3LOT | Genus

Total Genus 107

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	310
structure length	310
Chain Sequence	DDVVIVTCAITGAIHTPSMSPYLPVTPDQIVEEAVKAAEAGAGMVHIHARDPKDGRPTTDVEVFRYICREIKKQSDVVINVTTGGGGTLGIPVEERAKVVPALKPEIATFNMGSMNFAIHPLLKKYKEFKYDWEPEYLEMTRDIVFRNTFKDLEALSRIFKENDTKPELECYDIGQIYNTAFMFHEGYLEPPLRLQFIHGILGGIGTAVEDVLFMKQTADRLIGRENYTWSLVGAGRFQMPLGTLAVIMGGDVRVGLEDSLYIERGKLAKSNAEQVEKMVRIVKELGKRPATPDEVREILGLKGKERVNF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__85114455435425__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__85114455435425__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3LOT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__85114455435425__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"85114455435425","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3LOT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__85114455435425__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structure genomics, unknown function
source organism	Archaeoglobus fulgidus
publication title	Crystal structure of PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION (NP_070038.1) from ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS at 1.89 A resolution rcsb
molecule keywords	uncharacterized protein
total genus	107
structure length	310
sequence length	310
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2010-02-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF05853	BKACE	beta-keto acid cleavage enzyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lotA00

1MZHA 4JTJA 4N9CA 4AF0B 2NX1A 4NX5A 4X2RA 3WJYA 4XKYB 2CLMA 3HGRA 3UZ5A 2ZBTA 1KBIA 3KXQA 1WV2A 3HG5A 5DCBA 4WXZA 4GE8A 2YYTA 3GB6A 3G0UA 4EF9A 1X8FA 2QCDA 2DU2A 1Q45A 2QR6A 3LI1A 3HO8A 3QW3A 3FFSA 4E2DA 1IIGA 3C56A 4N6FA 5GVJA 3O16A 1XC4A 2E68A 3DKLA 1FX6A 3U8GA 1SZNA 2VEIA 4NU7A 2NWRA 4O1BA 1NF7A 5G1TA 3BVJA 3EX6A 1LOQA 1R47A 4QSHA 5D03A 4RKAA 3TMLA 2QCCA 3R89A 3PF3A 4DELA 1KV5A 3S5NA 2Q3OA 3IRDA 2G96A 4DO6A 4OV9A 3LCLA 4CNNA 3WJWA 1KW1A 1YPIA 4MOZA 4UFKA 1SO4A 2JKEA 1TQXA 1JUEA 3C0JA 2XN0A 3S0CA 3UWZA 2VEKA 2WQPA 1GZGA 4CQ9A 2V81A 2QJIA 1B4EA 1K8XA 3TXZA 1ICQA 3W84A 1SPQA 1VGAA 3DZ1A 1WBHA 4RLIA 4H6KA 3PG8A 5KINA 1TV8A 3GYEA 4Z08A 2B7PA 3A22A 4R53A 3QF0A 1PV8A 1SSGA 4JXCA 3A5VA 3PUEA 3PB0A 3L5AA 2JKAA 4I9AA 1GYNA 3ABQA 3OVQA 1H7NA 2Z0IA 3TAKA 3DHFA 1KFBA 3NAVA 1TYGA 1TB3A 2CZEA 3LRMA 4LUIA 1L9WA 1L6SA 3P61A 3T78A 2NUXA 2ZRWA 5CSSA 1FCBA 2QF7A 3G1FA 5LNRA 1A5CA 1W0MA 2ZZ2A 1KM6A 3W7NA 3P5ZA 3W83A 3EX2A 4ZQRA 1GVOA 3FYPA 2E6AA 3BO9A 3KVLA 2V8ZA 1QOPA 1YXYA 2H8XA 1TRDA 3FIGA 2DJXA 1K3UA 1QPRA 5HWNA 1DV7A 4JTLA 4A2SA 3ABOA 3EX3A 3E49A 5J5DA 4RZ6A 3HBLA 1OYCA 4RXGA 2CZ5A 3BGGA 4LV9A 3QSRA 4Y9AA 2RDWA 3N14A 4PL2A 3TDFA 1JRBA 5D30A 5TBOA 2VFEA 1BKSA 4TMBA 2WPBA 2VFIA 1WOBA 1OFQA 2XN1A 3S1XA 2CLLA 4JYEA 4A21A 4GUGA 2I14A 1AW5A 4MUZA 4RR4A 3I7QA 1W56A 1YDVA 2EHHA 2QUVA 1A5SA 1SFJA 3LHZA 4WZHA 1Q6LA 1QO5A 3LXAA 2ISVA 3PULA 2W6RA 3EWXA 1GVSA 2FPVA 1K03A 1H60A 3LHUA 4JDBA 3SJ3A 5D2VA 2A7PA 1DJQA 4FX8A 1AW2A 5U4NA 2H3DA 4BFAA 3PG9A 3ZS4A 1KBJA 5AHEA 1DL3A 1ME8A 1KFEA 3E9AA 1KLYA 3MO7A 4MY1A 4DBDA 4FB7A 3Q94A 3L65A 4O52A 1A5BA 5HWMA 3EXSA 4O18A 5CSRA 1F05A 3QRHA 3NQDA 1HTIA 2VELA 3PUOA 3O6YX 3OEXA 3IGXA 4JX5A 1F76A 1W5QA 2ZZ4A 1FUYA 3FA5A 4FHAA 1G67A 4CQ8A 3DGRA 2A6NA 1XBZA 3DI1A 2YDAA 2ISSA 3TC6A 3W7PA 3M1ZA 4UTMA 4MYAA 1FWWA 3W7JA 4FNPA 5G2HA 2NZLA 3GKAA 4LVGA 1F7BA 1LORA 3IEBA 3JRKA 3AO0A 3MBDA 1OK6A 4XUGA 2FPYA 5G5IA 4O19A 4UTUA 3STFA 3W72A 2YZRA 4I7VA 3E12A 1RV8A 2QCDB 3G0XA 4MVAA 1TPC1 1OFRA 3SR7A 2C19A 4LC6A 2VFGA 3CHVA 1XXXA 1DVJA 3NQ2A 5C55A 5FEWA 3UNDA 5CZTA 1SO5A 1W5NA 3OIXA 1G4TA 1M6JA 1TJRA 2ABAA 3O6CA 3L0NA 5F2LA 3WFAA 3RFAA 5K9XA 3G18A 3DFNA 3U6WA 1R2TA 4PTNA 5BNKA 3NQ8A 4Q4KA 1VPXA 3KVMA 1EP2A 3GDLA 4AAJA 1RPXA 3MWAA 3TW7A 3GX9A 4DEFA 2DZVA 1W37A 2B7NA 3H55A 4LRTA 1VS1A 3P8IA 5BMWA 1TV5A 3I65A 3LCFA 5HULA 3ELFA 2VENA 1YTKA 1VYRA 1V5XA 5LNWA 3W2UA 5CG7A 1VCFA 3CU2A 3IVSA 2PRLA 3P81A 4QISA 3ATZA 2AQWA 4JD4A 1Y0EA 4K7YA 4M7TA 4OU1A 5CZSA 3DFOA 4QITA 3STGA 2C6QA 1EEPA 2NXGA 4IPJA 4ORIA 3NQAA 2C0AA 3FEMA 5DXYA 4POCA 5H2ZA 3IVTA 3S6DA 4B5NA 2EF9A 4EIVA 4JIQA 5I3IA 2E5CA 3LXBA 2VFDA 2E6YA 2Y7EA 3L5MA 1H61A 2Y7FA 2V5LA 1LYXA 3TA6A 5DCDA 1U5JA 4O1DA 5K7JA 4UCGA 1T99A 2OMAA 4JNMA 3TH6A 3GR8A 1YADA 2FLIA 1GQNA 1H7OA 1M7PA 4CCEA 2VEMA 4FO4A 3GXNA 4XTDA 1L2UA 3UPBA 5A8GA 3T7VA 1TPEA 1TTPA 3GIYA 3G3MA 5HINA 4AH7A 5KSWA 1L6YA 5KZDA 1H7WA 3RU6A 3VFLA 2FTPA 3LI0A 2C1HA 2Q3RA 3K30A 2R94A 1SFLA 4MZYA 2GVLA 3QZEA 1EWDA 3I7SA 3FJ6A 2EPHA 3BG5A 2CWNA 1GG0A 2Z6IA 3PSVA 3W1XA 2GJNA 1P4CA 4RZ4A 3QQ1A 3EXTA 1VYPX 1P0NA 2Y88A 1YTEA 4AMAA 2B7QA 4JTUA 3LCHA 1GTEA 1HL2A 2YW3A 3NPVA 3FJLA 3F4WA 3VE7A 3S5OA 5K4ZA 1PE1A 1G7VA 3W07A 3BW4A 1GOXA 4GC4A 5BW6A 5EY5A 1OFEA 5AYYA 2DZTA 3PBYA 4LV4A 2VXNA 3GR7A 3EWWA 4O50A 4ZZ9A 1VLWA 3U2OA 2GVJA 3F4NA 2FIQA 3W7MA 4O28A 4JY9A 3STCA 4GFSA 1LOLA 3A24A 1TV7A 5KITA 1KFCA 1RD5A 1VCGA 3NZ1A 1OYAA 2RDTA 4PC8A 1XUUA 2FFCA 4R33A 5EL1A 4O4WA 3CLMA 4ZL1A 2WJZA 3MHUA 4ZMGA 5AN7A 3C2RA 1ZENA 3KRSA 3Q58A 1EX5A 3B03A 3W87A 2NX3A 2Y6ZA 1U83A 5D33A 3UWUA 1KM1A 4UTWA 2NUWA 1R2SA 1VQTA 3NPUA 3EX4A 2B4GA 2AGKA 2VFFA 2RH9A 3GAYA 2C14A 3KFTA 3W2KA 5AC6A 1O5KA 3CIWA 3W7EA 4JY8A 1I2OA 1GPWA 2WSRA 2X1SA 5G2IA 4CNPA 2QAFA 4O14A 2ZZ3A 4O4VA 3A21A 2BXVA 4FEZA 4UXDA 4QQ3A 4JTEA 3PAJA 2EGZA 3HQ1A 1PL9A 4N4PA 3TU9A 4IMDA 3THQA 1H1ZA 1ML1A 1RQHA 2VOMA 1R30A 3MW7A 2CFFA 4LY8A 1VJIA 1XBYA 2VFHA 1PS9A 1K8YA 1G4EA 4OV4A 2KZHA 1QOQA 4NJKA 3SSJA 3QFEA 5L6UA 1KTBA 1B9BA 4YCPA 1RQBA 3PC0A 3QMRA 3W9ZA 1R2RA 1SW3A 2FB3A 3A23A 1ME9A 3LHVA 1W54A 3NM3A 5D04C 3TV8A 4DO5A 5K9CA 4RV8A 3SZ8A 3UY7A 1J4EA 3M16A 4PH6A 5AOUA 3TC7A 5C5YA 1IIHA 2QJHA 1SU5A 1HUVA 1FXQA 1PHQA 2QCNA 4LWWA 3C61A 2QKFA 1JCYA 2X30A 4LS0A 1OHLA 4TIMA 1D3GA 1OX5A 4UTTC 3HIJA 5C6MA 3NQVA 5L9FA 4Q33A 5T26A 3EWBX 2ZRVA 4O8RA 2ZRUA 1CX9A 3HPXA 4M6PA 3LHYA 3VE9A 3IGSA 3OVRA 1LLWA 4FNRA 5HUOA 2NLIA 3HF3A 4GNJA 4Q32A 3AJXA 2V9DA 1TMHA 3GZ3A 5LHFA 4FXRA 1ZAHA 4R34A 3C2OA 2QCMA 1TTIA 2CLOA 4MFEA 3NEVA 2QAPA 1W1ZA 5FF3A 2NXHA 1XDMA 2G5WA 3GDMA 1DJNA 1EUNA 5SWUA 1YLVA 1J5TA 5I3HA 3W3OA 3LRLA 3NPWA 3W74A 4NNCA 4EWND 3LOTA 1OF6A 2J9XA 3W86A 3FKRA 1X7FA 1XDLA 4IOTA 3EWUA 1JQVA 5K4XA 1M5WA 5C2XA 1W3IA 4FX7A 3L0GA 3IIPA 5LGXA 4MLRA 4LT9A 2TMDA 2Z1BA 3W22A 1KA9F 2OZ0A 4UTTA 2HTMA 5AYZA 2A4AA 4DBEA 1NFBA 1S5VA 4G1KA 2D73A 4GUHA 3GVGA 4QIUA 5I3JA 5LGZA 1B4KA 3BW3A 2EAWA 4AWTA 1WX0A 3P5YA 3PM6A 5CGQA 1R46A 1TREA 3CPRA 5AHMA 5KZEA 3GK0A 4C1LA 1FCUA 3DFPA 5FI8A 3O15A 3M5YA 1N55A 2Q8ZA 2AAMA 3DXIA 4P61A 4AEOA 1O94A 2OCZA 4LTSA 3GAKA 3EWYA 3ABRA 1I2PA 5F2GA 4BF9A 4IUOA 5G1YA 2HS6A 1JRCA 1H7RA 1CW2A 3GKFA 1SO6A 3N2XA 4ZQMA 4AVFA 1BEUA 4JEQA 1TPWA 1D3HA 2LLEA 3YPIA 2WSYA 4NVTA 4N9DA 1ZNNA 3ZWTA 2V2HA 3FLUA 2TYSA 1EP3A 3LCIA 1PIIA 4O1AA 4JX4A 3W1TA 3QM3A 1CI1A 3TX9A 4ZQNA 5FF0A 2A85A 4GUFA 1OFDA 3CT7A 3NZRA 1UUOA 4JS3A 4FNTA 4ONVA 3N2MA 3GDKA 4DF0A 5F2IA 3DH7A 4Z1AA 4HNTA 3L66A 3TSDA 1NAL1 5HR7A 5ABTA 2O7QA 3VNDA 2WSQA 4ADTA 4K8EA 4RZ5A 3NGJA 3QH2A 1QO2A 3TJLA 1RR2A 4XWUA 1UBSA 2YFOA 2DZSA 3W1MA 3QQ0A 4QNWA 1X6UA 3DI0A 3G24A 3HOJA 1Z44A 2CW6A 4K39A 2TPSA 3QC3A 4JYFA 5F4WA 1NF0A 1LOSA 3G8RA 3NL5A 1X1OA 2QDHA 3KVKA 2HMCA 1QCWA 4IMCA 4IQLA 4JTSA 4CCCA 1WAUA 4BR1A 3N3MA 4YWIA 1JUBA 1JCJA 5BOOA 1TIMA 4HT3A 1QR7A 4OBTA 4YMZA 2WO5A 1TPH1 3S1UA 3W7RA 5HMSA 3W2MA 1I2QA 3QPZA 4UIOA 4IXHA 4M19A 4UMAA 3A5FA 3O07A 3QSTA 4M6QA 3MI3A 3OHIA 3W85A 6ALDA 1SZEA 3P74A 2YX0A 4LVFA 3TSBA 3IVUA 3N19B 4BI7A 4MY8A 4WOQA 1FWSA 1W3NA 3UWWA 5K3VA 2HS8A 1SUXA 3B0UX 1P1XA 3EXRA 3TIMA 3G1XA 2NXIA 3UYCA 1IXOA 5EPDA 2A0NA 1DKWA 1TPB1 4UR7A 3GXTA 1Z48A 2CLHA 1Z41A 2YSWA 1TSIA 1FCVA 3S8HA 3SW6A 5AC7A 4CCDA 4DQWA 2BLEA 3PB2A 3QEZA 5DELA 1KM2A 5FF7A 4S1FA 3TE9A 4MJZA 4Z0SA 2HSAA 4XQ6A 3MP4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5DAN A;  2XVG A;  4QRO A;  4XAF A;  3OBK A;  2OJP A;  1THF D;  3ZST A;  3NO5 A;  1NTH A;  4GYJ A;  1QNR A;  2Z00 A;  4KS0 A;  4B5V A;  3DHP A;  4TTG A;  2ZA2 A;  3K4D A;  3MY9 A;  3SI9 A;  4AIB A;  4N02 A;  1K9F A;  4B9Y A;  1EX1 A;  3RLV A;  1F3W A;  1GCY A;  1RA0 A;  2E1W A;  3VZZ A;  2CLK A;  1SSD A;  2G95 A;  2WW5 A;  5E1Q A;  1ZBW A;  4JTH A;  1Q6Q A;  4E38 A;  1XID A;  2BVT A;  3ARP A;  3HPZ A;  1I0D A;  1TPD A;  2QNE A;  4C6D A;  3HGJ A;  1QWG A;  1JZ3 A;  3FXY A;  5CKS A;  2GJX A;  3P0X A;  3CAK A;  5A69 A;  1FWF C;  2E9L A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LOTA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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