6TIMA

The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 92
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 6timA00
1OFOA 3C52A 3RNDA 3DKJA 1ZAIA 3C2RA 3G0UA 3FFSA 5C55A 1HUVA 4JIPA 4I7VA 3C56A 3SY5A 1RZMA 1OX4B 3TIMA 3TV8A 2C14A 3SR7A 2VFEA 1LP6A 5BNKA 1JCNA 2OCZA 4PH6A 5AFDA 3DHDA 3QSTA 4HSNA 2GVLA 3M47A 3I65A 4QISA 4QM1A 1O60A 2D73A 3T40A 3G22A 3S5ZA 3HG3A 3W86A 4K36A 3P67A 4GBUA 3HPSA 4GNJA 2DZPA 3MBFA 1TPUA 4FNQA 5K3VA 3USBA 4CQAA 1MSSA 2X1TA 5K2ZA 5DY3A 3U8GA 3M41A 1KTCA 1OFBA 4QSHA 3LCXA 3NL6A 2H8XA 1ADOA 2WNZA 4DO6A 3PUOA 4ZZ9A 1WQ5A 3KVKA 3EXRA 2EKCA 3HB9A 4JYFA 1Z48A 3H53A 3QEZA 3QZEA 4DELA 1I2OA 4XBKA 3HPZA 3PB2A 2Y63A 4RCXA 4NJKA 3B03A 4IGHA 1VS1A 3ELFA 1F76A 2X2GA 5CPOA 1QPNA 1VGAA 2A21A 3UWWA 3LV6A 3GAKA 1VYSX 2B7OA 2EPHA 3W7KA 3PBWA 3TQ0A 1RQBA 3S5NA 2J9XA 3TAOA 4FNPA 4FNRA 5AYXA 4PL1A 1ME8A 1DBTA 1XBYA 4QJ1A 4XTDA 2FPTA 2X1SA 4N6FA 3W1PA 3ATYA 3MI6A 1V7YA 1VR6A 4N4QA 5K9CA 1PV8A 2E77A 1TPB1 1Q3NA 4O1CA 4DBDA 4A3UA 1AK5A 2TSYA 3E12A 1M7PA 2JGYA 5K7JA 5F2LA 3EWXA 1YPFA 5CSSA 4CNPA 4CQ8A 3N2XA 1MEHA 2ISWA 2PRHA 2QAFA 3F4NA 3JR2A 4A22A 7TIMA 2H8ZA 4B5NA 1YDVA 4UFJA 3C3NA 1EB3A 1GZGA 3E49A 3TK7A 1LRQA 4RZ4A 1GYLA 1K8ZA 2CLMA 4O28A 4LUIA 3TC7A 2UV8G 4I7WA 3UWUA 3VNDA 3LB0A 2X1RA 2FJKA 3BO9A 2W6RA 3ABSA 3T78A 2VXNA 2QCHA 3GDMA 3PSWA 1LLZA 3I7QA 4HN4A 1T0OA 1G4SA 4ZQMA 5C6MA 1W5QA 3UXAA 1OJXA 2J6XA 1G6CA 1JULA 4UTWC 5DBTA 3G1AA 3U6WA 3F03K 2CU0A 4RKAA 3SGUA 3VFLA 4GFSA 3TE9A 3M5VA 3KRSA 2V9DA 4M6VA 4MVAA 3W7LA 5CZTA 5E0KA 1VHNA 4GUFA 4GWEA 5K4ZA 4G1KA 1TPC1 4JDBA 4ORIA 4JTJA 5EKYA 1VYPX 1SR9A 4OV9A 5F1VA 4RV8A 1SW3A 3C4UA 3TJLA 4MJZA 3W7OA 3TAKA 2RFGA 4AF0A 5CG7A 3S1UA 3UXDA 4XKYA 3NO5A 4FNSA 1F6PA 1Z41A 3SFKA 1K7EA 4AHOA 3LCFA 1XCFA 4UR8A 1F74A 3KVLA 2V2CA 4OWGA 2ZZ2A 4BR1A 4R7JA 3EWUA 1GT8A 3FS2A 1TSIA 3R13A 4N4PA 4RX0A 4CNOA 2JGQA 4FXSA 1BWLA 3LOTA 4UFLA 2ZQ0A 1PE1A 1QWGA 1UUOA 1K8YA 3BK0A 3O8AA 2F84A 2V81A 2R8WA 2J9YA 2B7QA 5LNUA 4KKXA 3MUXA 1NAL1 2CZEA 4JR5A 4HSOA 2G97A 4Y8FA 4O1BA 4JTLA 4GUIA 4H4IA 1BKSA 2VEKA 5EY5A 3LLFA 1KM0A 1H1ZA 2VEIA 2NWRA 1RD5A 1KFJA 1GVSA 3LRMA 4O10A 1GWJA 3WJWA 3NQ7A 1KTNA 4LV9A 1W3TA 4JTHA 4WX2A 3OVPA 4PA8A 4NX0A 3PG9A 1X1OA 4UFMA 3RFAA 1OYBA 1WXJA 4OU1A 4IUOA 3W2JA 4MLRA 4EOUA 1BTMA 3ABRA 3IEBA 1IIGA 2PCQA 3TCEA 3H54A 1W1ZA 1Q6OA 1F5ZA 3SIZA 4D2JA 4XBSA 3HBLA 1K8XA 2Y70A 4X2RA 3STFA 1JR1A 2Z6JA 3NZ1A 2DZUA 4DO5A 1PHWA 1KFKA 4UTMA 4FIRA 1M7OA 3W7QA 4O54A 4Y96A 2VFGA 2P10A 3EXSA 4GUJA 4MJMA 5KZEA 4C1KA 3KRUA 4UTWA 5F4SA 3DFTA 2I1OA 4YCOA 2YFOA 3EXTA 2EAWA 2DJXA 4NVTA 2NWSA 3LCIA 1TJPA 4LS0A 2P1FA 3G0SA 3BV4A 2OMAA 4JTGA 1Q6QA 3HOJA 3NM1A 4UFIA 4HHPA 1SU5A 4JTUA 1EEPA 2DORA 1T99A 2CW6A 3DU0A 2VENA 1D9EA 4J9JA 1G69A 3SJ3A 2HS6A 2I9EA 5DY2A 3OBKA 1VCFA 2DZWA 3W76A 2QJIA 3HMJG 4AHQA 3MI3A 1R2RA 4LOCA 3R2GA 1RVGA 3HO8A 2WNQA 5DXXA 4FNTA 3TXVA 2R14A 2A0NA 3PULA 4N9DA 1O95A 1O94A 5T26A 1LYXA 3GB6A 5D32A 3W85A 1A5SA 1RR2A 4JX5A 4WY0B 4WXZA 1W8SA 2VKZG 4QNEA 1TTJA 4JS3A 3G1SA 5I3GA 5D2VA 2Y62A 4RLIA 3QSRA 1WYIA 2GOUA 4K8HA 4W9TA 1VPXA 3SGZA 4LVGA 2YXGA 3NZRA 2CLFA 5FEWA 4LUJA 4YLWA 1HFBA 5IBXC 3NVTA 2G96A 2A7NA 3NQMA 4JGDA 2ALDA 4E2BA 1GOXA 3TSMA 2TYSA 3GIYA 1W5MA 3PBYA 2JKEA 2YSWA 4IQLA 5LSMA 1TV5A 3NA8A 4N9BA 1QMLA 3QF0A 3MBDA 4HPJA 3B4UA 2ISVA 1LZOA 3CWOX 4Y90A 4K37A 2ABAA 1F73A 2YW4A 3W1UA 4WUIA 3P80A 5KINA 1SZFA 1CX9A 3TFCA 3TH6A 4WZHA 3V1PA 1SSDA 3BG5A 1EWEA 1ICSA 5CZ0A 1QO2A 4AWUA 1LORA 4AEOA 3W7DA 1W0MA 2YYTA 3NQFA 1LROA 1THFD 1IXPA 4RK8A 4UXDA 3L5MA 2V5LA 1G4TA 1DQWA 1YXCA 3T7VA 2CZFA 2NXGA 3B06A 5TQLA 3G0XA 4MUZA 3IGXA 1PVNA 3NQ8A 1KW1A 4ZVJA 3IGUA 4R34A 4BI7A 3S8HA 4CLMA 1J2WA 1SO3A 1GVOA 2VEPA 4O8RA 4KFNA 5LHEA 3CWNA 4O4VA 3KAOA 3F1QA 4XQ6A 3L67A 5F2IA 5G5IA 4WD0A 1OFEA 3DI0A 1KM3A 3NAVA 1I2NA 4HPXA 4NNBA 1JCYA 3O63A 1VC4A 4ZQCA 1F2JA 1SO4A 2WV8A 1T96A 3BVJA 3LM7A 1ALDA 3QQ0A 3UYCA 2V2DA 4JX4A 1TPEA 3JRKA 1QOPA 2PC4A 4L4LA 3S9YA 4R53A 3NPVA 3B05A 1L2UA 1LTDA 2JKAA 2ZDRA 3VI2A 4BI5A 1TV8A 2Y6ZA 2QF7A 1EIXA 2DZTA 1VHCA 2C1HA 5I3KA 1MEWA 1C29A 1SSGA 2GJNA 3UWYA 2JKPA 4H6KA 1ICPA 4O0ZA 5HWMA 3CEPA 4CCEA 5AHLA 1GJPA 1PHQA 5EA9A 3PF3A 2YGYA 5AN7A 3W73A 4DF0A 1LCOA 4MKNA 3CHVA 2VFIA 3A22A 3RLVA 1H7XA 3LX9A 1LBFA 4LU0A 3A5VA 5DBUA 3M0ZA 3QM3A 3SW6A 2WO5A 1FCBA 1S5TA 1SW7A 2A7RA 3GYEA 3HIJA 1XI3A 5K9XA 4LT9A 4IPJA 5BOOA 2FPYA 3CPRA 1P4CA 5F1UA 3BW3A 4JTSA 5I3IA 3WFAA 4TU1A 3TNOA 1VQTA 3O6YX 3NDOA 3GZ3A 3EKLA 3MHGA 1MXSA 3BW4A 3I7RA 1AW1A 1TPFA 2A6NA 2VFFA 1JJKA 3C6CA 4ORMA 3QW3A 4MZYA 3KFTA 5D2WA 2W0UA 2AQWA 3NL2A 2NX1A 1RV8A 5D2TA 3W7HA 3STCA 4XZ9A 2Q8ZA 4O57A 3W7JA 1DJNA 4UIOA 3C2EA 3BG9A 3MYOA 4EWND 4M5PA 4AAJA 1LBMA 3TSBA 1VYRA 3TMLA 4MZ8A 1NF0A 4POCA 2QEZA 5D05A 3VE7A 1IXOA 3R12A 3NL5A 3MP5A 4EVZA 4FO4A 1Z42A 3MMTA 1UJPA 4LVFA 4HNNA 3DBPA 2BZNA 3QW4B 2XN2A 3EX6A 3MJYA 4X9SA 4QQ3A 4TO8A 1XKYA 3PUDA 3UWVA 1L6WA 5A5WA 3L21A 3RK8A 1T8XA 3L66A 4NX5A 5AC6A 1FX6A 3NL3A 3KX6A 4BWLA 1KM5A 2FIQA 2WQPA 1QAPA 2C0AA 1JCXA 3OA3A 3GVGA 3EWZA 4FB7A 4UTKA 5CZSA 2R94A 3S1WA 2KZHA 1OVDA 4XTIA 5E1QA 4LS2A 2GQAA 4KWWA 1P1XA 3PC0A 3P61A 4NXKA 2NLIA 1KM4A 1QDSA 2GVGA 1LOSA 3FJ6A 3CB8A 4Z0SA 2X30A 3CC1A 3BW2A 3IIOA 3NYZA 8TIMA 1VLWA 3TJXA 3W75A 1H51A 2RHGA 5D30A 4OT7A 1H7PA 1QPRA 4Q4KA 1G67A 3S0CA 1KFEA 5D2YA 3N9SA 2E5CA 1L9WA 4TMBA 1QOQA 5D03A 3LTPA 2DJLA 2Y88A 2NUXA 5H2ZA 3ZS4A 4FNUA 3CIXA 2Q8LA 6TIMA 2ZTJA 2Y61A 2PRLA 4LNYA 1I2RA 4Z1AA 4JXCA 4OE7A 3DFQA 1EP3A 2AAMA 5LKYA 4LRSA 3EX2A 4JX6A 3ZWTA 4FX6M 2EGZA 5I3FA 3ZFHA 1OFDA 2JBMA 3R89A 4A29A 1TREA 2QCCA 1XUUA 1Q6RA 3QRHA 3PR2A 4N9CA 1H60A 3TQKA 4ZQOA 4ZMGA 3OVRA 4LY8A 1ONRA 3NQGA 2ZRWA 3O15A 4JEQA 4UNKA 1FWRA 1KFLA 1HTIA 1VH7A 1H62A 4MY9A 2FPVA 5CKSA 5EYWA 3TFXA 2AGKA 1LOQA 3CLMA 3G8EA 4O11A 4UTUA 1FBAA 2VEMA 2E09A 1ZFJA 1U5JA 4OV4A 4O52A 2FB3A 4M19A 3LHTA 1VLIA 1LM1A 5HR7A 4RXFA 1W5PA 2FFCA 2HS8A 2QCNA 3M43A 2E6DA 2Y7GA 3LERA 4S1FA 3LTSA 3G1HA 3N3MA 2ABBA 4ICNA 5K4XA 2E68A 3ATZA 4MLJA 4M6QA 2C6QA 4S2BA 4NZJA 3QYQA 2V30A 2C3ZA 1B4EA 1A5BA 3P62A 1XBVA 3MP4A 1OF8A 4UMBA 5D33A 3TC6A 3LCHA 4S2CA 2C16A 4DBEA 3W2MA 1GEQA 3NPUA 3GKFA 3G3DA 3N34A 2QCDA 2H3BA 3HG2A 2BWGA 4JTTA 3S42A 1UBSA 1DKWA 3KOFA 1HG3A 4IX2A 3CU2A 1N8FA 1AL8A 1HO4A 1XL9A 3M7WA 3EB2A 1FDJA 1TPVA 1A5AA 3SECA 4FIQA 4GJ1A 1C8VA 2NX3A 1A5CA 1OABA 3NPWA 2BSLA 1TPH1 2ATMA 1YPIA 5AYYA 4UTHA 1LDCA 3RMJA 1TRDA 1MZHA 3LXCA 5LNRA 1M6JA 2QKFA 5D37A 3MHUA 1S5VA 1Q6LA 2A4AA 5L6UA 1LRNA 4KFOA 5HJLA 4TIMA 4O1AA 1CI1A 1AMKA 4MIMA 1E51A 1SO6A 2BLEA 4LC8A 2OZ0A 5U4NA 3HG4A 5FEPA 2HSAA 3TDFA 3W70A 2YYUA 3QH2A 4K6AA 4LW7A 3PY2A 1P0KA 4PFMA 2O7QA 4FX8A 1P0NA 2QCFA 2E6YA 3IRDA 1JUKA 2ZFAA 2YPIA 1ZAJA 3LHUA 3N9RA 3W7NA 1KV5A 2TMDA 4Z0JA 2FDSA 4JY8A 3TQVA 1I45A 5HQEA 3PUEA 1ZAHA 3OG3A 3A23A 3FKRA 1DV7A 2EF9A 4BFAA 5CSRA 4DEFA 5FI8A 3TX9A 5HR6A 3UNDA 2C15A 1JRCA 3UQNA 4ML9A 4O1DA 1GTHA 4LVDA 3G1YA 4UUIA 1KFBA 2DZVA 2G95A 1EP2A 4IMGA 5DCBA 5LNWA 1AG1O 5BRBA 1XDMA 2J9ZA 3TW7A 1H1YA 3GKAA 2E6AA 3LLDA 4UFKA 5LGXA 4QNWA 4O16A 4EF9A 4O17A 5DCDA 5BMXA 2FTPA 1M5WA 4AWTA 1R46A 3N73A 1JCJA 2NUYA 3NQVA 3T55A 1OK6A 2NV1A 1GYNA 3LCWA 1OFAA 3TU9A 1N55A 3W1MA 4UFHA 2H6RA 4UTLA 3TKFA 3P7YA 5F2MA 3O6CA 1W56A 4OQVA 2Z6IA 1SZNA 3E96A 4JD4A 1LRTA 4BK9A 3N19B 2B7NA 1JQXA 3DZ1A 4N02A 3IIPA 3WK0A 1GVQA 1X7FA 1W37A 3VKJA 3W87A 2ZRXA 2E5BA 1Q45A 3DKLA 5I3JA 4YMZA 3EX1A 4MOZA 4X3ZA 3CM4A 5J5RA 2TRSA 4LWWA 3GAYA 5CZJA 4AF0B 3NQDA 4NJHA 3KVJA 4JYDA 4LC6A 1L6SA 4XKYB 2Z0IA 1I4NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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