;  1LL4 A;  5CZK A;  1IXQ A;  1BQG A;  2PGR A;  3T0T A;  2ZTK A;  4JZ5 A;  1NDZ A;  1FA2 A;  3C2R A;  6TIM A;  1HJU A;  4IIG A;  2CIT A;  5REQ A;  2HCV A;  1LF1 A;  1TPE A;  1QDS A;  2D0G A;  1XLI A;  1HL2 A;  1UWT A;  3B0U X;  2ZID A;  3B8W A;  4FOU A;  4AVF A;  4NL1 A;  3IJI A;  3SRK A;  2VR5 A;  1UP3 A;  1B30 A;  1E1F A;  2L5H A;  3LLX A;  5EMJ A;  3UZ5 A;  3UXD A;  3O07 A;  2XVK A;  1E6Z A;  4ECL A;  4MNJ A;  2EPN A;  4DJD D;  3VMP A;  3GTF A;  3LCI A;  4LEF A;  5AN7 A;  1ZAL A;  1T0O A;  4HOZ A;  3GU2 A;  3IIX A;  3K46 A;  1O94 A;  4WDX A;  4U2Y A;  3MQT A;  4JEJ A;  3FFS A;  3KUM A;  1GOR A;  3SCO A;  5EY5 A;  5IBX C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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