8A3H | Genus

Total Genus 120

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	300
structure length	300
Chain Sequence	SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQFVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPSVKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYKEEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTWGNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDVHHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYALDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFMDERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEAELSPSGTFVREKIRES

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7749170640438__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7749170640438__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/8A3H/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7749170640438__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7749170640438","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/8A3H/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7749170640438__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d08f0f9fbd72730990a90ad/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d08f0f9fbd72730990a90ad/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d08f0f9fbd72730990a90ad/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d08f0f9fbd72730990a90ad/pdb.gz): 348 ms

reading 300 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

300 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:299});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus agaradhaerens
publication title	Lateral Protonation of a Glycosidase Inhibitor. Structure of the Bacillus agaradhaerens Cel5A in Complex with a Cellobiose-Derived Imidazole at 0.97 A Resolution pubmed rcsb
molecule keywords	PROTEIN (ENDOGLUCANASE)
total genus	120
structure length	300
sequence length	300
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	1999-01-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	8a3hA00

4HOXA 1JNEA 3VGBA 2BFGA 1CXFA 5D9PA 4GPNA 4AEFA 3QOMA 5ABGA 2DEPA 3GBDA 4HA4A 4L4OA 1BTCA 3UEQA 1W3JA 3W24A 5I24A 1PPIA 3L4UA 3RPMA 3VVGA 4OJYA 1KXVA 1WAWA 4PUEA 1O6IA 3ZR6A 1FOBA 3BLPX 2ZXDA 1NWTA 1MW2A 3BAIA 1F4AA 3VDBA 4ACZA 2PWGA 2WMFA 5KEZA 2WVVB 1BVNP 3DYMA 4AZGA 5CLTA 4HMDA 3AMKA 1KQZA 1JDDA 1SMAA 2ZICA 3VGFA 3WD0A 4TXEA 4GIAA 3WNMA 5KZ6A 2G8ZA 2D3NA 4KGJA 2YL5A 1UKOA 4TVCA 2Y24A 3IK2A 2PWEA 3FW6A 1XV8A 3GH7A 4U2ZA 2ZWYA 4JAWA 3AYSA 1JYNA 2JEPA 3VMNA 2CYGA 5CPSA 2DSUA 1RP9A 2VRQA 2WANA 3W82A 4AISA 4OZOA 3MANA 1CZ1A 2DIEA 1BHGA 2UY5A 1XH0A 1K9FA 1E56A 5I78A 1XHGA 4J3WA 3GNPA 3CZ8A 2WCSA 4UR9A 3NJ3A 3CUIA 5DF0A 3AMCA 2O9OA 3RDKA 1EA9C 2XVLA 2G41A 3RMEA 1WZLA 1JZ4A 3EMCA 1JZ2A 5IHSA 2V3EA 3PZ9A 4QP0A 3T09A 2CEQA 4XZBA 3VIGA 2VX4A 5A8QA 5I2UA 2J77A 1E4IA 4URIA 1V6UA 2VX7A 1EOKA 1TVPA 3ARWA 1CXLA 2OYMA 3VIFA 1E5JA 1FFQA 3PZTA 4ZEPA 3ZT7A 3RJXA 1UD2A 3MKKA 2XM2A 4C7FA 4JFWA 1E4LA 3WDJA 1JZ3A 1VEPA 4ATLA 1RPKA 2XFRA 1SMDA 2RGLA 2J7DA 3ARYA 1BQCA 5A8PA 1OGSA 4AZ5A 4CVWA 1UWUA 4JCMA 2XVPA 3NSNA 3OGSA 1MYRA 3WF2A 4D6DA 4S3KA 5DO8A 1KWGA 4CUCA 1OM0A 1KGWA 3M46A 4PMDA 5EFDA 4UZUA 2WHMA 3AHXA 1ZBWA 1TE1A 1XC6A 2VR4A 2D23A 1J12A 3A3HA 3EMZA 2E8YA 5D9OA 4D6GA 4EAMA 4AZCB 2D22A 2NW0A 1WCGA 2Y4SA 4UQEA 1NH6A 4ZE5A 2VCAA 4DWSC 2J8GA 2GUYA 1W2PA 3WKZA 2J79A 5BRPA 2W61A 2VRKA 3WQVA 5HDRA 3K1DA 3WH6A 3AMLA 4PN2A 3UG4A 4CVUA 3SCUA 1W3KA 5CGTA 3MUIA 1M01A 4H41A 6A3HA 1R87A 1JZ5A 3PZQA 5BXPA 3SCQA 1CGXA 4UQAA 1V3HA 3ARRA 5LA0A 4WSJA 4HOWA 1NP0A 3TOPA 2BY3A 1MQRA 1OCQA 4UFJA 1IV8A 4BQ5A 3N15A 1W1VA 3LPFA 1JZ8A 3ZMRA 1KXHA 4P7RA 1UYQA 1JFHA 5LYRA 2WW5A 1C8QA 3SIMA 2XUCA 2WMIA 3AIBA 3WD4A 1VF8A 2BY1A 2A3CA 1OIFA 1UKSA 4HP5A 3UETA 3AIEA 4UQDA 4W89A 1GW1A 5M3WA 3OGVA 1GNXA 3AICA 2OLHA 3WDPP 1HXJA 4D6IA 4QFUA 2XVNA 4AD1A 3VOCA 1WB0A 1QW9A 3FAWA 5I6SA 2GJXA 4IM4A 1UWRA 2BY0A 1QI5A 3BCDA 5I0DA 1AQHA 2G3NA 2QMJA 5GQBA 1CWYA 4KGLA 1CXEA 1I1WA 2X09A 1KQYA 3VILA 4FMVA 1C8YA 1UR4A 4KWUA 1CLXA 3VNZA 1ISZA 2WZHA 1K9EA 1F4HA 3JUGA 3AFBA 2WYSA 4PMRA 4DUXA 2DT2A 1VJZA 1E55A 1E6ZA 1MQQA 2BS9A 2AMGA 3CUJA 4Z2JA 1JAEA 1NARA 3K8LA 1CGWA 3A4AA 3WIJA 1WZMA 4GQRA 3T2QA 2YL8A 3WY1A 1EQPA 1L8NA 3CZJA 1AQMA 2XFYA 1MVYA 2EEXA 1P6WA 4GO8A 1E72M 1UUQA 3WDIA 3VTRA 5A6LA 2YLAA 3WQ6A 3QR3A 1HJWA 4Z2KA 1ZBCA 2X1IA 5A94A 2W91A 5HOSA 4EE9A 3PTQA 1A3HA 3ZIZA 3THCA 1B2YA 4AWEA 3AXHA 1E3XA 4GZJA 2FH8A 1HIZA 2BHUA 1BYBA 4E8DA 1VAHA 2JFEX 4PMYA 3AIRA 2E8ZA 3VINA 4MDPA 2CBVA 1OD8A 4D71A 1L0PA 5CSYA 4UNIA 2VVNA 5GNZA 3AIQA 1PIFA 1W1TA 3W38A 1W32A 2WC4A 2VOTA 1E6PA 3EBVA 1G5AA 2VUYA 1B1YA 2A3AA 3SCOA 5I5RA 1NWUA 5A3HA 1XSKA 3OGRA 3I3BA 2YL9A 4QLJA 5E6YA 3UERA 1NOFA 3CZKA 1W9XA 4XV0A 3ARQA 3OA5A 3WL1A 4WJXA 4FLRA 1US2A 1MFUA 1UWTA 3QHOA 4E8CA 3PBGA 5DT7A 3G6MA 1EXPA 1CTNA 2IXVA 4UQ9A 1C91A 1Y7VA 3IJ7A 5A6JA 3B9AA 4TTUA 4A3YA 3KZSA 2W66A 3ZQ9A 5I77A 4QLKA 2Z1KA 4W8BA 4NRRA 4HOZA 2AAAA 3PZGA 2VCCA 3L2LA 4ZXOA 4TOQA 2VZSA 5M03A 1TZ7A 4ML4A 2CPUA 2EPKX 3ZJ7A 2EQDA 2WAGA 2WMKA 3HJEA 2X0HA 2DH3A 4GQQA 2PB1A 3VNYA 3VX1A 1FH7A 4BCEA 1UWQA 4PSRA 1ODZA 1UKTA 4CKQA 1MXDA 4W7UA 1PZ3A 3ARUA 1E3ZA 1QPKA 5IFPA 1M04A 1BGGA 1W1PA 4GXPA 3WD3A 2QPSA 1B9ZA 4DWSB 1SFSA 1XD1A 1G01A 1V0KA 4YHEA 3FN9A 3WUGA 1J10A 2J75A 5FL0A 2WKGA 1W1YA 4RE2A 5I3DA 3CTTA 7TAAA 1CNVA 1C90A 3WD1A 3QOKA 6CGTA 1VFFA 4LXFA 2BVTA 2C8NA 1Q6GA 1JI1A 2WPGA 4DM2A 1HKJA 4D6HA 2YDSA 4GINA 3CUFA 1X6LA 4M82A 4NSBA 4IISA 2RGMA 4TX6A 2BHZA 2EJ1A 3SUWA 4JCLA 4NF7A 4S3JA 5IHRA 2XYLA 4Z2IA 3AXXA 4UOJA 3KL3A 1B90A 3ZSTA 3OBAA 1E6NA 2ZOXA 1D7FA 3WUBA 3W53A 4M8UA 1VBUA 1VEMA 3UESA 2WXDM 1HN1A 1W9DM 1EGZA 3GNRA 2CCRA 4HMCA 4C7GA 1QNPA 1U30A 1CXHA 1V08A 1M53A 4OOUA 5BROA 2YOCA 4P7LA 1HNYA 3VIKA 1TG7A 1C8XA 4HZ6A 4PMUA 3W29A 2ZXQA 3K4DA 2J7HA 1K9DA 1E73M 1XSIA 1JAKA 1K6AA 3RO8A 3NYDA 4M1RA 2GFTA 1LWJA 2ZXBA 1J01A 1D2KA 1QBAA 1PZ2A 3D3AA 3LPGA 3GH5A 1MQPA 1J11A 2D24A 3AS3A 2VZOA 3A4WA 4RE4A 5BRQA 1FP9A 1HP4A 4AZ7A 4AZBA 1PX4A 3NUKA 4U3AA 4ACZB 1Q6EA 5ABFA 4V28A 3MSGA 4H8VA 1TVNA 2DPEA 3PN8A 4ACYA 1C7SA 1HJUA 1U2YA 3VD7A 2QMKA 1W91A 5E6ZA 1LQ0A 4TVDA 3ZM8A 2FGZA 2V5CA 4KRUA 3EDFA 3W81A 3L4XA 3N17A 3CUGA 2EBNA 3PZUA 3GZAA 4HPHA 4F9JA 1WP6A 2YBUA 4CD7A 3ARVA 3ARTA 4FLOA 3OB8A 4QDMA 4PSPA 1CXKA 2XWEA 4MNMA 3SUUA 2FH6A 3KE0A 1HL8A 1VIWA 2J74A 1GVIA 1J0JA 3SCRA 3BGAA 2PBOA 2XSAA 2D1ZA 4MPKA 3BXWA 4F66A 1EHAA 2YA0A 3AMGA 3OZOA 1H41A 3PHAA 4ZE4A 1K9TA 2MANA 4L4PA 1B3WA 2DDXA 3AIUA 3RJYA 1QW8A 1BPLB 4GI9A 2C0HA 2DIJA 5GPRA 1Q6CA 3CIVA 3OLGA 4AYSA 4F9DA 5ABHA 1UR1A 1UHVA 4MJ2A 2CERA 3WMBA 1UH3A 3L4TA 5GNXA 1KCLA 1CIUA 1JYVA 5FD0A 5HBFA 2DSZA 1UOKA 2XPKA 1KWKA 2EXOA 2XFFA 4U33A 5CSUA 4HTYA 2BNJA 3M07A 5FIPA 3WBAA 2BXYA 4LYRA 3A4XA 5I23A 3AISA 1J18A 1C3FA 1ESWA 4JHZA 4B3LA 4LPCA 4N42A 2PBGA 2CHNA 1GOKA 5JIPA 2PI6A 2W62A 4F8XA 5E0CA 1XCWA 1UWIA 3WFZA 1ZB5A 4MTVA 5HPCA 1R86A 3VO0A 3VIPA 2EPLX 2VC9A 4B3KA 1PBGA 5CLWA 3SUTA 2J7CA 1AVAA 2XTKA 4NI3A 4AD2A 1GPFA 3SUVA 1HVXA 4JFSA 3T2OA 2W5FA 1H0GA 3QGVA 2J7BA 4AY1A 3GTNA 1ZBKA 1TUXA 3VGDA 3VD4A 1AQ0A 3MMWA 1B3ZA 2JE8A 4UFLA 2QHAA 1IZKA 2E0PA 1JGIA 3POCA 1B3XA 2W92A 4ATWA 2VZVA 3BCFA 2WWCA 3WQ8A 1TFVA 3ZR5A 1OT1A 1OSEA 1PX8A 4PMXA 2UY4A 3WENA 3RM8A 3BH4A 5FL1A 3GH4A 5FKYA 3DC0A 3VDCA 3CHCA 1E43A 1NWRA 2E9LA 2WBKA 3L2MA 1WDPA 3FHAA 3VIMA 3WEMA 4W87A 5A69A 1PX3A 4Z2HA 2OYKA 2ZUMA 4Z2LA 5BXTA 3L4VA 1H11A 3VX0A 3WQ5A 1MW0A 3AS1A 3DECA 1IZJA 3CHFA 3ARZA 4C7DA 2OWWA 4Y7EA 1KBBA 4FLSA 1KCKA 2V3GA 1B3YA 1BYAA 2ZX7A 3OZPA 3LPOA 1CGUA 3AJ7A 4M24A 4HPGA 4PEEA 4AIUA 4U2YA 2J47A 3ARXA 4J3UA 3OIHA 3WH9A 2WMIB 4PMOA 4CU6A 1OWQA 3BAKA 3WF1A 4CD6A 1J0ZA 1CGYA 3L4YA 1V3JA 4J3SA 2Y8KA 3SCTA 1RH9A 4YN5A 1OB0A 3WELA 2G3JA 5EB8A 2VZUA 1WDSA 3MUY1 5CZKA 2GJXB 1GOWA 4ZFMA 2FDMA 3F5LA 1FFRA 2VRJA 2QLYA 3ZJ8A 1E4MM 5E0FA 4WKAA 3BAJA 1ISXA 4JKMA 3TTYA 4MB3A 3U7VA 3VPLA 1DEDA 1HT6A 3GXFA 3WF0A 1OINA 4E4PA 1G9HA 3VM7A 2EPMX 4ZXLA 1QHOA 2BVDA 3VIHA 3WFLA 4CN1A 4PUDA 4K68A 5LA2A 1NM9A 2FHCA 2A3BA 1E71M 4X0VA 5IDIA 1W3LA 1M03A 1I75A 1QNQA 2YL6A 5M5DA 4YHGA 1J9YA 2CBUA 1WZKA 2G3IA 3MMDA 1VRXA 1V3LA 1JXJA 4UFIA 2JIEA 2JF7A 5BXRA 4CD8A 4TX8A 1JZ7A 1A47A 1GQKA 2PF0A 1UKPA 5D9MA 3AIVA 1E6RA 4MB5A 4W5ZA 3EDDA 4QAWA 3N04A 3ZOAA 4UFHA 3NSMA 2EPNA 5A8MA 1M7XA 2X05A 1EDQA 1GQIA 3SCPA 3ZT5A 1DHKA 4UCFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1C93 A;  1EJS C;  1M9H A;  3TTO A;  5A95 A;  1K02 A;  3RCN A;  1N7K A;  1JDC A;  2PTX A;  2CBI A;  4B9Z A;  1IR2 A;  1SZN A;  4OV4 A;  2RJH A;  3LTY A;  4IQE A;  1WV2 A;  4JD4 A;  1CLV A;  3C8N A;  2NV1 A;  4LT9 A;  1RXO B;  5F4X A;  4A3U A;  4QQU A;  3RGT A;  2WVT A;  4NG3 A;  4HYW A;  4QG6 A;  1HQT A;  3GRI A;  5AHM A;  2PTD A;  1Q6D A;  4GUI A;  5J5D A;  2WNW A;  3MMU A;  1JD9 A;  1YDN A;  3EXT A;  1QBB A;  1E0W A;  3FY1 A;  4H8H A;  3SQL A;  1N82 A;  1IEX A;  2J78 A;  4FHA A;  4DBW A;  1IXN A;  1T41 A;  4XBK A;  3K4A A;  3WUF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 4HOX A;  1JNE A;  3VGB A;  2BFG A;  1CXF A;  5D9P A;  4GPN A;  4AEF A;  3QOM A;  5ABG A;  2DEP A;  3GBD A;  4HA4 A;  4L4O A;  1BTC A;  3UEQ A;  1W3J A;  3W24 A;  5I24 A;  1PPI A;  3L4U A;  3RPM A;  3VVG A;  4OJY A;  1KXV A;  1WAW A;  4PUE A;  1O6I A;  3ZR6 A;  1FOB A;  3BLP X;  2ZXD A;  1NWT A;  1MW2 A;  3BAI A;  1F4A A;  3VDB A;  4ACZ A;  2PWG A;  2WMF A;  5KEZ A;  2WVV B;  1BVN P;  3DYM A;  4AZG A;  5CLT A;  4HMD A;  3AMK A;  1KQZ A;  1JDD A;  1SMA A;  2ZIC A;  3VGF A;  3WD0 A;  4TXE A;  4GIA A;  3WNM A;  5KZ6 A;  2G8Z A;  2D3N A;  4KGJ A;  2YL5 A;  1UKO A;  4TVC A;  2Y24 A;  3IK2 A;  2PWE A;  3FW6 A;  1XV8 A;  3GH7 A;  4U2Z A;  2ZWY A;  4JAW A;  3AYS A;  1JYN A;  2JEP A;  3VMN A;  2CYG A;  5CPS A;  2DSU A;  1RP9 A;  2VRQ A;  2WAN A;  3W82 A;  4AIS A;  4OZO A;  3MAN A;  1CZ1 A;  2DIE A;  1BHG A;  2UY5 A;  1XH0 A;  1K9F A;  1E56 A;  5I78 A;  1XHG A;  4J3W A;  3GNP A;  3CZ8 A;  2WCS A;  4UR9 A;  3NJ3 A;  3CUI A;  5DF0 A;  3AMC A;  2O9O A;  3RDK A;  1EA9 C;  2XVL A;  2G41 A;  3RME A;  1WZL A; 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8A3HA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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