2A4AA

Deoxyribose-phosphate aldolase from p. yoelii
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
256
structure length
250
Chain Sequence
NYTEKFAAWSVICLTDHTFLDENGTEDDIRELCNESVKTCPFAAAVCVYPKFVKFINEKIKQEINPFKPKIACVINFPYGTDSMEKVLNDTEKALDDGADEIDLVINYKKIIENTDEGLKEATKLTQSVKKLLTNKILKVIIEVGELKTEDLIIKTTLAVLNGNADFIKTSTGKVQINATPSSVEYIIKAIKEYIKNNPEKNNKIGLKVSGGISDLNTASHYILLARRFLSDNFRIGSSSLVIKLRKVIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium yoelii yoelii
total genus 95
structure length 250
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2005-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2a4aA00
5EL1A 1NF7A 3A5FA 3EWXA 1JCXA 4LS0A 1FDYA 3S5YA 2BSLA 3DFPA 1MSSA 2EPHA 3ATYA 1OX4B 2ABBA 3QF0A 5CSSA 1SSGA 5HNRA 1F6PA 4M19A 3T4CA 1NEYA 4JIQA 3KVJA 4NT0A 2A5HA 1TV8A 3TNOA 2YR1A 1VH7A 1GVOA 1PE1A 1PV8A 1PS9A 4BI6A 3UPBA 2VFFA 1DJQA 2NX9A 4UTIA 4BK9A 2C13A 3SJ3A 4YL2A 4MY8A 1X1ZA 4FF7A 1KFJA 4LY8A 1DJNA 4Z1AA 4K6AA 3BW4A 3KRZA 4PTNA 2GUUA 2E6AA 5G1YA 3S9YA 3EKZA 3B0PA 3PBUA 3R8RA 3B0UX 1WBHA 3ZWTA 4O18A 1O94A 1YADA 1SO5A 4DO6A 3G1AA 1S5WA 4AXKA 4ZVJA 5I3GA 3BW2A 1B3OA 1F73A 1H51A 4UNKA 3NG3A 3P60A 4GXMA 3E02A 4LOCA 1SUXA 2QCNA 3EB2A 1DQWA 3UWWA 1B57A 1HUVA 2EHHA 4JX5A 4HPJA 3BVJA 4UNLA 4UIOA 3V1PA 2B0MA 5DCBA 1SSDA 1VLWA 1I2PA 2CLKA 2O7SA 3LB0A 4MVAA 1XCFA 1W3TA 4JTHA 4K8HA 3USBA 4AH7A 4UR7A 3V75A 1EUNA 1PHWA 1G6CA 3T7VA 1PCKA 1VYSX 2CLLA 3KX6A 1EA0A 4AHOA 4K36A 1DBTA 3GX9A 3CHVA 5DY2A 5J5RA 4YWIA 3GDKA 1VYPX 3B4UA 3LERA 5LNVA 5AYXA 3NO5A 5AC8A 3WK1A 3FJ6A 1T0OA 3ANYA 3RLUA 3CEPA 5TIMA 4O57A 3B05A 1DQXA 1VC4A 1WOBA 2BWGA 3IVUA 4HKPA 3QM3A 1K8YA 1ME8A 1PIIA 2DJXA 5DXYA 2JBMA 4M7SA 3EWWA 2HSAA 4N6FA 3CWNA 4E38A 3I7RA 4RV8A 3P81A 1GYLA 1H62A 1M6JA 3DKLA 3C2RA 2ZBTA 4N9DA 4Q4KA 4GE8A 5HJLA 3NL6A 2QJIA 2NXGA 2ZTJA 3W7OA 2JGQA 4RR4A 4NX0A 3DI0A 3S5ZA 1VQTA 2BTMA 1YDVA 1BEUA 2WV8A 5D02A 2P0OA 4J9JA 1GEQA 5MHBA 3M0ZA 2DORA 3SZ8A 1WYIA 4U4MA 4DF0A 2FIQA 3Q2DA 5HUPA 4EIVA 4H6KA 4O4WA 1M5WA 5I3FA 3EEGA 3TQ0A 4JIPA 2ABAA 3JS3A 5DELA 4AHPA 1YLVA 2F7FA 3HG5A 1KLYA 4L4LA 1QPOA 5FF0A 3TUUA 1YPFA 1QPRA 4HSOA 1DV7A 1XM3A 1GT8A 1TO3A 4K7VA 4ZMGA 1EIXA 1H61A 3PS7A 1LTDA 4RCXA 4BFAA 2R14A 2RDUA 4H4IA 4MZ1A 3TIMA 1VCGA 2CLFA 1X8FA 4BR1A 1EB3A 3FS2A 3NQ7A 4ZQCA 2GVGA 4DELA 2EGZA 3HG3A 1XDLA 3I6RA 2WPBA 4OQVA 4LVBA 1W31A 1MZHA 1ME7A 3W23A 4AEOA 2NXIA 3N34A 3TU9A 1XBXA 4X9SA 4FNUA 4ORMA 1UASA 4FIRA 3CC1A 2QCHA 1TPC1 1K3UA 4AAJA 4PEKA 3W85A 1EUAA 1T96A 3NA8A 1D9EA 3T40A 1VGAA 3KRUA 2YSWA 4WZHA 1FQ0A 4RLIA 1MO0A 1W0MA 3TCEA 2B7NA 1G4TA 4U28A 3LXAA 4JS3A 4JGDA 4XUGA 2WSQA 3A21A 2YXGA 4QSHA 3W74A 4CQ8A 3HJZA 2Y85A 2FPYA 3MUXA 4UUIA 3NQVA 3K30A 3A9IA 1XDMA 1I2QA 1ADOA 3O06A 4JTSA 1TSIA 3LXCA 3M9YA 4E0CA 3P67A 2ZFAA 4N9BA 3B8DA 5KZMA 2QKFA 3IIZA 3WK2A 2DJLA 2QCLA 3HIJA 5AYYA 4LU0A 3W7CA 2NWRA 3GVGA 2C14A 1FCVA 1TPEA 1Z42A 4Y6GA 1WDWA 4AMAA 5FF4A 5AHEA 4PL1A 4JDBA 2DZTA 1TPFA 4LV4A 5KMYA 4M6PA 4MY1A 1TPWA 3CEUA 4B5NA 1TV5A 1R30A 4Y90A 2W79A 2CLEA 4DF2A 3NL3A 1P0NA 2A7RA 2B7PA 5D2TA 1RR2A 2ISSA 4W9TA 3NQGA 2V5LA 3HPSA 3E96A 4MZYA 4ADTA 4CLMA 2V30A 3IRDA 5G5IA 4UTLA 4HNVA 1TREA 4TMCA 4MJZA 2HMCA 1ONRA 4IMEA 2FQIA 2QR6A 4XTIA 3W7RA 1DHPA 1LCOA 3W3OA 4UFLA 3LI1A 1SQ7A 6ALDA 2CLHA 3C2OA 1Z41A 2TSYA 3HGSA 3O15A 5ABTA 3QQ1A 4P2VA 1TPB1 3S1XA 4QNEA 4MUZA 5I3HA 3W2LA 2WOQA 1WA3A 2QUTA 3P62A 4OU1A 4X2RA 2ZZ7A 1S5VA 1ZNNA 3L0NA 4A2RA 3OA3A 4FNPA 3W7JA 5HWMA 3N9SA 5D05A 4ZL1A 4O1BA 3TKFA 2QCEA 4Z1DA 1OYBA 4C1KA 3L66A 4EVZA 3L9CA 1JJKA 1G4EA 5CKSA 2QAFA 3OVRA 1Z44A 1OVDA 1GVRA 1UB3A 3RNDA 3LTYA 4XKYA 4WD0A 1OFAA 2BLEA 3B06A 3MP3A 4WY0A 1LORA 2ZTKA 4O4VA 4O15A 5BRBA 2DZSA 2DZVA 4UTJA 3TAKA 1LRQA 2LLEA 1E51A 1XBZA 3UWUA 3M6YA 1AW2A 4Y8FA 3PG9A 3CU2A 3ELFA 4CCDA 2WNQA 4UFKA 3NQDA 4OGZA 4O14A 1WOAA 1RPXA 3HG4A 4EOUA 1KM4A 3OG3A 3MP5A 4IX2A 2YZRA 1XL9A 2V81A 3PSVA 1L9WA 5E1QA 1EWDA 2R94A 2QDHA 3G3DA 1F5ZA 4WXYA 4ADUA 4O19A 5G2IA 1I8JA 1BKSA 3HPXA 1WBJA 1OFDA 5LNSA 3G1HA 3NQEA 5DCEA 3G1XA 1S5TA 3W1MA 1RD5A 3WK0A 4Z1BA 1ICSA 1CI1A 1YXYA 3P61A 2X16A 1GPWA 2VEIA 3O8AA 1OFQA 1PVNA 1TPH1 4HHPA 5CG7A 3W07A 1SPQA 2ZA2A 3IIPA 4XQ6A 4TX9A 5F2IA 4IJBA 1H7WA 1YTEA 4LRTA 3PF3A 1UJPA 3W84A 3OVQA 3L67A 2C6QA 4UC5A 1C8VA 5I3JA 1TJPA 1ZFJA 3QMTA 3UPWA 1O4UA 3W1AA 4UTHA 3M5XA 4WXZA 1OK4A 1KTCA 1TIMA 4CQ9A 3NQFA 1TRIA 4QJ1A 4M6QA 3UYCA 1A5CA 3FYOA 3L21A 3LHTA 3O07A 4K7YA 4R34A 4LW7A 3W7QA 3TFCA 3AJXA 3W75A 1TCDA 4OV4A 1TQJA 2NLIA 4UMAA 4QIUA 1ZY9A 2Y70A 2J9YA 1W5PA 1LLZA 2V5BA 3I7SA 4ICNA 4AVFA 2G96A 3NQAA 1A50A 3M47A 1FWRA 1YTKA 1LRTA 2YGYA 4LVFA 5K4XA 1SZEA 3T78A 2TPSA 3TXZA 1O5XA 2ZYFA 3QJAA 4TIMA 1VZWA 4O8RA 3B0VC 3SECA 3STGA 2Y7EA 1YYAA 3C2EA 3LHVA 5LKYA 3QSTA 4FNSA 1QAPA 1N55A 1KBIA 3CB8A 1LLWA 4KWWA 3G1SA 1LM1A 2YFOA 3BGGA 4TO8A 1SW0A 5EBUA 3NR0A 4I9AA 3PR2A 3W7NA 2ZRZA 3C8FA 1PHQA 1FBAA 4JTTA 2DZPA 2Y61A 1VS1A 4LRSA 1VCFA 2NV1A 5F4SA 1YDNA 3QMSA 4GRSA 1FWSA 5CPMA 3U2OA 1TPUA 2ATMA 3W70A 1K7EA 1M7OA 1HTIA 4WOQA 2Y62A 3LRLA 1THFD 1KLZA 4ONVA 4MIMA 4NX5A 1IXPA 2RH9A 1KM1A 1Q6QA 1GYNA 2DZWA 2OZ0A 1X7FA 3ZS4A 1K7FA 1ZJIA 3S0CA 4GC4A 5EYWA 1GVQA 1JVNA 1JCLA 4LNYA 5A8GA 3U6WA 1ME9A 4NJHA 3UWQA 1GWJA 1H5YA 2J24A 2QJGA 2H3DA 3BO9A 1KFLA 3UQNA 4JEQA 1KM3A 2FB2A 2DZUA 2WO5A 2QCCA 1S3HA 3NPVA 2E5BA 4RZ5A 4A22A 4TR9A 2C19A 3OEXA 3Q94A 1QOQA 4NZJA 3NM1A 1V5XA 1J2WA 3LGEA 5CZ0A 3TC7A 4NVTA 1D3GA 5A5WA 4IWWA 2FPVA 1RV8A 4JY8A 5CGQA 2IQTA 3C0JA 4TU1A 5FEZA 3W1PA 3NNTA 2QF7A 4AWUA 1DL3A 1XBVA 3R89A 3NDOA 3PG8A 5H91A 4O50A 2Y7GA 2Q8ZA 3W1XA 3S1WA 4UCGA 3S42A 2EAWA 3F03K 2PC4A 5TQLA 4RX0A 1ICQA 3WJZA 4PCFA 1K03A 3W87A 1PL9A 3QEZA 1P0KA 2VFEA 5K4ZA 3G18A 1A53A 1Q6OA 5LGZA 4ZQNA 2Z0IA 2I1OA 5AC6A 3SW6A 3P84A 3QYQA 3TE9A 4Z08A 4O1AA 4FIQA 3GR8A 3FFSA 1DKWA 3QMRA 5F2LA 3CQ0A 3NZRA 3DBPA 5E0KA 3Q58A 4WQ6A 3BG5A 4I7UA 5D2WA 1OFOA 4LVAA 3PY2A 1NF0A 2A85A 3LRMA 4HN4A 1G4SA 3CWOX 4N6EA 3TXVA 1VPXA 1JUEA 1DORA 2TMDA 3BG9A 4QISA 4H3DA 5DBTA 2EF9A 1YPIA 1VHCA 1WV2A 5LNUA 2NZLA 4M5PA 2Z1BA 3NXFA 4E2DA 3LI0A 5BNKA 3TV8A 3W71A 1W3IA 1FX6A 3EX6A 5I3KA 2WQPA 5L9FA 4NXKA 3NVTA 4MY9A 5AB3A 3QZEA 2QCFA 3F1QA 3N14A 3H53A 2A6LA 1IXQA 2QCMA 5DN1A 1EPXA 2VFIA 5LZLA 3N3MA 5D2YA 3PULA 3W22A 3A5VA 3WFAA 3NOEA 3PWAA 2ZQ0A 4ZQOA 2DU2A 4BI7A 4FXRA 3GDMA 5LNRA 1FXQA 3GXPA 3LXBA 2I14A 3W88A 4RXGA 3W7HA 2XN1A 1AK5A 4JNMA 4XTDA 3DI1A 3P5YA 4JTKA 3INPA 3WJYA 2HS6A 4DBEA 2WSYA 1G7UA 2J88A 4IUOA 1XBYA 3DFNA 2P1FA 3MW7A 4O1CA 1TRDA 5K3VA 2JKAA 2Y7FA 2R8WA 3VCRA 2E77A 1Z48A 1OX5A 1XC4A 2V2HA 4AHQA 4M6VA 3NL2A 1B4EA 3IEBA 4ZQPA 2Z2UA 1AL7A 2VFDA 4NJKA 4BF9A 1OABA 5J5DA 3QC3A 3PM6A 3GNDA 3C61A 5U7SA 2Q3OA 3PB0A 4JX4A 5H2ZA 1QMLA 5K7JA 2JGYA 1NVMA 3VI2A 3OBKA 3GDLA 2Y89A 1XI3A 3EX4A 2C0AA 3SGZA 5FEWA 1MEIA 4Y96A 2QCGA 4MYXA 3TR2A 1XUZA 4UFHA 2B4GA 3HBLA 3WJWA 1P1XA 4XWUA 1KFEA 2QCDA 4X22A 4ZZ9A 1VRDA 3IV3A 3B04A 1NAL1 3M5VA 3RLVA 3R5EA 1OFEA 3DGRA 3I68A 3TDFA 3EXSA 1P4CA 5IM51 1YTDA 5BW6A 4Y9AA 1K8ZA 4Z0JA 4D2JA 5KZDA 2QDGA 5GVJA 3R2GA 2FDSA 2NXHA 3FLUA 2A4AA 1OFBA 1FY6A 5D2XA 3KVMA 4WUIA 1A5SA 4JDYA 3LTSA 3N73A 4Z0SA 3L65A 3MYOA 1MEHA 3EX3A 1W56A 4BWLA 4O16A 3NQMA 5F4WA 1JCNA 1LP6A 3LLDA 3W86A 3P8IA 4KKXA 4A2SA 3O6CA 2CU0A 1SZNA 3LRKA 3W7KA 3LV5A 1VLIA 1EP1A 1TJRA 4GJ1A 2VELA 3JR2A 3EX1A 5HWNA 1FCQA 3M43A 5D2VA 3N2MA 2X1RA 4AF0A 1I2NA 1CW2A 2CLMA 3C3NA 4N9CA 3MI6A 3NAVA 2WKJA 1I2OA 1R47A 4NNCA 3VE7A 2YCEA 1Q45A 1XUUA 4UTTA 3E12A 1KTBA 1KW1A 1FDJA 4HNTA 4AWTA 5DCDA 2XN2A 2E5CA 3C56A 5KINA 3MMTA 2VOMA 3P80A 3NZ1A 3UXAA 4JX6A 4JTGA 1VYRA 2PCQA 3LHWA 3IIVA 4QQ3A 4CNNA 3NYZA 1RVGA 3IVSA 5HULA 3CTLA 4RK8A 3G1YA 1LOQA 3LTPA 4UTKA 5D37A 2YW4A 1H63A 3STCA 3TX9A 5LHEA 1RQHA 2RKXA 1DVJA 4JICA 1TMHA 4EF9A 1QR7A 5K9XA 2E6YA 5CPNA 2ZRWA 1TTQA 3MBFA 4K38A 1KM6A 1HO1A 1WX0A 3NL5A 4O28A 1HO4A 2GJNA 3GK0A 3QPYA 3R12A 4BI5A 2CW6A 3HOJA 3P5ZA 1KM0A 4N2YA 1OFPA 2WNNA 4JTIA 1LYXA 1TTIA 1R2SA 2ZZ5A 1TTJA 3ATZA 4XBSA 3S1UA 1G67A 4XKYB 3HQ1A 4JXCA 8TIMA 4WY0B 4DPPA 3BLIA 4RJEA 3STEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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