7TIMA

Structure of the triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex: an analogue of the intermediate on the reaction pathway
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the triosephosphate isomerase-phosphoglycolohydroxamate complex: an analogue of the intermediate on the reaction pathway.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Intramolecular oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 88
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 7timA00
3IGUA 1H63A 4QQ3A 1KV5A 4LUIA 3OVRA 3GLCA 4UFLA 1AG1O 1YTDA 4GJ1A 3DFQA 3FYOA 1W5PA 4IMDA 4XKYA 3M47A 2QUVA 1UUOA 4O12A 4K37A 1AL8A 3RNDA 1J2WA 3W87A 1I2PA 1JCJA 1TTIA 4FNQA 4UTWA 1GVFA 5DN1A 4P2VA 2P10A 5K3VA 2QJGA 2WNZA 3B06A 3MBFA 5BMWA 2V2HA 5K9XA 4AHOA 4CLMA 2VFHA 5K9DA 4PCFA 2Y85A 4YMZA 4IMCA 1OG0A 1W31A 5EPDA 1R46A 2ZZ6A 3SI9A 1BTMA 1G69A 4LY8A 3W86A 3NQEA 1SSDA 3W75A 5G1YA 3LTSA 2V8ZA 3G1AA 3QF0A 4NNAA 4B5NA 2RH9A 1WXJA 1L6SA 1F76A 3P60A 2FPYA 1BKSA 4LW7A 3NPVA 3S42A 1EEPA 4FNPA 1DJQA 1Y0EA 2PRLA 4RJEA 4CQ8A 4JIPA 1TPVA 2ZA2A 5LHEA 4PODA 3M43A 4GRSA 2J9XA 1LOQA 1KM5A 2ABBA 1VQTA 4S1FA 3P81A 4Z0SA 5CG7A 4EF8A 3NL6A 5D2TA 3DFOA 3S0CA 3DU0A 1MEIA 2E5CA 5KINA 4O4WA 4NZJA 4PEKA 3W22A 5KITA 3W7IA 1TPC1 5BW6A 1YADA 4NXKA 4WOZA 4K39A 3TQKA 5D09A 4XZ9A 4Y8FA 4ZQNA 4QNEA 3IGXA 5DCEA 2CLFA 2QCGA 3BO9A 4DBDA 3BGGA 1SO3A 2H3DA 4GNJA 4ORIA 3USBA 2WOQA 4UFIA 1PL9A 3P61A 5LNSA 4ALDA 3TK7A 5FEXA 1I2NA 2Z6JA 2A21A 4BF9A 3G0UA 1CI1A 3PVFA 1XL9A 4I9AA 3GKFA 5AN7A 1XBZA 4BWLC 3HO8A 4UXDA 2ZZ5A 3WJYA 4HHPA 1TTQA 1IXQA 2PRMA 5KSWA 1FWWA 3GXPA 1PIIA 1JULA 1VCFA 2HTMA 4XUGA 1XKYA 4Q4KA 3CT7A 1SFJA 4CQAA 1D3GA 3DI0A 1CX9A 3EWZA 5C2XA 1K3UA 3S5ZA 1S5TA 1Q6LA 3GNNA 3CEUA 3L65A 3O6CA 1QAPA 2ZTJA 4BR1A 2E77A 2ZTKA 3UPBA 2NX3A 3W73A 3EEGA 2GOUA 1G4PA 1TPH1 1H7WA 2I14A 2G95A 3NZ1A 3PBVA 1N7KA 1U83A 3G18A 2WV8A 1QPRA 1OYAA 1FCVA 1ICPA 1YXYA 5D2YA 2H3BA 2NUYA 2ZDRA 1EP3A 3UYCA 1N55A 3IVTA 4K38A 3LXAA 3G1YA 3G3MA 4NX0A 1OX4B 4D2JA 4HNNA 3M0ZA 3QSTA 3A9IA 4AMAA 3BVJA 5HJLA 2WSQA 4UTTA 1H7OA 4MZ1A 4UIOA 4LTSA 2A1YA 3HIJA 3W7KA 4N4PA 2XN2A 2QR6A 3P67A 2E5BA 1YTKA 3OHIA 3BLEA 2FB3A 3LCXA 3ATYA 3MO7A 3B0PA 4MZYA 1TMHA 1YDNA 3O07A 4CNNA 2LLEA 3ATZA 3EX6A 2X1UA 3GXNA 1OX6A 3MUXA 3SZ8A 3A23A 3TE9A 5CZJA 3OVQA 4M7SA 3EWWA 3GR8A 3WFAA 5LNUA 1X8FA 3FIGA 1I45A 5FF0A 1MO0A 4LWWA 4BI7A 4G1KA 4Z08A 2AAMA 3UWZA 2Y7GA 2QDGA 1LLZA 3VCRA 4UTIA 4EIVA 3MP4A 4O4VA 4LS2A 2Q8ZA 4WXZA 1U5JA 4MVAA 1W56A 4NX5A 1VS1A 4O53A 2QAPA 2EF9A 5E1QA 2ZZ1A 1TCDA 3GDTA 1FWTA 2V0TA 1X7FA 1ICQA 1P1XA 5U7SA 3HGJA 3TA6A 4FX7A 4EOUA 2X30A 4FEZA 1FDZA 3MI3A 4O57A 1O95A 1LP6A 3DXIA 1VR6A 3G22A 3QQ0A 4AH7A 2WKJA 2ATMA 4LC8A 1A5CA 3UWVA 4FIQA 2ISWA 3GKAA 3C61A 2I9EA 3F03K 3IIVA 4O50A 5L9FA 3O6DA 5HUOA 1TPB1 4GWEA 3TW6A 1FXQA 1O4UA 4A2RA 3TCEA 1H1ZA 2JKEA 1KFLA 5FF4A 1VYPX 2X16A 2P1FA 3TJXA 1LZOA 1DORA 3QMTA 1DBTA 4UFJA 3CEPA 2YW4A 3C56A 3W1MA 4UMBA 1HFBA 4TU1A 5EA9A 4RR4A 4LV9A 2FDSA 1KW1A 3W88A 2OT1A 5FF3A 3G24A 1JRCA 4JTLA 2YYUA 5CZTA 3VE9A 3NQ2A 1YXCA 1L6YA 2NV2A 3PF3A 2J9YA 4LV4A 5I3KA 4RK8A 4TX9A 1VGAA 1PVNA 1OF8A 1KM6A 3NNTA 2NX1A 1I2RA 5J5RA 4JD4A 4K8HA 3EB2A 5DXXA 1H61A 3LCHA 4ADUA 4H6KA 5D32A 1SW3A 3ZR4A 2Z6IA 2VEIA 3SSJA 4A22A 4IMFA 3W76A 1OYCA 2E6DA 3EX4A 4M6VA 5HQEA 1N8FA 3SFKA 1SZGA 2ZZ3A 4WUIA 1L9WA 1G4TA 2KZHA 4NJGA 3W7PA 2GUUA 4O18A 2YCEA 3WK0A 3W1NA 4PA8A 3W7GA 1ALDA 3C2EA 2VOMA 3LHZA 3INPA 1TPFA 5KMYA 2V82A 3I65A 3HF3A 2B0MA 3GIYA 4X9SA 3STCA 1SO4A 3PUDA 2DZTA 6TIMA 3WK3A 4UTJA 5G2WA 2V5LA 4JTFA 1V7YA 2NV1A 1QO5A 2CLOA 3NQ7A 2NXHA 1JQVA 1GYLA 2H8XA 3IIPA 4TMCA 1W5MA 1C29A 1JCLA 2QEZA 3VE7A 1SQ7A 1F73A 4JEQA 2OT0A 5AYYA 4JGDA 2A85A 3E49A 3LHVA 5F4SA 4JTTA 3MHFA 4UNKA 1A50A 3I7SA 1OFDA 1S5VA 2ZRXA 3NA8A 2ZCGA 2BWGA 3QRHA 4PH6A 4E38A 2TPSA 1ZCOA 4ZQMA 1Q3NA 3HGSA 1KBIA 5F2LA 3Q58A 3FJ6A 3N2MA 2E6FA 2DZXA 1IF2A 4QISA 3P62A 3O1NA 1XBYA 2JKAA 3O8AA 1SZNA 3MHGA 2ISVA 2R91A 5BMXA 3BARA 5EY5A 1WDWA 5TQLA 1KTCA 1O60A 3GXTA 2CLHA 1WYIA 4AEOA 4O13A 3NQ6A 3I68A 3P84A 1L2UA 3TX9A 4S2BA 1TO3A 2A7PA 3AJXA 1LDCA 3TSDA 1VJIA 5F4XA 4PC8A 2J88A 1R47A 3U8GA 4NJKA 5AHNA 4DELA 1F6KA 1ML1A 1H7PA 4UR7A 3LTPA 3LHWA 1PV8A 1KBJA 3W7MA 1KV8A 1OX4A 2B7OA 3HG2A 4MY1A 1P4CA 1WOBA 4QIUA 4FO4A 1G7VA 4Z1DA 3FS2A 4AHQA 1E51A 3NPXA 4MUZA 3A24A 5C55A 4AWUA 1PE1A 4DPQA 3MP5A 2A7NA 3N34A 1GG1A 2I1OA 3DFPA 2GVJA 3MMTA 3STFA 3SJ3A 4DBEA 1LOSA 2G5WA 1HUVA 2JKPA 2RDWA 1ADOA 2NWRA 4DQWA 1KA9F 1XUUA 3W2LA 3TC6A 4N9BA 4Y9AA 3NPUA 3CHVA 5CZ0A 2X1RA 1XBXA 2E5DA 3W7JA 3PBWA 4LRTA 2VFDA 4MY9A 4UFHA 1GTHA 3V1PA 3C3NA 1OHLA 1TPDA 4JNMA 4JY8A 2ZA3A 1W5QA 3ANYA 2RKXA 1I4NA 5MHBA 4NUWA 1W3NA 1NFBA 4K7VA 2WJZA 5TBOA 5IBXC 3PBUA 2VFIA 1DHPA 3QFEA 1UASA 4O1CA 3JRKA 3OIXA 2DZSA 3G1VA 4DF0A 3OA3A 1EPXA 3QEZA 5D2WA 3KXQA 2FPTA 3B03A 2ATSA 2TRSA 5L6UA 1FCUA 3LRMA 4IPIA 4ZL1A 3LBCA 3RK8A 1TB3A 3O6YX 1OFQA 4I7UA 1IXNA 4N9CA 3NPWA 3R5EA 3E9AA 4LU0A 4ZQPA 5CPNA 5G5IA 3W2UA 3R12A 4RXGA 4LVFA 3HPXA 3L9CA 2VFEA 1QWGA 3P74A 1KTNA 1VYSX 2Y63A 3L5MA 3TROA 4HSNA 1NEYA 4OV9A 2C1HA 4NNBA 2W79A 2NUWA 5A8GA 2OMAA 4WXYA 4XBSA 3KX6A 1TRIA 1EWDA 3B4UA 3MHUA 4ADSA 3PM6A 4A2SA 1SU5A 3W7HA 2JGQA 3VNDA 3W2MA 3EXTA 3F4WA 1YXDA 4E2DA 3NZRA 4MZ8A 2YX0A 1TPEA 3Q2DA 3T7VA 3G1FA 1CW2A 3YPIA 1LROA 4TMBA 3G8EA 1X1OA 4JTIA 3O06A 3PR2A 1KFEA 4S2CA 1AMKA 2B7PA 1DOSA 3G1XA 4W9TA 3UWYA 5I3JA 3M5YA 1F7BA 1AW2A 4YCPA 3N2XA 2RFGA 1FUYA 1WV2A 2QCDB 1VC4A 3E02A 1DJNA 4YWIA 1W1ZA 2ZYFA 1ME8A 4EF9A 3M41A 2X2GA 4RZ5A 2V2DA 1FWSA 1VYRA 2X1TA 4IPJA 3LLDA 4FNTA 5LSMA 1QR7A 1TV7A 5G2IA 3SY5A 1GVRA 1R30A 5LHFA 4NZFA 3KHJA 4JYEA 4GUJA 1KM4A 3PWAA 5LNWA 4LT9A 1K03A 3TXVA 1OYBA 3FA5A 4RCXA 1O5XA 1LRTA 2QCFA 3HBLA 3W6YA 3QSRA 3CIXA 3GNDA 3LERA 3M7WA 3LX9A 5CKSA 1K02A 3U2OA 1DVJA 3OBKA 5AC7A 1VCGA 1XDMA 2IQTA 3A5VA 3UZ5A 4HT3A 1A5BA 2QDHA 4JTSA 4N4QA 2GVLA 1FDYA 4RZ4A 4UFKA 3W1LA 3NXFA 3PG9A 1GTEA 3LI1A 1PCKA 1GPWA 2YYTA 4HPXA 2QJIA 2Y6ZA 1W54A 2BTMA 5FF7A 5LNVA 1K7FA 3KRZA 2A6LA 1WQ5A 3CQ0A 5TIMA 4A21A 5I3HA 1L6WA 3W7CA 4M6QA 4O16A 4O17A 1NAL1 4FNSA 5G1TA 3TH6A 1QO2A 1OVDA 4FIRA 3GB6A 4HN4A 4GUGA 3R89A 2ZFAA 3BW4A 3R2GA 1G7UA 1UUMA 2E6AA 4GUHA 4JTJA 4A29A 2E68A 1OFPA 3FJLA 3MWAA 3F4NA 3O15A 4K6AA 4CNOA 3T44A 4HNUA 5K7JA 4E0CA 4NVTA 2YGYA 5DY3A 5DBTA 1W37A 3CPRA 3KVKA 1YPFA 5FI8A 3W74A 1GZGA 1XI3A 3NQ8A 3KRUA 3C2VA 4KWVA 2JGYA 2HS6A 3HG3A 2E09A 2Y7FA 4KFOA 4BI5A 3RLUA 3CB8A 3W83A 3SGZA 1EX5A 3N73A 3VI2A 1AL7A 3LI0A 1IIGA 2R8WA 4OGZA 5EL1A 3LB0A 3ABOA 1VZWA 1OFAA 2XN0A 4RXFA 3BW3A 3W1PA 3ABRA 4HIBA 1SZEA 3G1SA 5LNRA 2WQPA 3MYOA 5IBXA 1ME7A 4XQ6A 2VELA 2RDTA 3WJSA 3PB0A 3MW7A 4YXGA 5AHLA 3G0XA 3GYEA 5HULA 3G0SA 4C1LA 4MKNA 1MEWA 1EUNA 3S5OA 2ZRVA 4KKXA 4WY0A 5F1UA 4DF2A 4DEFA 4QSHA 1LRQA 1TYGA 4R34A 1TIMA 1V5XA 5CSRA 1WOAA 2TYSA 4DO5A 3OEXA 3P8JA 4N02A 4DO6A 3PG8A 3M5VA 1QOQA 5D2XA 4JX5A 1WA3A 5FEZA 2C6QA 4YL2A 3L21A 1OK6A 5FEPA 1G4SA 4BI6A 5IM51 3BV4A 4LVDA 1C9DA 2W0UA 3W1QA 4MOZA 2F7FA 8TIMA 1VHCA 1Z41A 2CZ5A 2GPTA 4Y96A 1EP1A 2DZVA 4HNVA 3BGJA 4LRSA 3QH2A 5CZSA 3PSWA 5EBUA 5FEWA 1JUEA 5DCBA 2GQ9A 4O14A 3BLFA 3BK0A 2RDUA 1OF6A 2C15A 3BLIA 1P5BA 4GE8A 1Q6OA 1JCYA 1I8JA 4NQ1A 3A21A 3CM4A 2NX9A 4AWSA 5C5YA 5SWUA 4MJZA 3DKLA 4N9EA 3TMQA 4N6EA 1D3HA 3THQA 4RLIA 4HSOA 3HG4A 1ME9A 3T78A 4MLJA 5D03A 3GR7A 5AOUA 2FB2A 1K7XA 1WBJA 3W07A 1UCWA 1OFEA 1TJRA 2ZZ4A 1M7OA 1W5OA 4AF0B 3W72A 1G6CA 1SR9A 3TAOA 2CWNA 4GUIA 1JUKA 4IMGA 1PHWA 1LBFA 2V30A 3IIOA 5T26A 2QCDA 2QCNA 5DELA 4PFMA 3PC0A 4O1BA 4NJHA 2A2IA 1NF0A 2QUUA 3S8HA 4Q32A 2JBMA 5HWJA 1FY6A 1W0MA 3LLFA 1F05A 3TQVA 5ABTA 2CFFA 2YFNA 3EWBX 1JQXA 5CPOA 5D38A 3M44A 1K8XA 4UTWC 2DZUA 2Y62A 3C2OA 4GUFA 4O8RA 2WSYA 1ZALA 5AFDA 2QCCA 5GVJA 3TR2A 3W2NA 4RV8A 4JDYA 4BWLA 3PS7A 4EVZA 3FFSA 3I7RA 4IOTA 2QAFA 3EXRA 3W7EA 4FX8A 2G96A 4LVGA 2Y88A 3TAKA 4K7YA 3UZJA 5G4WA 3LXBA 1XM3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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