2HMCA

The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase dapa from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
YFQGMTASIFSGVIPALMTPCRQDRTPDFDALVRKGKELIADGMSAVVYCGSMGDWPLLTDEQRMEGVERLVKAGIPVIVGTGAVNTASAVAHAVHAQKVGAKGLMVIPRVLSRGSVIAAQKAHFKAILSAAPEIPAVIYNSPYYGFATRADLFFALRAEHKNLVGFKEFGGPADMRYAAENITSRDDEVTLMIGVDTAVVHGFVNCGATGAITGIGNVLPKEVIHLCKLSQAAAKGDADARARALELEQALAVLSSFDEGPDLVLYFKYMMVLKGDKEYTLHFNETDALTDSQRGYVEAQFKLFNSWYADWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of Dihydrodipicolinate Synthase DapA from Agrobacterium tumefaciens
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
total genus 108
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2hmcA00
3MUXA 1OK4A 5AHEA 1V5XA 1VCVA 3BVJA 3PULA 1KTNA 4E38A 2QCEA 2R14A 3IVSA 1UUOA 1ICQA 1SFJA 1GWJA 2RHGA 1D9EA 5D38A 4RR4A 2CWNA 2RDTA 2EF9A 2BXVA 3NPXA 4M5PA 4XWUA 3ZS4A 1ICPA 1GQNA 1Z48A 4HNUA 1EX5A 1OF6A 5LKYA 4A22A 4FO4A 2YFOA 1FUYA 1F05A 2Q8ZA 2PCQA 3HB9A 1SZGA 1QO5A 4UTWC 2Y89A 3NQVA 1TV5A 4O50A 4XQ6A 4XTDA 2DZWA 2VC6A 3W6YA 3HGOA 5F4SA 1T96A 4EIVA 3NQAA 1UBSA 1KFLA 3BW2A 1HFBA 4LRTA 5CPLA 1FCBA 1AK5A 1L6WA 1YDNA 2ZQ0A 1FCUA 3KRUA 3CEUA 1G7VA 1VC4A 2NUXA 4JXCA 1H61A 3UPBA 3G8EA 3LLDA 5DBTA 1N8FA 3W74A 2DZPA 3E96A 3IVUA 4MJZA 1EP2A 1LROA 1FQ0A 4O57A 1N55A 1M7OA 1P0KA 1H7NA 4UXDA 3GK0A 1KLYA 1QOPA 1JCMP 3O63A 4GUHA 5DY2A 3DZ1A 3SJ3A 3M41A 2E68A 2W79A 4DEFA 4HKPA 1I8JA 3NL3A 3Q2DA 1QFEA 5HR6A 3IGXA 2WSQA 5FESA 2CZEA 4IXHA 1F7BA 1XBVA 4FX6M 4A2RA 2AGKA 1HO4A 2X2GA 4FNUA 3G3DA 3LHYA 4X3ZA 2PRMA 4HHPA 4NJIA 2QCHA 3WK2A 3TU9A 1XUUA 2QF7A 2ZRVA 3PB2A 4C1LA 4UTIA 1LP6A 3QFEA 4CCEA 4ICNA 2VFHA 3C2EA 3MBDA 1HO1A 3NQEA 1TSIA 4JTIA 5HR7A 1F5ZA 3M6YA 3G3MA 3A22A 5A5WA 5CSSA 3W73A 1YTKA 3RLVA 3HG4A 3KHJA 5D2YA 3IGSA 1LRNA 4QIUA 3I6RA 1AL7A 2CZ5A 5LGXA 2X16A 3NQMA 2Z6JA 1G67A 2HS8A 3W2JA 3HO8A 4AAJA 2OX1A 3FIGA 1YDVA 1FXQA 1JQVA 1KM6A 1TRIA 3HG5A 5AYZA 1OFAA 2V30A 4WOZA 2YYUA 2H90A 3NQ8A 3ANYA 3L65A 5SWUA 4JS3A 2XFWA 1K7EA 3W1LA 3M16A 4QM1A 1W54A 3NQDA 4LY8A 1WXJA 2CLLA 4JTJA 3NYZA 4UMCA 4MVAA 5HWJA 4JTHA 3N73A 4FNSA 1AW2A 3PM6A 1NAL1 2A4AA 1ZAJA 1NSJA 3P5YA 4AEOA 1WAUA 3L67A 4M19A 4O11A 4A3UA 2YYTA 3EWBX 2R91A 1UUMA 4IWWA 1BEUA 1VYPX 1TRDA 5CPNA 5FF4A 3LV6A 3LCHA 4JTGA 3VCRA 3PUDA 4UTTA 5AHNA 3QYQA 4K8HA 3FA5A 3LERA 2DU2A 4X22A 1FWWA 3RU6A 1WBHA 1SSDA 1W3IA 4BI5A 3VE7A 4TMCA 5FEZA 3TUUA 2QEZA 5AC8A 3P80A 4NNAA 4GUIA 3LHVA 4P61A 1IXOA 3GAYA 1LTDA 1FXPA 3L5AA 1YXDA 2EGZA 3B4UA 1F6KA 2V2HA 1Q6OA 2I9EA 2Z0IA 1Q6LA 1ZNNA 4OE7A 1QPOA 2P10A 2YW3A 4N4PA 5DLCA 3TC6A 3RMJA 1SO4A 6TIMA 5J5DA 3KOFA 2QCFA 4OQVA 1MEIA 4WXYA 1TPUA 2CLHA 5F2LA 3LM7A 6ALDA 3EX3A 4CQAA 3MO7A 4RX0A 3SZ8A 5C5YA 3KFTA 5TIMA 3FKRA 1NF7A 4BI7A 5EPDA 1PCWA 3C2RA 3SR7A 1X6UA 1WOBA 1NEYA 5D2TA 2VENA 3TV8A 3UZ5A 3LI0A 4UTMA 3N9SA 4P2VA 3T7VA 2E09A 2BSLA 4AMAA 3Q58A 1FCVA 1ML1A 5D2WA 1LOQA 5G1YA 1EB3A 1XKYA 4BI6A 4JGDA 2WNQA 1FDZA 1B4KA 1B9BA 1LOLA 2FB3A 3IVTA 1JJKA 5AN7A 1NVMA 2W0UA 4O1DA 3FYPA 2TYSA 3EEGA 4PH6A 4N02A 2B7OA 2YPIA 5FEPA 2WNZA 3NPWA 1LM1A 4MY9A 3I7RA 4I9AA 2WSRA 1A53A 3G1DA 1G4PA 3VI2A 4L4MA 3TE9A 3W22A 1T99A 2OMAA 2ZRXA 1KFEA 1ZJIA 2QJHA 1BWKA 5LNVA 3O07A 4HSOA 1GZGA 4AF0A 2H3DA 4GUJA 4IMEA 4O0ZA 2E5BA 5F4WA 4K6AA 2NZLA 1BWLA 1RVGA 3NXFA 4ZQPA 4KKXA 3TMLA 1VLIA 3RK8A 1UCWA 4JX5A 1DV7A 4O52A 2C15A 3W1XA 1OABA 1TYGA 2ISSA 4IPJA 3G0UA 1RQEA 3HOJA 3P82A 2BWGA 2V2CA 3C4UA 1A5BA 3W75A 2V81A 1WA3A 3UYCA 4JYDA 3PBUA 4MZ1A 3LHTA 4LRSA 3STCA 1ME9A 3KVKA 3O15A 5EMUA 5HNRA 4LNYA 4MFEA 1B57A 5KZDA 4DPQA 5CKSA 4AHOA 1GJPA 1VJIA 4JICA 4CQ9A 1JVNA 3M5VA 1OJXA 1IF2A 3DXIA 1F76A 1VQTA 1W1ZA 2VEMA 3W23A 3CM4A 2OZ0A 3GLCA 3TDFA 2A5HA 3L21A 4UCGA 2C19A 1VHNA 2CW6A 1C8VA 3G1YA 1G6CA 4A21A 3KAOA 3M44A 1F2JA 5K4ZA 5LNRA 1FBAA 2CLEA 1S3HA 1JCJA 4IXXA 3TR2A 1I2OA 1QOQA 3EWYA 1W5MA 3CIWA 3CT7A 3L0NA 2V2DA 3ZR4A 1SFLA 2DZTA 4AXKA 4M7TA 2CZDA 1HG3A 4I7UA 5G4EA 4OU1A 1OFEA 2DZXA 1AW1A 1GG1A 3BLFA 5J5RA 4L4LA 4UUIA 5BW6A 4BWLC 4LVFA 2EAWA 4NJGA 5C55A 3LCIA 1KM1A 4FNTA 1KA9F 3EKLA 1QWGA 1TJPA 4JTEA 5HWNA 5KMYA 5HMSA 1WDWA 3YPIA 3A5VA 3FLUA 1HL2A 1JULA 3NQCA 3QPZA 2A1YA 2DP3A 3GKAA 5U7SA 2NWRA 1FWRA 1H7PA 1JCYA 1GVQA 5K9XA 2VFGA 1W37A 3W70A 2G5WA 3U8GA 3NOEA 4DF0A 4EWND 1BKSA 3I65A 1Q45A 3CU2A 3GKFA 4ZQNA 4NNBA 2B4GA 3OEXA 4O18A 4O4VA 3C52A 4UC5A 4G1KA 2V5BA 3M1ZA 3TIMA 3UY7A 2TMDA 4DO4A 1PS9A 5K3VA 2RKXA 3UPWA 5IBXC 3WJWA 1TIMA 1FWSA 2PC4A 4ZQRA 4K37A 1LCOA 3WK3A 3GZ3A 4HNTA 1SZNA 1M7PA 3G1SA 2ZFAA 1WOAA 3N2XA 5CPMA 4MY8A 4WQ6A 4S2BA 2FPYA 2J88A 4UTJA 4FNPA 3LCXA 3QRHA 4N4QA 5U4NA 5I3GA 2VXNA 2P1FA 4BWLA 3LTPA 2NXIA 2BZNA 1R2TA 4M6PA 2JKPA 3TAKA 3TKFA 3G24A 1XM3A 1WQ5A 1KBIA 2ZCGA 4DELA 5I3FA 4ALDA 3GDTA 1IGSA 4AWTA 4UTKA 2ATSA 2QUUA 3O6DA 3GDLA 1YTDA 1EWEA 3SSJA 4PCFA 1M5WA 1TMHA 1O60A 3B03A 2HMCA 2I1OA 3CWNA 4NVTA 4CNNA 4PEKA 3F4WA 4O1BA 3M5XA 4TX9A 3BG9A 4K36A 1FDJA 2H6RA 3BK0A 3H54A 4NX5A 4MZYA 3PAJA 3W84A 3CPRA 4OHQA 4MY1A 1BTMA 3L66A 1DQWA 2NX9A 3A24A 5CZTA 3S9YA 2EHHA 5G2HA 2Z1BA 4CNPA 1TB3A 1GYLA 5TQLA 4LV9A 4Q32A 3M43A 3EX2A 2JKEA 3N3MA 2NXHA 1OYAA 2Y7DA 1G4TA 3QF0A 1OVDA 5CZSA 4GE8A 4QJ1A 2QCGA 1U5JA 3P62A 4GXMA 4LC6A 2PURA 1SW7A 3C8FA 2ZZ7A 3IEBA 4H3DA 2ZBTA 3L9CA 1H63A 2VFFA 5HWMA 1IIGA 4FNRA 4O16A 3LRMA 2C14A 2NLIA 5DCDA 3USBA 4UFMA 2ZZ5A 1O94A 4O13A 3BLIA 3LTSA 3W7IA 1ME8A 1KW1A 3TH6A 3BG3A 2X30A 4OGZA 4K7YA 3TFCA 3P81A 5I3IA 4GUFA 1WV2A 2VELA 5DXYA 5C54A 3IRDA 5FI8A 3BGGA 3G22A 4RZ4A 3JRKA 1KTCA 3W7GA 3P5ZA 4FEZA 3INPA 1VYSX 1QAPA 3TSBA 1TJRA 3P60A 5K7JA 4GFSA 5CPOA 1W0MA 3GNDA 2ZZ2A 1TQJA 3SGUA 4M6VA 4WUIA 2TPSA 2GUUA 1WYIA 2Y6ZA 2ZZ3A 3CQ0A 4KWVA 3UXDA 3OBKA 3O1NA 5D09A 3FFSA 4DQWA 3IIXA 1VGAA 4ONVA 4MPQA 3IIVA 3OVRA 1R2SA 4UR8A 3THAA 7TIMA 4IPIA 4I7WA 3FKKA 1L2UA 3O6YX 5TBOA 4UR7A 4UIOA 4ORIA 3P61A 4OWGA 1LYXA 4PL2A 3R12A 5G1TA 3DENA 4M7SA 1G69A 3PS7A 4DF2A 2C18A 3NZ1A 1YADA 3U6WA 4XKYB 2GVGA 1RQHA 1IXPA 1DQXA 4CQ8A 1L6YA 2E1DA 4GNJA 2NV1A 3LI1A 4LW7A 3HPXA 3L5MA 3PR2A 4K7VA 2O7QA 3NL5A 1XBZA 4TMBA 3LHZA 4AWSA 1TO3A 3A9IA 4ZL1A 5AOUA 4UMAA 2YCEA 3R89A 1B3OA 4FF7A 3DFSA 4OT7A 4AHPA 4UTWA 4JN6A 3TNOA 3BV4A 1ZAIA 3HG2A 4MLRA 4TIMA 1ZCOA 1O95A 3W2KA 5CZJA 1MEWA 3DFQA 3M47A 1EWDA 1QCWA 3QW4B 3OVQA 2Z2UA 1XFBA 3T78A 3QEZA 5BMWA 1TPVA 3PVFA 4QSHA 1GTHA 1S5TA 4O1AA 3NPUA 5AHFA 1O4UA 4LS1A 3STGA 3B8DA 2OCZA 4UFIA 2QDHA 4N9BA 1A5AA 3JS3A 3I7QA 3EWUA 1O5KA 1X7FA 1S5VA 1U83A 3NDOA 3B04A 4C1KA 5DCEA 1XUZA 1XCFA 3HPSA 2ZRYA 4IMGA 1SR9A 4XTIA 3GXPA 5LZLA 4JD4A 5EY5A 1GVFA 4NNCA 2NX1A 1ICSA 1PIIA 4LVGA 3DHFA 2QUVA 5DCBA 1JRCA 4Z1CA 1LRQA 3TFXA 2NX3A 2Y88A 3S5YA 1DJQA 2QAFA 2E77A 4FNQA 1KV8A 2A85A 1DVJA 3PC0A 3QPYA 3W1PA 3ATZA 4DO6A 4QITA 5K2ZA 3S1UA 3HGSA 4IJBA 2VEPA 4R33A 1AMKA 2CLMA 5C2XA 4NUWA 3GNNA 3HBLA 3T55A 1G4EA 3NPVA 3P74A 2YXGA 3W7JA 4RV8A 2RDUA 1PL9A 1ZENA 1VS1A 3EX1A 4JDYA 1VCGA 4LVBA 4I7VA 4DBEA 3FJ6A 1QPQA 2QJIA 2ZRUA 3SECA 3DI1A 1PHQA 5D33A 4Z08A 4OV4A 2LLEA 4E0CA 1R30A 5EA9A 3QJAA 2FQIA 3W9ZA 3TCEA 5I3HA 2GVLA 1R2RA 4M6QA 3S6DA 1TPH1 3CB8A 1JCNA 4YLWA 3W07A 3GDMA 1R46A 3CHVA 2J9ZA 4WZHA 1P1XA 4MLJA 4ZZ9A 1FWNA 2QUTA 1HTIA 3S0CA 3B0UX 1N7KA 3W7DA 2A2IA 2ATMA 4J9JA 4GJ1A 3OHIA 3DGRA 4U4MA 4LWWA 1TPC1 3NNTA 5C6MA 1TV7A 2ABBA 2DZUA 4WX2A 4AHQA 2XN2A 1M6JA 3G18A 3G1XA 3TAOA 5BRBA 3BARA 4A2SA 3W7EA 1H7RA 4OV9A 3HG3A 3S42A 2EPHA 3W7HA 3PUEA 1FDYA 3MI3A 3F03K 4O8RA 1FCQA 3L2IA 4A29A 3LV5A 2A6NA 4RCXA 3BO9A 1TTJA 1W3NA 4R34A 3W88A 5D2VA 3Q37A 5KITA 3IIOA 2RFGA 1OX4B 3RLUA 3S1WA 2Y61A 5KZMA 1EA0A 2E6FA 1OYCA 2QCDB 2AAMA 4JTTA 4JNMA 1CI1A 5DBUA 1LBFA 4Y9AA 1KM5A 3EWWA 2WOQA 3T40A 4BFAA 4N9DA 3ABQA 3VNDA 1OFOA 3TJLA 3UWQA 4MKNA 1UASA 1KM4A 3LCLA 3LB0A 3NVTA 4DF1A 1W5NA 1MXSA 2PE4A 3TROA 1LRTA 3B05A 3HQ1A 4UFJA 1I2PA 1G4SA 3EB2A 1SO3A 3M0ZA 1A50A 1A5CA 4XBSA 1TTPA 3DHDA 4Q33A 3GXTA 2FTPA 4ZQCA 1B4EA 4Y90A 2B0MA 1K3UA 2NXGA 1ZALA 2G95A 3R2GA 5HJLA 1C9DA 2FIQA 1X1OA 4O19A 4AWUA 2ZA2A 4IX0A 3W2MA 3S8HA 3IV3A 3LRLA 5AFDA 4Z1BA 4GC4A 1IXNA 3LCWA 1I4NA 1GEQA 1DOSA 4HN4A 3E9AA 1W31A 1L6SA 2XN0A 1K8YA 2GVJA 1DKWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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