2QAFA

Crystal structure of plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate decarboxylase covalently modified by 6-iodo-ump
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-activity relationships of C6-uridine derivatives targeting plasmodia orotidine monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5' monophosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 119
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qafA00
3IRDA 3OIXA 4A21A 5FF2A 4IWWA 2E5CA 2ATSA 3G1FA 1TV5A 1MEHA 3C61A 3LOTA 3SECA 3G8RA 2BZNA 3W2UA 3N34A 3PB2A 1W37A 4H6KA 4HSOA 4BK9A 1IXQA 1TPVA 1WYIA 3W1RA 3Q94A 1UUMA 5CPMA 3W2LA 1OHLA 3EWYA 2E09A 3GYEA 4M7TA 2FTPA 2YXGA 5K4ZA 2J9XA 2A7NA 4LW7A 3KRZA 3N9RA 3WK3A 2G97A 4GRSA 5KZEA 4MLJA 2E6DA 2YX0A 5LKYA 4O57A 2CFFA 3HBLA 3BLFA 3HG3A 5D04C 2VEPA 5AHMA 3OG3A 1HFBA 3DI1A 3G24A 1D3HA 1IIHA 2C19A 3OVPA 1GVQA 1BEUA 1W31A 4AHOA 3EX3A 1JR1A 2YYUA 3EWWA 3CHVA 3PM6A 1AW5A 1DVJA 4O1BA 3Q37A 2X1UA 3NQVA 4O14A 3ANYA 3VI2A 2UV8G 5AC6A 4IUOA 1X8FA 4PTNA 4EWND 4XKYB 4LC8A 1Q6RA 1XFBA 3UWYA 4CQ9A 5K9DA 4IPIA 3PUOA 3SGUA 4MYAA 1FWRA 3W7HA 4O52A 2ZRVA 4FXRA 3C2FA 5CPLA 4A22A 5DBTA 2DZSA 5F2MA 2BTMA 4P61A 3M7WA 3C2OA 4MPQA 5U7SA 1SU5A 3L21A 4WUIA 5FF4A 1TTJA 1A5AA 4CNOA 3DH7A 5KINA 4KWWA 1LROA 1DORA 1XUUA 1O60A 4UTWA 4IPJA 4IXHA 3CU2A 1BKSA 2ZA2A 4S2CA 4LRTA 4CNPA 1O95A 1DQWA 2Y63A 3R13A 3M1ZA 3P74A 4U4MA 3UWVA 2C16A 3WJXA 2I9EA 4JTFA 4LVAA 1Z48A 3W1NA 3WK0A 1T96A 4KFNA 3GDMA 3KVLA 4YLWA 4MIMA 3NL6A 3BW3A 4TIMA 2VFFA 3PBYA 4R34A 4CCDA 3O07A 5HJLA 4LTSA 1AMKA 3TW7A 4JY9A 1W5NA 5CGQA 1S3HA 1VHCA 4JTSA 4IXXA 3PB0A 4MFEA 3TQVA 3USBA 4DF0A 2QDHA 1MXSA 3ATYA 2OX1A 4HNTA 3FS2A 3W2MA 3W72A 1JCNA 2X16A 3GX9A 4K7VA 3WJZA 1VYSX 1L6WA 3UXDA 3W1AA 2TMDA 4TO8A 5FI8A 1ZJIA 5AHFA 2DJXA 1SO3A 2ABAA 3L0NA 3GLCA 3W84A 1JULA 3TR2A 2CZEA 2DP3A 1GZGA 1SFLA 3Q58A 4O1AA 3A5VA 5GVJA 3LCIA 3E96A 3GVGA 1BWLA 3DAQA 3W7CA 2CZDA 3ABRA 1ZCOA 3I7RA 3EXSA 2J6XA 1XBYA 4O17A 5J5DA 1L6YA 4DF2A 4DXVA 2YSWA 3CTLA 2Y61A 4U28A 4DF1A 4JTIA 2X30A 2V2DA 2ZRWA 3IV3A 1AW1A 4HSNA 4ICNA 2GQ9A 4Z1BA 4MOZA 3VE9A 3BO9A 1H1ZA 4YL2A 4HN4A 5TBOA 3TQ0A 4MLRA 2DZXA 4HIBA 2ZBTA 3AO0A 5K2ZA 3B4UA 3ZS4A 4QSHA 4IX0A 1M6JA 3P84A 4DBDA 4UTWC 2A5HA 5I3HA 3TJLA 1ZAIA 1TTIA 2TPSA 5L9FA 4W9TA 3LI1A 3KXQA 4XUGA 5TIMA 5MHBA 4Y8FA 1JQVA 1LRTA 4M19A 2HS6A 2TSYA 1GYLA 3M6YA 2X1TA 3THAA 3FYPA 4OWGA 3TXVA 5LGZA 2FQIA 2WO5A 4XZ9A 3SFKA 3RU6A 4LUIA 4R7JA 4UCGA 3TMLA 4UFMA 3UWUA 1KM1A 3QRHA 3GNNA 1GVSA 1KM2A 3NQCA 3NPWA 2WSRA 2CLFA 1TMHA 5G4EA 3SSJA 1I45A 3S5YA 1LORA 3MBDA 2QCCA 1J2WA 3HJZA 3TIMA 2QUVA 4OGZA 4O11A 5ABTA 3DI0A 2VEMA 1M7OA 5BOOA 1W8SA 2CWNA 3NQ6A 1ME7A 2JK2A 3EWUA 3PG9A 3W7MA 3NQGA 4CQAA 4MFDA 2CLMA 2RKXA 3AJXA 3QC3A 4ADUA 2VEIA 5DLCA 1KTCA 2C18A 4FIRA 1GG0A 2QJHA 4QM1A 2ABBA 2ZCGA 2EAWA 1TPEA 1TPWA 1T8XA 3PUEA 4IMCA 1XBVA 5LHFA 4AB4A 3W7OA 4NNBA 3TX9A 3NVTA 1ZHAA 1KTNA 3EX4A 4N4PA 3CM4A 1I2OA 1HO4A 5HR6A 2WOQA 3MWAA 3W1MA 2YR1A 3HMJG 4O0KA 1P0KA 3M5ZA 4HNUA 3P8IA 3D0CA 3TFXA 3YPIA 4MY1A 2YCEA 1IGSA 5LGXA 3IGUA 4TR9A 3BV4A 5DY2A 3B06A 3TNOA 1FWTA 2PCQA 3IVSA 1ONRA 1EUNA 3LRMA 4JS3A 3W1TA 2NX1A 3DFOA 3GDLA 4POCA 3FKRA 4DO4A 5D38A 3W1UA 2CLIA 3P82A 4LNYA 2GVGA 4UTUA 3DXIA 4I7VA 5C5YA 5LSMA 2CW6A 1OFRA 1PS9A 3BW4A 3G1XA 2OT0A 5G1YA 3ABQA 3NG3A 3LCGA 1SW0A 3S5NA 1YPIA 1YLVA 5L6UA 2A6LA 1FQ0A 3UD6A 4FNUA 2BXVA 2H3BA 2YYTA 4Z1CA 3W2KA 1GVFA 3PC0A 4K36A 3ABSA 3LCLA 3LV6A 3MHFA 4YCPA 3MYOA 3SZ8A 2RDUA 1F6PA 1OX5A 3L65A 2QAFA 4WXZA 1FUYA 1SO6A 4PL2A 3M0ZA 2Y88A 1SZFA 5EPDA 2ZTJA 3NPUA 1TREA 2GPTA 3O6DA 1A53A 8TIMA 5BW6A 1R2TA 3DHFA 4UNKA 1B3OA 3MO7A 3W71A 2QUUA 3DU0A 4OU1A 1F6KA 4Z1AA 4M5PA 3O63A 3PY2A 1X1ZA 3QYQA 1QOQA 5G2IA 1M7PA 2HTMA 1VGAA 3HGOA 1H60A 1PCWA 3UPBA 3LCFA 4EOUA 2X2GA 1XUZA 3S1WA 4NJIA 4AF0B 3R2GA 3N73A 5F2IA 1V7YA 1VC4A 2WNNA 1N7KA 4HPJA 3W3OA 2V82A 4JYDA 1PVNA 1XXXA 5C6MA 3UY8A 6TIMA 1TPH1 4ZQMA 5I3GA 1FDZA 2V0TA 2RDWA 4LS0A 1N8FA 1IXNA 1Q6LA 4EIVA 5LNWA 2QCEA 5AN7A 3N9SA 4LVBA 2QCLA 3W7NA 3NM1A 1SUXA 4WD0A 3S9YA 2GQAA 1G4PA 1U83A 1QAPA 3B0VC 1RVGA 1GG1A 4O15A 3VE7A 3OEXA 2FPYA 2AGKA 3V75A 1OFAA 4QJ1A 2Y6ZA 4N4QA 4WZHA 4IGHA 4NJHA 1EUAA 1FBAA 1GJPA 3DFQA 1I4NA 3S8HA 1TV7A 3I7QA 1QNVA 1RZMA 2JKEA 3HPZA 3QM3A 2RFGA 4IOTA 3CWNA 3W1PA 1LLWA 3A22A 1R2RA 3INPA 4GUHA 3W7KA 1H1YA 1XL9A 3M47A 3DGRA 1XBZA 3PAJA 1JUKA 3NPVA 1QO2A 4RXGA 4UFKA 2NLIA 5CZJA 1PE1A 3G0SA 1W5QA 2A1YA 3R5EA 1NSJA 5C55A 2DZTA 3TJXA 3CB8A 4AH7A 1SPQA 5HR7A 1WA3A 1WQ5A 3PBWA 1JUEA 1AW2A 2NWSA 3G1HA 4EF8A 3KRUA 3LLFA 1T0OA 4LUJA 5BMXA 3IIZA 2GOUA 4UFHA 3CEPA 4JN6A 3L67A 4O13A 1T99A 2VELA 1G7VA 2NXHA 2QCDA 1KM3A 4S2BA 2EHHA 1O94A 1RPXA 4OV4A 1VH7A 3H55A 3N2MA 3NM3A 3TAKA 1K7XA 4K8HA 1G4TA 1W1ZA 2ZZ2A 2E5BA 1VCVA 3UWQA 3M5VA 4TMBA 1C9DA 3LHYA 4NJJA 5K3VA 4N9CA 3M9YA 3KAOA 3LB0A 2J88A 3G3MA 3TAOA 4AHPA 2BSLA 3G1AA 3SW6A 4KFPA 4UMBA 1YPFA 4YCOA 4Q33A 2PRHA 2PRLA 2GUUA 1JCJA 2B4GA 3THQA 5D03A 1QMLA 2WV8A 1OFDA 5DXYA 4DELA 1UCWA 5DXXA 1I2NA 3QSRA 1VYRA 3DFSA 3EXTA 2ZDRA 2OZ0A 4CCCA 3PWAA 2R8WA 1H62A 4GXMA 4UUIA 2F84A 3TH6A 2VEKA 4ALDA 4XBKA 5H2ZA 5AYZA 5F4SA 1G7UA 2NV2A 4M6QA 2OJPA 3C4UA 3NOEA 4ADSA 7TIMA 4M6PA 2E6AA 3LTYA 3SJ3A 4IMDA 1ZALA 1W3NA 2WSYA 1W3TA 2KZHA 4E0CA 4BI7A 3LTPA 1Z41A 1DL3A 1DV7A 4FNTA 2VFDA 4ZVJA 4N6EA 3F1QA 3LRLA 1YDVA 1OF6A 1XBXA 3QMSA 1F7BA 4A29A 3B05A 4LC6A 3T7VA 1C29A 5LNVA 4L4MA 4IMFA 1OX4A 5LNRA 5DCEA 3O1NA 3RNDA 1FWWA 4CNNA 1AL7A 4FNRA 1KFKA 3F03K 2V2CA 3UZ5A 1L6SA 3STEA 3O16A 4G1KA 1W54A 3TSBA 5E0KA 1WX0A 4JYEA 4NNAA 1QPNA 4XWUA 2Q8ZA 3HB9A 2O7SA 3FA5A 2J24A 1Q45A 2Z2UA 4Y96A 1OFBA 2ZRYA 3GKAA 4UMAA 3LLDA 1KFJA 4K8EA 3R12A 3W7GA 1LOLA 2J9YA 4KFOA 4ORMA 5F2LA 3VNDA 3B04A 3NEVA 1I8JA 3N3MA 2E1DA 3G3DA 4NXKA 1I2RA 4A3UA 4RCXA 1YTEA 2NXGA 2FPTA 1YXCA 1KW1A 2DORA 1E51A 2H8XA 5F1VA 3IGSA 1SW3A 3TDFA 3GNDA 4HHPA 1SO4A 3ABOA 3DKLA 3RFAA 1A5SA 1VLIA 4JX6A 2BWGA 2PE4A 2YGYA 5C2XA 3LXCA 4WY0B 3TUUA 5K9XA 3W7LA 2R14A 3BG5A 1B57A 3JRKA 3UNDA 5K7JA 1EPXA 1HTIA 2VXNA 3GXPA 4HPXA 4MKNA 2VOMA 1GT8A 1K8YA 1V5XA 4M6VA 3PSVA 5CG7A 2R91A 4NVTA 3LBMA 1EP3A 2EKCA 3EWZA 4NNCA 1UB3A 1LRQA 1K8ZA 5D02A 1TB3A 2ZZ1A 2RDTA 3NXFA 4Z0JA 3C2EA 3BK0A 1Z44A 3Q2DA 2C3ZA 1W3IA 5EKYA 4A2SA 2WQPA 4UTKA 3CQ0A 3PULA 4GFSA 3BVJA 5FEPA 1FCUA 4RXFA 5D2VA 3EX2A 2QUTA 1EP1A 1F05A 1OFQA 4DEFA 1FCQA 1MEWA 1GOXA 3P62A 2OCZA 1C8VA 2ZYFA 4OT7A 2WNQA 1P4CA 4KKXA 5D05A 4K38A 4ORIA 3PBVA 3GR7A 1GWJA 1G67A 3PSWA 1A50A 3LGEA 5HUPA 4AHQA 5I3FA 1F5ZA 3C52A 4JTLA 1LBLA 5IM51 4BR1A 2I14A 4LS2A 1CW2A 2NUWA 2E77A 2E5DA 3QZEA 2V2HA 4R53A 2XN1A 3W1QA 3WFAA 4RZ6A 4B5NA 3W86A 3A5FA 4AVFA 5K9CA 5I3IA 5DCDA 2NX9A 3P7YA 4JIQA 3GXNA 1A5BA 4UFIA 2P10A 3FLUA 3TE9A 2XN2A 4MZ8A 1FWNA 4N6FA 4ZQNA 4TU1A 3DHDA 2CZFA 5SWUA 1JJKA 1YDNA 4D2JA 3N14A 3GIYA 1N55A 4N2YA 3TC6A 2GJNA 3HIJA 2V5LA 4R33A 4JDYA 1LOQA 3UY7A 4Y90A 4UFJA 2QCFA 2GVLA 1IIGA 5KTLA 2ZZ4A 4UTLA 3KFTA 3PUDA 3W73A 5DCBA 3GB6A 4JX5A 4Q4KA 3EWXA 5KZDA 1K02A 3JR2A 3O6CA 1H7XA 1LBFA 1UASA 1F73A 3M43A 3FOKA 3TK7A 3B0UX 1QO5A 1G69A 4XQ6A 1ZAJA 1WAUA 3MUXA 3P8JA 1AK5A 1VCFA 3E49A 3QW4B 1K8XA 2CLLA 4N02A 3ZR4A 2VKZG 3S1UA 3QH2A 1RQEA 3HG5A 3KVKA 3NQAA 2FB3A 1OYCA 1NAL1 3U2OA 4LU0A 3R89A 4M7SA 4LT9A 2H90A 1QWGA 3P81A 2DZPA 1OFEA 4JICA 4C1KA 2YZRA 4HKPA 1TJPA 4AWTA 3QMRA 5D30A 1J5TA 3W7JA 4JD4A 5KZMA 5CPOA 4PL1A 1G4SA 1AG1O 5HWMA 4N9EA 1TYGA 2YDAA 5CZSA 4GUFA 3S1XA 3SIZA 5DY3A 3P80A 4EF9A 4NZJA 3LHVA 1EX5A 2V8ZA 5I3JA 4ZQRA 2A7PA 1ML1A 3LCHA 1FCBA 1WV2A 3LCXA 2VENA 3C2RA 3GAKA 3R8RA 3QEZA 3T78A 3KHJA 3UPWA 3NO5A 4ADTA 1NF7A 1QPOA 4KWVA 2YFNA 3C56A 3P5YA 3LM7A 5AC7A 4UTIA 5EMUA 1LM1A 4N9BA 1L2UA 3STCA 3C0JA 2NWRA 4WXYA 1H7RA 1J4EA 4PA8A 4X22A 4QIUA 5E93A 2FPVA 5AFDA 1OX4B 3GK0A 2R94A 3W22A 4JX4A 4UTJA 5AHEA 2DZVA 3LTSA 4XKYA 2ZZ6A 2NV1A 4DPQA 3CC1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OIX A;  5FF2 A;  2C71 A;  4IWW A;  3CZJ A;  3WBE A;  2E5C A;  3G1F A;  9XIA A;  1JYX A;  3CGT A;  3IRS A;  3SEC A;  3G8R A;  2D24 A;  1A5M C;  1M04 A;  4GNV A;  1CLK A;  3PB2 A;  1NQK A;  2JQX A;  1W37 A;  4H6K A;  2AKZ A;  1IXQ A;  1WYI A;  1WE5 A;  3W1R A;  2W63 A;  1SFS A;  3VKK A;  3OLI A;  4I8D A;  1IR2 A;  5M2F X;  5A6S A;  2YXG A;  3KRZ A;  4ERG A;  5EMK A;  1MXD A;  1UZH A;  3UFY A;  1A0C A;  3LSB A;  4JTD A;  2P3E A;  4FAM A;  3KBJ A;  3B8U A;  2J7G A;  3ZJ8 A;  1PYF A;  3HG3 A;  5AHM A;  2GGH A;  3OG3 A;  1HFB A;  1NWU A;  1IIH A;  3OVP A;  1GVQ A;  3AIU A;  1XIN A;  3VIG A;  4N0R A;  3JZE A;  4KF1 A;  3EWW A;  3SQS A;  4EXB A;  1AW5 A;  1DVJ A;  4U3C A;  4EPB C;  3B4Y A;  3EOE A;  3UES A;  4O1B A;  4XIA A;  2X1U A;  3NQV A;  2PDK A;  4OBR A;  4AVO A;  1Y5V A;  5AC6 A;  1DWI M;  2UBP C;  2HPI A;  4UB9 A;  4TOQ A;  4WK9 A;  2OO6 A;  2J75 A;  1RK6 A;  3I4E A;  4MYA A;  1FWR A;  4DM1 A;  4FXR A;  5CPL A;  4A22 A;  1LT8 A;  2Q8X A;  5DBT A;  2DZS A;  2BOG X;  5F2M A;  4ICC X;  1E43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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