2NX3 | Genus

Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	262
structure length	262
Chain Sequence	KFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDAPTALPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__616615055161737__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__616615055161737__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2NX3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__616615055161737__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"616615055161737","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2NX3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__616615055161737__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd56e681a2fe2a04b24e39/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd56e681a2fe2a04b24e39/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd56e681a2fe2a04b24e39/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd56e681a2fe2a04b24e39/pdb.gz): 896 ms

reading 262 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

262 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:261});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Aquifex aeolicus
publication title	Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	92
structure length	262
sequence length	262
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2006-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2nx3A00

4X3ZA 2H8ZA 2FDSA 1VYPX 4JX6A 5FEXA 5G1YA 3W7MA 4NJKA 1W54A 1LRNA 3G0SA 3QW3A 5E1QA 3UQNA 5EYWA 1TSIA 1H7WA 1FUYA 2WOQA 2ZQ0A 3TAKA 2PRLA 2DORA 3KOFA 3M5XA 3UWYA 4NX5A 3GXPA 4A2RA 2WSYA 4LNYA 4E0CA 1TTQA 5F2LA 1X7FA 1JCXA 1KTBA 3DAQA 3CT7A 2VXNA 2P10A 4UUIA 3SZ8A 3I68A 1C29A 2QJGA 1XCFA 2W6RA 3N9SA 2HMCA 4NJJA 4OE7A 5AFDA 1KFJA 4ONVA 1TTPA 5HMSA 3P7YA 2G5WA 1EUAA 4PC8A 2HTMA 1TPVA 5AOUA 2VFIA 4P61A 3EWBX 5TQLA 2JKPA 3QW4B 1VYRA 5L6UA 3WJZA 1I8JA 3BO9A 1BWLA 3S5NA 4LC6A 1TV8A 4JS3A 1A53A 1KLZA 1P0KA 2DZVA 1IXNA 5CKSA 1TPFA 1N8FA 2ATMA 5D2YA 3NYZA 3RNDA 3HGJA 3HGRA 4UMCA 4K39A 4E2DA 3IVUA 3S5YA 4HT3A 5AYZA 5BNKA 3W1XA 1U5JA 4IXHA 1D3GA 1XXXA 1KFEA 2DZWA 3EXSA 4EIVA 4KKXA 4ADSA 3LDVA 3O8AA 3TK7A 3NM1A 3G0XA 3OEXA 4N9EA 1FWRA 4CNNA 2VEIA 2YW3A 1VHCA 3NL2A 4O0ZA 3W2MA 1TPWA 2I14A 2KZHA 3STEA 4NX0A 1H7OA 3KAOA 4LW7A 4MZYA 4K8HA 2J9YA 1LDCA 1LRQA 3W1PA 4WUIA 4HNTA 4GUJA 1UCWA 4MOZA 3W7GA 3MP3A 2J9ZA 1H62A 4CCCA 3R89A 3NGJA 3I7SA 3DENA 3TMQA 2CLHA 3KRZA 3LERA 1TRDA 3ATZA 3S1VA 1TCDA 3CLMA 5FI8A 3EX2A 4NXKA 2CLIA 3BGJA 3GLCA 1DV7A 3CM4A 3OHIA 1WQ5A 4JTUA 2ZCGA 2VFDA 1R46A 3NQFA 3QMSA 1AK5A 4IMCA 4RR4A 1JCYA 1GVFA 3DFSA 3HB9A 3DXIA 2Q8LA 3MI2A 2GQ8A 3O6YX 1PHQA 3VI2A 1YYAA 3C6CA 4JTHA 4UXDA 2GVJA 1GG0A 1SPQA 4M6VA 1JJKA 4EF8A 1I4NA 3CEUA 2VEPA 1ZJIA 3MWAA 2I9EA 2H6RA 1Y0EA 5CPOA 4AWTA 3SJ3A 2ZBTA 3NXFA 4ZQNA 3TNOA 3LCGA 1OYBA 4HNNA 1VR6A 1IGSA 4O54A 4GWEA 2ZRVA 4OT7A 3FIGA 3RLUA 1EPXA 2ZRUA 3NG3A 1XBYA 2VFGA 3I7QA 5D2VA 5KZDA 3G22A 1H63A 4UTLA 4ZZ9A 3DZ1A 3Q2DA 3MHUA 4JX4A 3C2OA 1ME7A 3G3MA 4JGDA 1KM0A 5K4XA 3UWVA 3M7WA 1RR2A 3PUDA 1TPUA 3F4NA 3KVMA 1C8VA 2A7NA 5K9CA 4H4IA 2WV8A 3MYPA 2Z2UA 1SO4A 4O4VA 4LS2A 3BLIA 2ZYFA 4O1CA 3WJSA 3O1NA 1JCNA 3F03K 2Y6ZA 3W7KA 1TMHA 3O6CA 3HIJA 3SW6A 4HPXA 3T44A 2GPTA 4UFLA 4ALDA 1AL7A 4O17A 5ABTA 4G1KA 1NVMA 2DJLA 3PBYA 1YTEA 2QCNA 3PUOA 1K7EA 1J5TA 2DZPA 3H55A 3LRMA 1DHPA 4MVAA 5G1TA 4JYFA 4UTTA 4NZFA 4POCA 5LNVA 3TXZA 3M0ZA 5CGQA 3W7EA 1MZHA 3LRKA 3ZWSA 3HJZA 2C3ZA 4QM1A 4JIPA 4QAIA 3TW7A 2YDAA 1Z44A 3LB0A 2B7OA 3N73A 5K9XA 3SSJA 1TTIA 4O11A 4GRSA 5BRBA 3OIXA 4NVTA 2ISWA 1KM5A 3WJWA 1F6PA 1YDNA 3IIVA 4RZ6A 1DKWA 1VGAA 1H7XA 2YPIA 2WPBA 4PL1A 1TJPA 3TR2A 1PL9A 2Z6JA 4ZQRA 4WJEA 3DFNA 1GTHA 1YPFA 4K8EA 4ZQPA 3DGRA 2E6AA 3LCWA 4JTFA 4TIMA 5E0KA 3LTPA 2QCGA 3AO0A 1UB3A 1FX6A 3S42A 1H61A 4PA8A 1CX9A 2EF9A 3U2OA 3QJAA 3HPXA 3E0IA 1TO3A 5IBXA 4RLIA 1YLVA 4S2BA 3B0VC 3CWOX 4LS0A 2H8XA 4PH6A 1DORA 1L9WA 3L9CA 2V2DA 2WSRA 1O4UA 3O05A 4GFSA 3DFOA 1XBXA 4YMZA 2B7NA 5D03A 2YW4A 3ELFA 3INPA 5DLCA 3QF0A 1QMLA 1OF6A 3G1AA 4ZQCA 5U7SA 4FO4A 3TA6A 2E1DA 3UY8A 1W5NA 2ZRZA 1YPIA 2YZRA 1B9BA 3DBPA 2A2IA 3EWYA 4IMFA 3GYEA 4UTUA 4UR7A 3WFAA 1WOAA 2WSQA 4NNAA 2NX1A 5D33A 5AN7A 4AWSA 2VOMA 1VYSX 2NX9A 3W1QA 4UTWA 5BOOA 3QSTA 4PFMA 2YFNA 4UTTC 1T0OA 3TMLA 1A5BA 3W1RA 2E6YA 5DY3A 3TXVA 4OWGA 3KVKA 5I3JA 2NXIA 2ZA1A 3B4UA 2ZTKA 1B4KA 5J5DA 3UWQA 1HUVA 2C0AA 4DO6A 1L6WA 5K2ZA 2DZUA 4GNJA 4FNRA 3QPYA 4Z0SA 2ZZ2A 1PHWA 4AB4A 2ZRYA 3RU6A 4PEKA 3V1PA 3TE9A 5F4WA 2CLMA 3G8RA 4RX0A 1TQJA 1VRDA 4GUGA 3G8EA 3FJ6A 4K37A 4O1BA 4MYXA 3ABSA 1XDLA 3NA8A 3UXAA 3P8IA 2R14A 1XDMA 3LHYA 3MI6A 1YDOA 4A2SA 2FIQA 5AC6A 3TX9A 3LCIA 4UFHA 3QEZA 1QNVA 4Z08A 2Y7EA 3EX1A 3M5VA 4O52A 1SZNA 5HUOA 3GK0A 4JEQA 2JGYA 3W76A 3UZ5A 4OHQA 1NSJA 1ADOA 2E6FA 4LU0A 4Y90A 2G96A 3QH2A 1DOSA 2WNQA 1ME9A 2AQWA 1OHLA 3LXCA 4IXXA 5D38A 3F1QA 2VEKA 2A6LA 4HN4A 3G1HA 1PS9A 2R8WA 5IBXC 1VS1A 1W3TA 3NAVA 3IEBA 1W5MA 3LI1A 4MY1A 4O1DA 3W2NA 4CNPA 5FESA 3KRUA 2E5BA 4LVBA 3A23A 1HO1A 3UWUA 2QAPA 2ZRXA 5DCBA 3I7RA 1AL8A 3OA3A 4N4QA 3C2VA 3THAA 3LTSA 2DP3A 3SIZA 3OVQA 3WJYA 3NQ2A 4MFDA 3BG9A 2AGKA 5AYYA 1KBJA 3CHVA 4UTJA 3W7QA 3W7LA 4IPJA 4QSHA 5D32A 4LVFA 1SUXA 2ISSA 4UTWC 2X16A 2A0NA 2J27A 3BVJA 3W87A 3QPZA 4NNCA 1OK6A 4M6QA 4PTNA 1LORA 3T7VA 4PCFA 2QCEA 3B04A 1W3IA 3E96A 1A5AA 4XZ9A 1KLYA 2H90A 2QCLA 3DI0A 5K3VA 2V2CA 3R12A 2QDGA 1F76A 3NQCA 5EPDA 3GX9A 1R2RA 5D02A 2HS8A 3NL5A 1LTDA 3QYQA 1Q6LA 4IPIA 3LM7A 3W1UA 1JCLA 3HPZA 4AWUA 1SU5A 4CCEA 1OFEA 3WK1A 3S6DA 2QEZA 3G24A 3NO5A 1H1ZA 3RLVA 1K8XA 3NNTA 1DVJA 4ADTA 4Z1BA 4O4WA 3JS3A 4Q33A 4M5PA 2V5LA 3G1DA 4JD4A 3W1MA 3IIZA 4XTIA 3B0PA 1GTEA 1A5CA 2CLEA 4LWWA 2NV2A 4BI5A 1W3NA 1KV5A 3L2IA 5DN1A 4UTHA 5DXYA 3W88A 5KSWA 2FTPA 2C18A 3SECA 1ZFJA 4RCXA 5BW6A 2NLIA 3B8DA 2QCDA 4QJ1A 3LHWA 2CW6A 3SI9A 3L67A 3CEPA 4J9JA 1DQWA 1XUUA 2ZZ4A 3B05A 1JUKA 5DCEA 3W83A 5MHBA 3GNNA 3F4WA 2JGQA 4K7VA 1ZCOA 4GXMA 1TQXA 5K7JA 2YSWA 1I2QA 1R47A 1HFBA 2FB2A 3QM3A 2Q3RA 1FWNA 2QDHA 4MYAA 1GT8A 1OVDA 2G95A 2PRMA 1QFEA 1IXPA 1KM1A 4HNVA 3N19B 2NZLA 1OFPA 3C56A 4LTSA 3TCEA 2QCDB 4UFIA 3A22A 3W23A 1M7PA 2F84A 4YCOA 3EX6A 2E5CA 3PAJA 1G4SA 1E51A 1G7VA 3LCHA 5HR6A 1ZHAA 3ZR4A 4GUHA 2CLOA 1O95A 4XTDA 3G18A 2PRHA 1DL3A 2HSAA 4MZ8A 1EUNA 2A7RA 4N2YA 4ZQMA 3DU0A 1QAPA 1ZY9A 1D9EA 1L6YA 4BWLC 1SW0A 3L21A 2QAFA 3GXTA 5HWNA 2QUVA 4UIOA 4FIQA 3TC7A 3UWZA 4I9AA 1TV7A 3R2GA 2FPTA 3MUXA 4WQ6A 3W70A 4M19A 3SFKA 2QCFA 3BGGA 2ZZ5A 2FFCA 4A3UA 2NWSA 2NUYA 3KHJA 3P81A 3LBMA 1M5WA 3T4CA 4YLWA 3C8FA 2YCEA 4BK9A 2W0UA 1VLWA 1GVRA 5AB3A 1QCWA 1X1ZA 2Y7GA 3NZRA 3BARA 4UTIA 3G1XA 4BR1A 5F4XA 1GWJA 4PODA 3GKAA 3TSDA 3TFCA 5K9DA 3DI1A 4IUOA 5FEPA 2GJLA 4WD0A 4LUIA 5KITA 4O50A 4MIMA 1F74A 3MHGA 3QMTA 2Z6IA 4O57A 5CZTA 5I3GA 1JRBA 3I6RA 3GDRA 1V7YA 1K7XA 3JR2A 1LP6A 2NV1A 2OT0A 2CZ5A 4HPJA 3O15A 1ZAHA 3DKJA 4AEOA 4O8RA 3NQAA 5EY5A 1ML1A 4JYEA 1VCVA 1PV8A 3B03A 1EB3A 4YXGA 5LNRA 3P82A 2FB3A 5TIMA 1OYCA 3HO8A 1F2JA 1VCGA 5AHIA 2V9DA 3IGSA 1OFOA 2Y7DA 4KWVA 2RDWA 3E9AA 1OYAA 3Q58A 4O12A 3MJYA 1NF7A 3LHUA 3PG9A 4OGZA 5CZJA 4O16A 4RJEA 2WO5A 4ML9A 1J4EA 4DF2A 4W9TA 2JK2A 5LHFA 2Q3OA 5EBUA 1VC4A 5HUPA 4RXFA 5C55A 4NU7A 3KVJA 4O15A 3W75A 4N6EA 1GQNA 1SFJA 1VQTA 1OG0A 1EP2A 4NQ1A 4AHOA 2Y88A 4QQ3A 2V82A 2QJHA 3M47A 1GEQA 2ABAA 4QISA 3CIXA 5AHFA 3TW6A 1Z42A 3TSBA 3O6DA 1F73A 3PBUA 4DQWA 1FDZA 3STCA 3ZWTA 1ZAIA 4MJZA 2OT1A 3N9RA 1DBTA 1OFAA 3QZEA 3O16A 4IJBA 4DF1A 2CZFA 2OX1A 4O19A 1SZFA 5D30A 4QIUA 4O0KA 1HG3A 1W0MA 1YTKA 3BG5A 3LCFA 3VE9A 1B57A 3A21A 4IX2A 1YTDA 1OFDA 2QR6A 2RDUA 3NQVA 3S1XA 4BI7A 3NZ1A 1FY6A 3PSWA 4UFKA 1NF0A 3C2FA 4RZ5A 4MUZA 1EIXA 2G97A 4N9CA 3P67A 4WY0F 3GDTA 3HBLA 1OFQA 3TJLA 3M6YA 3ANYA 1PE1A 2LLEA 4JN6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2FPY A;  4AD3 A;  3AML A;  4FR6 A;  4O1E A;  1LZO A;  1AQM A;  3W7I A;  5BRP A;  2XG9 A;  4JTS A;  4V1X A;  1MDL A;  4LRS A;  1I2O A;  1KGW A;  1A49 A;  3S2C A;  1JXJ A;  4N42 A;  5A94 A;  2RJG A;  5F1V A;  3B06 A;  1O60 A;  2YLA A;  2I16 A;  5A8O A;  2XN0 A;  2WCG A;  2NUX A;  4RPP A;  4WEV X;  2XIB A;  3CQH A;  1TPH 1;  2PDG A;  1FWF C;  3E0W A;  3WL0 A;  1V3H A;  3K4W A;  2NVC A;  3G1F A;  4HJW A;  4D2J A;  4B5N A;  4L4O A;  2BMB A;  2Q71 A;  4K2S A;  1IXO A;  4ICN A;  4HSN A;  4XWU A;  5CPQ A;  5FF0 A;  2X42 A;  1M68 A;  4U28 A;  3TYZ A;  2Y8U A;  3WY1 A;  3M0Y A;  2J47 A;  3ARY A;  5FF4 A;  3QOK A;  1HT6 A;  4H6K A;  3LTY A;  2OSY A;  4MLJ A;  5J5R A;  3OOD A;  3A64 A;  4HTY A;  1BRL B;  1QI3 A;  4PL2 A;  3KFT A;  1XI3 A;  5FJJ A;  1JCT A;  2HBX A;  3MA8 A;  4RKA A;  4GCX A;  4NXS A;  4L80 A;  1GKQ A;  2V5K A;  3BE7 A;  3VOG A;  4DVO A;  5LNS A;  2HVO A;  1OCN A;  5GQB A;  5A1A A;  3K8K A;  1OAD A;  3HU7 A;  4I8D A;  1JVN A;  2VX6 A;  5FAG A;  1N8W A;  1XX1 A;  4D6C A;  1K9D A;  3CZJ A;  4BZY A;  1WYI A;  2YOC A;  5CJ5 A;  2XVK A;  4GY7 A;  1XYA A;  2X30 A;  5GVJ A;  1GZJ A;  2D20 A;  3RCM A;  3R43 A;  3TR9 A;  2J7D A;  1GOW A;  2F6U A;  1WAU A;  5DBU A;  1EWE A;  5C6M A;  3GTF A;  3VDH A;  1JUB A;  4H83 A;  4R85 A;  2PC8 A;  1CLX A;  1EP3 A;  5C5Y A;  3L0N A;  4M7T A;  1VHN A;  2R91 A;  1OGB A;  3TJX A;  2J6V A;  1IF2 A;  3AYT A;  3S0C A;  3ITC A;  1WKY A;  2V0T A;  2W62 A;  3E38 A;  3DEC A;  4AHQ A;  3ARX A;  3PHA A;  1J0Z A;  1REQ B;  1WDP A;  3CUG A;  5LIW X;  4F4R A;  1IIG A;  4U33 A;  4J7R A;  1GEH A;  2J7G A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2NX3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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