8TIMA

Triose phosphate isomerase
Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH9 (198-203)O1 (2-4)TI1 (223-226)EMPTYS8 (228-231)S1 (7-11)TIV2 (34-37)S3 (60-63)TIV1 (12-15)AH4 (96-101)AH1 (18-30)AH2 (48-54)TIV4 (56-59)3H1 (45-47)S4 (90-93)TII1 (74-77)O2 (72-74)AH3 (80-86)AH5 (106-119)S5 (122-127)3H2 (157-159)AH7 (138-152)AH6 (131-136)S6 (160-164)AH8 (178-195)TIV6 (166-169)S7 (206-208)AH10 (216-222)AH11 (238-245)TIV10 (213-216)3H3 (233-236)S2 (38-43)TIV5 (154-157)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
publication title Triose Phosphate Isomerase
rcsb
molecule keywords TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
total genus 87
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1998-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 8timA00
3W1XA 1TJPA 5LHFA 4O57A 4FNRA 2VC6A 1BKSA 5L6UA 4FNQA 1J2WA 1W3TA 1S5WA 1Q6QA 2E77A 3O8AA 3OVRA 1K8ZA 2WNZA 4O11A 5I3IA 2J27A 3G1VA 3W1UA 2VFHA 4BK9A 3PWAA 1FX6A 1TPEA 1PHQA 1ZAIA 3G1HA 3C61A 2JKPA 5HINA 3UZ5A 4YMZA 1VYSX 1NFBA 2FTPA 3VCRA 1OFRA 4XKYA 1I2OA 3GAYA 3SIZA 2Y7EA 4O15A 4O16A 4HNNA 3PC0A 3Q94A 1RZMA 1W5NA 3VKJA 1TPDA 4M7TA 1KLZA 4FX7A 3HG2A 1KV5A 1TPWA 4S2BA 2DZUA 3IIPA 2B7QA 3SW6A 3LRMA 3W74A 1GOXA 1H51A 1VCVA 1XFBA 5AYXA 4M19A 4A21A 4ZZ9A 4MIMA 3HGOA 1QCWA 1WAUA 3O05A 1TTPA 3IVTA 2Z6IA 3M9YA 1R2SA 1M7PA 3GXPA 4Z1CA 1LOSA 4UUIA 5DBTA 2KZHA 1AL7A 1WX0A 1JR1A 4MY8A 4YXGA 4UFIA 1LYXA 1XKYA 2WO5A 1IGSA 1SU5A 1ADOA 5CGQA 3SY5A 3F4NA 4ZMGA 3B0UX 1SZGA 2X1UA 5FEWA 4TO8A 1KFBA 1QNVA 4YLWA 3HMJG 3W7PA 4Y90A 3NVTA 3QF0A 4LC6A 4E0CA 4LRTA 1YDNA 3TA6A 3BW4A 3STFA 3BLEA 2NUYA 1FXPA 1O60A 1LROA 5E0KA 3LXCA 4O1CA 4BWLC 1XBYA 4LW7A 3TW6A 2ZZ3A 4JTKA 5FF4A 4H4IA 1FDYA 2QJHA 4O0KA 3JS3A 5DXYA 3NEVA 1O95A 2C19A 1YYAA 4MYXA 4K8HA 4QISA 1F76A 4PA8A 1J4EA 4L4MA 5FEZA 4KFOA 4NXSA 5TQLA 5GVJA 1F73A 3R12A 2GJNA 2YSWA 3VFLA 4XTIA 1NEYA 1VHCA 3SI9A 1EX5A 5EL1A 2ZA2A 4Y9AA 1ALDA 3LCWA 5AYYA 3HB9A 3CM4A 4WUIA 1FBAA 1YPIA 5T26A 3RNDA 3WJYA 4IMCA 5HR7A 2ZA1A 1V5XA 3O6DA 4GNJA 1H7WA 4N9DA 4PODA 5I3FA 4O19A 4BWLA 1VLIA 3YPIA 5I3KA 3UY7A 5IM51 4WD0A 5LZLA 3SFKA 3W2JA 3B03A 3W87A 1FWSA 4LVGA 3QMSA 3W7QA 2PCQA 5CZ0A 3CLMA 1TQXA 2TPSA 1BWLA 4O18A 4O50A 3G0SA 2QUUA 3NM1A 4GUIA 4L4LA 5LNWA 1O5KA 3UWQA 5AFDA 5KINA 4FO4A 1DL3A 2CZ5A 3R5EA 2RHGA 1SZFA 1ZY9A 1QOPA 2CLMA 2V2CA 3A24A 3NM3A 3RFAA 4AEOA 5MHBA 5J5DA 1NAL1 3P80A 5G4WA 3HGRA 4ZVJA 1LZOA 1OJXA 4CCDA 5CPOA 4FB7A 2V9DA 4K38A 2OJPA 3C2VA 3H53A 4K7VA 2CZFA 1IXPA 2P1FA 3S8HA 4JN6A 1JUBA 2ISSA 2VEMA 5J5RA 4ALDA 1RVGA 2G96A 3MI3A 3OVPA 4WOZA 3TR2A 3NQAA 5D32A 2C0AA 3EX1A 4TMBA 4MY1A 4JDYA 1DJQA 2HTMA 3W07A 4AWSA 3THQA 3GKAA 3ABQA 4TX9A 4POCA 1QPRA 2W79A 3BO9A 3O1NA 3IEBA 4IQLA 4NUWA 1Q45A 2ZZ1A 1YADA 4A22A 4TR9A 3DENA 1FWNA 3CQ0A 2BTMA 1FCVA 4LUIA 3MYPA 4FXRA 3W7CA 4JY8A 1A5SA 1HFBA 2IQTA 2O7SA 3VE9A 3NO5A 4HPXA 2ATMA 1L6WA 1JVNA 1XC4A 4UNKA 4K8EA 3NQ6A 3RK8A 3P61A 5LSMA 3LXBA 1HL2A 1LOLA 2E6DA 4RJEA 4OT7A 3CTLA 4UR7A 2J9ZA 3IIVA 1SSGA 5ABTA 2QUTA 5L9FA 1W31A 1XI3A 3SJ3A 2RH9A 5CSRA 3NQVA 3QRHA 1Q6OA 4KFPA 5HR6A 3W1AA 1KTBA 3PG9A 3EB2A 1XCFA 1M6JA 5C5YA 4GJ1A 4M6PA 2ZRVA 3M1ZA 4RXFA 3G3MA 5K9DA 1ML1A 5D30A 4EWND 2G5WA 3GB6A 4R33A 2GQ8A 1JULA 3CB8A 5G4EA 4DF1A 3G0XA 1FXQA 2QF7A 5HWJA 3E12A 2Q3OA 1I4NA 4UTTC 4ZQNA 4AHOA 2OCZA 1SO4A 1VH7A 1G67A 3I68A 3W9ZA 5AC8A 5D38A 1GQNA 3S1XA 1WBHA 5AC7A 1WYIA 3GDKA 4JEQA 2XFWA 4DELA 2AAMA 3P5YA 3EXRA 2EPHA 3G1AA 2ZRZA 4AXKA 1XUZA 3L65A 4Z0JA 1NVMA 2WSRA 3N34A 3UPBA 4DEFA 2ZTKA 3NQEA 3S1WA 3UWZA 4JYEA 5LNUA 2FFCA 3LDVA 4FF7A 3P84A 4I9AA 2V2DA 3RLUA 1OG0A 1QMLA 4UMBA 3BLIA 3DHFA 2BLEA 2X16A 4N9CA 3O6YX 4N2YA 2BSLA 5D2WA 3DU0A 2BZNA 2OMAA 4P2VA 1KBIA 4JTEA 3W3OA 1QDSA 4QIUA 3UQNA 3NA8A 3LTPA 3L9CA 2FB2A 1AG1O 4U4MA 4E2BA 3MWAA 1F6KA 1LBMA 1UBSA 4ORIA 3W7LA 1SPQA 4HIBA 1I2RA 2GJLA 4XQ6A 3T4CA 3M43A 4AMAA 2NUXA 5KZEA 3S6DA 3PB0A 5LNSA 1OFOA 1EPXA 4O17A 4LOCA 4CNNA 4PL2A 4CQ8A 4RKAA 4CNOA 4JYFA 5HULA 1P5BA 2ZCGA 4ORMA 2Y61A 1T8XA 2H8XA 4UFMA 4JX4A 3MMTA 3CEUA 1G4PA 2J6XA 3HQ1A 4WXYA 5K9XA 4D2JA 5LNVA 4S1FA 3R13A 3DFNA 3FA5A 3DBPA 2X1SA 1QPNA 3ELFA 3O6CA 3M5VA 2PC4A 1X6UA 5FF3A 3LLDA 5CPMA 3E0IA 4ICNA 3W2MA 1W54A 2CLIA 3EWWA 3TJXA 4EF9A 5BW6A 1YPFA 4RLIA 5G1YA 1LRTA 1NF7A 2BXVA 2RDUA 3S5NA 5AOUA 3T40A 2CLFA 5EY5A 3UXAA 2C1HA 3A9IA 3CHVA 1R2RA 1W3IA 3KFTA 2YFNA 4MUZA 5BMXA 1QWGA 2NXIA 2ZYFA 5K3VA 3ZWSA 1GTEA 4QM1A 2QKFA 3HIJA 4HSNA 2DZTA 3DFSA 5TIMA 5G1TA 4NQ1A 3W83A 1TTJA 3DFQA 5K2ZA 1YXCA 3L21A 4XWUA 2NV2A 3G0UA 4CQ9A 1FUYA 4FHAA 2J24A 1ME7A 1RQHA 3T55A 4UTJA 2JK2A 1W56A 1KM6A 3T44A 4UTIA 5F4XA 4N9BA 3PR2A 3LV5A 5HMSA 3LLFA 3O07A 5AB3A 3TU9A 3UXDA 3SECA 2QCNA 4JTTA 2QUVA 2I14A 3PB2A 1SUXA 2ISVA 4KFNA 4JICA 2YCEA 1ZHAA 3L5MA 5BMWA 1TTIA 3FEMA 2Z2UA 3PUOA 4ADUA 3U8GA 3UWUA 4NXKA 3BW3A 3L68A 3G24A 1SSDA 3N2MA 5FI8A 3HOJA 4JIPA 1XDLA 3W7GA 1SFLA 5D03A 3TSDA 4LV9A 2NXHA 1A50A 3M47A 1W37A 5FEPA 4AB4A 4NVTA 4W9TA 5G5IA 3MI2A 5DY2A 5DCBA 1HG3A 3PUDA 4XZ9A 3NZRA 4M6VA 5G2HA 1C29A 3BG3A 2B7PA 3KHJA 1B9BA 3NQ8A 4UFKA 2E6YA 1WOBA 2C6QA 3F03K 3TXVA 1DJNA 2X1RA 2JGQA 1MO0A 1XL9A 3PBUA 3TK7A 5H91A 1FCUA 1CI1A 1TPC1 2DJLA 2FQIA 4FNPA 3E02A 5G2WA 4I7VA 5I3GA 3GYEA 4Z1DA 1JRCA 3LOTA 2ZZ6A 4LNYA 4LVBA 5LGXA 4Y8FA 1FWWA 3P7YA 3W7HA 1PHWA 2GVLA 2ZRYA 1KFEA 1G6CA 4GUGA 2OX1A 3BPWA 3O15A 4N4PA 3L0KA 4MFEA 2ZZ4A 3L5AA 4C1KA 3CWOX 1H1YA 2RKXA 3TSMA 2C13A 2R91A 3EWXA 3WJXA 5D37A 3ANYA 3WK0A 1AW2A 4CLMA 5F2GA 4YCPA 3MI6A 3JR2A 3G8RA 2D73A 1VPXA 4NNBA 1U5JA 1MXSA 5KSWA 4AVFA 4FIRA 3G1DA 3HF3A 1WDWA 3D0CA 1OVDA 3SR7A 1FY6A 4FX6M 4IJBA 2HS8A 4GUFA 3STEA 3Q37A 3NGJA 3ZWTA 3M5XA 5H2ZA 1TPFA 2V8ZA 3GXTA 4ONVA 3W88A 2RDWA 2Y70A 3LB0A 1DKWA 3TH6A 3HPXA 1KM4A 1ICSA 1EIXA 3NL3A 4FEZA 4KWVA 5F2LA 1W8SA 4P61A 1VR6A 1ICPA 3MYOA 2OT0A 3IVUA 4HKPA 3LCFA 4A29A 3PVFA 4X9SA 3LCIA 4O28A 4DQWA 4LTSA 3I6RA 5KTLA 4XTDA 3MUXA 3TC6A 3M41A 3W7JA 2YXGA 1MEHA 2DZWA 5AHNA 3NL6A 3W1RA 1TRIA 1KM5A 4UFJA 2QJIA 4UFHA 1K03A 4JXCA 3QSTA 2X2GA 2Z6JA 1N55A 3EEGA 5U4NA 3TQ0A 3UY8A 1NF0A 4MJMA 3TFXA 5K4XA 1G4TA 5D2YA 5BNKA 2ZRXA 2E6AA 3CWNA 5AHLA 1TV8A 1JUEA 4E2DA 2ZRUA 1F74A 1KFCA 2DZVA 3R8RA 1XBVA 2B0MA 3BK0A 1H50A 3TV8A 1W0MA 1AK5A 2FLIA 1MEWA 2YYTA 3O06A 5CZSA 3W7MA 2PRMA 2OT1A 3LHZA 1HTIA 4AAJA 1H61A 3BG9A 1YTDA 3U2OA 1S5TA 3KOFA 3NL5A 4K6AA 4NJGA 2E1DA 4DPPA 2FIQA 4AF0B 1N7KA 7TIMA 1EUNA 2Q3RA 1RV8A 2QCDB 2Y6ZA 1YXYA 1OFBA 1R46A 1L2UA 1AL8A 2DORA 3A23A 2QDHA 6TIMA 2VEIA 1EWEA 3W2UA 1GG0A 3DI0A 3W70A 1VYRA 2QDGA 5EBUA 4UTWC 2NX9A 5IBXC 4PFMA 3TFCA 1H1ZA 1JUKA 1B4EA 3PS7A 2YW3A 1W3NA 2ZRWA 3LM7A 1MSSA 4CNPA 3QW3A 4FNSA 4JTUA 2CZEA 1KBJA 4QQ3A 3GX9A 4MY9A 4NJJA 5DCEA 2FPYA 3N9RA 1SR9A 2CWNA 4LVFA 3C3NA 5F1VA 1K7XA 4R7JA 4WXZA 1QPOA 2DU2A 3W2NA 3CC1A 3WK2A 3B04A 4OBTA 3I7RA 3GDTA 5CZJA 5D2XA 4O53A 2FDSA 3QC3A 5DLCA 3IRDA 4GC4A 3EKZA 3THAA 1HO1A 4EF8A 2FJKA 2WQPA 4MLRA 3BGJA 1YLVA 2I9EA 3QM3A 3AO0A 1BEUA 4TIMA 3LBMA 3HG4A 3C2RA 1VHNA 2VEKA 2A21A 3FYOA 3M5ZA 5AC6A 1TV7A 2CLLA 1VGAA 1DQXA 3R2GA 4HPJA 2ABAA 4ZL1A 4XUGA 4AHQA 2WOQA 1OX4A 2NX1A 3CT7A 4E38A 5C2XA 3ABRA 2GVJA 2WSQA 3BGGA 4ZQMA 3TC7A 3W72A 3P82A 1SO6A 4DBEA 3W2LA 1O4UA 1L6SA 4OWGA 1LDCA 4O4VA 5HWMA 1OYAA 2VFDA 2H90A 5U7SA 1S3HA 3LTYA 4EIVA 5CKSA 1LM1A 1TB3A 4NX5A 4CCCA 5DY3A 1LORA 1EEPA 3GZ3A 1EP3A 5HWNA 3G3DA 1Z41A 1L9WA 4ML9A 2XN2A 1W1ZA 3UYCA 5E93A 5AHIA 4DXVA 4IMGA 1SO5A 1GYNA 2NWRA 2GQAA 2YZRA 4JIQA 3TAKA 1ONRA 3OBKA 3W73A 3R89A 3NQGA 4GUJA 1VYPX 3NDOA 3QMTA 2C15A 4QAIA 3M7WA 3UNDA 3SSJA 3PSWA 5D09A 4UTMA 3NPXA 3TSBA 1GVOA 1C9DA 3OEXA 1VCGA 1TRDA 4PCFA 3W85A 1MZHA 1LLWA 2V5LA 3OHIA 3P67A 3JRKA 4PTNA 1PE1A 2J9YA 1B3OA 1VLWA 5D02A 1UUMA 4Q4KA 1THFD 1X1ZA 1ZAJA 3ATZA 1WXJA 3W76A 2DZPA 5EYWA 5AYZA 2A7NA 4Y6GA 3NR0A 3TE9A 3B0PA 3ABSA 1VS1A 1KM1A 2A5HA 2P0OA 1ZENA 1R30A 2ZFAA 2E09A 1LLZA 3LHUA 3N9SA 4IOTA 4YCOA 4UR8A 1N8FA 2F84A 3NL2A 3LCXA 1OFPA 1VQTA 3FJ6A 1IF2A 1DBTA 4UTTA 5CG7A 4A2SA 3LXAA 1PS9A 4O13A 1ICQA 2Q8ZA 3W1TA 1JCXA 3SGUA 3W75A 2VEPA 2CW6A 2HSAA 2NX3A 4H3DA 2DJXA 2VKZG 3T7VA 2A0NA 1GVQA 2BX7A 3GAKA 3HJZA 3MW7A 3G8EA 5KZMA 3EWBX 1V7YA 3LV6A 3NAVA 2QAFA 3W84A 4DO6A 1QO5A 5KMYA 3BARA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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