3LHVA

Crystal structure of the mutant v182a.i199a.v201a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAAIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lhvA00
1A5CA 3KHJA 3LCFA 4LWWA 1PE1A 5BRBA 3NM1A 1Q45A 2Y88A 4XTIA 3T7VA 1QDSA 2VKZG 1G4PA 4U28A 3W1XA 3GB6A 3P84A 1V5XA 1EP2A 1OFAA 2AGKA 3L5LA 2Y7EA 3W73A 2EF9A 3UZJA 3NG3A 3OVQA 4UR7A 4O0KA 5BNKA 5FEWA 2J27A 4UIOA 3BW2A 4Z1AA 4IX0A 3PBWA 5LSMA 1W56A 1SW3A 3PAJA 2RKXA 3S5ZA 3STEA 2EGZA 1F73A 1LORA 3ABSA 2B7PA 3IVUA 5AHFA 3LRMA 1RPXA 2JKEA 3QC3A 1YXYA 3CEPA 3MBFA 1LBFA 3LERA 4WUIA 1EP3A 2A0NA 3QMSA 1TREA 2JGYA 1LOLA 4KFPA 4L4MA 4UCGA 2Y62A 1PVNA 1M7OA 3O15A 1H7NA 3KOFA 1JUBA 2ABBA 4UNLA 5D2WA 3HF3A 4KFOA 2J24A 4M6QA 1SO4A 1W3IA 3OVPA 4N9EA 4TMBA 5DXYA 5HWJA 3TSBA 3H53A 1QMLA 4JTSA 3HG4A 5FI8A 4UTMA 2E6FA 1T96A 1ZFJA 4PODA 3S5OA 3LB0A 2C19A 3C8FA 2B7QA 4JTJA 3G8EA 1FX6A 1HL2A 2J9XA 3L0GA 5DCEA 1Z42A 4RZ4A 1U83A 3W76A 5A8GA 4BWLC 2DU2A 1EIXA 4QJ1A 1KTBA 3PUEA 1QOPA 1KM2A 5G4WA 3LCXA 1IGSA 3TDFA 3BGGA 1W5MA 1HUVA 3EX2A 2Y7FA 4GJ1A 5G2HA 4Q33A 5HUPA 4FNUA 3S42A 3PS7A 4CQ9A 4NXKA 1VC4A 1A5BA 1WXJA 2X30A 4UTHA 1PS9A 1FCQA 1SQ7A 3MW7A 3O6CA 2EHHA 4FNQA 3UXDA 2GVLA 2R14A 1Z41A 3QM3A 3EWYA 1TPEA 5KZEA 5AHEA 3QFEA 2WV8A 2O7QA 3NVTA 3G0SA 4O57A 1T8XA 4JTFA 6TIMA 2ZZ2A 4O13A 4IMGA 5EA9A 3TW6A 3TQVA 2QCDA 2XN1A 3TXZA 4JX4A 4Q4KA 1AW2A 1O4UA 3TK7A 1H7RA 1QFEA 4UXDA 3RLUA 4LVDA 1X8FA 3NA8A 5IBXC 4WX2A 5HNRA 1FCUA 3MHFA 2VOMA 1GJPA 4PL1A 2W0UA 3P74A 2GQ8A 1OX5A 3G1FA 3FKRA 1R2TA 3G1AA 1YXDA 3LHTA 4UTJA 3TR2A 3DU0A 2ZZ6A 4AHQA 3UXAA 1ZNNA 3L21A 1RV8A 3DFSA 4X3ZA 4CNOA 5CPLA 5F4WA 2G5WA 4MKNA 4JYFA 3W7LA 1ZY9A 2E5CA 1EPXA 3KXQA 4GFSA 3R12A 1K7FA 3TU9A 3VKJA 4QITA 1LCOA 1OFEA 3BPWA 4IMEA 2JKPA 1W5PA 3L9CA 1EWEA 2E77A 3NQDA 1HO4A 4AWUA 4EF9A 2PRHA 3LV6A 3PC0A 2X2GA 1KFBA 1B3OA 3UNDA 3STCA 4GUHA 3EWXA 4DPPA 3STGA 1D3GA 2ATMA 5LHEA 4ZZ9A 4E2BA 3P80A 2GPTA 3BARA 5EYWA 3MWAA 2A7NA 4NJIA 5AFDA 3M16A 5K4ZA 3W22A 4LUIA 3A22A 2VELA 4IMCA 2AQWA 1JJKA 2NX1A 3BVJA 5CG7A 1MO0A 3W7DA 4FXRA 3NPXA 3S5NA 3UYCA 3F4NA 4JTGA 4JY9A 3HB9A 4IPIA 1FWSA 3CB8A 1BWLA 3LGEA 1GG1A 1XBZA 4OWGA 4Y9AA 2QF7A 4ZQCA 1XDLA 5FEZA 3LHUA 3M41A 2NV2A 1VYSX 2R91A 4HT3A 3W7CA 3THAA 3UY7A 1P0NA 3QJAA 1A5AA 3BG5A 1GTEA 2DJXA 1Z44A 3LBMA 3UWWA 3C2OA 3PF3A 2DP3A 4O1BA 1TQJA 2ZZ3A 1N7KA 5FESA 5I3KA 5IM51 4JTEA 4UMBA 6ALDA 4YL2A 5HJLA 3S1WA 3GNDA 4P61A 2A2IA 1GVOA 3LDVA 1NF0A 2G97A 1W31A 3FJLA 1QCWA 1UJPA 5CKSA 1GYLA 5EPDA 1I8JA 1WOAA 5BMXA 1LLZA 4UTLA 3TSDA 3PB2A 2KZHA 1FCVA 1LBLA 3BLFA 2FB3A 2QDHA 3W2UA 3HG5A 4IUOA 3DFPA 4AH7A 3KX6A 2ZCGA 1YYAA 2TPSA 3BLEA 3V1PA 1BEUA 1TV5A 3GDMA 2A85A 3UD6A 3LRKA 4OGZA 3G1VA 3DKJA 3ABOA 3BG3A 2DZPA 4Y96A 5D02A 1YADA 3NXFA 4YCOA 3QMRA 1WX0A 4NNAA 3W7GA 4ADSA 4K37A 4DO6A 1ONRA 1DQXA 2GJNA 3E02A 5DN1A 2VENA 2NUYA 4NVTA 2OT0A 3IGUA 1UUOA 3F1QA 3L0NA 2LLEA 4PA8A 4HSOA 4XKYB 3C2VA 3G3MA 3NL5A 4K8HA 2VC6A 1XM3A 3BG9A 2E09A 3S1VA 1OYCA 1W37A 4RK8A 2QCGA 2QUVA 3QQ0A 5G1TA 1WAUA 3W71A 4CQ8A 4JICA 3NQAA 2JBMA 2J9ZA 1JQXA 1BWKA 3W1PA 5GVJA 4MJZA 3IRDA 3L66A 1XL9A 4M7TA 2NX3A 5ABTA 1OHLA 5TQLA 2C15A 2Y7GA 4LU0A 1NEYA 3O1NA 3THQA 4YLWA 1X1OA 4DF0A 3GR8A 1O60A 3HO8A 2ZZ4A 4JYDA 2A7RA 3W2KA 3QW4B 4KKXA 3M1ZA 3B0UX 5E1QA 2YW4A 1LDCA 4K7YA 3BGJA 3LHZA 1ME8A 1OF6A 1PIIA 3RK8A 1HG3A 1R2SA 2QUUA 2TYSA 3W7PA 1GVFA 1DJNA 3USBA 1VCFA 1DV7A 4LNYA 5J5DA 1J5TA 1FWNA 3UZ5A 4O1AA 1VYPX 3NM3A 4DF2A 4WXYA 1RZMA 3WJZA 2A21A 3NQFA 2CLMA 5G5IA 4FX7A 3KRUA 1ICSA 2ZA1A 4AF0B 5F4SA 3IGSA 2GVGA 2NV1A 3E96A 3OBKA 1SW7A 4NZJA 1WBJA 3P5ZA 3DZ1A 1JCYA 4Z08A 2X1UA 2GOUA 1VLIA 1G4SA 2NX9A 1KM3A 1TPB1 4O11A 2XN0A 3SGUA 3VE9A 4FO4A 3NQVA 3I6RA 1RR2A 4CQAA 5AHMA 3DI1A 1QNVA 3SECA 3K30A 4Y90A 3P67A 3PY2A 5F1UA 2ZRXA 4ONVA 3W84A 4IX2A 2G95A 1K8ZA 1L2UA 1F5ZA 3HG2A 4ZQRA 4IGHA 3MMTA 4JYEA 4OE7A 5K9DA 3EEGA 5EY5A 4JTKA 2TRSA 3C3NA 4KWVA 1LM1A 5D2XA 4UFLA 3MP3A 1GQNA 1OJXA 2QJHA 3RF9A 5LZLA 2BX7A 3W1NA 2ZRVA 3IIXA 3NEVA 3EXSA 2H6RA 1QPRA 3M5ZA 4W9TA 1H1YA 3LBCA 1SPQA 2CZFA 4P2VA 4R34A 3GXPA 1WBHA 4K38A 3PWAA 4TO8A 1W54A 3LXCA 3NYZA 4CCEA 3QH2A 4C1KA 4LC6A 1XXXA 3PSVA 2VEMA 4UTKA 3NQ7A 3QF0A 3GYEA 1F7BA 3P82A 3M5YA 3SIZA 5CPOA 3S9YA 2FTPA 4LUJA 1FCBA 1N55A 4ZQPA 1M5WA 1IIGA 3LTSA 3L68A 3HMJG 1T99A 1KM6A 3IEBA 4LRSA 4LV4A 1UBSA 3T44A 3P7YA 3LCGA 4WY0B 1IXOA 1EWDA 1LOSA 3HGRA 4ORMA 4D2JA 8TIMA 4RR4A 3LTYA 3NL2A 2VFEA 2I9EA 1TV7A 3ZR4A 3CIWA 3DFQA 4Z0SA 1TMHA 5FF2A 1DVJA 3S5YA 2ATSA 4ZMGA 3W6YA 4O4VA 5KITA 1I2QA 3VI2A 4FX8A 1CI1A 3TSMA 5CSRA 3G1XA 2PCQA 4O54A 1GTHA 3M43A 1QO2A 4NZFA 1YTEA 3M0ZA 4MIMA 3NNTA 3S1UA 4DELA 3MYOA 4HNNA 1AL7A 3G1HA 2F7FA 3GIYA 3TKFA 4NJGA 1NAL1 3NQMA 4FNPA 4BWLA 1OFOA 3T40A 1F6PA 4ADUA 2FB2A 1MSSA 2QEZA 1B4EA 3PSWA 1TJRA 1J4EA 4IOTA 3S0CA 3B0PA 2RH9A 3LI0A 3DFTA 3VCRA 3UWQA 4WQ6A 2BLEA 2CLOA 1DOSA 3GKAA 4MY9A 5DLCA 2A6NA 5DCDA 3MI2A 5C2XA 4FIRA 2ZRUA 3RFAA 1VHNA 2QCMA 3FIGA 3NGJA 5K4XA 2ZA3A 3R13A 5KTLA 3LI1A 1TPVA 2V30A 4G1KA 3LXAA 1SZGA 2YSWA 3OA3A 5BW6A 4AMAA 7TIMA 3MP4A 1VZWA 1XUUA 4LRTA 1SSDA 3WK0A 1OFPA 2RDUA 1W5QA 3C52A 4XQ6A 1LTDA 1ALDA 4XBKA 4N9DA 5IBXA 4O18A 3FA5A 4J9JA 4DO5A 1XUZA 4HPXA 3WJWA 4WOQA 5D2VA 2Z1BA 3W2NA 1HFBA 2CLHA 1KBJA 1LP6A 3NQGA 4RJEA 1IXNA 3O8AA 3ATZA 3W85A 1QPNA 3TMLA 3TCEA 1TTIA 4NJJA 3LCIA 4NNBA 4OU1A 1K3UA 5F4XA 5DY2A 3P5YA 3GDRA 4Z0JA 3PVFA 3PUDA 3DENA 2AAMA 3EKZA 3EWBX 3N34A 5AHIA 4RV8A 1R30A 2WSQA 3O07A 4A22A 1M6JA 1EP1A 1TPUA 2QDGA 1P5BA 5CZTA 1VH7A 4PH6A 1KFEA 2C0AA 4JS3A 1GEQA 1MXSA 4O10A 3EX6A 4XUGA 4S2CA 3NPUA 3TX9A 1LROA 3O6DA 3HPSA 3LCHA 4WD0A 4X9SA 1W8SA 1KLZA 1BKSA 4M7SA 1OFRA 3GK0A 3GXTA 3DBPA 1EUNA 3G3DA 1AL8A 2Q8ZA 2JK2A 3HOJA 5HR7A 4DBDA 3M47A 4MJMA 5SWUA 1K7XA 2J6XA 1VCVA 2YW3A 1EX5A 1H5YA 2A1YA 4KWWA 2V2HA 3WK2A 5KINA 1QOQA 3R5EA 5EMUA 3PG9A 1OFQA 4FX6M 3U2OA 3FYOA 3O16A 3SGZA 3LTPA 4O4WA 4RZ6A 1DKWA 4NNCA 4XKYA 1XI3A 3SR7A 3KAOA 3QEZA 3TE9A 3W7RA 4PC8A 4IMFA 4NJKA 4MZYA 1MEIA 4PL2A 2V8ZA 5AYYA 3BLIA 3HPZA 2HS6A 3OEXA 4OV4A 1MEHA 4DF1A 4R7JA 4QQ3A 3B4UA 2R8WA 4HIBA 3NL6A 3ZS4A 1AW5A 1SU5A 1W3NA 4I9AA 4NXSA 5HWMA 2CZDA 3LX9A 2ZZ5A 1R2RA 3E9AA 1SO3A 2W6RA 2E68A 1F2JA 5AHNA 5AOUA 3MO7A 5TIMA 2VFFA 2VEPA 4LS2A 2Z6JA 3UPBA 4RZ5A 4UFKA 4JY8A 4O12A 1S5WA 3G0UA 3NO5A 4IXXA 2ZTKA 2E6YA 2P1FA 5FF0A 1Q6LA 4UTIA 3GXNA 3TROA 3W1LA 2G96A 5U4NA 4MYAA 3QRHA 2ABAA 2QKFA 3T4CA 4H6KA 3QSRA 1ZAJA 2A6LA 1DBTA 4ZQNA 2WPBA 2CU0A 4LVBA 4O53A 1O5KA 3E0IA 4R53A 4OHQA 2X16A 4UMAA 2FQIA 4Z1CA 1FWWA 5AB3A 2V81A 3IVSA 5D03A 3MYPA 2CZ5A 2VEIA 4UFIA 1VYRA 4UFMA 5K7JA 4PFMA 3HGOA 1XBXA 2FLIA 1SZNA 3LHWA 3EX1A 1RQBA 1FWTA 3A23A 5C54A 3PB0A 3LCWA 4Y8FA 5E0KA 2BSLA 1TRIA 3B04A 4MPQA 5D38A 3TFCA 2Q8LA 1K8XA 4UFJA 4DO4A 3TV8A 3TW7A 3QMTA 1HO1A 3ELFA 4WXZA 1FDZA 2XFWA 2FIQA 3CEUA 2GVJA 1OABA 4LC8A 3IIPA 3TC6A 2CZEA 1TPDA 2E6DA 4YWIA 4IQLA 3EB2A 3G18A 3P8IA 4MOZA 5CZ0A 5LNVA 3NQ8A 3LCLA 1LYXA 2PRMA 3CPRA 4N6EA 1OYAA 5CZSA 3TNOA 3N2XA 1K7EA 4LVGA 4HHPA 1W0MA 1WOBA 2H90A 5CPMA 3G8RA 2C1HA 2Z6IA 1ZAIA 3IIVA 4YXGA 1IIHA 2CFFA 5C6MA 3C56A 4GNJA 5CPNA 1YLVA 1KM1A 3P60A 3C2EA 3I7RA 1ADOA 1FXQA 1SUXA 1TTJA 1WV2A 3CIXA 2ZZ7A 3SZ8A 3FKKA 3C4UA 3MBDA 2JKAA 2HMCA 3I7QA 1SO5A 3L5MA 2QAFA 5DBUA 1ZAHA 4QNEA 2YYUA 3FOKA 4BK9A 4JEQA 3TQKA 4WY0A 1I4NA 1FWRA 1NF7A 4XZ9A 1MEWA 5AC7A 3G0XA 1Q6OA 5HWNA 1PCWA 1K02A 3BO9A 1AW1A 4UNKA 2V0TA 5D2YA 2WNQA 1GVSA 1LBMA 5LNUA 2QCDB 3RU6A 3MJYA 2C3ZA 5HR6A 3H55A 1TPWA 4MVAA 2IQTA 3TJLA 1JULA 5DELA 3W7QA 1P1XA 1PL9A 3W88A 4PTNA 2B7NA 3N9SA 4N9CA 3ZFHA 1PV8A 4LVFA 5K3VA 1K03A 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 1H62 A;  2FJK A;  2W79 A;  4XTD A;  4BI7 A;  3NQ6 A;  4M5P A;  3W1A A;  5K9C A;  2WJZ A;  2QCC A;  1TYG A;  3PR2 A;  1SO6 A;  1GOX A;  4GUF A;  5A5W A;  4JX5 A;  4UTU A;  2BXV A;  2GUU A;  3W7J A;  1H7X A;  2Y70 A;  1TB3 A;  1TPH 1;  3PBV A;  2WSY A;  3RND A;  1C8V A;  3G22 A;  1KW1 A;  1GYN A;  4YCP A;  1H63 A;  2YX0 A;  3W7N A;  2E5B A;  2DZU A;  1KFJ A;  4IPJ A;  4TIM A;  4E0C A;  4LY8 A;  3CC1 A;  1GVQ A;  3LHV A;  5HIN A;  4AHP A;  5AN7 A;  1P4C A;  4LS0 A;  1HTI A;  2ZRW A;  3W2M A;  5CGQ A;  3KVM A;  3EXR A;  4LVA A;  1RQH A;  3Q2D A;  2WNN A;  2DZX A;  1W5N A;  4AVF A;  3IIZ A;  3NR0 A;  2V82 A;  5F2I A;  2OJP A;  2VFD A;  1G6C A;  1H60 A;  2FPY A;  5F2L A;  3HQ1 A;  2OT1 A;  4QIU A;  1FUY A;  2Y85 A;  2H3D A;  3DXI A;  3GDT A;  1UAS A;  3TH6 A;  3C0J A;  4JXC A;  5D2T A;  3W7M A;  4UTW A;  1YPI A;  1L6W A;  3EX4 A;  3R89 A;  2UV8 G;  3QZE A;  3FJ6 A;  1B9B A;  4N4P A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OPS A;  3KHJ A;  3VCN A;  4LWW A;  3NM1 A;  1QDS A;  4FOJ A;  5BRQ A;  4U28 A;  5XIM A;  4A8L A;  2PU0 A;  2QV5 A;  2AGK A;  2Y7E A;  3W73 A;  2EF9 A;  2EQD A;  5BNK A;  4ENL A;  3QGA C;  3Q4D A;  2X0S A;  4Z1A A;  3BOF A;  2VI0 A;  4AEE A;  3PBW A;  5LSM A;  4GO8 A;  5CEW A;  4NAE B;  3WDR A;  1U5V A;  3CTT A;  1F73 A;  3ABS A;  1KXV A;  3IVU A;  2JAL A;  2JKE A;  1YXY A;  3CEP A;  4Z2I A;  1LBF A;  3LER A;  3AXK A;  1IT7 A;  4WUI A;  1SFT A;  3OA5 A;  2XVK A;  1QHO A;  2Y62 A;  2D20 A;  1PVN A;  1B9Z A;  3E0W A;  1XII A;  1H7N A;  3KDN A;  4K2S A;  1SO4 A;  3ARS A;  5AVH A;  3V5C A;  4N9E A;  3POC A;  1AQM A;  4YN5 A;  1AUS L;  4PTM A;  4KQN A;  2HXU A;  3H53 A;  1J6O A;  1GOQ A;  5FI8 A;  2E6F A;  1T96 A;  4POD A;  1E1C A;  2INF A;  3KZP A;  4E2V A;  2IXU A;  4C6E A;  3Q67 A;  4WDW A;  1J0I A;  3CHE A;  1KWG A;  1CXL A;  1EIB A;  1Z42 A;  3VOH A;  2IPJ A;  1UR9 A;  1KM2 A;  2CER A;  2D0G A;  2J7G A;  3LCX A;  1IGS A;  4HHH A;  3TDF A;  1W5M A;  2PI6 A;  1V4Y A;  4JQ2 A;  1FHU A;  3H22 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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