2QAFA

Crystal structure of plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate decarboxylase covalently modified by 6-iodo-ump
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-activity relationships of C6-uridine derivatives targeting plasmodia orotidine monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords Orotidine 5' monophosphate decarboxylase
total genus 119
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qafA00
4QISA 2PRMA 3P61A 1K7EA 4YL2A 2Q3RA 5CSRA 1FDJA 3KVMA 1XBZA 4XBSA 3NOEA 1EX5A 1G7UA 4ZZ9A 5CZJA 3HGJA 2QUVA 3PSWA 1OYCA 4E2DA 1O5KA 4PFMA 1L2UA 2JKPA 1DL3A 3GZ3A 3PUEA 1FCUA 1ZALA 3EWUA 2CLHA 3TW6A 1H7PA 4BI5A 1GZGA 4EF8A 2Y70A 3C2OA 3NZRA 4JYEA 4S2CA 1YXYA 4Y96A 3OG3A 5DCDA 1H63A 1S5VA 2G5WA 2EKCA 3KRUA 3W23A 2PE4A 4CNNA 4AMAA 3W3OA 1X7FA 4K7VA 4NQ1A 3UZ5A 3DAQA 4K37A 2ALDA 4LY8A 3STEA 1AL7A 1M5WA 1EPXA 3ABSA 1LBLA 3WJZA 2X1RA 4NJHA 3B03A 3S5YA 5FF4A 1TREA 2GQ9A 1DQXA 1L6WA 3RNDA 3UXDA 3M6YA 4JR5A 3P82A 3HG3A 4IMCA 3OA3A 4LW7A 2E5DA 3TFCA 1BWKA 1W54A 1OK6A 1XKYA 1UUOA 3DKLA 1MEWA 3QM3A 1PIIA 1NEYA 2VFEA 3E96A 3NXFA 2X1UA 3W7JA 4WX2A 2G97A 1P0KA 3N9SA 4GUJA 4UNLA 1LTDA 5HNRA 2YW3A 3C4UA 4GWEA 4O1BA 4UCGA 1M7PA 3W7MA 3P7YA 3QRHA 1YXCA 3GKAA 4PL1A 5AOUA 3S6DA 3DFNA 1KM4A 1FCBA 1SW0A 5D05A 2NWSA 1JUKA 4H3DA 5IM51 4K36A 2AAMA 1Z44A 2DZXA 2TRSA 4WJEA 3STGA 5AHEA 1N55A 1THFD 1WX0A 4TO8A 4HNTA 1ME7A 3MYPA 3TR2A 3W85A 2VOMA 4JYDA 4LS0A 1ZFJA 3UWZA 1WXJA 3W6YA 1TMHA 4BF9A 3ZWTA 3OVQA 1FUYA 1F05A 4UTKA 4XWUA 2DZPA 3L5LA 2JBMA 3E12A 5E0KA 4IPIA 3L67A 4JIQA 3L5AA 4TU1A 4O1AA 3NQ7A 3LV5A 2CLLA 2FIQA 1X8FA 3C0JA 3V75A 2ZA3A 2TSYA 3LCHA 4GUFA 3BLIA 1W56A 1W0MA 2O7SA 3GXTA 3ZWSA 3U8GA 3EWWA 2F7FA 1VLIA 5AYZA 2VEIA 5HJLA 3R89A 4OV9A 1OJXA 5BOOA 4A3UA 4AWUA 3M1ZA 3P60A 1OX5A 4NJIA 3W22A 3LHYA 2F84A 1OFPA 3S42A 3W76A 2QDGA 1EWEA 4JTGA 4N02A 1S5WA 1TTJA 3A22A 4JN6A 4EIVA 3NQFA 3EXSA 5EMUA 1KM1A 3EKLA 4LC6A 1XUZA 2Q3OA 1NF7A 3KVJA 4JTEA 5DLCA 3EWXA 3A5FA 1CX9A 3LXCA 1X1OA 2GQAA 3FS2A 4GFSA 1MEIA 2EAWA 1CW2A 3QW3A 5KITA 2E6YA 3FJLA 3U2OA 1JRCA 2GJNA 2KZHA 1KW1A 3EXRA 3O6DA 2PRHA 2V2CA 3KRZA 1TYGA 4RXFA 1G4EA 3CTLA 3NQ2A 4IX0A 3SECA 1VCVA 1Q45A 2J9YA 4MJMA 1O4UA 2CLMA 3NQAA 4C1LA 3HIJA 4GRSA 3KXQA 4M6VA 5F2GA 3CHVA 2ZZ6A 1X1ZA 3WJWA 1G7VA 4HNVA 2ZRZA 3P5YA 3G1FA 2EGZA 3W1MA 3LRKA 3HMJG 1W37A 3BLFA 3BV4A 2DZTA 4O53A 3HPZA 1SO3A 1AMKA 2OT1A 1XXXA 1VPXA 3MWAA 1KBIA 3PY2A 1TPDA 4A29A 3NA8A 3HGOA 4CQ9A 1XI3A 1FX6A 3F1QA 1GVSA 4IWWA 1T0OA 2WQPA 2DJLA 2NX1A 4LVDA 3SZ8A 4GNJA 3DXIA 3ATYA 3BG3A 1IXNA 2P0OA 3OBKA 2NLIA 1OX4A 2FQIA 4ZQCA 3UPBA 2ISWA 1FWSA 2O7QA 4ZQRA 3LHVA 1YDOA 1K3UA 1P4CA 4ORIA 4GUIA 3NL2A 3RMJA 3BLEA 1YDNA 1WBJA 2DORA 3W1UA 5F1UA 1W1ZA 5CZ0A 1SR9A 2DU2A 1O60A 5MHBA 4DPQA 5HQEA 4Z1BA 5K4ZA 4JX4A 1DOSA 4NZJA 5G2WA 3HQ1A 1VR6A 2A0NA 4BFAA 4HPJA 3GR8A 4CCCA 5HR6A 2HMCA 3S0CA 3GIYA 4BK9A 5J5DA 5EYWA 4OT7A 1QDSA 4GUGA 2D73A 3LI1A 4PCFA 2E77A 3K30A 5I3HA 2QCLA 3STFA 4LVFA 2OJPA 4QITA 5F4WA 1AL8A 4LVAA 2FTPA 1F6KA 4CQAA 4UXDA 4O10A 1SO4A 1TSIA 1XBXA 4DF1A 1OFRA 5F4XA 3TK7A 3KVKA 3MI3A 1L6SA 1G6CA 5D2WA 1K8XA 3G0UA 3LI0A 1HG3A 1EP3A 4JTHA 4BWLC 2J27A 2DJXA 3TV8A 4M7SA 3HGRA 5HWJA 5LZLA 3LCXA 3MBFA 4ZQNA 4RZ6A 3CWOX 2I14A 4JTKA 5HUOA 1TIMA 4O57A 3BGJA 3IIVA 1AW2A 2RDTA 5CZTA 1KM5A 4QAIA 3SIZA 4LT9A 2CLEA 1PS9A 1OG0A 4H4IA 3NL5A 4JS3A 4JEQA 2FLIA 3CQ0A 1R47A 3HG4A 3CEUA 3LM7A 3T40A 4LUJA 3EB2A 1KLYA 3BO9A 5EKYA 2QAPA 2R91A 5HUPA 3AJXA 3QMRA 3GDRA 4RKAA 4EF9A 4LVBA 5L6UA 3R2GA 4PH6A 2ZBTA 2QDHA 4PTNA 1ZHAA 5K9XA 2B7OA 3HPXA 2JGQA 3DKJA 2QJHA 2ZTJA 3Q2DA 3UY8A 1OHLA 1YDVA 4DO6A 2A4AA 2OCZA 4Q32A 3MJYA 4UR7A 8TIMA 2JKEA 3RFAA 1PE1A 4UFHA 1SZNA 1FQ0A 1GEQA 1EP1A 5EY5A 2YZRA 1ICQA 2CW6A 1EB3A 2G96A 1TPH1 1XFBA 2PURA 2WNZA 4NNCA 2JKAA 4MY1A 1F76A 4UTWC 5CPLA 4CLMA 5EPDA 3CIWA 3TUUA 3R12A 1A5CA 3QQ1A 5HR7A 4OGZA 1WV2A 5TQLA 3TA6A 5G4WA 3HO8A 2NUWA 1SU5A 3B0VC 4K7YA 3EX3A 3M43A 4O28A 4DF0A 5I3GA 2QJIA 3MBDA 3M5ZA 1XDMA 4DELA 1IF2A 5FEWA 3S1XA 5CSSA 1LOLA 5FESA 3HPSA 4O50A 4UTWA 3GLCA 5D30A 3I7QA 5LHFA 4Z0SA 4ORMA 4IOTA 4UMCA 2X30A 1W5OA 2QCGA 1JUEA 3WK2A 4R33A 3NQDA 3G8RA 3RF9A 3W2JA 3C2RA 3W7QA 4LOCA 4HPXA 4BR1A 1HO4A 1ICPA 1OVDA 3M44A 3TQKA 1FWRA 1ME8A 4E2BA 3LGEA 3ELFA 3LBCA 2FB3A 1O5XA 4YWIA 2GPTA 2H3BA 2QKFA 1FBAA 4IXHA 5CPOA 5BMXA 1RZMA 4DQWA 2A21A 2V0TA 2GVJA 3LXAA 4C1KA 3MP3A 3TKFA 2HSAA 1YPFA 4N2YA 1WQ5A 2WO5A 2QEZA 2C3ZA 2ZZ2A 1KFJA 5E1QA 3LLFA 3GX9A 5DBUA 5EBUA 1H61A 2BSLA 4O19A 4LS2A 3P8JA 2A5HA 1H7RA 1LCOA 2DZVA 3NQCA 1KM2A 3ABOA 3A5VA 3GXPA 2CZFA 4OBTA 1UASA 3BK0A 2CZEA 2DZWA 4JNMA 2A6LA 2TPSA 1TO3A 5DXXA 5CGQA 1A5AA 3L2IA 3F4WA 3W1AA 4Z1DA 4Y9AA 1OFDA 2VFGA 4E38A 5I3KA 4HN4A 1C29A 3UPWA 2CZ5A 3MYOA 4KFPA 3PC0A 3W7RA 4MKNA 2E09A 1U5JA 3PUDA 4O52A 4JDYA 5HINA 2E1DA 3G3DA 4NUWA 5C2XA 3TFXA 2DZUA 1BEUA 4JTTA 5U7SA 3W1PA 5K2ZA 2E6DA 1VH7A 3NNTA 4FNTA 5L9FA 1XBVA 1YTDA 1Q6QA 3C2EA 3CEPA 1JCJA 4ADSA 1C9DA 2WNQA 1LRTA 2Y62A 4MVAA 1RPXA 1BKSA 1QO5A 4AEOA 1SW3A 1XM3A 3SGUA 1HFBA 1M7OA 3FA5A 2BX7A 3WK0A 2RKXA 3LCGA 2GQ8A 3W7CA 5LHEA 3L66A 2ZRVA 3MHFA 4AHPA 3PBUA 2FFCA 4P2VA 4FIQA 4IMFA 4JX5A 3W1TA 4LV4A 4AHQA 1H7WA 4MJZA 1T8XA 2W0UA 1I2NA 3FFSA 3NQ6A 2Y61A 2Y85A 3JRKA 4X9SA 4ZQPA 3GDLA 4NVTA 1A53A 2QR6A 3EWZA 2QCNA 4QQ3A 1SO6A 3QQ0A 3L65A 4O18A 4WXYA 3ZS4A 2CLOA 5K3VA 1VC4A 3QPYA 3Q58A 2WSQA 3UD6A 1K03A 4NJGA 4ADUA 1LM1A 4O15A 4IUOA 3M16A 4UIOA 1H5YA 2J24A 4YLWA 5HWNA 2TYSA 3PUOA 5E93A 2PRLA 3LOTA 1EUAA 1B57A 4XTDA 4A22A 2Y7GA 1DV7A 1OF8A 4O0ZA 2VFIA 1V7YA 3GDKA 4AAJA 4N6FA 7TIMA 4G1KA 3NQ8A 1P0NA 4UTIA 4Z1AA 3I7SA 1DORA 2VEMA 3BARA 5F2IA 4UTUA 1KFKA 3CT7A 3KX6A 2J9XA 5TBOA 4E0CA 1B9BA 2A7RA 4MOZA 4YCOA 1LOSA 4WQ6A 4EVZA 4LRTA 2ZYFA 3QEZA 5FEPA 2V30A 2VFFA 5G4EA 4CNPA 3GKFA 3P8IA 3C52A 1VCGA 2V9DA 1TPUA 2WPBA 2YYUA 4DO5A 3UWVA 3IIXA 4UTTC 3TROA 5DCEA 3TH6A 4M6QA 3PULA 3L5MA 1H1YA 1JR1A 4MY9A 1LLZA 3P5ZA 4FX7A 3LXBA 3B0PA 1JVNA 3ZR4A 2XN0A 3TW7A 2H6RA 3P81A 4FX6M 4S2BA 3QZEA 2E6FA 5D04C 2ZZ1A 5AB3A 3N73A 1AW5A 1QPRA 3TAOA 1MXSA 4MIMA 1I2QA 3TJXA 3LRMA 1W3NA 1KA9F 1L9WA 1KBJA 1E51A 2BZNA 4O13A 5HULA 2ZDRA 4LNYA 1GG1A 5KZDA 3NG3A 2NXHA 4JX6A 3G1XA 4I7WA 2C1HA 5A8GA 1KV8A 1NAL1 3NZ1A 5BRBA 1DJQA 2J9ZA 4UNKA 3N19B 3KHJA 1TRIA 4OV4A 1Z48A 1SZEA 4QJ1A 1J5TA 3B06A 1GVOA 4IQLA 3ATZA 4O14A 3BW4A 3T44A 3UZJA 2V82A 4N9BA 1W3TA 5DY2A 3NAVA 3O6YX 3A21A 2A7PA 5AC8A 5LSMA 3TXZA 1EA0A 3TIMA 3DFPA 1R30A 2CZDA 3PM6A 2E6AA 3DI1A 3QFEA 3W7KA 5D03A 4GUHA 2Z1BA 2C19A 1FXPA 4M5PA 6ALDA 1H62A 4R34A 3GAYA 4GXMA 2EF9A 3M5XA 1ZY9A 3W7NA 2C6QA 3BG5A 3AO0A 3GR7A 3N9RA 1PHQA 4W9TA 3NQMA 4NXSA 5G1TA 6TIMA 5A5WA 5FI8A 3C61A 3QPZA 1ZNNA 3W7IA 3W7GA 4WXZA 3BW3A 4FIRA 1SFLA 4RCXA 4DF2A 4JTLA 1FCQA 4FNSA 4OQVA 2Q8ZA 3IIOA 4HKPA 1D3HA 4K38A 1J4EA 2FDSA 4Q33A 2CLFA 4MYXA 4ADTA 1KTNA 4MZYA 2YSWA 2X1TA 3L68A 4XUGA 1N7KA 1RD5A 2QUUA 3UWQA 3W7LA 2GOUA 3NDOA 4AF0A 5KZMA 3W7OA 2NX3A 4MUZA 4WOZA 3NYZA 3UY7A 3LTYA 2RHGA 4MLRA 1EIXA 2V8ZA 2DP3A 3LDVA 1DHPA 4FB7A 1IXOA 1K8YA 3HG5A 5D2TA 1F73A 1UCWA 3M41A 4LU0A 3C56A 3VFLA 1OFBA 1VGAA 1FWWA 3E49A 3BPWA 3H55A 1JULA 4ICNA 2V2HA 5F1VA 1F6PA 4ZMGA 3N2MA 3B05A 2V81A 1PL9A 1WAUA 2R14A 5G2IA 4M7TA 3NEVA 4MPQA 5D2YA 1OFOA 1OYAA 1TPB1 2NWRA 2Y6ZA 1LDCA 1QR7A 1FXQA 3KAOA 3C6CA 1I2OA 3QH2A 3CC1A 3UQNA 4WZHA 2BWGA 4FO4A 1ZAIA 3V1PA 1JCMP 2RH9A 3W2UA 1KV5A 2QCFA 2VKZG 1W5QA 3WJSA 1WYIA 1XCFA 1NSJA 2EHHA 5C55A 3H54A 3W73A 1TCDA 1XDLA 4AHOA 3PB0A 1YADA 3WJYA 1VLWA 5KZEA 1GVQA 1FCVA 2Z6JA 5CPMA 2C13A 3W86A 4JDBA 3SY5A 4PC8A 5U4NA 1U83A 4FNQA 4RZ5A 3HF3A 4X3ZA 2QUTA 3RLUA 3DGRA 1N8FA 3Q94A 2WKJA 1VRDA 1EUNA 4PL2A 1GOXA 4HSNA 4J9JA 4K8HA 3GXNA 3HOJA 3TE9A 5DCBA 2C16A 3TX9A 4ML9A 3C2VA 4DXVA 3EWYA 1Z42A 5I3IA 2B7PA 4JICA 5D2VA 4O16A 3W7HA 3D0CA 1ZCOA 5IBXC 1K8ZA 2X2GA 1EEPA 1A5BA 3FLUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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